高通量测序技术分析蓝狐肠道菌群多样性

本试验旨在研究蓝狐肠道菌群组成及其多样性。选取8只健康育成期(5～6月龄)雄性舍饲蓝狐,采集新鲜粪便后采用高通量测序技术对蓝狐肠道菌群组成及多样性进行分析。结果显示:从8只健康蓝狐粪便中共获得569 930条有效序列、操作分类单元(OTU)范围为468～574,分布于16个门的209个属。在门水平上以厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Baeteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)为主,其中厚壁菌门所占比例最高,为62.97%,其余依次为22.05%、8.89%、5.15%、0.88%。在属水平上以链球菌属(Streptococcus)所占比例最高,为11.75%,其次为乳杆菌属(Lactobacillus)(9.86%)、普雷沃菌属(Prevotella)(9.28%)、巨型球菌属(Megasphaera)(8.21%)、柯林斯菌属(Collinsella)(7.27%)、Blautia(7.08%)、拟杆菌属(Bacteroides)(5.64%)。通过高通量测序技术发现蓝狐具有复杂的肠道菌群结构,且个体间存在较大差异。     

死亡马来穿山甲肠道中细菌的分离培养与鉴定

为了解马来穿山甲病变肠道菌群的组成,本研究通过对一只死亡的马来穿山甲的肠道细菌分别进行接种培养、革兰氏染色及对其16S rRNA基因序列进行PCR扩增等,对穿山甲病变肠道菌群的组成进行鉴定。高通量测序后,共获得有效序列77 441条,8个OUTs,细菌分类归属3门3纲5目6科8属。属含量从高到低分别为变形杆菌属(53.46%)、埃希氏菌属-志贺氏菌属(28.46%)、肠球菌属(17.22%)、假单胞菌属(0.7%)、普罗威登斯菌属(0.07%)、葡萄球菌属(0.05%)、拟杆菌属(0.02%)和乳杆菌属(0.02%)。结合细菌的属性及马来穿山甲病变肠道的症状分析,该马来穿山甲可能因为感染了志贺氏菌属的细菌导致严重的肠道出血而引起死亡。     

林蛙养殖场地土壤菌群结构及潜在病原菌分析

试验旨在了解林蛙养殖场地土壤菌群组成和结构特征、喷洒益生菌后的土壤菌群变化和潜在致病菌的种类与数量。试验设置3个组:养殖场地组、益生菌喷洒组和半人工养殖组,用高通量测序技术进行检测。3个试验组共获得191 588条有效序列,1 369个操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),经分类学鉴定分属于438个属,29个门。3组样本菌群数量较大,多样性水平也相对较高。优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes);优势菌属为黄杆菌属(Flavobacterium)、热单胞菌属(Thermomonas)、Sphingopyxis、紫杆菌属(Porphyrobacter)、蓝细菌纲中未定种类(norank-c--Cyanobacteria)。各分组之间菌群多样性差异不显著,各组菌群结构相似度高。土壤中潜在的红腿病致病菌在属的水平有气单胞菌属(Aeromonas)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、假单胞菌属(Pseudomonas)。喷洒益生菌后土壤菌群变化不明显。本研究为全面了解东北林蛙养殖场地土壤微生物组成及变化、发掘有益微生物种类和东北林蛙疾病的预防和治疗提供理论依据。     

肠炎沙门氏菌攻毒对SPF雏鸡粪便微生物区系的影响

试验旨在探究肠炎沙门氏菌攻毒对SPF雏鸡粪便微生物区系的影响。选择1日龄SPF雏鸡24只,随机分为2组,每组12只。在4日龄处理组口服107CFU肠炎沙门氏菌(ATCC13076)攻毒,对照组口服等量PBS溶液。试验期22 d。结果显示:(1)处理组SPF鸡的存活率为75%,对照组全部存活,期间两组鸡的体重无显著性差异;(2)OTU水平上,相同日龄两组鸡粪便菌群的丰富度相近,中期处理组粪便菌群多样性更高(P0.05),后期对照组菌群稳定性更高,而且攻毒对SPF鸡粪便菌群的影响随日龄增加而减弱;(3)在属水平上,与对照组相比,处理组Bacteroides(拟杆菌门)、Enterococcus (肠球菌属)和Aeriscardovia (卡多维亚氏菌属)的相对丰度明显升高(P0.05);Lactobacillus(乳杆菌属)、Alistipes(另枝菌属)、Faecalibacterium(粪杆菌属)、Romboutsia(罗姆布茨菌属)和Ruminococcaceae_UCG_005(瘤胃球菌UCG_005)的相对丰度明显降低(P0.05);(4)KEGG分析显示攻毒影响了菌群参与的多个代谢通路。综上,肠炎沙门氏菌感染影响了SPF雏鸡粪便菌群的结构组成、稳定性及菌群参与的代谢通路。Bacteroides(拟杆菌门)、Lactobacillus(乳杆菌属)等差异菌属可能对SPF雏鸡抵抗沙门氏菌入侵起到积极作用。     

Illumina MiSeq测序平台测定蒙古羊瘤胃液相和固相菌群多样性

本研究旨在比较蒙古羊瘤胃液相和固相细菌菌群多样性。应用Illumina Miseq测序平台的16S r RNA基因扩增子技术对采集自5只蒙古羊的瘤胃液相和固相样品进行高通量测序,采用UPARSE-操作分类单元(OTU)法和非加权组平均(UPGMA)法分析试验结果。结果表明,共获得91 971条序列和15 321个OTU,平均每个样品有13 138条序列和2 189个OTU。液相与固相样品相比:门水平分类上存在显著性差异的优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)(P0.05),拟杆菌门在液相和固相样品中的比例分别为67%和45%;属水平分类上存在显著性差异的优势菌群为普氏菌属(Prevotella)和1种未鉴定(unknown)的属(P0.05),液相样品优势菌群为普氏菌属,所占比例为53%,而固相样品优势菌群来自1种未鉴定的属,所占比例为32%;种水平分类上存在显著性差异的是栖瘤胃普雷沃菌(Prevotella ruminicola)(P0.05),在液相和固相样品中所占的比例分别为41%和11%。与液相样品相比,固相样品的alpha多样性较好;主成分分析(PCA)和主坐标分析(PCo A)显示来自同一动物个体的瘤胃液相和固相样品聚类在一起。结果提示,蒙古羊瘤胃液相和固相样品均具有丰富的细菌菌群;与液相样品相比,固相样品细菌的多样性更好。     

基于16S rRNA高通量测序技术分析中国西门塔尔牛瘤胃微生物多样性和功能预测的研究

为系统探讨中国西门塔尔牛瘤胃内的微生物多样性及其功能,本试验利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析西门塔尔牛(20月龄,平均体重约为550 kg)瘤胃液样本菌群结构并进行PICRUSt功能预测。结果显示,两组样本通过Illumina Miseq测序平台共获得66 712条优质序列,聚类分析得到1 797个操作分类单元(OTU),经分类学鉴定分属13个门20个纲22个目33个科及59个属;厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群,所占比例分别为62.46%和22.45%;基于属的组成,依次为粪杆菌真核菌群([Eubacterium]_coprostanoligenes_group,9.16%)、瘤胃球菌属_2 (Ruminococcus_2,7.90%)、未知属f型拟杆菌目RF16菌群(norank_f__Bacteroidales_RF16_group,6.23%)、未知属f型瘤胃菌科(norank_f__Ruminococcaceae,4.79%)、理研菌科_RC9菌群(Rikenellaceae_RC9_gut_group,4.72%)、未知属f型拟杆菌目BS11菌群(norank_f_Bacteroidales_BS11_gut_group,4.49%)、瘤胃球菌属_1(Ruminococcus_1,4.43%)等;16S rRNA基因组的PICRUSt功能预测发现,瘤胃菌群功能主要集中在碳水化合物转运及代谢上,可能含有大量的纤维素和木质素降解酶基因。综上,基于16S rRNA基因的高通量测序技术全面揭示了西门塔尔牛瘤胃菌群的多样性,并预测其含有丰富的蛋白质分解、木质纤维素降解酶系,为探索西门塔尔牛瘤胃微生物奠定基础,也为进一步挖掘与某些重要营养生理功能密切相关的瘤胃微生物功能基因提供参考。     

基于16S rRNA高通量测序技术分析草原红牛瘤胃微生物多样性和功能预测的研究

为系统探讨草原红牛瘤胃内的微生物多样性及其功能,本试验利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析草原红牛(20月龄左右,均重为577.5 kg)瘤胃液样本菌群结构并进行PICRUSt功能预测。结果显示:通过Illumina Miseq测序平台共获得35 848条优质序列,聚类分析得到387个操作分类单元(OTU),经分类学鉴定分属15个门、20个纲、25个目、41个科及110个属;厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群,所占比例分别为50.09%和41.11%;基于属的组成,依次为普雷沃菌属(Prevotella)15.20%、未知属f型拟杆菌目(norankfBacteroidales)BS11菌群8.66%、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)NK4A214菌群6.96%、理研菌科(Rikenellaceae)RC9菌群5.56%、未知属(Christensenellaceae)R-7菌群4.01%、瘤胃球菌属2(Ruminococcus2)3.33%等;16S rRNA基因组的PICRUSt功能预测结果显示,瘤胃内菌群功能主要集中在碳水化合物转运及代谢,表面草原红牛体内含有大量的纤维素和木质素降解酶基因。综上,基于16S rRNA基因的高通量测序技术全面揭示了草原红牛瘤胃菌群的多样性,且预测其含有丰富的蛋白质分解、木质纤维素降解酶系,为探索草原红牛瘤胃微生物的认知提供了基础,也为挖掘其他重要营养生理功能相关的瘤胃微生物功能基因提供了参考。     

林蛙养殖场地土壤菌群结构及潜在病原菌分析

试验旨在了解林蛙养殖场地土壤菌群组成和结构特征、喷洒益生菌后的土壤菌群变化和潜在致病菌的种类与数量。试验设置3个组：养殖场地组、益生菌喷洒组和半人工养殖组,用高通量测序技术进行检测。3个试验组共获得191 588条有效序列,1 369个操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）,经分类学鉴定分属于438个属,29个门。3组样本菌群数量较大,多样性水平也相对较高。优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、蓝细菌门（Cyanobacteria）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）、绿弯菌门（Chloroflexi）、放线菌门（Actinobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）;优势菌属为黄杆菌属（Flavobacterium）、热单胞菌属（Thermomonas）、Sphingopyxis、紫杆菌属（Porphyrobacter）、蓝细菌纲中未定种类（norank_c__Cyanobacteria）。各分组之间菌群多样性差异不显著,各组菌群结构相似度高。土壤中潜在的红腿病致病菌在属的水平有气单胞菌属（Aeromonas）、柠檬酸杆菌属（Citrobacter）、金黄杆菌属（Chryseobacterium）、假单胞菌属（Pseudomonas）。喷洒益生菌后土壤菌群变化不明显。本研究为全面了解东北林蛙养殖场地土壤微生物组成及变化、发掘有益微生物种类和东北林蛙疾病的预防和治疗提供理论依据。     

重庆地区3个地方品种哺乳仔猪和断奶仔猪结肠菌群比较研究北大核心CSCD

本研究旨在通过监测重庆地区特色动物品种合川黑猪、盆周山地猪和荣昌猪断奶前后的结肠菌群结构,比较分析不同猪种断奶前后的结肠菌群组成特点,探讨断奶前后2个阶段以及不同品种对仔猪肠道菌群的影响。试验样品采集于2018年4月,每个猪种随机选取5头哺乳仔猪(21~25日龄,35日龄断奶)和5头断奶仔猪(30~40日龄),无菌采集每头猪的结肠内容物,提取总DNA,利用细菌通用引物对16S rRNA的V3~V4区进行扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,对优化后的测序序列进行统计分析。结果表明:3个地方猪种哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠内容物菌群主要由厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)组成。beta多样性分析发现,哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠菌群明显分成了2簇,而3个猪种间的结肠菌群未出现明显组内聚类。在门水平上,梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度均显著高于断奶仔猪(P<0.05),而不同品种间各菌门相对丰度没有显著差异(P>0.05)。在属水平上,拟杆菌属(Bacteroides)、梭杆菌属(Fusobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、红螺菌属(Rhodospirillum)和Bradymonadales 5个主要细菌属在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于断奶仔猪(P<0.05),而普氏菌属(Prevotella)、Intestinibacter和溶杆菌属(Solobacterium)等8个主要细菌属在断奶仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于哺乳仔猪(P<0.05);不同品种间仔猪结肠内容物中的真细菌属(Eubacterium)、红螺菌属(Rhodospirillum)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)的相对丰度存在显著差异(P<0.05)。以上结果表明,断奶前后2个生长阶段对仔猪结肠菌群的影响较不同品种更为明显。     

民猪与大白猪肠道菌群的比较研究

民猪是我国一个著名的地方猪种,属于脂肪型猪种。而大白猪起源于欧洲,是瘦肉型猪种。通过比较这2个不同猪种间肠道微生物菌群的差异,分析它们在消化吸收上的异同点。首先针对16S r DNA V4区设计引物,对来自于5头大白猪和5头民猪的粪便基因组进行PCR扩增,利用Illumina Hiseq2000测序平台进行测序,数据经优化整理后,进行OTU聚类分析,并在门、纲、目、科和属共计5个水平上进行分类学统计。结果表明:共获得421~460 bp序列298 768条,占总数的99.98%。2组间共有OTU 885个,大白猪特有OTU 69个,民猪特有OTU 221个。共检测到25个门,其中拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋菌门(Spirochaetae)和变形菌门(Proteobacteria)占优势,民猪和大白猪之间具有大致相同的门水平分布。在检测到的207个属中,普氏菌属(Prevotella)和密螺旋体属(Treponema)的相对丰度值在2个猪种内均较高。而大白猪的厌氧弧菌属(Anaerovibrio)和梭菌属(Clostridium)分别比民猪猪高出4.5倍和3.4倍,民猪的纤维杆菌属(Fibrobacter)、螺旋体属(Spirochaeta)和密螺旋体属(Treponema)比大白猪分别高出3.7倍、1.6倍和1.7倍。由此推测,民猪肠道内纤维杆菌属的高表达可能与其易消化粗纤维饲料有关。     

癸氧喹酯干混悬剂含量测定的改进

采用高效液相色谱法测定癸氧喹酯干混悬剂的含量,在2-250μg/mL范围内,峰面积的常用对数与进样量浓度的常用对数呈良好的线性关系,R^2=1(n=5),平均回收率为99.24%~99.51%,RSD在0.05%~0.28%。此方法分析时间短,样品前处理简便、定量结果准确,重现性好,结果满意,为其质量控制提供了依据。     

猪毛色遗传的研究进展

本文概述了猪的毛色类型、猪的毛色遗传模式,着重综述了猪毛色基因分子基础的研究进展,指出存在问题并就未来发展方向做了思考。     

Effects of size of ingestively masticated fragments of plant tissues on kinetics of digestion of NDF

Ingestively masticated fragments were collected and sized via sieving. Different sizes of esophageal masticate and ruminal digesta fragments, and ground fragments of larger masticated pieces were incubated in vitro, and undigested NDF remaining at intervals of up to 168 h of incubation was determined. The ruminal age-dependent time delay (tau) for onset of digestion of NDF was positively correlated (P < 0.004) with the mean sieve aperture estimated to retain 50% of the fragments between successive sieve apertures (MRA). Degradation rate of potentially degradable NDF (PDF) and level of indigestible NDF were not related (P > 0.10) to MRA of masticated and ground fragments. Estimates of tau were positively related to MRA, with slopes of bermudagrass < corn silage < ruminal fragments of corn silage. It was concluded that fragment size-, and consequently, ruminal age-dependent onset of PDF degradation of a mixture of different fragment sizes results in an age-dependent rate of degradation of the more rapidly degrading of two subentities of PDF. Models are proposed that assume a tau before onset of simultaneous degradation of PDF from two pools characterized as having gamma-modeled age-dependency and age-constant rates. The ruminal age-dependent pool seems to be associated with the faster-degrading pool, and its rate parameter increases with range in MRA in the population of fragments. Conceptually, the ruminal age-dependent rate parameter for PDF degradation seems to represent a composite of several effects: 1) effects of the size-dependent tau; 2) range in MRA of the population of ingestively masticated fragments; and 3) subentities of PDF that degrade via more rapid age-dependent rates compared with subentities of PDF that degrade via age-constant rates. The estimated fractional rates of ruminative comminution of ingestively masticated fragments (0.060 to 0.075/h) were of a magnitude similar to the mean fractional rates of PDF digestion (0.030 to 0.085/h), which implies that ruminative comminution may be first-limiting to fractional rate of PDF digestion. The in vivo roles of ingestive and ruminative mastication of fragments on PDF degradation must be considered in any kinetic system for estimating PDF digestion in the rumen. These results and others in the literature suggest that the rate of surface area exposure rather than intrinsic chemical attributes of PDF may be first-limiting to degradation rate of PDF in vivo.     

中华人民共和国农业部公告 第267号

为贯彻落实《兽药生产质量管理规范》(简称《兽药GMP》),进一步推动兽药GMP实施进程,我部制定了《兽药生产质量管理规范检查验收办法》,现予公告。本公告自2003年6月1日起施行。附件:兽药生产质量管理规范检查验收办法二○○三年四月十日第一章 总则 第一条 为推动《兽药生产质量管理规范》(以下简称兽药GMP)的实施,规范兽药GMP检查验收工作,制定本办法。 第二条 农业部负责全国兽药GMP管理和检查验收工作;负责制修订兽药GMP检查验收管理规定;负责兽药GMP检查员队伍建设和监督管理工作,负责国际兽药贸易中GMP互认工作。 …     

鸡败血支原体垂直传播模式及其阻断方法

以国际标准强毒Ｒ株人工感染非免疫产蛋鸡,定时扑杀,分别从鼻窦、眶下孔、气管、肺、气囊、卵巢和输卵管分离ＭＧ,并收集感染鸡所产蛋分离ＭＧ。结果表明,人工感染４８小时后上、下呼吸道及肺已被全面感染,９６小时气囊已被感染,１２０小时输卵管已能分离到ＭＧ,卵巢始终分离不到ＭＧ。人工感染鸡自１４４小时便能在其所产蛋中分离出ＭＧ。药物治疗能在７２小时内消除感染,油乳剂苗则需２４天后逐渐降低蛋内ＭＧ分离率,药物卵内注射、种蛋药浴、高温处理均能杀死卵内ＭＧ,但以研制的种蛋浸泡剂药浴效果为最好。     

Mechanism of Action of Probiotic Function of Lactobacilli

乳酸杆菌作为益生菌广泛用于人和动物.本文综述了乳酸杆菌改善宿主健康的机制.乳酸杆菌可通过产生抗菌物质如乳酸、过氧化氢、细菌素,或者通过竞争营养或肠道黏附位点来抑制致病菌;通过诱导黏附素的分泌或阻止细胞凋亡而增强肠道的屏障功能,从而保护肠道.文章重点讨论了乳酸杆菌表面成分(表面蛋白、脂磷壁酸和肽聚糖)与肠道受体(C型凝集素受体、Toll样受体和Nod样受体),阐述了他们结合后启动免疫调节信号,调控肠道免疫功能以发挥改善健康作用的机制.     

獭兔睾丸的组织学观察

家兔作为一种实验动物 ,推动了繁殖技术的发展。本试验通过对不同年龄公獭兔的睾丸进行组织学观察、测定 ,研究精子的发生规律 ,为系统地进行繁殖生理工作提供依据。1　材料与方法选 60日龄、75日龄、90日龄 3个年龄公獭兔各5只 ,用外科手术法摘取两侧睾丸 ,放入 Bouin氏液中固定 ,二甲苯透明 ,石蜡包埋 ,切成 5～ 8μm切片 ,H.E.染色。在显微镜下观察 ,并进行定量组织学指标测定及差异性比较。2　结果和讨论2 .1　睾丸定量组织学指标的测定结果　见表 1。表 1　獭兔睾丸定量组织学指标　　　μm,个 /精细管60日龄 75日龄 90日龄曲细精管…     

商会自治的基石——商会自治规范研究

在现代法律秩序中,商会自治规范是制定法的基础和必要的补充,甚至在某些方面替代了制定法;商会自治规范主要包括商会组织规范、行为规范、惩罚规范以及争端解决规范等;其效力仅及于其内部成员;商会自治规范和制定法之间存在冲突,但也存在整合的基础。     

Observations of fracture of the anconeal process of the ulna of swine

Fractures of the anconeal process of 5 pigs ranging in age from 4 to 8 months were studied radiographically and histologically. Clinically, animals with a fracture of the anconeal process had a "tight," restricted gait. In pigs at 4.5 months of age, a radiolucent line through the base of the anconeal process was composed of fibrocartilage, fibrous connective tissue, and hyaline cartilage. Subperiosteal proliferation of woven bone was located along the cranial surface of the olecranon, adjacent to the base of the anconeal process. In older animals, the radiolucent line through the anconeal process contained variable amounts of fibrous connective tissue and fibrocartilage. The proliferation of subperiosteal bone at the base of the anconeal process formed a "buttress callus" which retained a radiolucent area between the callus and the proximal surface of the anconeal process. The latter region of radiolucency was continuous with the transversely oriented line that traversed the base of the anconeal process.