苏丹型埃博拉病毒焦磷酸测序方法的建立

[目的] 本研究旨在通过对埃博拉病毒进行序列信息分析的基础上,利用焦磷酸测序技术对苏丹型埃博拉病毒进行快速检测和鉴定。[方法] 通过序列信息比对,设计苏丹型埃博拉病毒基因保守区段的扩增引物及测序引物。通过人工方法合成一段基因序列,PCR扩增目的基因片段,经体外转录制备cRNA,RT-PCR扩增目的基因片段,采用焦磷酸测序技术针对目的基因进行保守核苷酸区段的测序分析。[结果] 通过序列信息比对寻找到苏丹型埃博拉病毒基因型的核苷酸保守区段,经焦磷酸测序后能进一步确证毒株的序列信息为苏丹型埃博拉病毒。经过与华大基因公司进行Sanger法测序比较,结果完全一致。[结论] 基于序列分析的焦磷酸测序技术可以作为进一步确证方法使用。     

焦磷酸测序技术在确证猪甲型H1N1流感病毒中的应用

目的本研究旨在通过对猪甲型H1N1流感病毒进行序列信息分析的基础上,利用焦磷酸测序技术建立一种快速、简单地确证猪甲型H1N1流感病毒的方法。方法通过序列信息比对,设计H1HA和N1NA基因保守区段的扩增引物及测序引物。从感染猪甲型H1N1病毒的鸡胚尿囊液中提取病毒RNA,RT-PCR扩增目的基因片段,采用焦磷酸测序技术(PSQ)针对HA基因和NA基因进行保守核苷酸区段的测序分析。利用扩增引物与其他猪源病毒进行特异性试验,利用测序引物进行重复性试验。将该方法与病毒分离和荧光定量RT-PCR方法做临床样品的平行检测,并比较结果。结果通过序列信息比对寻找到表征H1N1亚型的核苷酸保守区段,经焦磷酸测序后能进一步确证毒株的序列信息为猪甲型H1N1流感病毒。特异性试验表明,不与其他猪源病毒发生交叉反应;重复性试验表明,重现性为100%。对221份临床样品检测表明,病毒分离鉴定与焦磷酸测序方法结果符合率为96.8%,与TaqMan荧光定量方法检测结果符合率90.3%。经统计学分析,焦磷酸测序确证与病毒分离鉴定在检测临床样品上,两者差异不显著。结论基于序列分析的焦磷酸测序技术可以作为进一步确证方法使用。     

斑点叉尾鮰病毒焦磷酸测序检测方法的建立

旨在建立一种基于PCR的焦磷酸测序检测方法,用于斑点叉尾鮰病毒病的快速检测和确诊。针对斑点叉尾鮰病毒(CCV)蛋白激酶(PK)基因的保守区域设计扩增引物与测序引物,经PCR扩增后对PCR产物进行焦磷酸测序,借助测序结果比对确定是否为CCV核酸序列。通过对反应条件与体系的优化,成功建立了CCV PK基因焦磷酸测序检测方法。结果表明:建立的斑点叉尾鮰病毒焦磷酸测序检测方法扩增基因片段长度为144 bp,能够特异性检测出目的病毒,最低核酸检测限为5×10-6ng/μL,重复测序3次均能准确测出45 bp核酸序列。本研究建立的斑点叉尾鮰病毒焦磷酸测序检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,适合高通量检测且耗时短仅需4 h,为CCV的快速检测提供了一种可行方法。     

施马伦贝格病焦磷酸测序检测方法的建立

为适应口岸施马伦贝格病快速、准确、高通量检测需求,建立一种基于RT-PCR及焦磷酸测序技术平台的施马伦贝格病检测方法。本研究针对施马伦贝格病毒基因组RNA的S、M和L三个基因节段保守区域利用焦磷酸测序软件PyroMark Q96ID分别设计RT-PCR扩增引物及焦磷酸测序引物,以人工合成的SBV重组质粒为模板分别建立了SBV S、M、L基因的PCR-焦磷酸测序检测方法,比较三基因的PCR扩增结果以及测序分析结果,结合特异性检测结果,最终确定以M基因作为靶基因建立的焦磷酸测序检测方法效果最好,并以德国FLI提供的SBV（BH80株）RNA对所建立的方法进行验证,通过对测得序列的比对分析可确定为施马伦贝格病毒,这表明本研究所建立的方法灵敏度高、稳定性好、特异性强,可以用于施马伦贝格病毒基因序列水平上的精准检测鉴定。     

施马伦贝格病毒病焦磷酸测序检测方法的建立

拟建立施马伦贝格病毒(SBV)S基因焦磷酸测序检测方法,用于施马伦贝格病毒病的快速检测和确诊。通过对公开发表的SBVS基因序列与布尼病毒科其他11种病毒S基因进行比对,找出不同病毒变异区域集中且变异区域两侧保守的序列片段,基因合成,体外转录,作为基因扩增模板。在特异性变异序列两端的保守区域设计扩增引物,进行RT-PCR扩增。在保守区域设计双向测序引物,对RT-PCR产物进行双向焦磷酸测序。通过比对测序结果,确定是否为SBV核酸序列;优化条件,确定检测方法的敏感性、特异性和重复性,建立SBVS基因焦磷酸测序检测方法。结果:建立的施马伦贝格病毒病焦磷酸测序检测方法扩增基因片段长度为166bp;敏感性为可检测到104个拷贝;每一条测序引物可准确测出50bp左右核酸序列,双向测序可准确测出100bp左右核酸序列,具有较好特异性,完全满足施马伦贝格病毒病确诊要求;重复测序3次,均能准确测出100bp左右核酸序列。本研究建立的施马伦贝格病毒病焦磷酸测序检测方法,可用于施马伦贝格病毒病的检测和确诊,整个检测过程可在1d内完成,大大缩短了确诊时间。     

猪流行性腹泻焦磷酸测序检测方法的建立

本研究旨在建立一种基于RT-PCR的焦磷酸测序方法,以便对猪流行性腹泻(PED)进行高效准确地检测。利用PSQ Assay Design SW软件分析了猪流行性腹泻病毒(PEDV)N蛋白基因的保守区域,设计了一对扩增引物及一条测序引物,建立了PEDV N蛋白基因的焦磷酸测序检测方法。实验结果表明,该方法可以直接通过PSQ的序列结果直观地判定PEDV,大大提高了PEDV的检出率和准确性。该方法特异性强,不与其他猪源病毒发生交叉反应,最低核酸检测限为0.05 pg/μL。本研究所建立的焦磷酸测序方法灵敏度高、稳定性好,能从基因序列水平上精确鉴定PEDV,避免了假阳性结果的出现,对于PED的快速确诊具有重要意义。     

荷斯坦奶牛脊椎畸形综合征焦磷酸测序检测方法建立与应用

为建立一种快速高通量的荷斯坦奶牛脊柱畸形综合征（complex vertebral malformation,CVM）的分子检测方法,根据CVM是由于SLC35A3基因第4外显子559位处发生G→T突变的遗传学基础,利用Assay Design SW软件设计了1对PCR引物和1条测序引物对三种不同基因型的基因材料进行测序分析,建立焦磷酸测序检测方法。对55份进境荷斯坦奶牛血样进行检测,发现有1例为隐性基因携带者,将PCR产物进行测序,其DNA序列与焦磷酸测序检测结果一致。研究表明该方法是一种有效的新方法,可用于荷斯坦奶牛脊椎畸形综合征的检测。     

BVDV 1型和2型焦磷酸测序检测方法的建立

为了建立BVDV 1型和2型焦磷酸测序检测方法,用于BVDV的确诊和分型。根据GenBank中发表的BVDV 5'-UTR序列,设计通用扩增引物和分别针对BVDV 1型和2型的两条测序引物。以BVDV 1型BA株和BVDV 2型分离株为模板,用通用引物进行RT-PCR扩增,用测序引物对扩增产物进行焦磷酸测序,建立BVDV 1型和BVDV 2型焦磷酸测序检测方法。结果显示,焦磷酸测序技术检测的序列为30个碱基以上,可用于BVDV的快速鉴定和分型。用该方法对奶牛场86份抗凝血样品进行检测。共检测出2份BVDV 1型,没有检测出BVDV 2型。将检测为阳性的RT-PCR产物测序,测序结果与焦磷酸测序结果一致,符合率为100%。表明本研究建立的BVDV 1型和2型焦磷酸测序检测方法,可用于BVDV的检测和分型,能一次性对待检样品进行确诊,是一种简便、快速的BVDV分型检测方法,对于BVDV的快速确诊具有重要意义。     

病毒性出血性败血症病毒焦磷酸测序检测技术的建立

为建立病毒性出血性败血症病毒(VHSV)焦磷酸测序检测技术,本研究通过对VHSV靶基因特异性序列的同源性分析,设计出适合焦磷酸测序特异性扩增和测序的引物,对焦磷酸测序反应体系和反应程序进行优化,建立了VHSV焦磷酸测序检测方法。结果表明,该方法仅对目的病毒基因扩增,而对其它病毒检测为阴性,表明该方法特异性好;该方法最低检出核酸量为82拷贝/μL,灵敏度高。选取国内采集与进口的鱼类样本共计1924批次进行VHSV检测,结果显示,焦磷酸测序检测方法检测结果与常规RT-PCR一致,该方法的特异性和灵敏度可以满足水生动物疫病检测的需要。     

广西柳州猪瘟流行毒株E2基因的扩增及序列分析

为了了解猪瘟流行毒株间的差异,试验应用RT-PCR技术对1株广西柳州流行的猪瘟野毒的E2基因进行了扩增、克隆及测序,利用DNAStar分析软件将其与国内外参考毒株的抗原序列进行比对分析,并绘制了系统发育进化树.结果表明:柳州株的核苷酸序列及推导的氨基酸序列存在多处替换,与中国标准株Shimen和疫苗株HCLV核苷酸序列...     

铜绿假单胞菌flgE基因PCR检测方法的初步建立

为建立一种基于铜绿假单胞菌flgE基因的PCR检测方法,本试验根据GenBank中已发表的铜绿假单胞菌flgE基因序列,设计合成了1对特异性引物,由铜绿假单胞菌基因组DNA中扩增获得了目的基因。从退火温度、循环次数、Mg2+浓度、dNTPs浓度和引物浓度5个方面优化了反应条件,并检测了该方法的特异性和敏感性。结果成功扩增出了铜绿假单胞菌1 400 bp的flgE特异性基因片段,最佳退火温度、循环次数、Mg2+浓度、dNTPs浓度和引物浓度分别为56℃、30个循环、1.6 mmol/L、0.2 mmol/L和0.3μmol/L。特异性试验表明,仅铜绿假单胞菌中可扩增出目的片段,而多杀性巴氏杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、志贺氏菌、致病性大肠杆菌和金黄色葡萄球菌中均未扩增出相应片段。敏感性试验结果表明,本方法可检测到最低10 pg/μL的铜绿假单胞菌基因组DNA以及100 CFU/mL的病原菌。     

一例雏鸡铜绿假单胞菌的分离鉴定及其16SrRNA基因序列分析

为对死亡雏鸡进行病因诊断,通过大体剖检、细菌分离、生化鉴定,证实为铜绿假单胞菌感染。测定了该分离株的16SrRNA基因序列,并与GenBank中收录的序列比较,结果发现所分离的铜绿假单胞茵及参考株的16SrDNA基因序列极其保守,相似性达99％～100％;与大肠杆菌、沙门氏菌、巴氏杆菌的相似性差异约为9％;与鸭疫里默氏...     

Identification of an alkaline ceramidase gene from Dermatophilus congolensis

A random amplified polymorphic DNA (RAPD) procedure was used to identify a specific 0.6 kb DNA fragment unique to Dermatophilus congolensis. This 0.6 kb fragment was evaluated as a specific DNA probe and used to design oligonucleotide primers for polymerase chain reaction (PCR) amplification. The nucleotide sequences adjacent to this DNA fragment were determined by inverse PCR allowing the identification of a 4.1 kb sequence. Analysis of this revealed a complete open reading frame (ORF) with a high similarity to an alkaline ceramidase from Pseudomonas aeruginosa. The molecular weight of the enzyme derived from the predicted amino acid sequence is 74,662 Da, its pI is 9.81. The predicted N-terminal sequence of the enzyme contains a signal sequence indicating that the enzyme is exported by the bacterium. Since ceramides have important protective and cell regulatory roles in the epidermis we suggest that this ceramidase may have a role in the pathogenesis of dermatophilosis. It is the first completely sequenced gene described for D. congolensis.     

Establishment and Preliminary Application of Triple PCR to Identify Three Kinds of Conditional Pathogenic Bacteria

The aim of this study was to establish a simultaneous triple PCR detection method for Staphylococcus aureus (S.aureus),Pseudomonas aeruginosa (P.aeruginosa) and Klebsiella pneumoniae (K.pneumoniae).Three pairs of specific primers had been designed according to nuc gene of S.aureus,toxR gene of P.aeruginosa and PhoE gene of K.pneumoniae.The triple PCR reaction conditions were optimized on the basis of single PCR methods.At the same time,specificity,sensitivity and repeatability tests of the triple PCR method were studied,and the results of bacteria isolation and culture and the triple PCR method were compared.The results showed that the amplification product sizes were 484,278 and 368 bp,respectively.The optimal annealing temperature was 56 to 59 ℃,the concentrations of primers were all 0.2 μmol/L,dNTP concentration was 200 μmol/L,Mg²⁺ concentration was 2.5 mmol/L.The specificity test showed that there was no cross reaction between these three bacteria templates and other eight kinds of common bacteria templates,such as Bordetella bronchiseptica.The minimum of simultaneous detection of three bacteria genomic DNA was 10^-5 ng/μL.The results of three repeatability tests of triple PCR were the same which indicated the repeatability was good.30 samples from mice were detected by bacteria isolation and culture and the triple PCR method,the detection rate of triple PCR was slightly higher than the bacteria isolation and culture.The positive samples detected by bacteria isolation and culture were also positive detected by triple PCR.The results showed that a specific,sensitive and efficient triple PCR system had been established and could provide the technical support for bacteria detection and epidemiological investigation of laboratory animals.     

3种条件性致病菌三重PCR检测方法的建立及初步应用

本研究旨在建立一种能同时检测金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,S.aureus)、绿脓杆菌(Pseudomonas aeruginosa,P.aeruginosa)、肺炎克雷伯杆菌(Klebsiella pneumoniae,K.pneumoniae)的三重PCR检测方法.根据金黄色葡萄球菌nuc基因、绿脓杆菌toxR基因、肺炎克雷伯杆菌PhoE基因设计并合成引物,在单一PCR条件基础上优化建立三重PCR反应条件,并进行特异性、敏感性和重复性分析及与细菌分离培养的比对试验.结果显示,3对引物均能特异性扩增出目的条带,大小分别为484、278和368 bp.最佳退火温度在56~59 ℃之间,引物浓度均为0.2 μmol/L,dNTP浓度为200 μmol/L,Mg²⁺浓度为2.5 mmol/L.3种细菌间无交叉反应.对支气管鲍特杆菌等其他8种实验动物常见致病菌均无交叉反应.最低能同时检测到10^-5 ng/μL的细菌基因组DNA.3次重复结果一致,表明建立的三重PCR方法重复性好.同时采用细菌分离培养法和三重PCR方法对30份实验小鼠样本进行检测,对比结果显示三重PCR方法检出率略高于细菌分离培养法,细菌分离培养法呈阳性的样品,三重PCR方法均能检出.结果表明,本试验建立的三重PCR检测方法具有特异、敏感、高效等优点,为实验动物细菌快速检测和流行病学调查提供了技术支持.     

Isolation,Identification and Drug Susceptibility Test of Pseudomonas aeruginosa in Chickens

In order to detect the main bacterial pathogens and analyze the drug resistance for providing therapeutical guidance for drug administration,4 stains were isolated from death chickens of a breeding chicken farm in Qinhuangdao area.All 4 isolates were identified by morphological characteristics,biochemical test,immunofluorescent staining,amplification of 16S rRNA genes by PCR,sequence analysis and drug susceptibility test.The results showed that all 4 isolates were gram-negative,bacillus brevis with green fluorescent,and the sequence of 16S rRNA gene of isolates were analyzed and test results showed that specific amplified band was consistent with the expected size.The isolated bacteria were identified to be Pseudomonas aeruginosa.Results of drug susceptibility test indicated that the bacterial isolates were highly sensitive to gentamycin,amikacin,spectinomycin,ceftazidine,ceftriaxone,levofloxacin,enrofloxacin,florfenicol,polymyxin B and fosfomycin,intermidiate sensitive to tetracycline and doxycyclin,resistant to neomycin,cefotaxime,cephalothin,amoxicillin,ampicillin,erythromycin,trimethoprim-sulfamethoxazole and oxygen sulfamethoxazole isoxazole.The results suggested that the resistances of Pseudomonas aeruginosa isolates to commonly used antibiotics were serious.So antibiotics should be reasonably selected based on the result of drug susceptibility test in this farm.     

鸡源绿脓杆菌的分离鉴定及药敏试验

为确诊引起秦皇岛某鸡场细菌性疾病的主要病原菌,分析其耐药情况,为临床用药和治疗提供依据,本试验对送检的病死鸡肝脏中分离得到的4株菌进行形态特征观察、生化鉴定、免疫荧光染色观察、细菌16S rRNA基因PCR扩增与测序分析及药敏试验.结果显示,4株分离菌均为革兰氏阴性、带绿色荧光的短杆菌,PCR扩增出的特异性条带与预期大小相吻合,确定为绿脓杆菌.药敏试验结果显示,分离株对庆大霉素、阿米卡星、大观霉素、头孢他啶、头孢曲松、左氧氟沙星、恩诺沙星、氟苯尼考、多黏菌素B和磷霉素高度敏感,对四环素和强力霉素中度敏感,而对新霉素、头孢噻肟、头孢噻吩、阿莫西林、氨苄西林、红霉素、复方新诺明和磺胺甲氧异唑耐药.提示,该分离菌对常用抗生素耐药情况严重,养殖场应根据药敏试验结果选择敏感药物进行合理用药.     

奶牛白细胞黏附缺陷症焦磷酸测序检测方法的建立及应用

奶牛白细胞黏附缺陷症（bovine leukocyte adhesion deficiency,BLAD）是一种常染色体隐性、致死性、遗传性疾病,严重影响奶牛生产性能和奶牛场的经济效益。为建立快速可靠的BLAD检测方法,本试验根据GenBank中BLAD CD18序列设计引物,PCR扩增后纯化产物,构建A/A、A/G和G/G 3种基因型标准质粒。用标准质粒建立焦磷酸测序检测方法。用建立的方法检测奶牛血液样品,其结果与Sanger测序结果进行比较,分析和验证检测结果的准确性。用建立的方法对300份奶牛血液样品进行检测,结果显示样品中A/A基因型检出294例,占总体比例的98%;A/G基因型检出6例,占总体比例的2%。随机抽取30份已检测样品进行Sanger测序,结果显示与焦磷酸测序法结果一致。本试验结果表明焦磷酸测序法检测BLAD,具有特异、灵敏、快速的特点,其检测结果准确可靠,适合于试剂盒的研发及应用于BLAD的临床诊断。     

水貂出血性肺炎的实验室诊断方法研究进展

水貂出血性肺炎是由铜绿假单胞菌引起的严重威胁养貂业的重要疾病之一。文中概述了水貂出血性肺炎的实验室诊断方法研究进展,在病原学方面,主要依靠细菌分离培养、生化试验、特异性抗原及其抗体的检查等;在分子生物学方面,主要依靠国内外相继建立起的PCR技术和LAMP技术等。介绍和比较了各种方法的优缺点和实用性,为临床兽医科技工作者建立快速、简便、准确、实用的诊断提供参考。