基于线粒体cytb序列的花斑蛇鲻种群遗传结构研究

文章利用线粒体细胞色素b (cytochrome b, cytb)基因全序列作为分子标记,分析了中国近海和陆架的花斑蛇鲻(Saurida undosquamis)的遗传结构特征。从8个采样点266尾样本中共检测到142种单倍型,各采样点均表现出很高的单倍型多样性(0.925 1～0.992 9)和较低的核苷酸多样性(0.003 145～0.003 852)。单倍型的中间连接网络图呈现以4个优势共享单倍型为中心的星状发散结构,未发现与地理群体对应的谱系结构。分子方差分析表明花斑蛇鲻的遗传变异绝大部分(99.79%)来自种群内的个体之间,而群体之间几乎没有贡献遗传变异。成对遗传分化系数(FST)显示花斑蛇鲻群体间基因交流频繁,不存在明显的遗传差异,是一个随机交配群。中性检验表明种群历史动态显著偏离稳定种群模型,核苷酸错配分布表明花斑蛇鲻历史上曾经历过种群的快速扩张,扩张时间推算约在距今4万～10万年之前。研究结果表明,中国近海和陆架的花斑蛇鲻遗传分化不显著,在渔业上可以作为一个单元来管理。     

基于线粒体COI和D-loop序列的黑龙江流域蛇(鱼句)种群遗传结构分析

以线粒体COI和D-loop序列为分子标记，基于88个样本研究了黑龙江流域3个蛇(鱼句)(Saurogobio dabryi)种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明，比对剪切后的COI和D-loop序列长度分别为582～583 b、834～583 b,基于COI序列总体的单倍型多样性(0.377 3)略低于基于D-loop序列的单倍型多样性(0.577 0),但基于两个序列总体的核苷酸多样性指数相等，且仅有0.000 9。群体间遗传距离分别为0.000 9(COI)和0.000 9～0.001 0(D-loop),群体间遗传分化指数分别为-0.004 9～0.007 6(COI)和-0.002 8～0.011 4(D-loop),遗传分化均不显著(P>0.05)。分子方差分析(AMOVA)显示，群体内遗传变异占总变异的100.02%(COI)和99.49%(D-loop),总的遗传变异主要源自群体内。单倍型系统发育树和TCS网络图表明，所有的单倍型随机地聚集在一起，没有形成明显的地理格局。中性检验和核苷酸错配分析显示，3个蛇(鱼句)群体历史上发生过种群扩张事件。综上，3个蛇(鱼句)...     

基于线粒体D-loop区探讨我国养殖大口黑鲈的分类地位和遗传变异

对大口黑鲈国内养殖种群(G)和北方亚种(N)、佛罗里达亚种(F)两个野生种群共23个个体的线粒体DNA D-loop区序列进行分析,探讨国内养殖大口黑鲈(Micropterus salmoides)的分类地位和遗传变异。D-loop区序列分析结果表明,共检测到73个变异位点,总变异率为9.0%。三群体间没有共享单倍型,群体G的5个个体含2种单倍型,群体N的11个个体含9种单倍型,群体F中每个个体均为一种单倍型。对三个群体间的遗传距离分析表明,养殖群体与北方亚种野生群体的遗传距离为0.009,与佛罗里达亚种野生群体的遗传距离为0.053,表明国内养殖的大口黑鲈在分类上属于北方亚种,分子系统进化树的进一步分析结果与其一致。群体N、F和G的核苷酸多样性指数(π)依次为0.008 2,0.013和0.000 5,单倍型多样性指数(h)分别为0.946,1.000和0.400,显示出养殖大口黑鲈群体的遗传多样性相比国外野生群体有明显下降,有必要开展大口黑鲈的遗传改良研究,提高其种质质量。     

基于线粒体Cyt b基因的黄鳍马面鲀种群分析

采用线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因片段为遗传标记,分析了南海北部陆架和南沙西南部陆架海域5个黄鳍马面鲀群体的遗传结构,以判定南海北部不同海域之间及南海北部与南沙西南部陆架海域黄鳍马面鲀的种群归属。结果表明,在156个个体的779 bp Cyt b同源序列中共检测到56个变异位点和58种单倍型,5个群体间遗传距离为0.002 95~0.004 15,遗传分化性呈现出高单倍型多样性(0.820 1~0.980 4)和低核苷酸多样性(0.002 62~0.004 69)的特点;分子方差分析和遗传分化指数显示,黄鳍马面鲀的遗传变异来自群体内个体间,群体间无显著遗传分化;单倍型网络结构图和群体系统发育树结构均未出现明显的以地方群体为单位的家系式分支或者聚簇。比较5个不同地理群体间的遗传发育关系并结合种属界定标准判定,南海北部和南沙西南部陆架5个黄鳍马面鲀群体属于同一个种群。     

基于控制区序列分析河鲈遗传多样性

河鲈为我区优质经济鱼类之一,在我国仅分布于新疆阿勒泰地区。为更好的保护和合理开发利用这一有限资源,我们基于mtDNA控制区序列对额尔齐斯河-乌伦古河水系的5个野生群体进行了遗传多样性和遗传结构进行了研究。PCR-SSCP标记结果显示,18个单倍型分布于5个群体的100个个体中。对这18个单倍型个体的mtDNA控制区序列克隆和测序,最终确定13个单倍型,检测到14个变异位点,占分析序列的1.60%。河鲈总种群表现高的单倍型多样度（0.942±0.034）和偏低的核苷酸多样度（0.00242±0.00450）。Tajima’s D和Fuand Li’s D指数的估算结果显示,河鲈5个群体遗传分化不显著（P〉0.1）,具有较稳定的种群结构。YBW,BEJH和LSW群体间存在着一定的基因流（Nm〉1）,WLGH群体与其他群体间的基因流水平低（Nm〉0.6）,存在着由于遗传漂变而产生分化的危险。5个群体间的单倍型序列差异为0.003,说明单倍型间未出现分化。     

基于线粒体COⅠ基因序列的东南太平洋茎柔鱼群体遗传结构分析

茎柔鱼广泛分布在东太平洋海域,分布水域广,种群结构复杂。采用线粒体COⅠ序列为遗传标记分析了东南太平洋茎柔鱼(Dosidicus gigas)遗传结构特征。在秘鲁外海8个群体239个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到46种单倍型,42个变异位点。8个群体的单倍型多样性为(0.469±0.114)～(0.759±0.086),核苷酸多样性为(0.001 04±0.001 07)～(0.003 63±0.001 21),均具有较高的单倍型多样性水平和较低的核苷酸多样性水平。基于单倍型构建的NJ树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树分析显示,8个群体间没有明显的地理谱系结构特征。AMOVA及F_(st)分析结果表明,群体间变异百分比为0.26%,群体内变异百分比为99.74%,说明遗传变异主要来自群体内部,群体间不存在显著的遗传结构分化。群体间的基因流数据分析表明,各群体间具有显著的基因交流。研究结果可为茎柔鱼资源的合理利用、开发及科学管理提供必要参考。     

基于线粒体控制区序列的塔里木裂腹鱼遗传多样性及种群分化分析

为了解塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)种群遗传多样性和遗传结构,本研究分析了库玛拉克河(KMLK)、木扎提河(MZT)、塔什库尔干河(TSKEG)、喀拉喀什河(KLKS)、玉龙喀什河(YLKS)、克孜勒苏河(KZLS)、车尔臣河(CEC)7个群体共143个线粒体控制区序列变异个体,获得了39个单倍型。其中,CEC群体与其他群体间遗传分化显著,无共享单倍性。群体间遗传差异的分子变异分析表明,在所有群体中大多数的变异来源于群体间;而排除CEC群体后,大多数变异则来源于群体内(81.01%),群体间的遗传变异小(16.68%)。塔里木裂腹鱼不同群体间的基因流(Nm)为0.0464~18.2786,CEC与其余群体间的基因流均小于1。贝叶斯法(BI)构建BI树和单倍型网络图结构一致,塔里木裂腹鱼形成了2个分支。2个分支的最近共同祖先约在2.7 Ma前。单倍型间的歧点分布具有明确的双峰,表明2.7 Ma前罗布泊的干枯或盐化事件使2个分支间产生了地理隔离,后因塔里木盆地冷湿气候的影响罗布泊水面恢复,现今的分布是先前分化居群的二次联系。种群结构分析结果均支持塔里木裂腹鱼已分化出2个明显分化的地理种群的观点,即塔里木河(TLM)种群和CEC种群。TLM种群具有较高的单倍型多态性(0.939±0.008)和核苷酸多态性(0.0125±0.0017),而CEC种群的单倍型多态性高(H)(0.903±0.025),核苷酸多态性低(Pi)(0.0051±0.0012)。建议对以上2个种群分开管理,TLM种群为优先保护单元。     

西北太平洋鸢乌贼种群遗传结构

为检测西北太平洋鸢乌贼种群遗传结构,采用线粒体DNA细胞色素b基因(Cytb)序列分析方法对鸢乌贼东海群体、南海群体与菲律宾海群体进行遗传变异分析。结果显示,(1)所有群体总的单倍型多样度与核苷酸多样度分别为0.982±0.006、0.012±0.006;菲律宾海群体对应的遗传多样度均最高,分别为0.973±0.014、0.015±0.008;南海群体与东海群体的单倍型多样度分别为0.959±0.026、0.943±0.031,核苷酸多样度均为0.006±0.003。3个地理群体均具有较高的遗传多样性水平。(2)分子方差分析结果显示,34.6%的遗传变异来自于群体间,群体间遗传分化极显著。两两群体间Fst分析表明,西北太平洋鸢乌贼群体间均具有极显著的遗传分化。构建的单倍型邻接系统树和最小跨度树显示,西北太平洋鸢乌贼群体存在明显的系统发育谱系结构(谱系A、B、C),3个谱系单倍型类群间也存在极显著的遗传分化(Fst=0.735~0.805)。(3)中性检验和核苷酸不配对分析结果均表明,谱系B可能经历过近期群体扩张事件,发生群体扩张的时间在10.3~12.5万年前。综合分析认为,西北太平洋鸢乌贼的种群遗传结构模式及系统发育地理格局模式是由其栖息地海洋环境与更新世气候变化共同塑造的。建议在渔业管理上将3个地理群体划分为3个独立的管理单元。     

半滑舌鳎DNA的群体遗传变异

采用AFLP、RAPD和线粒体细胞色素b基因(Cytb)片段序列分析技术对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)群体遗传变异进行研究。分别采用5对选择性引物和18条随机引物对半滑舌鳎3个群体(黄海野生群体、渤海野生群体、养殖群体)进行分析。AFLP和RAPD分析结果表明,黄海群体的遗传多样性高于渤海群体,养殖群体的遗传多样性最低。利用Shannon多样性指数和基因分化系数进行遗传变异来源估算,结果表明,遗传变异主要来自于群体内。同其他鱼类相比,半滑舌鳎群体遗传多样性水平较低。对黄海、渤海野生群体共37个个体的线粒体Cytb基因片段序列进行分析,共检测出5种单倍型,渤海群体内个体序列完全相同,共享单倍型H1;在黄海群体中除检测到单倍型H1外,还检测到其余4种单倍型。Cytb序列分析结果表明,黄海群体遗传多样性较渤海群体丰富,个体间序列变异很小,个体间核苷酸差异数在0~1之间,两群体间无显著遗传差异。通过比较3种分子标记对半滑舌鳎群体间遗传差异的检测和群体间遗传距离的计算,显示AFLP标记对群体间遗传差异的检测最为灵敏,是一种理想的分子标记。     

浙闽沿海葡萄牙牡蛎群体遗传结构及种群历史分析

利用线粒体细胞色素氧化酶亚基因(mt COI)对浙闽沿岸5个葡萄牙牡蛎(Crassostrea angulata)自然群体的遗传结构及其种群历史进行分析。结果表明,葡萄牙牡蛎群体的遗传多样性处于较高水平,在183条序列中检测到44个多态性位点,共定义了39个单倍型;平均单倍型多样度和平均核苷酸多样度分别为0.8524和0.00406,平均核苷酸差异数在不同群体内差异较小。AMOVA分析显示,绝大多数的遗传变异都来自于群体内个体间(91.94%),组间和组内群体间均不存在明显的遗传分化。两两群体间的ΦST值较低(–0.01193~0.11486),但宁德群体与其他群体间出现了显著的低程度遗传差异。单倍型网络关系图整体上呈星状拓扑结构,不同地理来源的单倍型无明显分支。贝叶斯系统发生树上,各单倍型交错分布,没有表现出明显的地理分化。中性检验和错配分析均表明葡萄牙牡蛎群体经历了历史扩张,扩张时间在更新世末期的25万到21万年前。     

闽南-台湾浅滩渔场狗母鱼类食性的研究

本文对闽南一台湾浅滩渔场狗母鱼类(多齿蛇鲻、花斑蛇鲻和大头狗母鱼)的食料生物组成、摄食强度的季节变化以及消化器官与食性等方面进行了探讨。结果表明，这三种狗母鱼类都属于游泳动物食性的底层鱼类，而且是同种残食的中级肉食性鱼类，其食料生物组成比较简单，主要摄食鱼类和头足类，还兼食长尾类、短尾类和口足类。被捕食对象的大小，随着捕食对象(多齿蛇鲻或花斑蛇鲻)叉长的增加而增大。狗母鱼类周年均有摄食，多齿蛇鲻和花斑蛇鲻在产卵盛期(3—4月)摄食强度较高。它们的消化器官的形态结构与其肉食性相适应，多齿蛇鲻和花斑蛇鲻的消化器官和食性相近似，比大头狗母鱼的食性较凶猛。     

北部湾多齿蛇鲻摄食习性及随生长发育的变化

2008年10月至2009年9月,对北部湾多齿蛇鲻逐月采样共749尾(实胃数408个),通过胃含物分析法研究其摄食习性及随生长发育的变化。结果表明,北部湾多齿蛇鲻捕食种类包括鱼类、头足类以及虾类等饵料生物,其中可鉴定出的鱼类种类有17种。以相对重要性指数百分比为指标,鱼类为最主要饵料(98.8%),其中优势饵料种类有蓝圆鲹(34.9%)、少鳞犀鳕(26.6%)、长颌棱鳀(4.30%)和条鲾(2.5%)。多齿蛇鲻摄食强度、饱满指数和成熟系数的月份差异十分显著,而以Brillouin指数表征的各月份营养多样性则无显著差异。一年中呈现3个产卵高峰期(3-4月、6月及11月),产卵期间摄食强度没有降低,仍然强烈索饵。随着体长的增长,北部湾多齿蛇鲻饵料生物个数变化较小,但平均单个饵料生物质量却明显增加。聚类分析表明,北部湾多齿蛇鲻各体长组间食物组成相近,其中136～255mm各体长组相似性系数均大于60%。     

南沙群岛西南陆架海域主要底层经济鱼类的食性

对多齿蛇鲻（Ｓａｕｒｉｄａｔｕｍｂｉｌ）、蓝圆（Ｄｅｃａｐｔｅｒｕｓｍａｒｕａｄｓｉ）、深水金线鱼（Ｎｅｍｉｐｔｅｒｕｓｂａｔｈｙｂｉｕｓ）和短尾大眼鲷（Ｐｒｉａｃａｎｔｈｕｓｍａｃｒａｃａｎｔｈｕｓ）４种经济鱼类优势种群进行食性分析,根据其胃含物中饵料生物的重量组成和出现频率,可分为３种食性类型。多齿蛇鲻以摄食小型鱼类为主,兼食底栖生物;短尾大眼鲷和蓝圆以摄食浮游动物和小型鱼类（包括幼鱼）为主,兼食底栖生物;深水金线鱼以摄食底栖生物和小型鱼类为主,兼食浮游动物的食性类型。还分析了４种鱼类的食物关系和营养级。     

北部湾春季多齿蛇鲻生物学特征及其年际变化

根据北部湾渔港采样及海上调查生物学测定与数据分析，研究了北部湾多齿蛇鲻(Saurida tumbil)春季生物学特征及其年际变化。结果显示，2008~2018年春季，多齿蛇鲻个体呈小型化趋势，各年度平均体长范围为15.8~16.9 cm，平均体质量范围为48.8~77.5 g，2018年的平均体长和平均体质量比2008年分别降低了6.5%和34.5%。体长–体质量关系式中的异速生长参数b的范围为3.03~3.42，表明春季群体主要呈正异速生长状态(b>3)。性成熟体长年际变化分析表明，北部湾多齿蛇鲻存在性成熟提前的现象，雌性群体50%性成熟体长从2008年(19.0 cm)至2018年(16.6 cm)整体呈减小趋势，10年间减小比例为12.6%，其中，2011~2015年海上采样的样品对比显示，50%性成熟体长减小比例为3.8%。2008~2018年北部湾多齿蛇鲻的肥满度整体呈下降趋势，均值变化范围为1.09~1.29，渔港采样样品和海上采样样品的肥满度年际变化皆呈下降趋势。     

南海北部主要捕捞种类最适开捕规格研究

根据南海水产研究所使用elefan技术基于体长数据求得的南海北部50种主要捕捞种类的von Bertalanffy生长参数，以Beverton-Holt模型计算最适开捕年龄后用von Bertalanffy生长方程计算其相应开捕体长，再参考实际调查最小性成熟体长、临界体长、拐点体长和Froese-Binohlan经验公式计算的初次性成熟体长范围等数据确定最适开捕规格；部份分海区研究的种类先确定同一种类于各海区的最适开捕规格，再考虑不同海区的适用性确定其在南海北部的最适开捕规格。本文研究了南海北部50种主要捕捞种类的最适开捕规格，结果表明，所求得的最适开捕规格比原广东、广西、福建“水产资源繁殖保护实施细则暂行规定”的开捕规格都大；建议选择19种在以往的生产中和历次调查研究中出现频率较高、产量较高的主要捕捞种类作为南海北部实行开捕规格保护幼鱼幼虾措施的指标种，并提出开捕规格的随机抽样检查方法。     

三种脂肪源和两种降脂因子对鲈生长、体营养成分组和血清生化指标的影响

在人工配合饲料中加入3种脂肪源(鱼油、鱼油+玉米油1.34∶1、鱼油+豆油1.34∶1)和两种降脂因子(胆碱10g·kg-1、肉碱350mg·kg-1)饲喂鲈,并用冰鲜杂鱼饵料作为配合饲料的对照。经过8周的饲养,对鲈的生长情况、体营养成分组成和血清生化指标进行测定和分析。结果表明,鲈对脂肪肝的耐受性较差,长期大量投喂冰鲜杂鱼易诱发病变,肝脏对病变的敏感性高于肌肉;在满足必需脂肪酸需要量的情况下,不同脂肪源对鲈生长差异影响不大,但对体脂沉积有一定影响;胆碱和肉碱具有一定的降体脂作用。     

北部湾多齿蛇鲻雌雄群体组成、生长、死亡特征的差异

利用2006年6月~2008年11月从广西北海,广东江洪、企水,海南东方、三亚等五个港口底拖网和流刺网渔获物中随机采集的样本,对北部湾海域多齿蛇鲻雌、雄群体的组成、生长、死亡特性进行了比较。结果表明,多齿蛇鲻雌性个体大于雄性个体,雌性渔获群体叉长范围104.3~398.0 mm,平均叉长215.4±62.9 mm;体重范围8.0~809.0 g,平均体重121.2±122.8 g;雄性渔获群体叉长范围122.7~345.0 mm,平均叉长211.1±45.9 mm;体重范围13.3~434.5 g,平均体重101.1±72.6 g。雌、雄个体数量不平衡,全年各月渔获量中雌性个体均多于雄性个体,雌、雄性比约为1.79∶1,周年变化呈现一定的波动,各月性比波动于1.29∶1~3.68∶1;雌、雄个体的性腺发育基本同步,但雄性个体比雌性个体进入性成熟季节的时间稍早;雌、雄群体的生长特性差异明显,生长参数K值分别为0.44 a-1和0.53 a-1,体重生长拐点年龄分别为2.41和1.97;雌、雄群体的死亡特征也存在明显差异,总死亡系数分别为2.73和3.01,自然死亡系数分别为0.89和1.04。     

南海北部海域经济鱼类的重金属含量与分布研究

研究了南海北部海域经济鱼类的重金属Ｃｕ、Ｐｂ、Ｚｎ、Ｃｄ、Ｃｒ和Ｎｉ等的含量与分布。结果表明，重金属在鱼体不同器官组织中的分布是不均衡的，肌肉中的重金属含量最低；底层鱼类的重金属含量相对较高；肉食性鱼类的Ｃｄ含量较高，但其余５种金属含量与鱼类食性的关系不明显；近海鱼类的重金属含量与河口咸淡水鱼类的重金属含量之间无显著差异；经济鱼类受重金属污染的影响不明显，其食用价值尚未受影响。     

中国沿海6个花鲈群体的形态差异分析

通过聚类分析、主成分分析和判别分析等多元分析方法,对东港、绥中、秦皇岛、青岛、舟山以及珠海等6个花鲈(Lateolabrax maculatus)地理群体的8个形态比例性状进行了研究。聚类分析和主成分分析表明,6个花鲈群体可被分为两支:来自黄海、渤海海域的东港、秦皇岛、绥中和青岛群体为一支(北方群体);东海海域的舟山群体和南海海域的珠海群体为另一支(南方群体)。南北群体间有一定程度的形态分化,和舟山群体相比,珠海群体和北方群体的亲缘关系更近。主成分分析获得的3个主成分方差贡献率分别为31.726%、27.744%和14.075%,累计贡献率为73.545%。利用8个变量构建的6个地理种群的判别公式,判别准确率在63.6%~84.4%之间,综合判别准确率72.7%。本研究结果为花鲈地理种群判别、种质资源评价以及良种选育等提供了基础资料。     

Otolith chemistry indicates large-scale connectivity in Chilean jack mackerel (Trachurus murphyi), a highly mobile species in the Southern Pacific Ocean

Chemistry in material laid down prior to capture along the edges of otoliths of Chilean jack mackerel (Trachurus murphyi) showed strong spatial heterogeneity corresponding to hydrographic structure across putative population boundaries between (i) the western and eastern South Pacific Ocean, and (ii) Chile and Peru. Yet the chemistry of the otolith nucleus, in material laid down during early life, showed no evidence supporting the existence of these boundaries. Instead, jack mackerel from New Zealand had similar nucleus chemistry to most sampling areas off South America; and those off southern Peru showed similar nucleus chemistry to most sampling areas off Chile. Strong differences were found between southern and northern Peru, and cluster analysis indicated this was caused by a group of fish off northern Peru with chemistry found nowhere else. Most other fish grouped in two clusters, which showed properties suggesting correspondence with a major spawning zone in oceanic water off central Chile, and a smaller area in coastal water off northern Chile, characterized by similar sea surface temperature, lack of westward transport, and low kinetic energy. Rather than discrete populations separated by boundaries, these results suggest complex spatial structure defined by environmentally mediated survival and connectivity: fish caught off New Zealand may be of South American origin; the spawning zone off central Chile may supply fisheries around the South Pacific; and spawning off northern Chile may be an important source of fish caught locally and in Peru. However, northern Peru does not supply areas further south.