针对fimW基因沙门氏菌的特异性PCR检测

为建立沙门氏菌快速检测方法,本研究根据沙门氏菌Ⅰ型菌毛蛋白调控基因fimW设计一对引物,建立PCR检测方法,并对收集的A群～F群14个血清型40株沙门氏菌和5种12株非沙门氏菌菌株进行PCR扩增.结果显示所有沙门氏菌均扩增出与预期(477 bp)相符的特异性片段,而非沙门氏菌扩增结果均为阴性.另外,以肠炎沙门氏菌50336株DNA为模板,敏感性试验结果显示该方法可以检测出扩增体系中1pg DNA染色体和102cfu的沙门氏菌.表明本研究建立了检测沙门氏菌简洁、敏感、特异的PCR方法.     

沙门氏菌PCR检测方法的建立

根据GenBank沙门氏菌侵袭蛋白A(invA)基因序列设计引物,扩增特异的202 bp核苷酸片段,经过优化PCR扩增条件,建立了沙门氏菌特异、敏感和快速的PCR检测方法。特异性试验结果表明,从沙门氏菌参考菌株中均能扩增出特异性的核苷酸片段,大肠杆菌、巴氏杆菌、金黄色葡萄菌、志贺氏菌、蜡样芽孢杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌的扩增结果均为阴性。敏感性试验结果表明,采用简便的直接煮沸裂解法制备样品DNA,该方法的敏感性可达2.43×103CFU/mL。     

饲料中沙门氏菌的PCR检测方法研究

研究应用PCR技术建立饲料中沙门氏菌的快速检测方法,根椐沙门氏菌的invA基因核苷酸序列设计1对特异性引物,分别对4种沙门氏菌的标准菌株及2种非沙门氏菌株进行PCR扩增。结果:4种沙门氏菌均扩增出331bp的特异条带,非沙门氏菌皆无特异条带,特异性达100%,敏感性达104cfu/ml。DNA序列分析证实,所扩增片段为沙门氏菌的invA基因的特异性片断。本研究建立的沙门氏菌检验方法具有较高的特异性和灵敏性,invA基因的序列分析表明,其基因序列较保守,可以做为PCR检验的目的模板。     

伯氏疏螺旋体TaqMan-MGB探针荧光定量PCR方法的建立及对新疆地区蜱的检测

为建立一种TaqMan-MGB探针实时荧光定量PCR方法,来快速、特异地检测伯氏疏螺旋体,根据GenBank发表的伯氏疏螺旋体16SrRNA序列,应用分子生物学软件进行比对,选取保守序列设计特异性引物及TaqMan-MGB探针,并优化荧光定量PCR反应体系及条件,分别对大肠杆菌、沙门氏菌及钩端螺旋体进行扩增;构建伯氏疏螺旋体标准株16SrRNA基因片段阳性质粒,10倍系列稀释后进行real-time PCR扩增,测定该方法的敏感性。结果可见:仅伯氏疏螺旋体出现阳性扩增,而大肠杆菌、沙门氏菌及钩端螺旋体扩增均为阴性;该方法对阳性质粒的检测限约为100 copies/μL。应用该方法对新疆地区的100份蜱DNA样本进行检测,发现7份为伯氏疏螺旋体阳性。结果表明,本研究建立的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR方法具有较高的特异性及良好的敏感性,为今后伯氏疏螺旋体的快速诊断及流行病学调查提供了技术支撑。     

应用复合PCR方法检测沙门菌的研究

参照文献报道的沙门菌Repeat se和hisJ基因片段的引物序列，设计并合成了2对引物，对沙门菌属和非沙门菌属的标准菌株及分离菌株进行了复合PCR扩增反应。结果，沙门菌PCR产物均出现199bp与495bp的特异性DNA扩增条带．而非沙门菌均未出现扩增条带，证明这2对引物具有沙门菌属特异性。将提取的沙门菌DNA做梯度稀释，测定该复合PCR体系的敏感度。结果表明，此体系可检出10^3CFU／mL菌液提取的DNA模板。应用上述方法，对进境鱼粉阳性样品进行了检测，均出现阳性结果。本研究表明，复合PCR是一种特异、敏感、快速的沙门菌检测方法，可应用于口岸系统鱼粉、肉骨粉的日常检测。     

鸡白痢沙门氏菌与其它致病性沙门氏菌的血清型特异性PCR鉴别检测方法的建立

为建立鸡白痢沙门氏菌与其他常见致病性沙门氏菌的血清型特异性快速PCR检测方法,本研究通过对Gen Bank中鸡白痢沙门氏菌、鸡伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌全基因组进行生物信息学分析,确定SEEP17495基因为鸡白痢沙门氏菌的检测靶基因,设计特异性引物,建立了一种能够直接从粪便样品中检测鸡白痢沙门氏菌的PCR检测方法。结果显示:该方法对于两株鸡白痢沙门氏菌均可以特异性地扩增出356 bp的目的片段,但对于7株常见非沙门氏菌致病菌和29株其他常见致病性沙门氏菌血清型的扩增结果均为阴性。该方法无论检测鸡白痢沙门氏菌纯培养菌,还是检测模拟鸡粪样品中的鸡白痢沙门氏菌,检测的灵敏度均为103cfu/m L。本研究建立的PCR检测方法具有良好的特异性和灵敏性,并且能够快速检测出粪便样品中的鸡白痢沙门氏菌,为鸡白痢沙门氏菌的检测提供了一种快速、有效的方法。     

LUX^TM荧光PCR快速检测沙门氏菌的研究

本研究针对沙门氏菌invA基因的保守序列,设计特异的LUX^TM荧光标记引物,通过优化反应奈件和参数,建立可快速检测沙门氏菌的LUX^TM荧光PCR检测方法。结果显示,该方法高度敏感,其对纯菌的检测低限达到10^2cfu／mL,经6h增菌培养后检测,对样品液的检测低限达到1cfu／mL;特异性强,测试的全部13株沙门氏菌标准和参考菌株均呈阳性反应,测试的全部27株非目标菌均呈阴性反应;重复性好,定量检测批内和批间的变异系数均小于2％。应用本方法检测食品样品240份,结果检出阳性4份,与TaqMan荧光PCR和SN标准检测结果完全一致。本方法可在8h内完成对样品中沙门氏菌的检测,其检测的快速性、敏感性和特异性与TaqMan荧光PCR技术相当,且检测成本较低。     

16SrDNA PCR法对实验用小鼠细菌感染的检测试验

通过合成细菌16SrDNA高度保守区引物，采用PCR法对16种标准菌株DNA和小鼠 的基因组DNA、人基因组DNA、乙肝病毒、巨细胞病毒进行扩增，PCR法结果表明：细菌具有371bp 扩增产物，与小鼠基因组DNA、人基因组DNA、巨细胞病毒和乙肝病毒无交叉阳性反应。PCR法最低能检测100fg大肠埃希菌DNA。检测实验动物细菌感染，具有快速、特异性和敏感性高的特点。本研究证实：16SrDNA PCR法能够快速，特异地检测实验动物常见细菌感染，具敏感性高。     

双重PCR检测肠炎沙门氏菌方法的建立

沙门氏菌是引起人类食物中毒事件的主要病原之一,其中,肠炎沙门氏菌因其可感染家禽、污染禽蛋而受到广泛关注。本试验根据沙门氏菌属特异性基因片段fimY和肠炎沙门氏菌特异性基因片段sdfI分别设计一对引物,对25株沙门氏菌和大肠杆菌进行双重PCR扩增,结果显示22株沙门氏菌均出现与理论值大小497bp相符的属特异性条带,作为对照的3株大肠杆菌则未显示该条带,并且7株肠炎沙门氏菌均出现与理论值大小293bp相符的特异性条带。另外,敏感性试验结果显示肠炎沙门氏菌50336和鸡白痢沙门氏菌SP1的模板浓度分别为18ng和15ng时仍能清晰扩增出特异性条带。上述结果表明建立的PCR方法具有快速简便、灵敏性高、特异性强等特点,为公共卫生、食品安全、畜牧兽医及出入境安检等多部门检测和监测沙门氏菌提供了前提基础和技术保障。     

PCR技术在鼠金黄色葡萄球菌检测中的初步研究

根据已公布的金黄色葡萄球菌耐热核酸酶nuc基因的序列 ,设计并合成一对特异性的引物 ,利用PCR技术扩增nuc基因片段。对金黄色葡萄球菌和其他非金黄色葡萄球菌菌株抽提的DNA进行扩增。结果金黄色葡萄球菌PCR产物出现 6 6 8bp的特异性DNA扩增片段 ,而其他非金黄色葡萄球菌未出现扩增片段 ,证实了合成的引物对金黄色葡萄球菌具有特异性。将抽提的金黄色葡萄球菌DNA进行系列稀释 ,测定此PCR体系的敏感性。结果显示 ,该PCR体系能检出 3pg金黄色葡萄球菌DNA ,且从抽提DNA到PCR扩增及电泳结束仅需 4h。因此 ,研究所建立的扩增耐热核酸酶nuc基因检测鼠金黄色葡萄球菌的PCR方法 ,具有快速、可靠、敏感和特异的特点 ,可用于临床样品和金黄色葡萄球菌感染时的检测 ,适合应用于实验大小鼠的监测     

肠炎沙门菌LAMP检测方法的建立

为建立一种能快速检测肠炎沙门菌(SE)的方法,本研究根据基因库中SE种特异性基因(sdfⅠ)的保守序列,设计一套特异性环介导等温扩增(LAMP)引物,建立了SE的LAMP可视化检测方法。该方法的敏感性可达100fg DNA,高于常规PCR方法100倍;全部反应可在1h内完成;可通过肉眼观察颜色直接判定结果;对其他常见病原体的检测结果均为阴性。结果表明建立的LAMP方法简便、快速、灵敏、特异,可用于SE感染的快速检测。     

沙门氏菌LAMP快速检测方法的建立

为实现沙门氏菌的快速检测,根据沙门氏菌特异性invE、hilA、invA、hut基因编码区序列,分别设计合成4套引物,通过对引物筛选和反应条件优化,建立了以invA特异性基因设计合成为引物的沙门氏菌环介导等温扩增检测方法。本方法对沙门氏菌定性检测灵敏度可达到101CFU/mL (细菌浓度),其灵敏度比普通PCR高10倍且反应结果易于观察。以6种沙门氏菌和8种非沙门氏菌细菌DNA为模板进行LAMP扩增检测,并无交叉反应。结果显示,设计的LAMP引物组和建立的沙门氏菌的LAMP检测方法具有特异性好、灵敏度高、快速、费用低廉等优点,可应用于动物和食品样品中肠道沙门氏菌6个亚种的快速检测。     

沙门氏菌LAMP检测方法的建立

The assay was aimed to establish a rapid, sensitive and specific method of loop-mediated isothermal amplification (LAMP) for the detection of Salmonella. According to the highly conserved STN gene of Salmonella reported in GenBank, we designed a set of primers, and then followed by a series of LAMP optimization of reaction conditions, specificity test, sensitivity test, stability test and enzyme test. The sensitivity of LAMP and conventional PCR were compared.The results showed that the optimal reaction temperature of LAMP was 65 ℃, when only amplification of Salmonella, the minimum detectable concentration was 10¹ CFU/mL, which was more than conventional PCR detection by one order of magnitude. The results showed that LAMP method had the qualities of specificity, high sensitivity, short time-consuming and convenience for the detection of Salmonella, which was expected to develop into an effective method     

PCR扩增invA基因特异性检测沙门氏菌

建立了扩增invA基因检测沙门氏菌的PCR方法。对收集的50个血清型123株沙门氏菌及7种27株非沙门氏菌进行PCR,2％琼脂糖电泳检查,结果所有沙门氏菌都扩增出了300bp的特异性产物,非沙门氏菌都未扩增出此目的条带。产物的特异性由slot blot杂交进一步证实。通过电泳判定结果,该法可检出扩增体系中10pg染色体DNA及10~2cfu的纽波特沙门氏菌50029。为下步克隆而设计的两个酶切点（Bam HI,Eco RI）对引物的特异性没有影响。本研究为沙门氏菌的检测提供了简洁、敏感、特异的新方法,同时为克隆invA基因做属特异性探针打下了基础。     

铜绿假单胞菌flgE基因PCR检测方法的初步建立

为建立一种基于铜绿假单胞菌flgE基因的PCR检测方法,本试验根据GenBank中已发表的铜绿假单胞菌flgE基因序列,设计合成了1对特异性引物,由铜绿假单胞菌基因组DNA中扩增获得了目的基因。从退火温度、循环次数、Mg2+浓度、dNTPs浓度和引物浓度5个方面优化了反应条件,并检测了该方法的特异性和敏感性。结果成功扩增出了铜绿假单胞菌1 400 bp的flgE特异性基因片段,最佳退火温度、循环次数、Mg2+浓度、dNTPs浓度和引物浓度分别为56℃、30个循环、1.6 mmol/L、0.2 mmol/L和0.3μmol/L。特异性试验表明,仅铜绿假单胞菌中可扩增出目的片段,而多杀性巴氏杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、志贺氏菌、致病性大肠杆菌和金黄色葡萄球菌中均未扩增出相应片段。敏感性试验结果表明,本方法可检测到最低10 pg/μL的铜绿假单胞菌基因组DNA以及100 CFU/mL的病原菌。     

链球菌、金黄色葡萄球菌、沙门菌和大肠杆菌多重PCR检测方法的建立及应用

根据NCBI上已收录的链球菌ef-tu基因、金黄色葡萄球菌nuc基因、沙门菌hut基因和大肠杆菌23SrRNA基因的序列,设计并合成4对特异性引物,通过优化多重PCR的反应条件,建立了能够同时检测4种细菌混合感染的多重PCR诊断方法。特异性分析结果表明,应用该方法可以从链球菌、金黄色葡萄球菌、沙门菌和大肠杆菌以及4种细菌的混合物中扩增出4条大小分别为197、278、495和652bp的特异性条带,其他对照组的检测结果均为阴性;敏感性分析表明,该方法对4种病原菌基因组DNA的检出量分别为链球菌25.6pg、金黄色葡萄球菌33.2pg、沙门菌35.7pg、大肠杆菌52.1pg;人工模拟感染样本检测表明,该方法能从混合感染的病料中特异地检测出4种病原菌。本试验建立的多重PCR方法具有特异性强,敏感度高,稳定性好的特点,可以有效的检测链球菌、金黄色葡萄球菌、沙门菌和大肠杆菌的混合感染。     

Rapid PCR detection of Salmonella in horse faecal samples

A rapid polymerase chain reaction (PCR) assay was developed for detecting Salmonella in faeces of horses and assessed on samples from horses admitted to a veterinary hospital. Direct detection was achieved by amplification of part of ompC after extraction of DNA from faeces using a spin column method to reduce the amount of inhibitory substances in samples. An internal positive control was included to detect false negative results. While the sensitivity of the PCR assay was less than culture when assessed on faeces inoculated with Salmonella, its sensitivity on faecal samples obtained from horses was much greater than culture. Salmonella DNA was detected in 40% of faecal samples using the PCR assay while Salmonella were cultured from only 2% of the samples. The PCR assay has potential for use in either routine diagnosis or for detection of the carrier status in animals.     

鸽圆环病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法的建立及应用

为建立一种针对鸽圆环病毒(PiCV)的快速诊断方法,试验根据PiCV的Rep保守基因序列,设计合成一对特异性引物,建立了PiCV荧光定量PCR检测方法,对其敏感性、特异性、重复性进行评价并利用该方法对临床样本进行检测。结果表明:在最佳反应条件下,所建立的PiCV荧光定量PCR方法在1.43×10²~1.43×10⁸copies/μL标准品范围内具有良好的线性相关性,线性相关系数为0.998;敏感性试验结果显示,该方法最低可检测到1.43×10²copies/μL标准品,是常规PCR检测方法的1000倍;特异性试验结果显示,该方法与其他常见的鸽病病原不发生交叉反应;重复性评价结果显示,批内与批间的变异系数均小于0.8%;所建立PiCV荧光定量PCR方法对临床鸽血清样品检测结果显示,PiCV阳性率达38.7%,高于常规PCR方法的检测阳性率(28.7%),说明该方法具有良好的适用性。研究结果PiCV的流行病学调查、病原学监测及定量研究奠定了基础。     

Sensitivity of different Trypanosoma vivax specific primers for the diagnosis of livestock trypanosomosis using different DNA extraction methods

There are several T. vivax specific primers developed for PCR diagnosis. Most of these primers were validated under different DNA extraction methods and study designs leading to heterogeneity of results. The objective of the present study was to validate PCR as a diagnostic test for T. vivax trypanosomosis by means of determining the test sensitivity of different published specific primers with different sample preparations. Four different DNA extraction methods were used to test the sensitivity of PCR with four different primer sets. DNA was extracted directly from whole blood samples, blood dried on filter papers or blood dried on FTA cards. The results showed that the sensitivity of PCR with each primer set was highly dependant of the sample preparation and DNA extraction method. The highest sensitivities for all the primers tested were determined using DNA extracted from whole blood samples, while the lowest sensitivities were obtained when DNA was extracted from filter paper preparations. To conclude, the obtained results are discussed and a protocol for diagnosis and surveillance for T. vivax trypanosomosis is recommended.     

7种猪场常见高致死病原GeXP检测方法的建立

本研究旨在建立能同时检测猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、坏死梭杆菌(Fn)和副猪嗜血杆菌(Hps)7种猪场常见高致死性流行病原的多重PCR检测方法。利用7种病原体的保守序列设计7对特异性引物,同时合成了Cy-5标记的通用引物。将通用引物分别连接到特异性引物的5′端形成7对特异性嵌合引物。优化反应条件,分别使用7组嵌合引物和通用引物混合,扩增7种病原的混合cDNA/DNA,验证其单重PCR的特异性。利用GeXP多重基因表达遗传分析系统,混合7种嵌合引物和通用引物,扩增单一病原的cDNA/DNA,验证其多重PCR特异性;将其他常见猪病病原的基因组作为干扰的阳性标本,利用7对混合嵌合引物和通用引物进行多重PCR分析,扩增加入了阳性标本的混合模板,验证其多重PCR的抗干扰能力。利用重组质粒和体外转录的RNA进行梯度稀释,确定GeXP多重检测体系的灵敏度。结果表明,7种不同引物分别进行GeXP单重及多重检测,均能检测出特异性目的片段的信号,无明显的干扰片段信号出现;GeXP多重检测抗干扰试验结果显示,在混入3种干扰病原模板后,依然可同时特异性检测出7种病原;GeXP多重检测灵敏度分析显示,在10~3拷贝/μL浓度条件下能检测到7种不同基因的特异性结果。本研究建立的同时检测7种猪场常见高致死性流行病原的GeXP检测方法具有高通量、高特异性和高灵敏度的特点,为快速诊断猪流行性疾病的交叉感染和混合感染提供了新型的检测方法。