施马伦贝格病焦磷酸测序检测方法的建立

为适应口岸施马伦贝格病快速、准确、高通量检测需求,建立一种基于RT-PCR及焦磷酸测序技术平台的施马伦贝格病检测方法。本研究针对施马伦贝格病毒基因组RNA的S、M和L三个基因节段保守区域利用焦磷酸测序软件PyroMark Q96ID分别设计RT-PCR扩增引物及焦磷酸测序引物,以人工合成的SBV重组质粒为模板分别建立了SBV S、M、L基因的PCR-焦磷酸测序检测方法,比较三基因的PCR扩增结果以及测序分析结果,结合特异性检测结果,最终确定以M基因作为靶基因建立的焦磷酸测序检测方法效果最好,并以德国FLI提供的SBV（BH80株）RNA对所建立的方法进行验证,通过对测得序列的比对分析可确定为施马伦贝格病毒,这表明本研究所建立的方法灵敏度高、稳定性好、特异性强,可以用于施马伦贝格病毒基因序列水平上的精准检测鉴定。     

斑点叉尾鮰病毒焦磷酸测序检测方法的建立

旨在建立一种基于PCR的焦磷酸测序检测方法,用于斑点叉尾鮰病毒病的快速检测和确诊。针对斑点叉尾鮰病毒(CCV)蛋白激酶(PK)基因的保守区域设计扩增引物与测序引物,经PCR扩增后对PCR产物进行焦磷酸测序,借助测序结果比对确定是否为CCV核酸序列。通过对反应条件与体系的优化,成功建立了CCV PK基因焦磷酸测序检测方法。结果表明:建立的斑点叉尾鮰病毒焦磷酸测序检测方法扩增基因片段长度为144 bp,能够特异性检测出目的病毒,最低核酸检测限为5×10-6ng/μL,重复测序3次均能准确测出45 bp核酸序列。本研究建立的斑点叉尾鮰病毒焦磷酸测序检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,适合高通量检测且耗时短仅需4 h,为CCV的快速检测提供了一种可行方法。     

施马伦贝格病毒套式RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank公布的施马伦贝格病毒S基因序列,设计特异性引物,构建施马伦贝格病毒S基因重组克隆质粒作为阳性对照,经各反应条件的优化以及特异性、敏感性和重复性试验,建立了施马伦贝格病毒套式RT-PCR检测方法。结果表明,本研究建立的套式RT-PCR方法可特异性的检测施马伦贝格病毒,且与BTV、EHDV、AKV、BVDV、IBRV等其他病毒的核酸不发生交叉反应。每个反应可检测到相当于6.65×102 copies/μL施马伦贝格病毒重组克隆质粒。与传统的病毒分离及血清学方法相比较,不但耗时短(仅需5h),而且费用低廉。本研究建立的套式RT-PCR方法具有特异、敏感、重复性好、快速、费用低廉等优点,是施马伦贝格病毒快速初筛的良好方法。     

施马伦贝格病毒核蛋白在昆虫细胞中的表达

参照NCBI公布的施马伦贝格病毒(SBV)的N基因开放阅读框序列,设计了一对含特异性酶切位点的引物,扩增SBV N基因,将其克隆于昆虫杆状病毒表达载体p Fast Bac HTB,然后以该重组质粒转化DH10Bac感受态细胞,得到重组穿梭质粒Bacmid-SBV-N,将该重组穿梭质粒在脂质体介导下转染Sf 9昆虫细胞,得到表达SBV重组N蛋白的杆状病毒。通过SDS-PAGE和Western blot对重组N蛋白进行鉴定,表明该蛋白得到表达。本研究为以SBV核蛋白为基础的相关检测方法的建立提供了物质基础。     

施马伦贝格病毒RT-LAMP检测方法的建立

通过对施马伦贝格病毒(Schmallenberg virus,SBV)及其同属各病毒基因序列进行比对分析,设计了针对SBV S基因节段的一组6条特异性引物,经优化建立了SBV RT-LAMP检测方法,可在63℃恒温条件下,于50min内完成目的序列扩增,通过染料法和琼脂糖凝胶电泳法观察结果,其灵敏度可达10TCID50,与荧光RT-PCR方法具有相同的敏感性。特异性试验显示,本方法与同属的沙门达病毒(Shamonda virus)会发生交叉反应,需借助沙门达病毒S基因节段上的一个特异性酶切位点Afl II进行酶切,实现两者的鉴别诊断。对103份临床样品的检测结果显示,本方法与荧光RT-PCR方法符合率为100%。本研究建立的RT-LAMP方法快速、简单、灵敏度高,不仅适用于实验室鉴定,还可应用于口岸、野外等的临床大规模监测。     

施马伦贝格病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立及应用

依据施马伦贝格病毒(Schmallenberg virus,SBV)S基因保守序列,设计了特异性引物和MGB荧光探针,建立了SBV实时荧光RT-PCR检测方法,构建标准曲线,进行特异性、敏感性和重复性等试验评价,并对绵羊和牛全血样品进行了检测。结果表明,所建立的SBV检测方法模板浓度与Ct值呈现良好的线性关系,相关系数R2为0.998;特异性强,仅对SBV RNA出现特异性扩增曲线;灵敏度高,对SBV RNA的检测灵敏度为10copies;重复性好,重复检测灵敏度CV3%;对临床样品的检测均为SBV阴性。所建立的SBV实时荧光RT-PCR方法可以为SBV的诊断和流行病学调查提供一种快速、特异、敏感的检测手段。     

猪流行性腹泻焦磷酸测序检测方法的建立

本研究旨在建立一种基于RT-PCR的焦磷酸测序方法,以便对猪流行性腹泻(PED)进行高效准确地检测。利用PSQ Assay Design SW软件分析了猪流行性腹泻病毒(PEDV)N蛋白基因的保守区域,设计了一对扩增引物及一条测序引物,建立了PEDV N蛋白基因的焦磷酸测序检测方法。实验结果表明,该方法可以直接通过PSQ的序列结果直观地判定PEDV,大大提高了PEDV的检出率和准确性。该方法特异性强,不与其他猪源病毒发生交叉反应,最低核酸检测限为0.05 pg/μL。本研究所建立的焦磷酸测序方法灵敏度高、稳定性好,能从基因序列水平上精确鉴定PEDV,避免了假阳性结果的出现,对于PED的快速确诊具有重要意义。     

辽西地区中华蜜蜂囊状幼虫病病毒部分结构基因的克隆及分析

为了检测感染辽西地区中华蜜蜂的囊状幼虫病病毒(Sacbrood bee virus,SBV),克隆辽西地区中华蜜蜂囊状幼虫病病毒部分结构基因并分析,试验设计中华蜜蜂囊状幼虫病病毒5′端2对特异性引物,用Trizol法提取囊状幼虫病病毒总RNA,通过RT-PCR方法扩增病毒基因组的部分序列,转入pMD18-T载体进行克隆扩增后测序。结果表明:测序的SBV部分基因总长831bp,编码序列长496bp,与我国广东省的病毒序列同源性为94%;根据不同地区此病毒5′端序列进行遗传进化分析,发现至少有3个不同的蜜蜂囊状幼虫病病毒基因型。结果说明不同地区SBV5′端结构基因存在的差异可能与致病性有关。     

一种囊状幼虫病毒分子标记的克隆

蜜蜂囊状幼虫病是由囊状幼虫病毒(Sacbrood virus,SBV)侵染蜜蜂幼虫而导致的一种致死性病毒病。本研究根据Gene Bank上SBV多个毒株的基因组信息设计合成一对特异性引物,从出现囊状幼虫病典型症状的中蜂幼虫中扩增出一个大小约为106 bp的特异性SBV106片段,进而将其克隆进p GEM-T载体,经蓝白斑筛选出阳性质粒,Eco RⅠ酶切可得约106 bp大小的目的片段,阳性质粒原菌液测序结果显示该片段与SBV全序列(收录号:AF092924)的相似度达100%,证明该序列为SBV特有序列。上述结果表明SBV106片段可作为检测蜜蜂囊状幼虫病的分子标记,应用于养蜂生产。     

施马伦贝格病毒

施马伦贝格病毒病(Schmallenberg virus,SBV)是一种新发现的动物传染病,因于2011年底在德国施马伦贝格镇首次发现而临时得名,随后蔓延于西欧(包括比利时、法国、德国、荷兰、意大利、卢森堡、西班牙、英国和丹麦),并分别在奥地利、波兰、瑞典和芬兰等国的牛、山羊、绵羊中检测到抗体。遗传分析显示该病毒与布尼亚病毒科(Bunyaviridae)正布尼亚病毒属(Orthobunyavirus)西姆布血清群病毒(Simbu serogroup viruses)的亲缘关系最密切,西姆布血清群病毒是已知的反刍动物病原,可通过节肢动物媒介(蚊、蠓)传播。施马伦贝格病毒病有2种不同的临床症状:成年牛出现短暂轻微/温和的病症(产奶量减少、发热、腹泻)和新生哺乳动物(牛、羊)死产和先天缺陷。因为同群类似的病毒不是人畜共患病病原,也无该病毒致人发病的证据,但现阶段尚不能完全排除。尽管目前没有特效的药物和疫苗,但因已有类似病毒(赤羽病)的疫苗,疫苗接种应是控制该病的可能选项。因施马伦贝格病毒是一种新发现的病毒,许多方面尚不清楚,还有待于进一步研究。     

施马伦贝格病的研究进展、疫情动态与防范措施

施马伦贝格病是一种由施马伦贝格病毒（Schmallenberg virus,SBV）感染引起的新发病毒病。因最早在德国西部城镇施马伦贝格的病牛血液样品中分离到病毒而暂被命名。目前,荷兰、比利时、德国、英国、法国等欧盟国家相继报告牛、绵羊和山羊等反刍家畜中发生或存在这种疫病。鉴于我国与欧盟国家之间的反刍动物活体、遗传物质（胚胎、精液等）、动物产品（肉、奶、毛、骨、蹄、角等）贸易频繁,对该疫病开展深入研究,进一步揭示其病原特性、流行病学特征及介绍其在欧洲流行与防控现状显得十分必要。     

PPRV、RVFV、SBV三重普通及实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及其初步应用研究

为同时检测小反刍兽疫病毒(PPRV)、裂谷热病毒(RVFV)及施马伦贝格病毒(SBV) 3种外来动物疫病病原,根据GenBank相关病毒序列设计引物及探针,建立PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR及三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,并初步应用于临床检测。结果显示:所建立的PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR方法可同步特异性检测PPRV、RVFV、SBV,检测敏感度可达10~3 copies/μL DNA;对临床症状相似的羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、蓝舌病及鹿流行性出血热等病毒未有扩增。所建立的PPRV、RVFV、SBV三重实时荧光定量RT-PCR方法对PPRV、RVFV、SBV有特异荧光信号,检测敏感度可达10~(1.33)～10~(2.13) copies/μL DNA;而对临床症状相似羊痘、羊口疮、口蹄疫、阿卡斑、蓝舌病及鹿流行性出血热等病毒未有荧光信号。应用PPRV、RVFV、SBV三重实时荧光定量RT-PCR方法检测925份临床样本,检出一例PPRV阳性样本,经常规RT-PCR扩增及序列测定Blast确定为PPRV谱系IV型毒株。研究所建立的PPRV、RVFV、SBV三重普通RT-PCR方法和三重实时荧光定量RT-PCR方法可同步特异性检测3种病原,并初步应用于临床样本的检测。     

苏丹型埃博拉病毒焦磷酸测序方法的建立

[目的] 本研究旨在通过对埃博拉病毒进行序列信息分析的基础上,利用焦磷酸测序技术对苏丹型埃博拉病毒进行快速检测和鉴定。[方法] 通过序列信息比对,设计苏丹型埃博拉病毒基因保守区段的扩增引物及测序引物。通过人工方法合成一段基因序列,PCR扩增目的基因片段,经体外转录制备cRNA,RT-PCR扩增目的基因片段,采用焦磷酸测序技术针对目的基因进行保守核苷酸区段的测序分析。[结果] 通过序列信息比对寻找到苏丹型埃博拉病毒基因型的核苷酸保守区段,经焦磷酸测序后能进一步确证毒株的序列信息为苏丹型埃博拉病毒。经过与华大基因公司进行Sanger法测序比较,结果完全一致。[结论] 基于序列分析的焦磷酸测序技术可以作为进一步确证方法使用。     

德国牛精液输华携带施马伦贝格病毒入境风险评估

为明确德国输入中国牛精液产品携带施马伦贝格病毒(Schmallenberg virus,SBV)的风险状况,基于世界动物卫生组织(OIE)风险评估的框架,结合贝叶斯统计推断的方法,开展德国输入中国牛精液产品携带施马伦贝格病毒的输入风险评估。释放评估显示,德国畜群存在施马伦贝格病毒病的释放风险,SBV的发生率分布在1.227e-006到2.297e-006之间(95%Confidence interval,CI),牛精液供体动物SBV阳性率分布在7.8e-008到5.2e-007之间(95%Bayesian credible interval,BCI)。精液输华携带SBV入境评估模拟显示,出口中国的一批次精液中可能的假阴性概率分布在5.4191e-007到0.0006之间(95%BCI),其意义为输入10 000批次的精液,假阴性检出的批次在97.5%概率内分布在6个批次以内,大于6个批次的假阴性概率小于2.5%,检出一个批次假阴性的概率大于73.77%。暴露评估显示,基于德国存在SBV释放风险,该国精液输入会对我国养殖畜群产生暴露风险。损失模拟显示,SBV一旦输入,保守估计损失超过100亿元人民币的可能性大于95%,超过320亿元人民币的概率小于10.71%,84.27%的置信度内(BCI)损失会在100亿元~320亿元之间。     

病毒性出血性败血症病毒焦磷酸测序检测技术的建立

为建立病毒性出血性败血症病毒(VHSV)焦磷酸测序检测技术,本研究通过对VHSV靶基因特异性序列的同源性分析,设计出适合焦磷酸测序特异性扩增和测序的引物,对焦磷酸测序反应体系和反应程序进行优化,建立了VHSV焦磷酸测序检测方法。结果表明,该方法仅对目的病毒基因扩增,而对其它病毒检测为阴性,表明该方法特异性好;该方法最低检出核酸量为82拷贝/μL,灵敏度高。选取国内采集与进口的鱼类样本共计1924批次进行VHSV检测,结果显示,焦磷酸测序检测方法检测结果与常规RT-PCR一致,该方法的特异性和灵敏度可以满足水生动物疫病检测的需要。     

绿脓杆菌焦磷酸测序检测方法的建立

本试验旨在利用绿脓杆菌的序列信息分析和焦磷酸测序技术,建立一种快速、简单检测绿脓杆菌的方法。从培养的绿脓杆菌中提取DNA,PCR扩增目的基因片段,采用焦磷酸测序技术(pyrosequencing technology,PSQ)针对保守核苷酸区段的测序分析。通过焦磷酸测序后获得的序列信息与已知的目的基因的序列比对,能进一步确证毒株的序列信息为绿脓杆菌。利用焦磷酸测序能快速获取核酸的序列信息,可为毒株及早确证奠定基础。     

焦磷酸测序技术在确证猪甲型H1N1流感病毒中的应用

目的本研究旨在通过对猪甲型H1N1流感病毒进行序列信息分析的基础上,利用焦磷酸测序技术建立一种快速、简单地确证猪甲型H1N1流感病毒的方法。方法通过序列信息比对,设计H1HA和N1NA基因保守区段的扩增引物及测序引物。从感染猪甲型H1N1病毒的鸡胚尿囊液中提取病毒RNA,RT-PCR扩增目的基因片段,采用焦磷酸测序技术(PSQ)针对HA基因和NA基因进行保守核苷酸区段的测序分析。利用扩增引物与其他猪源病毒进行特异性试验,利用测序引物进行重复性试验。将该方法与病毒分离和荧光定量RT-PCR方法做临床样品的平行检测,并比较结果。结果通过序列信息比对寻找到表征H1N1亚型的核苷酸保守区段,经焦磷酸测序后能进一步确证毒株的序列信息为猪甲型H1N1流感病毒。特异性试验表明,不与其他猪源病毒发生交叉反应;重复性试验表明,重现性为100%。对221份临床样品检测表明,病毒分离鉴定与焦磷酸测序方法结果符合率为96.8%,与TaqMan荧光定量方法检测结果符合率90.3%。经统计学分析,焦磷酸测序确证与病毒分离鉴定在检测临床样品上,两者差异不显著。结论基于序列分析的焦磷酸测序技术可以作为进一步确证方法使用。     

新发反刍动物传染病——施马伦贝格病研究进展

2011年11月在德国西部城镇施马伦贝格镇牛场中发现一种未知的,主要感染绵羊、山羊、牛等反刍动物的新型病毒性动物传染疾病。感染动物出现高烧达40℃、精神不振、产奶严重下降、多功能衰竭、腹泻、厌食、怀孕母畜流产、死胎或畸形等临床症状。德国研究人员利用分离的病毒进行鉴定证实该病毒为一种新型布尼亚病毒,被命名为施马伦贝格病毒（Schmallenberg virus,SBV）。     

BVDV一步法双重荧光RT-PCR检测方法的建立及应用

为实现对牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)的快速检测和分型,本试验根据GenBank已发表的BVDV1和BVDV2 5′UTR基因特异性保守区域设计特异性引物和探针,以体外转录病毒RNA作为模板,建立了BVDV1和BVDV2一步法双重荧光RT-PCR方法。结果显示,双重荧光RT-PCR对BVDV1和BVDV2的检测下限均为102拷贝;具有较强的特异性,对口蹄疫病毒、猪瘟病毒、Hobi样病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、施马伦贝格病毒等病毒核酸的扩增均为阴性;BVDV1和BVDV2的扩增均在102~107拷贝内呈现良好的线性关系,标准曲线的相关系数(R2)分别为0.999和0.998;方法重复性好,BVDV1和BVDV2的变异系数(CV值)分别在0.68%~1.87%和1.25%~1.90%。本试验对665份样品进行检测,共检出BVDV阳性样品45份,其中BVDV1阳性样品39份,BVDV2阳性样品5份,BVDV1和BVDV2均阳性样品1份。结果表明,本试验建立的BVDV一步法双重荧光RTPCR方法敏感性高、特异性强、重复性好,可广泛应用于BVDV的快速检测、分型和流行病学调查。     

多重PCR快速检测猪伪狂犬病病毒、猪圆环病毒2型方法的建立

根据GenBank上猪伪狂犬病病毒（PRV）、猪圆环病毒2型（PCV2）的已知序列,利用Primer Premier 5.0及DNAstar软件对上述病毒基因保守区进行引物设计,选出扩增序列为PRV gB基因373 bp、PCV2 ORF2基因430 bp两对引物。在优化单项PCR反应条件基础上,建立了PRV-PCV2两重PCR检测方法。敏感性及特异性试验结果显示,该mPCR对2种病毒的核酸检测可至1.47×10-6~1.62×10-6 ng,而对灭菌双蒸水、猪细小病毒（PPV）猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒（PRRSV）、猪瘟病毒（CSFV）多重PCR的扩增结果均为阴性,作为临床上猪伪狂犬病和猪圆环病毒2型感染的病原学快速诊断方法具有可行性。