团头鲂3个地理种群杂交效果的配合力和微卫星标记预测

利用12对微卫星(SSR)引物对采自梁子湖、鄱阳湖和淤泥湖3个地理种群团头鲂的遗传多样性、杂合度和遗传距离进行了分析,并以3个种群的团头鲂为亲本,用完全双列杂交方法建立全同胞家系,对F1个体体质量、全长进行了配合力分析,以期预测各种群间配组的杂交优势。在一般配合力分析中,父本全长和体质量配合力效应值大小依次为淤泥湖、鄱阳湖和梁子湖;母本全长的配合力效应值大小依次为鄱阳湖、淤泥湖和梁子湖,体质量的配合力效应值依次为梁子湖、鄱阳湖和淤泥湖。在特殊配合力分析中,鄱阳湖团头鲂种群内杂交组合相对效应值最大,其次为梁子湖作为母本与淤泥湖作为父本的组合,最小的为鄱阳湖作为母本与淤泥湖作为父本的组合。对3个种群进行群体遗传学分析发现:3个地理种群的团头鲂均具有较高程度的遗传异质性,鄱阳湖群体的平均多态性信息含量最大(0.848),淤泥湖最小(0.820);有效等位基因数以及标记索引值的结果和多态信息含量一致;3个群体的近交系数均为负值。梁子湖与淤泥湖群体间的遗传距离最大(0.3362),梁子湖和鄱阳湖群体间的遗传距离最小(0.2356)。通过配合力和微卫星分子标记分析,可初步预测子代生长性状最佳的组合为梁子湖团头鲂作为父本淤泥湖团头鲂作为母本。     

鄱阳湖、梁子湖和淤泥湖三水域团头鲂人工繁殖对比试验

团头鲂系我国长江中下游静水性湖泊中特有的野生品种,属鲤形目、鲤科、编亚科的重要经济鱼类。六十年代初经人工驯养并大范围推广养殖,团头鲂成为一大优良的养殖品种。经专家考证,我国仅在鄱阳湖、梁子湖和淤泥湖仅有的几个天然湖泊中有团头鲂的种质资源分布,我国对梁子湖和淤泥湖的团头鲂种群有较深入的研究,而鄱阳湖团头鲂在国内尚未见系统的研究报告。为了掌握不同水域团头鲂在我地的人工繁殖规律,为探索出繁殖习性更优越的自然种群,我们于１９９７年的春繁期间在江西省鄱阳湖团头鲂原种场进行了３个不同水域团头鲂人工繁殖对比试…     

基于线粒体控制区的江苏湖鲚群体遗传多样性和遗传结构分析#br#

为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(F_st)为0.06199(P<0.01),两两群体间的F_st显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。     

不同地理群体乌鳢线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性

为研究乌鳢群体的遗传多样性和控制区结构,实验采用PCR和DNA测序技术对其线粒体DNA控制区序列进行比较。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区全长序列为905~908 bp。104个序列中共发现了37个多态位点,定义了27种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列。3个地理群体的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为0.875、0.003 27和2.939。群体间的平均Kimura双参数遗传距离(Kimura 2-parameter distance,K 2-P)、遗传分化指数(Fst)、基因交流值(Nm)和分子方差分析(AMOVA)均表明,3个乌鳢群体具有较高的遗传分化,白洋淀群体和平原县群体间存在一定的基因交流。     

基于线粒体Cyt-b序列的太湖湖鲚与短颌鲚种群遗传分析

为了解太湖的湖鲚(Coilia nasus taihuensis)与短颌鲚(Coilia brachygnathus)的遗传多样性及遗传分化情况，利用线粒体细胞色素b(Cyt-b)基因，开展了种群遗传学研究。结果显示，47条序列共有变异位点26个，其中，简约信息位点12个，共得到22个单倍型。两物种间Fst值达0.703，分化程度较高，种群间的基因流仅为0.212。湖鲚种群内平均Kimura双参数遗传距离为0.002，短颌鲚种群内为0.001，而湖鲚与短颌鲚种间平均Kimura双参数遗传距离为0.005，湖鲚与短颌鲚种间遗传距离高于湖鲚种群内部遗传距离，也高于短颌鲚种群内部遗传距离。系统发育树和单倍型网络图结果显示，湖鲚与短颌鲚分成2个大的类群，但有1个湖鲚个体与短颌鲚具有共有单倍型。总体结果显示，湖鲚与短颌鲚之间存在明显的遗传分化，Cyt-b序列可用于区分湖鲚与短颌鲚个体。     

鄱阳湖、梁子湖、淤泥湖团头鲂苗种生产性能比较试验

我们于１９９７年３月９日至１３日分别从湖北鄂州市武昌鱼原种场和公安县淤泥湖渔场两地引进团头鲂亲本各３０组,鄱阳湖团头鲂来源于与鄱阳湖水系相通的天然大沙湖种质资源库。将三个不同水域的团头鲂在江西省鄱阳湖团头鲂原种场经短期强化培育进行人工养殖,得到试验用水花鱼苗,将不同水域团头鲂Ｆ１代水花至夏花阶段为同水体用水花网片分格培育,夏花冬片阶段分单养和混养两种对比试验方式进行。其结果为：水花至夏花阶段鄱阳湖、梁子湖、淤泥湖团头鲂的成活率依次为７３２５％、７０％、６５５％;夏花至冬片鱼种阶段各水域团头鲂Ｆ１代成活率无明显差异,其个体增肉倍数与群体增肉倍数依次为鄱阳湖团头鲂〉淤泥湖团头鲂〉梁子湖团头鲂。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析

本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034和0.006 27±0.000 99。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.014之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为1支;21个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.019之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为2支。中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定,近期没有发生种群扩张。整体来看,高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。     

贵州省3个地理种群大鲵的遗传多样性及遗传结构

测定了贵州省贵定县、松桃县和江口县共36尾大鲵的mtDNA D-loop区部分序列,探究贵州省内不同地理种群大鲵的遗传多样性及遗传结构。结果显示,36个序列的碱基平均组成为T(33.8%)、C(22.2%)、A(30.0%)、G(14.0%),其中T的含量最高,C的含量最低;A+T含量(63.8%)显著高于G+C含量(36.2%)。江口种群核苷酸多样性指数为0.00551,贵定种群及松桃种群的核苷酸多样性指数均为0。3个地理种群相比,江口种群大鲵遗传多样性水平较高。3个种群的平均遗传距离为0.00436,其中贵定种群与江口种群达到了种群的分化水平(P0.01)。遗传结构分析结果表明,贵定种群先与松桃种群聚为一支,再与江口种群聚为一支。3个种群大鲵的整体遗传多样性水平低,遗传分化程度也低。     

海南三亚斑节对虾野生种群mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列的多态性

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对海南三亚野生斑节对虾(Penaeus monodon)20个个体的mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到16S rRNA基因的495 bp的核苷酸序列和控制区序列470 bp的核苷酸片段。用Clustal X软件对16S rRNA和控制区序列进行了比对,通过ARLEQUIN 2000软件对所得线粒体16S rRNA基因片段和控制区序列进行了比较分析。16S rRNA序列检测出17个多态位点,8种单倍型；控制区序列检测出100个多态位点,17种单倍型。该种群16S rRNA序列基因多样度(H)和碱基多样度(π)分别为0．700和0．0045；控制区序列的H和π分别为0．984和0．0480。研究结果表明：16S rRNA序列不适应斑节对虾的种群遗传多样性分析；控制区序列适应斑节对虾种群遗传多样性研究。     

海南三亚斑节对虾野生种群mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列的多态性

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对海南三亚野生斑节对虾(Penaeus monodon)20个个体的mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到16S rRNA基因的495 bp的核苷酸序列和控制区序列470 bp的核苷酸片段.用Clustal X软件对16S rRNA和控制区序列进行了比对,通过ARLEQUIN 2000软件对所得线粒体16S rRNA基因片段和控制区序列进行了比较分析.16S rRNA序列检测出17个多态位点,8种单倍型;控制区序列检测出100个多态位点,17种单倍型.该种群16S rRNA序列基因多样度(H)和碱基多样度(π)分别为0.700和0.0045;控制区序列的H和π分别为0.984和0.0480.研究结果表明16S rRNA序列不适应斑节对虾的种群遗传多样性分析;控制区序列适应斑节对虾种群遗传多样性研究.     

团头鲂“浦江1号” 选育后期世代群体同野生群体间遗传变异的ISSR分析

以团头鲂“浦江1号” 选育后期3个世代群体（F₇、F₈、F₉）为试验对象、其选育奠基群体（1985年淤泥湖野生群体）后代、淤泥湖野生群体（2007年）、梁子湖野生群体（2007年）为对照材料，通过ISSR标记技术分析，并通过部分样本的细胞色素b基因测序的补充验证，了解选育所产生的遗传变异及野生群体遗传结构现状。主要结果：（1）从100个ISSR引物中筛选出26个引物，扩增出清晰、可重复的条带共164条，多态性条带比例49.39%。细胞色素b基因在选育良种3个世代中只发现一种单倍型。（2）选育群体同选育奠基群体后代、野生群体间的遗传差异显著，如群体多态位点百分数，F₉（28.05%）比选育奠基群体后代（40.24%）减少了30.29%，比淤泥湖野生群体（41.46%）减少了32.34%。选育群体同淤泥湖野生群体间的遗传相似系数最小（0.935 0），距离最大（0.067 2），两两配对F_ST值最大（F_ST=0.305 72）；UPGMA法构建系统进化树表明，选育群体同野生群体处于两个大分支，而在野生群体大支中，选育奠基群体后代与淤泥湖原种野生群体间配对F_ST值最小（F_ST=0.050 45）。（3）选育群体F₇、F₈、F₉各世代间遗传分化虽弱（低G_ST 0.141 7值，高N_m 3.027 9值），但多态位点百分数、位点基因平均多样性、Nei氏基因多样性、群体内Shannon多样性指数等遗传参数仍然都呈现随选育世代数的累进而降低的趋势。（4）ISSR比细胞色素b基因更适合近缘种的相关关系研究。（5）经过二十多年9代的选育，相对于野生群体，团头鲂“浦江1号”良种已产生了明显的遗传分化，性状已相当稳定，但离选育极限尚有一定距离，今后应在继续监测其遗传结构变化的基础上，进一步挖掘选育潜力，同时要避免种质混杂、近交衰退及瓶颈效应等的发生。     

梁子湖与后官湖浮游细菌的群落结构特征

探究浮游细菌群落结构以及微生物与环境因子的相关性,可为湖泊环境评价和生态治理提供理论依据。选取湖北境内的梁子湖和后官湖,于2018年4月分别设置10个和5个采样点,进行浮游细菌与水体理化指标采样调查;通过16S rRNA基因高通量测序,分析比较浮游细菌群落结构及其多样性的差异,并通过冗余分析(RDA)探讨环境因子与浮游细菌群落结构的关系。结果表明,梁子湖和后官湖均有较高的浮游细菌群落多样性,其Shannon指数分别为3.974~4.743和3.924~4.500;梁子湖与后官湖的浮游细菌群落结构有所差异,梁子湖菌群隶属于放线菌门(Actinomycetes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroides)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、绿菌门(Chlorobi)、绿弯菌门(Chloroflexi)、装甲菌门(Armatimonadetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae);后官湖菌群隶属于放线菌门、蓝细菌门、变形菌门、拟杆菌门、疣微菌门、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、绿弯菌门、绿菌门、浮霉菌门(Planctomycetes)、装甲菌门和螺旋体菌门(Saccharibacteria);其中,梁子湖的优势菌群为放线菌门(20.09%~43.23%)和变形菌门(21.35%~35.28%),而后官湖的优势菌群为放线菌门(20.70%~42.69%)和蓝细菌门(14.40%~45.77%)。RDA分析表明,总氮(TN)、pH、总磷(TP)是影响微生物群落结构的主要环境因子。     

细鳞斜颌鲴三个群体线粒体COⅡ基因的遗传变异

应用线粒体COⅡ基因序列分析了细鳞斜颌鲴(Plagiognathops microlepis)三个群体(梁子湖群体、龙窝湖群体和淮河群体)的遗传变异关系.结果显示:测序得到细鳞斜颌鲷线粒体COⅡ基因大小为681 bp,A+T含量(56％左右)明显高于G+C含量.三个群体18个个体共测出5种单倍型,42个核苷酸变异位点,...     

基于环境DNA宏条形码的鄱阳湖真核浮游植物多样性研究

浮游植物作为水生生态系统的重要组成部分，其群落和分布特征可以反映水体的环境变化和营养状态。环境DNA宏条形码技术将传统的基于领域的生态学与深入的分子方法和先进的计算工具结合在一起，这在生物多样性的研究中具有巨大的优势。本研究旨在采用环境DNA宏条形码技术对鄱阳湖浮游植物多样性的组成及空间分布进行研究。于2019年的4月采集鄱阳湖环境水样，每个样点重复3次采集。使用0.45 μm的混合纤维素滤膜对水样进行真空抽滤。用试剂盒DNeasy? Blood & Tissue Kit进行滤膜DNA的提取，使用通用引物1380F：5’-TCCCTGCCHTTTGTACACAC-3’和1510R：5’-CCTTCYGCAGGTTCACCTAC-3’针对真核浮游植物 18S rDNA 基因的 V9 区域进行PCR扩增，高通量测序并结合生物信息学技术分析鄱阳湖浮游植物的群落组成。基于环境DNA宏条形码技术鉴定到浮游植物10门24纲54目101科166属，其中绿藻门和硅藻门种类较为丰富，检测到的属明显多于传统方法检测到的。中部区域的浮游植物群落多样性和均匀度较高，且鄱阳湖浮游植物整体丰富度较高。NMDS分析阐明，中部和北部区域( p = 0.004)、南部和北部区域之间群落结构差异显著( p = 0.011)。冗余分析表明，叶绿素a (Chl-a)、pH、流速(V)对各区域的浮游植物群落影响较显著。本研究使用环境DNA宏条形码技术评估了鄱阳湖浮游植物生物多样性，证明了环境DNA宏条形码技术检测浮游植物群落结构的可行性。环境DNA宏条形码作为一种新兴的生物多样性监测手段，其可用于快速检测鄱阳湖浮游植物生物多样性及其空间分布，为鄱阳湖生物多样性监测以及生态系统健康评估提供新的技术手段。     

中华鳖五群体遗传变异的RAPD分析

从97个10碱基随机引物中筛选出30个多态性引物,对黄河鳖、淮河鳖、洞庭湖鳖、鄱阳湖鳖及太湖鳖5个群体共100只个体进行RAPD分析.结果表明,中华鳖的遗传多样性较丰富.表现在(1)在获得的341条RAPD扩增带中,有234条(68.6%)呈现多态性;2个引物有可明显地反映种群差异的扩增带,其中S105扩增的1408bp在黄河鳖的出现频率仅为20%,而在另外4个群体的出现频率达80%～90%;S37扩增的438bp在5个群体的出现频率大小为黄河鳖85% >淮河鳖65% >洞庭湖鳖55% >鄱阳湖鳖40% >太湖鳖20%,呈现出从黄河到淮河到长江、从长江的中游到下游逐步降低的遗传渐变现象;(2)多态位点比例(P)的大小顺序为太湖鳖59.25%>洞庭湖鳖56.52%>鄱阳湖鳖55.80%>淮河鳖55.03%>黄河鳖54.43%,但5个群体间的差异不显著(F=0.644<F0.05;4,145=2.45);5群体内的遗传多态度(π)在0.3644～0.3883间;(3)群体内遗传相似度大小顺序为淮河鳖0.782>黄河鳖0.771>鄱阳湖鳖0.768>洞庭湖鳖0.750>太湖鳖0.722,其中太湖鳖与黄河鳖、淮河鳖、鄱阳湖鳖3个群体间的差异显著(P <0.05);(4)分子方差分析(AMOVA)表明,黄河鳖与淮河鳖、洞庭湖鳖及鄱阳湖鳖3个群体间,太湖鳖与黄河鳖、淮河鳖2个群体间有极显著的遗传分化(P<0.001);(5)根据遗传距离,用UPGMA 和NJ法进行聚类分析表明黄河鳖与淮河鳖、洞庭湖鳖与鄱阳湖鳖分别先聚在一起,最后再与太湖鳖聚类,显示太湖鳖在基因组上与其它4个群体鳖存在明显歧化.     

鄱阳湖刀鲚的渔汛特征及渔获物分析

通过探究鄱阳湖刀鲚(Coilia ectenes)的渔汛特征和渔获物现状,为有效地保护其种群资源提供科学依据。2013-2014年在鄱阳湖设置3个调查点,对刀鲚进行逐月采样调查,共取样986尾、41.54 kg,随机抽样调查不同捕捞网具的整船次鄱阳湖刀鲚渔获物数据,测量体长、体重等生物学参数。采用Pearson相关分析刀鲚单船日渔获重量WB与水文因子关系。结果表明,鄱阳湖刀鲚体长范围为17.9~38.1 cm,其中21.2~23.6 cm是优势体长组,占总个体数的37.02%;体重范围为14.3~198.2 g,其中25~40 g是优势体重组,占总个体数的57.20%。鄱阳湖刀鲚体长L(cm)和体重W(g)幂函数方程为:W=0.0019L3.1378(R2=0.8997;n=986;P0.01)。湖口水域刀鲚出现时间主要集中在每年的5-6月,高峰期在6月,7月很少见;单船渔获数量NB为(3.2±4.1)尾/d,单船渔获重量WB为(0.12±0.11)kg/d。湖口水域刀鲚单船渔获重量WB与该水域水位、流量均呈显著正相关(P0.05),WB与水位的相关性更为显著。与历史资料相比,鄱阳湖刀鲚渔获规格以小个体居多;渔汛稍有推迟,持续时间大幅度缩短;种群规模急剧缩小,表明刀鲚资源正在严重衰退。     

Genetic differentiation of the bronze featherback Notopterus notopterus between Mekong River and Tonle Sap Lake populations by mitochondrial DNA analysis

ABSTRACT:   Although the bronze featherback Notopterus notopterus is an important fish in South-East Asia, the population structure has not been investigated. In this study, genetic diversity and population structure of the bronze featherback were examined using nucleotide sequence analysis of the mitochondrial DNA control region for 332 fish collected from Tonle Sap Lake and the Mekong River in Cambodia. The average nucleotide diversity (π) of all samples was 0.033, and the Mekong River samples had higher nucleotide diversity (0.034) than Tonle Sap Lake samples (0.028). The nucleotide diversity between the lake and river samples varied from 0.029 to 0.037. The genetic differentiation between the river and lake populations was also supported by the pairwise F -statistic values and hierarchical analysis of molecular variance, indicating that the Tonle Sap Lake population is genetically isolated from the population in main stream of the Mekong River.     

鄱阳湖湖口鱼类资源现状调查

2014年5月-12月对鄱阳湖湖口县水域鱼类资源进行逐月调查,对该水域鱼类种类组成、渔获物结构、优势种、群落多样性指数和单位捕捞努力量渔获量(CPUE)进行分析。结果显示,在鄱阳湖湖口水域共采集鱼类52种,隶属于7目12科40属;优势种分别为鲤(Cyprinus carpio)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鲫(Carassius auratus)、鳙(Aristichys nobilis)和光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus),占样本个体总数的61.34%;Shannon-Wiener多样性指数(Hi)为2.59,Margalef种类丰富度指数(D)为6.09,Pielou均匀度指数(J')为0.65,Simpson优势度指数(λ)为0.87,相对稀有种数(R)为97.87%;该水域定置网CPUE为1.10~6.21 kg/d,与湖口水位呈显著正相关(P0.05)。鄱阳湖湖口水域渔业捕捞个体以小型鱼类居多,洄游型鱼类的幼鱼补充群体数量极少,鱼类群落多样性指数有上升趋势。     

淤泥湖团头鲂的引进与养植试验

１９９１年对淤泥湖四头鲂和本地团头鲂进行了对比养殖试验。经１５７天养殖，淤泥湖四头鲂平均增重２．０５倍，本地团头鲂平均增重０．８３倍。同年１１月，专家鉴定认为，本研究在山东省属首次，其技术为省内先进水平。