菊苣EST-SSR分子标记开发及通用性分析

为了开发菊苣（Cichorium intybus）简单重复序列（Simple sequence repeat,SSR）分子标记,采用菊苣表达序列标签（Expressed sequence tags,EST）序列设计EST-SSR引物,并验证引物的有效性和通用性。结果表明：菊苣EST序列中共搜索到648个SSR位点,146种重复基序,SSR出现频率为1.61%;三核苷酸重复类型最多（46.45%）,TC/GA基序出现频率最高（14.35%）;152对EST-SSR引物在菊苣中的有效扩增率和多态率分别为78.29%和57.24%。其中37对引物在31份莴苣亚族（Lactucinae Less.）材料中的扩增转移率为86.05%,遗传多样性分析显示不同种间存在明显的遗传分化,聚类结果与材料的地理来源有较高相关性。综上所述,基于菊苣EST序列开发的SSR引物可用于菊苣及其近缘属种遗传多样性分析及种间鉴定,为菊苣族（Lactuceae Cass.）种质资源评价、系统进化研究及分子标记辅助育种奠定了重要基础。     

利用SSR和EST-SSR技术研究不同秋眠级苜蓿遗传多样性

用SSR和EST-SSR两种分子标记方法相结合,对25份不同秋眠等级苜蓿材料进行遗传多样性分析.结果表明:筛选出的7对SSR引物和10对EST-SSR引物经PCR扩增后获得175条多态性带,在此基础上构建了25份苜蓿材料的SSR和EST-SSR DNA指纹图谱;采用类平均法(UPGMA)Nei氏遗传距离进行聚类,将25份材料聚成4个复合组,表明供试苜蓿材料具有较高的异质性和较丰富的遗传背景.     

利用EST-SSR标记分析西南扁穗牛鞭草种质的遗传多样性

利用禾谷作物EST-SSR标记对采自我国西南地区的40份野生扁穗牛鞭草和3份扁穗牛鞭草国审品种的遗传变异和亲缘关系进行了研究。试验筛选出23对引物对43份供试材料进行扩增,共获得323条带,其中多态性条带261条,多态性条带比率(PPB)达80.4%,多态信息含量(PIC)为0.354~0.500,平均值为0.474,遗传相似系数(GS)为0.690~0.913,表现出丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明,各供试材料间的聚类与其地理来源及形态特征具有一定的相关性。5 个扁穗牛鞭草地理类群间的分子方差分析(AMOVA)揭示了供试的扁穗牛鞭草类群内的遗传变异占总变异的95.32%,类群间变异占总变异的4.68%。表明禾谷作物的EST-SSR能用于扁穗牛鞭草遗传多样性研究,是一种有效的分子标记。本研究结果为扁穗牛鞭草种质的收集、利用及育种提供了理论依据。     

白花草木樨EST-SSR标记的开发与筛选

草木樨(Melilotus)是重要的豆科牧草之一,然而草木樨分子标记匮乏,限制了草木樨种质资源的开发与利用。本研究以白花草木樨(M.albus)转录组数据为基础,设计了18 182对草木樨EST-SSR引物,并对所开发的EST-SSR引物进行筛选。通过PCR扩增从550对EST-SSR引物中筛选得到206对白花草木樨多态性引物,共检测出679个等位基因,平均每对引物检测出2.888个基因位点。多态信息含量PIC的分布范围为0.239~0.855,平均值为0.468。206对多态性引物Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)的平均值分别为0.169和0.239。本研究开发的EST-SSR丰富了草木樨属的分子标记,为研究种质资源的遗传多样性和分子辅助育种奠定了基础。     

基于SSR标记的72份猕猴桃种质资源聚类分析

利用SSR分子标记对72份猕猴桃种质进行聚类分析并构建其指纹图谱,以期为猕猴桃分子标记育种奠定理论基础。研究结果表明,从60条引物中筛选出的6对引物可以完全区分供试材料,均为多态性条带;共检测出70个等位基因,每对引物可检测到等位基因数9-17个,平均每个SSR条带能检测到11.7个等位位点,多态性信息含量（PIC）变化范围在0.792-0.904之间,平均为0.828;遗传多样性结果表明,供试材料的遗传距离的范围为0.029-0.329,平均遗传距离为0.176;聚类分析结果表明,供试材料在相似系数0.087的水平上可分为六大类,其结果与传统的形态学分类大体一致。     

基于全长转录组测序的盐生草SSR标记开发及其遗传多样性分析

以盐生草全长转录组数据为基础,用MISA在线软件对盐生草转录组水平SSR位点进行搜索,共鉴定到29640个SSR位点,每SSR的发生频率为4.93 kb。SSR种类包含1~6核苷酸重复类型,重复次数主要为4~20次,其中,三核苷酸重复单位最多,占38.25%;四核苷酸重复单位类型最少,仅占3.26%。鉴定到的327种SSR重复类型中,A/T、AG/CT、ATC/GAT、AAG/CTT重复类型出现次数较多。进一步地,对甘肃18个不同生态点盐生草材料进行SSR标记位点的开发及遗传多样性分析。从检测到的29640个SSR标记中选择218对标记进行多态性筛选,共筛选到多态性较高的33对标记,这些标记共检测得到199个等位基因位点,等位基因数（AN）为3~13个,平均为6.03个;基因多样性指数（GD）为0.583~0.869,平均为0.698;基因型数量（GN）为2~13,平均值为5.88;多态性信息含量（PIC）值为0.527~0.856,平均值为0.623。聚类分析结果表明,18个不同生态点盐生草的遗传相似系数（GS）为0.528~0.859,平均值为0.683。在GS为0.68处,可将供试材料划分为四大类。本研究为盐生草种质资源开发及利用提供了参考依据。     

偃麦草EST-SSR标记开发及应用

利用NCBI数据库中偃麦草(Elytrigia repens)EST序列开发偃麦草EST-SSR引物,并对47份偃麦草资源进行遗传多样性分析,验证所开发EST-SSR引物在偃麦草上的可应用性。结果显示,在27 891条偃麦草EST序列中可以搜索到SSR位点1 068个;其中六核苷酸重复序列最多,占总SSR的53.83%;二、三、四、五、六核苷酸优势重复基元及出现频率分别为AC/TG(2.72%)、CGC/GCG(1.87%)、CGAC/GCTG(5.24%)、CCGCC/GGCGG(0.37%)、CAGCTC/GTCGAG(3.37%)。开发的105对偃麦草EST-SSR引物中有64对引物(60.95%)可以有效扩增;随机选取18对多态性引物对47份偃麦草进行遗传多样性分析,其多态性百分率为78.64%,多态性指数(PIC)为0.22~0.83。以上结果表明,开发的偃麦草EST-SSR标记是有效的,有较高的应用价值,为偃麦草遗传多样性、重要性状关联分析研究奠定了基础。     

沙打旺EST-SSR分子标记开发及其遗传多样性分析

沙打旺是一种高产优质、抗逆性强的多年生异花授粉豆科牧草,但分子标记的缺乏限制了其在遗传育种等方面的研究和利用。本研究旨在开发大量沙打旺EST-SSR分子标记,为沙打旺种质改良和遗传多样性分析提供参考资源。首先利用De novo转录组测序技术对两个沙打旺种质(CF019650, CF020070)进行RNA-seq测序,并对测序数据进行拼接获得总长度为190587631 bp的151516个unigenes。进一步在其中的30262个unigenes中检测到39163个EST-SSR位点,SSRs分布频率为25.85%。其中6635 (21.93%)条unigenes含有两个及以上SSR位点,复合SSRs有3514个(11.61%)。对所有EST-SSR位点进行引物设计,共得到22367对特异性引物。利用两个沙打旺种质(CF019650, CF020070)对随机合成的100对引物进行初步筛选,其中90对可扩增出目的特异性条带。随机选择其中51对引物对27个沙打旺种质的遗传多样性进行评估,结果表明:51对引物的平均等位基因数、平均多态性信息含量(PIC)、平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为8.750、0.682、0.719和0.730。主成分及聚类分析结果揭示不同生态型(匍匐或直立)沙打旺种质的遗传分布具有明显的种质特异性,且聚类结果与其地理来源之间具有较高的相关性。新开发的EST-SSR分子标记可促进沙打旺遗传改良和基因组学研究,有助于沙打旺分子标记辅助育种、QTL定位和遗传变异分析。     

利用SSR标记分析高粱属种质资源的遗传多样性

本研究利用15对SSR 引物对161 份高粱属种质资源进行了遗传多样性分析。结果显示,15对引物共扩增出118条谱带,其中88条具有多态性,多态性比率(P)为75.21%;多态性信息含量(PIC值)变幅为0.612~0.806,平均为0.699。161份高粱属材料遗传相似性系数为0.636~0.977,平均基因多样性指数(H)为0.696,Shannon信息指数(I)为1.393。UPGMA聚类分析显示, 161 份高粱属材料在遗传相似系数(GS)为0.682处可分为3组;129份高粱和苏丹草材料在相似系数为0.671处可分为2组。表明SSR标记可以作为高粱属种间以及种内遗传分化分析的有力工具,被分析的高粱属种质材料具有较高的遗传多样性。     

基于RNA-seq结果开发猪SSR标记

旨在开发猪SSR标记,为猪遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、标记辅助选择等奠定基础。本研究基于前期对6月龄大白猪和马身猪背最长肌RNA-seq结果,根据SSR在染色体上的分布、碱基类型、重复次数等的差异随机筛选154个位点,设计合成SSR引物,进行PCR扩增、PAGE检测及克隆测序验证,开发多态性SSR标记。利用开发的SSR标记对马身猪、大白猪、晋汾白猪及山西黑猪等4个猪种各30头6月龄个体进行遗传多样性分析,以评价所开发SSR标记的应用效果。结果,从36 693条转录组Unigene序列中搜索到10 488个SSRs位点,纯合型SSR为9 424个,复合型SSR为1 064个,分布于6 953条Unigene序列,其中4 727条Unigene含有单个SSR,2 226条Unigene含有2个及以上SSRs,SSR发生频率为18.95%,出现频率为28.58%。优势SSR重复类型为单、三、二核苷酸重复,其重复次数主要集中于5~22次;优势重复基序序列类型为A/T、AC/GT、GCC/GGC,长度类型为10~20 bp。随机筛选154个位点进行验证,共有124对引物扩增出清晰、特异的条带,扩增效率为80.52%,其中25对SSR引物具有多态性,占比为16.23%。利用25对SSR引物对4个猪种共120个个体进行遗传多样性分析,共识别到131个等位基因,等位基因数为2~7个,平均等位基因数为5.24,平均有效等位基因数为3.487 1,平均PIC为0.646 7,呈高度多态,总体表现出较高的多样性。本研究结果表明,基于猪转录组测序结果开发SSR标记是可行的,结果丰富了猪可用SSR标记数据库,且开发的SSR标记准确可靠,多态性高,可用于猪的遗传多样性分析。     

36份新疆野生黄花苜蓿SSR 水平的差异性研究

以36份新疆野生黄花苜蓿为材料,采用SSR分子标记对其遗传多样性进行分析,以期为新疆黄花苜蓿资源评价和核心种质库构建提供基础数据。结果表明,9对SSR分子标记引物PCR共扩增出93条条带,每对引物扩增出的条带数变异范围为3~19条,平均10.33条/对,多态条带总数为86个,多态条带百分比为92.47%,平均多态性条带数为9.55,平均多态性比例为91.55%,表明居群间存在丰富的遗传多样性。POPGENE分析表明,在遗传相似系数0.611处可将36份野生黄花苜蓿材料划分为2个混合群体和4个特定类群,表明材料具有显著异质性。     

磁珠富集法开发蕨麻SSR标记引物

微卫星序列(SSR)因具有分布广、共显性遗传、稳定、多态性丰富等优点而被广泛应用于动植物遗传研究中。利用EcoRⅠ,MseⅠ2 种内切酶酶切蕨麻基因组,酶切片段与用生物素标记的探针(AG)₁₅、(GT)₁₅杂交,然后通过链霉亲和素磁珠富集、含有SSR片段的基因组片段被吸附,再经洗脱、PCR扩增、克隆和测序,完成微卫星序列的收集。共获得有效克隆236个,随机挑选其中80个进行测序,结果显示68条序列(85%)为唯一序列,挑选出其中40条含有SSR位点的序列,用引物设计软件Primer 5 成功设计出 40 对引物,经初步筛选,最终获得多态性丰富,可稳定扩增的SSR引物20对,扩增成功率达50%。对20对引物扩增结果做了初步分析,扩增出多态性位点共338个,平均每对引物扩增出17个,平均有效等位基因数(Ne)、多态性信息含量(PIC)、Nei’s 基因多样性指数(H)和Shannon’s 信息指数(I)平均值分别为1.2440、0.8996、0.1768和0.3078。20对SSR引物为蕨麻遗传变异研究提供了新的分子标记工具。     

国审苏丹草和高丹草品种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

利用SSR分子标记技术,从108对引物中筛选出20对在国审10个苏丹草(Sorghum Sudanense)和7个高丹草(Sorghum bicolor×Sorghum sudanense)品种中进行了指纹图谱构建及遗传多样性分析。结果表明:20对引物在17个品种中共扩增出121条谱带,其中多态性条带有117条,多态性信息含量(PIC)平均为0.703;单对引物能将17个品种区分为2~14个类型,2~5对引物指纹图谱可以将17个品种区分开,可作为鉴别高丹草和苏丹草品种的分子依据;17个品种材料的平均Nei's基因多样性指数(H)为0.480,平均Shannon多样性信息指数(I)为0.820,品种间的相似系数介于0.58~0.96之间,可见,国审苏丹草和高丹草品种具有丰富的遗传多样性。     

高丹草卫星搭载材料优异种质筛选及SSR分析

为开展优异高丹草(Sorghum bicolor × Sorghum sudanense)种质资源创制,加速高丹草新品种的选育,对卫星搭载"标兵"高丹草材料进行连续4年的形态和农艺性状评价筛选,并进行SSR分子标记的遗传分析。结果表明:从SP₁到SP₄代大部分性状表现出增长趋势,高于对照,在SP₄代筛选的优良性状基本能保持稳定,最终筛选出了9个优良的高丹草株系,具有进一步培育新品种的潜力;试验从30对高粱SSR引物中筛选出10对引物对SP₁~SP₄代中不同变异类型材料进行SSR遗传分析,共扩增出203条带,其中185条为多态性条带,多态性比率为91.1%,表明卫星搭载诱变材料后代具有丰富的遗传多样性,且高粱SSR标记在高丹草中具有很好的通用性;另外聚类分析结果表明同一世代的相同变异类型能聚在一起,不同世代相同变异材料不能完全聚在一起,这可能与其数量性状具有较为复杂的遗传机制以及与其来自相同或相近株系的后代有关。本研究结果将为高丹草优异种质创制和育种提供理论参考。     

金沙柚及其近缘种的SSR分子标记分析研究简报

应用SSR分子标记对8份江西不同来源的金沙柚及其近缘柚类品种的遗传多样性进行分析。从41对引物中筛选了26对引物，共检测到等位基因92个，平均每对引物扩增出3.54个等位基因，多态性为53.68%。每对引物可检测到的等位基因数目为2～8个不等。 NTSYS 软件分析，8份材料的相似性系数为0.729～0. 924。聚类分析结果显示材料可以被划分为金兰柚和沙田柚两个组。结果表明，金沙柚与其近缘柚类亲缘关系较近，但近缘种间存在一定的遗传变异。为金沙柚的种质保存、育种和生产提供了分子水平上的依据。     

利用EST-SSR标记构建中国老芒麦品种DNA指纹图谱及种质遗传多样性

本研究利用EST-SSR分子标记,对国内的52份老芒麦(Elymus sibiricus)材料进行遗传多样性的研究,并构建了7个老芒麦品种及栽培材料的DNA指纹图谱。20对EST-SSR引物共产生204个条带,平均每对引物扩增出10.2条带,176(86.27%)条带为多态性条带,表明供试材料具有较高水平的多态性。同时,引物Elw404和Elw195构建的指纹图谱较为容易地将品种和栽培材料与其他材料区别开。分子方差分析(AMOVA)表明,老芒麦地理区域内(73.94%)的遗传变异远高于地理区域间(26.06%)。结构分析将52份材料分为5组,主成分分析(PCoA)结果与之相似。与品种及栽培材料相比,野生材料具有更高的遗传多样性[多态性条带数(NPB)为174,多态性百分比(PPB)为85.29%,香农多样性信息指数(I)为0.296 6,Nei’s基因多样性(H)为0.179 8,观察等位基因数(Na)为1.852 9],可作为重要的遗传资源用于后续的育种工作。本研究结果表明,EST-SSR分子标记可以有效地评价老芒麦种质遗传多样性及进行品种鉴定。研究结果为制定老芒麦种质原位和非原位保护策略提供参考。