SCoT标记分析陕西茶树资源的遗传多样性

选用6份有代表性的陕西茶树资源材料,从121条SCo T引物中筛选出38条扩增条带清晰、多态性高的引物,对陕西省50个茶树资源进行遗传多样性研究。结果表明,SCo T标记能够揭示材料间较高的遗传多样性,每条引物可检测到4~17个等位位点,平均为11个,38条SCo T引物共扩增出414条DNA片段,其中400条具有多态性,多态性比率(PPB)为96.62%。每个SCo T位点的遗传多态性信息含量在0.56~0.99之间,平均为0.90。供试材料的遗传相似系数集中在0.59~0.71之间。研究表明,SCo T标记可以用来对茶树进行遗传基础研究,基于SCo T标记的陕西省主要茶树资源遗传多样性较高。     

黑龙江省不同年代主栽春小麦品种的遗传多样性分析

为了从分子水平探讨黑龙江省春小麦种质资源的遗传多样性,对黑龙江省34份不同年代主栽春小麦品种进行SSR标记分析,计算遗传相似系数(GS)和位点多态性信息含量(PIC),并利用SSR标记的数据结果对供试品种进行聚类分析.14对SSR引物共扩增出73个等位变异,平均每对引物扩增出5.2个等位变异.遗传相似系数的变化范围为0.32～0.88,总体平均值为0.64.位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.16～0.87,平均0.56.聚类分析表明,SSR标记将34个品种相互区分开并分为五大类,分类结果与品种系谱比较吻合.据此认为,SSR标记揭示出黑龙江省主栽小麦品种具有较高的遗传多样性.     

黄灯笼辣椒种质资源遗传多样性ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对22份国内外黄灯笼辣椒种质的遗传多样性进行了分析,为选配黄灯笼辣椒杂交育种亲本选择提供了参考.根据加拿大哥伦比亚大学公布的100对ISSR引物,从中筛选出17条多态性好、条带稳定的引物,用其对22份黄灯笼辣椒种质进行扩增,共获得154条谱带,其中140条为多态性条带,多态性比率为90.9％,表明ISSR标记对黄灯笼辣椒具有较高的多态性;通过对黄灯笼辣椒ISSR遗传相似系数的统计与分析,品种间的遗传相似系数在0.461～0.870之间,平均为0.778.聚类分析表明,22份材料在遗传相似系数0.52处分为2类,其中L508为种间杂种后代,与其它种质具有较远的亲缘关系,单独为一类;在遗传相似系数0.72处可以分为4类,把不同亲缘关系的种质明显区分开来,表明ISSR分子标记进行黄灯笼辣椒遗传多样性的分析是可行的.黄灯笼辣椒品种间具有较丰富的遗传多样性,并为黄灯笼辣椒品种的选育和种质资源的保护提供了理论依据.     

割手密种质资源遗传多样性的ISSR分析

为探讨国内割手密种质资源的遗传多样性,本研究采用ISSR分子标记对采自8省的52份割手密种质资源进行了分析。结果表明,22条ISSR引物共扩增出127条条带,其中多态性条带121条,多态率达95.3%。材料间遗传相似系数GS在0.60~0.91之间。UPGMA聚类分析结果表明:在遗传相似系数0.72时52份材料可分为4大类;ISSR分析结果显示,割手密遗传多样性丰富,可以用ISSR对割手密进行分子水平的鉴定和遗传多样性研究。     

橡胶树抗寒种质遗传多样性分析

应用RAPD和ISSR技术对20份橡胶树抗寒种质进行遗传多样性分析。结果表明，16个RAPD引物和12个ISSR引物分别扩增出条带113和101条，多态性条带指数(PPB)分别为61.1%和63.4%。据Nei-Li相似系数，ISSR标记在相似系数约0.74处，可将20份材料分为野生种质和栽培种质两大类；RAPD标记在相似系数约0.70处，也可将供试材料分为野生种质和栽培种质两类，但只有XJ002420为野生种质。对2种标记的分析结果进行相关分析，结果表明，RAPD和ISSR所检测的遗传相似系数呈极显著正相关，相关系数为0.672。以上结论表明，RAPD和ISSR标记可用于橡胶树种质资源的遗传多样性研究，但鉴于ISSR较RAPD有更强的多态性检出能力，ISSR技术应作为遗传多样性研究的首选单引物标记。     

武夷山名丛单丛茶树种质资源的遗传多样性与亲缘关系分析

利用ISSR分子标记对武夷山84份武夷山名丛单丛茶树种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析。用39条ISSR引物进行样品扩增筛选,从中选出多态性高、重复性好的16条引物分别对供试材料的基因组DNA进行扩增。共扩增出98条清晰可辨的谱带,其中多态性谱带87条,多态性比率达88.78%。84份名丛的平均有效等位基因数(Ne)为1.48,平均Nei's基因多态性(H)和Shannon信息指数(I)分别为0.339、0.532,表明武夷山茶树种质资源的遗传多样性较高。同时,84份名丛间的Jaccard相似系数在0.34-0.93之间,平均值为0.70。根据Jaccard相似系数平均值,利用UPGMA聚类分析,将供试的84份名丛分成六大类群,并绘制亲缘关系树状图,揭示了武夷山茶树种质资源84份名丛之间的亲缘关系。该研究结果以期为武夷山茶树种质资源的合理开发利用提供参考依据。     

橡胶树尖孢炭疽菌分子检测及遗传多态性分析

根据GeneBank中Colletotrichum属的20个种的ITS序列,比较设计出1对引物CAF53/CAR356(CAF53 5’-GGG CAG GGG AAG CCT CTC G-3’;CAR356 5’-AGC GGT GCT TGA GGG TTG-3’);该引物可以扩增出1条303 bp的尖孢炭疽菌特异性DNA条带。并利用ISSR和RAPD分子标记技术对从海南、广东、广西和云南等垦区橡胶树上收集的21个尖孢炭疽菌株进行遗传多态性分析,以杧果上分离的尖孢作为参照菌株进行了聚类分析。结果表明,RAPD的平均遗传相似系数为0.8,ISSR的平均遗传相似系数为0.7,2种分子标记的平均遗传相似系数基本一致,均可揭示尖孢炭疽病菌的遗传多态性;2种分子标记产生的聚类分析结果存在一定差异;ISSR和RAPD类群与菌株的地理来源均不存在相关性。     

ISSR分子标记在茶树遗传关系分析中的初步应用

ISSR标记是一种基于微卫星序列发展起来的十分有效的分子标记。本文主要利用ISSR分子标记对我国39份茶树种质资源进行遗传关系研究,从40条引物中筛选出15条引物,共扩增出143个位点,其中多态性位点为131个,占91.6%。通过UPGMA聚类分析,39个茶树种质资源GS变化范围0.21~0.95,其中慢奇兰与竹叶奇兰GS值最大、遗传相似程度最高,遗传距离最近;崇庆枇杷茶与英红1号GS值最小、遗传相似程度最低、遗传学差异最大。聚类分析将39个种质资源划分为3个大类(GS=0.20),崇庆枇杷与英红1号,属于原始类型资源,归为一类;九龙珠与黄龙,属于较原始类型,也归为一类;其余的种质资源归为一类。据此认为,ISSR作为一种信息量高、重演性好的分子标记,应用于茶树遗传多样性和亲缘关系分析是非常有效。     

不同耐寒甘蔗品种的SSR标记分析

采用197对EST-SSR引物和67对gSSR引物对35个不同耐寒甘蔗品种进行标记,并筛选出36对多态性较好的EST-SSR引物和17对gSSR引物进行遗传多样性分析.结果表明:17对gSSR引物共扩增出87条谱带,平均每对引物扩增出5.1条谱带,PIC值在0.53～0.93,平均值为0.84,引物的DP值在0.54～0.96,平均值为0.87.36对EST-SSR引物共扩增出162条谱带,平均每对引物扩增出4.5条谱带,PIC值在0.43 ～0.93,平均值为0.79,引物的DP值在0.44～0.96,平均值为0.81.品种间的gSSR遗传相似系数在0.413 8～0.804 6,平均值为0.625 1;品种间的EST-SSR遗传相似系数在0.5145～0.797 1,平均值为0.665 1;因此,本研究中gSSR标记的效果要好于EST-SSR.聚类分析结果表明,35份甘蔗品种可分为7个类群;然而,聚类分析结果并不能反映供试材料的地域特性.耐寒性相对较好的品种分散于5个类群中,说明聚类分析结果并不能把耐寒性好的品种聚成一类;而两三个耐寒性较差的品种能够聚在一起,说明SSR标记对耐寒性较差的品种的聚类起到较好的作用.以上结果为SSR标记在甘蔗耐寒性研究上的应用提供起到一定的参考作用.     

利用ISSR标记分析20份甜菜品种的遗传多样性

针对来源于德国的18份甜菜品种和来源于瑞士的2份甜菜品种进行遗传图谱的构建和聚类分析。以5份甜菜种质资源为材料,对引物UBC801~UBC900等100个引物进行筛选,筛选出多态性好的ISSR引物7个。利用7个ISSR引物扩增适宜新疆种植的20份甜菜种质资源,共获得39个等位变异,每对引物检测到的等位变异数的变幅为3~8个,平均等位变异数5.6个。其中多态性条带为30条,7对ISSR引物的多态信息含量(PIC)的变化范围为0.6273~0.8360,平均为0.7650,20份参试品种遗传相似系数的变异范围为0.4615~0.9231,平均为0.6923。供试20份甜菜品种遗传多样性丰富。ISSR分子标记技术可以有效地用于甜菜品种资源评价和指纹图谱构建。     

利用EST-SSR分析江北茶区茶树资源的遗传多样性和遗传结构

利用25对EST-SSR引物对江北茶区的45份茶树初级核心种质的遗传多样性、遗传结构和亲缘关系进行了分析。25对引物共检测到83个等位位点,平均每对引物可检测到等位位点3.3个,可鉴定的基因型为6个。引物的PIC值平均为0.61,扩增位点的观测杂合度高于期望杂合度。45份供试种质中可观测的等位位点平均为4.2个,有效等位位点为2.8个。等位位点观测杂合度平均为0.73,基因多样性指数为0.61,Shannon信息指数为1.11。江北茶区主要省份间茶树种质的遗传分化程度较低(Gst=0.2),而基因流(Nm=3.9)较高。AMOVA分析显示,95.97%的变异发生于居群内。45份供试种质间的遗传相似系数在0.32~0.89之间,聚类分析表明供试资源在亲缘关系上未表现出明显的地区分化。湖北、安徽和陕西三个主要省份茶树种质间的遗传距离平均为0.048,其中陕西资源在亲缘关系上略远于湖北和安徽。     

广东地区野生狗牙根遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记,对广东地区30份野生狗牙根进行遗传多样性研究。从50个ISSR引物中筛选出15个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出151条谱带,平均每个引物能扩增出10.07条带,其中多态性条带总数为142条,多态性条带比率达93.7%。材料间遗传相似系数GS=0.58278～0.92715。基于遗传相似系数,利用UPGMA聚类分析表明,供试材料可聚为4类。POPGENE分析软件结果表明,平均Shannon信息指数I=0.5689,平均Nei's基因多样性h=0.3813,每位点平均有效等位基因数ne=1.6196。     

马铃薯遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记分析了20个马铃薯材料的遗传多样性和亲缘关系。从60条ISSR引物中筛选出10个ISSR引物,在供试材料中共扩增出57个清晰条带,其中48个具有多态性,多态性比率为84.21%,各扩增条带的多态性信息指数(PIC)平均为0.2055。种质间遗传相似系数变化范围为0.5263～0.9825,平均值为0.7220。通过聚类分析20份马铃薯材料分为五大类,富金单独是一类,第二类有2个品种,即克新17号和黑美人,大西洋和YN-1为第三大类,克新20号和中薯1号为第四类,其余归到第五大类。试验结果显示,所选马铃薯材料的遗传差异比较大,遗传多样性相对丰富。本研究的结果为马铃薯杂交育种的亲本选配提供了理论依据。     

基于EST-SSR标记的云南无性系茶树良种遗传多样性分析及指纹图谱构建

分析茶树品种遗传多样性和构建茶树品种分子指纹图谱对茶树育种、品种鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。利用SSR标记对28份无性系茶树品种遗传多样性和指纹图谱进行了研究。22对引物共检测到等位位点56个,平均每对引物产生2.55个;共检测到97个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有4.41个,遗传多态性信息含量为0.279~0.709,平均0.527,表明SSR标记具有较高的多态性。品种间的遗传相似系数为0.642~0.973之间,平均为0.797,表明品种间的遗传差异较小,遗传多样性较低,遗传基础较窄。根据SSR标记特点,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了云南无性系茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了1个22位数的指纹图谱号码,进而可将不同品种完全区分鉴别。     

不同品种（系）凤凰单丛茶DNA指纹图谱的构建

为能够快速、准确地对不同品种（系）凤凰单丛茶进行鉴定,建立不同品种（系）凤凰单丛茶的DNA指纹图谱,本研究利用ISSR分子标记技术,以4份凤凰单丛茶品种为材料,对UBC802~UBC899等58条ISSR引物进行筛选,得到了12条多态性好的ISSR引物。在确定引物最佳退火温度后,利用这12条ISSR引物对39份凤凰单丛茶进行了扩增,结果显示,从其中筛选出的6条核心引物共扩增出84条带,平均每个引物扩增出14条带,其中多态性条带78条,多态性条带比例为92.86%,多态信息量平均为0.9456,其中引物UBC843多态性最为丰富,品种相似性系数在0.4063~0.9836之间;为将39份凤凰单丛茶品种全部区分开,本研究对6条核心引物进行了组合,发现其中UBC827/UBC846的组合鉴别效率最高;通过综合品种名称、国家地区编号、采样地点、高效核心引物组合名称以及ISSR数据代码,本研究建立了39种凤凰单丛茶的DNA指纹代码。之后,通过整合软件录入如品种指纹图谱代码、香型、海拔、ISSR-PCR扩增数据图片等更多相关信息,形成指纹图谱二维编码,构成凤凰单丛茶的DNA指纹图谱,为凤凰单丛茶品种权益保护及信息平台的建立提供数据支持。     

Evaluation of genetic diversity in turmeric (Curcuma longa L.) using RAPD and ISSR markers

Turmeric (Curcuma longa L.) is an industrially important plant used for production of curcumin, oleoresin and essential oil. In the present study we examined the genetic diversity among turmeric accessions from 10 different agro-climatic regions comprising 5 cultivars and 55 accessions. Two DNA-based molecular marker techniques, viz., random amplified polymorphism DNA (RAPD) and inter simple sequence repeat (ISSR) were used to assess the genetic diversity in turmeric genotypes. A total of 17 polymorphic primers (11 RAPDs and 6 ISSRs) were used in this study. RAPD analysis of 60 genotypes yielded 94 fragments of which 75 were polymorphic with an average of 6.83 polymorphic fragments per primer. Number of amplified fragments with RAPD primers ranged from 3 to 13 with the size of amplicons ranging from 230 to 3000 bp in size. The polymorphism ranged from 45 to 100 with an average of 91.4%. The 6 ISSR primers produced 66 bands across 60 genotypes of which 52 were polymorphic with an average of 8.6 polymorphic fragments per primer. The number of amplified bands varied from 1 to 14 with size of amplicons ranging from 200 to 2000 bp. The percentage of polymorphism using ISSR primers ranged from 83 to 100 with an average of 95.4%. Nei's dendrogram for 60 samples using both RAPD and ISSR markers demonstrated an extent of 62% correlation between the genetic similarity and geographical location. The result of Nei's genetic diversity (H) generated from the POP gene analysis shows relatively low genetic diversity in turmeric accessions of South eastern ghat (P7), Western undulating zone (P8) with 0.181 and 0.199 value whereas highest genetic diversity (0.257) has been observed in Western central table land (P9). Knowledge on the genetic diversity of turmeric from different agro-climatic regions can be used to future breeding programs for increased curcumin, oleoresin and essential oil production to meet the ever-increasing demand of turmeric for industrial and pharmaceutical uses.     

番石榴（Psidium guajava L.）资源的ISSR分析初报

用ISSR技术分析16份番石榴资源的亲缘关系.结果表明:从11条能扩增出较清晰多态性指纹图谱的引物中,筛选出了6条引物能对所有资源均扩增出可重复的清晰指纹,共扩增出44条可重复带.其中多态性带占61.4%;扩增结果可将16份供试资源一一分开,部分资源存在同名异物现象;各资源间的相似系数在0.689～0.981之间,平均为0.841.UPGMA聚类结果将16份资源分成了3组.     

基于EST-SSR的福云（半）同胞系茶树品种（系）遗传多样性和亲缘关系分析

利用EST-SSR标记对以福鼎大白茶或云南大叶茶品种为亲本选育的40个品种（系）或衍生品种（系）的亲缘关系和遗传背景进行了分析评估。28对引物在40个供试品种间共检测到99个等位位点,每对引物为2~6个,平均3.54个;遗传多态性信息量(PIC)在0.13~0.79之间,平均值为0.59;期望杂合度（He）在0.08~0.84之间,平均值为0.58;观测杂合度(Ho)在0.10~1.00之间,平均值为0.71;Shannon指数平均为1.14。按相似系数为0.55可将参试的40个品种分为四大类。研究结果发现以云南大叶茶为母本的茶树品种比福鼎大白茶为母本的品种遗传多样性更高。     

基于转录组测序的油梨 EST-SSR 引物开发

利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签-简单重复序列（EST-SSRs）,为 SSR 标记在油梨种质资源鉴定、 品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用 Illumina 二代测序的技术,共获得 37 639 条无冗余的序列,对其进行 SSR 搜索,共获得 6 419 条简单序列重复（SSR）。利用 Primer 3.0 软件设计 SSR 引物,并以 11 份油梨种质筛选多态性引物。 基于转录组序列开发出的 EST-SSR 的分布频率为 17.05%。在油梨 EST-SSR 中,单核苷、二核苷和三核苷的重复占主 导,占总数的 99.07%。单、二、三核苷酸重复单元分别占总 SSR 的 37.47%、31.80%和 29.80%;出现频率最高的二核 苷酸重复基元是 AG/CT,占总数的 29.15%,出现最高的三核苷酸重复基元为 AAG/CTT,占 12.01%。随机选择 315 个 SSR 位点合成引物,经 11 份油梨种质筛选鉴定,227 对引物可扩增获得产物,有效扩增率为 72.06%;其中 34 对引物 表现出良好多态性,占有效引物的 12.78%,占总引物的 10.79%。在 34 对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数 2~12 个。利用高通量测序开发 SSR 引物有较好的实用性,开发获得的 34 个具有多态性的油梨 SSR 标记可用于研究油梨及 其相关近缘物种的遗传变异。     

基于转录组测序的油梨 EST-SSR 引物开发

利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签-简单重复序列（EST-SSRs）,为 SSR 标记在油梨种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用 Illumina 二代测序的技术,共获得 37 639 条无冗余的序列,对其进行 SSR搜索,共获得 6 419 条简单序列重复（SSR）。利用 Primer 3.0 软件设计 SSR 引物,并以 11 份油梨种质筛选多态性引物。基于转录组序列开发出的 EST-SSR 的分布频率为 17.05%。在油梨 EST-SSR 中,单核苷、二核苷和三核苷的重复占主导,占总数的 99.07%。单、二、三核苷酸重复单元分别占总 SSR 的 37.47%、31.80%和 29.80%;出现频率最高的二核苷酸重复基元是 AG/CT,占总数的 29.15%,出现最高的三核苷酸重复基元为 AAG/CTT,占 12.01%。随机选择 315 个SSR 位点合成引物,经 11 份油梨种质筛选鉴定,227 对引物可扩增获得产物,有效扩增率为 72.06%;其中 34 对引物表现出良好多态性,占有效引物的 12.78%,占总引物的 10.79%。在 34 对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数 2~12个。利用高通量测序开发 SSR 引物有较好的实性,开发获得的 34 个具有多态性的油梨 SSR 标记可用于研究油梨及其相关近缘物种的遗传变异。