应用生物素标记的NDV—cDNA探针检测感染尿囊液中DNV—RNA的初…

本文应用聚合酶链反应（ＰＣＲ）技术从构建的新城疫病毒（ＤＮＶ）ｃＤＮＡ文库中扩增含编码Ｆ糖蛋白前体－Ｆｏ酶切位点序列的３５９ｂｐ的Ｆ蛋白基因ｃＤＮＡ片段。将此３５９ｂｐ ｃＤＮＡ片段经光敏生物素标记后，即成ＤＮＶ－ｃＤＮＡ探针。该探针能特异性地从感染的尿囊液中检测出ＤＮＶ强毒株和疫苗毒株的基因组ＲＮＡ，而不与ＩＢＤＶ－ｄｓＲＮＡ，ＡＩＢＶ－ｓｓＲＮＡ，ＥＤＳ７６－ｄｓＤＮＡ、ＭＤＶ０ｄｓＤＮＡ、Ｆ     

新城疫病毒弱毒株分子生物学特性的研究

于１９９６年从长春地区一养鸡场分离到一株新城疫病毒（ＮＤＶ长春株）,经过病毒生物学特性的研究表明该ＮＤＶ毒株为弱毒株。将ＮＤＶ长春株纯化培养后,提取病毒ＲＮＡ,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增Ｆ基因,并测定出Ｆ基因的全部核苷酸序列为１７５８ｂｐ,编码有５５３个氨基酸残基。与国内外发表的部分ＮＤＶ病毒的强毒株和弱毒株的相同序列进行比较,其核苷酸同源性在８８．２％￣９６．７％之间,氨基酸同源性在９０．１％￣９８．１％之间,并与所有弱毒株Ｆ蛋白裂解位点区（１１２￣１１７）氨基酸序列Ｇｌｙ－Ａｒｇ／Ｌｙｓ－Ｇｌｎ－Ｇｌｙ／Ｓｅｒ－Ａｒｇ－Ｌｅｕ相同,从基因和分子水平上进一步证明ＮＤＶ长春株为ＮＤＶ弱毒株。     

鸡新城疫病毒强弱毒株RT_PCR鉴别诊断方法

本研究通过对大量不同毒力ＮＤＶ Ｆ基因核苷酸序列分析,根据毒力和序列间的相关规律,分别设计合成了两组引物,建立一个可以迅速鉴别ＮＤＶ强、弱毒株的ＲＴ－ＰＣＲ方法,对强毒株可扩增出１３３ｂｐ的特异性片段的３６２ｂｐ的通用片段,弱毒株可以扩增出２５２ｂｐ的特异性片段的３６２ｂｐ的通用片段。只需一个ＲＴ－ＰＣＲ反应,整个实验过程可在５小时内完成。敏感性测定结果表明该方法的最低检出量不低于５００ｐｇ的ＤＮＶ ＲＮＡ。为了增加方法的实用性,我们进一步建立了直接从组织病料中检测并鉴别强弱毒株的方法。     

新城疫病毒融合蛋白裂解位点基因光敏生物素探针的制备及初步应用

将重组质粒ｐＵＣＬａＦｃ和ｐＵＣＦ４６Ｆｃ用ＥｃｏＲＩ和ＳａｌⅠ酶切,回收新城疫病毒融合蛋白裂解位点（Ｆｃ）基因,将此Ｆｃ片段用光敏生物素标记,制备出Ｆｃ探针。该探针能够与新城疫病毒（ＮＤＶ）的强毒株Ｆ４６Ｅ９、中毒株Ｍ株和弱毒株ＬａＳｏｔａＥ４株杂交,而不与对照的传染性支气管炎病毒（ＩＢＶ）、减蛋综合征（ＥＤＳ－７６）病毒杂交,说明探针是特异的。用ｐＵＣＬａＦｃ的Ｆｃ探针检测了各５份ＮＤＶ强中弱毒株的尿囊液,均为阳性。但强毒株和弱毒株的Ｆｃ探针都能与所用的强、中、弱毒株杂交,说明该Ｆｃ探针尚不能区分强、弱毒株。     

新城疫病毒F48E8株cDNA文库的构建

以新城疫病毒（ＮＤＶ）中国标准强毒株为材料，分别用基因组ＲＮＡ及ｐｏｌｙ（Ａ）＋ｍＲＮＡ为模板反转录合成ｃＤＮＡ。将ｃＤＮＡ通过同聚物加尾ｐｏｌｙ（ｄＣ）后克隆于末端加有ｐｏｌｙ（ｄＧ）的线性化质粒ｐＧＥＭ－３Ｚｆ（－）上，转化大肠杆菌ＴＧ１，经ＩＰＴＧ和Ｘ－ｇａｌ筛选及电泳检查，其中有５６个克隆含有大小在０．２～２．７ｋｂ范围的外源片段。斑点杂交鉴定有５２个是ＮＤＶｃＤＮＡ克隆，平均长度为１．３１ｋｂ，从而构建了ＮＤＶｃＤＮＡ文库。文库的统计学质量检验表明，拥有５２个克隆的Ｆ４８Ｅ８株ｃＤＮＡ文库可能覆盖ＮＤＶ整个基因组     

新城疫病毒融合蛋白裂解位点基因的分离克隆及在原核细胞中的…

用ＳＰＦ鸡胚繁殖新城疫病毒（ＮＤＶ）Ｆ４６Ｅ９株（强毒）、ＬａＳｏｔａＥ４株（弱毒）、对病毒进行纯一提ＲＮＡ。用１对均为２７个碱基的引物进行ＲＴ－ＰＣＲ，扩增出了２个毒株的融合蛋白裂解位点（Ｆｃ）基因。将Ｆｃ基因定向克隆人ｐＵＣＬａＦｃ，用ＥｃｏＲＩ／Ｓａｌ Ｉ双酶切法、ＰｓｔＩ单酶切法、ＰＣＲ法和核酸探针法对其进行了鉴定。将鉴定好的ＬａＳｏｔａＥ４Ｆｃ基因定向导入表达载体质粒ｐＢＶ２２１，ａｑｔ     

DIG－标记鸡传染性法氏囊病病毒cDNA探针的制备

用ＩＢＤＶ特异引物对ＩＢＤＶＲＮＡ进行逆转录和ＰＣＲ扩增。以低触点琼脂糖凝胶电泳法回收ＰＣＲ扩增带，经酚－氯仿纯化后，用ＤＩＧ际记制备ＩＢＤＶＣＤＮＡ核酸探针．斑点杂交试验证明，该探针能与ＩＢＤＶ不同毒株（ＳＴＣ、Ｌｕｋｅｒｔ、Ｂ＿２和ＬＱ）发生阳性杂交反应，敏感度为１ｐｇ．本实验制备的ＩＢＤＶｃＤＮＡ核酸探针不仅为ＩＢＤＶ的流行病学研究和分子生物学鉴定提供了敏感可靠的手段，而且也是核酸探针制备方法的一次探索。     

NDV小片段多肽F14a的融合表达和应用研究

将对应ＮＤＶ强毒株Ｆ基因裂解位点附近编码１４个多肽的双链寡核苷酸片段克隆到融合表达载体ｐＧＥＭＥＸ－１,构建重组质粒ＤＧＥＭＦ１４ａ并转化大肠杆菌ＤＥ３。将ＧＥＭＦ１４ａ／ＤＥ３的融合表达产物免疫兔,制备抗多肽抗体。该抗体与ＤＮＶ强毒株Ｆ４８Ｅ９呈ＥＬＩＳＡ强阳性反应,Ｐ／Ｎ〉３．５￣７．０,百与弱毒ＮＤＶ的Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ系呈阴性反应,Ｐ／Ｎ〈２．０,证明制备的Ｆ１４ａ抗多肽抗体是特异的,中用于强     

鸡痘病毒282F4弱毒株基因组BamHI片段的克隆与分析

采用鸟枪法克隆鸡痘病毒基因组ＢａｍＨＩ部分片段，用Ｄｉｇｏｘｉｇｅｎｉｎ－ｄＵＴＰ标记的ＦＰＶ２８２Ｆ４弱毒株ＢａｍＨＩ片段探针点杂交，证实２２个克隆插入了ＦＰＶ２８２Ｅ４弱株ＤＮＡ的ＢａｍＨＩ片段，选取具代表性的大小不同的６个质粒ｐＵＡ、ＰｕＢ、ｐＵＣ、ｐＵＤ、ｐＵＥ、ｐＵＦ。     

我国部分地区NDV的分子流行病学研究

新城疫（Ｎｅｗｃａｓｔｌｅ ｄｉｓｅａｓｅ,ＮＤ）是由新城疫病毒（ＮＤＶ）引起的禽类的一种以呼吸道、消化道粘膜出血为典型症状的急性传染病,其病原——ＮＤＶ是副粘病毒科、副粘病毒亚科、腮腺炎病毒属的成员,为有囊膜的负链ＲＮＡ病毒。ＮＤＶ基因组为单股不分节ＲＮＡ,编码六种病毒结构蛋白,其中融合蛋白（Ｆ）和血凝素－神经氨酸酶蛋白（ＨＮ）构成囊膜外表面的纤突,是ＮＤＶ的功能性糖蛋白,在致病和免疫应答过程中起重要作用［１］。由于ＮＤＶ只有一种血清型,对ＮＤＶ不同毒株的差异性分析只能采用毒力、蚀斑形成能力测定等功能性试验来进行,但分型要么太细,无规律可循;要么过于粗放,无流行病学意义,使得ＮＤＶ流行病学研究一直难以突破。 近年来,随着分子生物学技术的广泛应用,使得人们在分子水平上对病毒遗传变异机制的研究取得了长足进展,发现病毒的遗传变异与疾病的流行有着密不可分的联系,并形成了病毒分子流行病学这样一门崭新学科,也为ＮＤ的流行病学研究提供了一种先进技术。已有研究表明,ＮＤＶＦ基因的遗传变异与ＮＤＶ的变异和流行密切相关,是ＮＤＶ分子流行病学研究的首选基因。 本研究根据新城疫病毒（ＮＤＶ）Ｆ基因编码区１－３７４位核苷酸序列计算其遗     

鸡传染性喉气管炎病毒PCR诊断方法的建立与应用

根据GenBank登录的传染性喉气管炎病毒(ILTV)的TK基因序列设计并合成1对特异性引物,以ILTV疫苗株DNA为模板,建立了检测ILTV TK基因的PCR方法。应用该方法能从临床分离毒株和疫苗株中扩增到长为427 bp的目的片段;但不能从新城疫病毒(NDV)、传染性法氏囊病毒(IBDV)、禽呼肠孤病毒(ARV)、减蛋综合征病毒(EDSV)、H9亚型禽流感病毒(H9-AIV)、传染性支气管炎病毒(IBV)、大肠杆菌以及金黄色葡萄球菌等病原中扩增出阳性条带;敏感性试验表明其DNA最小检出量为4.9 ng;应用该方法和病毒分离法对2份临床病例和人工感染鸡的检测,两者符合率为100%。上述结果表明该PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可用于传染性喉气管炎病毒鉴定和临床诊断。     

Prokaryotic Expression and Bioinformatics Analysis of VP2 Gene of Infectious Bursal Disease Virus C4 Strain

This study was aimed to investigate the relationship between the virulence characteristics of infectious bursal disease virus(IBDV) C4 strain and its VP2 amino acid sequence. The RNA of IBDV C4 strain was extracted,and its VP2 gene was amplified by RT-PCR.VP2 nucleotide sequences and deduced amino acids of different virulent IBDV strains were compared. At the same time, prokaryotic expression vector pET-32a(+) was used to express the VP2 gene. The expression of recombinant VP2 protein was detected by SDS-PAGE and Western blotting. The results showed that the VP2 gene of IBDV C4 strain belonged to the very virulent infectious bursal disease virus (vvIBDV) in evolutionary relationship, the VP2 nucleotides homology between IBDV C4 strain and other vvIBDV strains were 98.1% to 98.7%, and there were no mutations in S-W-S-A-S-G-S (326-332 amino acids) and 222(A), 256(I), 294(I) and 299(S). The VP2 amino acid sequence of IBDV C4 strain was consistent with the characteristics of other vvIBDV strains. However, there were three differences amino acids sites at 201(D/G), 281(G/R) and 313(V/A) between the amino acids of the C4 strain and the very virulent strain UK661. And the change of 281(R) was in the small hydrophilic region of 279 to 290, which was related to the antigenicity of the virus; The recombinant VP2 protein molecular weight expressed in Escherichia coli BL21 was about 67 ku. This study provided a basis for further research on antigenic changes resulting from amino acid variation of 201(G), 281 (R) and 313(A). These results indicated that the VP2 gene of the IBDV C4 strain was consistent with the major characteristics of the vvIBDV strain VP2 gene. The difference of three amino acid sites in the vvIBDV strain C4 might be related to the evolution of virulence of IBDV strain in China.     

传染性法氏囊病病毒C4毒株VP2基因的原核表达及生物信息学分析

试验旨在研究一株传染性法氏囊病病毒（IBDV）河南分离株的毒力特征及其与VP2氨基酸序列特征的关系。通过提取IBDV C4株RNA,利用RT-PCR扩增其VP2基因,与其他不同毒力IBDV毒株进行核苷酸及推导的氨基酸序列比对分析,同时使用pET-32a（+）原核表达载体表达VP2基因,用SDS-PAGE和Western blotting检测重组VP2蛋白的表达。结果显示,扩增的IBDV C4株的VP2基因序列在进化关系上属于超强毒力IBDV（vvIBDV）分类,与选取的vvIBDV毒株代表毒株核苷酸序列同源性在98.1%~98.7%之间,其七肽区为S-W-S-A-S-G-S（第326-332位氨基酸）符合超强毒株特征,且222（A）、256（I）、294（I）和299（S）位氨基酸与超强毒力毒株的4个特征性氨基酸一致;但IBDV C4毒株的VP2蛋白氨基酸序列与超强毒力毒株代表毒株UK661相比,201（D/G）、281（G/R）、313（V/A）位氨基酸不同,其中281位氨基酸的改变处于279-290的小亲水区内,与病毒抗原性有关;构建的pET-32a（+）-VP2原核表达载体在大肠杆菌BL21感受态细胞上表达出分子质量约67 ku的重组VP2蛋白,为进一步比较201（G）、281（R）、313（A）位氨基酸差异导致的抗原特性改变提供了研究基础。本试验结果表明,IBDV C4株VP2基因与vvIBDV毒株VP2基因的主要特性一致,但也有3处氨基酸与代表毒株UK661存在差异,这些改变可能与中国IBDV毒株毒力的进化有关。     

Differentiation of infectious bursal disease viruses by restriction enzyme analysis of RT-PCR amplified VP1 gene sequence

In order to differentiate infectious bursal disease virus (IBDV) isolates/strains, a quick method of RT-PCR followed by restriction enzyme analysis of VP1 gene sequence is being reported for the first time. A 480 bp fragment, comprising one of the RNA dependent RNA polymerase motifs of VP1 gene sequence of an Indian classical virus, an attenuated vaccine strain, Georgia and two Indian field isolates, genetically similar to reported very virulent strains of IBDV, was amplified by RT-PCR. Restriction enzyme digestion of PCR products with Taq1 enzyme generated distinct profile for field isolates, different from the classical and attenuated viruses, whereas restriction profile with BstNI restriction enzyme was similar in all the viruses, irrespective of the pathotype. Therefore, the present results suggest that Taq1 digestion can be taken up for the differentiation of field isolates from the classical and vaccine strains. The sequence analysis of VPI gene of reported very virulent IBD viruses from Europe and Japan, using 'MapDraw' programme of Lasergene software, revealed similar restriction enzyme profile as in Indian field isolates.     

5株禽新城疫病毒新疆分离株F基因序列测定与遗传进化分析

从新疆乌鲁木齐市郊区养禽场发病禽群中分离到4株鸡源新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）和1株鸽源 NDV。经血凝HA试验鉴定,NDV分离株均具有血凝性,5个毒株的血凝特性均可被NDV阳性血清所抑制,而不能被禽流感病毒(H5亚型与H9亚型)阳性血清抑制。本试验通过RT-PCR扩增了5株NDV全长F基因并进行了序列测定。序列分析表明,5 株 NDV 的核苷酸序列分别为1662、1589、1676、1589和1662 bp,均含有1个开放阅读框,分別编码 553、528、553、520 和 553个氨基酸;根据基因裂解位点的氨基酸序列分析表明,鸡源XJ/10/08株属于强毒株, XJ/3/07株、XJ/7/07株、XJ/9/08株和XJ/11/08株属于弱毒株;同源性分析表明,5 个 NDV新疆分离株与 La Sota 疫苗株的核苷酸同源性在 83.7%～99.8% 之间,与 TaiWan95 株核苷酸同源性在 84.7%～93.3% 之间;遗传发育进化树分析表明, 分离到的4个弱毒株与LaSota、Clone30、B1、BEA-45在同一亚群,属基因Ⅱ型,强毒分离株与TaiWan95、广东株(GD-1-98)、江苏株(JS-5-1)在同一进化分支内,属基因Ⅶ型。     

禽四种病毒多重PCR诊断技术的建立和应用

根据禽呼肠孤病毒（ARV）、禽流感病毒（AIV）、新城疫病毒（NDV）和鸡传染性支气管炎病毒（IBV）的基因保守区设计了4对特异性引物,建立了针对四种病毒的多重PCR检测体系,并对该体系进行了条件优化及特异性、敏感性试验。该体系扩增的四种病毒基因片断大小分别为199bp（ARV）、264bp（AIV）、362bp（NDV）和459bp（IBV）,且特异性、敏感性良好,能够检出1pgAIV和10PgARV、NDV、IBV的RNA。临床应用结果证明,该体系具有很高的实用价值和应用前景。     

J亚群禽白血病病毒套式PCR检测方法的建立

本试验根据GenBank中登录的禽白血病病毒(ALV)基因组序列,设计合成了2对引物,外部引物的扩增片段大小为478 bp,内部引物的扩增片段大小为314 bp,建立了适合ALV快速检测的套式PCR方法(nested-PCR)。采用该方法对ALV毒株进行了检测,试验结果表明,能扩增到314 bp的条带,禽流感病毒(H9亚型)、新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒、减蛋综合征病毒、禽网状内皮增生病病毒、禽呼肠孤病毒、马立克氏病病毒的扩增结果均为阴性。该方法第1次扩增的敏感性是100 pg,第2次扩增的敏感性是1 fg,第2次比第1次扩增的敏感性高10⁵倍。所建立的套式PCR方法具有敏感性高、重复性好、特异性强等优点,可用于禽白血病病毒(ALV)的临床诊断和分子流行病学调查等。     

新城疫病毒(长春株)F蛋白基因的克隆和序列分析

新城疫病毒（ＮＤＶ）长春株在鸡胚增殖后纯化,提取ＲＮＡ,然后利用特异性引物,经ＲＴ－ＰＣＲ一次性扩增出了ＮＤＶ长春株的全长Ｆ基因。将该Ｆ基因插入ｐＫＳ（－）后,进行了序列测定。序列分析表明,该Ｆ基因核苷酸长度为１７５８ｂｐ,编码５５３个氨基酸,序列中有６个糖基化位点,１３个半胱氨酸残基,裂解位点区（１１２～１１７）氨基酸序列为Ｇｌｙ－Ａｒｇ－Ｇｌｎ－Ｇｌｙ－Ａｒｇ－Ｌｅｕ,与所有弱毒株在这一区域的序列（Ｇｌｙ－Ａｒｇ／Ｌｙｓ－Ｇｌｎ－Ｇｌｙ／Ｓｅｒ－Ａｒｇ－Ｌｅｕ）相符,证明长春株为弱毒株。同源性分析表明,长春株Ｆ基因与目前国外发表的其他ＮＤＶＦ基因相比,核苷酸序列同源性在８８％～９９％之间,推导的氨基酸序列同源性在９０％～９８％之间     

光生物素标记的口蹄疫病毒cDNA探针的制备及其对口蹄疫病毒RNA检测的试验研究

本文首次报道了利用pF1034质粒制备FMDV O型特异性探针,并通过PCR反应扩增FMDO_1K株病毒基因组的第2962位与3071位之间共110bp序列,制备了能检测O型、A型和亚洲I型FMDV RNA的群(组)特异性探针。用硝酸纤维素膜斑点杂交试验表明,二者均能检测出10pg水平的O_9K毒株的纯RNA;但前者只与O型FMDV RNA杂交,与A型及亚洲I型FMDV RNA无交叉杂交现象;而后者则能与O型、A型和亚洲I型的FMDV RNA发生杂交反应。对照试验显示:此两种探针与SVDV ssRNA、BTV dsRNA、EHDV dsRNA、DHV ssRNA、PRV DNA、乳鼠组织细胞RNA、BHK_(21)克隆13细胞RNA及DNA等均不出现交叉杂交现象,但与IBR DNA有假阳性杂交反应。     

鸭Ⅰ型禽副粘病毒YH99V株HN基因的克隆和序列分析

在浙江地区进行鸭病病因的调查过程中，从患病鸭群中分离到一株引起鸭产蛋锐减而不死亡的病毒，经鉴定该病毒属于禽副粘病毒Ⅰ型，命名为YH99V株。以YH99V株的基因组RNA为模板，通过RT—PCR一步法扩增出其HN基因的cDNA片段，然后将其克隆至pMD18-T载体中，对其进行序列测定。测序后拼接出HN基因的序列长度为1785bp，该基因的ORF总长为1734bp，编码577个氨基酸。将YH99V株HN基因序列和推导的氨基酸序列与新城疫毒株的HN基因相应序列比较后发现，它们的核苷酸序列同源性分别在82．1％～99．7％，氨基酸序列同源性为87．2％～99．5％。在同源性比较的基础上，进一步绘制了Ⅰ型禽副粘病毒株HN基因的系统发育树。这对于Ⅰ型禽副粘病毒毒力基因的功能分析和该病的分子流行病调查有着重要的意义。