团头鲂微卫星多重PCR体系的建立及应用

利用团头鲂Megalobrama amblycephala 20个微卫星标记组合建立了6个微卫星多重PCR体系,包括2个四重PCR和4个三重PCR体系。利用构建的6个微卫星多重PCR体系评估了团头鲂淤泥湖群体的遗传多样性,结果表明,平均等位基因数为5.8,平均期望杂合度和平均观测杂合度分别为0.72和0.77,平均多态性信息含量为0.601,20个位点中有9个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。本研究中筛选出的多重PCR组合为团头鲂的群体遗传结构分析和亲子鉴定等研究提供了技术基础。     

圈养猎豹的微卫星基因座遗传变异研究

本研究利用19个微卫星基因座对52只圈养猎豹进行了遗传多样性检测.通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物,计算了19个微卫星座位的等位基因频率、基因杂合度、多态信息含量和有效等位基因数.结果显示,19个基因座的等位基因数为2～11个,共检测到131个等位基因.基因杂合度在0.500～0.904 0之间,平均为0.741 6;多态信息含量在0.375 0～0.895 8之间,平均为0.699 7;有效等位基因数处于2.000～10.440 2之间,平均为4.724 6.结果表明:所选19个微卫星基因座在研究样本中均为中高度多态性基因座,具有比较明显的遗传变异,显示出群体丰富的遗传多样性.     

7个微卫星标记对5个肉用绵羊品种的遗传多样性分析

[目的]为肉用绵羊的品种资源保护和杂交利用提供理论依据。[方法]利用7个微卫星标记分析国外3个绵羊品种和我国2个地方绵羊品种的遗传多样性,研究其品种内遗传变异和种间遗传关系。[结果]从5个绵羊品种中共检测到105个等位基因,在各群体中每个微卫星座位上均可检测到5个以上等位基因,说明7个微卫星标记含有丰富的遗传信息。位点平均杂合度和品种平均杂合度分别为0.790 1~0.889 7和0.795 1~0.867 5,属于高度杂合位点和高度杂合品种。7个位点均为高度多态位点,PIC为0.762 6~0.879 6,而5个绵羊品种的平均PIC为0.770 3~0.865 0。NJ系统树分析表明3个国外绵羊品种遗传关系较近。[结论]7个微卫星标记均具有高度多态性,可用于绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。     

微卫星标记OarFCB128在5个绵羊品种中的遗传多样性研究

[目的]研究微卫星标记OarFCB128在5个绵羊品种中的遗传多样性。[方法]利用微卫星标记OarFCB128对5个绵羊品种（藏羊、兰州大尾羊、蒙古羊、小尾寒羊、无角道赛特）的基因频率、多态性信息含量、有效等位基因数和杂合度进行分析。[结果]微卫星标记OarFCB128在藏羊、兰州大尾羊、蒙古羊、小尾寒羊、无角道赛特中的多态信息含量、有效等位基因数及群体杂合度分别是0.8404、0.8922、0.9075、0.9094、0.7728,7.2414、11.5140、12.6820、12.8750、5.2674,0.8619、0.9131、0.9211、0.9223、0.8102。[结论]微卫星标记OarFCB128在绵羊品种中的多态性丰富,可用于绵羊遗传多样性评估。     

微卫星标记OarFCB128在10个绵羊品种中的遗传多样性

利用微卫星标记OarFCB128对10个绵羊品种,即甘肃高山细毛羊、滩羊、蒙古羊、小尾寒羊、无角陶赛特、澳洲美利奴、德国美利奴、白萨福克、特克赛尔和波德代等羊的基因频率、多态性信息含量、有效等位基因数和杂合度进行了分析.结果表明,微卫星标记OarFCB128在10个绵羊品种中的平均多态信息含量、平均有效等位基因数及平均群体杂合度分别是0.901 2、12.544和0.919 8.微卫星标记OarFCB128在绵羊品种中的多态性丰富,该微卫星位点可以用于绵羊遗传多样性的评估.     

波尔山羊10个微卫星标记多态性分析

为了解波尔山羊群体的遗传多样性,选择了位于不同染色体上、具有较高多态性的10个微卫星标记对波尔山羊群体进行研究。结果表明:在BM1329等10个微卫星标记上共检测到145个等位基因,每个标记都检测到至少10个等位基因(平均每个标记检测出14.5个),有效等位基因数为6.4～14.9个,基因频率最高的是OarAE101标记的95 bp片段(0.239 1);10个微卫星标记的多态信息含量都在0.95以上,均为高度多态标记,遗传多样性丰富,其中BMS1591标记的多态信息含量最高,为0.995 5;各标记的观测杂合度在0.616 7～0.984 4之间,期望杂合度在0.8441～0.932 8之间,平均期望杂合度为0.894 0,属于高度杂合标记和高度杂合品种,遗传变异较大。     

济宁青山羊微卫星标记多态性分析

选择位于不同染色体上、具有较高多态性的12个微卫星标记,对济宁青山羊群体的遗传多样性进行研究。结果表明,CSRD247等12个微卫星标记共检测到97个等位基因,每个标记都检测到5个以上的等位基因,平均为8.08个,有效等位基因数为3.1957~6.2113个,基因频率最高的是CSRD247标记的235 bp片段(0.4583);12个微卫星标记多态信息含量(PIC)都在0.630以上,均为高度多态标记,遗传多样性丰富,其中SRCRSP5标记的多态信息含量(PIC)最高,为0.828,各标记的观测杂合度在0.4286~0.9048之间,期望杂合度在0.5981~0.8397之间,平均期望杂合度为0.7574,属于高度杂合标记和高度杂合品种,遗传变异大。本研究可为济宁青山羊品种的选种、选育及保种工作奠定基础。     

利用多重荧光PCR分析秦川牛遗传多样性

[目的]分析秦川牛的遗传多样性,加强对该品种资源的保护。[方法]利用15个微卫星座位,运用多重荧光PCR技术对59头秦川牛个体的基因组DNA进行扩增,通过等位基因频率、多态信息含量、基因杂合度和有效等位基因数分析秦川牛品种的遗传多样性。[结果]结果表明:在15个座位的等位基因数为5～18个,平均等位基因数为10.3个;各座位上的杂合度都较高,平均杂合度为0.7959;平均有效等位基因数为5.3066;15个座位中多态信息含量为0.6441～0.8649,均为高度多态。[结论]通过荧光标记可用于牛品种遗传多样性的分析,并可为进一步QTL定位和标记辅助选择研究提供参考。     

无角陶赛特绵羊 18 号染色体微卫星标记与早期生长发育的关系

【目的】分析无角陶赛特绵羊群体的UMP、MNS19A、CSSM18、BDKRB、MULGE6、MULGE5等6个微卫星基因座的基因多态性,并研究这6个微卫星标记多态性对无角陶赛特绵羊早期生长发育的影响。【方法】采集新疆玛纳斯新澳畜牧有限责任公司种羊场163只无角陶赛特绵羊羔羊血液,利用微卫星分型方法分析6个微卫星标记在无角陶赛特绵羊群体中的遗传多态性,利用固定效应模型最大限度地消除或减少非遗传因素对早期生长发育的影响,然后选择基因效应显著影响的生产性状,用最小二乘方差法分析基因多态性与早期生长发育性状的相关性。【结果】微卫星标记UMP、MNS19A、CSSM18、BDKRB、MULGE6、MULGE5的等位基因数分别为3,4,4,5,5,8;平均多态信息含量为0.655,平均遗传杂合度为0.698,这6个微卫星标记在该研究群体均表现中度或者高度多态,且具有比较丰富的遗传多样性。固定效应模型分析结果显示:微卫星标记CSSM18显著影响无角陶赛特绵羊初生体质量(P<0.05);微卫星标记MNS19A显著影响无角陶赛特绵羊初生体质量(P<0.05),极显著影响2月龄胸围(P<0.01);微卫星标记BDKRB极显著影响无角陶赛特绵羊初生体质量、2月龄胸围、3月龄体质量(P<0.01),显著影响3月龄臀宽(P<0.05)。分析比较这3个微卫星基因座不同基因型个体间的平均生产性能,结果显示微卫星标记MNS19A和BDKRB不同基因型间的平均生产性能差异显著(P<0.05)。【结论】微卫星标记MNS19A和BDKRB可以作为无角陶赛特绵羊相应生长性状的分子筛选标记。     

25个油棕SSR标记的开发及应用这些标记评估油棕资源的遗传多样性

应用NCBI网站上公布的EST序列,挖掘SSR位点,并根据SSR位点的侧翼序列设计引物,对18份油棕资源的DNA进行了PCR扩增,扩增结果显示,在72对引物的PCR扩增中,25对引物具有多态性特征,并且其杂合度在0.1049和0.6605之间,平均杂合度为0.4702,这暗示了这些标记具有中度的多样性。同时,应用这些有多态性的标记评估了这些油棕资源的遗传多样性和群体结构,分析结构显示:椰子研究所油棕资源圃的遗传多样性最为丰富,此外,聚类分析表明不同位置来源的油棕资源展现了显著的遗传差异。本研究开发的SSR标记将能被应用到油棕的遗传育种研究中。     

人工饲养蓝狐微卫星DNA的多态性

选取16个微卫星位点对5个蓝狐群体进行遗传多态性研究,利用PopGen32和MEGA4对5个群体的等位基因数、有效等位基因数、等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量等遗传参数进行了分析。结果表明:5个群体137个个体共计检出162个等位基因,每个位点等位基因数为4～13。位点多态信息含量为0.17～0.84,5个群体中3个群体为高度多态性,其余2个群体为中度多态。位点的观测杂合度为0.18～0.89,位点的期望杂合度为0.18～0.86,茂兴湖群体的杂合程度均高于其他4个种群。选取的16个微卫星位点均表现出较高的多态性,在蓝狐多样性分析中具有一定的有效性,可用于蓝狐遗传多样性的分析。     

香稻品种的遗传多样性研究

 【目的】研究香稻品种的遗传多样性。【方法】利用分布于12条水稻染色体上的60个SSR引物和22个水稻功能基因标记检测了32个香稻品种的遗传多样性。【结果】60对SSR引物共检测出188个等位基因,其中有效等位基因数126个。每对引物等位基因数在2～6之间,平均为3.13个。多态性信息含量（PIC）变幅为0.116～0.744,平均为0.467±0.175。32个品种间的遗传相似系数在0.51～0.96之间,平均为0.697。聚类分析将32个香稻品种在遗传相似系数0.58处分为籼、粳两类,分类结果与品种系谱分析比较吻合。【结论】SSR分子标记在香稻品种遗传多样性分析和育种应用方面具有重要价值。功能基因标记检测表明,部分功能基因在所研究材料中不存在等位变异。而存在等位变异的功能基因标记则表明不同产地来源、不同生态类型的香稻品种具有不同的等位基因。抗稻瘟病基因标记检测出宜香B、香恢1号和丝苗香3个品种同时含有两个抗稻瘟病等位基因,为香稻抗性育种提供了材料基础。     

32份糯玉米自交系的遗传多样性分析

利用SSR标记分析了32份糯玉米自交系的遗传多样性与亲缘关系,用91对扩增带型稳定的SSR引物从供试材料中检测出630个等位基因变异,每对引物检测等位基因3～16个,平均为6.92个;SSR标记的多态性信息量值介于0.34～0.91之间,平均为0.72;供试材料间的遗传距离变幅为0.57～0.92,平均为0.78。利用UPGMA聚类分析法,将所有供试材料分为4类,分别为通系5类群、衡白522类群、中玉04类群和混合类群,划分结果基本符合自交系的来源情况。     

陕西省水稻种质资源的遗传多样性分析和指纹图谱构建

对陕西省40份大田推广品种及其亲本和100份省水稻区域试验材料进行遗传多样性分析。结果表明,从陕西省40份大田推广品种及其亲本共检测到160个等位基因,平均每个标记检测到6个等位基因,每个SSR位点的遗传多态性信息含量为0.29～0.97,平均为0.64。聚类分析表明,40份大田推广品种及其亲本的遗传相似系数为0.55～0.97。100份陕西省水稻区域试验材料中,72个晚熟水稻材料的遗传相似系数为0.43～0.91,平均为0.67。28个中早熟水稻材料的遗传相似系数为0.56～0.87。     

华东4个鹌鹑群体微卫星标记的遗传多样性检测

在DNA水平上检测了华东地区4个亲源关系不同的鹌鹑群体的3个微卫星座位遗传变异,每一位点均检测到4~5个等位基因,各位点的基因多态比例接近100%。为检测这一地区鹌鹑遗传多态性水平,估计了每个位点的基因杂合度和各群体的基因平均杂合度。结果表明:基因平均杂合度为(0.462 7±0.03)~(0.634 5±0.05),4个群体的平均值按由小到大排列分别为0.462 7、0.514 6、0.554 9和0.634 5,平均有效等位基因数为(1.868 8±0.12)~(2.798 1±0.43),平均多态信息含量为0.376 7~0.571 3,累积辨别力达到95.76%;聚类分析表明,华东地区鹌鹑群体间存在高水平的遗传变异,微卫星标记检测鹌鹑群体间的遗传多样性非常合适。     

紫斑牡丹表型性状与SSR分子标记的关联分析

利用筛选出的11对多态性简单重复序列(SSR) 标记对99份紫斑牡丹材料进行多态性扫描,在分析其遗传多样性和群体结构的基础上,采用TASSEL2.1软件的一般线性模型(GLM)进行标记与32个观赏性状的关联分析。结果表明:11个多态性SSR标记共检测到94个等位变异,平均每个位点检测到等位变异8.5个;引物的多态性信息含量(PIC)变幅为0.146~0.850,平均值为0.593;遗传多样性变幅为0.152~0.862,平均为0.630。群体结构分析将供试材料划分为3个亚群;通过关联分析,发现5个标记位点与6个性状显著关联(P＜0.01),各标记位点对表型变异的解释率为30.4%~55.8%,其中FJ024285和FJ024294标记与株高相关联,FE528073与顶小叶长、柱头颜色和房衣颜色相关联,FJ024287与柄叶比相关联,EU678295与色斑大小相关联。研究表明:所选紫斑牡丹种质资源群体的群体结构简单、遗传变异较为丰富,适用于紫斑牡丹目标性状的关联分析。关联分析能够有效地找到与紫斑牡丹表型性状紧密连锁的SSR标记,用于分子标记辅助育种。      

青海省栽培青稞SSR标记遗传多样性研究

[目的]分析我国青海省青稞SSR标记遗传多样性,为具有某些优异特性的青稞品种或资源筛选及青稞资源的保护奠定基础。[方法]利用SSR标记评估42份青海省栽培青稞的遗传多样性。[结果]42份青稞材料在7个SSR标记位点处表现出多态性,各位点扩增的等位基因数为1～6个,共鉴定出24个等位基因,每位点平均3.0个;根据SSR标记多态性可将42份青稞材料分为4组,即Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ。[结论]该研究表明青海省栽培青稞具有丰富的遗传多样性,可为青稞育种亲本选择提供参考。     

甘蓝型油菜DH系的SSR遗传多样性研究

由甘蓝型油菜杂交组合青油14号×四达和北山繁×46号的F1植株通过小孢子培养所获得的DH(doubled haploid)群体中,各随机选择31个DH系,分别编号为:1～31,32～62,采用SSR标记对其进行遗传多样性分析.30对SSR引物分别扩增出82、80个多态性片段,其中多态性位点各占总扩增位点的75.2%和74.1%,片段大小介于120～900 bp间.每对引物在不同DH系间的等位基因数在2～9间,平均位点为3.63个.1～31 DH系PIC(位点多态性信息含量)变幅为0.06～0.85,平均为0.60;32～62 DH系PIC变幅为0.06～0.86,平均为0.56.遗传距离分布频数分析表明,两个组合DH系之间的遗传距离分布在>1.0范围内的频数都超过了30%(分别为37%和34.4%).对SSR扩增结果进行UPGMA分析,在0.66处可将62个DH系聚为四大类.以上结果表明,通过小孢子培养获得的DH系遗传多样性比较丰富,且不同组合的DH系基因型多样性不同.     

青海省栽培青稞SSR标记遗传多样性研究

[目的]分析我国青海省青稞SSR标记遗传多样性,为具有某些优异特性的青稞品种或资源筛选及青稞资源的保护奠定基础。[方法]利用SSR标记评估42份青海省栽培青稞的遗传多样性。[结果]42份青稞材料在7个SSR标记位点处表现出多态性,各位点扩增的等位基因数为1～6个,共鉴定出24个等位基因,每位点平均3.0个;根据SSR标记多态性可将42份青稞材料分为4组,即Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ。[结论]该研究表明青海省栽培青稞具有丰富的遗传多样性,可为青稞育种亲本选择提供参考。     

利用微卫星标记分析云南省6个东方蜜蜂(Apis cerena)群体遗传多样性及遗传分化

利用21对微卫星标记对来自于腾冲、无量山、迪庆、武定、泸水、西双版纳6个云南东方蜜蜂Apis cerana群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各东方蜜蜂群体遗传多样性和各群体间遗传分化.各座位的等位基因数为4(AP313)至18(AT003).除迪庆群体外,其余群体均显示较高水平的期望杂合度,其中,武定群体最高,为0.696;迪庆群体最低,为0.367.各东方蜜蜂群体间存在极显著的遗传分化,平均分化系数Fst为0.264.云南6个东方蜜蜂群体的遗传分化显著,除迪庆群体外,其余5个群体遗传多样性较高;分析遗传分化与地理距离的关系发现,云南6个东方蜜蜂群体间的遗传分化与地理距离不存在显著相关.