乌江网箱养殖中患病花鲈的细菌分离与分子鉴定

利用微生物学常用的细菌分离、纯化方法从患病花鲈(Lateolabrax japonicus)分离出9个菌株,编号分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ.对9个菌株的16SrRNA基因序列进行PCR扩增,均得到约600bp的片段.将扩增结果进行测序,结果输入到NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中,用BLAST工具对序列进行同源性比对分析.结果表明,Ⅰ为杀鲑气单胞菌,同源性98%;Ⅱ为不动菌属,同源性97%;Ⅲ为肺炎克雷伯氏杆菌,同源性98%;Ⅳ为嗜水气单胞菌,同源性99%;Ⅴ为希瓦氏菌,同源性99%;Ⅵ为腐生葡萄球菌,同源性99%;Ⅶ为枯草芽孢杆菌,同源性99%;Ⅷ为沙雷氏菌属,同源性95%;Ⅸ为杀鲑气单胞菌,同源性97%.     

乌江网箱养殖患病花鲈的细菌分离与分子鉴定

摘 要：利用微生物学常用的细菌分离、纯化方法从病害花鲈分离出9株菌株，编号分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ。对9株菌株的16SrRNA基因序列进行PCR扩增，均得到约600bp的片段。将扩增结果进行测序，测序结果输入到NCBI （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）中，用BLAST工具对序列进行同源性比对分析。结果表明：Ⅰ为杀鲑气单胞菌,同源性98%；II为不动菌属，同源性97%；III为肺炎克雷伯氏杆菌，同源性98%；IV为嗜水气单胞菌，同源性99%；V为希瓦氏菌，同源性99%；VI为腐生葡萄球菌同源性99%；VII为枯草芽孢杆菌，同源性99%；Ⅷ为沙雷氏菌属，同源性95%；Ⅸ为杀鲑气单胞菌，同源性97%。     

美洲红点鲑溃烂病的病原菌研究

对从患病美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)体表患病部位和肾脏分离到菌株进行了鉴定及药物筛选。结果显示:人工感染试验证实为病原菌,该菌革兰氏染色阴性,菌体呈短杆状。综合该菌形态、生理生化分析结果初步鉴定两株菌均为杀鲑气单胞菌(American salvelinus)杀鲑亚种。用引物AP1和AP2对纯化后的细菌进行PCR扩增,结果扩增出长度为550 bp的DNA片段,对扩增片段进行测序,用NCBI BLAST在GenBank中搜寻相似序列,结果与杀鲑气单胞菌各株A层蛋白部分编码基因有99%以上的序列同源性。进一步证明了鉴定结果。该菌对强力霉素、左氟沙星、氟罗沙星、庆大霉素等13种药物均敏感。     

杀鲑气单胞菌一新亚种的生物学特性及系统发育学分析

从石鲽（Kareius bicoloratus L．）细菌性败血感染症的病鱼（濒死及死亡不久）中分离到相应病原菌，进行形态特征、理化特性等较系统的表观分类学指征鉴定及代表菌株DNA中G＋Ct001％的测定。同时，选择代表菌株进行16S rRNA基因的分子鉴定，测定16S rRNA基因序列、分析相关细菌相应序列的同源性，构建系统发生树。结果表明，分离鉴定的60株菌为杀鲑气单胞菌的一个新亚种（subsp．nov．），定名为杀鲑气单胞菌杀鲽亚种（Aeromonas salmonicida subsp．flounderacia subsp．nov．）。代表菌株HQ010320-1及HQ010320-5的16S rRNA基因序列与GenBank数据库中的杀鲑气单胞菌的同源性在99％和100％。     

淡水养殖动物致病性嗜水气单胞菌ERIC-PCR分型与耐药性

以质控菌株ATCC7966为对照,采用ERIC-PCR方法对49株分别采集于中国浙江、江苏、江西、广东、湖北、上海等主要淡水养殖区的致病性嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)进行了基因分型,并分析了嗜水气单胞菌对12种抗生素的耐药模式,探讨了嗜水气单胞菌的基因型与区域性分布及其耐药性的关联性。实验结果表明,50株受试嗜水气单胞菌菌株可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ、Ⅹ、Ⅺ、Ⅻ这12个基因型,其中Ⅷ型菌株最多,Ⅲ型和Ⅹ型菌株最少。此外,50株受试菌株对氨苄青霉素(AMP)的耐药率高达100%,对头孢氨苄(CX)的耐药率高达98%,94%以上的菌株对氨基糖苷类及喹诺酮类抗生素未产生耐药性。受试菌株对12种抗生素呈现出AMP、CX/AMP、CX/AMP/POL(多黏菌素)、CX/AMP/SMZ(复方新诺明)、CX/AMP/NM(新霉素)、CX/AMP/SMZ/POL、CX/AMP/SMZ/POL/GM(庆大霉素)、CX/AMP/SMZ/LOM(洛美沙星)/ENR(恩诺沙星)、CX/AMP/SMZ/LOM/ENR/OF(氧氟沙星)/LEV(左氟沙星)这9种不同的耐药模式,其中Ⅻ型菌株的耐药...     

亚东鲑细菌性鳃病病原菌的分离鉴定

2020年9月西藏自治区日喀则市亚东县某养殖基地的亚东鲑出现鳃病症状，主要临床症状为鳃盖打开、鳃丝充血、病鱼离群及呼吸困难。为探究此次疾病的病因，寻找其治疗方法，自患有鳃病症状的亚东鲑鳃组织中分离到1株优势菌YDX-1,采用常规细菌分析、16S rRNA基因序列比对分析和人工感染试验等方法对此株优势菌进行鉴定，同时查明菌株YDX-1的耐药性。试验结果表明，菌株YDX-1为革兰氏阴性菌，在16S rRNA基因序列比对构建的系统发育树中，其与杀鲑气单胞菌聚为一支，相似度达99%以上，结合该菌的形态学特征、生化特性和测序鉴定结果，综合鉴定菌株YDX-1为杀鲑气单胞菌。通过人工感染试验发现，杀鲑气单胞菌YDX-1对亚东鲑的致死率较高，且该菌具有传染性。药敏试验结果显示，杀鲑气单胞菌YDX-1对使用的6类(21种)药物普遍敏感，仅对复方新诺明中介。试验结果对西藏地区亚东鲑细菌性鳃病的防治具有指导意义。     

波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌致腐性及TorA还原酶差异比较

为了研究冷藏海产品中腐败菌希瓦氏菌和气单胞菌的致腐性差异，本实验比较分析了大黄鱼源波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌在28℃和4℃下的生长及三甲胺（TMA）、生物胺和挥发性盐基氮（TVB-N）的生成；通过PCR技术扩增2种腐败菌的氧化三甲胺还原酶基因（torA），利用生物信息学比较TorA蛋白的相似性、理化特性和蛋白空间结构。结果显示，杀鲑气单胞菌在28℃生长较快，而波罗的海希瓦氏菌在4℃生长更快。相对于杀鲑气单胞菌形成较高的尸胺，波罗的海希瓦氏菌产生更多TMA和腐胺，在冷藏鱼汁中积累更高TVB-N。同时在波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌中分别扩增出2 490和1 959 bp的torA基因，2种TorA蛋白与同属菌相似性高于97%，而二者相似性仅为36.90%。波罗的海希瓦氏菌TorA蛋白的分子量和等电点分别为92.3 ku和6.52，甘氨酸含量最高，而杀鲑气单胞菌中TorA蛋白的分子量和等电点分别为90.6 ku和6.74，丙氨酸含量最高，蛋白结构差异明显。且希瓦氏菌中torA 和鸟氨酸脱羧酶（DOC）基因表达量分别为气单胞菌的1.26和19.04倍。可见，波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌为海产品嗜冷腐败菌，其中希瓦氏菌胺类代谢能力更强，与其TorA特定理化特性和高表达量相关。本研究为揭示海产品微生物的致腐机制提供理论支持。     

大西洋鲑杀鲑气单胞菌的分离鉴定

从皮肤溃烂的大西洋鲑(Salmon salar)肌肉、肝、肾分离到一致病性的菌株(AB080226),经人工感染实验证实其为该病的病原菌,研究了该菌的形态、生理生化特征并对其16SrDNA序列进行了在线Classifer和Blast分析。结果显示:该菌为革兰氏阴性杆菌,葡萄糖氧化发酵阳性,氧化酶检测阳性,0%NaCl生长;能利用甘露醇,不具运动性,能发酵麦芽糖,葡萄糖产酸阳性,精氨酸双水解酶阳性,苯丙氨酸脱氨酶阴性;该菌属于气单胞菌属的细菌,在系统发育树上与杀鲑气单胞菌形成一个簇群,同源性高达99.9%以上。综合形态学、生理生化特征及16SrDNA序列鉴定其为杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)。     

杀鲑气单胞菌杀鲑亚种和杀日本鲑亚种PCR检测方法的建立

杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)是一种重要的鱼类致病菌,可以感染多种海淡水鱼类。杀鲑气单胞菌包括5个亚种,目前常用的生理生化特征和16S rDNA序列分析方法很难实现亚种的快速精确区分。为实现杀鲑气单胞菌亚种的快速鉴定和检测,针对我国常见的杀鲑气单胞菌杀鲑亚种(A. salmonicida subsp. salmonicida)和杀日本鲑亚种(A. salmonicida subsp. masoucida),本研究开发了其特异性的PCR检测方法。根据Gene Bank已公布的杀鲑气单胞菌基因组信息,选择杀鲑亚种phoB基因和杀日本鲑亚种LOC111476736基因作为目标基因,根据其序列设计特异性引物,进一步对PCR反应的退火温度、引物浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度和酶浓度5个方面进行了优化,并测试了该方法的特异性、敏感性和应用效果。结果显示,2对引物分别可以扩增出杀鲑气单胞菌杀鲑亚种522 bp的phoB特异性基因片段和杀日本鲑亚种515 bp的LOC111476736特异性基因片段。杀鲑亚种特异性引物最适退火温度为64 ℃,10 µmol/L引物、2 mmol/L dNTPs、25 mmol/L MgSO4和1 U/µL KOD酶的最适添加量分别为1.5、2、1.5和0.5 µL。杀日本鲑亚种特异性引物最适退火温度为64 ℃,10 µmol/L引物、2 mmol/L dNTPs、25 mmol/L MgSO4和1 U/µL KOD酶的最适添加量分别为0.75、1、1.5和0.5 µL。以鳗弧菌(Vibrio anguillarum)、美人鱼发光杆菌(Photobacterium damselae)、杀鱼爱德华氏菌(Edwardsiella piscicida)、杀鲑气单胞菌其他亚种等14种其他水产病原菌或常见环境菌为模板进行PCR检测,均无特异性条带。该方法对杀鲑气单胞菌杀鲑亚种的检测灵敏度为12.8 CFU/反应(菌体)或17.6 fg/反应(DNA),对杀鲑气单胞菌杀日本鲑亚种的检测灵敏度为23.8 CFU/反应(菌体)或27.2 fg/反应(DNA)。利用杀鲑气单胞菌杀鲑亚种和杀日本鲑亚种分别对大菱鲆(Scophthalmus maximus)进行人工感染实验,感染后取病鱼组织进行PCR检测,结果显示,本方法可以从感染后的大菱鲆中分别检测到相应病原。综上所述,本研究建立了杀鲑气单胞菌杀鲑亚种和杀日本鲑亚种的特异性PCR检     

琼氏不动杆菌形态型Ⅰ的主要性状及系统发育分析

从以败血症感染为特征的石鲽(KareiusbicoloratusL.)中,检出了原发感染的杀鲑气单胞菌(Aeromonassalmonicida),同时还在个别病死鱼中检出了作为继发感染的另一种病原菌。经对6株纯培养菌在形态特征、理化特性等方面的鉴定,表明其为不动杆菌属(AcinetobacterBrisouand Pr啨vot1954)的琼氏不动杆菌(A.juniiBouvetandGrimont1986),但该菌表现在普通营养琼脂培养基28℃培养呈典型形态特征、在37℃培养时出现异常形态;择一个代表菌株(HQ010320B1株)送中国典型培养物保藏中心(CCTCC)予以复核鉴定与分类定名,鉴定为琼氏不动杆菌新形态型菌株并定名为琼氏不动杆菌形态型Ⅰ(AcinetobacterjuniimorphovarⅠ)。同时又择代表菌株(HQ010320B1株)进行了16SrRNA基因序列测定及系统发育分析,其基因序列长度为1427bp(在GenBank登录号为AY787213),与检索出的不动杆菌属细菌序列同源性均在97%～99%。构建了系统发育树。     

罗非鱼海豚链球菌16S rRNA基因的序列测定和系统进化分析

为了从分子水平上对1株致病性罗非鱼链球菌进行分类学鉴定,利用原核生物16SrRNA基因通用引物对分离纯化的罗非鱼致病性链球菌进行16S rRNA基因的克隆及序列分析。结果扩增出长约1.5 kp目的片段,测序得到1条长度为1 447 bp核苷酸序列。核苷酸相似性分析表明,序列与NCB I公布的海豚链球菌(Streptococcus iniae,S.iniae)SCCF5L菌株16SrRNA基因核苷酸序列相似性最高(99.4%),暂称为中国广西株(S.iniae-CGX)。同时,亲源关系较近的S.iniae、S.difficilis和S.agalactiae代表菌株构建的系统发育进化树显示,所得菌株与S.iniae代表菌株组成同一进化分支,与S.agalactiae代表菌株组成的另一进化分支距离较近(95.5%),而与S.difficilis代表菌株组成的进化分支距离较远(92.3%)。上述研究证实,本试验从发病罗非鱼脑组织分离到的致病性链球菌为海豚链球菌。     

地榆醇提物对对虾致病菌VPAHPND生长影响及最适内参基因的筛选

为筛选适用于研究地榆(Sanguisorba officinalis L.)对对虾急性肝胰腺坏死病致病株副溶血弧菌(Acute hepatopancreatic necrosis disease caused by Vibrio parahaemolyticus, VPAHPND)抑制机理的内参基因，本文探究了地榆醇提物胁迫下VPAHPND生长的变化，并利用qRT-PCR技术探究了该条件下VPAHPND中 6种常见内参基因(rec A、pvs A、pvu A、gapdh、16S rRNA和rpo S)的表达情况，利用GeNorm、Norm Finder、Best Keeper、Delta CT以及Ref Finder这5种方法对其表达稳定性进行了评估和筛选。结果显示，地榆醇提物能抑制VPAHPND的生长，且抑制效果与浓度呈正相关。在不同浓度地榆醇提物处理条件下，这 6种内参基因扩增产物特异性良好，其中，Ct值变化差异最小的为16S rRNA (CV=3.88)，变化差异最显著的为pvs A (CV=12.53)。5种方法对6种内参基因稳定性排序略有差异，其中，GeNorm给出的稳定性排序为rpo S = 16S rRNA > gapdh > rec A> pvu A > pvs A；Norm Finder结果为gapdh > rpo S > pvu A > 16S rRNA > rec A > pvs A；Best Keeper结果为16S rRNA > rpo S > gapdh > rec A > pvu A > pvs A；Delta Ct结果为gapdh > rpo S > pvu A > 16S rRNA > rec A > pvs A；Ref Finder综合排名结果为rpo S > gapdh > 16S rRNA > pvu A > pvs A > rec A。本研究根据配对变异系数结果，最终推荐同时使用rpo S和gapdh作为该条件下内参基因。本研究为以地榆为核心药物的AHPND防控技术的建立和从基因表达角度研究地榆对VPAHPND的作用机理提供了基础。     

斜带石斑鱼3种致病性弧菌的分子生物学鉴定

从患病斜带石斑鱼分离到3株病原菌EcGS020802、EcGS021001、EcGS020801，经常规生理生化鉴定均属于弧菌属的种类。为了进一步确定其分类地位，测定了3株病原菌的16SrRNA和HSP60(heat shock protein，HsP60)基因部分序列。16SrRNA基因系统进化分析表明，3株病原菌与哈维氏弧菌、溶藻弧菌、副溶血弧菌亲缘关系较近，相互之间同源性均大于98．6％，差异不明显。HSP60基因序列分析表明，菌株EcGS020802、EcGS021001、EcGS020801 HSP60基因序列分别与哈维氏弧菌(AF230934)、溶藻弧菌(Ab230931)、副溶血弧菌(AF230951)HSP60基因的同源性最高，依次为95．7％、99．8％和99．8％，而与其它弧菌HSP60基因的同源性均低于90．6％，3株病原菌相互之间的同源性低于91．0％。HSP60基因构建的系统进化树表明，EcGS020802、EcGS021001、EcGS020801分别与Vibrio harveyi、Vibrio alginolyticus、Vibrio parahaemolyticus聚类。综合上述结果，菌株EcGS020802、EcGS021001、EcGS020801可分别鉴定为哈维氏弧菌、溶藻弧菌、副溶血弧菌。结果表明，HSP60基因比16SrRNA基因更适合用于海水鱼致病性弧菌种问的分类研究。     

长鳍真鲨源哈氏弧菌的主要生物学性状研究

从两尾病死的观赏用长鳍真鲨Oceanic whitetip shark，Carcharhinus longimanus L．中分离到的细菌，进行了形态特征、理化特性和对抗菌类药物的敏感性等生物学性状检验。同时，测定了16S rRNA基因序列，分析了相关细菌相应序列的同源性，构建了系统发育树。结果表明，8株供试纯培养菌（编号：HQ050226—1至HQ050226—4、HQ050227-1至HQ050227—4）为弧菌属（Vibrio Pacini 1854）的哈氏弧菌（Vibrio harveyi Johnson and Shunk 1936）。所扩增的16S rRNA基因序列长度（不包括引物结合区），HQ050226—1株为1463bp（GenBank登录号：EF635305）、HQ050227—1株为1464bp（GenBank登录号：EF635306），与GenBank数据库中哈氏弧菌的同源性在98％及99％。药敏试验结果显示，对供试37种抗菌药物中的青霉素G等4种耐药，对头孢唑啉等33种敏感。     

Genetic and phenotypic comparison of Nocardia seriolae isolated from fish in Japan

The phenotypic and genetic characterizations of 58 isolates of the fish pathogen Nocardia seriolae , from amberjack, Seriolae dumerili , yellowtail, Seriola quinqueradiata , Japanese flounder, Paralichthys olivaceus , and chub mackerel, Scomber japonicus, in Japan from 1970–2005, were examined to investigate the epidemiological relationship between isolates. The phenotypic and genetic characterizations were determined by α-glucosidase activity and biased sinusoidal field gel electrophoresis (BSFGE) analysis, respectively. There was no α-glucosidase activity in strains isolated from 2000–05 ( n  = 50) with a few exceptions ( n  = 3), while all strains isolated from 1970–90 ( n  = 8) were positive. In BSFGE analysis, digestions with restriction enzymes Xba  I and Ase  I produced 15 and 16 restriction patterns, respectively. All restriction patterns obtained from 50 strains isolated during 2000–05 were unrelated to those obtained from eight strains isolated during 1970–90, with the exception of two strains isolated during recent outbreaks. Based on the phenotypic and genetic characterizations, recent outbreaks of nocardiosis in Japan are suggested to be epidemiologically unrelated to earlier outbreaks in Japan. Although a low genetic relationship was observed in the restriction pattern between recent and earlier isolates, identity was confirmed between these groups of isolates because five representative strains showed 99.9% homology with N. seriolae ATCC43993^T in the 16S rRNA sequence.     

溶藻弧菌相关分离株的分子及VITEK鉴定

哈维群弧菌是弧菌属的核心菌群,包括溶藻弧菌在内的6个种在表型和遗传型上均十分相似,要准确鉴定各种有一定难度。看家基因的研究及生化鉴定系统的出现为弧菌鉴定提供了多种方法,本文比较了16S rRNA基因、toxR基因和pyrH基因以及VITEK 2 COMPACT GN鉴定卡对溶藻弧菌相关分离株的分辨力。哈维群弧菌基因组内16S rRNA基因是多拷贝的,且拷贝间序列差异大于种间差异,不适用于种的鉴定。单拷贝基因toxR和pyrH序列种内差异均小于种间差异。基于toxR基因相似性比较可清楚地将18个疑似溶藻弧菌分离株和5个参比株归并到4个种;toxR基因系统发育学分析也显示,哈维群弧菌各种独立地聚类分支,且溶藻弧菌种内存在两个明显的聚类分支,说明两个分支的溶藻弧菌具有独立的进化方向。pyrH基因的相似性比较和发育学分析也得到类似的结果,但pyrH基因具有较强的保守性,因而分辨力稍低于toxR基因。VITEK 2 COMPACT GN鉴定卡在鉴定溶藻弧菌时也有一定的错误率,且鉴定谱较窄。因此,建议在实际应用中采用toxR基因比对作为溶藻弧菌快速鉴定的主要手段,可再选用pyrH基因对鉴定结果进行验证。     

鲤鱼细菌性败血症病原菌的研究

从具有典型细菌性败血症症状的病鱼或濒死鱼中分离到2 株优势菌,经分离培养、人工感染试验、毒力因子、16S rRNA基因序列的测定及药敏试验,研究分离菌的生理生化特征、致病性及药物敏感性.根据2 株分离菌的菌落形态、生化特性和16S rRNA基因序列的测定结果(同源性为99%),确定为嗜水气单胞菌.人工感染试验的症状与自然发病相似,且再次感染后又分离到该菌株.2 株菌对阿米卡星、氨曲南、头孢噻肟等15 种药物均敏感,对氨苄西林均耐药,对复方磺胺表现出菌株差异.对其敏感的15 种药物可作为防治鲤鱼细菌性败血症的首选药物.     

Genotypic diversity among Shewanella spp. collected from freshwater fish

Different Shewanella species are isolated both from healthy and from diseased fish. To date, contemporary methods do not provide sufficient insight to determine species and detail differentiation between tested strains. Bacteria isolated from cultured (n = 33), wild (n = 12) and ornamental (n = 6) fish, as well as several reference strains, were tested by 16S rRNA gene sequencing, ERIC‐PCR and pulsed‐field gel electrophoresis (PFGE) assays. Our study indicates that isolates collected from freshwater fish were genetically diverse. Based on 16S rRNA gene sequences, bacteria were clustered into groups S. putrefaciens, S. xiamenensis and S. oneidensis. Some isolates were classified only to genus Shewanella; thus, 16S rRNA gene analyses were not enough to determine the species. ERIC‐PCR revealed 49 different genotype profiles indicating that the method might be useful for differentiation of Shewanella isolates irrespectively to species identification, contrary to PFGE which is not suitable for Shewanella typing.     

华鲮烂尾病病原的分离鉴定及药敏分析

从患有烂尾病的华鲮(Sinilabeo rendahli)体内分离到两个优势菌株(编号:BB090516C-1和BB090516C-2),对分离菌株形态特征、主要理化特性等生物学性状鉴定后测定其16S rRNA序列并构建系统发育树,同时采用K-B琼脂扩散法进行药敏实验。结果显示:经人工感染试验,证实分离菌对华鲮有较强的致病性,该菌为革兰氏阴性、兼性厌氧发酵型短杆菌。经形态特征、培养特性和生理生化反应等指标分析鉴定结果显示该菌为维隆气单胞菌温和生物型(Aerom onas veronii biovar sobria)。用16S rRNA基因序列比对结果显示分离菌株与维隆气单胞菌的同源性高达99%,系统进化树中与维隆气单胞菌自然聚为一支,表明该菌为维隆气单胞菌温和生物型。用22种抗菌类药物进行药敏实验发现,该菌对头孢曲松、硫酸庆大霉素等9种抗菌类药物高度敏感,对新霉素等6种药物中敏,对氨苄青霉素等7种药物耐药。