淤泥湖、梁子湖、鄱阳湖团头鲂mtDNA序列变异及遗传结构分析

测定了淤泥湖、梁子湖及鄱阳湖团头鲂(Megalobrama amblycephala)共53尾样本的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列。结果显示:在获得的411 bp长度控制区序列中,检测到3个突变位点、5个单倍型。遗传多样性分析显示,3个种群的遗传多样性水平比较低,且淤泥湖种群最低。分子方差分析(AMOVA)表明,淤泥湖种群与其它两个种群有明显遗传分化,但梁子湖与鄱阳湖种群间未出现分化。     

海南三亚斑节对虾野生种群mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列的多态性

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对海南三亚野生斑节对虾(Penaeus monodon)20个个体的mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到16S rRNA基因的495 bp的核苷酸序列和控制区序列470 bp的核苷酸片段。用Clustal X软件对16S rRNA和控制区序列进行了比对,通过ARLEQUIN 2000软件对所得线粒体16S rRNA基因片段和控制区序列进行了比较分析。16S rRNA序列检测出17个多态位点,8种单倍型；控制区序列检测出100个多态位点,17种单倍型。该种群16S rRNA序列基因多样度(H)和碱基多样度(π)分别为0．700和0．0045；控制区序列的H和π分别为0．984和0．0480。研究结果表明：16S rRNA序列不适应斑节对虾的种群遗传多样性分析；控制区序列适应斑节对虾种群遗传多样性研究。     

海南三亚斑节对虾野生种群mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列的多态性

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对海南三亚野生斑节对虾(Penaeus monodon)20个个体的mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到16S rRNA基因的495 bp的核苷酸序列和控制区序列470 bp的核苷酸片段.用Clustal X软件对16S rRNA和控制区序列进行了比对,通过ARLEQUIN 2000软件对所得线粒体16S rRNA基因片段和控制区序列进行了比较分析.16S rRNA序列检测出17个多态位点,8种单倍型;控制区序列检测出100个多态位点,17种单倍型.该种群16S rRNA序列基因多样度(H)和碱基多样度(π)分别为0.700和0.0045;控制区序列的H和π分别为0.984和0.0480.研究结果表明16S rRNA序列不适应斑节对虾的种群遗传多样性分析;控制区序列适应斑节对虾种群遗传多样性研究.     

褐菖鲉人工育苗技术要点

正褐菖鲉(Sebastiscus marmoratus)隶属鲉形目、鲉科、菖鲉属,俗名虎头鱼、石狗公,我国南北沿海均有分布,为暖水性底层恋礁型卵胎生种类。褐菖鲉生性凶猛,喜食小型鱼虾、多毛类、口足类、长尾类、短尾类等。近年来随着捕捞强度的增加,褐菖鲉资源量有一定的下降趋势。褐菖鲉也是休闲渔业的良好产品。对褐菖鲉人工育苗技术进行研究不仅能够为其规模化繁育生产提供理论依据,还能为保护海洋资源,发展绿色渔业提供助力。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析

本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034和0.006 27±0.000 99。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.014之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为1支;21个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.019之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为2支。中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定,近期没有发生种群扩张。整体来看,高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。     

福建近海竹荚鱼线粒体DNA控制区和细胞色素b遗传多态性

测定了捕自福建近海闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼(Trachurus japonicus)的线粒体DNA(mtDNA)控制区和细胞色素b基因(cyt 6)序列.获得了长度为861～866 bp的控制区全序列.60个样本中共检测到66个变异位点和53个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.993,核苷酸多样性(π)为1.093.930 bp的cyt 6部分序列共有37个变异位点,从41个样本中得到25个单倍型,平均单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(h)分别为0.937和0.3360 cyt b片段编码330个氨基酸,氨基酸序列无变异位点,仅有1个氨基酸单倍型.竹荚鱼闽南群体mtDNA序列的遗传多样性高于闽东群体.构建的单倍型系统树未出现明显的以地方群体为单位的家系式分支或者聚簇,群体间的遗传距离(0.01)也较小.分子方差分析(AMOVA)显示,2个群体的遗传变异绝大部分来自群体内部,群体间无显著遗传分化.中性检验和核苷酸不配对分析显示,福建近海竹荚鱼近期经历过种群扩张.种群扩张、扩散能力和东海环流可能促进闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼群体间频繁的基因交流,并导致群体间较高的遗传同质性.     

中国近海黑鲷线粒体DNA控制区序列多态性分析

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法,测定了广西北海、广东深圳和山东青岛3个地理群体共72尾黑鲷(Acanthopagrusschlegeli)线粒体Dloop第一高变区5′端547～549bp序列,以探讨黑鲷种群的遗传变异。分析结果表明:72条序列T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为30.8%、21.8%、36.3%、11.0%。共检测到55个变异位点,其中转换位点32个,颠换位点19个,缺失/颠换位点1个,插入/颠换位点3个。72个个体具有51种单倍型(haplotype),单倍型比率为70.8%,黑鲷线粒体Dloop控制区表现出较为丰富的核苷酸多态性。对其所有单倍型依据序列距离使用NJ法构建的亲缘关系树并无明显的系谱分支,没有显示出明显的地理分布族群,说明黑鲷线粒体DNA控制区第一高变区序列无法用于黑鲷种群的鉴别。     

辽宁沿海日本海马线粒体控制区序列变异及其在海龙科鱼类系统分析中的应用

为研究日本海马野生群体的种质资源及遗传多样性状况,实验采用PCR扩增法获得日本海马线粒体DNA的控制区序列片段,同时利用GenBank数据库中已有的14种海龙科鱼类控制区同源序列对其进行序列比较及系统进化分析。结果显示,日本海马控制区序列片段长度为557~558 bp,其A、T、G、C 4种碱基的平均含量分别为34.3%,29.7%,14.1%,21.9%。在控制区序列片段中,共检测到16个多态性核苷酸位点,定义了16种单倍型,其核苷酸多态度和单倍型多态度都较低(π=0.0032±0.0021,h=0.70±0.02)。利用GenBank数据库中已有的海马控制区同源序列,采用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建了分子系统树。结果显示,采用最大似然法和贝叶斯法构建的分子系统树拓扑结构与邻接法构建的分子系统树拓扑结构不完全相同但基本一致,系统进化分析结果与形态分类学的观点一致。研究表明,线粒体DNA控制区序列在海龙科不同阶元间变异较大,适合于海龙科鱼类种间、群体水平的研究以及作为系统进化分析的分子标记。     

黄河玛曲段似鲇高原鳅的种群遗传多样性

用线粒体控制区序列对黄河上游玛曲段似鲇高原鳅(Triplophysa siluroides)3个地理种群的遗传多样性和遗传结构进行了分析。扩增出560 bp的片断序列在39个个体中检测到28个多态位点,共界定了10个单倍型。碱基序列总的单倍型多样度较高,为0.861,核苷酸多样度为0.014 19。AMOVA分析显示,96.52%的分子差异位于群体内,遗传分化指数(Fst)值统计检验和系统发育树都表明,3个地理群体之间尚未有显著的遗传分化。建议将黄河上游玛曲段似鲇高原鳅群体作为一个整体进行保护。     

洪泽湖野生河蚬(Corbicula fluminea)线粒体COⅠ基因序列的遗传多样性分析

利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,碱基A、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,A+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.870和0.045,平均碱基差异数(K)为27.370,单倍型序列间的遗传距离为0.002?0.095。采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建COⅠ单倍型系统进化树,15个单倍型聚为两个明显分支,表明洪泽湖河蚬种群出现了遗传分化。中性检验结果和歧点分布图显示,洪泽湖河蚬种群大小保持相对稳定,未经历种群扩张。本研究结果表明,洪泽湖河蚬种群具有较高的遗传多样性水平,该结果可为合理开发、利用及保护洪泽湖河蚬野生种质资源提供科学参考。     

东黄海沙海蜇群体线粒体COI基因序列多态性

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对东黄海野生沙海蜇20个个体的mtDNA COI基因进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,结果经比对校正后,获得该群体COI基因片段序列,长度为473 bp;该序列中多态位点共6个,含简约信息位点1个,总变异为1.27%,碱基之间只存在转换,没有颠换、插入或缺失的位点;在测得的473 bp目的DNA片段中,碱基T、C、A、G平均组成分别为35.9%、19.0%、26.8%和18.2%,其A+T含量(62.8%)远高于G+C含量(37.2%)。在20个个体中共检测到6个单倍型,单倍型多样性为0.516,核苷酸多样性Pi为0.001 46。根据Kimura遗传距离的计算结果,各单倍型之间的遗传距离为0.002~0.006。利用COI基因序列构建的NJ系统发育树表明,东黄海野生沙海蜇与越前水母的亲缘关系较近,与海蜇的亲缘关系较远,进一步证明东黄海沙海蛰与越前水母应为同一物种;但在东黄海野生沙海蜇中检测到的6个单倍型中均为东黄海野生沙海蜇所特有,与日本越前水母单倍型不同,因此,两者可能仍属同一种的不同地理群体。     

黄海蓝点马鲛mtDNA D-loop序列变异分析

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对山东半岛南岸水域的蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)群体(n＝20)的mtDNA D—1oop序列进行扩增，获得了大小约为500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定，得到了410bp的核苷酸片段(除去引物及部分端部序列)。用Genedoc软件进行排序比较，在这20个个体中，共检测到54个变异位点，包括2个碱基缺失、1个碱基插入、43个转换位点、7个颠换位点及2个转换与颠换同时存在的位点。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离，并据此构建了UPGMA和NJ系统树。用DNASP软件计算出的多态位点数(S)为54、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)分别为0．0271和11．047。研究结果表明，蓝点马鲛的mtDNA D—1oop基因个体变异程度较大，适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。     

浙江三门湾日本蟳群体线粒体16Sr RNA基因序列多态性

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对浙江三门野生日本蟳20个个体的mtDNA 16SrRNA基因进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到495 bp的核苷酸序列片段。测序结果经比对校正后,获得三群体16SrRNA基因一致序列,片断长为495 bp,其中变异位点15个,简约位点11个,总变异为3.03%。在测得的495 bp目的DNA片段中,碱基T、C、A、G平均组成分别为35.2%、17.9%、35.3%和11.6%,其A+T含量(70.5%)远高于G+C含量(29.5%)。在20个个体中共检测到7个单倍型,单倍型多样性为0.642,核苷酸多样性为0.448%。根据Kimura遗传距离的计算结果,各单倍型之间的遗传距离为0.2%~2.68%。16SrRNA构建的NJ系统发育树表明,梭子蟹属的远洋梭子蟹和青蟹属的拟穴青蟹亲缘关系较近,与蟳属的日本蟳亲缘关系较远,与形态和RAPD研究结果一致。     

南四湖大鳞副泥鳅mtDNAD-loop区遗传多样性分析

根据线粒体D-loop序列研究了南四湖大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）群体（n=30）的遗传多样性。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约1000 bp的扩增产物。PCR产物经纯化和测序后,得到了963 bp的核苷酸片段。用CLUSTALX软件进行排序比较,在30个个体中...     

南四湖大鳞副泥鳅mtDNAD-loop区遗传多样性分析

根据线粒体D-loop序列研究了南四湖大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）群体（n=30）的遗传多样性。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约1000 bp的扩增产物。PCR产物经纯化和测序后,得到了963 bp的核苷酸片段。用CLUSTALX软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到33个变异位点,包括12个转换位点、21个颠换位点。运用MEGA5.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA与NJ系统树。用DNASP软件计算出的单倍型个数（H）为15,单倍型多样性（h）为0.899,核苷酸多样性（pi）为0.008,平均核苷酸差异数（k）为7.79。结果表明,南四湖大鳞副泥鳅的mtDNA D-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富。     

利用mtDNACCOI基因序列分析引进的澳洲虫纹鳕鲈群体遗传多样性

根据线粒体COI基因序列分析了虫纹鳕鲈（MaccuUochellapeelii）引进群体的遗传多样性。用PCR技术扩增了线粒体C01的序列,PCR产物经纯化、克隆和测序后得到了652bp的核苷酸片段。运用CLUSTALX（1．83）软件比对了25个个体的序列,共检测到5个多态位点,其中4个为转换位点,1个为颠换位点;运用MEGA5．0软件构建了NJ系统树;用DNASP软件计算出的单倍型个数（H）为5,单倍型多样性（Hd）为0．300,核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异数（k）为分别为0．00073和0．473。结果表明,引进群体的虫纹鳕鲈mtDNAC01基因序列的变异程度较小,群体内遗传多样性较低。     

广西钦洲湾养殖牡蛎线粒体16S rRNA基因片段序列变异分析

采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎Crassotea ariakensis Fujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增，获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定，经同源排序，得到415bp可供分析的核苷酸片段。26个个体中共检测到18个变异位点，包括1个碱基插入／缺失、11个转换位点及6个颠换位点。共有6种单倍型，这6种单倍型又分为2大类单倍型。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离，并构建了UPGMA和NJ系统树。26个个体聚成明显的2支，一支有19个个体，占73．08％；另一支有7个个体，占26．92％；2支间序列差异为3．54％。据此得出结论：钦洲湾养殖牡蛎应存在两大种群或是2个亚种，其差异是否到了种间的分界限，还需进一步研究证实。     

中国近海鯻科鱼类系统发育初探

分析了中国鯻科鱼类4属6种17尾鱼的线粒体16S rRNA基因3′端部分序列特征。结果表明,在鯻科鱼类507 bp的碱基序列中有变异位点57个,简约信息位点55个,A+T含量(50.3%)高于G+C含量(49.8%),转换/颠换比为2.7。在邻接树和最大似然树上,鯻科鱼类聚类为2个分支,其中鯻属细鳞鯻独立为一支,其余属种组成另一分支,不支持Vari(1978)关于鯻科15个属中匀鯻属为最早分化类群的结论;鯻属的细鳞鯻和鯻鱼并未聚类在一起,表明二者亲缘关系较远,或为不同属,与Lee等报道相一致。由于鯻科鱼类属种较多,本文所分析的样品有限,且鯻科系统分类长期存在争议,因而需要采用多个线粒体和核基因联合分析更多属种,才能确定可否另立新属,并进一步明确鯻科鱼类的系统发育关系。     

黑龙江上游3种茴鱼分类地位的线粒体D-loop序列变异分析

基于茴鱼属(Thymallus)鱼类的线粒体D-loop片段全序列变异,对分布于黑龙江上游中国境内的呼玛河、额木尔河等水系中形态特征差异显著且同域分布的3种茴鱼共24个个体进行分子系统发育关系研究,以探讨其在属内的分类学地位.结果显示,分布于黑龙江上游的茴鱼群体在属内显著分为3个独立进化分支,平均序列分歧为0.048～0.062,已达到种间分化水平.经形态学鉴定,其中2个分支分别为黑龙江茴鱼(T.grubii)和下游黑龙江茴鱼(T.tugarinae),而另外1个分支应为1个新种;且该种与分布于勒拿河上游的勒拿河茴鱼((T.sp.)构成单系群,平均序列分歧仅为0.006,即黑龙江上游和勒拿河上游的待定名茴鱼为同一种,结合文献,该茴鱼被确定为北极茴鱼(T.arcticus)的1个亚种.综合3种茴鱼在黑龙江水系的地理分布现状,对其起源及演化进行了初步推测.     

不同地理群体裸体方格星虫遗传结构及种群分化研究

本研究对福建长乐、古雷、晋江海区裸体方格星虫自然群体91个个体的线粒体COI基因进行序列测定,并与厦门、北海、三亚3个地理群体15个个体的线粒体COI基因序列进行了比较分析。在106个个体中共发现193个核苷酸多态位点和52个单倍型,长乐、古雷、晋江海区3个地理群体中单倍型多样性指数(h)在0.626到0.972之间,核苷酸多样性(π)在0.00155到0.01325之间,表现出较高的遗传多样性。分子方差分析(AMOVA)显示1.97%的变异存在于群体内,而群体间的遗传变异为98.03%,群体间变异是总变异的主要来源。构建的单倍型系统关系树显示单倍型聚合为A、B、C、D 4个不同的具有高支持率的分支,表明我国沿海至少存在4个线粒体具显著差异的类群,并可能存在隐蔽种。单倍型最小拓展网络图揭示裸体方格星虫类群A存在福建沿海和北部湾两个明显的分支,是否可提升为亚种有待进一步考证。研究结果为中国沿海裸体方格星虫种质资源保护、人工苗种放养及遗传育种工作的开展提供了依据。