16S rRNA、23S rRNA及16S～23S rRNA基因在细菌分离与鉴定中的应用

在细菌的进化过程中,rRNA结构既具保守性又具高变性.保守性反映生物物种的亲缘关系,高变性则揭示生物物种的特征核酸序列,rRNA是属种鉴定的分子基础.因此,可以利用保守区设计通用引物扩增细菌的相应靶序列,再利用可变区的差异鉴别菌种,文章就16S rRNA、 23s rRNA和16S～23S rRNA基因在细菌分离与鉴定中的应用做以下综述.     

蜜蜂中肠一株耐氯霉素细菌的筛选与鉴定

细菌的16S核糖体RNA(ribosome RNA,rRNA)基因以其在进化上的特征性序列,现已被广泛用于细菌分类和鉴定的分子指标。本研究用终浓度为20μg/mL的氯霉素从蜜蜂中肠筛选得到耐氯霉素的菌株,经对其16S rRNA基因片段克隆测序,再与NCBI数据库中已知细菌的16S rRNA基因片段序列相比对,结果表明经氯霉素筛选菌株的16S rRNA基因片段序列与克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)的相关序列相似度为100%,因此可将该菌株初步鉴定为克雷伯氏菌。该菌株在供试蜜蜂中肠内对氯霉素具有一定的耐药性。     

四种主要肉源动物肌肉组织16S rRNA基因的扩增及序列分析

为了研究牛、羊、鸡、猪四种主要肉类物种16S rRNA基因序列之间的差异及进化关系,进而为餐饮市场肉类的鉴定建立方法基础,试验合成了1对16S rRNA基因通用引物,通过PCR方法扩增了牛、羊、鸡、猪四种动物肌肉组织的16S rRNA基因并进行了序列和进化树分析。结果表明:所采用的PCR扩增体系和条件均能很好地扩增出四种动物的16S rRNA基因;与Gen Bank中各自对应物种的标准序列均具有99%以上的同源性,同源性较高;序列间富含174个位点的差异或插入缺失,同源性较低。在物种进化关系上牛、羊最近,其次是猪,最后是鸡。表明16S rRNA基因种属特异性显著,可以作为基因条形码的候选基因,可利用该基因建立相应的分子诊断方法,用于对肌肉组织进行物种的鉴定。     

16S rRNA基因测序法鉴定猪多杀性巴氏杆菌的研究

对66株猪多杀性巴氏杆菌的鉴定结果表明,PCR是一种快速、特异、灵敏的病原检测方法。应用能够扩增大多数原核生物16S rRNA基因的通用引物,对猪多杀性巴氏杆菌疫苗株(EO630)和野外分离株的16S基因rRNA进行PCR扩增,以期为分子水平上准确地鉴别猪巴氏杆菌提供依据。     

湖南省牛无浆体虫株分子生物学鉴定

用原虫16 S rRNA基因序列通用引物对湖南5个地区牛无浆体感染的阳性血液样品进行PCR扩增,经测序和序列拼接,获得5个无浆体样品16 S rRNA基因的部分序列,应用分子生物学软件进行分析,并根据所获得序列的保守区间设计特异性引物,进行PCR诊断方法的探讨性研究.结果表明,在通用引物下,5个地区无浆体感染的阳性血液样品均获得1 425 bp大小的虫体16 S rRNA基因条带;测序后5个无浆体16 S rRNA序列同源性均在97%～98%.证明5个分离虫株初步鉴定为牛边缘无浆体.     

16S-23S rRNA基因间隔序列PCR及RFLP对奇异变形杆菌分离株的鉴别与系统发育分析

根据临床常见致病菌16S-23S rRNA基因间隔序列(ISR)两端的16S及23S rRNA保守序列设计PCR扩增的通用引物,对9株奇异变形杆菌和6株相近菌株应用通用引物PCR扩增16S-23S rRNA ISR序列.通过PCR长度多态性比较、RFLP分析以及部分序列测序比较,分析鉴别奇异变形杆菌.结果显示,PCR长度多态性可以将奇异变形杆菌同其余菌种进行区分;RFLP分析可以将所有试验菌种进行区分;部分序列测序可以对奇异变形杆菌进行分型.由此表明,16S 23S rRNA ISR序列PCR及RFLP分析可以简单、快速、准确的鉴定奇异变形杆菌.     

青海省刚察县某牧场牦牛源坏死杆菌的分子鉴定与分析

为确定青海省刚察县某牧场发生牦牛脾脓肿的病原菌,以便于及时防治,本研究于患病解剖牛的脾脓肿部位进行无菌采样,并进行染色形态观察、16S rRNA基因和lktA基因扩增与序列分析等。结果显示:脾脏脓汁涂片瑞氏染色后在显微镜下呈现紫色、丝状、长短不一的杆菌。基于细菌16S rRNA基因通用引物和lktA基因特异性引物扩增,均得到预期的基因目的片段。经测序后分析,两基因分别与坏死杆菌两种基因参考序列具有较高的同源性,都高达99%以上,此病原在分子生物学上鉴定为坏死杆菌,命名为Fusobacterium necrophorum QHGC;基于16S rRNA基因和lktA基因构建的进化树显示:本研究鉴定的克隆序列(16S rRNA和lktA基因)均与其他F.necrophorum分离株聚在一个分支上,在进化角度鉴定了此菌确实为坏死杆菌。本研究表明引起牦牛脾脓肿的病原菌是坏死杆菌,这为本地区牦牛脾脓肿的病原学研究和流行病学调查提供了初步数据,为牦牛脾脓肿的防治提供了参考依据。     

不同禽源里氏杆菌分离鉴定及同源性比较

对安徽部分地区疑似传染性浆膜炎的病鸭、鹅脑组织进行病原菌分离鉴定及病理学观察;经PCR鉴定,确定为鸭疫里氏杆菌。分别对5株分离菌的16S rRNA基因和Omp A基因进行核苷酸序列测定,同源性分析,构建系统进化树。结果表明:20株不同来源鸭疫里氏杆菌的16S rRNA基因和Omp A基因均分为2个群,安徽地区的5株分离株在不同群中的不同分支,同源性高达97.4%~100%。     

多位点序列分型技术在凝结芽孢杆菌菌株分类中的应用

本文通过16S rRNA基因和多位点序列分型(MLST)技术,对凝结芽孢杆菌不同菌株进行亲缘关系分析.试验选取国内具有代表性的15株凝结芽孢杆菌菌株,菌株纯化后提取基因组DNA,采用传统的16S rRNA基因分子鉴定和MLST技术相结合进行分析.其中MLST采用5个管家基因:adk、recF、sucC、rpoB和spo...     

羊源性D型产气荚膜梭菌的分离及PCR鉴定

对青海省互助县送检的2份病死羊组织,经细菌学厌氧分离培养,参考已发表的产气荚膜梭菌16S rRNA基因和毒素基因(α、β、ε、ι)合成引物,采用PCR和多重PCR扩增目的基因条带,并对分离株细菌的16S rRNA基因序列进行了同源性及系统发育分析。结果显示:从其中1份病死羊组织中分离获得1株β溶血型革兰阳性杆菌,经PCR和多重PCR扩增可得16S rRNA基因和α、ε毒素基因的目的条带;分离株细菌的16S rRNA基因序列与GenBank上已登录(登录号:NR113204.1、NR121697.2)的产气荚膜梭菌的相应序列具有高度同源性(≥99.0%),同KU714939.1的遗传关系最为亲密,因此经分子生物学方法鉴定分离株细菌为D型产气荚膜梭菌。     

不同产地苍术药材的鉴别

对不同产地苍术药材进行理化鉴别、薄层鉴别。结果表明,不同产地苍术药材的鉴别特征明显不同。     

猪源链球菌LY株的分离和鉴定

对链球菌分离株LY株进行了形态鉴定、培养特性鉴定、生化特性鉴定、血清型鉴定、毒力鉴定以及免疫原性鉴定,为研制新型的C群链球菌灭活疫苗进行了有益的探索。     

牛奶中不同酪蛋白遗传变异体及其分型鉴定研究

牛奶中存在不同种类的蛋白质,且不同基因型遗传变异体牛奶蛋白质的构型和功效存在差异。酪蛋白分型鉴定方法有基因鉴定、毛细管电泳分离鉴定、高效液相色谱分离鉴定等。本文对比介绍了不同构型κ-酪蛋白和β-酪蛋白的分型鉴定方法,重点验证了高效液相色分离谱鉴定方法的精密度、回收率,同时将该方法应用于生乳和乳制品酪蛋白分型检测鉴定,区分不同牧场牛群的遗传变异体类型和比例。通过该方法可指导牧场快速分群饲养奶牛,生产不同酪蛋白类型的生乳,并加工不同类型的高品质乳制品。     

The distribution and identification of dangerously venomous Australian terrestrial snakes

The identification of dangerous Australian snakes is important in instituting therapy for envenomation. Despite the availability of a number of identification guides with varying degrees of generality, identification can be problematic for several reasons. These include a diversity of common names, many of which are inappropriate or regionally applied to different species, identification keys that focus on variable features, intraspecific variation and interspecific convergence in colouration, and recent changes in scientific nomenclature of species and genera. Geographic distribution of the dangerously venomous species can be a useful aid to identification, by limiting the range of options in a region. However, delineation of the limits of distribution relies on fine scale mapping beyond the resolution of most identification guides. This article provides a summary of the geographic limits of the dangerously venomous Australian snakes, with particular emphasis on major population centres, and clarifies some problems in identification, particularly among brown-coloured snakes.     

布鲁氏菌鉴定和检测方法研究进展

布鲁氏菌是重要的人畜共患病病原菌，其鉴定和检测方法受到国内外的普遍重视。本文对近年来布鲁菌DNA同源性及其内切酶图谱分析、血清学检测、PCR扩增、核酸探针杂交等鉴定、检测方法进行了综述，并展望了分子生物学技术在布鲁氏菌快速、准确鉴定、检测中的良好前景。     

岷县当归产地鉴别与利用前景

由于地理环境影响,岷县当归与其他产地当归在主要成分及其含量上存在差异,道地药材岷县当归的鉴别方法有性状鉴别、组织鉴别、显微结构鉴别、指纹图谱鉴别和rRNA鉴别等。近年研究表明,当归有效成分在血液系统、免疫系统、神经系统等方面具有广泛药理作用,为其临床运用提供了依据。超临界CO2萃取当归有效成分克服了以往的提取法固有的弱点,从当归提取剩余物提取膳食纤维在理论和现实上的可能性为膳食纤维开辟了新的来源．     

肉用绵羊等级评定物元模型的建立及其应用

我国对内用绵羊等级鉴定一直采用表型评分鉴定法,由于这种方法可变因素较多,人的主观偏差较大,因而影响了对肉用绵羊鉴定的准确性.文章采用物元分析法构造的肉用绵羊数量化鉴定模型.实例分析表明,该方法可较好地反映出肉用绵羊等级,使评价结果更为客观、合理,在肉用绵羊育种中具有良好的应用前景.此模型适用于类似的其它事物等级鉴定中.     

3株非典型羊源布鲁菌的基因分型研究

[目的]探讨采用基因分型方法对非典型布鲁菌鉴定的实用性,为非典型菌株的鉴别提供参考。[方法]采用常规鉴定方法和VITEK 2.0全自动细菌鉴定分析系统对菌株进行初步鉴定,利用AMOS-PCR进行种型鉴定,应用多位点可变数目串联重复序列分析方法(MLVA)确定菌株的基因型。[结果]常规鉴定结果显示试验菌株为疑似布鲁菌;VITEK 2.0全自动细菌鉴定系统显示3株试验菌株均为布鲁菌;AMOS-PCR扩增表明试验菌株均为羊种菌,MLVA聚类分析表明试验菌株与羊种2型布鲁菌紧密地聚为一类,属东地中海基因型,并在Panel 2B中发现了新的基因型(4-4-3-7-5),命名为CN2B-45。[结论]MLVA基因分型方法对非典型布鲁菌具有极高的分辨力,是非典型布鲁菌分型鉴别的最佳策略。     

Confirmation of assignment of the bovine K-casein locus by PCR.

The provision of a bovine gene map will allow the ready identification of genetic disease in cattle and will lead to the identification of the genetic loci responsible for quantitative traits of economic importance. An extension of the polymerase chain reaction to the identification of linkage in bovine-Chinese hamster cell hybrids has improved the speed and facility of the assignment of genes to linkage groups and thus makes it easier to achieve a bovine linkage map.     

2例犬死亡原因的实验室诊断

对昆明某犬场2例死亡犬的死亡原因进行实验室鉴定。采集犬肠内容物分别做细菌和病毒检测。细菌检测包括:犬肠内容物划线培养,纯化,分离,革兰氏染色,镜检,生化试验,血清试验,药敏试验。病毒检测包括:提取病料的总DNA,用犬细小病毒的特异引物进行PCR扩增,扩增产物经胶回收后克隆到pMD18-T载体,转化受体菌DH5α,挑取阳性克隆质粒进行序列测定,并与已知参考毒株序列进行比对,分析核苷酸的同源性。分离到一株有部分耐药性的侵袭性大肠埃希菌;检测到一株犬细小病毒,由引物P1/P2扩增的基因与参考毒株CPV-b同源性为98.58%,由引物P3/P4扩增的基因与参考毒株CPV-b同源性为92.1%。结果表明,2例死亡犬的死亡原因分别为侵袭性大肠埃希菌感染和犬细小病毒感染。