禽呼肠孤病毒C-98、T-98分离株S2基因的克隆及序列分析

参考GenBank中禽呼肠孤病毒176株(ARV 176)S2基因设计引物,对禽呼肠孤病毒内蒙古地区分离株C-98和禽呼肠孤病毒天津地区分离株T-98进行总RNA的提取,以其为模板,应用RT-PCR方法扩增病毒S2基因的cDNA片段,将纯化的cDNA片段克隆到pEASY-T1载体后进行序列测定。结果表明,获得的ARV C-98和ARV T-98的S2基因全长为1324bp,包括15bp的5′非编码区和58bp的3′非编码区,阅读框位于5′端第16位核苷酸和第1266位核苷酸之间。ARV C-98和ARV T-98分离株S2基因的核苷酸同源性很高,达到了99.8%,将C-98、T-98株的S2基因核苷酸序列和参考毒株的S2基因序列进行同源性分析,结果表明,ARV C-98和ARV T-98分离株的S2基因与参考毒株ARV 176、ARV 918、ARV 919、ARV 1733、ARV GX2010、ARV S1133和DRV YJLS2基因的核苷酸同源性最高,在99.2%～99.8%之间;与参考毒株ARV 138和ARV AVS-BS2基因的核苷酸同源性在92.1%～94.1%之间;与参考毒株ARV601SI、ARV 916和ARV 1017-1S2基因的核苷酸同源性在87.3%～87.8%之间;与参考毒株DRV 091、DRV S12和DRV S14 S2基因的核苷酸同源性在77.3%～78.2%之间;与参考毒株MRV 3、MRV 3-jin-1和MRV 3-T3D S2基因的核苷酸同源性最低,在2.4%～5.5%之间。遗传进化树分析显示:ARV C-98和ARV T-98分离株与参考毒株共分为4个遗传进化分支。     

牛源荚膜血清A型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定

从采集于黑龙江、天津的病牛肺组织中分离到2株病原菌,经菌落形态学观察、培养特性、生化反应和小鼠毒力试验,初步鉴定为多杀性巴氏杆菌,分别命名为Pm-HLJ和Pm-TJ.参考多杀性巴氏杆菌种特异性基因kmt1和荚膜血清型特异性基因hyaD-hyaC、bcbD、dcbF、ecbJ和fcbD,合成引物,通过多重PCR扩增2株菌的种特异性基因和荚膜血清型特异性基因.选取Pm-HLJ的目标PCR产物进行克隆、序列测定、Blast搜索同源序列并且比较分析.结果显示,Pm-HLJ的kmt1基因片段全长460 bp,与GenBank中各血清型kmt1基因同源性均在96.6%以上;荚膜血清型A菌株特异性基因同源性为99.9%;而与其他荚膜血清型B、D、E、F的型特异性基因的同源性均低于50%.由此确认,分离的2株多杀性巴氏杆菌均为荚膜血清A型,这是我国A型多杀性巴氏杆菌引发牛出血性败血症的首例报道.     

鸭肝炎病毒分子流行病学分析

为了解我国鸭病毒性肝炎(DH)的流行情况,本研究用标准DH病毒(DHV)Ⅰ型(DHV-1)抗血清和新型DHV(N-DHV)抗血清对国内分离的7株DHV进行了血清中和试验。结果表明,PLK株和YB3株为DHV-1;YB1、YB2、YB5、HY2和HY3株为N-DHV。同时,对国内分离的9株病毒的抗原相关VP1基因进行RT-PCR扩增和测序,对VP1基因的核苷酸与推导的氨基酸序列分析的结果表明,3株DHV-1的氨基酸序列同源性为95%左右,6株N-DHV的氨基酸同源性为98%左右;DHV-1分离株与N-DHV分离株间氨基酸同源性为72%～77%。参照同属微RNA病毒的人肠病毒的血清型分型标准,通过对DHV VP1基因序列同源性比较,判定9株病毒的血清型。依据VP1基因序列同源性进行的血清型分型结果与根据抗原性鉴定进行的血清型分型结果一致。同血清型病毒株间的VP1基因变异很小,表明DHV的抗原性稳定。同型不同毒株间VP1基因的差异可以导致病毒在致病力、细胞感染能力等方面的差异。研究结果表明,目前我国存在DHV-1和N-DHV两种独立的血清型,但尚未见血清亚型的流行。     

2型猪链球菌河南株cps2J基因的遗传进化关系分析

从河南某猪场断奶仔猪发生疫情的病死猪脑脊液中分离到一株细菌,经革兰氏染色初步确定为猪链球菌,应用PCR方法扩增猪链球菌谷氨酸脱氢酶(glutamate dehydrogenase,gdh)和荚膜多糖基因(capsular polysaccharide,cps)进行猪链球菌及血清型鉴定,将阳性产物测序,并进行序列比较分析。结果表明,该分离株为2型猪链球菌,与参考菌株同源性在98%以上,其cps2J基因与人源致病性猪链球菌同源性达99.6%。     

我国鸡源大肠杆菌喹诺酮耐药株中qnr基因的发现

本文从我国鸡源大肠杆菌质粒中发现了介导喹诺酮类耐药的qnr基因。从120株鸡源大肠杆菌分离株中筛选出17株喹诺酮类耐药菌,以其质粒提取物为模板,PCR扩增介导喹诺酮类药物耐药qnr基因,结果发现3株阳性菌。序列测定结果显示,3株菌间qnr同源性为100%,与GenBank注册序列（AY655485）同源性为95.3%,氨基酸序列同源性为98.63%。3株qnr阳性菌对16～19种抗菌药物呈高水平多重耐药。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒江苏分离株ORF5及Nsp2基因部分序列分析

对2006—2007年分离于江苏省部分发病猪场的PRRSV,采用RT-PCR技术,进行ORF5基因序列以及Nsp2基因部分序列的扩增、克隆并测序。应用DNAStar软件将测序结果与已发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果表明,分离的21株病毒ORF5基因大小均为603bp;与国内分离株之间同源性为87.7%～97.0%,与国外美洲型分离株同源性为85.6%～90.5%;21株PRRSV分离株与欧洲型毒株之间的同源性仅为54.1%～56.6%。14株用于扩增Nsp2基因部分序列的PRRSV在全基因组第2778～2780位及第2947～3033位分别缺3个和87个碱基,其中的2个江苏扬州分离株在第2747～2836位又缺失了90个碱基;14个毒株之间同源性为93.2%～99.0%,与VR-2332相比同源性为74.9%～78.5%,与国内河北、河南等地2006年的PRRSV分离株相比同源性为94.1%～99.1%。     

猪传染性胸膜肺炎放线杆菌血清型7型25-4株ApxⅡCA基因的克隆和基因缺失

猪传染性胸膜肺炎放线杆菌血清型7型25-4株ApxIICA基因用特异性引物进行PCR扩增并克隆到T载体上,构建重组质粒pMD18-ApxIICA,将pMD18-ApxIICA转化到E.coli JM83中并测序.序列分析表明血清型7型25-4株ApxII CA与其它血清型(5型和9型)核苷酸序列同源性达98%以上,氨基酸序列同源性达90%以上.利用ApxIIC基因内部单一的SpeI位点,设计特异性的引物,利用PCR技术在ApxIIC基因内部缺失165bp的核苷酸片段,PCR产物再用SpeI进行酶切,并体外连接构建得到含有ApxIIC缺失基因的重组质粒pMD18-ApxII△/CA.     

蓝舌病病毒血清1型野毒株及疫苗株S10基因差异

蓝舌病病毒血清型 1型是主要致病血清型之一。为明确其流行规律的分子生物学基础 ,采用 RT- PCR扩增和序列测定技术分析了 15株野毒株及 1株弱毒疫苗株的 S10全基因片段 ,并对其核苷酸和氨基酸差异进行了比较。所有毒株 S10基因核苷酸长度均为 82 2 bp,含有 2个起始密码子 (核苷酸 2 0～ 2 2和 5 9～ 6 1)和 1个终止子 (核苷酸 70 7～70 9) ,预测编码 2种蛋白 (NS3和 NS3A)。不同毒株间 S10基因核苷酸差异为 0～ 138个 (同源性 10 0 %～ 82 %) ,NS3/NS3A蛋白氨基酸差异为 0～ 15个 (同源性 10 0 %～ 93%)。基于 S10基因序列分析 ,可将蓝舌病病毒野毒株及疫苗株分为 2个基因群 :12株野毒株及 1株疫苗株为基因 群 ,3株野毒株与澳大利亚 型毒株属于基因 群 ,两群间的核苷酸同源性为 79%。各基因群在地域分布及宿主来源上未发现有明显的特征性。基因群与毒株分离年代、对 BHK- 2 1细胞毒力等特征关系亦不明显。     

猪传染性胸膜肺炎放线杆菌血清型7型25-4株ApxIICA基因的克隆和基因缺失

猪传染性胸膜肺炎放线杆菌血清型7型25＿4株ApxIICA基因用特异性引物进行PCR扩增并克隆到T载体上,构建重组质粒pMD18＿ApxIICA,将pMD18＿ApxIICA转化到E.coliJM83中并测序。序列分析表明血清型7型25＿4株ApxIICA与其它血清型(5型和9型)核苷酸序列同源性达98%以上,氨基酸序列同源性达90%以上。利用ApxIIC基因内部单一的SpeI位点,设计特异性的引物,利用PCR技术在ApxIIC基因内部缺失165bp的核苷酸片段,PCR产物再用SpeI进行酶切,并体外连接构建得到含有ApxIIC缺失基因的重组质粒pMD18＿ApxII△CA。     

鸡传染性法氏囊病病毒流行株VP1部分序列及VP2高变区序列分析

为了对鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)的13个地方分离株与3个商品疫苗株的VP1-b基因(756 bp～1 522 bp)进行同源性和遗传进化分析,本研究对其进行RT-PCR扩增和序列测定.结果表明,获得的VP1-b基因长度均为767 bp; 13个分离株VP1-b节段核苷酸和氨基酸同源性分别为90.7 ％～100％和72.9％～100％,其中10株超强毒分离株与经典株、弱毒株、疫苗株的同源性较高,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.7％～100％和94.5％～100％,所有12个超强毒分离株与超强毒参考病毒株的同源性均较低,核苷酸同源性仅为68.2％～79.2％;在遗传进化分析中,所有病毒株被分为3个分支,与相应病毒株的基于IBDV-VP2高变区(vVP2)序列的遗传进化树比较并结合同源性分析结果表明,除了弱毒株HUN0804之外,其它12个分离株可能均为重组病毒.据此推测,基因重组可能是目前IBDV流行的新趋势.     

三株广西狂犬病病毒NS基因和M基因的克隆与序列分析

本研究设计了一对特异性引物NSM1/NSM2,对三株广西狂犬病病毒NS和M基因同时进行了RT_PCR扩增、克隆和测序。同源性分析表明,三株广西野毒NS基因核苷酸同源性为87.2%~98.4%,M基因核苷酸同源性为90.1%~99.7%;与固定毒和狂犬病相关病毒比较,NS基因分别为79.9%~82.8%和69.7%~71.0%;M基因的分别为82.8%~87.8%和75.0%~77.8%。三株野毒NS基因氨基酸同源性为93.3%~98.7%,M基因氨基酸同源性分别为97.5%~100%。表明广西各地毒株之间亲缘关系不同,但最为相近;与狂犬病固定毒株亲缘关系较远;与狂犬病相关病毒亲缘关系最远。     

猪胸膜肺炎放线杆菌新疆株的分离鉴定及ApxⅣA基因的克隆与序列分析

从新疆北疆4个规模化猪场的20份发病猪病料中分离到1株细菌。经形态染色镜检、培养特性、生化特性和部分生物学特性试验鉴定为猪胸膜肺炎放线杆菌。根据猪胸膜肺炎放线杆菌ⅣA毒素基因特异性引物进行PCR扩增,得到1条与预期大小一致的2427bp的条带,将PCR产物纯化后克隆至pMD19-T载体上并测序。结果表明,该片段的碱基序列与GenBank中参考序列的同源性为98%,并与三株标准株比较,同源性分别为98.23%、99.46%和98.06%。     

胸膜肺炎放线杆菌的实时荧光PCR检测

猪传染性胸膜肺炎是由胸膜肺炎放线杆菌（Actinobacillus pleuropneumoniae，APP）引起的危害养猪业的五大疾病之一。至目前为止App共报道有2个生物型15个血清型。所有型都可能致病，但有显著差异。使用血清学方法监测猪传染性胸膜肺炎有其局限。一些猪细菌分离培养阳性，但血清反应仍为阴性，对这些猪群只能使用病原分离进行确诊。亚临床感染及处于潜伏期的动物，     

牛病毒性腹泻病毒P125基因重要区的比较与分析

根据牛病毒性腹泻病毒（ＢＶＤＶ）ＮＡＤＬ株的序列，以计算机辅助设计，化学合成１对引物（Ｗ１／Ｗ２）；应用ＲＴ－ＰＣＲ对国内不同地区分离的４株ＢＶＤＶ的Ｐ１２５基因外源序列插入区进行了扩增，并将扩增的片段进行克隆和序列测定，同时以ＤＮＡＳＩＳ和ＰＲＯＳＩＳ计算机软件将测定的核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较分析。结果证实，国内分离的４株ＢＶＤＶ在这一区域中既没有外源序列的插入，也没有基因重组、基因重排或基因缺失，但存在某些核苷酸和氨基酸的替换，表明病毒的致细胞病变作用除与外源序列的插入、基因重组、基因重排或基因缺失有关外，可能还存在其他机制。核苷酸序列的同源性及系统树分析的结果表明，国内的ＢＶＤＶ毒株存在Ｉａ和Ｉｂ２个基因亚型，它们均属基因Ｉ型ＢＶＤＶ     

Analysis of Korean strains of infectious laryngotracheitis virus by nucleotide sequences and restriction fragment length polymorphism

Korean field strains of infectious laryngotracheitis virus (ILTV) were analyzed by comparison of nucleotide sequences of thymidine kinase (TK) and glycoprotein G (gG) genes and polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) patterns. Main differences among TK gene sequence were found in both amino acid at 252 and mRNA polyadenylation signals. In virulent strains, amino acid 252 of TK gene was methionine but was threonine in low virulence and vaccine strains. The mRNA polyadenylation signals of TK gene were identified at 24bp downstream from the stop codon in virulent strains, but not in low virulence and vaccine strains. The gG gene of all virulent strains showed the same nucleotide sequence except for N87278 which had a gG gene sequence identical to that of vaccine strains. The virulent ILTV strains differed from low virulence and vaccine strains in PCR-RFLP patterns of TK and gG genes. The RFLP patterns of TK and gG genes of low virulence ILTV strains were identical to those of vaccine strains. In the case of N87278, the PCR-RFLP patterns of TK and gG genes were identical to those of virulent and vaccine strains of ILTV, respectively. From these results, ILTV field strains were classified into three groups according to sequences of TK and gG genes and PCR-RFLP, and the virulent ILTV strains could be discriminated from low virulence and vaccine strains by PCR-RFLP of TK gene. And it was suspected that N87278 might be produced by in vivo recombination between virulent and vaccine strains of ILTV.     

猪传染性胸膜肺炎放线杆菌的鉴定和耐药性研究

猪传染性胸膜肺炎是由猪传染性胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuralpneumoniae,APP)引起的一种高度传染性呼吸道疾病,临床上准确鉴定该病原菌并合理选择抗生素施药十分重要。研究比较了应用传统方法、PCR方法和MALDI TOF方法鉴定45株临床APP,并比较了三种优势血清型的毒力表型,最后测定了其对临床34种常见抗生素的MIC。结果发现MALDI TOF微生物学鉴定方法具有快速、准确的优势;临床菌株血清型主要包括3型（20株）、1型（13株）、7型（7株）,其他血清型菌株5株,其中1型毒力最强;APP对罗红霉素、头孢噻呋、恩诺沙星、氨苄西林等高度敏感,对四环素、土霉素等耐药率较高。研究为临床快速鉴定APP和合理选择用药提供了参考依据,为APP临床耐药折点的制定奠定了基础。     

3株猪胸膜肺炎放线杆菌山东株的分离及鉴定

从山东省几个猪场的疑似猪传染性胸膜肺炎病例中,采集病猪的肺脏、气管和扁桃体等病变组织,经细菌分离得到3个分离株BZ1株、BZ2株、BZ3株。经过革兰氏染色镜检、菌落形态观察、培养特性试验、生化试验、药敏试验、动物感染试验等一系列细菌学鉴定方法,可将3株分离菌鉴定为猪胸膜肺炎放线杆菌。     

胸膜肺炎放线杆菌血清8型自转运黏附素基因的克隆测序及功能预测分析

为研究胸膜肺炎放线杆菌(APP)三聚体自转运黏附素(TAAs)的功能,以GenBank登录的APP血清5b型自转运黏附素基因5'端的3875bp序列设计引物,通过PCR的方法首次获得APP血清8型运黏附素N端的基因序列片段,测序结果与已知血清型的基因序列和氨基酸推导序列分别进行比对,结果表明与血清7型自转运黏附素N端同源性达到93%,氨基酸推导序列同源性达到97%;与血清5b型自转运黏附素N端同源性达到92%,氨基酸推导序列同源达到100%.经软件分析获得的序列含有与细菌的黏附、聚集和侵入密切相关的Hep_Hag基序,应用马克斯-普朗克研究所的在线分析TAAs的基序和蛋白域的软件daTAA,进行预测并证明所得序列为TAAs,并且具有完整的N段头部序列,有重要功能区具有良好的抗原性.比对的结果为寻找研究APP的定植基序和毒力因素提供了重要基础.     

2015－2020年天津地区猪伪狂犬病病毒gB、gC、gE基因遗传变异分析

为掌握天津地区猪伪狂犬病病毒（Pseudorabies virus,PRV）的流行及遗传变异情况,本研究对2015－2020年天津地区分离的20个分离株的gB、gC和gE基因进行扩增、测序,并与参考毒株序列进行比对分析。相似性分析结果显示,分离株与2012年后中国变异株相比,3种基因核苷酸及编码氨基酸序列相似性分别为：gB基因均为99.9%~100%;gC基因为99.7%~100%和99.4%~100%;gE基因为99.7%~100%和99.6%~100%。遗传进化和序列比对分析结果显示,依据gB、gC、gE基因绘制遗传进化树均可将PRV毒株分为GⅠ型和GⅡ型,天津分离株属于GⅡ型;其中19个分离株与PRV变异株遗传关系较近,属于同一亚分支,并存在相同的氨基酸变异位点;另外1个分离株（TJBD6株）gB和gE基因与PRV变异株遗传关系较近,氨基酸变异位置与PRV变异株一致,但其gC基因与经典株Ea株遗传关系较近,且核苷酸和氨基酸序列相似性为100%。上述结果表明,2015年以来天津地区流行的PRV毒株存在经典株和变异株2种类型,其中变异株为主要流行株。本次研究初步调查了天津地区PRV分子流行特征,可为猪伪狂犬病防控提供依据。     

3株O型FMDV VP1基因的克隆与序列分析

以3株国内分离的O型口蹄疫病毒(FMDV)(分别命名F1、F2、F3)为研究目标,根据GenBank中注册的FMDV VP1基因的序列设计2对引物,采用RT-PCR方法成功地扩增出含有VP1全基因的cD-NA片段,将3个cDNA片段分别克隆到pMD20-T Vector载体中进行序列测定,得到3个毒株VP1基因的序列。结果表明,3个O型FMDV毒株VP1基因cDNA长度均为639 bp,编码213个氨基酸。3株O型毒株彼此之间的核苷酸序列同源性在92.3%~94.2%之间,推导氨基酸序列同源性在97.2%~98.6%之间。与3个毒株同源性高的主要为香港和台湾的毒株。