调控民猪Tβ4基因转录因子的筛选与分析

为了筛选调控民猪胸腺β4(Tβ4)基因转录的增强子,探究该基因的表达调控机制,本研究以民猪基因组DNA为模板,通过PCR扩增Tβ4基因启动子区系列截短片段,与pMD18-T载体连接构建克隆质粒;通过双酶切和连接反应将系列截短片段定向连入pGL3-basic载体构建双荧光素酶重组质粒;将重组质粒转染PK15细胞系,利用双荧光素酶检测系统测定重组质粒的相对荧光素酶活性;根据相对荧光素酶活性的高低进一步筛选Tβ4基因的启动子核心区域;利用3个在线软件预测核心区域内的转录因子结合位点,根据预测结果,使用重叠PCR定点缺失转录因子结合位点构建突变载体,在PK15细胞中以野生型载体为对照检测突变载体的相对荧光素酶活性。结果表明,试验成功构建了6个Tβ4基因系列截短的启动子片段,其中5个片段具有明显的活性。经过两轮的双荧光素酶活性检测发现,-155～-105 bp区域为民猪Tβ4基因的启动子核心区域,经生物信息学分析发现,该区域存在E2F-1、MYBAS1和ELK-1转录因子的结合位点。利用定点缺失构建了3个转录因子缺失的突变载体,经双荧光素酶检测发现仅有ELK-1结合位点的缺失,会造成启动子活性的显著下降(P0.05)。据此推测ELK-1是民猪Tβ4基因转录的正调控元件。     

猪ECH1基因部分序列的遗传变异分析

为了进一步研究烯脂酰辅酶A水解酶1(enoyl CoA hydratase,ECH1)基因的生物学功能,研究采用克隆测序结合PCR-RFLP的方法分析了民猪ECH1基因的部分DNA序列,并对其中的1个点突变进行了3个猪种内的基因型频率和基因频率计算。结果表明:研究所检测的ECH1基因序列与网上已有序列相比存在8个单核苷酸多态性(SNPs)位点,其中有2个造成酶切位点的改变;民猪和大白猪在PCR-RFLP-BamHⅠ位点的A、B基因频率均接近0.5,而长白猪B为优势等位基因。     

猪MEF2a基因的克隆与表达

为了进一步了解猪MEF2a基阒的结构与功能,本研究采用生物信息学结合RT-PCR的方法,克隆了猪的MEF2a基因,获得了它的2个变异体序列.结果表明,猪MEF2a variant 1基因cDNA长1 524 bp(EF576923),编码508个氨基酸,分子量为54.481 ku;variant 2基因cDNA长1 416 bp(EF576922),编码471个氨基酸,分子量为50.846 ku.MEF2a两个变异体的氨基酸序列同源性为86.79%,第1aa～77aa和第132aa～470aa完全一致,第78aa～131aa是高变区,variant2与variant1相比,在第224aa～258aa处存在34个氨基酸(102 bp)的,缺失.利用Real-time PCR方法检测了MEF2a的表达.结果表明,MEF2a mRNA是一个广谱表达基因,在心、肝、胃、脾、肾、肺、大肠、小肠、背肌和腿肌中都能检测到,在腿肌中优势表达.MEF2a variant1与马和家鼠构成一个小类群,而variant 2与牛和人构成了另外一个小类群,推测MEF2a基因在进化过程中发生了较为明显的变异.     

不同日龄大白猪视黄酸β基因的表达研究

研究采用RT-PCR方法对大白猪的RARβ基因在1日龄、90日龄、180日龄、270日龄和360日龄的心脏、肝脏、胃、脾脏、肾脏、肺脏、大肠、小肠、肌肉、子宫、卵巢共11个组织中的表达情况进行了研究.结果表明:RARβ mRNA在大白猪的心脏、肾脏、大肠、子宫和卵巢中持续表达,其中大肠、子宫和卵巢持续高表达;在1日龄和360日龄所检的11个组织中均表达该基因,且表达量较高.     

冷诱导下Y-box结合蛋白基因的表达变化

为了研究冷诱导下Y-box结合蛋白基因的表达,试验采用Real-time PCR的方法,将所得民猪的Y-box结合蛋白表达结果与长白猪的Y-box结合蛋白表达结果进行对比研究.结果表明:在-20℃条件下处理13 d后,民猪的Y-box结合蛋白基因的表达水平与常温组相比显著下降,而长白猪的Y-box结合蛋白表达无显著变化...     

民猪AMPD1基因的克隆与真核表达载体的构建

为了研究腺苷-磷酸脱氨酶1(AMPD1)基因多态性,试验采用比较基因组学与克隆测序相结合的方法对比分析民猪AMPD1基因的DNA及cDNA全序列,并构建pcDNA3.1(+)-AMPD1真核表达载体。结果表明:AMPD1基因的13个外显子上有20个点突变,第1外显子第39位碱基突变造成MsⅡ酶切位点的缺失,第1 367位碱基突变造成BspAⅠ、MgoⅠ、NphⅠ等31个酶切位点的缺失并且成功构建了pcDNA3.1(+)-AMPD1真核表达载体。     

寒地菌床法养猪应注意的几个问题

<正>菌床法养猪是利用多种有益微生物混合的菌种,对猪只的粪尿进行快速发酵分解,从而降低对环境的污染,减少了粪便处理费用,节约养殖成本,降低了猪只发病率,提升了猪只的福利,增加了养殖效益。根据我国北方特有的寒冷气候,对该地区的菌床     

维生素C对视黄酸受体γ基因作用的初探

采用半定量RT-PCR方法研究在体外培养的猪成纤维细胞内添加不同浓度维生素C后视黄酸受体γ基因(RARγ)的表达变化情况。结果表明:维生素C可显著抑制RARγ基因的表达,但是不同浓度组间差异不显著。     

大白猪SLA-DQ基因表达规律的研究

采用半定量RT-PCR方法对SLA-DQA和SLA-DQB基因在1、90、180、270和360日龄大白猪不同组织与器官中表达情况进行了研究。结果表明,SLA-DQA和SLA-DQB基因在大白猪的整个生长发育期的心、肝、胃、脾、肾、肺、大肠、小肠、肌肉、子宫、卵巢共11个组织与器官中均有表达,但表达量存在明显差异与变化。DQA基因在90日龄时表达量最高,在1日龄时最低;DQB基因除了在1日龄的心、肝和肾中表达量高于DQA基因外,其余各时间点的不同组织与器官内的表达量均低于DQA基因。     

FST基因的过表达对猪成纤维细胞内基因及生物学通路的影响

应用Illumina HiSeq测序平台,对过表达FST基因的细胞和正常细胞进行转录组测序,并对筛选的差异表达基因进行基因功能注释及信号通路分析。结果表明：过表达FST后共有286个基因的转录发生了变化,其中176个上调,110个下调。这些差异基因共得到44个GO功能注释,其中单一生物过程、代谢过程、细胞过程;细胞器、细胞区域、细胞和黏合terms下聚集的差异基因数量最多,均>100个。共发现9条显著富集的Pathway,包括与细胞增殖相关的细胞周期、DNA复制、碱基切除修复、p53信号通路等,与卵母细胞发育相关的卵母细胞减数分裂和孕激素介导的卵母细胞成熟通路。说明在成纤维细胞中过表达FST后,最显著的特征是与细胞增殖分化相关的基因和生物学通路被富集。