肠致病性大肠杆菌DPO-PCR快速检测方法的建立

为建立肠致病性大肠杆菌(EPEC)的快速检测方法,本研究以EPEC bfp A基因为靶基因设计了一对双启动寡核苷酸引物(DPO),建立了EPEC的DPO-PCR快速检测方法。结果显示,退火温度在45℃~65℃范围内均能够高效地扩增出目的基因,表明DPO引物对退火温度不敏感。该方法对其他菌株的扩增结果均为阴性,特异性强;其灵敏度为97 cfu/m L。利用该方法和国标法分别对采集的230份临床样品进行检测,均共计检出5份EPEC阳性样品,两者符合率为100%。本研究建立的DPO-PCR方法设计简单、特异性强、灵敏度高,具有良好的实用性,为快速准确检测EPEC提供新的检测手段。     

基于DPO引物检测猪传染性胃肠炎病毒real-time RT-PCR方法的建立及应用

为建立快速、特异性检测猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的方法,以TGEV的N基因为靶基因,利用双启动寡核苷酸引物(dual priming oligonucleotide,DPO),建立了检测TGEV的real-time RT-PCR方法。结果显示,与常规引物相比,DPO引物的特异性强,有3个以上碱基与模板发生错配,将导致扩增效率极大降低或终止扩增反应,同时DPO引物有效退火温度范围较宽,在40～65℃均能高效地扩增靶基因,不需要对退火温度进行优化。本研究建立的方法灵敏度高,对TGEV核酸的最低检测限可达1.52×10~1 copies/μL,同时利用该方法对10种病毒株进行检测,仅TGEV为阳性,显示了良好的检测特异性。该方法的检测重复性好,以质粒标准品为模板的组内、组间重复性检测结果的变异系数均小于1.00%。利用建立的方法对采集的213份仔猪腹泻临床样品进行检测,共检出TGEV阳性样本31份,阳性率为14.55%,与常规RT-PCR方法检测结果的符合率为93.55%,与基于N基因测序结果的符合率为100.00%。本研究基于DPO引物建立的检测TGEV的real-time RT-PCR方法,为TGEV的准确检测和流行病学调查提供技术支持。     

基于PEDV ORF3基因的强弱毒株鉴别方法的建立及初步应用

为了建立一种快速鉴别PEDV强毒株和弱毒株的RT-PCR方法,针对PEDV ORF3基因设计一对引物,优化其反应体系和退火温度,并测试其特异性和敏感性。结果显示,在退火温度55.2℃,上、下游引物各0.5μL时PCR扩增效果最理想。特异性试验结果显示本方法对9种常见猪病病原的核酸模板均不产生扩增条带;敏感性试验显示该方法的检测下限为T-ORF3_IS 272拷贝/μL和T-ORF3_VC 14.4拷贝/μL。将本试验建立的RT-PCR法与已建立的双重RT-PCR方法进行比较,结果显示两种方法符合率为99.2%,且本法的实际检出率更高。对120份临床样本检测结果显示,PEDV强弱毒株的阳性率分别为87.18%和84.21%,其中9份样本中同时检出2种PEDV毒株,但并未对检测方法的准确性造成影响。建立了一种基于ORF3基因的RT-PCR检测法,该方法特异性强、灵敏度高,可准确区分PEDV野毒株和弱毒株。     

基于DPO引物检测猪流行性腹泻病毒荧光定量RT-PCR方法的建立及初步应用

为建立快速、准确检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的方法,本研究以PEDV的N基因为靶基因,基于双启动寡核苷酸引物(DPO),经过条件优化,建立了检测PEDV的荧光定量RT-PCR方法。结果显示,DPO引物的有效退火温度范围较宽(45℃~65℃);在测试的10种病毒中仅PEDV为阳性扩增结果,其余病毒为阴性结果,特异性较强;对PEDV质粒标准品的检测限可达1.64×10^1拷贝/μL,敏感性较高;组内、组间重复性结果的变异系数均小于1%,重复性较好。利用该方法对采集的272份临床仔猪腹泻样品(粪便、小肠组织)进行检测,结果显示,共检出PEDV阳性样品39份,阳性率为14.34%,与常规RT-PCR方法检测结果的阳性符合率为92.31%;本研究建立方法检测的阳性样品经PEDV N基因测序鉴定,确实均为PEDV阳性样品。本研究建立的基于DPO引物检测PEDV的荧光定量RT-PCR方法为PEDV的准确检测和流行病学调查提供技术支持。     

基于gB基因的IBRV微滴式数字PCR检测方法的建立及初步应用

为实现牛传染性鼻气管炎病毒(infectious bovine rhinotracheitis virus, IBRV)精准的定量检测，以IBRV gB基因为靶基因，建立IBRV微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量检测方法，进行了ddPCR退火温度、引物和探针浓度的优化、特异性和灵敏性试验。结果显示，建立的ddPCR方法最佳退火温度为56.5℃;反应体系中最佳引物、探针浓度分别为900和250 nmol/L;能够实现IBRV的特异性检测，与其他常见的牛呼吸系统疫病病原无交叉反应；以重组质粒pMD19-T-gB为模板，ddPCR方法的检出限为1.8 copies/μL,是实时荧光PCR方法敏感性的10倍。对119份具有呼吸道症状的牛鼻拭子样本分别进行ddPCR方法和实时荧光PCR方法进行检测，结果显示，ddPCR方法和实时荧光PCR方法的检出率分别为(15.13%,18/119)和(12.60%,15/119)。本研究建立的ddPCR方法特异性强、灵敏度高，可作为牛呼吸道临床样品中IBRV精准定量检测的有效手段。     

水貂阿留申病毒纳米PCR检测方法的建立与初步应用

为建立便捷、灵敏的水貂阿留申病病毒(AMDV)纳米PCR检测方法,根据AMDV NS1基因的保守序列设计一对特异性引物,对纳米PCR反应的退火温度、胶体金浓度进行了优化;测序检测扩增基因是否发生变异;对特异性和灵敏度进行了评估。结果表明,此纳米PCR的最佳退火温度为51℃,普通PCR为55℃;加入胶体金最佳浓度在0.2~0.8nmol·L-1,纳米PCR与普通PCR产物测序相似性大于99%。特异性检测表明该纳米PCR方法只扩增AMDV而不能扩增犬瘟热病毒和水貂肠炎细小病毒。在粪尿样品检测中该纳米PCR敏感性比普通PCR高10倍。检测40份临床样品,结果表明该方法比对流免疫电泳检测敏感性提高,从而为用粪、尿等低病毒样品检测水貂阿留申病提供了一种新的有效方法。     

牛新孢子虫二温式PCR检测方法的建立与应用

根据已发表的犬新孢子虫种属特异性基因片段Nc-5基因序列设计合成一对特异性引物,采用均匀设计方法对引物浓度、Mg2+浓度、dNTP、Taq酶和退火温度进行了优化,建立了检测牛新孢子虫的二温式PCR方法.该方法对牛新孢子虫DNA的检测灵敏度为23.5 fg/反应.应用该方法对50份全血和8份流产胎儿样本进行了检测,有3份...     

猪支原体不同靶基因PCR检测方法的比较

为筛选出检测猪支原体更为特异、敏感的PCR检测方法,本试验分别以16S rRNA、50S rRNA和膜蛋白OxaA为靶基因进行PCR检测,并从其敏感性、特异性和临床样本检出率等方面进行了比较。结果显示,以膜蛋白OxaA和16S rRNA为靶基因的PCR方法敏感性最高,最小检测DNA量为1.86 fg/μL,而以50S rRNA为靶基因的PCR方法最小检测DNA量为18.6 fg/μL;3种靶基因引物均扩增不出大肠杆菌、猪链球菌、猪肺炎支原体、牛附红细胞体等基因片段,具有较好的特异性;通过对临床60份血液样本的检测结果表明,以膜蛋白OxaA基因设计的引物检出率最高,为25%(15/60),明显高于16S rRNA基因的21.6%(13/60)和50S rRNA基因的18.3%(11/60)。本试验为猪支原体病的诊断及流行病学调查提供了更为敏感、特异的检测技术。     

鹿布鲁氏菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

本研究依据布鲁氏菌的特异性基因Omp25c的部分片段作为靶基因,设计探针引物,且优化了反应体系,筛选出引物、探针的最优浓度配比。将扩增产物连接到PGEM-T载体上,制备标准品及标准曲线,建立鹿布鲁氏菌荧光定量PCR检测方法,并对其特异性、稳定性、敏感性进行评价。由标准曲线可知该方法的最低检测浓度可达到36拷贝/μL,比常规PCR灵敏度高出很多。     

大肠杆菌Ⅱ型不耐热肠毒素快速检测方法的建立与应用

为了建立新型、快速的大肠杆菌Ⅱ型不耐热肠毒素(LT-Ⅱ)的检测方法,试验采用LT-Ⅱ家族的保守序列设计交叉引物等温扩增技术(cross priming amplification,CPA)和环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)的特异性引物,分别对这两种方法的反应温度、Bst聚合酶浓度和扩增时间进行优化,进一步对反应的特异性和敏感性进行研究,最后用这两种方法检测156份犊牛大肠杆菌临床腹泻样本,并以实时荧光定量PCR方法作为参照进行对比。结果表明:建立的LAMP和CPA方法对LT-Ⅱ基因具有很好的特异性,LAMP和CPA方法的最低检出限分别为6. 7×102cfu/m L和6. 7×101cfu/m L,CPA法具有更高的敏感性。对156份犊牛大肠杆菌临床腹泻样本的检出率为7. 7%(12/156),CPA、LAMP和实时荧光定量PCR三种检测方法的一致性为100%。说明建立的CPA方法不仅具有较高的特异性和敏感性,且不需要昂贵的仪器即能在短时间内完成靶基因的检测。     

应用DPO-PCR方法特异性检测志贺氏菌

In this study, a dual-priming oligonucleotide (DPO)-based PCR method for specific detection of Shigella was established using ipaH gene of Shigella as the target gene. The results showed that detection sensitivity of the DPO-PCR method was 1.65×10² CFU/mL. Compared with conventional PCR primers, the DPO primers were easily designed, which simplified the design procedure of PCR primers. DPO primers were not sensitive to annealing temperature, which could efficiently amplify the target gene in the annealing temperature range from 50 to 70 ℃. Moreover, due to the special structure of DPO primers, it had a higher specificity than conventional PCR primers, and none nonspecific amplifications were produced in reaction. In the practical application, tests on 133 samples including frozen/fresh meat, fruits and vegetables, fresh milk, eggs and cooked food by the DPO-PCR method showed that 15 samples were Shigella positive, which were in accordance with the testing results using GB method (GB/T 4789.5-2012), showing good practicality and reliability. The DPO-PCR method provided a new tool for fast and accurate detection of Shigella.     

霍乱弧菌及肠出血性大肠杆菌多重PCR检测方法的建立

针对霍乱弧菌肠毒素和肠出血性大肠杆菌志贺毒素基因（ctx、stx1和stx2）设计引物,扩增大小不同的特异性片段,优化反应条件,建立多重PCR方法,对人工污染的水样品进行模拟检测。结果显示,多重PCR扩增系统针对目的菌具有高度的特异性。敏感性试验证实,当多重PCR反应体系中模板含量在10CFU时仍能检出。模拟水样品多重PCR检测的敏感性试验证明,人工污染的河水直接集菌检测敏感性为100～1 000CFU/mL,增菌培养后多重PCR检测敏感性可达1CFU/mL。本试验于同一PCR体系检测霍乱弧菌和肠出血性大肠杆菌的毒素基因,可用于这2种致腹泻性病原菌的快速检测。     

环介导恒温扩增（LAMP）——检测沙门氏菌

建立一种能够快速准确地检测沙门氏菌的LAMP方法。根据沙门氏菌invA基因设计了引物,然后进行LAMP反应条件的优化、特异性试验,通过LAMP与PCR灵敏度的试验与实际样品进行检出率的比较。LAMP方法特异性好,最佳反应温度为63℃,只对沙门氏菌进行扩增;沙门氏菌的检测灵敏度为7～8cfu／mL。LAMP方法检测沙门氏菌特异性强、灵敏度高、时间短且操作简便,有望成为快速检测沙门氏菌的新方法。     

猪流行性腹泻病毒环介导等温扩增检测方法的建立及应用

试验旨在建立一种快速检测猪流行性腹泻病毒（PEDV）的环介导等温扩增方法（LAMP）,为诊断PEDV提供简便、敏感、准确可靠的工具。参考GenBank中PEDV基因序列（登录号：KT799997）,针对PEDVN基因设计了6条引物,对所建立的LAMP反应体系、反应温度进行优化,建立可特异性扩增PEDV的LAMP方法。结果显示,本试验成功建立了PEDV LAMP检测方法,在60℃恒温下反应60 min,能特异性地检测PEDV,检测限量为91拷贝/μL,比常规PCR方法的敏感性高100倍。对比75份临床样本的LAMP和常规RT-PCR法检测结果,显示两种方法符合率为97.3%。综上所述,本试验建立的LAMP方法具有特异性强、敏感性高,操作简单,设备要求低的特点,适用于PEDV临床样本的快速检测。     

Establishment and Application of Loop-mediated Isothermal Amplification for Rapid Detection of Porcine Epidemic Diarrhea Virus

This study was aimed to establish a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for detection of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), and provide a simple, sensitive, accurate and reliable tool for diagnosis of PEDV.The conservative PEDV N gene (GenBank accession number: KT799997) of PEDV was selected as a target to design six specific primers.The reaction system and temperature of LAMP were optimized, and the LAMP method for specific amplification of PEDV was established. Results showed that the PEDV LAMP detection method was established successfully, and it could detect PEDV specifically at 60℃ for 60 min,and the detection limit was 91 copies/μL, which was one hundred-fold higher than conventional RT-PCR method.75 clinical samples were detected by LAMP and PCR, respectively, the coincidence of LAMP and PCR was about 97.3%. All the data suggested that the LAMP assay had strong specificity, high sensitivity, simple operation, low equipment requirement, and was suitable for rapid detection of PEDV clinical samples.     

猪嗜血支原体PCR及荧光定量PCR检测方法的建立和比较

为了解猪嗜血支原体(Mycoplasma haemosuis)对猪群的感染情况并建立该病的检测方法,本研究根据GenBank登录的M.haemosuis 16S rRNA基因序列(FJ263944)设计合成PCR引物以及荧光定量PCR(FQ-PCR)引物和探针.以含16S rRNA基因的重组质粒为模板,通过对PCR反应...     

非洲猪瘟病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

本研究为了建立一套检测非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)的实时荧光定量PCR检测方法,根据GenBank公布的23株编码ASFV结构蛋白p72的基因序列,设计引物和探针,优化退火温度、Mg^2＋浓度和引物、探针浓度,生成标准曲线,进行重复性、敏感性、特异性试验,并检测样品。结果显示,优化的退火温度为60 ℃,Mg^2＋终浓度为4 mmol/L,引物、探针终浓度分别为0.8、0.3 μmol/L。重复性试验变异系数均小于1.3%,敏感性试验最低能够检测到10拷贝/μL的质粒,以其他5种猪病病毒和ASFV质粒为模板进行特异性试验,只有ASFV质粒出现扩增曲线。结果表明,建立的实时荧光定量PCR方法是快速、灵敏、特异的检测ASFV的方法。     

猪伪狂犬病病毒野毒LNA探针real-time PCR检测方法的建立

本研究根据猪伪狂犬病病毒gE基因保守区域设计特异性引物和LNA-TaqMan探针,建立了基于LNA-TaqMan探针的猪伪狂犬病病毒野毒株荧光定量PCR检测方法。结果显示:所建立的方法能够特异性的检测出猪伪狂犬病病毒野毒株;灵敏度更高,最低检测下限为10个拷贝/μL;批内变异系数和批间变异系数分别为0.43%~0.64%、0.44%~2.34%,重复性良好。对67份临床样品进行检测,病毒分离培养法检测出23份阳性样品,LNA-TaqMan探针荧光定量PCR方法检测出26份阳性样品,常规TaqMan探针法检测出21份阳性样品,与病毒分离法比较,LNA-TaqMan探针法的符合率为96%。本研究建立的基于LNA-TaqMan探针检测猪伪狂犬病病毒野毒株的荧光定量PCR方法,为猪伪狂犬病的诊断和流行病学调查提供了可靠的技术支持。     

基于猪伪狂犬病毒gE基因的PCR法快速诊断猪伪狂犬病的研究

为了建立一种快速检测猪伪狂犬病毒(PRV)的方法,试验采用PCR法,并以NCBI公布的PRV Min-A株(登录号为AY170318.1)的gE基因序列为参考序列设计1对特异性引物,进行PRV基因的扩增,并对该检测方法的特异性、敏感性、重复性进行验证。结果表明:该PCR检测方法扩增的目的基因长348 bp;应用此方法对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)、猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)进行PCR扩增均未有条带出现;该方法能够检测到的最低DNA模板量为10 pg;重复性良好;应用此法对43份临床样品进行检测,检出率为65.12%(28/43)。说明该PCR检测方法可用于PRV的分离鉴定、临床病料检测和分子流行病学调查等。     

鹅细小病毒PCR-DHPLC检测方法的建立

为建立一种敏感、自动化,高通量的检测病料中鹅细小病毒（GPV）的PCR-DHPLC检测方法,本研究首先根据GenBank上GPV标准毒株VP3基因序列设计一对引物,建立检测GPV的PCR方法,然后将PCR检测方法与DHPLC法进行有机结合,建立了GPV PCR-DHPLC检测方法。以GPV、鹅副粘病毒、鸭瘟病毒及正常番鸭胚尿囊液进行特异性试验,结果无交叉反应,表明该检测方法具有较高的特异性。对GPV阳性样品检测结果表明该方法的敏感性较高,是常规PCR电泳法的100倍,且具有较好的重复性。对临床上采集的100份疑似病料,分别应用PCR电泳法和本试验建立的PCR-DHPLC方法进行检测,结果阳性符合率为100%。表明该方法具有特异、敏感、快速、重复性好、可高通量检测等优点,可用于临床样品的大批量检测。