基于转录组测序的油梨 EST-SSR 引物开发

利用转录测序技术，开发油梨表达序列标签-简单重复序列（EST-SSRs），为 SSR 标记在油梨种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用 Illumina 二代测序的技术，共获得 37 639 条无冗余的序列，对其进行 SSR搜索，共获得 6 419 条简单序列重复（SSR）。利用 Primer 3.0 软件设计 SSR 引物，并以 11 份油梨种质筛选多态性引物。基于转录组序列开发出的 EST-SSR 的分布频率为 17.05%。在油梨 EST-SSR 中，单核苷、二核苷和三核苷的重复占主导，占总数的 99.07%。单、二、三核苷酸重复单元分别占总 SSR 的 37.47%、31.80%和 29.80%；出现频率最高的二核苷酸重复基元是 AG/CT，占总数的 29.15%，出现最高的三核苷酸重复基元为 AAG/CTT，占 12.01%。随机选择 315 个SSR 位点合成引物，经 11 份油梨种质筛选鉴定，227 对引物可扩增获得产物，有效扩增率为 72.06%；其中 34 对引物表现出良好多态性，占有效引物的 12.78%，占总引物的 10.79%。在 34 对多态性引物中，每对引物扩增等位基因数 2~12个。利用高通量测序开发 SSR 引物有较好的实性，开发获得的 34 个具有多态性的油梨 SSR 标记可用于研究油梨及其相关近缘物种的遗传变异。