猪STAB2基因启动子的克隆及转录活性分析

旨在克隆和分析猪STAB2基因启动子及其转录活性。利用基因克隆、双荧光素酶报告基因系统以及生物信息学分析等方法,克隆得到了STAB2基因转录起始位点上游1 997 bp的候选启动子序列并对其序列特征进行了分析,同时,构建了不同长度的5'端缺失的重组载体并利用双荧光素酶报告基因系统分析了其荧光素酶活性,进而确定了STAB2基因的核心启动子区域及关键调控区域,并对关键调控区域内的转录因子及其结合位点进行了分析。结果表明:STAB2基因的候选启动子区域内包含4个核心启动子和1个Cp G岛;-309--39 bp为STAB2基因的关键调控区域,-1 045--309 bp可能存在一个正向调控元件,而-1 506--1 045 bp可能存在一个负向调控元件; STAB2基因的关键调控区域内包含72个转录因子结合位点,部分转录因子在这一区域具有多个结合位点,如Arnt∶∶Ahr、ZNF354C、Klf4和KLF5,并且,转录因子结合位点之间也存在重合区。为进一步研究猪STAB2基因的表达调控机制以及其在调控猪抗病和肌肉品质中的功能提供了理论依据。     

猪EIF2S3基因克隆测序及其组织表达谱分析

[目的]克隆猪EIF2S3基因mRNA全长,并进行生物信息学分析及检测其在猪各组织中的表达特征,为研究真核翻译起始因子2(eIF2)蛋白γ亚基的生物学功能打下基础.[方法]以荣昌猪胸腺mRNA为模板,采用RCAE-PCR克隆EIF2S3基因的mRNA全长序列,在线完成各种生物信息学分析后,利用实时荧光定量PCR分析猪EIF2S3基因的组织表达特征.[结果]猪EIF2S3基因mRNA全长1813 bp,其中蛋白质编码区(CDS)长1419 bp,5'UTR区、3'UTR区分别长14和380 bp,编码472个氨基酸.EIF2S3蛋白分子量51.1 kD,理论等电点(pI)8.62,包含58个带正电的氨基酸和52个带负电的氨基酸,其前体蛋白靠近N端区域有一个强疏水区;EIF2S3蛋白的空间结构由α-螺旋、β-折叠、延伸及无规则卷曲构成.EIF2S3蛋白氨基酸序列与狗和大白鼠的相似性最高(99.6%),其次是马、猫、牛、羊和人类(99.4%),与斑马鱼的相似性最低(96.6%).EIF2S3基因在猪的心脏、胸腺和淋巴组织中表达量较高,在脾脏和肌肉中呈中度表达,在肾脏中的表达量较低,而在肝脏中基本不表达.[结论]猪EIF2S3基因全长1813 bp,在核酸和氨基酸水平上与其他物种的EIF2S3基因高度同源,尤其与狗和大白鼠的遗传距离最近;其在猪心脏、胸腺和淋巴组织中的表达量较高,在肝脏中基本不表达,据此推测EIF2S3参与合成的蛋白更多地参与心脏泵血和免疫相关功能,基本不发挥能量代谢功能.     

湿热环境中温度和风速对妊娠母猪血清生化指标的影响

【目的】本研究旨在研究湿热环境中不同温度和风速对妊娠母猪的相关生化指标的影响。【方法】本实验选取年龄、体重相近、身体健康的妊娠母猪共20头,饲养于水帘风机猪舍,分别测定不同风速区间、温度中猪只的皮质醇(Cortistatin,CORT),丙二醛(Malondialdehyde,MDA),热应激蛋白70(Heat Shock Protein 70,HSP70)水平。【结果】风速、温度以及二者的互作效应能显著影响妊娠母猪血清中CORT的浓度(P0.05);血清中MDA和HSP70的浓度受到环境参数的显著影响,当温度超过等热区时,随着温度升高,血清中MDA和HSP70浓度显著升高(P0.05),风速对这二者的影响不显著(P0.05)。【结论】该实验结果显示,在我国西南地区,湿热环境会影响猪只体内的生化指标,造成一定的热应激,合理的增强圈舍风速,降低舍内温度能够一定程度的降低妊娠母猪的热应激。     

荣昌猪、长白猪先天免疫候选基因筛选

旨在探究影响荣昌猪和长白猪机体先天免疫功能的候选基因.以新生荣昌猪、长白猪胸腺为研究对象,利用RNA-seq分析荣昌猪、长白猪胸腺组织中的差异表达基因,同时对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,并通过qRT-PCR验证RNA-seq结果的准确性.结果表明:在新生荣昌猪和长白猪胸腺中,差异倍数在2倍以上的基因共421个,其中,荣昌猪相对长白猪上调的有231个,下调的有190个.GO富集分析发现,这些差异表达基因主要富集在清道夫受体活性、G蛋白偶联受体结合、T细胞活化、细胞分泌调节、胞吐作用调节、SNARE复合物组装调节等生物学过程.KEGG通路分析发现,这些差异表达基因主要参与细胞因子-细胞因子受体互作、cAMP信号、代谢(磷脂酶D、半胱氨酸和蛋氨酸)及一些疾病(非洲锥形病、癌症)相关信号通路.6个差异表达基因的RT-qPCR结果表明,此次RNA-seq的结果准确可靠.综合差异表达基因、GO和KEGG信号通路结果发现,TMSB15A和STAB2、SAA1和HP分别是荣昌猪和长白猪胸腺先天免疫的候选基因.     

合川黑猪保种群遗传结构及选择信号分析

旨在研究合川黑猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系、近交系数、家系结构和选择信号,以期更好地保护和利用合川黑猪这一遗传资源。本研究利用猪50K SNP芯片,对合川黑猪保种群内所含的58头健康成年种猪进行SNP检测;计算群体的有效含量、多态信息含量、多态标记比例、期望杂合度、观测杂合度、有效等位基因数以及最小等位基因频率,分析保种群体的遗传多样性;利用Plink软件构建状态同源(identity by state, IBS)矩阵和分析每个样本的连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH),Gamatrix(V2)软件构建基因组关系G矩阵,分析合川黑猪保种群的亲缘关系;利用Mega X(V10.0)软件进行群体聚类分析,研究合川黑猪保种群的家系结构;运用Tajima’s D和iHS方法分析合川黑猪群体基因组上受选择的信号区域,挖掘潜在的候选基因。结果表明,合川黑猪保种群体的群体有效含量、平均多态信息含量、多态标记比例、平均有效等位基因数、最小等位基因频率分别为4.2、0.156、0.534、1.38、0.141,说明合川黑猪保种群体的遗传多样性较丰富;群体的平均期望杂合...     

基于SNP芯片的盆周山地猪群体选择信号分析

为了分析盆周山地猪群体的选择信号，本研究利用猪50K基因芯片，运用Tajima’s D方法分析盆周山地猪群体基因组上受选择的信号区域，并通过生物信息学分析筛选受选择的候选基因。结果表明，盆周山地猪群体基因组上受选择的区域有252个，这些区域共包含267个候选基因，其中，在猪上已注释的基因184个，如免疫性状相关基因MYO1G、CD86、IKF2，肉质性状相关基因PRKAG3、PRDM16、SND1，繁殖性状相关基因FSHR、LTF、AP3B1和生长性状相关基因SREBF2、SDC3、SLIT3。候选基因GO功能富集表明，这些基因参与了机体的免疫、行为、心管发育等生物学进程。KEGG信号通路分析发现，部分基因可能与催产素信号通路相关。本研究首次构建了盆周山地猪全基因组水平上的选择信号图谱，筛选了受选择的重要经济性状候选基因，研究结果为更好地保护、开发和利用盆周山地猪奠定了理论基础。     

荣昌猪初产繁殖性状的全基因组关联研究

旨在鉴定荣昌猪初产繁殖性状的重要变异位点和基因,为荣昌猪繁殖性状的遗传改良提供重要的分子标记和基因资源。本研究选取429头荣昌母猪进行猪50K芯片基因分型,经过质量控制和基因型填充后,保留35 046个SNPs用于分析。采用主成分分析法研究群体结构,利用混合线性模型(mixed-linear model, MLM)将出生年、出生月作为固定效应,将主成分值作为协变量对总产仔数、活产仔数、死胎数和初生窝重性状进行全基因组关联分析(GWAS)。结果显示,在全基因组显著水平上鉴定出2个影响荣昌猪初生窝重的SNPs和1个影响荣昌猪死胎数的SNP;在潜在显著水平上鉴定到5个影响荣昌猪总产仔数的SNPs, 3个影响荣昌猪活产仔数的SNPs和10个影响荣昌猪死胎数的SNPs。通过全基因组关联分析筛选到1个显著的SNP(SSC17:57 315 180 bp)同时影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重,1个显著的SNP(SSC1:279 214 647 bp)同时影响荣昌猪活产仔数和总产仔数,暗示基因在不同性状间具有一因多效性。本研究根据候选基因的相关分子生物学功能,确定BMP7基因为影响荣昌猪总产仔数...     

猪CD127流式单克隆抗体的研制

[目的]研制出猪CD127(调节因子IL-7受体α链)流式单克隆抗体,为研究分析猪淋巴细胞亚群,尤其是猪Treg细胞亚群提供流式细胞分析抗体,也为进一步探究猪抗病性状与免疫机制间的关系打下基础.[方法]克隆猪CD127基因片段,通过原核载体诱导表达出相应的融合蛋白,以纯化后的融合蛋白免疫Balb/c小鼠,然后取其脾细胞与SP2/0骨髓瘤细胞融合,综合ELISA和流式细胞仪检测筛选出亚克隆抗体,并采用Western blotting验证所得亚克隆抗体能否与猪淋巴细胞上的CD127特异性结合.[结果]猪CD127基因cDNA全长1999 bp,第49~1428 bp为开放阅读框(ORF),编码459个氨基酸,其中前21位氨基酸为信号肽,成熟肽N端第1~219位氨基酸为胞外蛋白,第220~242位氨基酸为跨膜蛋白,第243~459位氨基酸为胞内蛋白.以pET28a和pET32a原核载体诱导表达CD127胞外片段可获得大小介于34~43 kD的融合蛋白,经Ni亲和层析柱纯化后用于免疫Balb/c小鼠,6只免疫小鼠血清中的多克隆抗体均能对猪淋巴细胞中的CD3阳性细胞(CD3+)进行共标记,其中以M2和M4两只免疫小鼠抗血清对CD3+的共标记效果较优,分群清晰;但流式细胞仪检测发现,仅2.3%的CD3+能与M2混合池培养基上清液中的分泌抗体共标记,而67.0%的CD3+能与M4混合池培养基上清液中的分泌抗体共标记,且分群清晰.从M4混合池中筛选出6株效价稳定的亚克隆细胞株(1E2、1D8、2F3、2F8、3C6和4E1),且以1D8、2F3、2F8和3C6亚克隆抗体标记的CD3+较多,其培养基上清液中的分泌抗体在猪胸腺和肌肉样品中均能检测出大小约50 kD的单一目的条带.[结论]制备获得的猪CD127流式单克隆抗体可与T淋巴细胞表面的IL-7受体特异性结合,同时在流式细胞仪检测过程中可用于猪Treg细胞亚群检测.     

胎次、产程和季节对荣昌母猪繁殖性能的影响

旨在研究不同胎次、产仔时长以及不同季节对荣昌母猪繁殖性能的影响,对国家级荣昌猪保种场682头荣昌猪的1 802窝产仔数据进行分析.结果表明,2～8胎荣昌母猪产仔性能较佳,其中5胎具有最高的断奶仔猪(8.70±2.03)头;夏季高温对母猪的繁殖性能产生影响,其中断奶仔猪(7.64±2.24)头显著低于秋季(P＜0.05)...     

湿热环境对生长育肥猪生长性能的影响

研究湿热环境中温度、湿度以及温度湿度复合效应对生长育肥猪生长性能的影响,试验在夏季高温高湿气候条件下将生长育肥猪由(32±1.7)kg饲喂至(97±2.1)kg,将135头生长育肥猪分为9组,分别在7、8、9月初(各3组)开始进行饲喂,尽可能涵盖不同体重猪在不同温度和湿度区间下生产性能的变化,使用Osbern全自动种猪...