育肥猪饲粮中枸芪多糖替代抗生素效果的评估

本试验在育肥猪饲粮中添加1‰的枸芪多糖代替抗生素,从育肥猪生长性能、肉品质与风味、肝脏组织形态学、抗氧化能力等方面对枸芪多糖替代抗生素的效果进行评估。选用体重[(35±2) kg]相近的60头120日龄健康藏香黑猪作为试验动物,随机分为3组,每组5个重复,每个重复4头猪。对照组饲喂基础饲粮,抗生素组饲喂基础饲粮+金霉素(5 mg/kg)与黄霉素(80 mg/kg),枸芪多糖组饲喂基础饲粮+1‰枸芪多糖,试验期90 d。结果显示:与对照组和抗生素组相比,枸芪多糖组育肥猪平均日增重与平均日采食量显著增加(P0.05),屠宰率与平均背膘厚均有所增加(P0.05),背最长肌中不饱和脂肪酸总量显著增加(P0.05),其中棕榈油酸、油酸、顺-11-二十碳烯酸、顺,顺-11,14-二十碳二烯酸含量显著增加(P0.05),必需脂肪酸含量增多(P0.05),氨基酸总量以及必需氨基酸与鲜味氨基酸含量增加(P0.05),肝脏总超氧化物歧化酶(T-SOD)活性显著升高(P 0. 05),过氧化氢酶(CAT)活性极显著升高(P 0.01),丙二醛(MDA)含量降低(P0.05)。由此得出,枸芪多糖可以提高育肥猪的生长性能,改善猪肉风味,提高肝脏抗氧化能力,并可代替抗生素。     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

香菇多糖对脂多糖刺激的仔猪空肠细胞死亡信号通路相关基因表达的影响

本试验旨在探讨香菇多糖对脂多糖(LPS)刺激的仔猪空肠细胞死亡信号通路相关基因表达的影响。选取24头健康的28日龄“杜×长×大”断奶仔猪,平均体重为(8.12±0.19)kg,随机分为4组,每组6个重复,每个重复1头猪。试验采用2×2因子设计,主因子分别为饲粮处理(基础饲粮或基础饲粮中添加0.02%的香菇多糖)和免疫应激处理(注射生理盐水或LPS)。试验第28天,免疫应激组仔猪腹膜注射100μg/kg体重(BW)的LPS或生理盐水。注射LPS或生理盐水4 h后,仔猪麻醉屠宰,取空肠样品待测。试验期为28 d。结果表明:1)LPS刺激导致仔猪空肠绒毛萎缩,肠上皮脱落,肠道形态受损;饲粮添加香菇多糖缓解了LPS刺激所导致的肠道形态结构损伤。2)LPS刺激显著提高了空肠程序性坏死信号通路关键基因受体互作蛋白激酶3(RIP3)mRNA的相对表达量(P<0.05),显著降低了动力相关蛋白1(Drp1)和混合系列蛋白激酶结构域样蛋白(MLKL)mRNA的相对表达量(P<0.05)。饲粮添加香菇多糖显著降低了空肠程序性坏死信号通路关键基因受体互作蛋白激酶1(RIP1)、Fas死亡结构域相关蛋白(FADD)mRNA的相对表达量(P<0.05)。3)LPS刺激显著降低了空肠焦亡信号通路关键基因凋亡相关斑点样蛋白(ASC)、半胱天冬酶(Caspase)⁃1、白细胞介素-18(IL⁃18)以及凋亡信号通路关键基因Caspase⁃9、B淋巴细胞瘤-2相关X蛋白(Bax)mRNA的相对表达量(P<0.05),显著提高了空肠焦亡信号通路关键基因核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NLRP3)、消皮素D(GSDMD)及凋亡信号通路关键基因Caspase⁃8 mRNA的相对表达量(P<0.05)。饲粮添加香菇多糖显著降低了空肠焦亡信号通路关键基因NLRP3 mRNA的相对表达量(P<0.05)及凋亡信号通路关键基因Caspase⁃9和原癌基因蛋白xl(Bcl⁃xl)mRNA的相对表达量(P<0.05)。4)LPS刺激显著降低了空肠自噬信号通路关键基因自噬相关基因12(Atg12)、微管相关蛋白1轻链3(LC3)、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)和Unc⁃51样激酶1(ULK1)mRNA的相对表达量(P<0.05)。饲粮添加香菇多糖显著降低了空肠自噬信号通路关键基因Atg12、LC3和ULK1 mRNA的相对表达量(P<0.05)。由此可见,饲粮添加香菇多糖是通过调控程序性坏死、焦亡和自噬信号通路关键基因,从而维持肠道完整性。     

饲粮中添加白藜芦醇对“杜×长×大”猪空肠抗氧化能力及紧密连接蛋白表达的影响

试验旨在研究饲粮中添加白藜芦醇(resveratrol,RES)对"杜×长×大"猪空肠抗氧化酶活性及抗氧化基因指标和紧密连接蛋白相关基因表达水平的影响。试验选用12头体重约为65 kg的育肥猪分为2组,每组6头。对照组育肥猪饲喂基础饲粮,试验组育肥猪饲喂在基础饲粮中添加400 mg/kg的RES的饲粮,试验期41 d。结果表明,与对照组相比,饲粮中添加400 mg/kg的RES显著提高了育肥猪空肠过氧化氢酶(CAT)、总超氧化物歧化酶(T-SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)的活性及总抗氧化能力(T-AOC)(P<0.05),显著降低丙二醛(MDA)的含量(P<0.05);显著提高育肥猪空肠抗氧化基因铜/锌超氧化物歧化酶(Cu/Zn-SOD)、锰超氧化物歧化酶(Mn-SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶-1 (GPx-1)和谷胱甘肽过氧化物酶-4 (GPx-4)活性(P<0.05);显著提高育肥猪空肠抗氧化酶活相关基因CAT、T-SOD和GSH-Px的表达水平(P<0.05),显著降低MDA的表达水平(P<0.05);显著提高育肥猪空肠紧密连接蛋白咬合蛋白(Occludin)、闭合蛋白-1 (Claudin-1)和链接黏附分子A (JAM-A)的表达水平(P<0.05)。研究表明,饲粮添加400 mg/kg的RES能够显著提高育肥猪空肠抗氧化能力及紧密连接蛋白的表达,改善动物肠道健康。     

香菇多糖对脂多糖刺激断奶仔猪肌肉组织炎症反应及蛋白质降解相关基因表达的影响

本试验的目的是探究香菇多糖(LNT)对脂多糖(LPS)刺激断奶仔猪肌肉组织炎症反应及蛋白质降解相关基因表达的影响。试验选取24头体重(7.84±0.21) kg的健康三元杂交断奶仔猪,按照体重近似原则随机分为2组:对照组(12头)和香菇多糖组(12头)。对照组饲喂基础饲粮,香菇多糖组饲喂基础饲粮+0.02%香菇多糖。饲喂28 d后,每组选6头猪腹膜注射100μg/kg BW的LPS,剩下的6头则等量注射0.9%生理盐水,4 h后将仔猪麻醉、屠宰,取肌肉样品检测Toll样受体4(TLR4)、核苷酸结合寡聚化结构域(NOD)以及丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Akt)/叉头转录因子(FOXO)信号通路相关基因mRNA表达量。结果显示:1)注射LPS后,仔猪TLR4、骨髓分化因子88(MyD88)、NOD2、受体相互作用丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶2(RIPK2)和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)在背最长肌和腓肠肌中的mRNA表达量均显著上调(P0.05),且核转录因子-κB(NF-κB)在腓肠肌中的mRNA表达量显著上调(P0.05)。而添加香菇多糖后,背最长肌中MyD88、TNF-α和腓肠肌中TLR4、RIPK2、NF-κB的mRNA表达量显著上调(P0.05)。2)注射LPS后,仔猪背最长肌和腓肠肌中FOXO1和肌肉环指蛋白1(MuRF1)的mRNA表达量显著上调(P0.05),Akt1的mRNA表达量显著下调(P0.05)。而添加香菇多糖后,腓肠肌中肌萎缩F-box(MAFbx)的mRNA表达量显著下调(P0.05)。以上结果表明,在断奶仔猪饲粮中添加0.02%香菇多糖可能在应激急性期通过进一步激活LPS刺激导致的断奶仔猪肌肉组织中的TLR4和NOD信号通路来加强机体免疫力,同时通过调节Akt/FOXO信号通路相关基因表达来减缓肌肉蛋白质的降解。     

党参多糖对仔猪生长性能、血清细胞因子及肠黏膜分泌型免疫球蛋白A含量的影响

本试验旨在研究党参多糖(CPP)对仔猪生长性能、血清细胞因子及肠黏膜分泌型免疫球蛋白A(SIg A)含量的影响。选取1日龄"杜×长×大"三元杂交仔猪60头(6窝),随机分为3组,每组2个重复,每个重复10头猪(公母各占1/2)。14日龄时开始试验,3组仔猪分别饲喂仔猪代乳料(对照组)、仔猪代乳料+1%党参多糖(低剂量组)、仔猪代乳料+2%党参多糖(高剂量组),所有仔猪21日龄断奶,试验期14 d。结果表明:与对照组相比,1)21日龄时,饲粮添加2%党参多糖极显著提高了仔猪的平均体重(P0.01);28日龄时,饲粮添加1%和2%党参多糖显著提高了仔猪的平均体重(P0.05)。22~28日龄时,饲粮添加2%党参多糖显著提高了仔猪的平均日增重(ADG)和平均日采食量(ADFI)(P0.05)。2)21日龄时,饲粮添加2%党参多糖显著提高了仔猪的血清γ-干扰素(IFN-γ)、白细胞介素-2(IL-2)和白细胞介素-6(IL-6)含量(P0.05);28日龄时,饲粮添加1%和2%党参多糖显著提高了仔猪的血清IL-2、白细胞介素-4(IL-4)和IL-6含量(P0.05)。3)饲粮添加2%党参多糖极显著提高了仔猪的十二指肠、空肠和回肠黏膜SIg A含量(P0.01)。由此可见,饲粮添加1%和2%党参多糖能够改善仔猪的生长性能,提高血清细胞因子和肠黏膜SIg A含量,其中添加2%党参多糖的作用效果优于1%党参多糖。     

酵母多糖对断奶仔猪生长性能、肠道形态和肠道免疫状态的影响

本试验旨在研究酵母多糖对断奶仔猪生长性能、肠道形态、抗氧化能力和肠道免疫状态的影响。试验选取体重[(6.89±0.88) kg]相近、健康状况良好的21日龄长×大×杜杂交阉公断奶仔猪32头,随机分为4个组,每组8个重复,每个重复1头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组分别饲喂在基础饲粮中添加0.1%酵母多糖(0.1%酵母多糖组)、0.2%酵母多糖(0.2%酵母多糖组)、55 mg/kg吉他霉素和20 mg/kg硫酸黏菌素(抗生素组)的试验饲粮。预试期3 d,正试期28 d。结果表明:与对照组相比,1)饲粮中添加0.1%酵母多糖可显著增加断奶仔猪的平均日增重和平均日采食量(P0.05),显著降低盲肠内容物pH(P0.05);添加0.1%和0.2%酵母多糖和抗生素可显著降低料重比(P0.05);2)饲粮中添加0.1%和0.2%酵母多糖有增加断奶仔猪空肠绒毛高度的趋势(0.05P0.10),添加0.1%酵母多糖和抗生素可显著增加回肠上皮内淋巴细胞数量(P0.05);3)饲粮中添加0.2%酵母多糖和抗生素可显著降低断奶仔猪的十二指肠黏膜超氧化物歧化酶(SOD)活性(P0.05),添加0.1%、0.2%酵母多糖和抗生素可显著降低空肠黏膜SOD活性(P0.05);4)0.2%酵母多糖组断奶仔猪的十二指肠黏膜白细胞介素-6(IL-6)的mRNA表达量显著降低(P0.05),回肠黏膜白细胞介素-10(IL-10)的mRNA表达量显著提高(P0.05);0.1%、0.2%酵母多糖组和抗生素组的空肠黏膜肿瘤坏死因子-α(TNF-α)的mRNA表达量有降低趋势(0.05P0.10)。综上所述,酵母多糖可提高断奶仔猪的生长性能,降低盲肠pH,改善肠道形态并降低肠道炎症。在本试验条件下,仔猪饲粮中酵母多糖的适宜添加水平为0.1%。     

黄芪多糖对种公鸡不同组织miR-16表达的影响及其功能预测分析

本试验研究黄芪多糖(APS)对种公鸡不同组织中miR-16表达的影响,结合miR-16预测靶基因的GO和KEGG功能富集性分析,旨在探讨APS对不同组织功能的潜在调控作用。选取1日龄科宝500父母代肉种鸡64只,随机分为对照组和APS组,每组4个重复,每个重复8只鸡。对照组饲喂玉米-豆粕型基础饲粮,APS组在基础饲粮中添加10 g/kg APS,试验期40周。结果表明:1)相比于对照组,APS组可以提高种公鸡的采精量和有效精子数,降低精子畸形率,但差异不显著(P0.05)。2)miR-16具有组织差异性,APS可显著或极显著上调肝脏、脾脏、十二指肠黏膜、回肠黏膜miR-16的表达(P0.05或P0.01),显著降低睾丸miR-16的表达(P0.05)。3)对miR-16预测靶基因进行GO富集分析,表明预测靶基因在跨膜运输、泛素依赖的蛋白质降解、胞内蛋白运输、糖酵解等物质代谢相关生物过程显著或极显著富集(P0.05或P0.01)。KEGG富集分析表明,miR-16靶基因在黏着斑、胰岛素信号通路、糖酵解/糖异生等与机体物质代谢、细胞增殖分化相关通路显著富集(P0.05),在Toll样受体信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等免疫相关通路也有富集。由此可见,APS上调种公鸡脾脏、肝脏、十二指肠黏膜、回肠黏膜组织的miR-16表达,下调睾丸miR-16表达;miR-16预测靶基因与物质代谢、免疫调控密切相关。APS通过调控种公鸡不同组织miR-16表达,影响机体物质代谢和免疫调控功能。     

一水肌酸及其组合添加物对生长育肥猪胴体组成与肉质相关指标的营养调控研究

本试验旨在研究饲粮添加一水肌酸(CMH)及其组合添加物对生长育肥猪胴体组成、肉质性状及代谢分子指标的影响,为进一步完善CMH在肉质营养调控中的应用提供参考。选择60～70 kg体重"杜×大×长"阉公猪100头,随机分为5组(每组20个重复,每个重复1头猪),分别饲喂基础饲粮(对照组)、CMH饲粮(在基础饲粮中添加0.5 g/kg的CMH)、CMH+α-硫辛酸(ALA)饲粮(在基础饲粮中添加0.5 g/kg的CMH和0.1 g/kg的ALA)、CMH+牛磺酸(Tau)饲粮(在基础饲粮中添加0.5 g/kg的CMH和0.1 g/kg的Tau)和CMH+L-苹果酸(LMA)饲粮(在基础饲粮中添加0.5 g/kg的CMH和0.5 g/kg的LMA),饲养50 d后统一屠宰,采集样品并测定指标。结果表明:与对照组相比,饲粮添加CMH及其不同组合添加物均显著降低生长育肥猪背膘厚度(P0.05),有提高背最长肌水分和降低脂肪含量的趋势(P0.05); CMH+ALA饲粮和CMH+LMA饲粮显著增加生长育肥猪眼肌面积(P0.05); CMH饲粮和CMH+ALA饲粮显著降低生长育肥猪背最长肌滴水损失和压榨损失(P0.05); CMH饲粮和CMH+Tau饲粮显著提高生长育肥猪背最长肌肉色亮度和黄度值以及蒸煮损失(P0.05),显著降低肉色红度值(P0.05); CM H饲粮、CM H+ALA饲粮和CM H+Tau饲粮显著提高生长育肥猪背最长肌琥珀酸脱氢酶和肌酸激酶活性、总抗氧化能力和肌酸储备量(P0.05),显著降低背最长肌乳酸含量(P0.05),并以CM H+ALA饲粮改变程度最大; CM H饲粮和CM H+ALA饲粮显著提高生长育肥猪背最长肌肌酸转运蛋白基因相对表达水平(P0.05),后者改变大于前者且显著提高背最长肌肌红蛋白和肌球蛋白重链Ⅱa基因相对表达水平(P0.05)。综合上述结果可知,饲粮添加CMH、CM H+ALA或Tau或LM A均能够降低生长育肥猪背膘厚度,其中CM H+ALA组合添加综合表现出更好的胴体和肉质改善作用,比单独添加CMH进一步提高了肌酸转运储备、氧化代谢能力、肌红蛋白表达和氧化型肌纤维比例等。     

酵母壁多糖对断奶仔猪外周血免疫和肠道免疫的影响

本试验旨在探讨饲粮中添加酵母壁多糖对断奶仔猪外周血免疫和肠道免疫的影响。采用单因素试验设计方法,选取21日龄遗传胎次、体重接近的断奶仔猪180头,随机分为4个组,每组5个重复,每个重复9头猪。4组分别饲喂饲粮中添加0(对照组)、0.15%、0.30%和0.45%酵母壁多糖的试验饲粮。试验期21 d。结果表明:1)与对照组相比,饲粮中添加0.15%、0.30%和0.45%酵母壁多糖显著提高了断奶仔猪血清免疫球蛋白A(IgA)含量(P0.05),饲粮中添加0.30%和0.45%酵母壁多糖显著提高了断奶仔猪血清免疫球蛋白G(IgG)含量(P0.05)。2)与对照组相比,饲粮中添加0.15%、0.30%和0.45%酵母壁多糖显著降低了断奶仔猪血清干扰素-γ(IFN-γ)含量(P0.05),饲粮中添加0.30%酵母壁多糖显著提高了断奶仔猪血清白细胞介素-10(IL-10)的含量(P0.05)。饲粮中添加酵母壁多糖对断奶仔猪血清白细胞介素-2(IL-2)、白细胞介素-6(IL-6)和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)含量均无显著影响(P0.05)。3)与对照组相比,饲粮中添加0.30%和0.45%酵母壁多糖显著提高了断奶仔猪回肠CD4~+淋巴细胞含量(P0.05),饲粮中添加酵母壁多糖能一定程度提高断奶仔猪回肠CD8~+和CD20~+淋巴细胞含量,但差异不显著(P0.05)。由此可知,酵母壁多糖能一定程度提高断奶仔猪外周血免疫和肠道免疫,缓解断奶应激。     

类志贺邻单胞菌感染杂交鲟肠道组织转录组分析

为探究病原菌感染杂交鲟肠道转录组变化情况,本试验以常见病原菌类志贺邻单胞菌接种约360 d杂交鲟,于接种24 h后,采集杂交鲟肠道组织样本,提取组织总RNA,采用Illumina HiSeqTM 2000进行转录组测序,筛选杂交鲟肠道差异表达免疫应答基因并进行GO功能分类和KEGG信号通路分析,结果显示：与正常对照组比较,试验感染组杂交鲟肠道差异表达基因为13 542个,其中上调基因为9 774个,下调基因为3 768个;GO分析发现,杂交鲟肠道差异表达基因显著性富集到生物学过程的主要有免疫系统过程、免疫效应过程、刺激反应等;显著性富集到分子功能的主要有DNA结合、信号受体活性、核酸转录因子活性等;显著性富集到细胞组分的主要是胞外区、胞外区组成部分、细胞膜等。KEGG分析发现,杂交鲟肠道差异表达基因参与的免疫信号通路有RIG-Ⅰ样受体信号通路、Toll样受体信号通路和细胞溶质DNA传感途径。这些研究结果为深入探究杂交鲟对肠道病原微生物感染的防御分子机制奠定了良好的基础。     

基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因

试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析,旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头,利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序,对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示,180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达,其中474个基因表达上调,1 181个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能,1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能;180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达,其中70个基因表达上调,313个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,70个表达上调基因未能显著富集,313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息,筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因：FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。     

猪A型塞内卡病毒感染诱导猪肾细胞(PK-15)长链非编码RNA差异表达谱的分析

为研究猪A型塞内卡病毒(SVA)感染猪肾细胞(PK-15)后对于PK-15 lncRNA表达谱的影响,本研究进行了高通量测序以检测SVA感染诱导PK-15产生的差异表达lncRNA。结果显示,在SVA感染后24 h,共诱导1043个lncRNA差异表达,其中已知的lncRNA 420个,未知的lncRNA 623个。GO富集和KEGG通路分析显示,lncRNA靶基因富集于p53信号通路、RIG-I样受体信号通路、MAPK信号通路、IgA生成的肠道免疫网络通路等。根据高通量测序结果选择了8个差异表达的lncRNA采用荧光定量PCR验证,验证结果与高通量测序结果一致。本研究初步表明lncRNA参与了SVA对PK-15细胞的感染过程,为SVA的分子机制研究提供了新的方向。     

鸡毒支原体MG-HY株感染鸡气管的转录组学分析

旨在进一步探究鸡毒支原体（MG）感染SPF雏鸡后气管基因组转录水平的变化,筛选出MG感染后参与气管黏膜炎性损伤的差异表达基因和调控通路。使用MG-HY株菌液按0.2 mL·羽^-1经点眼滴鼻感染SPF雏鸡,感染后收集气管组织利用RNA-Seq技术进行测序分析。转录组分析结果显示,在MG感染期间RNA-seq共筛选出3 112个显著（P<0.01）差异表达基因（DEGs）,其中,1 646个上调基因,1 466个下调基因。GO功能分析显示,差异基因主要涉及生物调节、刺激的反应、多细胞生物过程、细胞成分组织或生物发生等生物过程。KEGG-Pathway分析发现差异基因参与黏膜免疫信号传导通路,例如：细胞因子-细胞因子受体相互作用,细胞黏附分子（CAMs）,细胞外基质（ECM）受体相互作用、紧密连接、PPAR信号通路和MAPK信号通路等,表明这些基因参与了MG诱导的雏鸡气管炎症反应和损伤。使用qRT-PCR验证与黏膜免疫相关的13个差异表达的基因,其结果与转录组分析一致。本研究为进一步阐明MG感染导致宿主气管黏膜上皮损伤和黏膜免疫机制提供了基础。     

鸭瘟病毒感染鸭十二指肠黏膜炎症相关基因及调控通路的筛选

试验旨在分析鸭瘟病毒（duck plague virus，DPV）感染樱桃谷鸭后十二指肠黏膜转录组水平的变化，筛选出DPV感染后参与炎症的相关基因和调控通路。DEV-GZ株经腿部肌肉接种35日龄鸭后，于接种后24、48和72 h采集鸭十二指肠黏膜组织样本，提取总RNA进行转录组测序，对数据进行质控与注释，筛选与炎症相关的差异表达基因及调控通路，并应用实时荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证。结果显示，对照组与试验组总计得到21.39 Gb的Clean Bases，测序样本有效序列占原始序列的99%以上，映射率高于83%。鸭接毒DPV后24 h十二指肠黏膜的差异表达基因有221个，参与炎症相关生物学过程的有3个，均为下调基因；接毒DPV后48 h差异表达基因有499个，参与炎症相关生物学过程的有17个，均为下调基因；接毒DPV后72 h差异表达基因有798个，参与炎症相关生物学过程的有20个，其中上调基因13个、下调基因7个。GO数据库分析显示，参与炎症相关的差异表达基因主要是CCR8、CCL19、CCL4、IL-17、IRF1、IFN-γ、SLC11A1等，涉及急性炎症反应、趋化因子受体活性、急性期反应、炎症反应和炎症反应的正调节等生物学过程。KEGG数据库分析显示，差异表达炎症相关基因主要富集在Toll样受体信号通路、NF-κB信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路和炎症性肠病等；实时荧光定量PCR结果显示，IFN-γ和MALT基因的相对表达倍数与转录组结果基本一致。本试验完成了DPV感染樱桃谷鸭十二指肠的转录组测序分析，获取了差异表达基因的功能注释信息，初步揭示了参与DPV感染的炎症相关通路，为深入探究DPV的致病机制提供了理论参考。     

系统分析多组织转录组鉴定影响猪脂肪沉积的关键基因

旨在挖掘影响松辽黑猪脂肪沉积的关键基因及脂肪、肝和肌肉在体内的功能。本研究选择体重100 kg左右健康且背膘厚差异显著的6头(高、低各3头)松辽黑猪为试验动物,利用高通量转录组测序技术检测其脂肪、肝和背最长肌组织中基因的表达水平,鉴定不同脂肪沉积猪和不同组织中的差异表达基因,并分析差异表达基因的生物学功能。结果表明,在不同分组的猪中发现135个差异表达基因,其中部分参与了PPAR信号通路、AMPK信号通路、代谢通路、脂肪酸代谢和甘油代谢等通路。经生物学功能分析发现,EHHADH、ME1、SCD、OLR1、PHGDH、ACLY、LEP和CYP超家族基因等基因为影响猪脂肪沉积的关键基因。在不同组织的差异表达表达基因中,脂肪组织中高表达的基因显著富集在胰岛素信号通路、MAPK信号通路、三羧酸循环、氧化磷酸化等通路;肝中高表达基因显著富集在多种物质的代谢、脂肪酸的降解、氨基酸的合成等通路;背最长肌中高表达的基因主要参与了蛋白质的降解、PI3K-Akt信号通路、氧化磷酸化通路、Wnt信号通路、磷脂酰肌醇信号通路等通路。不同组间差异表达基因分析结果提示,EHHADH、ME1、SCD、OLR1、PHGDH、ACLY、LEP和CYP超家族基因等基因是影响脂肪沉积的关键基因;不同组织间差异表达基因表明,脂肪组织是脂肪合成的主要部位,而肝和肌肉组织主要涉及脂肪酸的降解。本研究结果对脂肪性状的遗传改良、机理解析有一定意义。     

基于猪小肠上皮细胞炎症模型分析产肠毒素大肠杆菌诱导的转录组表达变化

【目的】分析产肠毒素大肠杆菌（enterotoxigenic Escherichia coli，ETEC）诱导猪小肠上皮细胞（IPEC-J2）炎症反应的主要宿主调控基因及相关分子通路，为进一步揭示ETEC感染引发炎症反应的作用机制提供理论依据。【方法】用感染复数（multiplicity of infection，MOI）为100的ETEC菌液感染IPEC-J2细胞，18 h后收集细胞上清，通过ELISA方法检测炎性因子白细胞介素1β（interleukin 1 β，IL-1β）的分泌水平。由Illumina PE150测序平台进行高通量转录组测序，通过edgeR v 3.12.1软件对测序结果进行差异表达分析，利用GOseq和KOBAS 2.0软件对得到的差异表达mRNA进行GO功能和KEGG通路富集分析，随机挑选5条差异表达mRNA，利用实时荧光定量PCR对其验证。【结果】试验成功建立了ETEC感染诱导的IPEC-J2细胞炎症模型。与对照组相比，炎症模型组共发现529条差异表达mRNA，其中236条表达上调，293条表达下调，包括HSP90AA1、CGNL1、CADPS2、EHBP1等免疫相关基因。GO功能分析表明，ETEC感染后差异表达mRNA显著富集于细胞组分和生物过程，包括细胞内成分（intracellular part）、细胞质（cytoplasm）、核成分（nuclear part）、胞内膜结合细胞器（intracellular membrance-bounded organelle）、膜结合细胞器（membrance-bounded orgabelle）及细胞进程（cellular process）等。KEGG通路分析表明，炎症模型中差异表达基因大多数被注释到疾病相关通路及Toll样受体信号通路、mTOR信号通路、细胞周期、黏附连接等免疫相关信号通路。利用实时荧光定量PCR验证随机挑选的5条差异表达mRNA，结果与测序报告中差异表达mRNA变化趋势一致，证明测序结果可信。【结论】HSP90AA1、CGNL1、CADPS2和EHBP1等基因可能在ETEC黏附IPEC-J2细胞并诱导炎症反应中发挥关键作用，并通过Toll样受体、mTOR等信号通路进行免疫调控。研究结果为进一步揭示ETEC感染诱导炎症反应的分子机制及相关调控网络提供参考依据。     

非洲猪瘟病毒感染后猪外周血淋巴细胞Toll样受体信号通路的lncRNA-mRNA分析

【目的】丰富非洲猪瘟病毒（African swine fever virus,ASFV）感染后猪外周血淋巴细胞长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）表达谱,并进一步挖掘影响Toll样受体信号通路的调控网络。【方法】试验动物感染ASFV,于第7天采集外周血并分离得到外周血淋巴细胞,运用Illumina高通量组学测序对外周血淋巴细胞中lncRNA进行测序,原始数据经处理后筛选获得差异表达的lncRNA,并进行靶基因预测,利用生物信息学方法对靶基因进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,初步绘制与Toll样受体信号通路相关的lncRNA-mRNA调控网络,并对lncRNA-ENSSSCG00000041959在内的4个lncRNAs进行实时荧光定量RT-PCR验证。【结果】共筛选到73个差异表达的lncRNAs,其中上调表达lncRNAs 38个,下调表达lncRNAs 35个。GO功能分析结果显示,靶基因显著富集在调节免疫系统过程、防御反应、生物刺激、病毒反应和先天性免疫;KEGG信号通路富集分析显示,大部分靶基因与细胞循环、疾病及免疫应答有关,其中免疫相关信号通路有Toll样受体信号通路、TNF信号通路、产生IgA的肠道免疫网络等。进一步挖掘出lncRNA-ENSSSCG00000041959-RIPK1和lncRNA-ENSSSCG00000041959-IRAK1可能是影响Toll样受体信号通路的重要调控网络,实时荧光定量RT-PCR与测序结果一致。【结论】本研究初步鉴定出lncRNA-ENSSSCG00000041959-RIPK1和lncRNA-ENSSSCG00000041959-IRAK1可能是影响Toll样受体信号通路的lncRNA-mRNA调控网络,为进一步探索lncRNA调控ASFV感染机体免疫反应奠定了理论基础。