| 沙打旺EST-SSR分子标记开发及其遗传多样性分析 |
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| 引用本文： | 宫文龙,王赞,赵桂琴,马琳,韦宝,龚攀,刘希强.沙打旺EST-SSR分子标记开发及其遗传多样性分析[J].草业学报,2019,28(11):147-158. |
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| 作者姓名： | 宫文龙 王赞 赵桂琴 马琳 韦宝 龚攀 刘希强 |
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| 作者单位： | 甘肃农业大学草业学院,草业生态系统教育部重点实验室,中-美草地畜牧业可持续发展研究中心,甘肃 兰州 730070;中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京,100193 |
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| 基金项目： | 农业部牧草种质资源保护项目(2013014)和国家自然科学基金(31272495)资助 |
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| 摘 要： | 沙打旺是一种高产优质、抗逆性强的多年生异花授粉豆科牧草,但分子标记的缺乏限制了其在遗传育种等方面的研究和利用。本研究旨在开发大量沙打旺EST-SSR分子标记,为沙打旺种质改良和遗传多样性分析提供参考资源。首先利用De novo转录组测序技术对两个沙打旺种质(CF019650, CF020070)进行RNA-seq测序,并对测序数据进行拼接获得总长度为190587631 bp的151516个unigenes。进一步在其中的30262个unigenes中检测到39163个EST-SSR位点,SSRs分布频率为25.85%。其中6635 (21.93%)条unigenes含有两个及以上SSR位点,复合SSRs有3514个(11.61%)。对所有EST-SSR位点进行引物设计,共得到22367对特异性引物。利用两个沙打旺种质(CF019650, CF020070)对随机合成的100对引物进行初步筛选,其中90对可扩增出目的特异性条带。随机选择其中51对引物对27个沙打旺种质的遗传多样性进行评估,结果表明:51对引物的平均等位基因数、平均多态性信息含量(PIC)、平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为8.750、0.682、0.719和0.730。主成分及聚类分析结果揭示不同生态型(匍匐或直立)沙打旺种质的遗传分布具有明显的种质特异性,且聚类结果与其地理来源之间具有较高的相关性。新开发的EST-SSR分子标记可促进沙打旺遗传改良和基因组学研究,有助于沙打旺分子标记辅助育种、QTL定位和遗传变异分析。
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| 关 键 词： | 沙打旺 EST-SSR 转录组 遗传多样性 |
| 收稿时间： | 2018-12-13 |
Development of EST-SSR molecular markers and analysis of genetic diversity of erect milk vetch (Astragalus adsurgens) |
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| GONG Wen-long,WANG Zan,ZHAO Gui-qin,MA Lin,WEI Bao,GONG Pan,LIU Xi-qiang.Development of EST-SSR molecular markers and analysis of genetic diversity of erect milk vetch (Astragalus adsurgens)[J].Acta Prataculturae Sinica,2019,28(11):147-158. |
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| Authors: | GONG Wen-long WANG Zan ZHAO Gui-qin MA Lin WEI Bao GONG Pan LIU Xi-qiang |
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| Institution: | 1.College of Pratacultural Science, Gansu Agricultural University, Grassland Ecosystem Key Laboratory of Ministry of Education, Sino-U.S. Research Centers for Sustainable Grassland and Livestock Management, Lanzhou 730070, China;2.Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agriculture Sciences, Beijing 100193, China |
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| Abstract: | |
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