林蛙养殖场地土壤菌群结构及潜在病原菌分析

试验旨在了解林蛙养殖场地土壤菌群组成和结构特征、喷洒益生菌后的土壤菌群变化和潜在致病菌的种类与数量。试验设置3个组：养殖场地组、益生菌喷洒组和半人工养殖组,用高通量测序技术进行检测。3个试验组共获得191 588条有效序列,1 369个操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）,经分类学鉴定分属于438个属,29个门。3组样本菌群数量较大,多样性水平也相对较高。优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、蓝细菌门（Cyanobacteria）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）、绿弯菌门（Chloroflexi）、放线菌门（Actinobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）;优势菌属为黄杆菌属（Flavobacterium）、热单胞菌属（Thermomonas）、Sphingopyxis、紫杆菌属（Porphyrobacter）、蓝细菌纲中未定种类（norank_c__Cyanobacteria）。各分组之间菌群多样性差异不显著,各组菌群结构相似度高。土壤中潜在的红腿病致病菌在属的水平有气单胞菌属（Aeromonas）、柠檬酸杆菌属（Citrobacter）、金黄杆菌属（Chryseobacterium）、假单胞菌属（Pseudomonas）。喷洒益生菌后土壤菌群变化不明显。本研究为全面了解东北林蛙养殖场地土壤微生物组成及变化、发掘有益微生物种类和东北林蛙疾病的预防和治疗提供理论依据。     

养殖黑斑蛙肠道微生物结构与功能分析

利用高通量测序方法对养殖黑斑蛙(Rana nigromaculata Howell)前肠、中肠和后肠微生物结构和功能进行分析。结果表明:黑斑蛙肠道核心菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)。拟杆菌属(Bacteroides)、不动杆菌属(Acinetobacter)、支原菌属(Mycoplasma)和叶杆菌属(Phyllobacterium)是优势菌属。肠道中存在不动杆菌属(Acinetobacter)、气单胞菌属(Aermonas)、黄杆菌属(Flavobacterium)等潜在致病菌和芽胞杆菌(Bacillus)、乳酸杆菌(Lactobacillus)等潜在益生菌。比较发现,前肠和中肠微生物丰度和多样性均显著高于后肠,且在门和属水平菌群结构差异明显;前肠和中肠微生物功能相似,与脂代谢、氨基酸代谢、外源物质降解和代谢等代谢关联微生物丰度较高,而后肠中与碳水化合物代谢、多糖合成和代谢、辅因子和维他命代谢等关联微生物丰度较高,并且后肠中与信号转导、环境适应、免疫、膜转运、基因信息处理等关联微生物丰度高于前肠和中肠。     

虎纹蛙肠道微生物结构与功能分析

利用高通量测序方法对虎纹蛙前肠、中肠和后肠微生物结构和功能进行分析。结果表明,虎纹蛙(Rana rugulosa)肠道核心菌群是厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。Romboutsia属、鲸杆菌属(Cetobacterium)、叶杆菌属(Phyllobacterium)是绝对优势菌属。肠道中存在弧菌(Vibro)、邻单胞菌(Plesiomonas)、气单胞菌(Aeromonas)、爱德华氏菌(Edwardsiella)不动杆菌属(Acinetobacter)、黄杆菌属(Flavobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、伊丽莎白菌(Elizabethkingia)等常见的条件致病菌和芽孢杆菌(Bacillus)、乳酸杆菌(Lactobacillus)和双歧杆菌(Bifidobacterium)等潜在益生菌。比较发现,前肠和中肠微生物丰度和多样性显著高于后肠,且在门和属水平菌群结构差异明显;前肠和中肠微生物功能相似,与能量代谢、维生素代谢、氨基酸代谢、脂代谢、外源物质降解和代谢关联微生物丰度较高,而后肠中与核酸代谢、碳水化合物代谢关联微生物丰度较高。前肠和中肠中与信号转导、神经系统、内分泌系统、转运和分解等关联微生物丰度较高,后肠中与信号分子互作、细胞过程与信号、增殖与修复、免疫系统、翻译、转录、酶家族、环境适应、膜转运等关联微生物丰度较高。本研究解析了虎纹蛙肠道菌群结构和功能,为虎纹蛙健康养殖提供理论基础。     

辽东栎白粉病叶片的菌群结构和多样性分析

为明确辽东栎白粉病叶片的菌群结构和多样性,利用Illumina MiSeq技术检测细菌16S rDNA和真菌ITS序列,分析辽东栎白粉病叶片的细菌和真菌类群.在门的水平上,辽东栎白粉病叶片细菌的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria);真菌的优势菌群为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota).在属的水平,细菌的优势菌属为鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、薄层菌属(Hymenobacter)、甲基杆菌属(Meth ylobacterium)、金色单胞菌属(Aureimonas)、马赛菌属(Massilia);真菌的优势菌属为白粉菌属(Erysiphe)、球腔菌属(Myco-sphaerella)、短梗霉属(Aureobasidium).Alpha多样性分析显示,真菌菌群的Chao1指数大于细菌,细菌菌群的Shannon指数和Simpson指数大于真菌,表明检测到的真菌总数比细菌多,而细菌菌群的多样性、丰富度和均匀度高于真菌.研究结果为进一步探究柞树白粉病致病菌群及发病机制提供了理论依据.     

饲料中添加植物乳杆菌对细鳞鲑生长及肠道菌群多样性的影响

本试验旨在研究饲料中添加植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)对细鳞鲑生长及肠道菌群多样性的影响。以基础饲料为对照组,在基础饲料中添加1×106CFU/g植物乳杆菌为试验组,每组3个重复,每个重复25尾平均体重5～8 g的细鳞鲑,在室内养殖56 d后,取中后肠段内容物及其黏膜,提取微生物DNA,采用高通量测序技术检测肠道菌群多样性。结果显示:与对照组相比,饲料中添加植物乳杆菌可显著增加细鳞鲑的特定生长率(P0.05)。α多样性分析显示试验组肠道菌群多样性(Shannon指数、Simpson指数)和丰富度(Ace指数、Chao指数)均较对照组显著降低(P0.05)。β多样性分析发现试验组和对照组肠道菌群分群明显。在门水平上,试验组肠道菌群中厚壁菌门(Firmicutes)的丰度达96.03%,而对照组主要由几个丰度较大的菌门组成,分别为厚壁菌门(23. 79%)、蓝细菌门(Cyanobacteria)(23. 30%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(8.95%)、螺旋菌门(Spirochaetae)(6.67%)和放线菌门(Actinobacteria)(5.35%)。在属水平上,试验组肠道菌群中丰度大于1%的菌属仅有3个,为乳杆菌属(Lactobacillus)(58.94%)、微小杆菌属(Exiguobacterium)(26.00%)和肠球菌属(Enterococcus)(10.62%),总丰度达95.66%,而对照组丰度大于1%的菌属达11个,但总丰度仅为58.24%,主要有未命名_蓝细菌门(unclassified_Cyanobacteria)(23.30%)、劳尔氏菌属(Ralstonia)(11.70%)、短螺旋体属(Brevinema)(6.67%)和普氏菌属(Prevotella)(3.90%)。综上,饲料中添加植物乳杆菌能促进细鳞鲑的生长,提高其肠道中乳酸菌的比例,抑制其他菌群的生长,降低肠道菌群的多样性。     

类志贺邻单胞菌感染对鲟鱼肠道菌群多样性的影响

采用人工肌肉注射类志贺邻单胞菌(Pseudomonas shigella)后,以针对细菌16S rRNA基因高通量测序技术进行感染鲟鱼肠道菌群组成和多样性分析,结果显示:感染组鲟鱼肠道菌群多样性指数(Chaol、ACE、observed_species、 Shannon和Simpson)均显著低于对照组(P<0.05);感染组和对照组鲟鱼肠道优势菌群均为梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteriodia)和厚壁菌门(Firmicute),但感染组鲟鱼肠道拟杆菌门细菌丰度显著小于对照组(P<0.05),而变形菌门(特别是邻单胞菌属)细菌丰度显著大于对照组(P<0.05)。结果表明,类志贺邻单胞菌感染能导致鲟鱼肠道菌群物种多样性和丰度显著变化,为鲟鱼细菌性疾病防控提供了科学依据。     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

精养池模式下不同生长速度花鳗鲡的肠道菌群比较研究

试验旨在比较精养池模式下不同生长速度的花鳗鲡肠道菌群的差异,为筛选潜在的原籍益生菌提供参考。利用16S rDNA测序技术比较了养殖12个月、不同体重的花鳗鲡[即(83.65±9.60)g/尾为缓慢生长组,(216.98±19.97) g/尾为中速生长组,(386.73±51.90) g/尾为快速生长组]肠道菌群的差异。试验结果表明:快速生长组花鳗鲡的肠道菌群OUTs和Shannon指数高于中速生长组和缓慢生长组。梭杆菌门(Fusobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)是花鳗鲡肠道中的优势菌群;快速生长组慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)和不动杆菌属(Acinetobacter)的相对丰度显著增加(P0.05),中速生长组Iamia、固氮弧菌属(Azoarcus)和厌氧黏细菌属(Anaeromyxobacter)的相对丰度显著增加(P0.05),缓慢生长组拟杆菌属(Bacteroides)、代尔夫特菌属(Delftia)和水栖菌属(Enhydrobacter)等细菌的相对丰度显著增加(P0.05)。表明:不同生长速度花鳗鲡肠道菌群存在明显差异,其中不动杆菌属中的一些细菌可能是花鳗鲡肠道中潜在的益生菌。     

3～6月龄伊犁马肠道微生物群落多样性的研究

本试验旨在研究3~6月龄伊犁马肠道微生物群落的多样性,揭示断奶前马驹肠道菌群演替的规律,从微生物学角度为此阶段马驹生长发育及肠道健康研究提供理论依据。试验选取平均体重为(89.75±8.81)kg、出生日期相同的3月龄伊犁马5匹,进行为期90 d的饲养试验。分别在试验的第0天(即试验开始的前1天)、第30天、第60天、第90天采集马驹粪便样品,从每份样品中提取微生物基因组总DNA,采用Illumina HiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。结果显示:1)对5匹马驹的20份粪样进行测序,共获得有效序列数157 665条,获得平均操作分类单元(OTUs)1 117个。2)马驹粪便中微生物群落α多样性指数(ACE、Chao1、Shannon和Simpson指数)随着马驹月龄的增加呈波动性变化,但各时间点之间均无显著性变化(P0.05)。3)在门水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、螺旋体菌门(Spirochaetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、无壁菌门(Tenericutes)、放线菌门(Actinobacteria)、TM7、广古菌门(Euryarchaeota),其中以厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门及疣微菌门的丰度较高;在科水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为芽孢杆菌科(Bacillaceae)、莫拉氏菌科(Moraxellaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、BS11、RFP12、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae);在属水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为不动杆菌属(Acinetobacter)、德库菌属(Desemzia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、Ureibacillus、Paludibacter、芽孢杆菌属(Bacillus)、埃希式杆菌属(Escherichia)、肉食杆菌属(Carnobacterium)、密螺旋体属(Treponema)、艰难杆菌属(Mogibacterium)。由此得出,采用Illumina HiSeq测序技术能够准确地对3~6月龄伊犁马肠道微生物群落进行分类研究;厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门是3~6月龄伊犁马肠道内的优势菌门。     

16S rRNA测序分析枯草芽胞杆菌喷鼻对猪鼻腔菌群影响的研究

为了探究枯草芽胞杆菌对哺乳仔猪鼻腔中微生物多样性及其功能的影响，选用1株来源于猪鼻腔的枯草芽胞杆菌NS15对哺乳期仔猪进行喷鼻试验，于喷鼻后第7天采集鼻腔拭子，随后利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析鼻腔拭子样本菌群结构并进行功能预测。结果显示：猪鼻腔的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。喷鼻后不影响优势菌门的组成，但是各菌门的丰度发生变化，如厚壁菌门和放线菌门的丰度增加，其中厚壁菌门中的乳杆菌属(Lactobacillus)和放线菌门中的罗氏菌属(Rothia)等有益菌属丰度增加；而变形菌门和拟杆菌门等有害菌门的丰度下降，包括变形菌门中的不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜麦芽窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)和鲍特菌属(Bordetella)以及拟杆菌门中的黄杆菌属(Flavobacterium)等有害菌属丰度下降。进一步Tax4Fun功能预测结果显示，喷鼻枯草芽胞杆菌NS15后，猪鼻腔中能量、氨基酸和脂类等代谢通路显著...     

规模化奶牛养殖场空气中可培养微生物的研究

为了了解唐山地区规模化奶牛养殖场空气中微生多样性及种群分布情况,试验采用自然沉降法采集唐山市郊某规模化牧场榨乳间(NT)、贮奶厅(M)和奶牛运动场(YDC)3个不同场所的空气微生物样本并进行纯培养,分离其中的细菌和真菌,运用16S rRNA基因测序鉴定纯培养物的种属,根据菌株形态和鉴定结果选取代表菌株进行种群分布与多样性研究。结果表明:榨乳间共纯培养出26株菌,运动场共纯培养出17株菌,贮奶厅共纯培养出13株菌;榨乳间的NA培养基上的菌落总数明显多于运动场,运动场的菌落总数明显多于贮奶厅,推测可能与采样时间、场所通风、卫生情况有关。其他培养基上的菌落总数在3个不同空间也有差异。56株代表菌株分别归属于18个属,榨乳间空气样本微生物种类最为丰富,分离到包含多种芽孢杆菌、葡萄球菌和曲霉菌等10个属21种微生物;贮奶厅有8个属12种微生物;运动场筛选到10个属16种微生物。芽孢杆菌属、葡萄球菌属和曲霉菌属为3个场所的优势菌属,但不同场所条件致病菌群也存在一定的差异性。说明奶牛养殖场空气微生物种类丰富,存在的条件致病菌对人和动物有潜在健康风险。     

基于16S rRNA测序分析正常与腹泻牦牛犊牛粪便细菌区系组成

试验旨在比较分析放牧条件下正常与腹泻牦牛犊牛粪便微生物区系组成与基因功能预测,筛选出作为腹泻评价依据的细菌,为下一步牦牛犊牛益生菌制剂的开发提供理论依据。在放牧条件下分别采集青海玉树地区正常与腹泻牦牛犊牛粪便样本各7份并提取DNA,利用16S rRNA测序技术研究两组牦牛犊牛肠道微生物区系的OTUs聚类、门水平和属水平相对丰度差异性、Alpha多样性、Beta多样性、功能预测水平信息。结果显示,在门水平上,正常组和腹泻组的优势菌门有拟杆菌门和厚壁菌门,且腹泻组的梭杆菌门显著高于正常组(P0.05);在属水平上,正常组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、拟普雷沃菌属和未分类的瘤胃菌属;腹泻组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、梭杆菌属、未分类的肠杆菌属和未分类的瘤胃菌属,且腹泻组的梭杆菌属显著高于正常组(P0.05);在功能预测水平上,腹泻组的聚糖生物合成与代谢、运输和分解代谢、老化、分类和降解、脂代谢显著高于正常组(P0.05),正常组的氨基酸代谢、信号转导、细胞运动、遗传信息显著高于腹泻组(P0.05)。通过分析放牧牦牛犊牛正常组和腹泻组之间的优势菌群差异表明,犊牛腹泻是由梭杆菌属引起的。     

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

16S rRNA测序揭示猪日增重与肠道微生物的关系

为了探讨杜洛克公猪肠道微生物菌群与日增重的关系,根据91头杜洛克公猪平均日增重的高低,选择极端高低组各10头分为低组(LADG)和高组(HADG),收集粪便,利用16S rRNA测序分析LADG和HADG 2组猪的粪便微生物多样性和组成,并对其功能进行预测。结果:2组的alpha多样性差异不显著(P0.05);杜洛克猪的2个优势菌门是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),优势菌属是普氏菌属(Prevotella)和乳酸菌属(Lactobacillus);LADG组中螺旋体门(Spirochaetes)、软壁菌门(Tenericutes)、WPS-2和疣微菌门(Verrucomicrobi)4个菌群的丰度要显著高于HADG组(P0.05),HADG组中的巨球型菌(Megasphaere)、粪杆菌属(Faecalibacterium)和韦荣氏菌(unclassified_f_Veilionellacece)3个菌群的丰度显著高于LADG组;HADG组中的微生物在疾病代谢通路,如嘌呤代谢和核黄素代谢高度富集,LADG组微生物在分泌系统等通路高度富集。试验结果提示:HADG组可能有较高的代谢水平,LADG组的分泌系统可能更发达。本研究丰富了杜洛克猪的早期选种的理论依据,并为理解早期宿主与微生物的相互作用提供了帮助。     

腹泻对圈养林麝肠道菌群的影响

为了研究腹泻对圈养林麝肠道微生物多样性的影响,笔者采用Illumina Nova高通量测序技术对18只腹泻林麝与54只健康林麝肠道微生物16S r RNA进行测序,结果获得操作分类单元(OTUs)2940个。腹泻组与正常组微生物群落结构以及多样性指数均差异极显著(P0.01)。其中属水平上腹泻组金黄杆菌属、德沃斯氏菌属、根瘤菌科未确定属和甲烷短杆菌极显著增加(P0.01);弯曲杆菌、螺旋体科未确定属、Candidatus_Soleaferrea、Tyzzerella、副拟杆菌、罗斯氏菌属、拟杆菌属、库特氏菌属、颤杆菌克菌属、螺杆菌、多尔氏菌属、梭菌科未确定属和不动杆菌属极显著降低(P0.01)。以上结果表明,腹泻时圈养林麝肠道微生物多样性发生剧烈变化,有害菌大量增殖、有益菌大量缩减。     

高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物群落特征

为了研究高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物多样性特征,探究肠道微生物与蛋鸡产蛋水平之间的关联性。应用16SrRNA基因V4~V5区进行高通量测序,检测高产期3个产蛋水平(高产组/低产组/极低产组:6只/6只/3只)蛋鸡粪便样品微生物的组成与菌群分布。结果表明:厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)在3组中均为优势菌群(≥1%),但各自占比在3组中有所差异;在属水平上,高产组中乳杆菌属丰度(66.05%)是极低产组(20.93%)的3倍;PCoA检测显示不同产蛋水平蛋鸡微生物群落结构差异明显,乳酸杆菌属是不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物菌群差异的主要菌属,推测其在肠道微生物中的占比与产蛋水平存在着关联性。     

四川白鹅不同肠段菌群多样性比较研究

试验利用Illimina MiSeq高通量测序对70日龄四川白鹅十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物进行微生物多样性分析。结果显示:①4个肠段微生物群落的α多样性(菌群丰度上)存在显著差异(P0.05);②4个肠段的菌群结构在6个菌门和13个菌属的相对丰度存在显著差异(P0.05);③盲肠微生物在7个菌属(脱硫弧菌属、拟杆菌属、拟杆菌属、相炭疽杆菌属、瘤胃球菌属、韦荣球菌属和Butycricimonas菌属)的相对丰度都显著高于其他3个肠段(P0.05),但是空肠的链球菌属和回肠的SMB53菌属的相对丰度均显著高于其他3个肠段(P0.05)。结果提示:鹅不同肠段的菌群组成存在显著差异,回肠和空肠微生物都参与粗纤维的消化,盲肠消化粗纤维的能力要强于其他3个肠段。     

采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性

本试验旨在采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性。选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14日龄开始补饲,断奶当日(30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不添加抗生素的基础饲粮。分别于断奶当日及断奶后1、2和3周随机选取6只健康幼兔屠宰,无菌采集盲肠内容物,从中选取3个样本提取微生物基因组总DNA,采用Illumina MiSeq测序技术检测其中的微生物群落多样性。结果显示:1)健康幼兔盲肠微生物群落α多样性指数指标(ACE值、Chao1值、Shannnon值)随日龄的增长有升高的趋势(P0.10)。2)不同日龄健康幼兔盲肠微生物各菌门的相对丰度差异不显著(P0.05),且均主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和疣微菌门组成;在科水平上,厚壁菌门主要由瘤胃球菌科和毛螺旋菌科组成,拟杆菌门主要由拟杆菌科和紫单胞菌科组成;在属水平上,拟杆菌属、Barnesiella、Akkermansia、普雷沃氏菌属和4种未知菌属为优势菌属;拟杆菌属和Parabacteroides在断奶当天的相对丰度较高,且与其他日龄组差异显著(P0.05)。3)健康幼兔盲肠中均存在乳杆菌属,且相对丰度在各日龄组间差异不显著(P0.05)。由此得出,断奶时健康幼兔盲肠微生物区系已基本建立,相对丰度最大的优势菌属为拟杆菌属,但断奶后随着日龄的增长,微生物组成趋于复杂。     

枯草芽孢杆菌与乳酸杆菌联合应用对断奶仔猪肠道菌群的影响

旨在研究枯草芽孢杆菌与乳酸杆菌联合应用对断奶仔猪肠道菌群的影响。采用Illumina MiSeq测序平台的16S rRNA测序技术分析不同处理后仔猪肠道菌群的变化。结果表明:处理组多样性指数Shannon指数均高于对照组(P0.05),Simpson指数均低于对照组(P0.05);门水平分类上拟杆菌门和厚壁菌门为优势菌群,拟杆菌门在联合益生菌组中的比例最高(61.6%),对照组中最低(43.3%);属水平分类上联合益生菌组与对照组相比存在显著性差异的菌群是颤螺菌属和瘤胃球菌属(P0.05)。结果提示,枯草芽孢杆菌与乳酸杆菌联合应用可以改善断奶仔猪肠道菌群结构,促进肠道内有益菌群的生长。     

木霉P3.9菌株对枇杷根际细菌多样性及其群落组成的影响

枇杷根际土壤用木霉P3.9菌株孢子悬浮液灌根，Illumina平台高通量测序，分析引入木霉P3.9菌株对枇杷根际细菌多样性及其群落组成的影响。结果表明枇杷根际土壤细菌优势菌群为Proteobacteria变形杆菌门、Actinobacteria放线菌纲、Propionibacteriales丙酸杆菌目、Nocardioidaceae类诺卡氏菌科、Aeromicrobium气微菌属。引入木霉P3.9菌株虽然导致枇杷根际细菌多样性略有下降，但是优势菌群种类及数量未发生变化。Nitrospirae硝化螺旋菌门1门；Nitrospira硝化螺菌纲、Phycisphaerae纲2纲；Desulfurellales硫还原菌目、Nitrospirales硝化螺旋菌目、Tepidisphaerales目3目；Desulfurellaceae硫还原菌科、Tepidisphaeraceae科、Rhodothermaceae科3科；Nitrospira硝化螺旋菌属、Nitrosospira亚硝化螺菌属、Nitrosomonas亚硝化单胞菌属、Chryseobacterium金黄杆菌属4属；Micromonospora auratinigra、Pseudonocardia khuvsgulenisi、Bacteroides vulgatus、Arabidopsis thaliana 4种急剧增加。Thermoleophilia油菌纲1纲；Corynebacteriales目、Frankiales目、Solirubrobacterales土壤红球菌目、Kineosporiales目、Ktedonobacterales目5目；Nocardiaceae诺卡氏菌科、Geodermatophilaceae科、Mycobacteriaceae分枝杆菌科、Hyphomicrobiaceae生丝微菌科、Solirubrobacteraceae土壤红色杆菌科、Cryptosporangiaceae 科6科；Amycolatopsis拟无枝酸菌属、Smaragdicoccus属、Solirubrobacter土壤红杆菌属、Blastococcus芽球菌属、Azohydromonas嗜血杆菌属、Rhodococcus红球菌属、Bauldia属、Nocardia诺卡氏菌属、Micromonospora小单孢菌属、Parviterribacter帕维特杆菌属、Fodinicola?矿生菌属11属；Rhodococcus wratislaviensis、Nocardia neocaledoniensis、Fordinicola feengrottensis 3种急剧下降。说明木霉P3.9菌株促使枇杷根际有益细菌增加，致病细菌减少，对连作枇杷根际土壤有修复作用。