不同栽培类型蓝莓遗传多样性的SSR分析

以南方地区的蓝莓品种为主要对象,利用SSR标记分析现有品种种质的遗传多样性。设计合成了56对蓝莓SSR分子标记引物,进行扩增和多态性引物筛选,将多态性好的引物用于66份蓝莓不同类型种质的遗传多样性分析。结果表明,56对引物均能扩增出预期大小条带,其中条带清晰多态性较好的引物为25对,占比引物数的44.64%,多数引物扩增的位点数在5~7个之间。25对引物在66份蓝莓供试种质中检测多态性,共检测到165个等位变异,平均每个位点有6.6个等位变异,PIC值变幅为0.656~0.947,平均值为0.777。多态性最好的引物Vc26可以检测到15个等位基因数目。北方高丛、南方高丛和兔眼类型66份蓝莓种质的遗传相似系数位于0.60~0.96之间,品种间遗传差异较丰富。利用UPGMA聚类将3种类型种质进行分析,发现除了兔眼类型品种‘红粉佳人’外,其余明显分为3个类群,且同一类型的种质基本聚在一起。结合不同类型种质的系谱分析,发现分类与品种种质的遗传成分相似有一定的相关。研究利用SSR分子标记揭示了蓝莓不同类型种质的遗传多样性,对今后杂交育种亲本选择利用有一定借鉴意义。     

基于EST数据的柞蚕SSR标记开发

柞蚕SSR标记的开发对研究柞蚕的遗传与进化、分子遗传图谱构建、功能基因定位和克隆等有重要意义。从1 500条柞蚕表达序列标签(EST)中鉴定了71个SSR位点,平均5.2 kb出现1个SSR位点,在1~6个碱基的重复基元中,以3个和4个核苷酸重复为主导类型。设计合成了29对EST-SSR引物,通过PCR扩增和电泳检测鉴定了7对具有多态性的引物,测序验证结果表明其中的4对为有应用价值的EST-SSR标记。建立的利用EST数据开发柞蚕SSR标记的方法,有助于进一步大量开发柞蚕SSR分子标记。     

新疆狗牙根种质遗传多样性的SSR分析

利用SSR分子标记技术,对采自中国新疆的51份野生狗牙根（Cynodon dactylon）及19份新疆农业大学选育的材料进行遗传多样性研究。结果表明,11对引物共得到多态性条带数55条,平均每对引物扩增出5条带,每对引物检测到36个等位基因,平均每对引物检测到5个等位基因。每个SSR位点的多态性信息量(PIC)在0.650.83,平均0.78;SSR标记揭示的新疆70份材料间的遗传相似系数变化范围为0.500.84,表明新疆狗牙根具有较丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析表明,SSR标记能够将新疆70份材料区分开;供试材料可聚为4类,其中Cd071单独聚成1类,野生材料聚为2类。表明这些材料遗传差异较大,各生态地理类群间的遗传分化与其所处的生态地理环境具有一定的相关性。     

苏丹草转录组SSR分子标记开发及遗传多样性评价

苏丹草是一种高产优质的禾本科牧草,优质分子标记的缺乏成为苏丹草育种工作顺利开展的限制性因素。本研究基于高通量测序结果开发苏丹草EST-SSR标记,并对34份苏丹草和2份高丹草种质资源进行了遗传多样性分析,验证所开发的EST-SSR引物的可应用性。从苏丹草转录组的80686条序列中鉴定出17548个SSR位点分布在13574条序列中,分布频率为16.82%。一、二和三核苷酸重复分别占38.59%、19.18%和39.09%,SSR重复基元的重复次数分布在5~23次;开发的300对引物扩增成功率达73.67%,其中54对多态性引物在36份供试材料中共扩增出275条带,其中多态性条带有205条,多态位点百分率(PPB)为73.05%,多态信息含量(PIC)平均值为0.41,遗传距离的变化范围为0.3922~0.9020;聚类分析结果将36份供试材料分为3大类群,相同品种的材料大致聚为一类,材料间的聚类与地理来源呈一定的相关性。以上结果证明了利用苏丹草转录组数据开发SSR标记的可行性并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为苏丹草及近源物种种质资源的多样性水平和变异分析以及分子标记辅助育种等研究提供依据。     

偃麦草EST-SSR标记开发及应用

利用NCBI数据库中偃麦草(Elytrigia repens)EST序列开发偃麦草EST-SSR引物,并对47份偃麦草资源进行遗传多样性分析,验证所开发EST-SSR引物在偃麦草上的可应用性。结果显示,在27 891条偃麦草EST序列中可以搜索到SSR位点1 068个;其中六核苷酸重复序列最多,占总SSR的53.83%;二、三、四、五、六核苷酸优势重复基元及出现频率分别为AC/TG(2.72%)、CGC/GCG(1.87%)、CGAC/GCTG(5.24%)、CCGCC/GGCGG(0.37%)、CAGCTC/GTCGAG(3.37%)。开发的105对偃麦草EST-SSR引物中有64对引物(60.95%)可以有效扩增;随机选取18对多态性引物对47份偃麦草进行遗传多样性分析,其多态性百分率为78.64%,多态性指数(PIC)为0.22~0.83。以上结果表明,开发的偃麦草EST-SSR标记是有效的,有较高的应用价值,为偃麦草遗传多样性、重要性状关联分析研究奠定了基础。     

干旱胁迫下老芒麦遗传多样性分析

对干旱胁迫处理的20份不同居群的老芒麦10对多态性引物进行SSR分析,研究干旱胁迫处理对老芒麦遗传多样性的影响。结果显示:10对引物总扩增带数115条,平均每个引物对扩增11.5条,多态性带数为103条,占总条带数的89.57%,每对引物扩增7~15条,平均为10.3条,多态性信息含量(PIC)为0.255~0.473,平均为0.368,SSR标记效率(MI)为3.87;通过POPGENE软件得出供试材料的Nei’s遗传多样性指数(He)为0.332 4,Shannon指数(Ho)为0.492 6。NTSYSpc 2.1软件和POPGENE 32软件聚类结果均表明,胁迫处理材料与同批材料胁迫前的聚类结果差异较大。意味着干旱胁迫处理造成非编码区的微卫星序列的遗传变异和分化,致使其重复次数发生相应改变;而胁迫前后UPGMA聚类都表明产地相同的材料大多聚为一类,但不完全一致,其中,内蒙古的材料胁迫前后差异较大。分析结果表明,供试老芒麦材料间差异明显,遗传多样性丰富,应加快其开发和合理利用。     

36份新疆野生黄花苜蓿SSR 水平的差异性研究

以36份新疆野生黄花苜蓿为材料,采用SSR分子标记对其遗传多样性进行分析,以期为新疆黄花苜蓿资源评价和核心种质库构建提供基础数据。结果表明,9对SSR分子标记引物PCR共扩增出93条条带,每对引物扩增出的条带数变异范围为3~19条,平均10.33条/对,多态条带总数为86个,多态条带百分比为92.47%,平均多态性条带数为9.55,平均多态性比例为91.55%,表明居群间存在丰富的遗传多样性。POPGENE分析表明,在遗传相似系数0.611处可将36份野生黄花苜蓿材料划分为2个混合群体和4个特定类群,表明材料具有显著异质性。     

菊苣EST-SSR分子标记开发及通用性分析

为了开发菊苣（Cichorium intybus）简单重复序列（Simple sequence repeat,SSR）分子标记,采用菊苣表达序列标签（Expressed sequence tags,EST）序列设计EST-SSR引物,并验证引物的有效性和通用性。结果表明：菊苣EST序列中共搜索到648个SSR位点,146种重复基序,SSR出现频率为1.61%;三核苷酸重复类型最多（46.45%）,TC/GA基序出现频率最高（14.35%）;152对EST-SSR引物在菊苣中的有效扩增率和多态率分别为78.29%和57.24%。其中37对引物在31份莴苣亚族（Lactucinae Less.）材料中的扩增转移率为86.05%,遗传多样性分析显示不同种间存在明显的遗传分化,聚类结果与材料的地理来源有较高相关性。综上所述,基于菊苣EST序列开发的SSR引物可用于菊苣及其近缘属种遗传多样性分析及种间鉴定,为菊苣族（Lactuceae Cass.）种质资源评价、系统进化研究及分子标记辅助育种奠定了重要基础。     

应用21个微卫星标记监测马身猪遗传多样性变化趋势

本研究旨在通过对不同年份马身猪群体遗传多样性变化趋势分析,评价马身猪保种效果,制定有效的保种措施。选用FAO-ISAG联合推荐的21个微卫星标记分析不同年份马身猪群体的遗传多样性。结果表明,在马身猪群体中,共检测到105个等位基因,平均等位基因数为5个,平均有效等位基因数为2.244 0,平均观察杂合度和PIC分别为0.317 6和0.391 9。从1999年到2007年,平均等位基因数从4.285 7下降到3.428 6,平均有效等位基因数从2.509 5下降到1.977 0,平均观察杂合度从0.311 6下降到0.298 1,平均多态信息含量从0.441下降到0.341。马身猪群体基因纯度较高,遗传多样性有逐年降低趋势,在今后的保种和利用工作中,应对马身猪群体的遗传多样性进行实时监测,在世代更替中注意低频率等位基因的保护。     

基于全长转录组测序的盐生草SSR标记开发及其遗传多样性分析

以盐生草全长转录组数据为基础,用MISA在线软件对盐生草转录组水平SSR位点进行搜索,共鉴定到29640个SSR位点,每SSR的发生频率为4.93 kb。SSR种类包含1~6核苷酸重复类型,重复次数主要为4~20次,其中,三核苷酸重复单位最多,占38.25%;四核苷酸重复单位类型最少,仅占3.26%。鉴定到的327种SSR重复类型中,A/T、AG/CT、ATC/GAT、AAG/CTT重复类型出现次数较多。进一步地,对甘肃18个不同生态点盐生草材料进行SSR标记位点的开发及遗传多样性分析。从检测到的29640个SSR标记中选择218对标记进行多态性筛选,共筛选到多态性较高的33对标记,这些标记共检测得到199个等位基因位点,等位基因数（AN）为3~13个,平均为6.03个;基因多样性指数（GD）为0.583~0.869,平均为0.698;基因型数量（GN）为2~13,平均值为5.88;多态性信息含量（PIC）值为0.527~0.856,平均值为0.623。聚类分析结果表明,18个不同生态点盐生草的遗传相似系数（GS）为0.528~0.859,平均值为0.683。在GS为0.68处,可将供试材料划分为四大类。本研究为盐生草种质资源开发及利用提供了参考依据。     

不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析

本研究旨在检测猪脂联素（adiponectin,ADIPOQ）基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89 bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸（Val）向异亮氨酸（Ile）的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型：AA、AB、BB,2个等位基因：A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率（0.52）略高于B等位基因（0.48）;在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异（P>0.05）,杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著（P>0.05）,而长白猪和大白猪间差异显著（P<0.05）,任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平（P<0.01）。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型（P<0.05）,AA和AB基因型间无显著差异（P>0.05）,但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。     

磁珠富集法开发蕨麻SSR标记引物

微卫星序列(SSR)因具有分布广、共显性遗传、稳定、多态性丰富等优点而被广泛应用于动植物遗传研究中。利用EcoRⅠ,MseⅠ2 种内切酶酶切蕨麻基因组,酶切片段与用生物素标记的探针(AG)₁₅、(GT)₁₅杂交,然后通过链霉亲和素磁珠富集、含有SSR片段的基因组片段被吸附,再经洗脱、PCR扩增、克隆和测序,完成微卫星序列的收集。共获得有效克隆236个,随机挑选其中80个进行测序,结果显示68条序列(85%)为唯一序列,挑选出其中40条含有SSR位点的序列,用引物设计软件Primer 5 成功设计出 40 对引物,经初步筛选,最终获得多态性丰富,可稳定扩增的SSR引物20对,扩增成功率达50%。对20对引物扩增结果做了初步分析,扩增出多态性位点共338个,平均每对引物扩增出17个,平均有效等位基因数(Ne)、多态性信息含量(PIC)、Nei’s 基因多样性指数(H)和Shannon’s 信息指数(I)平均值分别为1.2440、0.8996、0.1768和0.3078。20对SSR引物为蕨麻遗传变异研究提供了新的分子标记工具。     

猪FSHβ基因第2外显子多态性与产仔性能的关联分析

采用PCR-SSCP技术检测马身猪、杜洛克猪、大白猪、山西黑猪和山西白猪等5个猪种421个个体FSHβ基因编码区的多态性,采用单变量动物模型分析了多态位点对母猪产仔性能的影响。结果表明:在FSHβ基因第2外显子第48位上检测到C→T的转换突变为同义突变。在杜洛克群体中,C等位基因的频率为1;在马身猪群体中,T等位基因的频率为1;在山西白猪和山西黑猪中,等位基因C的频率相对较高,分别为0.65和0.89。不同基因型母猪总产仔数和产活仔数的差异不显著(P>0.05),可初步判断该突变位点对猪的产仔性能无显著影响。     

猪催乳素受体基因第8内含子多态性及其对产仔性能的影响

采用PCR-SSCP技术检测了大白猪、长白猪、杜洛克猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪等6个品种364头个体催乳素受体基因(prolactin,PRLR)第8内含子的多态性,并分析了多态位点对猪头胎产仔性能的影响。结果表明,猪PRLR基因第8内含子存在多态性,共检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AB、AC、BB、BC和CC 6种基因型。在杜洛克猪、长白猪、山西黑猪和山西白猪群体中,A等位基因的频率最高,分别为0.8276、0.5439、0.5345和0.7669;而在大白猪和马身猪群体中,B等位基因的频率最高,分别为0.6894和0.7000;仅在大白猪、山西黑猪和山西白猪中检测到C等位基因,且频率较低,在0.0379~0.1385之间。PRLR基因型对母猪头胎产仔数有显著影响(P<0.05),对产活仔数的影响未达显著水平。AC基因型母猪的头胎产仔数和产活仔数显著高于BC基因型个体,而与AA、AB和BB基因型个体差异不显著。含有A等位基因的母猪的产仔性能优于不带有A等位基因的个体,表明A等位基因是有利于母猪产仔性能提高的等位基因,可应用于标记辅助选择来提高母猪的繁殖性能。     

Study on the Change Trend of Growth Hormone (GH) and Growth Hormone Receptor (GHR) in Serum at Different Months in Mashen and Large White Pigs

The purpose of this study was to understand the change trend of growth hormone (GH) and growth hormone receptor (GHR) in serum of Mashen and Large White pigs during the period from 0 to 6 months of age,and to analyze the influence of GH and GHR on growth rate.The method of ELISA was used to detect the concentration of GH and GHR in serum of Mashen and Large White pigs from 0 to 6 months of age.The results showed that the variation trends of GH in Mashen pig was roughly the same as in Large White pig,the GH concentration was increased with age increasing after birth and reached the peaks at 4 and 5 months of age for Mashen and Large White pigs,respectively,and then decreased gradually.The serum GH concentration in Mashen pig was a little greater than that in Large White pig at 3 and 4 months of age,on the contrary,the serum GH concentration in Large White pig was greater than that in Mashen pig at other months.During the period from 0 to 6 months of age,the difference of GHR concentration in serum was not significant in Mashen pig (P>0.05).In Large White pig,the serum GHR concentration at 1 month of age was lowest,and was significantly lower than that at 4 and 6 months of age (P<0.01;P<0.05).During the period of 0 to 2 months of age,the GHR concentration in Mashen pig was greater than that in Large White pig,but the difference was extremely significant only at 1 month of age (P<0.01).Conversely,the serum GHR concentration in Large White pig was greater than those in Mashen pig during the period from 3 to 6 month of age,there was significant difference at 4 and 6 months of age (P<0.05),and there was extremely significant at 5 months of age(P<0.01).The concentration of GH and GHR in serum was related to the developmental stages and genetic background of pig,and its change trend was in accordance with the trend of growth rate.     

不同月龄马身猪和大白猪血清生长激素及其受体的变化规律

试验旨在探讨马身猪和大白猪血清中生长激素（growth hormone,GH）及其受体（growth hormone receptor,GHR）在生长发育过程中的变化规律,采用ELISA方法检测马身猪和大白猪0~6月龄血清中GH和GHR的浓度。结果表明,马身猪和大白猪在0~6月龄血清中GH浓度变化趋势基本相似,随着日龄的增长,血清中GH浓度呈逐渐上升的趋势,分别在4和5月龄时达到最高值,随后又逐渐降低,但与峰值无显著差异（P>0.05）,在3和4月龄时,马身猪血清中GH浓度略高于大白猪,而在其他月龄,大白猪血清中GH均高于马身猪;0~6月龄,马身猪血清中GHR浓度无显著差异（P>0.05）,大白猪血清中GHR的含量在1月龄时最低,与4月龄差异极显著（P<0.01）,与6月龄差异显著（P<0.05）,其他月龄间差异不显著（P>0.05）,0~2月龄,马身猪血清中GHR含量高于大白猪,但只有在1月龄时差异达极显著水平（P<0.01）;3~6月龄,大白猪血清中GHR含量高于马身猪,且在4和6月龄时差异显著（P<0.05）,5月龄时差异极显著（P<0.01）。血清中GH和GHR浓度与猪的发育阶段和遗传背景有关,其变化规律与猪生长速度的变化趋势相一致。     

山西地区6个猪种氟烷敏感基因的检测

采用PCR-RFLP技术对大白猪、长白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪等6个品种（系）482头猪进行了氟烷敏感（Hal）基因检测。结果表明,在山西黑猪和马身猪中,只检测到氟烷敏感阴性纯合子（NN）;而在长白猪、大白猪、杜洛克猪和山西白猪群体中,均检测到NN、Nn两种类型的个体,Haln的基因频率分别4.1%、1.8%、1.4%和1.7%。在今后的育种工作中,应加强对氟烷敏感基因的检测,选育抗应激群体。