Phosphotyrosine Interaction Domain Containing 1 Gene: Regulation on Meat Quality

磷酸酪氨酸互作结构域1(phosphotyrosine interaction domain containing 1,PID1)基因是最近发现的与脂肪代谢相关的新基因.在不同动物的不同组织中均能检测到PID1基因的表达.PID1基因表达过量能促进前体脂肪细胞的增殖,影响肉质性状相关候选基因[如过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅激活因子1α(PGC-1α)和解偶联蛋白(UCP)基因]的表达.因此,深入探讨PID1基因在畜禽肉品质上的调控作用及其影响机制,将为改善畜禽肉品质提供新的思路.本文概述了PID1基因的发现和表达规律、PID1蛋白的结构、PID1基因与肉质性状候选基因的关系及其在畜禽肉质调控中的可能作用.     

鸭坦布苏病毒E蛋白结构域Ⅰ-Ⅱ与Ⅲ的反应原性和免疫原性比较

为了比较鸭坦布苏病毒(duck Tembusu virus, DTMUV)E蛋白结构域Ⅰ-Ⅱ(EDⅠ-Ⅱ)与结构域Ⅲ(EDⅢ)的反应原性和免疫原性,试验将重组质粒pET-EDⅠ-Ⅱ[EDⅠ-Ⅱ基因插入表达载体pET-30a(+)构建的重组质粒]和pET-EDⅢ[EDⅢ基因插入表达载体pET-30a(+)构建的重组质粒]分别转化至大肠杆菌(E.coli)Rosetta(DE3)感受态细胞,经IPTG诱导后,对表达产物进行SDS-PAGE分析和Western-blot鉴定,采用亲和层析法纯化重组蛋白EDⅠ-Ⅱ和EDⅢ,通过Dot-blot试验和间接ELISA试验比较二者的反应原性;将重组蛋白EDⅠ-Ⅱ和EDⅢ免疫小鼠,通过测定免疫小鼠血清中特异性抗体、病毒中和(VN)抗体和细胞因子(IL-6、IFN-γ)水平比较两者的免疫原性;将DTMUV分离株感染重组蛋白EDⅠ-Ⅱ和EDⅢ免疫小鼠,采用实时荧光定量PCR方法检测小鼠肺脏、肝脏和脑组织中DTMUV RNA相对表达水平,比较重组蛋白EDⅠ-Ⅱ和EDⅢ对免疫小鼠的保护力。结果表明：含重组质粒pET-EDⅠ-Ⅱ和pET-EDⅢ诱导4 h的菌体蛋...     

小麦小G蛋白Tarab5B基因全长cDNA克隆及表达特性的初步分析

通过对白粉病菌诱导的小麦叶片cDNA文库的测序,获得1个与水稻Rab5B基因一致性达89%的序列.以该序列为信息探针,筛选小麦EST数据库并进行电子拼接.根据拼接结果设计引物,利用RT-PCR方法获得了1个小麦中尚未鉴定的全长cDNA克隆Tarab5B.Tarab5B基因编码的蛋白具有结合GTP/GDP的4个保守结构域以及Rab家族成员所特有的结构域.同源分析表明,该基因属于Rab5B亚族.麦类Rab5B蛋白的GDSGVGKS、DTAGQE、NKAD、ETSA和MGCSSS 5个结构域在进化上非常保守,而YYRGA结构域及其邻近的C端6个氨基酸残基在小麦材料间同源性很低.RT-PCR检测显示,抗、感两个材料Tarab5B基因在接种后24 h和未接种24 h的表达水平基本相同;在接种后1 h、4 h、7 h、12 h,抗、感两个材料间Tarab5B基因的表达水平有一定差异.     

新城疫病毒基质蛋白第23位苯丙氨酸对病毒复制与细胞致病性的作用

副黏病毒科的副流感病毒5型(Parainfluenza virus5,SV5)和腮腺炎病毒(Mumps virus,MuV)的基质蛋白(Matrix protein,M)都编码FPIV-like晚期结构域(Late-domain,L-domain),L-domain中的苯丙氨酸(Phenylalanine,F)对病毒出芽与复制有很重要的作用。新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)M蛋白也包含潜在的L-domain23FPIV26,但23F对NDV的出芽及复制的作用尚不明确。本试验应用反向遗传学技术,以NDV ZJ1株为母本病毒,拯救一株M蛋白F23A突变的重组病毒ZJ1F23A,并在DF1细胞上对ZJ1F23A的复制性能和细胞致病性进行评价。结果显示,ZJ1F23A在DF1上的复制水平显著低于母本病毒ZJ1,ZJ1F23A对DF1的致病性比ZJ1弱。试验结果说明NDV M蛋白23F对病毒复制及病毒的细胞致病性具有重要作用。     

细胞周期蛋白家族的生物信息学分析

[目的]对细胞周期蛋白家族的序列进行生物信息学分析,从而研究物种间细胞周期蛋白的分类体系。[方法]选取已完成基因组测序的10个物种的细胞周期蛋白,按细胞周期蛋白中周期蛋白框结构域的序列完整性及结构域的数目进行分类,并进行多次筛选比对,分别构建具完整单周期蛋白框结构域和完整双周期蛋白框结构域细胞周期蛋白的系统发育树。[结果]随物种进化,细胞周期蛋白的序列类型和序列数量显著增加。对完整单域和完整双域细胞周期蛋白的聚类分析结果显示,原核生物的细胞周期蛋白、单细胞真核生物的PHO80与PCL、植物的P和U、动物的Y组成原核型细胞周期蛋白,并进化形成真核型细胞周期蛋白,真核型细胞周期蛋白的进化趋势是增加类型和数量,动物以增加细胞周期蛋白的类型为主,而植物则是以增加细胞周期蛋白类型中的成员为主;另一进化趋势是由单域向双域发展,物种进化程度越高,所具有的双域细胞周期蛋白的类型就越多。[结论]为物种间细胞周期蛋白的分子进化研究提供了参考。     

Bioinformatics Analysis on Histone H3-1ys-4 Methyltransferase MLL3 in Animals

[目的]对动物组蛋白H3K4三甲基化转移酶MLL3进行生物信息学分析.[方法]利用生物信息学的方法,对小鼠MLL3的基因结构、氨基酸序列、系统进化树、染色体定位和共线性等问题进行分析.[结果]编码合成的小鼠MLL3蛋白质一级结构包括7个锌指结构域、1个HMG-box(高迁移率族蛋白)、1个FYRN(N-末端富含苯丙氨酸或酪氨酸区域)、1个FYRC(C-末端富含苯丙氨酸或酪氨酸区域)、1个SET域和1个postSET域;从序列对比和同源性上发现,该研究中的19种动物都基本上具有这些结构,说明这些结构在进化上是相对保守的,其中SET域具有高度的保守性,是维持组蛋白甲基化酶活性所必须的;从系统发生上看,19种动物在进化树上的位置与其分类地位相一致;在共线性分析中,虽然小鼠和人的MLL3基因位于不同的染色体上,但其上游和下游具有相同的基因,说明小鼠和人的MLL3基因具有共线性.[结论]不仅揭示了MLL3的核苷酸序列及其氨基酸序列的一级结构,为以后研究其高级结构和蛋白质的功能奠定了基础;同时也为后期进行小鼠MLL3基因的引物设计、启动子分析、基因的克隆、定位和表达的调控模式研究奠定了基础.     

DNA识别受体在天然免疫反应中的作用

近年来,随着人们对哺乳动物模式识别受体(Pattern recognition receptors,PRRs)的发现和研究的不断深入,PRRs对病原,尤其是对病原生命物质基础--DNA和RNA的识别成为天然免疫学研究的热点和重点领域[1].PRRs主要包括Toll样受体(TLRs)家族、RIG-I样受体(RLRs)家族和蛋白激酶R(RNA-ativated protein kinase R,PKR、NOD样受体(NLRs)家族、C型凝集素受体(CLRs)家族、天然免疫特异性PRRs以及最近发现的DNA依赖的干扰素调节因子受体(DAI)家族、黑色素瘤缺乏因子2(AIM2)样受体(ALRs)家族和RNA聚合酶Ⅲ (RNA PolⅢ)等PRRs [2-3].这几类PRRs通过识别病原生存必不可少的特异性保守成分和机体应激或损伤时释放的结构成分,即病原/危险相关分子模式(PAMPs/DAMPs),诱导Ⅰ型干扰素(Ⅰ -IFNs)、炎性细胞因子、趋化因子和共刺激分子等的释放和表达发挥天然免疫防御功能,同时诱导获得性免疫的建立.     

微生物木聚糖酶研究进展

<正>阿拉伯木聚糖广泛存在于玉米、小麦、菜粕等植物性饲料原料中,而它不被单胃动物消化利用,当木聚糖进入单胃畜禽小肠后,木聚糖部分溶于水,使食糜含水量增加,进而增加小肠内容物的粘度,阻碍营养物质与消化酶的结合及营养物质在小肠粘膜上的吸     

动物组蛋白H3K4三甲基化转移酶MLL3的生物信息学分析(英文)

[目的]对动物组蛋白H3K4三甲基化转移酶MLL3进行生物信息学分析,从而探寻其相对保守的进化过程以揭示组蛋白H3K4三甲基化转移酶MLL3在在人类癌症的中的作用。[方法]利用生物信息学的方法,对小鼠MLL3的基因结构、氨基酸序列、系统进化树、染色体定位和共线性等问题进行分析。[结果]编码合成的小鼠MLL3蛋白质一级结构包括7个锌指结构域、1个HMG-box(高迁移率族蛋白)、1个FYRN(N-末端富含苯丙氨酸或酪氨酸区域)、1个FYRC(C-末端富含苯丙氨酸或酪氨酸区域)、1个SET域和1个postSET域;从序列对比和同源性上发现,该研究中的19种动物都基本上具有这些结构,说明这些结构在进化上是相对保守的,其中SET域具有高度的保守性,是维持组蛋白甲基化酶活性所必须的;从系统发生上看,19种动物在进化树上的位置与其分类地位相一致;在共线性分析中,虽然小鼠和人的MLL3基因位于不同的染色体上,但其上游和下游具有相同的基因,说明小鼠和人的MLL3基因具有共线性。[结论]不仅揭示了MLL3的核苷酸序列及其氨基酸序列的一级结构,为以后研究其高级结构和蛋白质的功能奠定了基础;同时也为后期进行小鼠MLL3基因的引物设计、启动子分析、基因的克隆、定位和表达的调控模式研究奠定了基础。     

分歧多于保守：人、小鼠、大鼠和猪中klf家族进化分析

 为研究人、猪、大鼠、小鼠中klf家族的进化特征,笔者用Clustal X 和MEGA ,在线软件GSGD,K estimator和PAML,在线软件MEME\\MAST和InterProScan,PSORT II分别构建进化亲缘关系树、分析基因结构、鉴定选择压力、注释蛋白质模体和确定核定位信号。结果显示：进化亲缘树及基因结构分析都将KLF家族分为α,β,γ,δ和ε 5个亚类,亚类内各基因结构相似,家族各成员基因随机分布于不同染色体,klf1 和 klf2紧密簇集,猪 klf17 定位于6号染色体而非15号染色体,猪的两对旁系同源基因：klf9和klf9a,klf10和klf10a,及相似家族成员klf1和klf2,分别起源于近期和远期的基因串联复制事件;适应性进化选择压力分析表明,klf13和klf17经历了正选择,其他基因都受到严格的负选择作用;KLF蛋白羧基端都有3个高度保守的串联锌指结构,核定位信号（NLS）位于3串联锌指内或其紧邻上游,氨基端模体则相对多样化,KLF3,KLF4,KLF8和KLF12以其共有的PVDLS/T模体（单字母氨基酸缩写）结合转录辅因子CtBP (C terminus binding protein)进而调控靶基因转录,KLF9,KLF10,KLF11,KLF13,KLF14和KLF16共享转录辅因子Sin3结合结构域SID（Sin3 interacting domain）,KLF7中发现的亮氨酸拉链模体表明其以二聚体的形式参与转录调控。klf家族基因结构和氨基端模体的多样化、羧基端保守锌指结构及进化中经历的负选择压力表明家族进化中经历了转录调控方式和调控功能的多样化,同时保留了结合富含GC启动子的基本模式。