夏枯草抗乳腺癌成分-靶点-通路的网络药理学研究

目的 应用网络药理学方法预测夏枯草抗乳腺癌的作用靶点及相关信号通路,挖掘其抗乳腺癌的作用机制。方法 在TCMSP和TCMID数据库中检索并筛选出夏枯草的潜在活性成分,在TCMSP数据库中查询活性成分作用靶点并采用Cytoscape 3.7.1软件构建活性成分-靶点网络图;在HPO和DisGeNET数据库中检索乳腺癌相关基因;将活性成分作用靶点和乳腺癌相关基因进行比对,得到重复项（即活性抗乳腺癌的可能靶点）;利用String平台构建潜蛋白互作网络（PPI）;使用Cytoscape 3.7.1软件构建夏枯草潜在活性成分-靶点-乳腺癌网络,并根据度值、介数和紧密度筛选出关键靶点;应用Metascape数据库分析关键靶点的KEGG信号通路并进行GO生物过程富集。结果 夏枯草中有19种活性成分,作用于253个靶点;夏枯草有17种成分可作用于乳腺癌相关的29个靶点,其中有7个关键靶点,7种主要活性成分,9条相关信号通路。结论 夏枯草可通过雌激素受体、细胞特异性周期蛋白、表皮生长因子受体等靶点及相关通路,发挥抗乳腺癌作用。     

网络药理学方法研究石菖蒲治疗神经退行性疾病的作用机制

目的 从系统水平研究石菖蒲治疗神经退行性疾病的有效成分和作用机制。方法 采用计算机网络药理学方法,从中药系统药理学数据库中筛选石菖蒲治疗神经退行性疾病的活性成分,并构建药物-靶标-疾病网络。结果 通过网络药理学方法筛选出石菖蒲活性成分20种,显示该中药化学成分和作用靶点与阿尔茨海默病、抑郁症和帕金森综合征等神经退行性疾病之间存在一定的联系。结论 通过网络药理学方法构建的石菖蒲网络可以将该中药化学成分的聚类、差异以及有效成分与相关靶标及疾病的复杂分子作用机制可视化。     

基于网络药理学和分子对接技术探究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛的作用机制

本研究利用网络药理学结合分子对接技术,研究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛作用机制。利用中药系统网络药理学数据库和分析平台(TCMSP)挖掘烧伤膏中金银花、紫草、甘草、当归、黄芩和白芷的成分及作用靶点。通过UniProt等数据库查询靶点对应的基因,进一步通过Cytoscape3.8.2构建化合物-靶点(基因)网络。利用DrugBank数据库和GeneCards数据库检索疼痛的潜在靶点;采用蛋白质相互作用网络数据库(String)进行蛋白相互作用分析,通过Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白相互作用网络;运用Metascape数据库对关键靶点进行基因本体GO富集分析和KEGG通路富集分析,探究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛的作用机制;采用AutoDock分子对接软件对活性成分与关键辅助缓解疼痛靶点进行验证。通过筛选得到珍珠烧伤膏复方中药的156种活性成分和245个潜在作用靶点;GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目238个、细胞组成(CC)条目36个和分子功能(MF)条目57个;KEGG通路富集分析筛选得到200条信号通路,主要涉及癌症相关通路、PI3K-Akt信号通路、Hepatitis C信号...     

基于网络药理学探讨当归芍药散治疗慢性盆腔炎作用机制

目的 基于网络药理学探讨当归芍药散治疗慢性盆腔炎的作用机制。方法 利用TCMSP数据库筛选出当归芍药散活性成分及其相关靶标基因;使用Genecards数据库筛选慢性盆腔炎靶标基因;借助STRING在线数据库获取靶标基因相互作用关系;采用David数据库进行GO生物学过程分析和KEGG通路功能富集分析;利用cytoscape软件构建当归芍药散治疗慢性盆腔炎“活性成分-作用靶标-通路”网络。结果 当归芍药散的核心活性成分有山柰酚、β-谷甾醇等,核心作用靶标有PTGS2、TNF、JUN等;GO生物学过程分析结果表明当归芍药散活性成分的基因功能主要表现在药物反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、凋亡过程的负调节、信号转导等生物学过程; KEGG结果表明当归芍药散主要作用与TNF、Toll样受体等信号通路有关。结论 当归芍药散活性成分山柰酚、β-谷甾醇等可能通过TNF、Toll样受体等信号通路作用于PTGS2、TNF-α、JUN、IL-6等关键靶标基因进而发挥其临床功效,达到治疗慢性盆腔炎等疾病的目的。     

基于网络药理学方法研究两面针抗肿瘤的作用机制

【目的】基于网络药理学构建两面针抗肿瘤的“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”等网络关系,预测其抗肿瘤的作用靶点并对其作用机制进行研究分析。【方法】以口服利用度（OB）及类药性（DL）为限制条件在中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库筛选出两面针主要活性化学成分,在Pharmmapper服务器上筛选和建立两面针靶点数据库。通过OMIM及其他数据库进行抗肿瘤相关基因及蛋白靶点筛选。使用R4.2.1软件做出两面针活性成分、靶点基因和肿瘤。靶点基因相交情况筛选两面针作用靶点。通过Cytoscape 3.6.1软件Merge及Union功能,建立了两面针“有效成分-肿瘤靶点”的可视化交互网络。利用STRING数据库构建抗肿瘤靶点之间的交互网络、PPI网络,利用DAVID数据库对靶蛋白进行KEGG通路注释分析,富集出生物通路,构建出“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”网络。选择其中一个关联度较高的活性化合物作为配体、KEGG富集结果中较为显著的信号通路所涉及靶点作为受体,对活性成分与核心靶蛋白进行分子对接验证。【结果】经筛选和分析获得两面针活性成分21个,抗肿瘤靶点14个,包括EGFR、ESR...     

基于网络药理学预测肝爽颗粒治疗肝癌的作用机制

利用网络药理学技术和生物信息学方法,探讨肝爽颗粒对治疗肝癌(Liver cancer)的活性成分、作用靶点及分子机制。利用TCMSP、Pubchem、SEA和Swiss Target Prediction数据库筛选肝爽颗粒活性成分和作用靶点;通过GeneCards和OMIM数据库筛选liver cancer疾病靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物-靶点-疾病网络和靶点蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最终筛选出肝爽颗粒的活性成分20个,靶点832个;肝癌相关的疾病靶点594个,与肝爽颗粒的交集靶点共有93个;构建化合物-靶点-疾病网络和PPI网络的拓扑学分析结果,共筛选出AKT1、PTGS2、TNF、STAT3、VEGFA和JUN等18个关键靶点,GO富集条目391个,主要涉及凋亡过程的负调控、细胞对脂多糖的反应、血管内皮生长因子受体信号通路、肝细胞凋亡过程的负调控、蛋白酪氨酸激酶活性、受体复合物和炎症反应等。KEGG通路显著富集157条,其中与肝癌肝脏相关通路有乙型肝炎、丙型肝...     

基于网络药理学及分子对接技术分析核桃治疗高尿酸血症的作用机制

基于网络药理学方法及分子对接技术分析核桃（Juglans regia L.）治疗高尿酸血症（Hyperuricemia,HUA）的作用机制，利用中药系统药理数据库和分析平台（Traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）预测核桃活性成分的作用靶点，运用OMIM、GeneCards和DrugBank数据库检索HUA疾病靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件进行作用靶点-活性成分-疾病网络绘制，利用Metascape平台进行富集分析。使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接，对活性成分及重要靶点的结合度进行验证。结果表明，共筛选出核桃活性成分5种，与HUA有交集靶点16个；富集程度较高的信号通路包括癌症信号通路、化学致癌-受体激活信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路和卡波西肉瘤相关疱疹病毒信号通路；通过分子对接验证试验可知，核桃中主要活性成分与重要靶点结合紧密。     

基于网络药理学分子对接探讨山慈菇抗三阴性乳腺癌的分子机制

本研究基于网络药理学与分子对接的方法探讨山慈菇治疗三阴性乳腺癌的作用机制。利用TCMSP数据库和文献中获得山慈菇化学成分,在Swiss Target Prediction平台上搜索活性成分靶点;采用OMIM、GeneCards数据库检索三阴性乳腺癌靶点,并通过String构建蛋白质互作网络,使用DAVID数据库对核心靶点进行GO分析和KEGG通路富集分析;另外选取部分化合物和靶点使用Autodock软件进行分子对接验证;运用Western blot法检测相关调控靶点蛋白的表达。结果显示,共筛选出12个山慈菇活性成分,97个关键靶点,分子对接发现主要靶点HSP90AA1、EGFR、MAPK1、JUN和PIK3CA均与活性成分对接较好。山慈菇的作用靶点富集于PI3K-AKT信号通路,山慈菇通过降低p-AKT和p-PI3K的表达水平进行调控乳腺癌细胞的增殖、凋亡和迁移。本研究初步预测了山慈菇的有效活性成分、关键靶点和作用机制,可为山慈菇治疗三阴性乳腺癌的临床应用提供依据。     

基于网络药理学与分子对接探究黄芪-葛根-丹参治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

本文运用网络药理学研究方法探究黄芪葛根丹参中有效成分治疗糖尿病视网膜病（DR）的潜在机制。采用TCMSP平台筛选黄芪葛根丹参的活性成分及靶点，通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET和DrugBank数据库筛选DR相关靶点，以及在UniProt数据库查询成分和疾病靶点对应的基因名。利用STRING数据库结合Cytoscape软件进行拓扑分析，筛选出核心靶标并绘制网络互作图，再利用Metascape平台对药物疾病共同靶点进行GO和KEGG通路富集分析并建立成分靶点通路网络模型，最后使用Discovery Studio和AutoDock Vina软件对其重要化合物与DR关键靶点进行分子对接验证。通过上述方法共筛选得到中药有效成分89个及靶点基因247个，DR相关基因共4 231个，其中药物疾病共同靶点145个，涉及有效成分76个；GO富集分析涉及生物过程1 864条（P <0.05）;KEGG富集分析通路共205条（P <0.05），主要有AGE-RAGE、P13K-Akt、TNF和HIF-1信号通路等；关键成分槲皮素、木犀草素、山柰酚、异鼠李素、刺芒柄花素和...     

基于网络药理学探究滇黄精抗疲劳作用及其机制

【目的】基于网络药理学探究滇黄精(Polygonatum kingianum)潜在的抗疲劳机制。【方法】使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、CNKI和DrugBank数据库搜寻滇黄精的主要活性成分,并利用SwissTargetPrediction数据库预测各活性成分的作用靶点;通过Disgenet数据库获取与疲劳有关的靶点;借助Venny 2.1.0和Cytoscape v3.9.0构建滇黄精—活性成分—抗疲劳靶点网络,根据其节点度值筛选滇黄精的主要活性成分。通过String数据库构建蛋白质互作（protein-protein interaction,PPI）网络,通过节点度值筛选滇黄精抗疲劳的关键靶点。使用DAVID数据库对筛选的关键靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。使用AutoDock Vina软件对滇黄精的主要活性成分与抗疲劳关键靶点进行分子对接。【结果】获得滇黄精活性成分38种;预测得到滇黄精抗疲劳靶点30个;...     

基于网络药理学黄精抗炎活性成分及作用机制研究

黄精属百合科黄精属，性味甘甜，食用爽口，具有重要的药用和食用价值。为探讨黄精抗炎可能活性成分及作用机制，借助TCMSP数据库筛选黄精活性成分，利用Pharmmapper和Uniprot数据库查找黄精活性成分靶点基因，借助GeneCards和MalaCards数据库筛选人体炎症相关基因，取交集获取黄精抗炎潜在靶点；在Metascape数据库进行GO富集和KEGG通路注释；使用Cytoscape3.6.1软件构建黄精抗炎潜在靶点的“成分-靶点-通路”网络图，STRING数据库构建PPI网络图。共筛选出(+)-丁香树脂醇-O-β-D-葡萄糖苷、中华在线1、甲基原纤细薯蓣皂苷、西伯利亚蓼苷A、3’-甲氧基大豆苷元、β-谷甾醇等12个潜在活性成分和ALB、EGFR、MAPK1、CASP3、ESR1等65个黄精抗炎潜在靶标，生物信息学富集分析中筛选出46个GO条目和13条KEGG通路，主要涉及Pathways in cancer（癌症的途径）、Prostate cancer（前列腺癌）、IL-17 signaling pathway（IL-17信号通路）、Hepatitis B（乙型肝炎）通路。该研究揭示了黄精抗炎多成分、多靶点、多通路的作用机制，为黄精抗炎机制研究和后续试验研究提供依据。     

黄白双花口服液治疗犊牛腹泻的系统药理学分析

【目的】利用系统药理学构建黄白双花口服液治疗犊牛腹泻的活性化合物—靶点—通路—疾病相关蛋白的关系网络模型,阐述黄白双花口服液治疗犊牛腹泻的分子机制,为犊牛腹泻防治药物研发提供理论依据。【方法】根据口服利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18,利用中药系统药理学数据库（TCMSP）检索黄白双花口服液中每味中药（黄连、白头翁、金银花、黄芩、地榆和乌梅）的活性化合物及与其相对应的作用靶点,导入Cytoscape绘图软件中建立活性化合物与其对应靶点的互作网络图;通过基因数据库（Gene Cards）检索犊牛腹泻的有关靶点基因,使用维恩图求取二者的交集,得到犊牛腹泻与黄白双花口服液共同的靶点基因组合,然后导入String数据库中以获得相关蛋白相互作用网络图;将黄白双花口服液作用于犊牛腹泻的靶点基因导入DAVID数据库中,分别进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。【结果】从黄白双花口服液中筛选出43种活性化合物,分别对应131个相关靶点基因。黄白双花口服液与犊牛腹泻交集的蛋白质—蛋白质相互作用网络图包括128个节点及205条相互关系,其中丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、白介素2（IL-2）、白介素6（IL-6）、白介素8（IL-8）、促分裂素原活化蛋白激酶1（MAPK1）及含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白酶3（CASP3）的出现频率较高。利用DAVID数据库对黄白双花口服液与犊牛腹泻交集靶点的蛋白进行GO功能富集分析,最终富集到204条GO功能条目（FDR< 10-2）,其中细胞组成条目8条、分子功能条目12条、生物过程条目184条;黄白双花口服液治疗犊牛腹泻的相关蛋白主要富集于19条信号通路上（FDR< 10-2）。【结论】黄白双花口服液主要以黄连、白头翁、金银花、黄芩、地榆和乌梅中的槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇及山奈酚等活性化合物成分,通过ATK1、MAPK1、IL-2、IL-6和IL-8等靶点,经Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、T细胞受体信号通路和B细胞受体信号通路等,发挥抗菌消炎、抑制细胞损伤及调节免疫力等作用,以达到治疗犊牛腹泻的目的。     

复杂环境下香蕉多目标特征快速识别研究

【目的】针对野外环境下断蕾机器人对多特征的变量目标快速识别难题,以及目标受到树叶、遮挡及光照影响精度的问题,提出多特征目标的快速识别方法。【方法】提出对香蕉果实、果轴和花蕾这3个目标进行多尺度特征提取及模型分类,融合聚类算法设计新的目标候选框参数,提出改进YOLOv3模型及网络结构参数的YOLO-Banana模型;为了平衡速度和准确度,用YOLO-Banana和Faster R-CNN分别对变化尺寸的香蕉多目标进行试验,研究算法对识别精度与速度的影响。【结果】YOLO-Banana和Faster R-CNN这2种算法识别香蕉、花蕾和果轴的总平均精度分别为91.03%和95.16%,平均每张图像识别所需时间分别为0.237和0.434 s。2种算法精度均高于90%,YOLO-Banana的速度相对快1.83倍,更符合实时作业的需求。【结论】野外蕉园环境下,采用YOLO-Banana模型进行香蕉多目标识别,可满足断蕾机器人视觉识别的速度及精度要求。     

基于数据挖掘技术分析针灸治疗脑卒中后吞咽障碍的用穴规律

目的 运用数据挖掘技术分析针灸治疗脑卒中后吞咽障碍的用穴规律。方法 通过电脑检索中国期刊全文数据库 （CNKI）、维普期刊全文数据库（VIP）、万方数据资源系统、中国生物医学文献光盘数据库（CBM）、PubMed及Ovid Lww数据库收集1999年1月至2016年7月所有与针灸治疗脑卒中后吞咽障碍相关的文献,并建立文献分析数据库,运用数据挖掘技术的关联规则,对选用的腧穴种类、归经及使用频次进行统计分析。结果 共纳入402条针灸处方,共运用十四经穴62个,经外奇穴33个,总应用频次1 981次,头颈和四肢部腧穴使用率分别为79.30%（1571/1981）和20.04%（397/1981）,阳、阴经使用率分别约为47.15%（934/1981）和28.42%（563/1981）;特定穴占71.02%（1407/1981）。结论 局部选穴是针灸治疗脑卒中后吞咽障碍的重要原则;重视特定穴使用,其中交会穴的用穴个数及使用频次均为最多,尤以任脉与阴维脉之交会穴廉泉最为常用。     

黄连温胆汤加减治疗失眠的Meta分析

目的 评价黄连温胆汤加减治疗失眠的临床疗效及安全性。方法 采用文献系统评价定性研究与定量Meta分析相结合的方法与技术,检索国内有关黄连温胆汤加减治疗失眠的临床随机对照试验,包括中国知网数据库、维普期刊全文数据库、万方数据库、中国生物医学文献数据库,依据所定纳入标准及排除标准对所检索的文献进行筛选,提取有效数据,运用RenMan 5.3软件对文献进行Meta分析。结果 最终纳入16篇随机对照试验,合计1511例患者。Meta分析显示,黄连温胆汤加减治疗失眠的临床总有效率高于西药治疗组（OR=3.61,95% CI[2.68,4.85],P<0.00001）。结论 本次系统评价显示黄连温胆汤加减治疗失眠总有效率高于西药治疗组,安全性较高。但是所纳入的研究质量普遍偏低,需要高质量的随机对照试验进行验证。     

决明子抗氧化作用机制的网络药理学分析

中药决明子抗氧化作用显著但作用机制仍不清楚,本文旨在运用网络药理学研究方法,阐释决明子的抗氧化作用机制。通过文献和中药系统数据库TCMSP获取决明子的所有化学成分,再根据口服生物利用度(oral bioavailability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)筛选出其活性成分及其对应靶点。通过GeneCards数据库查找并预测决明子抗氧化作用靶点,将靶点导入STRING数据库构建靶点间蛋白互作关系,并使用Cytoscape软件进行可视化处理。通过DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。利用AutoDock软件对预测结果进行分子对接验证。最终共筛选出决明子抗氧化作用活性成分11个,抗氧化作用靶点34个,这些靶点主要富集于氧化还原过程(oxidation-reduction process)、正调控活性氧代谢过程(positive regulation of reactive oxygen species metabolic process)等51个生物过程,参与了乙型肝炎相关通路(hepatitis B)、p53信号通路(p53 signaling pathway)、肿瘤坏死因子信号通路(TNF signaling pathway)、非酒精性脂肪肝(non-alcoholic fatty liver disease)和癌症信号通路(pathway in cancer)等154条信号通路。分子对接证实芦荟大黄素、决明内酯等成分可与对应靶点结合,进一步验证了网络药理学预测的可靠性。本研究发现决明子可通过大黄酸、芦荟大黄素、豆甾醇、决明内酯等11种成分作用于TP53、MYC、CASP3、ESR1、JUN等34个靶点发挥抗氧化作用,反映了决明子经多靶点、多途径发挥抗氧化作用的特点,为深入研究决明子抗氧化作用机制提供了参考。     

薄型子宫内膜的中西医研究进展

目的 探究薄型子宫内膜的病因机制,分析临床现行的处理策略,加深对薄型子宫内膜的认识,更好地指导临床工作。方法 整理、分析最新薄型子宫内膜的中西医研究文献成果。结果 当代医学对薄型子宫内膜病因机制阐述颇多,处理策略多样,但均存在一定局限性,还未形成统一的治疗原则。中医治疗多以补肾活血为大法,显示出较好的优势。结论 学者对薄型子宫内膜病因的认知尚未形成共识,发病机制仍不明确,治疗效果各异。中西医治疗各有优势,较西医治疗,中药、针灸具有多靶点整合,整体网络调节等优点,成效显著,值得临床推广应用。     

柴胡总皂苷调控细胞色素P450酶发挥类似柴胡疏肝散抗抑郁作用研究

目的 观察柴胡总皂苷（total saponins,TS）对肝气郁结证（liver-Qi stagnation,LQS）和肝郁脾虚证（liver stagnation and spleen deficiency,LSSD）小鼠抑郁行为的改善作用,并探讨其抗抑郁作用与CYP3A4的关系。方法 构建LQS、LSSD模型,TS干预14 d后,通过体质量测定、悬尾实验和强迫游泳实验评估小鼠抑郁样行为,并采用蛋白印迹法和逆转录定量聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）法检测CYP3A4蛋白和mRNA的表达变化。结果 造模完成后,与空白组相比,模型组的体质量明显减轻,悬尾不动时间和强迫游泳不动时间明显增加（P<0.01）。TS干预14 d后,LQS模型小鼠悬尾不动时间和强迫游泳不动时间明显缩短（P<0.01）,LSSD模型小鼠悬尾不动时间和强迫游泳不动时间无明显变化（P>0.05）。TS可下调LSD抑郁症模型小鼠CYP3A4蛋白的表达（P<0.01）,而对其mRNA的表达影响无显著性差异（P>0.05）。结论 TS可改善LSD模型小鼠的抑郁样行为,其作用机制可能与下调CYP3A4蛋白的表达有关。