应用高通量测序技术分析拟穴青蟹肠道及其养殖环境菌群结构

采用基于Illumina Hi Seq测序平台的高通量测序技术,对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)肠道及其养殖池塘水体、底泥中细菌种类及丰度进行了研究。测序结果显示,3个样品共获得有效序列234575条,可聚类于2812个分类操作单元(OTUs),归属于拟穴青蟹肠道、养殖水体、池塘底泥样品的操作分类单元(OTU)个数分别为453、706和2547,其中有184个OTU均能在3个样品中检测到,在青蟹肠道和养殖水体、青蟹肠道和池塘底泥中分别检测到197和309个共有OTU。物种注释结果显示,拟穴青蟹肠道中优势细菌种类为变形菌门(Proteobacteria)(39.96%)、柔膜菌门(Tenericutes)(23.09%)和厚壁菌门(Firmicutes)(16.58%);养殖水体中优势细菌种类为变形菌门(63.02%)、放线菌门(Actinobacteria)(24.96%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(8.41%);池塘底泥中优势细菌种类为变形菌门(75.23%)、拟杆菌门(5.72%)和放线菌门(3.83%)。此外,对各样品中丰度最高的前10位OTU分析显示,不同样品中占优势地位的10种细菌在数据库(SILVA)缺乏相关已知序列,并且各样品中的优势细菌种类完全不同。实验结果表明拟穴青蟹肠道与其池塘养殖环境中菌群结构存在着密切的相关性,但肠道菌群同时具有一定的独立性,其优势细菌种类与养殖环境中优势细菌种类无关。本研究旨在为拟穴青蟹健康养殖和微生态调控提供实验依据。     

尼罗罗非鱼肠道及养殖环境中菌群结构与链球菌病的相关性

为研究尼罗罗非鱼肠道和池塘养殖环境中菌群结构变化与链球菌病暴发的相关性,实验采用16S r DNA高通量测序方法对比分析发病和健康池塘水体、底泥和尼罗罗非鱼肠道菌群的结构特征。结果显示,底泥中微生物多样性最高,水体和肠道中微生物多样性次之;肠道菌群与水体中菌群的相似性较高,而与底泥中菌群相似性较低;发病组的尼罗罗非鱼肠道和池塘底泥中微生物的多样性均低于健康组,而发病组池塘水体中微生物多样性高于健康组。OTU聚类分析发现,发病与健康尼罗罗非鱼肠道微生物差异极显著,大部分健康尼罗罗非鱼肠道微生物样品单独聚为一支。菌群结构组成分析结果表明,虽然发病组和健康组水体或底泥中优势菌群结构组成的差异较小,但在非优势菌群中存在一定差异,发病组水体中变形菌门和梭杆菌门的比例显著高于健康组水体,疣微菌门和浮霉菌门的丰度显著低于健康组水体;发病组池塘底泥中厌氧粘细菌属、甲烷丝菌属和枝芽孢菌属等具有降解有机质和生态修复功能,菌群的丰度显著低于健康组底泥,而具有致病能力的曼氏杆菌属丰度却显著高于健康组底泥。发病组尼罗罗非鱼肠道菌群中链球菌属、分枝杆菌属和曼氏杆菌属等致病菌群的丰度显著高于健康组尼罗罗非鱼肠道,而乳球菌属、鲸杆菌属和红球菌属等益生菌的丰度显著低于健康尼罗罗非鱼肠道。无乳链球菌普遍存在于发病和健康养殖环境,以及尼罗罗非鱼肠道中,无乳链球菌的丰度在发病和健康养殖环境之间无显著差异,但其在发病尼罗罗非鱼肠道中的丰度要显著高于健康组。研究表明,尼罗罗非鱼链球菌病发病池塘水体和底泥中有益菌丰度降低和致病菌丰度的升高反映其养殖环境出现恶化,尼罗罗非鱼链球菌病的暴发与肠道微生态平衡破坏后无乳链球菌丰度增加密切相关,但肠道中无乳链球菌丰度的剧增与养殖水体和底泥中该病原菌的丰度水平之间并无直接关联。     

不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群的结构差异

为了研究不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群结构的差异及其与养殖环境中菌群结构的相关性,采用Illumina Hi Seq PE250高通量测序的方法对健康、亚健康、典型黑身病和口服氟苯尼考条件下的斑石鲷肠道、养殖水体和颗粒饵料中的细菌多样性及群落结构进行了分析比较。结果显示,养殖水体中细菌多样性高于肠道和颗粒饵料。不同健康程度及氟苯尼考干预下斑石鲷肠道中细菌均以变形菌门、厚壁菌门和软壁菌门为主,且对应的操作分类单元(OTU)占样品全部OTU的比例均达到85%以上。黑身病的发生可影响斑石鲷肠道中丰度最高的前20种优势细菌种类的排名次序,其中变形菌门中的弧菌属的相对丰度显著增加,且随着弧菌属丰度的增加,斑石鲷的黑身病症状也逐渐加重。饵料中添加氟苯尼考投喂斑石鲷能使患病鱼肠道弧菌属的丰度从60.33%下降到1.29%,较大程度改变了肠道的菌群结构,并证实氟苯尼考有效防治黑身病。其次,养殖水体和颗粒饵料对斑石鲷肠道菌群也有一定影响,且养殖水体的影响高于颗粒饵料。本研究首次报道了斑石鲷肠道菌群结构,其研究结果为今后斑石鲷的健康养殖、疾病防控及其微生态学研究提供了参考依据和技术支撑。     

凡纳滨对虾工厂化循环水养殖系统水质指标及微生物菌群结构的分析

为探究凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)工厂化循环水养殖系统的养殖水体水质情况以及微生物菌群的组成结构,本研究利用高通量测序技术和生物信息学分析手段,测定凡纳滨对虾工厂化循环水养殖过程一级移动床生物净化、二级固定床生物净化、养殖水体的水质指标、水体和生物净化载体以及对虾肠道微生物菌群的组成。结果显示,水体的氨氮(NH4+-N)和亚硝态氮(NO2–-N)质量浓度显著降低,分别为0.85和0.21 mg/L。养殖系统水体、生物净化载体和虾肠道样品中共有的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes),此外,一级、二级生物净化系统水体中的放线菌门(Actinobacteria)为优势菌,生物净化载体中浮霉菌门(Planctomycetes)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)为优势菌;对虾肠道中的厚壁菌门(Firmicutes)为优势菌。另外,对虾养殖循环水系统中生物净化载体上的细菌物种含量比水样中的细菌物种少,但微生物多样性高于养殖水体,生物净化载体中微生物具有低丰度和高多样性的特点。综上所述,生物净化系统可有效地增加水体中促进氮、磷代谢的微生物菌群,调控养殖水体的水质指标,研究结果为凡纳滨对虾工厂化循环水养殖系统构建及水质调控提供理论依据。     

池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析

为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境、底质等的关系,采用MiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16s rRNA基因测序文库,分析了不同样品中菌群组成和生物多样性。结果表明：池塘养殖牙鲆肠道（B1）中以厚壁菌门（30.49%）、变形菌门（19.16%）和梭杆菌门（11.11%）为主,其中芽孢杆菌属（27.66%）占绝对优势,弧菌属（0.16%）丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道（B5）中以变形菌门（44.31%）、厚壁菌门（11.57%）和放线菌门（4.79%）为主,其中不动杆菌属（10.37%）丰度最大,弧菌属（4.05%）相对B1中丰度较高。牙鲆肠道优势菌群主要与营养代谢调节相关,同时有益微生物和有害微生物也是肠道菌群的重要组成部分。差异性和系统进化分析表明两种养殖条件下牙鲆肠道菌群结构与饵料中菌群关系密切,此外受养殖水环境中菌群影响较大。研究结果将为今后牙鲆养殖专用高效微生态制剂的研制和养殖环境微生态调控技术构建提供理论依据。     

大菱鲆仔稚鱼发育早期肠道菌群结构形成的影响因素

为研究鱼类发育早期肠道菌群结构的演变过程及影响因素,运用高通量测序技术,分析了处于不同发育阶段的大菱鲆(Scophthalmus maximus)仔稚鱼肠道、受精卵、不同类型的饵料和水源中的菌群结构,以及它们之间的相关性。结果显示,以不同的OTU(Operational Taxonomic Units,可操作分类单元)作为分类依据,发现大菱鲆仔稚鱼的肠道菌群结构在开口摄食后不久已趋于稳定,其优势菌与受精卵所携带的细菌关联较大。并且在大菱鲆仔稚鱼不同的发育时期,这一菌群的结构非常稳固,几乎不受水和饵料中优势细菌的影响而发生改变。乳球菌属的Lactococcus piscium菌株一直是大菱鲆仔稚鱼肠道中的优势菌种,在不同发育时期的优势度高达45%~65%。本研究还发现,大菱鲆仔稚鱼肠道可能对定植的菌种具有选择性,一些水环境和饵料中的非优势菌,如Streptococcus sp.,Pseudomonas sp.,Carnobacterium sp.等细菌也会定植于肠道,成为大菱鲆肠道中的次优势菌。     

牙鲆(Paralichthys olivaceus)仔稚幼鱼肠道菌群结构比较分析

采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16SrRNA基因测序文库,共获得7462个OTU (Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属.对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群.在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80-115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道.本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律.     

牙鲆(Paralichthys olivaceus)仔稚幼鱼肠道菌群结构比较分析

采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16S rRNA基因测序文库,共获得7462个OTU(Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属。对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群。在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80–115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道。本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律。     

北方吊笼养殖刺参肠道及其养殖环境菌群结构特征及其相关性分析

为探究北方吊笼养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道及其养殖环境菌群结构的关系，本研究基于高通量测序技术全面解析刺参肠道和养殖环境菌群结构和功能特征，并初步探讨刺参肠道及其养殖环境菌群相关性。结果显示，刺参肠道菌群丰度和多样性均显著高于养殖水体(P<0.05)。刺参肠道及养殖水体主要优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)，二者存在13个相对丰度大于0.1%的共有核心菌属。此外，肠道菌群具有一定的独立性，其特异性菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi)，以芽孢杆菌属(Bacillus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、海泥海球菌属(Halioglobus)、Lutimonas和Woeseia为代表。基于KEGG代谢通路数据库，共注释到300条三级代谢通路，其中146条存在极显著差异(P<0.001)。刺参肠道菌群差异代谢通路主要表现在代谢方面，具体表现为碳水化合物消化吸收、蛋白质消化吸收和鞘脂类代谢。研究表明，刺参肠道菌群种类与其养殖水体呈高度相似性，但相对丰度存在显著性差异。本研究结果可为北方刺参吊笼健康养殖提供一定的理论依据。     

饲料中添加大豆皂甙对大菱鲆幼鱼生长和肠道健康的影响

为研究大豆皂甙对大菱鲆幼鱼生长性能、消化酶活性、肠道组织结构完整性和肠道菌群结构的影响，在以鱼粉为蛋白源的基础饲料中分别添加0%和0.3%的大豆皂甙，配制成鱼粉组和大豆皂甙组2种等氮等脂的实验饲料来投喂体质量为(4.63±0.01) g的大菱鲆进行12周的摄食生长实验。结果显示，饲料中添加0.3%的大豆皂甙对大菱鲆的生长性能没有产生显著影响，但显著降低了胃蛋白酶及肠淀粉酶活性；2组实验中大菱鲆肠道组织形态无明显差异，但大豆皂甙组肠道紧密连接蛋白的基因表达量显著降低。肠道菌群分析结果显示，大菱鲆肠道中相对丰度最高的门和属分别为变形菌门和盐单胞菌属。LEfSe和MetaStat分析显示，饲料中添加大豆皂甙后显著提高了大菱鲆肠道内优势菌(变形菌门及希瓦氏菌属)，皂甙水解相关的肠道微生物(鞘脂单胞菌属、普氏菌属、栖瘤胃普雷沃菌以及普通拟杆菌)及潜在致病菌(莫氏杆菌属和发光杆菌属)的相对丰度，同时显著降低了Caenimonas、Niastella和条件致病菌罗尔斯通菌属的相对丰度。研究表明，0.3%大豆皂甙抑制了大菱鲆消化酶活性及肠道紧密连接蛋白的基因表达，且引起了大菱鲆肠道菌群结构的显著改变。因此，大豆皂甙对鱼类肠道健康尤其是肠道菌群的影响不容忽视，值得进一步研究。     

两种疾病发生对养殖半滑舌鳎肠道菌群结构的影响分析

为研究疾病发生情况下鱼类肠道菌群的结构变化,运用高通量测序方法分别对感染腹水病和皮肤溃疡病的工厂化养殖半滑舌鳎病鱼及同一养殖系统中健康鱼的肠道菌群结构进行了对比分析。结果发现,养殖半滑舌鳎肠道中的细菌种类要明显少于环境中的细菌种类,仅为养殖池进水和颗粒饲料中细菌种类总数的14.3%~44.7%。在疾病发生后,病鱼肠道中的细菌种类数量仅是同一养殖系统中健康鱼肠道细菌种类数量的45.8%和64.5%,病鱼肠道中细菌多样性下降非常明显。进一步分析肠道菌群结构的组成发现,虽然发病鱼和健康鱼肠道中超过60%的细菌种类不相同,但优势菌群的结构组成差异不明显,丰度最高的前10种细菌种类基本相同,其比例超过肠道相对总菌量的80%。不同疾病的发生对半滑舌鳎肠道菌群结构的影响也不同,腹水病会造成肠道中优势菌株的种类和相对丰度都发生比较明显的改变,而皮肤溃疡病发生前后肠道菌群结构组成几乎没有变化。研究表明,养殖半滑舌鳎的肠道菌群结构相对比较保守,而且并不是所有的疾病种类都会引起肠道菌群结构发生改变。     

健康和患病卵形鲳鲹肠道菌群结构的差异

为研究病害发生后卵形鲳鲹肠道菌群结构的差异及其与养殖环境的关系,分析不同样品中的菌群组成和细菌多样性。实验采用Illumina HiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,分别构建了健康鱼水样、患病鱼水样、健康鱼肠道、患病鱼肠道和饵料颗粒5个样品中菌群的16S rRNA基因测序文库。研究表明,与健康鱼肠道细菌组成相比,患病鱼肠道中螺旋体门相对丰度显著升高,厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度显著降低;患病后肠道中的细菌种类仅为健康鱼肠道细菌种类总数的54.94%;健康卵形鲳鲹肠道菌群中有73.46%的可操作分类单元(OTUs)与水体样品中OTUs一致,有70.58%与饲料样品一致,而患病后分别只有17.98%和38.95%的OTUs与水体和饲料样品一致。健康卵形鲳鲹肠道中黑海弧菌的相对丰度为17.19%,患病后该菌的相对丰度大幅提高,达到78.90%;健康鱼肠道中鳆发光杆菌占比54.53%,患病鱼肠道中不含鳆发光杆菌。健康和患病鱼肠道菌群种类组成类似,但存在一定差异,病害的发生会导致肠道细菌多样性显著降低。健康鱼肠道菌群与养殖环境和颗粒饲料中菌群组成关系密切,而患病后鱼肠道细菌多样性受环境中菌群的影响较小。黑海弧菌在患病鱼肠道中的大量增殖可能是引起其患病的重要原因。     

不同生理状态中华鲟体表黏液与生境微生物组成差异分析

为揭示不同生理状态下中华鲟(Acipenser sinensis)体表黏液与生境微生物组成差异,本研究比较了健康和亚健康中华鲟体表黏液菌群的群落结构差异,探讨细菌群落结构与中华鲟生理状态的相关性。本研究采集健康与亚健康中华鲟的体表黏液和养殖水体,利用高通量测序技术分析其菌群结构。结果表明,亚健康组微生物多样性与丰富度显著高于健康组(P<0.05)。序列的统计分析表明,相较于水体,黏液样本存在大量的独有操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU),且与水体的共有OTU数目因中华鲟生理状况而发生变化。根据组间的相似性与差异分析,不同组之间的主成分与主坐标分析显示出较强的分离趋势,且组内样本相对距离较小。在门和属水平下,中华鲟体表黏液和水体群落组成和优势种有显著差异。水体中优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)(31.84%)和厚壁菌门(Firmicutes)(24.37%);健康组优势菌门为变形菌门(55.23%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(21.00%);亚健康组的变形菌门(40.23%)占比相较于健康组有所下降,但酸杆菌...     

Bacterial Flora in Turbot Scophthalmus maximus Cultured in Deepwell Seawater of Liaodong Peninsula

The microbial flora in turbot (Scophthalmus maximus) cultured in deepwell seawater from Liaodong Peninsula, China was studied for the first time. The total amount of aerobic meso- and psychrophilic microflora from the culturing water, gills, and skin were 3.46–3.82, 3.19–4.28, and 1.70–1.95 log cfu/g, respectively. Out of 204 strains isolated from fresh turbot meat with skin, Gram-positive bacteria accounted for 19.2% of the total aerobic meso- and psychrophilic microflora, and 72.1% were Gram-negative bacteria. Phylogenetic analysis was performed using 16S rDNA sequences of microbial flora isolated from turbot. The predominant bacteria in fresh turbot were Micrococcus, Serratia liquefaciens, and Enterobacteriaceae. Meanwhile, the bacterial flora of refrigerated turbot fish were investigated, and the results indicated that Shewanella putrefaciens was the predominant spoilage bacteria.     

养殖大菱鲆肠道中大菱鲆弧菌的分离鉴定及药敏试验

2014年11月,大连地区某大菱鲆养殖场发生病害并伴有死亡,主要症状为吻部下颌明显出血,腹腔积水,肝脏充血,肠道出血有白便。从患病大菱鲆肠道中分离出1株可在硫代硫酸盐—柠檬酸盐—胆盐—蔗糖琼脂培养基上生长的菌株HZ-C1,人工回接感染试验证明其对健康大菱鲆具有较强致病性。通过形态学观察、16SrDNA序列同源性分析及生理生化试验确定菌株HZ-C1为大菱鲆弧菌。药敏检测结果显示,大菱鲆弧菌HZ-C1对氯霉素、丁胺卡那及头孢曲松等11种抗生素敏感,但对青霉素、四环素及诺氟沙星等15种抗生素耐药。本研究为大连地区养殖大菱鲆细菌性病害防治提供了一定病原学依据。     

健康和患病凡纳滨对虾幼虾消化道菌群结构的比较

凡纳滨对虾养殖过程中,早期阶段是病害易感阶段,而消化道菌群结构与对虾健康关系密切。因此,探讨幼虾的消化道菌群尤其是弧菌类细菌与对虾发病的关系对病害有效防治具有重要意义。本实验采用Illumina测序研究了凡纳滨对虾健康和患病幼虾的消化道细菌群落结构,并基于纯培养和16S r DNA,rec A和pyr H基因序列比对,分析了幼虾消化道中弧菌的主要种类组成。结果发现,健康幼虾消化道中α-变形菌纲和厚壁菌门丰度较高,而患病幼虾中γ-变形菌纲、拟杆菌门、放线菌门和β-变形菌纲较高,其中放线菌门丰度差异显著。基于科水平的响应比分析,发现患病幼虾消化道中动性球菌科和噬菌弧菌科的丰度显著降低,而弧菌科的丰度显著升高。相似度分析发现,驱动群落变异的OTU主要来源于弧菌属、海洋杆状菌属、冷杆菌属、假交替单胞菌属以及未分类至属的红杆菌科和微杆菌科。健康幼虾消化道弧菌组成以锡那罗亚州弧菌为主,而患病幼虾消化道弧菌组成以坎氏弧菌为主。尽管健康和患病幼虾消化道内细菌群落结构整体差异不显著,但一些重要类群丰度变化显著,其特征与已知的生态功能一致。     

Structural characteristics and succession of intestinal microbiota for Paralichthys olivaceus during the early life stage

The research of intestinal microflora structures for Paralichthys olivaceus larvae and juveniles will help us to master the ontogeny and developmental colonization of microflora during the larval rearing stage. In this study, we sequenced the total bacterial genomic DNA in larval and juvenile guts with an Illumina MiSeq PE300 system, and analysed the structural characteristics of these microbiota, feed and rearing water in live and formulated feeding periods. The structure of gut microbiota was gradually similar to those in wild P. olivaceus at the phylum level and the newly hatched ones with the growth, according to the distribution and abundance of intestinal microbiota. And the colonized rule of main microbial species in guts was decreased initially and then increased during the larvae and juveniles stage. Meantime, the core microflora of this study were obtained through the analysis of shared and dominant species, which included Bacteroides, Bacillus, Enterococcus, Lactobacillus, Lactococcus, Escherichia_Shigella, Acinetobacter, Pseudomonas, Vibrio, Nitrosomonas, and Glaciecola. The correlation analysis of microbiota between intestines and environmental factors suggested that microflora in feed and water could affect the distribution of larval and juvenile gut microbiota. Moreover, many species of Acinetobacter, Pseudomonas and Vibrio are treated as important potential pathogens in aquaculture. These all pointed out the microbial quality of feed and rearing water should be strictly controlled in fish breeding and farming, and supply theoretical bases for screening the native probiotics to artificially regulate the gut microbiota.