微卫星标记分析福建地方品种猪的遗传多样性

采用8个微卫星座位对福建省5个地方猪种(槐猪、官庄花猪、莆田黑猪、闽北花猪、武夷黑猪)的遗传结构进行了分析,计算了遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量、Nei氏标准遗传距离。结果表明:8个位点均为高度多态位点;5个猪种群体内的遗传多样性比较高,8个微卫星位点平均杂合度介于0.7006～0.7760之间;多态信息含量在0.6917～0.7609之间;槐猪与武夷黑猪的遗传距离最小0.5531,官庄花猪与闽北花猪的遗传距离最大0.8618。     

11个猪种SLC6A14基因3个SNPs的群体遗传变异研究

本研究旨在了解猪种的遗传变异、种群间的亲缘关系和遗传分化。以白色杜洛克×二花脸资源家系F0代的17头二花脸母猪和2头白色杜洛克公猪的DNA池为模板,通过直接测序在猪SLC6A14基因内识别4个SNPs,以3个突变位点(g.7944AT、c.1438GA、g.21063GT)为基础,通过PCR-RFLP技术,对11个中外猪种进行多态性检测。结果表明:在SLC6A14g.7944AT和g.21063GT2个突变位点上,所有检测猪种都出现变异,其中槐猪、二花脸猪在g.7944AT位点上变异显著(0.01P0.05);而里岔黑猪、槐猪、玉山黑猪、合作藏猪、八眉猪在g.21063GT内变异极显著(P0.01),以GT基因型为主,且二花脸猪中出现TT基因型;在SLC6A14c.1438GA突变位点上,3个欧洲猪种(长白、大白、杜洛克)没有出现变异,均为GG纯合型,而其他猪种在此位点上均存在变异;再根据11个猪种3个位点的多态性信息计算Nei氏遗传距离,由UPGMA法构建聚类图,说明中国地方猪种与外引猪种存在明显的遗传分化;由此得出中国地方猪种比外引猪种有高的遗传多样性和变异,且存在明显的遗传分化,品种间多数猪种符合品种地域分布和品种特性。     

太湖流域地方猪种遗传结构评估和体重体尺性状差异相关选择位点鉴定

旨在解析太湖流域地方猪品种内部遗传结构,鉴定梅山猪亚群间、二花脸群体间和米猪群体间体重体尺性状差异的候选基因。试验采集440头猪样本(代表太湖流域地方猪最全面血统)进行基因芯片分型,并使用该基因分型数据集进行多种群体遗传学分析,明确太湖流域地方猪品种内部的遗传结构,并鉴定梅山猪亚群间、以及二花脸和米猪群体间体重体尺性状差异的候选SNP位点和候选基因。结果显示:在太湖流域地方猪种内部,二花脸猪与米猪间的亲缘关系最接近,其遗传距离小于梅山猪两个亚群间的遗传距离,并且拥有最为一致的进化路线。太湖流域地方猪各品种及梅山猪品种内两个亚群间都达到高度分化水平,Fst值均大于0.25,ADMIXTURE分析表明,包括梅山猪两个亚群在内的8个群体的群体结构不完全一致,在K=8时,各自展现出完全不同的祖先血统组成。通过梅山猪亚群间Fst分析、以及米猪和二花脸猪间Fst分析,在猪1、3和6号等染色体上,共鉴定到24个位点在两个分析中都表现出受选择状态,并在这些位点上下游50 kb范围注释到20个基因,其中有8个基因被报道与体重体尺性状相关。此外,受选择位点形成的选择区域与多个猪体重体尺相关QTLs重叠。试验确定了太湖流域地方猪种内部遗传结构,初步解析了这些猪种体重体尺性状差异的遗传基础,为进一步保护和利用这些种群奠定了良好的理论基础。     

深县猪保种群遗传多样性简化监测方法研究

为建立深县猪种群多样性监测的简化指标体系,试验采集河北省深县猪4个世代179头猪样本,采用联合国粮农组织和国际动物遗传协会联合推荐的27个微卫星标记进行群体遗传多样性分析,对27个微卫星标记进行两阶段、多梯度抽样,并根据抽样群体和总群体的多态信息含量（PIC）值的变化确定适宜抽样微卫星位点数,再以4个世代样本进行验证。结果表明,选取8个微卫星位点时与全部位点的比较相对偏差可控制在5%以内,且以各分世代的验证比较相对偏差在10%左右,通过比较确定以S0155、S0228、SW632、S0090、CGA、S0101、S0227、SW122这8个微卫星位点构成的简化指标体系可较好地反映深县猪种群遗传多样性的变化。因此,深县猪的保种群群体遗传多样性监测可以简化为检测这8个微卫星位点,同时本研究采用的方法也可为其他保种群的遗传多样性监测方法的简化处理提供参考。     

中国地方猪种线粒体基因组遗传多样性及其系统发育分析

为从分子水平上探究中国地方猪种遗传多样性和分类地位,本试验采用生物信息学方法比较了6个类型共22个中国地方猪种的线粒体基因组全序列,分析了其多态性,并构建了6个类型猪种线粒体D-loop区单倍型的网络中介图以及基于线粒体D-loop序列、Cytb基因、完整编码区序列的系统进化树。结果表明,6个类型22个猪种中共检测到了144个多态位点,22种单倍型,说明地方猪种具有丰富的遗传多样性;地方猪线粒体基因组序列中核苷酸变异以转换为主,且Ti/Tv大于转换/颠换比临界值（2.0）,变异位点均符合中性突变。6个类型猪种间遗传距离均较小,且有共享单倍型。系统进化树结果表明,6种类型地方猪种主要聚为两个支系。表明线粒体D-loop序列及Cytb基因均可作为研究种内系统发育、起源进化的分子标记。     

利用微卫星标记对中国4种小型猪的遗传多样性研究

本研究通过10个微卫星位点对我国特有的4个小型猪种（五指山猪、滇南小耳猪、贵州小型香猪、巴马香猪）进行了遗传学检测，结果表明：除S0003位点表现为单态外，其它9个位点均为高度或中度多态位点；4个小型猪种群体内的遗传多样性比较高，平均基因杂合度分别为0.7165，0.6611，0.6602，0.5990；多态信息含量在0.5774－0.6871之间；五指山猪与贵州小型香猪的遗传距离较近，与滇南小耳猪次之，它们与巴马香猪都较远。     

能源草芦竹遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对我国6省11个芦竹种群共89个个体的遗传多样性水平和遗传结构进行了研究。从UBC801~900中筛选出7个有效引物,共扩增出40个位点,其中多态性位点为38个。PCR产物的分子量为100~2 000 bp。在物种水平上,Shannon多样性指数为0.494,Nei指数为0.329,遗传分化系数G_st为0.826,平均基因流N_m为0.097。种群内的平均遗传多样度H_s为0.040。表明芦竹在物种水平上具有较高的遗传多样性而种群内的分化极小。UPGMA法聚类结果表明, 芦竹11个种群分为3个类群:浙江和江苏的芦竹聚为一簇,湖南、贵州和广西的芦竹聚为一簇,云南种群单独为一支。不同种群芦竹亲缘关系的远近与它们的地理距离有一定的关系,但不完全一致。     

西藏小型猪细胞色素b的分子遗传学研究

本研究旨在对西藏小型猪Cytb基因序列和氨基酸序列进行分析,研究其遗传分化及其与欧洲品种猪和中国几个地方猪种的亲缘关系。结果表明,西藏小型猪Cytb基因序列有9个变异位点,核苷酸多样性为0.0789。中国猪种包括西藏小型猪的Cytb基因序列与欧洲品种猪相比有16个主要突变位点,其中西藏小型猪有2个特殊碱基突变位点:420位点的T→C转换和883位点的G→A转换,几乎各占50%。氨基酸序列分析表明,西藏小型猪与欧洲品种猪有3个氨基酸位点存在着差异,其中在295位点,一部分西藏小型猪与以上其它几个品种猪同为缬氨酸(V),而另一部分西藏小型猪为异亮氨酸(I)。结果显示只有部分西藏小型猪与巴马小型猪、贵州香猪、五指山猪有很近的亲缘关系,同时证实西藏小型猪群体内存在遗传分化。     

安徽地方猪种血液蛋白多态性研究

应用聚丙烯酰胺凝胶电泳法(PAGE),对安徽省5个地方猪种群体进行了血液蛋白多态性研究,计算了各座位的基因型频率、基因频率、基因纯合度和Shannon信息指数,并探讨了群体间的亲缘关系和遗传距离。结果表明:不同种群在Tf,Am,Cp,Po2和Est5个血清蛋白座位上的遗传差异较大,血清蛋白座位的优势基因在不同群体中有不同的频率;同时,5个地方猪种群体的平均遗传多样性指数及Shannon信息指数都较高(h≥0.3805,p≥0.9098),种群内遗传变异较大。     

中国地方猪遗传多样性研究进展

我国拥有丰富的猪品种和遗传资源，研究其遗传多样性不仅有利于科学、有效地开展地方猪遗传资源的保护工作，同时对猪的分类鉴定、选育提高、开发利用等具有重要意义。本文对2018年以来中国地方猪种基于微卫星位点、mtDNA、SNP芯片、简化基因组测序和全基因组重测序的遗传多样性研究进行综述，以期为中国地方猪种的遗传资源保护、开发和利用提供参考。     

Genetic structure of pig breeds from Korea and China using microsatellite loci analysis

To understand molecular genetic characteristics of Korean pigs, the genetic relationships of nine pig breeds including two Korean pigs (Korean native pig and Korean wild pig), three Chinese pigs (Min pig, Xiang pig, and Wuzhishan pig), and four European breeds (Berkshire, Duroc, Landrace, and Yorkshire) were characterized from a 16-microsatellite loci analysis. The mean heterozygosity within breeds ranged from 0.494 to 0.703. Across multiple loci, significant deviation from Hardy-Weinberg equilibrium was observed in most pig breeds, except for two Chinese pigs (Min pig and Wuzhishan pig). This deviation was in the direction of heterozygote deficit. Across population loci, 36 of 144 significantly deviated (P < 0.05) from Hardy-Weinberg equilibrium. The mean FST, a measure of genetic divergence among subpopulations, of all loci indicated that 26.1% of total variation could be attributed to the breed difference. Relationship trees based on the Nei's DA genetic distance and scatter diagram from principal component analysis consistently displayed pronounced genetic differentiation among the Korean wild pig, Xiang pig, and Wuzhishan pig. Individual assignment test using a Bayesian method showed 100% success in assigning Korean and Chinese individual pigs into their correct breeds of origin and 100% exclusion success from all alternative reference populations at P < 0.001. These findings indicate that the Korean native pig has been experiencing progressive interbreeding with Western pig breeds after originating from a North China pig breed with a black coat color. Considering the close genetic relationship of Korean pigs to the Western breeds such as Berkshire and Landrace, our findings can be used as valuable genetic information for the preservation and further genetic improvement of the Korean native pig.     

猪水通道蛋白7基因第4内含子多态性分析

本研究旨在探讨国内外猪种水通道蛋白7(aquaporin 7,AQP7)基因多态性,以期为进一步研究猪AQP7基因与脂肪沉积性状的相关性提供理论依据。采用PCR-RFLP方法检测了猪AQP7基因第4内含子G/A在6个猪群中的多态性分布。检测结果表明,经PstⅠ酶切后发现了GG、AG和AA 3种基因型。在莱芜猪、里岔猪、鲁莱猪、杜洛克猪和大约克猪5个猪种中G均为优势等位基因,而在沂蒙猪中A为优势等位基因。χ²检验结果发现,基因型分布在莱芜猪、鲁莱猪和沂蒙猪群体达到了哈代－温伯格平衡(P>0.05),而里岔猪、杜洛克猪和大约克猪群体中均未达到平衡状态(P<0.05);不同基因型在群体间的分布差异极显著(P<0.01)。群体遗传特性分析表明,有效等位基因数在0.3084~0.4953之间,多态信息含量在0.2609~0.3726之间,属于中度多态。本研究结果提示,地方猪种、引进猪种和培育猪种AQP7基因内含子4的基因型分布存在明显差异,A等位基因作为脂肪沉积的有利等位基因尚需进一步验证。     

江西地方猪种血液蛋白及酶的多态性研究

采用聚丙烯酰胺凝胶和淀粉凝胶电泳方法测定了１４个江西地方猪种的血清转铁蛋白（Ｔｆ）、前白蛋白（Ｐａ）、后白蛋白（Ｐｏ）、淀粉酶（Ａｍ）、血液结合素（Ｈｐｘ）和铜蓝蛋白（Ｃｐ）的多态性，统计和计算了基因频率、标准遗传距离，并进行了聚类分析。结果表明，江西地方猪种在Ｔｆ、Ｐａ、Ｐｏ、Ａｍ、Ｈｐｘ位点存在高度的多态性，各品种间的标准遗传距离从０．００５５～０．２２５１不等，显示江西地方猪种存在明显的遗传多样性。     

中国地方鸭品种资源的分子遗传多样性

通过筛选的28个多态性较好的微卫星标记，检测了我国24个地方鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数和群体间的遗传距离，采用邻接法构建了聚类图，并进行了系统发生分析。结果表明：28个微卫星座位在我国家鸭群体中的多态信息含量除APL23和APL79为中度多态外，其他座位均为高度多态座位，可以作为有效的遗传标记用于鸭种之间遗传多样性分析和系统发生关系的分析；我国所有家鸭群体平均杂合度（0．569）低于国内的家鸡和家鹅，其遗传多样性相对贫乏；聚类结果分析表明了各家鸭品种的分子系统发生关系与其育成史、分化及地理分布比较一致。     

中国部分猪种同种异名问题的研究 Ⅰ.中南及华东六省区两头乌猪及小耳猪遗传关系的研究

对我国中南及华东六省区11地方猪品种(系)1171头猪进行的血清前白蛋白、后白蛋白、转铁蛋白以及铜蓝蛋白多态性实验结果表明,主要饲养于湖北省的通城猪、监利猪,湖南省的沙子岭猪,江西省的赣西两头乌猪、蒙山猪,广西壮族自治区的东山猪以及浙江省的金华猪Ⅰ系、Ⅱ系、Ⅲ系各两头乌猪品种(系)问存在着紧密的遗传关系;同样,4个血清蛋白多态位点的实验结果也表明了饲养于广东及广西二省区的广东小耳猪和陆川猪有着密切的遗传关系。     

利用DNA条形码对海南特种野猪的鉴定研究

试验旨在探讨以猪的细胞色素氧化酶Ⅰ（cytochrome C oxidase subunitⅠ,COXⅠ）基因的特定区段作为DNA条形码识别海南特种野猪与其他品种的可行性和有效性。以海南特种野猪、海南野猪、屯昌猪、五指山猪及长白猪为研究对象,测定其COXⅠ基因,同时在NCBI中下载已发表的具有地方代表性的13个猪品种的COXⅠ基因序列,分析海南特种野猪与其他品种的遗传多样性、遗传距离,并构建系统进化树。结果发现,猪COXⅠ基因序列长1 419 bp,5个猪品种45个个体COXⅠ基因共检测到67个变异位点,占分析位点的4.7%,其中简约信息位点22个;5个猪品种的种内遗传距离为0.001~0.019,其中海南特种野猪的种内遗传最大,为0.019;5个猪品种的种间遗传距离为0.009~0.123,其中海南特种野猪与长白猪的遗传距离最大,为0.123;海南特种野猪杂交情况比较明显,与海南本地品种五指山猪、屯昌猪和海南野猪都有聚类,与武夷黑猪、三都黑猪、陆川猪位于一个分支,另一部分与大花白猪位于一个分支,与长白猪没有聚类。本试验结果为海南特种野猪的进一步选育提供了参考依据。     

不同猪种ESR基因多态性的PCR-RFLP分析

运用PCR-RFLP方法,检测了杜洛克、约克夏、长白猪、皮特兰、梅山猪、二花脸猪、枫泾猪、荣昌猪、苏太猪等9个国内外猪种的ESR基因PvuⅡ位点多态性。结果表明,在约克夏猪、二花脸猪、枫泾猪和苏太猪中检测到了AA、AB、BB 3种基因型,在杜洛克猪、皮特兰猪中检测到AB、BB 2种基因型,在长白猪、梅山猪、荣昌猪中只检测到了AB基因型。在本研究中不同品种的A、B基因频率差异显著,总体上在国外猪群体中A等位基因为优势等位基因,而地方猪种中B等位基因为优势等位基因。     

Genetic diversity analyses of 10 indigenous Chinese pig populations based on 20 microsatellites

To study the genetic diversity of Chinese indigenous pig breeds, a total of 403 pigs from 10 local populations and 1 exotic Duroc breed were genotyped for 20 microsatellite markers. Heterozygosity and Wright's F-statistics (F(IS), F(ST), and F(IT)) were calculated to determine the genetic variation in those populations. The observed heterozygosities were in the range of 0.31 (Duroc) to 0.66 (Shengxian). The F(IS) value was in a range of -0.07 to 0.48. The mean F(ST) showed that approximately 78% of the genetic variation was within-population and 22% was across the populations. The 10 Chinese local breeds were classified into two major groups according to the phylogenetic tree, which was based on standard genetic distance. Four pig populations, Jianli, Ganxi Two Ends Black, Shaziling, and Dongshan were grouped into one branch. Before the study, these four populations were all classified as Central China Two Ends Black according to coat color, shape of the head, and shape of the ear. The Jinhua pig, which also has the two-ends-black coat color, was also grouped to the same branch but was not traditionally classified into this type. The five populations were located in various provinces in central China. The other five populations, Nanyang Black, Hainan Spotted, Huainan Black, Jiaxing Black, and Shengxian Spotted (black body, white feet), were grouped into another branch. The two groups of pig breeds had the same F(ST) value (0.14) when calculated separately. This value was similar to that of Iberian pigs (0.13) but smaller than that of the European pigs (0.27) as reported by other researchers. Our study showed that large genetic differentiation exists in Chinese pig breeds. The grouping of the five two-ends-black populations into one branch of the phylogenetic tree may indicate that the number of conservation farms can be decreased for this type of pig.