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相似文献
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1.
哲罗鱼基因组微卫星富集文库的构建与分析   总被引:20,自引:6,他引:20       下载免费PDF全文
采用磁珠富集法构建哲罗鱼(Hucho taimen Pallas)荩因组微卫星文库。哲罗鱼基因组DNA经MboⅠ限制性内切酶消化后,选取400-900bp的片段,用生物素标记的简单重复序列(ACA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,获得目的片段,连接T载体克隆,构建基因组微卫旱富集文库。再用同位素标记的(ACA)15探针进行二次筛选,筛选出686个阳性克隆,阳性克隆率为35.94%。对其中140个阳性克隆进行测序,共获得149个微卫星序列,4个小卫星序列,其GenBank Accession Number为DQ110955~DQ121108。其中perfect(完美型)62个,占41.61%;imperfect(非完美型)92个,占61.74%;compound(混合型)5个,占3.36%,重复次数主要分布于6~45(81.21%),平均重复次数为32.5,这表明(ACA/TGT)。在哲罗鱼基因组DNA中含最非常丰富。本研究旨为从DNA水平上研究哲岁鱼种群结构、遗传多样性及目前群体现状等方面提供有效工具。  相似文献   

2.
磁珠富集法制备大口鲶的微卫星分子标记   总被引:10,自引:0,他引:10  
通过磁珠富集的方法分离大口鲶(Silurus meriaionalis)的微卫星分子标记。将基因组DNA酶切,梯度离心收集400~900bp片段并纯化,连接Brown接头,用生物素标记的寡核苷酸(CA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,然后将这些片段洗脱,PCR扩增,进行克隆构建“基因组文库”,再通过同位素标记的探针(CA)15进行2次杂交筛选,所得到的阳性克隆测序。从所获得593个阳性克隆中选取178个经测序,97.19%(173个)含有微卫星序列,90.60%重复数在10以上,75.98%为完美型。除探针中使用的CA重复单元外,还观察到Cr、GA、ATG的重复序列。设计获得120对微卫星引物,合成40对经PCR筛选,结果31对引物扩增出多态性条带。显示出,磁珠富集法是获得微卫星分子标记的一种有效的方法,可成为今后发展该标记的主要方法。同时,制备出的微卫星标记可为今后研究大口鲶的分子遗传育种提供有用的遗传标记。  相似文献   

3.
磁珠富集法分离草鱼微卫星分子标记   总被引:26,自引:0,他引:26  
孙效文 《水产学报》2005,29(4):482-486
磁珠富集法是一种快速、高效的分离微卫星分子标记的方法。本研究通过该方法分离草鱼的微卫星分子标记。将草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组DNA经Sau3AI酶切,同收纯化400~900bp片段,连上接头,构建“基因组PCR文库”。用生物素标记的简单重复序列(CA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,经一系列的洗涤过程,去除磁珠表面不含有微卫星的片段。将吸附在磁珠上的片段洗脱,PCR扩增放大,再进行克隆和测序,根据微卫星两端的保守序列设计引物,即可得到微卫星分子标记。本研究义通过同位素标记的探针(CA)15进行二次杂交筛选,获得阳性克隆132个,所得到的阳性克隆经测序,86.36%含有微卫星序列,共获得130个微卫星DNA序列。用引物设计软件Primer Premier5.0没计引物83对。  相似文献   

4.
磁珠富集法与小片段克隆法筛选鲤微卫星的比较研究   总被引:34,自引:10,他引:34  
用2种方法克隆黑龙江鲤(Cyprinus(Cyprinus)carpio haonatopterus)的微卫星序列。这2种方法分别是:①经典的小片段DNA克隆库,用末端标记的[γ^-32]ATP的CA重复序列为探针筛选;②将酶切获得的小片段DNA用结合有磁珠的并连接有15个CA重复序列的生物素进行富集,获得的含有CA重复的DNA片段并经过两次PCR扩增再克隆的方法获得富集微卫星片段的克隆库。从前一个方法的克隆库中筛选2000个菌落,获得阳性克隆45个,有22个含有微卫星,完美型的占63.6%,非完美型的占22.7%,混合型的占13.7%,重复次数超过10的有9个,占40.9%;从方法②的克隆库中筛选2600个菌落,获得阳性克隆1300个,测序其中的390个克隆,微卫星314个,完美型的占79.0%;非完美型的占14.3%;混合型的占6.7%,重复次数超过10的有293个,占93.3%。结果表明,用生物素结合磁珠富集法克隆微卫星效率高,成本低,所获微卫星质量高,是一种值得推荐的微卫星制备方法。  相似文献   

5.
青蟹微卫星DNA的筛选及特征分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用磁珠富集法,结合生物素标记的(CA)16寡核苷酸探针从青蟹基因组MboI酶切片段中筛选微卫星DNA序列.将得到的片段与pGEM-T Easy载体连接后转化克隆构建微卫星富集文库.经PCR筛选检测,对89个阳性克隆进行测序,其中52个克隆中含有64个微卫星,完全型占87.50%,重复次数超过11次的占78.12%.根据所获微卫星的侧翼序列设计并合成了30对引物,通过优化PCR反应条件,并在35只青蟹个体中进行PCR扩增检测,最终获得了10对具有多态性的引物,为进一步开展青蟹遗传多样性分析、遗传图谱构建等研究提供了基础资料.  相似文献   

6.
日本蟳微卫星富集文库的建立与多态性标记的筛选   总被引:2,自引:1,他引:1  
采用磁珠富集法筛选日本蟳微卫星分子标记。日本蟳基因组DNA经Sau3 AⅠ酶切后,收集400~1 200 bp大小的片段并纯化,利用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)15从中筛选出含有微卫星序列的DNA片段,连接到pMD18-T载体中,构建富集微卫星序列的基因组文库,经PCR检测筛选出阳性克隆进行测序。从随机挑选的970个菌落中筛选出369个阳性克隆进行测序,结果86.99%(321个)含有微卫星序列,其中完美型占80.54%,非完美型占15.95%,混合型占4.28%。除使用的探针AC重复外,还得到GA、CT等重复序列。共设计出102对微卫星引物,其中65对能扩增出清晰条带,27对具有多态性。同时筛选出的微卫星标记可为今后研究日本蟳的分子遗传育种提供有效的遗传标记。  相似文献   

7.
磁珠富集法筛选虾夷扇贝微卫星序列   总被引:15,自引:0,他引:15       下载免费PDF全文
采用生物素-磁珠吸附微卫星富集法,筛选虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星分子标记,并用同位素法进行二次筛选。结果在筛选的192个菌落中获得136个阳性克隆,经测序分析,获得微卫星序列179个,其中完美型占50.8%,非完美型43.0%,混合型占6.1%。除探针中使用的CA重复外,还得到TC、AG、ACA、CTAT的重复序列。用引物设计软件Primer Premier5.0设计引物85对,挑选其中的40对合成并进行筛选。  相似文献   

8.
方正银鲫微卫星序列的筛选及PCR扩增产物的初步检测   总被引:4,自引:0,他引:4  
采用小片段克隆法构建了方正银鲫[(Carassius auratus gibelio(Block)]部分基因组文库,并采用非影印的方法将转化子转移到硝酸纤维素滤膜上。用人工合成、并经放射性同位素[γ-^32P]ATP标记的(CA)15探针对构建的基因组文库进行筛选,获得137个阳性克隆,经测序得到微卫星序列130个,其中完美型、非完美型、混合型分别占64.3%、16.9%和18.8%。应用引物设计软件Primer Prmmer5.0进行引物设计,得到引物103对。合成30对引物,随机选取其中5对进行PCR扩增。结果表明,这5对引物均可以稳定扩增,并且观测杂合度均较高。  相似文献   

9.
为了开发太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)的微卫星分子标记,采用生物素标记探针(AC)12、(AAC)10、(AAG)10和(GATA)8对其微卫星位点进行了筛选,并对其序列特征进行了分析。共获得490个微卫星序列,筛选的总效率为78.09%。筛选出725个微卫星位点,其中完美型592个,占81.66%;混合型82个,占11.31%;非完美型51个,占7.03%。探针(AC)12富集到的微卫星重复次数大多集中在14~26次,最高44次;探针(AAC)10和探针(AAG)10富集得到的微卫星重复次数主要集中在8~20次,最高42次;探针(GATA)8富集得到的微卫星重复次数一般在6~15次,最高32次。探针(AC)12、(AAC)10、(AAG)10和(GATA)8的杂交效率分别为85.19%、60.19%、5.16%和10.64%。筛选得到的725个微卫星位点中,二碱基重复位点390个(53.79%),三碱基重复位点284个(39.17%),四碱基重复位点47个(6.48%),五碱基重复位点 1个(0.14%)和六碱基重复位点3 个(0.42%)。根据二碱基重复核心序列进行引物设计,对抚仙湖24尾太湖新银鱼样本进行 PCR 扩增,电泳结果显示部分微卫星位点有较高的多态性,同时本研究获得的三碱基、四碱基、五碱基和六碱基重复位点也可为长重复单元微卫星引物的开发提供基础。  相似文献   

10.
合浦珠母贝微卫星DNA标记分离与分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
采用生物素标记的(CA)15、(AG)12、(ACA)15、(GATA)8、(GATT)75个探针和磁珠富集法构建马氏珠母贝(Pinctada martensii Dunker)基因组微卫星富集文库。随机挑选500个进行PCR筛选,得到138(27.6%)个候选克隆,测序分析发现130个克隆含有微卫星基重复单元。进一步通过序列比对,最终获得109个具有特异微卫星序列的阳性克隆,其中包含179个微卫星DNA结构域。获得的微卫星序列中,属于完全型序列的有154条,不完全型重复型序列有19条,复合型重复序列有6条。序列长度为70~490bp,平均295bp。微卫星核心序列两碱基重复3到39次,绝大多数序列重复次数大于10。基于微卫星两端的侧翼序列设计并获得了13对能够在马氏珠母贝基因组有效扩增的微卫星引物。本研究旨为进一步开展马氏珠母贝分子育种及资源评价分析提供基础资料。  相似文献   

11.
水硬度对七彩神仙鱼幼鱼发育的影响   总被引:4,自引:0,他引:4  
采用不同硬度的水对七彩神仙鱼幼鱼进行饲养。6周龄幼鱼在硬度为7.94°dH±0.30°dH时饲养84d后,比在硬度为14.71°dH±0.23°dH水中的幼鱼个体大,生长速度快。表明较高硬度的水有利于七彩神仙鱼幼鱼的生长发育。  相似文献   

12.
虎斑乌贼受精卵卵黄营养成分分析   总被引:3,自引:3,他引:0  
本实验对虎斑乌贼受精卵卵黄的营养成分进行分析,旨在探讨其幼体的营养需求量,为其幼体配合饲料研制提供参考数据。随机选取大约800个虎斑乌贼受精卵的卵黄,采用国家标准方法测定其水分、灰分、粗蛋白质、粗脂肪、氨基酸、脂肪酸和矿物元素含量。结果表明:1)虎斑乌贼受精卵卵黄中粗蛋白质含量为76.33%(干重基础);总氨基酸(TAA)和必需氨基酸(EAA)含量分别为71.22%和32.38%(干重基础),EAA/TAA为45.46%,氨基酸中以谷氨酸(Glu)含量最高(9.97%),必需氨基酸中亮氨酸(Leu)含量最高(7.58%)。2)其粗脂肪含量12.71%(干重基础);共检出17种脂肪酸,包括8种饱和脂肪酸(SFA)、5种单不饱和脂肪酸(MUFA)和4种多不饱和脂肪酸(PUFA),SFA、MUFA和PUFA分别占脂肪酸总量的43.47%、7.54%和49.25%,其中以DHA含量最高,达32.80%,EPA含量为7.70%,DHA/EPA为4.26。3)检测出Na、K、Ca、Mg、Sr、Mn、Fe、Cu、Zn、Al和As 矿物元素,微量元素中富含Zn、Al和Fe,含量分别为 0.77、0.71和0.43 mg/kg(鲜重基础)。由此可见,卵黄具有高蛋白、低脂肪,富含n-3PUFA的特点;虎斑乌贼幼体饲料中蛋白质需求量参考值为76.33%;氨基酸需求量参考值,如赖氨酸(Lys)为5.49%,蛋氨酸(Met)为2.63%;脂肪的需求量参考值为12.71%,DHA为4.17%,EPA为0.98%;微量元素需求量参考值,如Zn为2.77 mg/kg,Cu为0.19 mg/kg(干重基础)。  相似文献   

13.
该研究通过肉眼观察、镜检,进行干露、饥饿、盐度突降、福尔马林等抗性试验,并采用病毒检测等方法,以期建立评估斑节对虾(Penaeus monodon)虾苗活力和质量标准。结果表明,斑节对虾健康虾苗具有趋光性、集群性,体表光洁,肌肉透亮,肠胃食物充盈等特性。测试虾苗干露时间以15min为宜,健康虾苗干露后能立即恢复活力,而病弱虾苗多出现死亡、昏迷现象;虾苗的成活率随饥饿时间的延长而降低,随福尔马林浓度升高和时间延长而降低,随盐度突降幅度增加而降低。健康虾苗能忍受100~200μL·L^-1福尔马林溶液30min,成活率近100%;在盐度20~30下虾苗的成活情况较好,而其在淡水中仅能存活1h。对虾苗进行病毒检测,可以避免养殖中因虾苗携带病毒而可能导致的病毒性疾病的暴发。  相似文献   

14.
猪的胎盘属于弥散型胎盘,这种胎盘的结构特点和饲养管理的不当,常常导致母猪胎衣不下发生,给生猪的生产繁殖带来极大损失。本文针对母猪胎衣不下发生病因、综合防治进行详细阐述,旨在对预防和治疗胎衣不下能有所帮助。  相似文献   

15.
Air-breathing fishes have evolved bimodal respiratory mechanisms for exploitation of water (through gills and highly vascularized skin) as well as atmospheric air (through aerial respiratory organs, ABO). Mucous cells in these respiratory organs of variously stressed fishes exhibit periodic fluctuations in their density and staining properties. The main types of damage in the gills include congestion of blood capillaries (BLCs), periodic lifting and sloughing of respiratory epithelia of the secondary lamellae causing haemorrhage, extensive fusion of secondary lamellae and hyperplasia of the respiratory epithelia due to uncontrolled regeneration leading to asphyxiation, altered excretion, and death of the fish. Haemolysis has also been observed following lead exposure. The damage in the ABO of Heteropneustes fossilis includes sloughing of the epithelial cells, leading to haemorrhage causing decreased red blood corpuscles density and degeneration of the secondary gill lamellae with reduced respiratory area. Subsequent hyperplasia of the respiratory epithelia and fusion of gill lamellae increase the respiratory barrier distance. The BLCs often bulge out and protrude into the lumen, bringing blood nearer to air. The ladder-like pillar cell (PLC)-BLC components of the gill lamellae frequently collapse. Damage to the ABO of Channa striata is less severe. Often haemorrhaging due to bursting of extensively stretched BLCs causes aerial respiratory failure. Chloride cells of the ABOs also show hyperplasia. While the highly mucogenic epidermis of C. striata shows less damage, the epidermis of Clarias batrachus and H. fossilis shows severe wear and tear, sloughing, and haemorrhage. Side-by-side regeneration continues, causing altered histomorphology of the epidermis. The different gland cells also show periodic fluctuations in their density and staining. The dermis also shows severe damage with loosening of their connective tissue fibres. These fibres give stronger reactions for sulfated mucin that not only retain additional water molecules for continuance of skin breathing, but also bind the toxic ambient pollutants.  相似文献   

16.
鱼类热忍耐温度研究进展   总被引:25,自引:1,他引:25  
陈全震 《水产学报》2004,28(5):562-567
The paper is a review of the studies on the temperature of the thermal tolerance in fishes. It was described from four aspect: (1) The key parameters of temperature of thermal tolerance in fishes; (2) The influence factors of temperature of thermal tolerance in fishes; (3) The research methods of thermal effect of fishes; (4) The evaluation of effects of thermal pollution on fishes, especially, with the coastal power station will be‘built in China recent years, the effects of thermal discharge water on the marine fisheries resource wered iscussed.  相似文献   

17.
脂质体介导的鲫CAB细胞转化及转化细胞的核移植   总被引:1,自引:2,他引:1       下载免费PDF全文
赵浩斌 《水产学报》2001,25(5):402-407
采用脂质体法成功地使gfp基因转入鲫囊胚细胞株CAB细胞基因组,获得了具有G418抗性的细胞。以转化细胞为供体,银鲫卵为受体,核移植得到了转基因的囊胚和原肠胚;并发现4℃处理细胞24h能显著改善核移植胚胎的发育。  相似文献   

18.
该研究选取具有多态性的6对微卫星引物对构建的2批合浦珠母贝(Pinctada fucata)完全双列杂交家系的遗传多样性进行了分析。6个微卫星标记在9个家系360个个体中共检测到32个等位基因,有效等位基因(Ne)为1.758 7~3.586 5,观测杂合度(Ho)为0.144 4~0.488 9,期望杂合度(He)为0.432 0~0.722 2,Shannon指数(I)为0.691 9~1.507 4。9个家系都有单态位点,平均Ho为0.129 2~0.466 7,平均He为0.155 0~0.439 6,平均I为0.248 5~0.712 2。有19个位点(占35.19%)极显著地偏离Hardy-Weinberg平衡。各家系之间的遗传距离为0.109 0~1.137 2,遗传相似性系数为0.320 7~0.896 8。家系L4B46与L4B48的遗传距离最大,与D3D313的遗传距离最小。UPGMA法聚类分析显示,9个家系分为3支,L4B48单独成一支,B4D426、B4D427与D4B445聚成一支,其余家系聚成一支。该研究结果为合浦珠母贝家系选择育种的亲本选择与交配设计提供了科学依据。  相似文献   

19.
头足类耳石微化学研究进展   总被引:3,自引:1,他引:2  
耳石是位于平衡囊内起平衡作用的一对钙化组织,它是头足类的加速度感应器,记录其生命周期内的生物和生态信息。随着鱼类耳石微化学研究及应用的日趋成熟与完善,头足类耳石的相应研究也逐渐兴起。目前头足类耳石微化学的研究内容主要包括无机和有机大分子、微量元素、同位素、微化学标记等方面,其中微量元素是应用研究的重点,在头足类种群识别、生活史分析及栖息环境重建等方面发挥了重要作用。分析认为,头足类微量元素在与栖息环境尤其水温关系的研究中取得了很好的结果,被认为是测定头足类生活水温的温度计。然而,涉及种群识别、生活史分析以及与盐度和食物关系的研究还不够充分,且多集中于Sr/Ca的研究。因此,建议在今后的研究中要综合多种研究方法按时间和空间序列从日轮水平分析多种微量元素的含量与变化。  相似文献   

20.
It is well-established in fish technology that freshness should be measured primarily by sensory procedures, though considerable effort has been expended in looking for nonsensory alternatives. A variety of methods for sensory evaluation of freshness has been described and this historical review traces developments of these methods. Much of the source material derives from the research literature such as research journals and reports of research, and the use of sensory methods in commercial quality control has scarcely been documented. There is a brief discussion of possible future developments in sensory evaluation of freshness.  相似文献   

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