斑点叉尾鮰可疑病原细菌的分离鉴定及系统发育分析

用传统的微生物学分离培养方法,从斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)的鳃、肠和肝等器官共分离到16株可疑病原细菌(编号为WJ01～16),以提取的基因组DNA为模版,扩增出约600 bp大小的16S rDNA片段,测序并与GenBank数据库中的已知序列进行比对.16株细菌中,9株同源性在98%以上,5株在95%以上,2株为92%.系统发育分析表明,16株细菌明显地聚为3支.     

根瘤菌N_1对扁藻生长影响的研究

研究了由海藻培养体系中分离获得的10株细菌对扁藻生长影响。试验结果表明,菌株N1对自然带菌扁藻及除菌扁藻的生长均有明显的促进作用;经16SrDNA分析表明,菌株N1为根瘤菌属细菌。     

杂交鳢(斑鳢♀×乌鳢♂)内脏类结节病病原菌的分离、鉴定与特性分析

从广东佛山、广州两地养殖场患内脏类结节病杂交鳢(Channa maculata♀×C.argus♂)内脏器官分离到2株细菌,纯化培养后获得2个分离株,编号为WL-1和WL-2,对分离菌株进行了细菌鉴定、致病性分析及药敏实验。应用常规生理生化鉴定和ATB系统细菌自动鉴定仪对分离菌株进行细胞形态学、理化特性分析,初步判定所分离菌为舒伯特气单胞菌。采用16S rRNA基因、DNA促旋酶的B亚单位蛋白(gyrB)基因对分离菌株进行DNA分子鉴定,结果显示,两个菌株间的16S rRNA基因序列相同,gyrB基因序列同源性为99.7%;分离菌株与GenBank上登录的舒伯特气单胞菌16S rRNA基因序列和gyrB基因序列同源性均最高,达99%以上;分离菌株在系统进化树上与舒伯特气单胞菌聚为一族,进一步确认分离株为舒伯特气单胞菌。人工感染健康鱼后出现与自然发病相似的内脏类结节病症状,从发病鱼内脏组织再分离的细菌特性与原感染菌相同。综合理化特性分析、基因鉴定和人工感染实验确认舒伯特气单胞菌是杂交鳢内脏类结节病的致病菌。药敏实验发现分离菌株对头孢唑啉、庆大霉素等14种药物敏感;对青霉素G、苯唑西林2种药物耐受。     

南极长城湾海绵共附生可培养细菌多样性研究

研究了南极长城湾潮间带海绵共附生可培养细菌多样性及其疑似新种应用有利于放线菌生长的选择性培养基ISP2从长城湾海绵动物组织中分离出120株细菌,基于这些菌株的16S rRNA基因序列开展系统发育分析。结果显示,所分离菌株隶属于三个细菌门五大类群的11个目、22个属,表明长城湾海绵共附生细菌的种属分布较广、多样性非常高。其中红球菌Rhodococcus属占优势,另外包含α-变形菌纲Puniceibacterium属、放线菌门Aeromicrobium属、β-变形菌纲Limnobacter属等罕见种属。16S rRNA基因序列同源性比对分析表明,菌株HM145与Rhodococcus属模式种Rhodococcus qingshengii具有最高序列相似性97.0%,菌株HQ09与Puniceibacterium antarcticum有96.9%的最高相似性,为2株疑似新种,其分类地位和种水平上的分类学研究有待开展多相分类进行鉴定。     

一株养殖沙塘鳢肠道溶血性苏云金芽孢杆菌的分离鉴定

为探究养殖沙塘鳢细菌病害,采集江苏省养殖沙塘鳢,分离内脏细菌,对从肠道分离到的一株细菌进行了鉴定。运用显微镜观察其形态,细菌纯培养进行生理生化指标鉴定,并通过16 S rDNA同源性分析等方法对该株细菌进行鉴定。结果表明,其形态特征及生理生化指标符合蜡状芽孢杆菌的特点,GeneBank中同源系列检索结果显示,该菌与苏云金芽孢杆菌的16 S rDNA序列同源性高达99%,系统发育树表明该菌为苏云金芽孢杆菌。     

西伯利亚鲟停乳链球菌的分离、鉴定与致病性

从患暴发性流行病的两伯利亚鲟(Acipenser baerii)肝脏和心脏中各分离到1株细菌,分离纯化后获得2个分离株,编号分别为AeBF070904、AbHT070912,对分离菌进行了菌株鉴定、致病性分析及药敏实验.分别应用常规生理生化鉴定、全自动细菌测定卡API 20 STREP和ID 32STREP进行检测,结果表明,2个分离株均为停乳链球菌(Streptococcus dysgalactiae).对2个分离株的16S rRNA基因进行PCR扩增和测序,并与GenBank中收录的链球菌16S rRNA基因进行序列分析并构建系统进化树,结果显示,2个分离株的16S rRNA基因序列相同,与停乳链球菌同源性最高达97.3%,在系统进化树上与停乳链球菌聚为一簇,进一步确认2个分离株均为停乳链球菌.从人工感染后发病鱼的内脏组织再分离的细菌特性与原感染菌相同,确认停乳链球菌是西伯利亚鲟的致病菌.2个分离株对两伯利亚鲟、杂交鲟及剑尾鱼均有致死毒性,37℃培养的细菌毒力比28℃培养的细菌毒力强.2个分离株均对青霉素、诺氟沙星等7种药物敏感;对头孢唑啉、庆大霉素等2种药物耐受;对红霉素巾等敏感;对卡那霉素等8种药物菌株之间出现差异.     

一株火鸡源奇异变形杆菌的分离鉴定及16SrRNA基因序列分析

四川某火鸡养殖场的20~40日龄的雏火鸡发生一起以呼吸困难,斜颈、头部肿大、鼻炎、眼炎、气囊炎、鼻窦和眶下窦有干酪样渗出物为主要临床表现的传染性疾病。采集发病火鸡眼分泌物进行细菌分离,然后通过细菌的纯化、培养特性、形态学特性、16sRNA序列测定和分析对分离菌进行鉴定,确定分离到1株奇异变形细菌并命名为SH株。SH株为革兰氏染色阴性、在LB平皿上画线呈扩散状生长、血平皿上有溶血性现象。SH株16SrRNA与奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)的同源性为99.1~99.8%,与普通变形杆菌(Proteus vulgaris)的同源性为98.5%,与豪氏变形杆菌(Proteus hauseri)的同源性为98.1%,与产黏变形杆菌(Proteus myrofaciens)和潘氏变形杆菌(Proteus penneri)的同源性为98%。药敏实验结果表明对丁胺卡拉和环丙沙星敏感。实验结果对生产上该类疾病的预防和控制提供了参考。     

网箱养殖花鲈体表细菌分离鉴定与感染草鱼的研究

采用细菌分离纯化方法,从患病花鲈体表分离出了5株菌株。通过生化试验和细菌16SrRNA基因序列测定,5株细菌初步鉴定I为野菊微小杆菌;II为乙酰微小杆菌;III-V为巨型球菌。用5株细菌分别感染健康草鱼,5株细菌均具有致病性。在5个菌株中,巨型球菌对草鱼的危害较大。     

草鱼养殖模式对气单胞菌属细菌群落影响分析

为研究草鱼池塘精养、山塘养殖以及鱼菜共生养殖3种养殖模式下气单胞属细菌群落特征差异,2017年5—7月(养殖投喂旺盛期)用采水器在池塘两端和中部采集表层15 cm处水样,混合均匀后,装入灭菌塑料瓶中,低温保存;在池塘两端和中部用采泥器采集表层底泥,现场各无菌称取5 g底泥,置于装有135 mL的无菌生理盐水的塑料瓶中,振荡混匀,低温保存。水样和底泥样4 h内带回实验室,利用RS平板分离法分离水体和底泥样本中的细菌,通过16S rDNA测序方法鉴定、分析分离细菌。试验结果表明,共分离细菌54株,为10属22种,其中气单胞菌属23株,假单胞菌属8株,柠檬酸杆菌属6株,肠杆菌属7株,泛菌属、沙雷氏菌属各3株,果胶杆菌属、沙门氏菌属、克吕沃尔菌属、勒克氏菌属细菌各1株。按细菌种类分,维氏气单胞菌数量最多,为12株,嗜水气单胞菌次之,为10株,烟粉肠杆菌6株,弗氏柠檬酸杆菌5株,其他细菌1～2株不等。不同养殖模式下细菌种类和数量分析表明,鱼菜共生养殖系统细菌种类和数量最多,达到12种21株,潜在致病菌占比较少,草鱼精养殖池塘细菌种类最少,为5种13株,致病菌占比较高。细菌环境分布特征表明,维氏气单胞菌多分布在水体,嗜水气单胞菌多分布于底泥中。     

应用DGGE分析三疣梭子蟹养殖塘底泥细菌的多样

将传统的菌落菌体形态分类方法与分子生物学方法相结合研究了三疣梭子蟹养殖塘底泥中一个细菌类群的多样性。首先采用平板稀释法对三疣梭子蟹养殖塘底泥中的细菌进行分离与纯化，根据各菌株的菌落形态特征初步将118株分离物分为8个类群，其中最大的一个类群的菌落基本特征为圆形、边缘整齐、表面凸起、菌落有光泽，对该类群的细菌多样性分析表明，通过芽孢染色可将产芽孢菌和不产芽孢菌区分开，不产芽孢菌根据其菌体形态又分为3个亚群，其中卵圆形细菌是最大的一个亚群，共有16株。应用PCR-DGGE方法对该类群进行菌株的遗传多样性分析。结果表明，卵圆形类群16株细菌中就有11株不同系统发育型的细菌。最后，将这11株细菌进行了16S rDNA部分序列（约750 bp）的测定，并做系统发育学分析，结果显示，这些细菌的系统发育学地位相距很远，分属于γ-Proteobacteria、α-Proteobacteria和 Firmicutes等类群。试验结果表明，以菌落特征的差异来挑选不同的菌株作为分析细菌多样性的第一个筛选步骤，会大大低估可培养异养细菌的多样性。     

15株鱼源致病性鲫鱼诺卡氏菌的聚类分析

文章对2006年～2012年从华南地区采样或送检的患“结节病”的鱼类（8个鱼种）样品中分离到的15个病原菌株进行了系统发育和聚类分析。系统发育分析结果显示,所有供试菌的16SrDNA序列均与鲫鱼诺卡氏菌（Nocardia seriolae）聚为一支,同源性为99％,且明显地分为2个类群;聚类结果显示,15个菌株在T=23时可分为2个组群,在T=11时2个组群,分别可分为2个和4个亚群。研究结果显示15株鲫鱼诺卡氏菌存在多样性。     

草鱼肠道芽孢杆菌的鉴定及产酶能力分析

从100 g左右的健康草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道中分离出3株疑似芽孢杆菌(Bacillus)菌株(G1、G2、G3),并通过对其进行生理生化特征、16S rDNA全序列和产酶能力的分析,筛选出1株高产酶能力的益生菌株。结果显示:G1、G2和G3菌株与枯草芽孢杆菌在16S rDNA序列相似性≥99%的水平上聚为同一分支,结合形态观察和生理生化特征,最终鉴定G1、G2和G3菌株均为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis);以水解圈直径/菌落直径比值评定了G1、G2和G3菌株的产纤维素酶、淀粉酶和蛋白酶的能力,其中G1菌株产纤维素酶、淀粉酶和蛋白酶能力(比值分别为2.9、2.2和3.3)均高于G2、G3菌株,具有作为益生菌的潜力。     

凡纳滨对虾养殖池水中氨化细菌的鉴定及系统发育分析

2004年上海地区凡纳滨对虾养殖业遭受到了毁灭性的病害冲击。杨先乐等[1]认为2004年上海及周边地区凡纳滨对虾病害暴发流行的病原较为复杂,有可能是原来所发现的病毒,也可能是变异株或新的病原体,还可能是多种病原的混合感染。虽然目前凡纳滨对虾的疾病主要表现为病毒性疾病,但     

南方鲇溃疡综合症病原菌的分离与鉴定

从南方鲇(Silurus meriordinalis Chen)病鱼体表溃疡部及内脏分离出细菌12株,经人工感染证实其中6株治病,生化鉴定6株为同一种菌即为引起该鱼溃疡综合症的病原菌,命名为DKN-1。该菌为革兰氏染色阴性,兼性厌氧发酵型短杆菌,极生单鞭毛,对除葡萄糖、麦芽糖、甘露糖、海藻糖、甘露醇、水杨苷、七叶苷以外多种糖不利用,氧化酶、过氧化氢酶、DNA酶、脂酶、蛋白酶、精氨酸双水解酶阳性,MR、VP阳性。在以该菌16S rDNA序列和GenBank及RDP数据库内同源性较高的细菌16S rDNA序列构建的系统发育树中,DKN-1与豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae)同源性达到99.6%,综合该菌在形态、生理生化的结果,鉴定其为豚鼠气单胞菌。该病病原对美满霉素、大观霉素、妥布霉素高度敏感。     

加州鲈迟缓爱德华氏菌病的检测和防治

以江苏省吴江市八坼镇区域养殖场加州鲈鱼病鱼的细菌性病原体为研究对象。通过分离纯化,形态学观察,结合16S rRNA基因序列同源性检索,对该病原菌进行初步判断。同时进行药敏实验,了解该病原菌对各种抗生素的耐药性和敏感程度。研究结果:分离纯化得到2株纯菌株L2F和L2P2,革兰染色均呈红色,阴性杆状菌。16S rDNA序列分析,L2F和L2P2菌株与迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)的同源性达99%。初步判断该菌为迟缓爱德华氏菌。药敏实验结果,该菌对磺胺异恶唑、链霉素和利福平等药物不敏感或耐药,对左氧氟沙星、诺氟沙星、恩诺沙星、强力霉素、氟苯尼考、头孢哌酮相对敏感。     

Bacterial Flora in Turbot Scophthalmus maximus Cultured in Deepwell Seawater of Liaodong Peninsula

The microbial flora in turbot (Scophthalmus maximus) cultured in deepwell seawater from Liaodong Peninsula, China was studied for the first time. The total amount of aerobic meso- and psychrophilic microflora from the culturing water, gills, and skin were 3.46–3.82, 3.19–4.28, and 1.70–1.95 log cfu/g, respectively. Out of 204 strains isolated from fresh turbot meat with skin, Gram-positive bacteria accounted for 19.2% of the total aerobic meso- and psychrophilic microflora, and 72.1% were Gram-negative bacteria. Phylogenetic analysis was performed using 16S rDNA sequences of microbial flora isolated from turbot. The predominant bacteria in fresh turbot were Micrococcus, Serratia liquefaciens, and Enterobacteriaceae. Meanwhile, the bacterial flora of refrigerated turbot fish were investigated, and the results indicated that Shewanella putrefaciens was the predominant spoilage bacteria.     

硅烷化表面海洋细菌对厚壳贻贝稚贝附着的影响

为探讨厚壳贻贝稚贝对自然微生物膜中海洋细菌的附着行为反应,本论文研究了厚壳贻贝（Mytilus coruscus）稚贝附着与硅烷基化附着基表面、微生物膜密度以及细菌种属系统发育之间的相互关系。研究表明所测海洋细菌均能显著促进厚壳贻贝稚贝的附着;其中Staphylococcus sp. 1和Cobetia sp. 1表现出较低诱导活性,且这两株细菌形成的微生物膜密度与稚贝附着率之间无显著相关性;其他7株海洋细菌均表现出中等程度诱导活性,且所形成的微生物膜密度与稚贝附着率之间呈显著相关性。系统发育分析表明所测海洋细菌对厚壳贻贝稚贝附着的诱导活性与细菌种属无关。因而,硅烷基化表面的海洋附着细菌对厚壳贻贝附着有着显著性促进作用,本研究将为后续开展厚壳贻贝稚贝附着机制奠定了基础。     

齐口裂腹鱼维氏气单胞菌１６ＳｒＤＮＡ序列分析

报告齐口裂腹鱼病原菌的检测和生物学特性。从齐口裂腹鱼肠道中分离出菌株Spc0408, 采用常规形态特征的观察、生理生化试验、结合16SrDNA基因序列分析对其进行鉴定并构建系统发育树。该菌为革兰氏染色呈阴性,短杆形,无芽孢。生化鉴定结果显示具该菌有动力性,H2S、尿素阴性、不发酵木糖、鼠李糖、山梨醇等;β-半乳糖苷酶、葡磷胨水、枸橼酸盐阳性等。菌株16SrDNA的长度为1443 bp,登录号为JF929912,其和Genbank中多株维氏气单胞菌相似性高达97%,系统发育树显示菌株Spc0408和多株维氏气单胞菌聚为一簇。结合分离菌的表型特征及分子鉴定结果,可以判定该菌株在分类上属于维氏气单胞菌,本研究可以对相关病原菌的分类鉴定提供参考。     

MIDI自动鉴定系统在贻贝菌相分析中的应用

以7—10月的新鲜紫贻贝为试验材料优化培养基,从中分离纯化出各种细菌,并采用MIDI微生物自动鉴定系统结合PCR的方法分析贻贝整体及各部位的优势菌相。试验结果表明,选用加5%贻贝汁和2.5%营养琼脂作为培养基较好;新鲜贻贝的优势菌主要由弧菌、芽孢杆菌和腐败希瓦氏菌组成,而弧菌和腐败希瓦氏菌集中在表面,芽孢杆菌在肠腺占82%;对分离的蜡样芽孢杆菌菌株进行16SrDNA序列分析,发现其与GeneBank中的4,5,6,7株蜡样芽孢杆菌的16SrDNA序列相似性均达到99%,因此,应用MIDI微生物自动鉴定系统鉴定贻贝中优势细菌是可行的。