一株塞内卡病毒A全基因组序列测定与致病性分析

本研究旨在明确塞内卡病毒A(Senecavirus A, SVA)FJLY株的基因组特性及其与其他毒株的同源性关系,并了解SVA-FJLY株的致病性。以分离自福建省某养殖场中的一株SVA-FJLY株为研究对象,参照其原型毒株SVV-001(GenBank No.DQ641257.1)全基因组序列设计5对引物,通过RT-PCR扩增、测序、拼接,获得SVA-FJLY株全基因组序列并进行序列分析;并通过滴鼻攻毒3～4周龄仔猪。结果表明,SVA-FJLY株基因组全长7 275 bp(不包括PolyA),SVA-FJLY株基因组存在一个多聚蛋白、VP1蛋白和VP2蛋白。SVA-FJLY株与参考毒株之间的基因组一级结构有较高的相似性,与HeB01-2017株(MF967574.1)相似性最高,达98.5%;而与SVA原型毒株SVV-001株(DQ641257.1)的相似性较低,为93.9%。SVA-FJLY株与国内几个毒株属于同一个分支,与国内的HeB01-2017株亲缘关系最近,同时与国外Colombia-2016株(KX857728.1)的亲缘关系最近。通过动物试验发现试验组猪攻毒10 d后,试验组2/3发病,对照组3/3正常,未出现仔猪死亡。通过全基因组序列测定获得了SVA-FJLY株全基因组序列并进行序列分析,明确SVA-FJLY株的基因组特性及其与其他毒株的相似性关系,了解了SVA-FJLY株的致病性,为SVA的反向遗传学和疫苗的研制提供参考依据,同时也丰富了SVA的基因组信息数据库。     

1株塞内卡病毒A型的基因组序列与演化分析

旨在分析塞内卡病毒A型（Senecavirus A，SVA） CH-HNCY-2019株的基因组特性和演化，参考SVA毒株SVV-001（GenBank No.NC011349）全基因组序列设计8对引物，通过RT-PCR扩增和测序获得SVA CH-HNCY-2019株全基因序列并进行序列分析。结果显示，SVA分离株CH-HNCY-2019基因组全长为7 294个核苷酸，与中国分离株核苷酸相似性为95.9%~99%，与美国经典株SVV-001核苷酸相似性最低。CH-HNCY-2019与大多数中国2017—2018年分离毒株亲缘关系较近，处于同一分支，而与中国2015—2016年分离株亲缘关系较远。与包括2019年中国广东4个SVA分离株在内的其他国内外分离株相比，CH-HNCY-2019的VP1蛋白的722位氨基酸由L突变为Q；VP3蛋白的499位氨基酸由A突变为V，528位氨基酸由P突变为S，582位氨基酸由E突变为K。本研究成功获得1株SVA CH-HNCY-2019全基因组序列，研究结果提示，SVA中国流行株具有多样性，而且在不断地演变，应加强SVA的分子流行病学调查、生物安全措施和疫苗研发以防止SVA在我国猪群中的广泛传播。     

塞内卡病毒CH/ZZ/2016株全基因组测序与分析

为了解塞内卡病毒分离株SVA/CH/ZZ/2016全基因组序列,设计4对相互重叠的特异性引物扩增基因片段,将扩增产物分别克隆至pCE2TA/Blunt-Zero载体并进行测序,拼接校正后获得SVA/CH/ZZ/2016株全基因组。结果显示,该毒株基因组全长7 292 bp,包括5''UTR（670 bp）、ORF（6 546 bp）以及3''UTR（76 bp）。选择国内外其他9株参考毒株序列,对编码区12个基因的核苷酸及编码氨基酸进行比对。结果显示,核苷酸同源性最高的是3B基因,最低的是VP1基因,其余基因的核苷酸序列同源性均在85.2%~100%之间。VP1基因遗传进化分析显示,SVA/CH/ZZ/2016株与美国分离株USAIL_Purdue_43_2016和USAIN_Purdue_3698_2016株亲缘关系最近,属同一进化分支,与原始毒株SVV-001株亲缘关系最远。对SVA/CH/ZZ/2016株和原始毒株SVV-001 VP1蛋白的氨基酸序列进行比对,发现共有10处氨基酸差异。本研究通过对SVA/CH/ZZ/2016株全基因组测序及分析,为进一步开展SVA分子生物学研究及流行病学调查提供了基础数据。     

番鸭源鸭肝炎病毒CH12株的分离与全基因组序列分析

从浙江省某疑似鸭病毒性肝炎的发病番鸭群分离到1株鸭肝炎病毒（Duck hepatitis virus,DHV）CH12株,分离毒株经动物回归试验、ELD50测定、中和试验等确定为DHV-1（基因A型DHV）。通过RT-PCR方法对DHV CH12株的全基因组序列进行分段扩增并测序。结果表明,CH12株的全基因组长度为7690 bp（不包括PolyA）,包括626 bp的5′UTR,6747 bp的ORF和317 bp的3′UTR。CH12株各基因均与基因A型DHV毒株的序列相似性较高,与基因B型和基因C型DHV毒株的序列相似性较低。全基因组核苷酸、多聚蛋白、VP0、VP3、VP1、2C和3D基因的进化分析均显示,CH12株均与基因A型DHV在同一进化分支上,亲缘关系较近,属于基因A型DHV。     

猪德尔塔冠状病毒CH7328株的致病性及全基因组序列分析

为了解猪德尔塔冠状病毒（Porcine deltacoronavirus,PDCoV） CH7328株的致病性,并分析其基因变异和遗传演变规律,试验通过病毒培养、间接免疫荧光试验（IFA）、病毒生长曲线及仔猪致病性试验鉴定病毒的生长特性和致病性,并分析该毒株的全基因组序列。结果显示,感染PDCoV CH7328株的ST细胞出现肿大变圆、细胞呈碎玻璃状且拉丝、细胞集聚成簇和脱落等病变。IFA结果显示,PDCoV CH7328株主要分布在细胞质中。生长曲线结果显示,PDCoV CH7328株在6 h就已开始增殖,在36 h时达到峰值,对应的TCID₅₀为10^-8.0/mL,随后逐渐下降。仔猪致病性结果显示,攻毒组仔猪出现腹泻、脱水和厌食等临床症状,仔猪小肠明显变薄、透明而充盈,小肠绒毛严重脱落、萎缩或减少、肠绒毛细胞坏死等。粪便病原检测结果显示,在攻毒第2天便能检测到病毒,之后排毒持续增加,而正常对照仔猪无任何临床现象。全基因组测序及序列分析显示,PDCoV CH7328株的基因组全长为25 420 bp,与国内GD株的相似性最高,达到99.9%;遗传演化结果显示,PDCoV CH7328株与国内HKU15-155、CHN-HN-2014和GD株处在同一进化分支,亲缘关系最近。本研究结果为中国PDCoV疫苗候选株的筛选及猪场疫病防控提供了参考数据和理论依据。     

犬瘟热病毒SH202003株全基因组序列分析

为了解上海地区犬瘟热病毒（Canine distemper virus，CDV）遗传变异情况，本研究采用首尾重叠的11对特异性引物，对CDV上海株SH202003进行RT-PCR扩增，将扩增片段进行反复测序，序列拼接后最终获得了SH202003株全基因组序列，应用Lasergene 7.0和Mega 6.0软件对全基因及H基因进行序列分析，并构建系统进化树。结果显示，SH202003株基因组全长为15 690 bp，编码6种结构蛋白（N、P、M、F、H和L），H和L基因间隔序列为CUA，L和5'端尾随序列为CAA，与Hebei株核苷酸和氨基酸相似性最高，达到98.6%和96.6%，与疫苗株核苷酸相似性在92.2%~94.3%，氨基酸相似性只有82.7%~87.0%；全基因进化树中，SH202003株与流行野毒株在同一分支，与疫苗株在不同的分支；H基因同样与Hebei株亲缘关系最近，核苷酸和氨基酸相似性分别为98.7%和99.5%，与疫苗株Snyder Hill、CDV3、Convac及Onderstepoort亲缘关系较远；SH202003株处于Asia-1型分支，属于Asia-1型强毒株；SH202003株具有9个潜在N-糖基化位点，与强毒株Hebei株一致。研究表明，上海株SH202003属于CDV强毒株，为Asia-1型，其H基因序列相对保守，具有9个潜在N-糖基化位点，但是全基因序列存在较多突变，与疫苗株的匹配度较差，可能是免疫犬依然发生犬瘟热的主要原因。     

传染性法氏囊病病毒超强毒GZ株VP2基因的克隆和序列分析

根据已发表的传染性法氏囊病病毒（IBDV）52/70株基因组序列，设计并合成了1对特异扩增IBDV VP2基因的引物。以IBDV超强毒（vvIBDV)GZ株基因组为模板，利用PT-PCR技术扩增出了1.5kb的cDNA产物，将VP2基因克隆于pUC119质粒上，得到重组pUC119质粒。对VP2基因全序列进行了测定。序列分析和聚类分析表明，GZ株与欧洲超强毒株UK661非常相似，而与经典强毒株、弱毒株和变异株相差较大。     

半番鸭胚中鹅细小病毒的分离鉴定及其基因组分子特征分析

通过胶体金试验、电镜观察及PCR扩增等方法,自半番鸭胚及孵化的雏半番鸭中分离获得了鹅细小病毒(GPV)毒株(命名为MDE株),并进行了病毒全基因组分子特征分析。结果表明,该病毒粒子为直径20~24nm的球形、无囊膜粒子。胶体金试验结果呈GPV阳性。该毒株基因组全长为5 106bp,与GenBank登录的15株GPV基因组序列相似性为93.2%~98.1%,其中与SH株及疫苗株SYG61v株等的相似性较高,而与半番鸭源的GPV重组病毒M15株相似性最低。基于病毒VP1和NS1基因的遗传进化分析表明,分离毒株MDE与GPV疫苗毒株的亲缘关系最近,处于同一个独立的分支上,与番鸭细小病毒的亲缘关系较远。与疫苗毒株SYG61v株比较,MDE株VP1区的糖基化位点增加了703NRTS糖基化位点。以上结果表明,本研究揭示了GPV可通过半番鸭胚垂直传播给雏鸭,丰富了GPV的生态学内容。     

3株鸡传染性贫血病毒的全基因组序列分析

通过对3株鸡传染性贫血病毒(CIAV)的全基因组序列比较分析,部分表明广西南宁鸡群CIAV毒株的遗传变异特征。将阳性CIAV的组织样品进行DNA抽提后,运用PCR方法分段扩增CIAV的全基因组,将获得的PCR产物进行基因克隆并进行阳性克隆菌鉴定后送测序。将所获得的基因序列进行拼接成CIAV基因组全长后,应用LaserGene7.1和MEGA4.1软件对CIAV全基因、Viral protein 3(VP3)、Viral protein 1(VP1)和Viral protein 2(VP2)基因序列进行核苷酸、氨基酸同源性分析和遗传进化分析;并对VP1、VP2和VP3蛋白上与毒力、蛋白磷酸酶活性和细胞凋亡相关的氨基酸位点进行分析。结果获得3株CIAV的全基因序列,分别命名为GX1801、GX1804和GX1810;CIAV全基因遗传进化分析表明GX1801、GX1804和GX1810均同属于Group A群,与国内强毒株GD-103和GD-104毒株的亲缘关系较近;基于VP1基因构建的遗传进化树与全基因构建的进化树最相似;GX1801、GX1804和GX1810 VP1蛋白上与毒力相关位点的第75、89、125、141、144、394位氨基酸位点与日本强毒株C368株、国内强毒株GD-103和GD-104株在同一位点保持一致;GX1801、GX1804和GX1810 VP2蛋白上与磷酸酶活性相关的基序(I^94CNCGQFRKH^103)均未发生变异;GX1801、GX1804和GX1810 VP3蛋白与诱导细胞凋亡相关的重要区域(VP3蛋白N端结构域的第1~69位氨基酸)均高度保守。本研究对3株CIAV全基因组进行测定并进行基因分析,获得了其基因组特征,为进一步研究广西CIAV的分子流行和致病性提供参考。     

一株鸡传染性贫血病毒的分离鉴定及其致病性研究

从北京某鸡场发生疑似鸡传染性贫血病毒(CAV)感染的鸡只病料中分离到了一株CAV,通过PCR和全基因组测序等方法对其进行了鉴定,命名为AV1550。将其全基因组序列与NCBI上的参考毒株序列进行同源性比对和进化分析,结果显示AV1550株与CAV参考毒株的同源性在91.7%~99.7%,与中国分离株LN15170的亲缘关系最近。VP1序列分析表明AV1550在75、89、125、141和394位氨基酸均为强毒株特征。1日龄SPF鸡经胸部肌肉途径接种含10000 EID50的AV1550病毒液后,接种鸡只出现明显的贫血症状,增长迟缓,死亡率高达50%,表明AV1550是一株具有较强致病性的CAV野毒株。     

A型塞内卡病毒VP2蛋白原核表达及其多克隆抗体的制备

本研究旨在表达A型塞内卡病毒(Senecavirus A,SVA)的衣壳蛋白VP2,并制备其多克隆抗体。以SVA GD01/2017分离株RNA为模板,RT-PCR扩增VP2基因序列,并克隆至原核表达载体pET-30a(+)中构建重组质粒pET-30a-SVA-VP2。经测序鉴定后,将重组质粒转化大肠杆菌Rosetta(DE3)感受态细胞,利用IPTG进行诱导表达。在非变性条件下,利用Ni-NTA琼脂糖树脂从菌体裂解液上清中纯化重组SVA VP2蛋白,并免疫新西兰大白兔制备多克隆抗体。利用Protein A Sepharose CL-4B树脂从兔血清中亲和层析纯化多克隆抗体,并对其进行间接免疫荧光分析。结果显示,重组SVA VP2蛋白以可溶性和包涵体两种形式在大肠杆菌Rosetta(DE3)感受态细胞内进行表达,分子质量约为47ku;制备的兔抗VP2蛋白多克隆抗体效价高达1∶64 000,该多克隆抗体仅识别SVA,与猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型、脑心肌炎病毒、猪瘟病毒和猪伪狂犬病病毒等常见猪病原无交叉反应,表明制备的多克隆抗体具有良好的特异性。重组SVA VP2蛋白及其多克隆抗体的成功制备为猪塞内卡病毒病血清学检测方法的建立提供了良好的生物材料。     

A型塞内卡病毒VP1蛋白的原核表达及其多克隆抗体的制备

A型塞内卡病毒(SVA)是一种新发传染病病原.研究旨在对SVA的衣壳蛋白VP1进行原核表达,并制备其多克隆抗体.以SVA广西分离株SVA-GX01(GenBank登录号:MK039162)RNA为模版,通过RT-PCR扩增结构蛋白VP1基因,构建重组质粒pET-32a-VP1并转化表达菌株大肠杆菌BL21(DE3)进行...     

塞尼卡病毒与口蹄疫病毒双重RT-PCR鉴别检测方法的建立

2014~2015年,美国、巴西等国爆发了一种症状类似于口蹄疫的水泡性疾病,病原被确定为塞尼卡病毒A(Senecavirus A,SVA)。为了鉴别和诊断塞尼卡病毒A和口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV),本研究针对塞尼卡病毒的VP1基因和口蹄疫的5’UTR基因,合成特异性引物,优化了反应体系和扩增条件,建立了一种可同时检测塞尼卡病毒A和口蹄疫病毒的双重RT-PCR方法。特异性和敏感性试验结果表明,建立的双重RT-PCR检测方法特异性好,敏感性强,对塞尼卡病毒A和口蹄疫病毒最低检出量分别为104 copies/μL、103 copies/μL。本研究建立的方法对临床快速鉴别塞尼卡病毒A和口蹄疫病毒感染具有重要意义。     

Development and evaluation of a nested-PCR assay for <Emphasis Type="Italic">Senecavirus A</Emphasis> diagnosis

Senecavirus A (SVA) has been associated with vesicular disease in weaned and adult pigs and with high mortality of newborn piglets. This study aimed to establish a nested-PCR assay for the routine diagnosis of SVA infection. Tissue samples (n = 177) were collected from 37 piglets of 18 pig farms located in four different Brazilian states. For the nested-PCR, a primer set was defined to amplify an internal VP1 fragment of 316 bp of SVA genome. Of the 37 piglets, 15 (40.5%) and 23 (62.2%) were positive for the SVA in the RT-PCR and nested-PCR assays, respectively. The SVA RNA was detected in 61/177 (34.5%) samples with the RT-PCR, while the nested-PCR assay showed 84/177 (47.5%) samples with the virus (p < 0.05). According to the herds, 11 (61.1%) and 16 (88.9%) of the 18 pig herds were positive for the SVA in the RT-PCR and nested-PCR assays, respectively. Nucleotide sequencing analysis revealed similarities of 98.7–100% among SVA Brazilian strains and of 86.6–98% with SVA strains from other countries. The nested-PCR assay in this study was suitable to recover the SVA RNA in biological specimens, piglets, and/or herds that were considered as negative in the RT-PCR assay, and is proposed for the routine investigation of the SVA infection in piglets, especially when other techniques are not available or when a great number of samples has to be examined.     

鹅细小病毒SS/10株的分离鉴定及生物学特性研究

2010年从佛山市某专业户送检的雏鹅肝组织中分离到1株鹅细小病毒(命名为SS/10株),并对其生物学特性进行了研究。该毒株的番鸭胚半数致死量为10^-4.6/0.3 mL,动物回归试验显示其对10日龄雏鹅没有致死性,从组织切片观察肠、肝脏、肾脏和脑组织均有明显的病理变化。对该毒株测序分析结果发现,其VP1、VP2和VP3基因与GenBank收录的番鸭分离株DY株的同源性较其他参考毒株(鹅分离株)的同源性低,NS1和NS2基因的同源性没有这种差异;其VP3基因与82-0321V,VG32/1和标准株B株在同一分支上,与82-0321V亲缘关系最近,与番鸭细小病毒GD株亲缘关系最远;其VP3基因与B株相比少了505-507位的糖基化位点NRT。     

吉林地区1株小鹅瘟病毒NS1和VP1基因的克隆与序列分析

为了解吉林地区小鹅瘟病毒（Gosling plague virus,GPV）的基因特征,及其与黑龙江及中国其他省份和国外流行毒株的相关性,本研究采用PCR方法鉴定2018年吉林某养鹅场送检的病死雏鹅的肠组织,同时对GPV的非结构蛋白NS1基因及结构蛋白VP1基因进行了克隆和测序,并与国内外16株GPV参考毒株的相应序列进行分析。结果表明,病死雏鹅为GPV与减蛋综合征病毒（Egg drop syndrome virus,EDSV）混合感染;吉林地区GPV的NS1基因长为1 884 bp,编码627个氨基酸,与参考毒株核苷酸序列同源性为93.8%~99.8%,氨基酸序列同源性为97.1%~99.7%;VP1基因长为2 199 bp,编码732个氨基酸,与参考毒株核苷酸序列同源性为93.4%~99.9%,氨基酸序列同源性为96.4%~99.9%。NS1及VP1基因的系统进化树分析均表明,吉林地区GPV与哈尔滨分离株98E属于同一进化分支,亲缘关系最近,与国外分离株、中国台湾和安徽分离株亲缘关系均较远。吉林地区GPV与鹅源GPV具有较近的亲源关系,同源性明显高于其他水禽来源的GPV。该研究为明确中国东北地区GPV空间的流行规律提供基础数据,为东北地区GPV的诊断与治疗提供参考依据。     

Biological and molecular characterization of chicken anemia virus isolates from Slovenia

The presence of chicken anemia virus (CAV) in Slovenia was confirmed by inoculation of 1-day-old chickens without antibodies against CAV and isolation of the virus on the Marek's disease chicken cell-MSB1 line and by polymerase chain reaction (PCR). Experimental inoculation of 1-day-old chickens resulted in lower hematocrit values, atrophy of the thymus, and atrophy of bone marrow. CAV was confirmed by PCR in the thymus, bone marrow, bursa of Fabricius, liver, spleen, ileocecal tonsils, duodenum, and proventriculus. The nucleotide sequence of the whole viral protein (VP)1 gene was determined by direct sequencing. Alignment of VP1 nucleotide sequences of Slovenian CAV isolates (CAV-69/00, CAV-469/01, and CAV-130/03) showed 99.4% to 99.9% homology. The VP1 nucleotide sequence alignment of Slovenian isolates with 19 other CAV strains demonstrated 94.4% to 99.4% homology. Slovenian isolates shared highest homology with the BD-3 isolate from Bangladesh. Alignment of the deduced VP1 amino acids showed that the Slovenian isolates shared 100% homology and had an amino acid sequence most similar to the BD-3 strain from Bangladesh (99.6%) and were 99.1% similar to the G6 strain from Japan and the L-028 strain from the United States. The Slovenian isolates were least similar (96.6%) to the 82-2 strain from Japan. A phylogeneric analysis on the basis of the alignment of the VP1 amino acids showed that CAV isolates used in the study formed three groups that indicated the possible existence of genetic groups among CAV strains. The CAV isolates were grouped together independent of their geographic origin and pathogenicity.     

猪感染口蹄疫亚洲Ⅰ型病毒分离及其VP1基因的变异比较

对口蹄疫病毒的分子流行病学的研究通常是以VP1基因序列分析为依据的。本试验分离到1株猪源口蹄疫亚洲Ⅰ型毒株,对其主要抗原基因VP1进行了扩增和测序,并与国内外报道序列进行比对,发现与国内报道珠同源性在83.3%~86.4%之间,与国外报道株的同源性在81.4%~98.4%之间。比较发现本次分离株与国内外报道株的差异的较大,只有2株报道株与其同源性在90%以上。     

犬细小病毒昆明流行株的分离鉴定与VP2基因序列分析

为了解昆明市犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)流行及抗原变异情况,有针对性地筛选疫苗及研发新疫苗,本研究从昆明市部分宠物医院收集6份疑似CPV粪便样品进行病毒分离培养,对获得的疑似病毒液进行PCR、免疫荧光试验(IFA)、血凝效价测定、TCID50测定及VP2基因序列分析。结果显示,分离的1株病毒能使F81猫肾细胞产生明显的细胞病变(CPE),PCR扩增产物大小为164bp,IFA鉴定感染的F81细胞出现绿色荧光,血凝效价为1∶512,病毒TCID50为10-4.375/0.1mL,VP2基因PCR扩增条带大小为1 755bp。对分离株VP2结构蛋白进行测序分析,判定该分离株为CPV-2a亚型,与标准毒株存在5个变异氨基酸位点,属于变异株。将测序结果与商品化疫苗株及国内参考株序列进行比对分析,结果显示与弱毒苗Intervet/vaccine/06和Pfizer/vaccine/06核苷酸同源性均为98.7%;与国内参考毒株序列同源性为98.2%～99.5%,与ANTU-1和WH02/06株同源性最高;与ANTU-1株、WH02/06株及BJ01株亲缘关系最近,位于进化树的同一簇。本研究对监测CPV的遗传变异趋势及疫苗的研制具有重要意义。