6株鱼源嗜水气单胞菌的分子鉴定与毒力基因分析检测

为了分子鉴定6株鱼源嗜水气单胞菌,并从分子层面验证通过检测毒力基因以推测嗜水气单胞菌潜在致病性的可行性。实验采用PCR扩增16 S rDNA和gyrB基因并结合系统发育树的构建和分析进行菌种的分子鉴定,检测气溶素（ aerolysin, aer）、溶血素（ haemoly-sin, hly）、丝氨酸蛋白酶（ serine protease, ahp）、热稳定细胞肠毒素（ heat-stable cytotonic enterotoxin, ast）和热敏感细胞肠毒素（ heat-labile cytotonic enterotoxin, alt）5种毒力基因,且使用Mega 5．2对核苷酸和氨基酸序列进行分析。结果显示6株菌均为嗜水气单胞菌Aero-monas hydrophila,检测出5种毒力基因中的至少4种,其中均检测出溶血素和2种肠毒素,序列分析表明气溶素、溶血素和丝氨酸蛋白酶的氨基酸序列高度保守。本研究基于16 S rD-NA和gyrB基因可以准确地对嗜水气单胞菌进行分子鉴定,6株菌的毒力基因丰富预示着一定的致病性, aer、 hly和ahp基因相对保守,编码的毒力因子高度同源,在临床分子诊断中建议使用aer、 ahp和hly基因对嗜水气单胞菌的潜在致病性进行检测。     

嗜水气单胞菌外膜蛋白基因ompTS的克隆与序列分析

根据已发表的外膜蛋白基因ompⅡ的核苷酸序列设计引物，从分离 自患红底板病的中华鳖的嗜水气单胞菌中扩增得到了ompTS基因，对ompTS 基因进行序列分析，发现其与ompⅡ基因的核苷酸序列有83.5%的同源性。ompTS基因最长的开放阅读框（ORF）为1068nt，编码由355个氨基酸组成，分子量为38.9kDa的蛋白质OmpTS，其氨基酸序列的前20个氨基酸残基可能组成信号肽。由ompTS基因的编码氨基酸序列与其它细菌外膜蛋白的氨基酸序列的比较结果，进一步证实细菌外膜蛋白氨基酸序列的N端存在高度保守区。根据序列分析结果推测，ompTS基因很可能是一个新的基因，编码38.9kDa的嗜水气单胞菌外膜蛋白OmpTS，该蛋白质在膜中极有可能形成孔道，具备与孔蛋白相似的性质。     

嗜水气单胞菌温敏胞外蛋白酶基因eprJ的克隆与检测

根据已发表的人源嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila,Ah)温敏胞外蛋白酶基因eprA1的核甘酸序列,设计合成一对引物,以嗜水气单胞菌鱼源株Ah J-1基因组DNA为模板,通过PCR扩增得到1 005 bp的胞外蛋白酶基因eprJ1,将该基因片段连接到pMD18-T载体中,构建克隆载体pMD-eprJ1。序列分析发现,其与发表的Ah AH1的胞外蛋白酶eprA1基因的同源性有91%。根据测序结果在保守区重新设计一对引物以增强特异性,扩增片段大小为387 bp。对1990~2004年15年间从浙江、福建、湖北及江苏等地不同患病水产动物肝肾等脏器分离到的23株Ah检测结果显示,从中国东南地区分离的21株Ah水生动物致病性菌株扩增均为阳性,2株Ah非致病性菌株为阴性,推测该基因普遍存在于致病性Ah中。检测模板DNA的灵敏度可达1.5×10-3ng/μL。     

林蛙红腿病病原菌基因的克隆及序列分析

在长白山地区某林蛙养殖场送检的红腿病病例中分离病原体,鉴定为嗜水气单胞菌,根据已发表的嗜水气单胞菌(溶血素基因AF443388)序列设计了一对特异性引物,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增出一条约952 bp的基因片段,将该基因克隆到pMD-18T载体上,通过核苷酸序列测定,结果表明此序列与已发表的其他AH溶血素基因序列具有很高的同源性.为进一步对该病的分子流行病学调查,以及准确诊断和治疗提供依据.     

PCR扩增特异性16SrDNA和溶血素基因检测致病性嗜水气单胞菌

根据已发表的气单胞菌16S rDNA基因序列及气单胞菌气溶素(aerolysin)基因序列，设计了2对引物，建立了检测致病性嗜水气单胞菌的PCR方法。通过对12株气单胞菌的检测，发现16S rDNA引物具有高度的特异性，仅对嗜水气单胞菌扩增阳性。而Aero基因引物检测结果与采用生物学方法(鲜血平板法)检测的结果符合率为97．2％，且具有高度的敏感性，可检测最低1fg的模板。将16S rDNA与Aero基因结合PCR方法检测致病性嗜水气单胞菌与用致病性嗜水气单胞菌检测试剂盒的符合率为94．4％。该方法的建立为致病性嗜水气单胞菌的检测提供了一种简便、快速的途径，是一种比较实用的致病性嗜水气单胞菌的检测方法。     

罗非鱼嗜水气单胞菌气溶素毒素基因的克隆及功能分析

根据已发表的嗜水气单胞菌气溶素(Aer)毒素基因的序列,设计1对特异性引物,应用PCR技术,扩增GXL3、GXL5、GXL9共3株罗非鱼嗜水气单胞菌的气溶素成熟蛋白基因,克隆到pMD18-T载体上进行序列测定.测序结果表明,3个菌株Aer毒素成熟蛋白的核苷酸序列为1 335bp,编码445个氨基酸,其与分离株No.BAA83088的成熟蛋白基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别为90.9%、91.4%、91.4%和96.2%、96.6%、96.6%,具有很高的同源性.应用分子生物软件分析广西分离株GXL9 Aer成熟蛋白,该蛋白无跨膜区,拥有较多的疏水区和抗原位点,等电点为5.5.     

嗜水气单胞菌J-1株OmpA融合蛋白的高效表达及免疫原性分析

以嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）J-1株基因组为模板，根据GenBank已发表的嗜水气单胞菌外膜蛋白的基因序列设计1对引物，扩增去除信号肽序列的成熟外膜蛋白OmpA的基因片段，定向克隆至表达质粒pET32a（＋）中，重组质粒经限制性酶切鉴定后测序。结果表明，插入片段长度为948bp，与NCBI上登录的几个相关序列相比，同源性在93．1％-95％之间，缺失4个氨基酸。将重组原核表达质粒pET32a-OmpA转化至大肠杆菌BL21（DE3），经诱导可表达分子量约57．4kD的蛋白，凝胶薄层扫描显示OmpA在转化菌中表达量占全菌蛋白的50％以上。用兔抗J-1株总外膜蛋白血清进行Western blot，在57．4kD处有明显反应条带。融合蛋白经Ni-NTA树脂柱亲和层析纯化后免疫新西兰兔制备抗血清，ELISA效价达1：12800以上。Western blot检测结果显示，该血清与9株具有代表性的气单胞菌的分子量约35kD的外膜蛋白均有较强反应，说明所表达的融合蛋白不仅保持原有外膜蛋白的免疫原性，而且提示OmpA可能是嗜水气单胞菌的共同保护性抗原。[中国水产科学，2008，15（2）：301—306]     

27株嗜水气单胞菌致病性及ERIC—PCR指纹图谱分析

从福建省淡水养殖鱼类体内分离到27株嗜水气单胞菌,根据嗜水气单胞菌16SrDNA基因和气溶素基因（aerolysin）的保守序列,设计2对引物,对所分离到的27株嗜水气单胞菌进行双重PCR扩增,扩增结果表明,其中18株为含有Aer毒力基因的潜在致病性嗜水气单胞菌,占总菌数的66．67％。应用ERIC-PCR分型技术对27株嗜水气单胞菌菌株进行分析,以相似度54．00％为限,所有菌株可分为Ⅰ和Ⅱ两大聚类,以76．00％相似度为界,27株嗜水气单胞菌可分为11个聚类,同一个聚类中菌株分离区域基本相同。分析结果表明,分离的嗜水气单胞菌基因型的多样性和分离地域具有一定的关联,也表明ERIC-PCR可以有效应用于嗜水气单胞茵分子流行病学调查。     

嗜水气单胞菌UDP-乙酰葡萄糖胺-4-差向异构酶基因的克隆表达及酶的性质

通过水生动物源性嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila，Ah）强毒株J-1株与弱毒株MR-1株抑制差减杂交得到gneJ差减片段，该片段与创伤弧菌（Vibrio vulnificus）和人源嗜水气单胞菌的UDP-乙酰葡萄糖胺-4差向异构酶基因有较高的同源性。扩增完整的gneJ基因，进行分布检测并将其克隆至质粒pET32a（＋），在大肠杆菌（Escherichia coli）BL21中进行异源表达，SDS-PAGE结果显示，重组表达蛋白的分子量约59．7kD，与理论推测值基本相同。酶活性分析表明，该重组蛋白可将UDP-乙酰葡萄糖胺转化为UDP-乙酰半乳糖胺，确证gneJ基因编码蛋白为UDP-乙酰葡萄糖胺-4-差向异构酶。Western Blot分析显示，嗜水气单胞菌J-1株胞外产物的兔抗血清可识别该重组蛋白，表明该蛋白与天然蛋白有相同的抗原性。以重组蛋白为免疫原，对小鼠进行动物保护实验，结果显示，该重组蛋白对小鼠有60％的保护率，证明UDP-乙酰葡萄糖胺-4差向异构酶可作为亚单位疫苗的侯选成分。     

螯虾免疫相关基因的检出及丝氨酸蛋白酶抑制物基因分析

通过对抑制性差减杂交和cDNA芯片技术分离的 2 0 1个阳性克隆的测序 ,得到螯虾 (Procambarusclarkii)免疫相关基因 4 8个 ,其中正向克隆中 4 2个 ,反向克隆 6个 ,除正向克隆中SNAP - 2 5 (synatosome-associatedproteinof2 5ku)已报道外 ,其余均为新基因 ,均在GenBank登录。正向克隆中的同源基因有微管蛋白、超氧化物歧化酶前体、丝氨酸蛋白酶抑制物Ⅰ、精氨酸激酶、70kD伴侣蛋白同类物等。进一步用DotNorthernblot对克隆号PCI188进行鉴定 ,结果攻毒组的杂交信号是对照组的 3.2 4倍 ,与cDNA芯片结果相符。用快速扩增cDNA末端技术扩增克隆号PCI188基因的 5’端片段和 3’端片段 ,全长共 112 8bp ,编码的蛋白质有 2 77个氨基酸 ,分子量为 30 .2 7kD。与GenBank序列号X795 12软尾太平剌蛄 (P .le niusculus)的蛋白酶抑制物Ⅰ (为丝氨酸蛋白酶抑制物 )的基因同源性为 5 8.7% ,氨基酸同源性为 6 9.7%。该蛋白质有 5个重复的结构域 ,与丝氨酸蛋白酶抑制物Kazal家族的结构域相似     

鳗源嗜水气单胞菌主要外膜蛋白基因克隆及其表达

A pair of primers were designed according to the published nucleotide sequence of a putative outer membrane protein gene (omp) of Aeromonas hydrophila . With the specific primers, a target fragment about 1.1 kb was amplified from Aeromonas hydrophila ML316 via PCR .The target fragment was inserted into the linearized pGEM-T easy vector. After enzyme restriction and sequencing analysis,the nucleotide data had been further analyzed by DNAman and ClutalW software. The analysis results showed that the cloned DNA fragment had a longest open reading frame (ORF) of 1035 nt,it predicted to be encoded a 344 aa protein with the molecular weight of 36 kD. Hydrophobicity analysis suggested that the protein was highly hydrophilic, especialy at the first 24 aminoacid, this region could function as signal peptide. The homologious comparison proved the cloned gene had 96% homology to the sequence of the omp gene, and the alignment of the amino acid sequence was 98% . The recombinant plasmid was constructed with the target gene and the expressing vector pGEX-4T-1 and then was transformed into E. coli BL21（DE3）by BamH and Sal I .The fusion protein was expressed under the IPTG inducing condition,and exhibited about 62 kD in size,very close to the predicted molecular weight of GSTMOMP, furthermore,the fusion protein was specifically recognized by antiserum which raised against the major outer membrane protein of AHML316. Considering all these together, it proved that the cloned gene represented the major outer membrane protein gene of AHML316, and the expressed gene products shared identical antigenicity with the natural main outer membrane protein,and also provided technical support for developing an advanced gene engineering vaccine against Aeromonas hydrophila.     

温和气单胞菌PCR快速诊断方法的建立

根据NCBI公布的温和气单胞菌(Aeromonas sobria)丝氨酸蛋白酶的基因序列,设计并选取一对能够快速而准确地检测温和气单胞菌的PCR引物,建立PCR快速检测体系,并对患病的鱼组织进行检测。研究结果表明,使用设计的引物能够扩增出与预计大小相符合的131 bp的特异性片段,具有较好的检测特异性,对靶标DNA的检测灵敏度为1.0 pg/20μL,对温和气单胞菌的检测灵敏度为50 cfu/20μL。样品的检测结果与实际发病情况一致,表明本研究成功建立了温和气单胞菌常规PCR检测体系,该体系可以用于温和气单胞菌的诊断和样品的检测。     

养殖沉积环境中气单胞菌属细菌的实时荧光定量PCR检测方法的建立

利用GyrB基因的特异性引物建立沉积环境中气单胞菌属细菌的实时荧光定量PCR检测方法。将已知浓度的气单胞菌菌液加入灭菌的沉积物样品中,作为模拟沉积物样品。通过选择和优化沉积物DNA提取方法、特异性引物、标准曲线模板,建立沉积环境中气单胞菌属细菌准确检验的实时荧光定量PCR方法,同时验证该方法的特异性、灵敏性、重复性。结果表明,采用改进的溶菌酶-SDS温和裂解法提取沉积物DNA,以扩增GyrB基因片段的IAF和IAR为特异性引物,并直接以模拟沉积物样品DNA为标准品构建标准曲线,可以建立适用于定量检测沉积环境中气单胞菌属细菌的实时荧光定量PCR方法。该方法可灵敏、特异、准确地定量检测刺参养殖池塘底泥中气单胞菌属中不同种的细菌,检出效率可达103CFU/g。统计分析显示,变异系数为0.21%-0.80%,均小于5%,表明重复性良好。     

Development of a Penaeus monodon-type baculovirus (MBV) DNA probe by polymerase chain reaction and sequence analysis

Abstract. Penaeus monodon -type baculovirus (MBV) was isolated and purified from the hepatopancreases of MBV-infected Penaeus monodon Fabricius. MBV DNA was extracted and used as a template in a polymerase chain reaction (PCR). The primers were chosen from conserved regions of the polyhedrin gene of Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcNPV). One DNA fragment (674 base pairs) was amplified after PCR. There was a 65% homology between the predicted amino acid sequence of this PCR product with that of the polyhedrin polypeptide of AcNPV. Nucleotide sequence analysis indicated that the amplified DNA is the open reading frame of the MBV polyhedrin gene. This 674 bp DNA fragment was subsequently used as a probe in a dot blot analysis. The probe was able to hybridize with the DNA extracted from the purified MBV and from the MBV-infected P. monodon , but not from the MBV uninfected P. monodon.     

患病蝶尾金鱼维氏气单胞菌温和生物变种的分离鉴定

研究从患病蝶尾金鱼(Butterfly)肝脏中分离获得的1株病菌,为金鱼疾病防治提供参考。分离纯化获得1株细菌,编号为DW-1,通过细菌形态观察、理化特性、16S rDNA序列分析等方法进行鉴定。结果表明DW-1菌株为革兰氏阴性短杆菌,可发酵葡萄糖产气,赖氨酸脱羧酶、硝酸盐还原等为阳性;进一步通过PCR方法扩增16S rDNA序列,测得长度为1 385 bp,与维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)相似性为99%~100%;构建系统发育树与维氏气单胞菌温和生物变种(A.veronii biovar sobria)模式菌株ATCC9071聚为一支。最终鉴定该菌株为维氏气单胞菌温和生物变种。人工感染试验结果表明,对斑马鱼半数致死量(LD_(50))为1.17×10~6CFU/m L。药敏试验结果显示该菌株对头孢克肟、头孢哌酮、链霉素、恩诺沙星、诺氟沙星、左氟沙星、复方新诺明等23种药物敏感。     

贝类派琴虫PCR检测方法的建立及初步应用

根据派琴虫的基因保守序列设计了特异性引物,对派琴虫的DNA进行PCR扩增并将产物克隆到pMD18-T载体后测序.结果表明,扩增大小为596bp,与预期扩增序列同源性为99.8%.该PCR方法检测灵敏度高,最低可检测1pg的派琴虫DNA;特异性强,对荧光假单胞菌、嗜水气单胞菌、大肠杆菌、葡萄球菌、副溶血孤菌、沙门氏菌、诺瓦克样病毒等贝类病原体的扩增均为阴性.用该PCR技术对广西沿海的104份牡蛎、49份贻贝和20份文蛤病料进行检测,阳性率分别为14.6%、10.6%和15.0%.结果显示,派琴虫广泛存在于中国南方沿海的养殖贝类中,建立的PCR方法可用于贝类派琴虫的临床快速检测.     

应用多聚酶链反应检测生鸡肉中沙门氏菌的研究

目的:建立快速、特异、灵敏的PCR方法以检测生鸡肉中的肠炎沙门氏菌。方法:以肠炎沙门氏菌的sefA基因作为靶序列设计一对引物,将样品增菌后用煮沸法提取细菌基因组DNA进行检测。结果:每克生鸡肉污染3.0×10°CFU肠炎沙门氏菌,经16h增菌培养后可扩增出500bp特异性性DNA带,对28份屠宰场样品的检测结果与传统方法相符合。结论:PCR法适于生鸡肉中肠炎沙门氏菌的快速、准确检测。     

Development of a polymerase chain reaction (PCR) procedure for the detection of baculovirus associated with white spot syndrome (WSBV) in penaeid shrimp

The causative viral agent was purified from diseased shrimp Penaeus japonicus with white spot syndrome (WSBV). Several hundred clones were obtained from libraries of the purified viral genomic DNA. According to the results of nucleotide sequence analysis, none of the WSBV clones showed considerable sequence homology with those of other known viruses, indicating that WSBV is a new virus causing a serious disease in shrimp. Based on the sequence data of WSBV genomic DNA, a pair of polymerase chain reaction (PCR) primers was designed. After 30 cycles of PCR amplification of viral genomic DNA extracted from WSBV, a single product of the expected size was detected. Southern blot hybridization confirmed that the amplified product was specific to the DNA of WSBV. The PCR system was able to detect 1 pg of WSBV DNA after 30 cycles, and efficiently amplify the target region of WSBV gene in the total nucleic acids extracted either from the diseased shrimp or hatchery shrimp with no signs of viral infection.