丁鱥不同群体ITS1区序列分析

新疆朱家湖、73水库丁鱥群体和引进的捷克丁鱥群体在保守区18SDNA有单核酸多态,多态位点比例分别为0.42%、0.42%和1.69%,在ITS1区的多态位点比例分别为2.80%、2.10%和3.15%。捷克丁鱥群体与我国2个丁鱥地方群体在遗传背景上有一定的差异。     

长江中游湖泊中黄颡鱼线粒体DNA的遗传变异

运用mtDNAPCR RFLP技术对位于长江中游的洞庭湖、涨渡湖、长湖黄颡鱼(Pelteobagrusfulvidraco)自然群体的种群遗传结构进行比较分析。PCR技术扩增出黄颡鱼mtDNAND1/2基因,选用8种限制性内切酶对PCR产物进行酶切,3个群体的黄颡鱼共检出15种单倍型,单倍型间的遗传距离为0 20%～2 08%(0 8135%±0 4095%)。各不同群体的单倍型在系统树上有部分交叉,虽然不同群体在各单倍型中出现的频率有所不同,但每个群体都和其他群体存在共有的单倍型。尽管单倍型的分布或结构有所不同,但种群间的遗传距离不大,与通江型湖泊相比,两个阻隔型湖泊间的遗传距离更为接近。     

州河鲤、建鲤和框鳞镜鲤的mtDNA D-loop的RFLP分析

应用PCR技术扩增了州河鲤、建鲤以及框鳞镜鲤mtDNA的D-loop区段,并用13种限制性内切酶对扩增到的片段进行了分析。结果显示:在3种鱼分别扩增到的约1.6kb的DNA片段上,13种限制性内切酶中有8种(AluⅠ、DraⅠ、EcoRⅠ、HaeⅢ、HapⅡ、HinfⅠ、TaqⅠ和XspⅠ)有酶切位点,4种(DraⅠ、HaeⅢ、TaqⅠ和XspⅠ)个体间存在变异。不同酶切结果组合后,共得到6种单倍型。州河鲤中以单倍型Ⅲ为主,达91.37%,建鲤以单倍型Ⅵ为主,达81.25%;框鳞镜鲤中单倍型Ⅱ占39.47%,单倍型Ⅲ占47.37%;州河鲤、建鲤以及框鳞镜鲤群体内的单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.1603、0.3327,0.6287、0.003042,0.004838、0.007163。州河鲤与框鳞镜鲤间的Rogers遗传距最小,为0.4080;州河鲤与建鲤间的为0.8440;框鳞镜鲤与建鲤间的为0.6469。     

丁鱥生物学特性及其养殖技术

丁鱥（Tincatmca）隶属于鲤科、雅罗鱼亚科、丁鱥属，广泛分布于欧洲内陆河流、湖泊，在我国分布于新疆。丁鱥是近年来新兴的名优养殖鱼类，因其肉质好而深受消费者欢迎，市场前景看好。近两年，黑龙江省也开始丁鱥养殖试验，养殖效果良好。     

额尔齐斯河经济鱼类——丁鱥

丁鱥亦名须鱥，主要分布于欧洲，目前一些书刊上介绍的欧洲丁桂鱼同我国仅分布于新疆额尔齐斯河和乌伦古河流域的丁鱥是同一条鱼。16-18世纪欧洲就有了池塘养殖丁鱥的记载。但是，该鱼的大规模驯化和人工繁殖近年才开始。丁鱥营养丰富，富含脑黄金(多聚不饱和脂肪酸)，有较好的医用价值。丁鱥肉质细嫩，肉味特别鲜美，其烹饪后体表的胶质尤受人们喜爱，     

4个群体鲢mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析

采用PCR技术扩增了湖北监利、江西瑞昌、湖南长沙3个长江野生群体和天津宁河1个人工繁殖群体(已繁殖6代)共158尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)mtDNA D-loop区段,并用14种核酸内切限制酶对扩增片段进行酶切。结果显示:所有试验鱼均扩增出约1.6 kb的DNA片段,10种限制酶有酶切位点,共检测出16种单倍型,以单倍型Ⅰ为主,在各群体中所占比例为57.5%~90.0%。鲢4个群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数为0.1885~0.6526和0.001182~0.007570。瑞昌群体与监利群体的Rogers遗传距最小,为0.1250;监利群体与宁河群体的Rogers遗传距最大,为0.2693。χ2检验结果显示4个群体间的遗传差异显著(P<0.01)。在4个群体中,宁河人工繁殖群体的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均最高,并且HinfⅠ的C酶切类型为宁河群体所特有,达20.0%。     

3个群体泥鳅mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析

采用PCR-RFLP方法,对采自安徽怀远、河南范县及安徽舒城的3个群体共112尾泥鳅（Misgurnus anguilli-caudatus）线粒体DNA（mtDNA）的D-loop区段进行PCR扩增,使用11种核酸限制性内切酶进行酶切。结果显示,在11种内切酶中,8种有酶切位点,4种存在个体间变异,共产生7种单倍型。怀远、范县和舒城群体的核苷酸多样性指数为0.0033、0.0083、0.0011,单倍型多样性指数分别为0.6048、0.8370、0.2344。范县与怀远、舒城群体间的Rogers遗传距离分别为0.3456和0.6847,怀远和舒城群体间的Rogers遗传距离为0.6326。SspⅠ的酶切类型C组成的单倍型在舒城群体中占87.5%,而在范县群体中为0;同时发现,SspⅠ的酶切类型C、D和XspⅠ的酶切类型B分别组成的单倍型仅在范县群体中存在。     

3个群体泥鳅mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析

采用PCR-RFLP方法,对采自安徽怀远、河南范县及安徽舒城的3个群体共112尾泥鳅(Misgurnus anguilli-caudatus)线粒体DNA(mtDNA)的D-loop区段进行PCR扩增,使用11种核酸限制性内切酶进行酶切。结果显示,在11种内切酶中,8种有酶切位点,4种存在个体间变异,共产生7种单倍型。怀远、范县和舒城群体的核苷酸多样性指数为0.0033、0.0083、0.0011,单倍型多样性指数分别为0.6048、0.8370、0.2344。范县与怀远、舒城群体间的Rogers遗传距离分别为0.3456和0.6847,怀远和舒城群体间的Rogers遗传距离为0.6326。SspⅠ的酶切类型C组成的单倍型在舒城群体中占87.5%,而在范县群体中为0;同时发现,SspⅠ的酶切类型C、D和XspⅠ的酶切类型B分别组成的单倍型仅在范县群体中存在。     

基于线粒体COⅠ基因序列的辽宁沿海细纹子鱼群体遗传多样性分析

细纹子鱼(Liparis tanakae)主要分布于西北太平洋海域的朝鲜半岛、日本和我国渤海、黄海和东海,已成为黄渤海渔业资源的优势种类之一,并在黄渤海生态系统中的扮演着越来越重要的角色。因此,有必要对这一生态优势种的种群状况及遗传背景进行了解。根据线粒体COⅠ基因序列对辽宁沿海不同体色花纹的细纹子鱼辽东湾群体(n=20)和黄海北部群体(n=34)的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。结果表明,长度为623 bp的COⅠ基因片段,其A、T、G、C碱基的平均含量分别为22.3%,32.4%,26.9%,18.4%。在2个群体54 ind个体中共检测得到8个单倍型,其单倍型间遗传差异为0.2%~0.6%。两个群体的单倍型多样性指数和核苷酸多态性指数分别在0.56±0.06和0.70±0.05、0.001 0±0.000 9和0.001 7±0.001 3之间。分子方差分析显示两群体间无遗传分化。核苷酸不配对分析表明,细纹子鱼群体在50 000~116 000年前经历了群体扩张。     

寒冷地区丁鱥苗种培育的技术总结

丁鱥(Tinca tinca),属鲤科、雅罗鱼亚科、丁鱥属,原产地主要在欧洲,在我国仅分布于新疆北部额尔齐斯河流域。丁鱥经济性状优良,自本世纪初引入国内池塘养殖以来,迅速在全国、特别是北方地区大面积推广。民主一渔场从2004年开始丁鱥的引种养殖,2006年开始人工繁育并逐步形成规模化的苗种与食用鱼产量,     

基于线粒体COⅠ基因序列的三疣梭子蟹东海区群体遗传多样性分析

通过对分布在东海区远海区(济州岛海域)和近海区(长江口以南和以北海域)的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)自然群体线粒体COⅠ基因部分序列的测定,比较并分析了其群体遗传多样性和遗传结构。在24个采集点共286个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到45种单倍型,单倍型多样性为0.864;核苷酸多样性为0.002 84,平均核苷酸变异数是1.686,其中有23个单倍型为单个采集点所独享,Hap3出现频率最高,在23个采样点的83个样本中均有发现,是所有三疣梭子蟹样本的共享中心单倍型。群体遗传多样性分析显示,远海区群体的遗传多样性水平最高,其次为长江口以北群体,长江口以南群体最低。由群体间遗传距离、系统进化树和单倍型网络关系图发现,东海区海域三疣梭子蟹种群间存在基因交流,亲缘关系的远近不以地理位置的远近为依据;AMOVA分子方差分析结果显示,三疣梭子蟹的遗传变异主要来自群体内,而群体间无显著遗传分化,不存在明显的地理趋势。     

丁人工繁殖与养殖技术

丁鱥，学名Tinca tinca（Linnaeus），隶属于鲤科、雅罗鱼亚科、丁鱥属，广泛分布于欧洲各地，在欧洲有皇家宠鱼之称，在我国仅分布于新疆额尔齐斯河流域。该品种为淡水底栖鱼类，杂食性，肉质鲜美，生长速度快，对含氧量变化适应性强，经驯化能较好地摄食人工饵料，易于养殖。16—18世纪欧洲就有池塘养殖丁鱥的记载，由于丁鱥的地理分布偏远，国内对其研究一直不多。2001-2002年上海水产大学和新疆建设兵团农十师额河特种鱼类繁育场合作，成功地诱导了丁鱥产卵，目前，福建、广东、湖北、浙江等省市已先后引进试养。现将其人工繁殖及养殖技术介绍如下以供参考。     

基于线粒体COⅠ基因序列的东南太平洋茎柔鱼群体遗传结构分析

茎柔鱼广泛分布在东太平洋海域,分布水域广,种群结构复杂。采用线粒体COⅠ序列为遗传标记分析了东南太平洋茎柔鱼(Dosidicus gigas)遗传结构特征。在秘鲁外海8个群体239个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到46种单倍型,42个变异位点。8个群体的单倍型多样性为(0.469±0.114)～(0.759±0.086),核苷酸多样性为(0.001 04±0.001 07)～(0.003 63±0.001 21),均具有较高的单倍型多样性水平和较低的核苷酸多样性水平。基于单倍型构建的NJ树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树分析显示,8个群体间没有明显的地理谱系结构特征。AMOVA及F_(st)分析结果表明,群体间变异百分比为0.26%,群体内变异百分比为99.74%,说明遗传变异主要来自群体内部,群体间不存在显著的遗传结构分化。群体间的基因流数据分析表明,各群体间具有显著的基因交流。研究结果可为茎柔鱼资源的合理利用、开发及科学管理提供必要参考。     

洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea) 2种表型群体的遗传变异分析

采用形态学分析(壳长、壳宽和壳高)和分子标记技术(细胞色素氧化酶Ⅰ基因,COⅠ)对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)黄色和黑色2个群体的形态和遗传多样性特征进行研究.形态参数统计分析结果显示,2个群体的形态特征之间有显著性差异.经PCR扩增和序列测定,获得614 bp COⅠ基因序列,2个群体的COⅠ基因序列的碱基组成高度一致,均表现出A+T的含量(64.8％)明显高于G+C的含量(35.2％).28个黑色个体发现7种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.794和0.04274;30个黄色个体发现5种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.607和0.02825.单倍型之间的遗传距离在0.002-0.091之间,其NJ和MP系统发生树表明,COⅠ基因单倍型聚为2个明显分支.分子方差分析(AMOVA)结果显示,Fst=0.21736 (P＜0.01),21.74％的变异来自群体间,78.26％的变异来自群体内,2个群体之间有显著的遗传分化.研究表明,应将洪泽湖河蚬黑色和黄色群体分别作为独立单元进行管理和保护.     

基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构

为了解梭鲈种群的遗传结构，实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异，并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点，定义了7种单倍型，发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型，且与欧洲群体的HapA相同，在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(53.85%)；Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型，而Hap4~Hap7为中亚群体的特异单倍型。单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型，中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1~2个位点的变异，属于Hap1/A的亚型，与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。每个群体检测到1~4种单倍型，斋桑湖(ZS)群体单倍型最多，而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1)；塔什干(TS)群体的单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(π)最高(H_d=0.514±0.069; π=0.000 79±0.000 11)，其次是ZS群体，而中国梭鲈群体的多样性参数较低。AMOVA分析结果显示，梭鲈群体间遗传变异占20.74%，群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_st=0.207 36<0.25)，TS群体与ZS群体和中国群体间的遗传分化极大(F_st>0.25)，中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大，而中国其他5个群体间无遗传分化。基于群体间遗传距离的系统进化树显示，来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支，而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。     

基于线粒体DNA控制区序列的短棘鲾群体遗传学

物种的遗传结构对推断群体历史动态如有效群体大小、地理分布变迁、基因流、遗传分化等具有重要意义。本实验采用线粒体DNA控制区高变区序列对采自我国海南和台湾的3个短棘鲾群体进行了遗传学比较研究。结果显示,92尾个体共检测到32个单倍型,其中共享单倍型7个;单倍型多样性指数的范围为0.61±0.12～0.86±0.05;核苷酸多样性指数的范围为0.003 3±0.002 4～0.005 3±0.003 4;32个单倍型构建的邻接关系树和最小跨度树均可分为2个单倍型类群,单倍型类群A共有22个单倍型,全部由海南文昌和三亚新村群体构成,单倍型类群B共有10个单倍型,除Hap13外,其余全部由台湾新竹群体构成;台湾新竹群体与海南2个群体之间存在显著差异,但海南文昌群体和三亚新村群体之间无显著差异;中性检验与核苷酸不配对分布分析的结果均显示,短棘鲾2个单倍型类群可能发生了群体扩张事件,扩张时间分别为52 500～105 000和67 600～135 200年前。     

中华鲟MHC IIB基因遗传多样性初步研究

为了给中华鲟(Acipenser sinensis)全人工种群优化和繁殖管理提供理论依据,探究中华鲟主要组织相容性复合体(MHC)IIB基因的部分遗传信息和遗传变异规律,利用特异性引物MHC IIf和MHC IIr,分别从30尾野生中华鲟个体、29尾中华鲟子一代个体和30尾中华鲟子二代个体的基因组DNA中扩增MHC IIB基因的多肽结合位点(PBR)片段,扩增产物长度为168 bp。结果表明,中华鲟野生群体30个样品的95个有效克隆中共检测出30条特异序列(单倍型),中华鲟子一代群体29个样品的96个有效克隆中共检测出38条特异序列(单倍型),中华鲟子二代群体30个样品的95个克隆中检测出36条特异序列(单倍型)。单倍型的分布及群体内遗传多样性参数分析表明,中华鲟子一代群体的MHC IIB基因遗传多样性最高,子二代中华鲟群体的MHC IIB基因遗传多样性最低。中华鲟3个群体的非同义替代(dN)与同义替代(dS)比率为1.39、1.48和1.45,非同义替换率均大于同义替换率,表明正向选择可能是中华鲟MHC IIB多态性的主要因素。     

凡纳滨对虾引进群体和养殖群体的PCR-RFLP分析

采用PCR-RFLP方法,对2008年引进的SPF凡纳滨对虾群体(G0)与2006年引进亲虾繁育的两代群体(G1、G2)的遗传结构进行了分析。使用AluI、TaqI、M boI、SpeI、SspI共5种限制性内切酶对线粒体DNA控制区进行单酶切分析,酶切得到的单倍型在2~4个之间,三个群体的复合单倍型类型分别有3个、7个和9个,没有为三个群体所共有的复合单倍型,复合单倍型的分布显示群体间差异显著。三个群体(G0、G1、G2)的核苷酸多样度π值逐渐增加,分别为0.033 3、0.128 6、0.134 9,复合单倍型多样度h分别为0.622 2、0.850 0、0.847 0,说明养殖群体的遗传多样性大于引进群体。聚类分析的结果表明随着养殖世代的增加,养殖群体与引进群体的差异呈增大的趋势。由此推测G0与G1的亲本存在较大的遗传差异,并且在使用引进群体作为亲本的育种过程中可能出现了种质混杂。     

3个群体鳙鱼mtDNA D-loop区段的限制性片段长度多态性分析

鳙鱼（Aristichthys nobilis）采自江西瑞昌、湖南氐沙的天然群体以及天津宁河的人工繁殖群体共127尾，对其线粒体DNA的D-loop区段进行PCR扩增，使用12种核酸内切限制酶酶切。酶切结果显示，在12种内切酶中，8种有酶切位点，2种个体间有变异，为AfaⅠ和HinfⅠ，共得到7种单倍型。依据单倍型频率的组成情况，计算出瑞昌与长沙、宁河群体间的Rogers遗传距离分别为0．7283和0．5007，长沙和宁河群体间的Rogers遗传距离为0．8135。Afa Ⅰ的酶切类型C和HinfⅠ的酶切类型B组成的单倍型，在长沙群体中占87．5％，而在瑞昌和宁河群体中均为零。由此可以认为鳙鱼瑞昌群体和长沙群体可能是两个隔离的独立群体。     

利用线粒体D—loop基因序列分析黑龙江上游北极茴鱼群体遗传结构

分布在黑龙江上游呼玛河和额木尔河等水域的北极茴鱼一新纪录种Thymallus sp,种群数量少、分布范围狭小,群体资源面临濒危。本研究采用PCR技术分析了黑龙江上游的北极茴鱼线粒体DNA控制区的序列,共获得了1104bp核苷酸全序列,与分布于勒拿河的该种茴鱼群体进行比较。结果显示：在23尾个体中共检测到3个单倍型（Hap1、Hap2,及Hap3）,其中Hap3为黑龙江和勒拿河共享;利用单倍型构建的分子系统树和网络图显示,黑龙江群体可能起源于勒拿河。黑龙江上游群体的遗传多样性较低,单倍型多样性指数（0.530）和核苷酸多样性（0.00053）远低于同域分布的其它种茴鱼;黑龙江群体与勒拿河群体的Fst为38.56%（P〈0.05）,已产生一定的遗传分化。