乌江网箱养殖中患病花鲈的细菌分离与分子鉴定

利用微生物学常用的细菌分离、纯化方法从患病花鲈(Lateolabrax japonicus)分离出9个菌株,编号分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ.对9个菌株的16SrRNA基因序列进行PCR扩增,均得到约600bp的片段.将扩增结果进行测序,结果输入到NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中,用BLAST工具对序列进行同源性比对分析.结果表明,Ⅰ为杀鲑气单胞菌,同源性98%;Ⅱ为不动菌属,同源性97%;Ⅲ为肺炎克雷伯氏杆菌,同源性98%;Ⅳ为嗜水气单胞菌,同源性99%;Ⅴ为希瓦氏菌,同源性99%;Ⅵ为腐生葡萄球菌,同源性99%;Ⅶ为枯草芽孢杆菌,同源性99%;Ⅷ为沙雷氏菌属,同源性95%;Ⅸ为杀鲑气单胞菌,同源性97%.     

乌江网箱养殖中患病花鲈的细菌分离与分子鉴定

利用微生物学常用的细菌分离、纯化方法从患病花鲈(Lateolabrax japonicus)分离出9个菌株,编号分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ。对9个菌株的16SrRNA基因序列进行PCR扩增,均得到约600bp的片段。将扩增结果进行测序,结果输入到NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中,用BLAST工具对序列进行同源性比对分析。结果表明,Ⅰ为杀鲑气单胞菌,同源性98%;Ⅱ为不动菌属,同源性97%;Ⅲ为肺炎克雷伯氏杆菌,同源性98%;Ⅳ为嗜水气单胞菌,同源性99%;Ⅴ为希瓦氏菌,同源性99%;Ⅵ为腐生葡萄球菌,同源性99%;Ⅶ为枯草芽孢杆菌,同源性99%;Ⅷ为沙雷氏菌属,同源性95%;Ⅸ为杀鲑气单胞菌,同源性97%。     

美洲红点鲑溃烂病的病原菌研究

对从患病美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)体表患病部位和肾脏分离到菌株进行了鉴定及药物筛选。结果显示:人工感染试验证实为病原菌,该菌革兰氏染色阴性,菌体呈短杆状。综合该菌形态、生理生化分析结果初步鉴定两株菌均为杀鲑气单胞菌(American salvelinus)杀鲑亚种。用引物AP1和AP2对纯化后的细菌进行PCR扩增,结果扩增出长度为550 bp的DNA片段,对扩增片段进行测序,用NCBI BLAST在GenBank中搜寻相似序列,结果与杀鲑气单胞菌各株A层蛋白部分编码基因有99%以上的序列同源性。进一步证明了鉴定结果。该菌对强力霉素、左氟沙星、氟罗沙星、庆大霉素等13种药物均敏感。     

亚东鲑细菌性鳃病病原菌的分离鉴定

2020年9月西藏自治区日喀则市亚东县某养殖基地的亚东鲑出现鳃病症状，主要临床症状为鳃盖打开、鳃丝充血、病鱼离群及呼吸困难。为探究此次疾病的病因，寻找其治疗方法，自患有鳃病症状的亚东鲑鳃组织中分离到1株优势菌YDX-1,采用常规细菌分析、16S rRNA基因序列比对分析和人工感染试验等方法对此株优势菌进行鉴定，同时查明菌株YDX-1的耐药性。试验结果表明，菌株YDX-1为革兰氏阴性菌，在16S rRNA基因序列比对构建的系统发育树中，其与杀鲑气单胞菌聚为一支，相似度达99%以上，结合该菌的形态学特征、生化特性和测序鉴定结果，综合鉴定菌株YDX-1为杀鲑气单胞菌。通过人工感染试验发现，杀鲑气单胞菌YDX-1对亚东鲑的致死率较高，且该菌具有传染性。药敏试验结果显示，杀鲑气单胞菌YDX-1对使用的6类(21种)药物普遍敏感，仅对复方新诺明中介。试验结果对西藏地区亚东鲑细菌性鳃病的防治具有指导意义。     

杀鲑气单胞菌一新亚种的生物学特性及系统发育学分析

从石鲽（Kareius bicoloratus L．）细菌性败血感染症的病鱼（濒死及死亡不久）中分离到相应病原菌，进行形态特征、理化特性等较系统的表观分类学指征鉴定及代表菌株DNA中G＋Ct001％的测定。同时，选择代表菌株进行16S rRNA基因的分子鉴定，测定16S rRNA基因序列、分析相关细菌相应序列的同源性，构建系统发生树。结果表明，分离鉴定的60株菌为杀鲑气单胞菌的一个新亚种（subsp．nov．），定名为杀鲑气单胞菌杀鲽亚种（Aeromonas salmonicida subsp．flounderacia subsp．nov．）。代表菌株HQ010320-1及HQ010320-5的16S rRNA基因序列与GenBank数据库中的杀鲑气单胞菌的同源性在99％和100％。     

6株水产动物源气单胞菌安徽分离株的毒力基因的克隆与序列分析

根据气单胞菌主要黏附素基因（ahal）、溶血素基因（hly）和细胞兴奋性肠毒素基因（alt）完整开放阅读框（0RF）设计3对特异性引物，对6株气单胞菌安徽分离株进行ahal、hly和alt基因的PCR扩增、克隆和测序。测序结果显示，安徽分离株aim、hly和alt基因的ORF大小分别为1056--1068bp、1482bp和1104N1107bp，各编码351-355、493和367-368个氨基酸。序列分析显示：（1）属于alt^＋aim^＋hly^＋毒力基因型的3个安徽分离株间aha1核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性均很高，分别为98.8％-99．3％和97％-97．6％，且与国内参考株mh／Trionyx sinensis／Guangzhou（Guangdong）／AF276639的同源性高达98．5％-99％和96.8％-97．6％。而alt^＋ahal^＋hly^-HA6安徽分离株与国外参考株Ah／Fish／Barcelona（Spain）／AF183931间的核苷酸序列和氨基酸序列同源性较高，分别为95.8％和97．2％。（2）不同表型种气单胞菌安徽分离株之间及其与国内外其他分离株之间的hly核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性均较高，分别介于88．4％-100％之间和90.8％-98．7％之间。（3）5个安徽分离株（RA16、CA1、HA6、HA7和GA1）之间及其与惟一参考株之间的alt核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性分别高达93．5％-99．9％和80．2％-98．3％，但与BA17分离株间的核苷酸序列同源性（81．6％-81．7％）和推测的氨基酸序列同源性（77．5％-84．9％）均较低。这些结果表明，气单胞菌ahal和alt基因在不同毒力基因型间存在一定差异性，hly基因在不同表型种间存在较高保守性，该基因可作为研制气单胞菌基因工程亚单位疫苗的候选成分。     

不同来源杀鲑气单胞菌毒力因子的比较基因组学研究

自凡纳滨对虾养殖水体中分离得到1株杀鲑气单胞菌YK-48,为确定YK-48与在鞍山养殖场金鱼体内分离出来的AS.17和烟台大西洋鲑体内分离出来的S68和S121等不同来源的杀鲑气单胞菌的毒力基因特征之间是否存在差异,对YK-48的形态、生理生化特征和药物敏感性进行分析,随后进行全基因组测序,对4株杀鲑气单胞菌进行基因组...     

大西洋鲑杀鲑气单胞菌的分离鉴定

从皮肤溃烂的大西洋鲑(Salmon salar)肌肉、肝、肾分离到一致病性的菌株(AB080226),经人工感染实验证实其为该病的病原菌,研究了该菌的形态、生理生化特征并对其16SrDNA序列进行了在线Classifer和Blast分析。结果显示:该菌为革兰氏阴性杆菌,葡萄糖氧化发酵阳性,氧化酶检测阳性,0%NaCl生长;能利用甘露醇,不具运动性,能发酵麦芽糖,葡萄糖产酸阳性,精氨酸双水解酶阳性,苯丙氨酸脱氨酶阴性;该菌属于气单胞菌属的细菌,在系统发育树上与杀鲑气单胞菌形成一个簇群,同源性高达99.9%以上。综合形态学、生理生化特征及16SrDNA序列鉴定其为杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)。     

波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌致腐性及TorA还原酶差异比较

为了研究冷藏海产品中腐败菌希瓦氏菌和气单胞菌的致腐性差异，本实验比较分析了大黄鱼源波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌在28℃和4℃下的生长及三甲胺（TMA）、生物胺和挥发性盐基氮（TVB-N）的生成；通过PCR技术扩增2种腐败菌的氧化三甲胺还原酶基因（torA），利用生物信息学比较TorA蛋白的相似性、理化特性和蛋白空间结构。结果显示，杀鲑气单胞菌在28℃生长较快，而波罗的海希瓦氏菌在4℃生长更快。相对于杀鲑气单胞菌形成较高的尸胺，波罗的海希瓦氏菌产生更多TMA和腐胺，在冷藏鱼汁中积累更高TVB-N。同时在波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌中分别扩增出2 490和1 959 bp的torA基因，2种TorA蛋白与同属菌相似性高于97%，而二者相似性仅为36.90%。波罗的海希瓦氏菌TorA蛋白的分子量和等电点分别为92.3 ku和6.52，甘氨酸含量最高，而杀鲑气单胞菌中TorA蛋白的分子量和等电点分别为90.6 ku和6.74，丙氨酸含量最高，蛋白结构差异明显。且希瓦氏菌中torA 和鸟氨酸脱羧酶（DOC）基因表达量分别为气单胞菌的1.26和19.04倍。可见，波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌为海产品嗜冷腐败菌，其中希瓦氏菌胺类代谢能力更强，与其TorA特定理化特性和高表达量相关。本研究为揭示海产品微生物的致腐机制提供理论支持。     

虹鳟皮肤溃烂病的病原菌研究

从患皮肤溃烂病的虹鳟鱼体中分离到多株细菌 ,其中两株经人工感染证实为病原菌。通过形态、生理、生化特性测定 ,鉴定为豚鼠气单胞菌和杀鲑气单胞菌杀鲑亚种。两株菌生长适温分别为 2 5～ 35℃、10～ 30℃。pH值分别为 6 5～ 8 5、 6 5～ 9 0。对氯霉素、环丙沙星、庆大霉素、复方新诺明等药物均高度敏感     

斑点叉尾鮰病原细菌的分离鉴定及系统发育分析

用传统的微生物学分离培养方法从斑点叉尾鮰的鳃、肠和肝等器官共分离到16株可疑病原菌（编号为WJ01~WJ16），以提取的基因组DNA为模版，扩增出约600bp大小的16S rDNA片段，测序分析表明：与GenBank数据库中的已知序列相比，16株细菌中有9株同源性在98%以上，5株在95%以上，2株为92%。系统发育分析表明这16株细菌明显的聚为3支。     

齐口裂腹鱼维氏气单胞菌１６ＳｒＤＮＡ序列分析

报告齐口裂腹鱼病原菌的检测和生物学特性。从齐口裂腹鱼肠道中分离出菌株Spc0408, 采用常规形态特征的观察、生理生化试验、结合16SrDNA基因序列分析对其进行鉴定并构建系统发育树。该菌为革兰氏染色呈阴性,短杆形,无芽孢。生化鉴定结果显示具该菌有动力性,H2S、尿素阴性、不发酵木糖、鼠李糖、山梨醇等;β-半乳糖苷酶、葡磷胨水、枸橼酸盐阳性等。菌株16SrDNA的长度为1443 bp,登录号为JF929912,其和Genbank中多株维氏气单胞菌相似性高达97%,系统发育树显示菌株Spc0408和多株维氏气单胞菌聚为一簇。结合分离菌的表型特征及分子鉴定结果,可以判定该菌株在分类上属于维氏气单胞菌,本研究可以对相关病原菌的分类鉴定提供参考。     

嗜水气单胞菌J-1株丝氨酸蛋白酶基因克隆与序列分析

根据已发表的气单胞菌胞外蛋白酶基因核苷酸序列，设计和合成了一对引物，以嗜水气单胞菌AhJ—1的基因组DNA为模板，通过PCR技术，扩增到约900bp的丝氨酸蛋白酶基因片段，并克隆到质粒载体pGEM—T中进行测序和分析，结果表明扩增的丝氨酸蛋白酶基因片段与已发表的嗜水气单胞菌丝氨酸蛋白酶Ahe2的同源性有87％，扩增片段编码343个氨基酸，推测的分子量为35700，计算机软件分析表明编码的氨基酸有较高的抗原性，可作为核酸疫苗的侯选基因片段。     

患病蝶尾金鱼维氏气单胞菌温和生物变种的分离鉴定

研究从患病蝶尾金鱼(Butterfly)肝脏中分离获得的1株病菌,为金鱼疾病防治提供参考。分离纯化获得1株细菌,编号为DW-1,通过细菌形态观察、理化特性、16S rDNA序列分析等方法进行鉴定。结果表明DW-1菌株为革兰氏阴性短杆菌,可发酵葡萄糖产气,赖氨酸脱羧酶、硝酸盐还原等为阳性;进一步通过PCR方法扩增16S rDNA序列,测得长度为1 385 bp,与维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)相似性为99%~100%;构建系统发育树与维氏气单胞菌温和生物变种(A.veronii biovar sobria)模式菌株ATCC9071聚为一支。最终鉴定该菌株为维氏气单胞菌温和生物变种。人工感染试验结果表明,对斑马鱼半数致死量(LD_(50))为1.17×10~6CFU/m L。药敏试验结果显示该菌株对头孢克肟、头孢哌酮、链霉素、恩诺沙星、诺氟沙星、左氟沙星、复方新诺明等23种药物敏感。     

The nucleotide sequence of the gene encoding GCAT from Aeromonas salmonicida ssp. salmonicida

The nucleotide sequence of the gene encoding GCAT (glycerophospholipid: cholesterol acetyltransferase) in Aeromonas salmonicida ssp. salmonicida has been determined. The sequence revealed an open reading frame of 1005 bp encoding 335 amino acids, an 18-amino-acid signal peptide and a 317-amino-acid mature polypeptide with a deduced molecular mass of 35 380 Da and an estimated pI of 6.25. Within the encoding region, the homology with the corresponding gene fromAeromonas hydrophila was 92.9% for the nucleotide sequence and 93.7% for the deduced amino acid sequence.     

不同来源嗜水气单胞菌外膜蛋白基因检测及序列分析

采用PCR方法,对分离于发病宽体金线蛭(Whitmania pigra)、中国林蛙(Rana temporaria chensinensis)、牙鲆(Paralichthys olivaceus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellua)、青鱼(Mylopharyngodon piceus)、鲤(Cyprinus carpio)的42株致病性嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)进行了外膜蛋白(OMP)基因的检测;将代表菌株的外膜蛋白基因通过DNAStar软件与GenBank中报道的4株嗜水气单胞菌(FJ437030.1、AF183931.1、AF276639.2、CP000462.1)和1株温和气单胞菌(A.sobria,FJ437029.1)参考菌株进行了核苷酸同源性比较分析。结果表明,所检不同来源嗜水气单胞菌的OMP基因携带率为100%;所测代表菌株的OMP基因与参考菌株的同源性在86.0%～99.2%之间。所测得的不同来源嗜水气单胞菌OMP基因的同源性98.3%～100%,其中分离于宽体金线蛭的HTQ010505-1与青鱼的HL060811-4两菌株间同源性高达100%。     

日本鳗鲡腐皮病病原菌的分离及鉴定

从患腐皮病的日本鳗鲡(Anguilla japonica)体表溃烂处分离到1株病原菌(322A),对其进行了人工感染实验和生理生化分析,测定了该菌株的16S rRNA基因序列和促旋酶(gyrase)B亚单位gyrB基因序列,并分别构建系统发育树。结果显示:感染实验证实菌株322A具有致病性;生理生化分析鉴定该菌株属于气单胞菌属(Aero-monassp.);16S rRNA基因分析显示,该菌株与气单胞菌属细菌的同源性均在99%~100%,构建的系统树显示,菌株322A与嗜水气单胞菌(A.hydrophila(FJ462702))亲缘关系最近;gyrB基因分析表明,该菌株与A.hydrophila种内序列的相似性为96%~98%,种间序列的相似性为94%~95%,构建的系统树结果显示,该菌株与A.hydrophila(FJ608553、FJ608552、AF208259)聚为一个分支。综合上述实验结果,菌株322A可鉴定为嗜水气单胞菌(A.hydrophila)。