白花草木樨EST-SSR标记的开发与筛选

草木樨(Melilotus)是重要的豆科牧草之一,然而草木樨分子标记匮乏,限制了草木樨种质资源的开发与利用。本研究以白花草木樨(M.albus)转录组数据为基础,设计了18 182对草木樨EST-SSR引物,并对所开发的EST-SSR引物进行筛选。通过PCR扩增从550对EST-SSR引物中筛选得到206对白花草木樨多态性引物,共检测出679个等位基因,平均每对引物检测出2.888个基因位点。多态信息含量PIC的分布范围为0.239~0.855,平均值为0.468。206对多态性引物Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)的平均值分别为0.169和0.239。本研究开发的EST-SSR丰富了草木樨属的分子标记,为研究种质资源的遗传多样性和分子辅助育种奠定了基础。     

兴凯湖梅花鹿微卫星遗传多样性与鲜茸重相关性分析

利用11个微卫星分子标记对黑龙江省兴凯湖鹿场保种兴凯湖梅花鹿进行遗传多样性检测,并将11个基因座的不同基因型与鲜茸重进行相关分析。结果表明:多态微卫星位点共检测到45个等位基因,每个座位检测到的等位基因数2～7个不等,平均有效等位基因数(Ne)为3.041个,平均遗传杂合度(H)为0.636,平均多态信息含量(PIC)为0.574,说明该群体属于高度多态,遗传多样性水平较高。得到5个与鲜茸重性状显著相关的位点,结合Hardy-Weinberg平衡检验,筛选出2个微卫星位点作为兴凯湖梅花鹿鲜茸重的分子遗传标记。为兴凯湖梅花鹿种质资源的遗传结构优化,避免遗传衰退等育种工作提供更准确的数据支持。     

基于EST数据的柞蚕SSR标记开发

柞蚕SSR标记的开发对研究柞蚕的遗传与进化、分子遗传图谱构建、功能基因定位和克隆等有重要意义。从1 500条柞蚕表达序列标签(EST)中鉴定了71个SSR位点,平均5.2 kb出现1个SSR位点,在1~6个碱基的重复基元中,以3个和4个核苷酸重复为主导类型。设计合成了29对EST-SSR引物,通过PCR扩增和电泳检测鉴定了7对具有多态性的引物,测序验证结果表明其中的4对为有应用价值的EST-SSR标记。建立的利用EST数据开发柞蚕SSR标记的方法,有助于进一步大量开发柞蚕SSR分子标记。     

黑羽鹌鹑的EST-SSR标记开发与应用

本研究旨在加速分子标记在黑羽鹌鹑遗传育种等方面的应用,开发黑羽鹌鹑的EST-SSR标记。随机选取100只黑羽鹌鹑,心脏采血2mL,采用生物信息学方法开发黑羽鹌鹑的EST-SSR新标记,并检测EST-SSR标记在黑羽鹌鹑群体中的多态性。结果显示,在黑羽鹌鹑中成功的开发出了6个EST-SSR标记,EST-SSR标记检测到的观测等位基因数为2~6个,6个EST-SSR标记在黑羽鹌鹑的平均多态信息含量(PIC)为0.4962,平均期望杂合度(He)为0.5759。6个EST-SSR标记中P1和P2个为高度多态标记,其他4个EST-SSR为中度多态标记。新开发的6个EST-SSR标记可用于黑羽鹌鹑的遗传多样性分析,6个EST-SSR标记与鹌鹑的糖类代谢、黑色素的合成等有关系,但具体的机理还有待进一步分析。     

苏丹草转录组SSR分子标记开发及遗传多样性评价

苏丹草是一种高产优质的禾本科牧草,优质分子标记的缺乏成为苏丹草育种工作顺利开展的限制性因素。本研究基于高通量测序结果开发苏丹草EST-SSR标记,并对34份苏丹草和2份高丹草种质资源进行了遗传多样性分析,验证所开发的EST-SSR引物的可应用性。从苏丹草转录组的80686条序列中鉴定出17548个SSR位点分布在13574条序列中,分布频率为16.82%。一、二和三核苷酸重复分别占38.59%、19.18%和39.09%,SSR重复基元的重复次数分布在5~23次;开发的300对引物扩增成功率达73.67%,其中54对多态性引物在36份供试材料中共扩增出275条带,其中多态性条带有205条,多态位点百分率(PPB)为73.05%,多态信息含量(PIC)平均值为0.41,遗传距离的变化范围为0.3922~0.9020;聚类分析结果将36份供试材料分为3大类群,相同品种的材料大致聚为一类,材料间的聚类与地理来源呈一定的相关性。以上结果证明了利用苏丹草转录组数据开发SSR标记的可行性并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为苏丹草及近源物种种质资源的多样性水平和变异分析以及分子标记辅助育种等研究提供依据。     

中国地鼠微卫星DNA引物的设计及筛选

本研究旨在筛选中国地鼠微卫星位点,为中国地鼠遗传分析提供遗传标记。根据建立的中国地鼠微卫星富集文库,对筛选的含微卫星DNA序列的克隆应用引物设计软件Primer 3.0设计引物135对,选择合成11对理论上易出现影子带的引物,用20个中国地鼠个体对这些引物进行了评估。结果显示,11对引物均能扩增出谱带,这11条带的平均多态信息含量(PIC)为0.4195,平均观察杂合度(Ho)为0.3895,平均期望杂合度(He)为0.4565,每个位点的平均等位基因数为5.818。筛选出的微卫星位点均可用于中国地鼠种群遗传结构分析,这将为中国地鼠品种选育、种系评估提供更多的微卫星遗传标记信息。     

基于EST-SSR标记的柞蚕遗传多样性分析

利用4个EST-SSR分子标记分析11个柞蚕品系的遗传多样性。结果显示,4个位点共检测到28个等位基因,平均有效等位基因数(effective number of allele,Ne)为2416个,基因观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)为0182～0400,期望杂合度(expected heterozygosity,He)为0524～0658,Shannon信息指数(Shannons information index,I)为0909～1363,群体分化系数(population differentiation coefficient,FST)均值为0337。群体的平均多态性信息含量(polymorphic information content,PIC)为0239～0477,遗传距离为0085～1305。对11个柞蚕品系的遗传多样性分析进一步确认了柞蚕中等程度的遗传多样性,且近60%的遗传变异存在于品系内个体间。研究结果表明EST-SSR标记可用于柞蚕的分子系统学研究。     

利用EST-SSR通用性和EST数据库筛选三叶草EST-SSR分子标记

为加速分子标记在三叶草中的应用,利用三叶草EST数据库(GenBank/dbEST)和EST-SSR的通用性,开展了三叶草EST-SSR分子标记筛选及利用研究。从五种作物和三叶草的EST数据中共筛选出445对EST-SSR引物,挑选107对引物用于5个三叶草品种的遗传多样性分析,其中表现多态性的引物为103对(96.3%),检测到的等位变异为293个,每对引物的等位变异数目为1~6(平均2.8),PIC值最高、最低、平均分别为0.79、0.28和0.55。聚类分析表明,在相似系数0.618水平可分为三大类,类Ⅰ由海发、瑞文德和碧盛组成,类Ⅱ为杂三叶,类Ⅲ为红三叶。     

河西走廊14种锦鸡儿遗传多样性SSR分析

选用9对细胞核SSR(nSSR)和10对叶绿体SSR(cpSSR)标记,对来源于甘肃省民勤沙生植物园的14种锦鸡儿(Caragana Fabr.)进行遗传多样性分析.9对nSSR引物共检测到109个多态位点,引物的多态性信息量(PIC)变动在0.320~0.921之间,平均0.738;10对cpSSR引物共检测到92个多态性位点,PIC变动在0.512~0.865之间,平均0.671;14种锦鸡儿种间遗传相似系数在0.60~0.92之间,平均0.76;聚类分析将14种锦鸡儿划分为5大类群6个亚类,nSSR和cpSSR所分析的种间遗传关系与传统的分类结果基本一致;分子标记结果表明,锦鸡儿属植物具有丰富的遗传多样性,为锦鸡儿属植物种质资源及育种利用提供理论依据.     

海南岛红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建

分别利用筛选出的多态性高、谱带清晰的8条ISSR标记和18对SRAP标记对海南岛69份红毛丹种质资源进行PCR扩增,8条ISSR引物共检测到425个多态性条带,其中品种(系)特异条带47个,平均位点多态性信息含量(PIC)值为0.928,可鉴别的种质资源数25～67份；18对SRAP引物共检测到894个多态性条带,其中品种(系)特异条带69个,平均位点多态性信息含量(PIC)值为0.936,可区分的种质资源数为17～63份。综合各项指标利用ISSR16和ISSR5引物21个条带用于构建红毛丹种质DNA指纹图谱,该图谱可有效区分69份红毛丹种质资源。同时该DNA指纹图谱还可为下一步红毛丹种质资源鉴定、利用、品种权保护和分子育种等提供了理论依据。     

利用ACGM和EST-SSR标记对云贵高原野生山蚂蝗属种质的遗传多样性分析

山蚂蝗属野生种质是一个具有巨大经济价值的资源。本研究利用基于基因表达序列数据库开发的２种分子标记ＡＣＧＭ 和ＥＳＴ ＳＳＲ 共８５对引物对山蚂蝗属９个种４６个野生种质资源进行多样性分析。结果显示,ＡＣＧＭ引物中有扩增产物的引物比例为８６．４９％,远高于ＥＳＴ ＳＳＲ 引物的５４．１７％。同时,ＡＣＧＭ 的多态性比率也大于ＥＳＴ-ＳＳＲ,可见ＡＣＧＭ 在山蚂蝗属野生种质中的转移性优于ＥＳＴ-ＳＳＲ。通过ＡＣＧＭ 和ＥＳＴ ＳＳＲ 分析得到的遗传相似性系数为０．５２３～０．９６７,平均相似系数为０．７０３,这表明山蚂蝗属野生种质资源间存在较高的遗传多样性。此外,ＡＣＧＭ 分析能有效区分４６ 个山蚂蝗属种质基因型,而ＥＳＴ-ＳＳＲ 只能区分绝大多数山蚂蝗属基因型。在ＵＰＧＭＡ 聚类图上４６个供试材料被分成９组,与传统分类结果不完全一致。说明基于禾本科和豆科基因表达序列开发的分子标记能用于山蚂蝗属植物的遗传分析,同时这也为其他野生种质资源的遗传多样性研究提供了有益的借鉴。     

Development and Application of EST-SSR Markers of Black Quail

The purpose of this study was to accelerate the application of molecular markers in genetic breeding and other aspects of Black quail to develop EST-SSR markers for Black quail.100 Black quail were randomly chosen and blood samples were collected to develop EST-SSR new markers and determined the genetic polymorphism using bioinformatics.The results showed that there were 6 EST-SSR markers in the Black quail, the number of observed alleles in EST-SSR was 2 to 6.The average PIC of 6 EST-SSR markers in the Back quail was 0.4962 and the average He was 0.5759.Markers P1 and P2 were highly polymorphic markers among 6 EST-SSR and the rest EST-SSR markers were moderately polymorphic markers.These developed markers could be used for genetic diversity analysis of Black quail and the EST-SSR markers had some relationship with the carbohydrate metabolism, synthesis of melanin in Black quail, but the mechanism needed the further analysis.     

利用EST-SSR标记构建中国老芒麦品种DNA指纹图谱及种质遗传多样性

本研究利用EST-SSR分子标记,对国内的52份老芒麦(Elymus sibiricus)材料进行遗传多样性的研究,并构建了7个老芒麦品种及栽培材料的DNA指纹图谱。20对EST-SSR引物共产生204个条带,平均每对引物扩增出10.2条带,176(86.27%)条带为多态性条带,表明供试材料具有较高水平的多态性。同时,引物Elw404和Elw195构建的指纹图谱较为容易地将品种和栽培材料与其他材料区别开。分子方差分析(AMOVA)表明,老芒麦地理区域内(73.94%)的遗传变异远高于地理区域间(26.06%)。结构分析将52份材料分为5组,主成分分析(PCoA)结果与之相似。与品种及栽培材料相比,野生材料具有更高的遗传多样性[多态性条带数(NPB)为174,多态性百分比(PPB)为85.29%,香农多样性信息指数(I)为0.296 6,Nei’s基因多样性(H)为0.179 8,观察等位基因数(Na)为1.852 9],可作为重要的遗传资源用于后续的育种工作。本研究结果表明,EST-SSR分子标记可以有效地评价老芒麦种质遗传多样性及进行品种鉴定。研究结果为制定老芒麦种质原位和非原位保护策略提供参考。     

四川常羽乌骨鸡群体遗传多样性分析

利用选自家禽基因组的10个微卫星标记,对四川常羽乌骨鸡5个群体(四川山地乌骨鸡白羽系、黑羽系;黄忠山地乌骨鸡;黄忠山地乌骨鸡绿壳蛋系;草科乌骨鸡)的遗传多样性进行了检测,计算了各群体的群体杂合度、群体间遗传距离,并根据遗传距离进行了聚类分析。结果表明所选择的微卫星标记在各群体中表现出较高的多态性;四川5个乌骨鸡群体遗传多样性比较丰富,群体平均杂合度为0.5383到0.6659;各群体间的遗传距离有一定的差异;聚类分析将5个群体聚为三类。     

菊苣EST-SSR分子标记开发及通用性分析

为了开发菊苣（Cichorium intybus）简单重复序列（Simple sequence repeat,SSR）分子标记,采用菊苣表达序列标签（Expressed sequence tags,EST）序列设计EST-SSR引物,并验证引物的有效性和通用性。结果表明：菊苣EST序列中共搜索到648个SSR位点,146种重复基序,SSR出现频率为1.61%;三核苷酸重复类型最多（46.45%）,TC/GA基序出现频率最高（14.35%）;152对EST-SSR引物在菊苣中的有效扩增率和多态率分别为78.29%和57.24%。其中37对引物在31份莴苣亚族（Lactucinae Less.）材料中的扩增转移率为86.05%,遗传多样性分析显示不同种间存在明显的遗传分化,聚类结果与材料的地理来源有较高相关性。综上所述,基于菊苣EST序列开发的SSR引物可用于菊苣及其近缘属种遗传多样性分析及种间鉴定,为菊苣族（Lactuceae Cass.）种质资源评价、系统进化研究及分子标记辅助育种奠定了重要基础。     

太湖鸡资源群体遗传变异的检测

应用微卫星标记对江苏省无锡市祖代鸡场有限公司太湖鸡的保种群体进行了遗传变异的分析,计算了群体的杂和度(H)和多态信息含量(PIC)。研究结果表明:30个微卫星标记在太湖鸡保种群体的杂和度为0.504～0.858之间,平均杂和度为0.688,群体的遗传多样性丰富;其中24个微卫星标记在太湖鸡中多态信息含量为高度多态,可作为有效遗传标记用于太湖鸡保种群的遗传分析,而且各座位杂和度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性。本研究结果为太湖鸡开发利用研究提供了基础,也为太湖鸡的合理保护提供了科学根据。     

岷县黑裘皮羊微卫星遗传多样性分析

试验旨在分析岷县黑裘皮羊群体内遗传多样性,筛选出理想的遗传标记,为岷县黑裘皮羊的选育保种提供理论依据。选取144只岷县黑裘皮羊,颈静脉采血并提取DNA,对24对微卫星引物进行PCR扩增,用毛细管电泳技术进行基因分型,计算其等位基因数、等位基因大小及频率、有效等位基因数、杂合度和多态信息含量。结果显示,24个位点共检测到210个等位基因,平均等位基因数为8.75;群体等位基因频率为0.0104~0.7396,等位基因片段大小为97~285 bp;有效等位基因数为1.7581~8.2433个;群体平均观测杂合度为0.4839;平均期望杂合度为0.6959;平均多态信息含量为0.6527。其中MAF70位点等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高;OarFCB128位点观测杂合度最高;OarAE129位点等位基因数最少,SRCRSP9位点期望杂合度、多态信息含量最低;OarFCB304位点观测杂合度最低。Hardy-Weinberg平衡分析结果表明,所选位点中有19个处于非平衡状态。结果表明,岷县黑裘皮羊的遗传背景复杂,群体内遗传多样性丰富,可为其遗传资源的评估和选育保种工作提供理论依据。     

An evaluation of genetic diversity indices of the Red Bororo and White Fulani cattle breeds with different molecular markers and their implications for current and future improvement options

The genetic diversity of the Red Bororo and White Fulani cattle breeds of Cameroon and Nigeria was assessed with a panel of 32 markers. Estimates for the various indices of genetic diversity, total number of alleles (TNA), mean observed number of alleles (MNA), mean effective number of alleles (MNE), observed heterozygosity (H _ob) and expected heterozygosity (H _ex), were higher at microsatellite loci than at protein loci. Mean H _ex values were above 71% at microsatellite loci in all the breeds and ranged from 37% to 41.6% at milk protein loci and from 40.9% to 45.6% at blood protein loci. The highest TNA and MNA of microsatellites were recorded for the Nigerian White Fulani. MNE of milk protein loci was highest in the Cameroonian Red Bororo, while TNA of blood protein loci was highest in the Cameroonian White Fulani. The high genetic diversity levels indicate the presence of the necessary ingredients for improvement breeding and conservation. Multi-locus estimates of within-population inbreeding (f), total inbreeding (F) and population differentiation (θ) of the breeds were significantly different from zero, except for θ of blood proteins. A high level of gene flow was found between the breeds (5.829). The phylogenetic relationship existing among the four breeds is greatly influenced by location. The high gene flow between the breeds may lead to a loss of genetic diversity through genetic uniformity and a reduction in opportunities for future breed development. We propose an improvement scheme with aims to prevent loss of genetic diversity, improve productivity and reduce uncontrolled genetic exchanges between breeds.