结球甘蓝遗传多样性的SSR分析

利用62对SSR引物对36个结球甘蓝种质材料进行了遗传多样性分析。结果表明,有40对SSR引物在36个种质材料间表现为多态性。共检测到146个等位基因位点,每对引物的等位基因位点变幅为2～7个,平均为3.65个,有效等位基因数为127.88个,平均为3.20个。每个SSR位点的多态信息量(PIC)变化范围为0.182～0.832,平均为0.644。36个种质材料间遗传相似系数变幅为0.473～0.815,平均为0.720。UPGMA聚类分析结果显示,在相似系数为0.62的水平上可将36个甘蓝种质材料聚为三大类群,利用SSR分子标记可以从DNA水平上进行结球甘蓝遗传多样性分析。     

羽衣甘蓝DH群体遗传多样性分析

由羽衣甘蓝基因型"名古屋-红"和基因型P3(Q2704×Q4606的F1代)通过小孢子培养获得的2个DH群体中分别抽取46个DH系和41个DH系作为试验材料,利用ISSR标记分别对2个DH群体进行遗传多样性分析。9个ISSR引物分别扩增出104和87个多态性位点,其中多态性位点各占总扩增位点的81.73%和79.31%,大小在100～2 000 bp;每个位点的有效等位基因数分别为1.225 3和1.468 9;平均多样性指数PIC分别为0.258 9和0.409 4。对ISSR结果进行聚类分析,2个DH群体各DH系间相似系数范围分别为0.61～0.97和0.56～0.91,在相似性系数为0.78处可将46个"名古屋-红"的DH系分成5组,在相似性系数0.75处可将41个P3的DH系分成5组。以上结果表明,通过小孢子培养获得的DH群体内出现较大分离,且群体内遗传多样性丰富,且在不同DH群体遗传多样性不同。     

浙南地区小麦育种亲本材料遗传多样性的SSR分析

为了明确浙南地区小麦育种亲本资源的遗传多样性,利用分布于小麦21条染色体上的88对SSR引物对48份小麦品种资源基因组DNA进行扩增,结果显示:其中有27对引物在48份材料之间具有稳定的多态性,共检测出159个等位位点,每对引物等位位点数为2～9个,平均为5.89个.位点多态信息含量(PIC)变幅为0.117 ～0.850,平均为0.652.48份小麦品种(系)间遗传相似系数(GS)变幅为0.68～1.00,品种资源间的遗传多样性较低.采用非加权类平均法进行聚类分析,在相似系数0.75处,可将48份小麦品种(系)分为6大类群,在一定程度上反映了品种资源之间的亲缘关系.     

利用SSR 标记分析甘蔗重要亲本粤农73-204及其衍生品种的遗传多样性

为深入了解甘蔗重要亲本粤农73-204(YN73-204)及其衍生品种之间的遗传关系,利用SSR标记研究了甘蔗亲本粤农73-204及其衍生系、相关品种共计20份甘蔗材料的遗传多样性.结果显示,52对SSR引物检测到512个变异位点,每对引物平均为9.8个,变幅为5～20个.20份甘蔗材料遗传多样性GS变幅为0.6518～0.9086,整体遗传差异相对较小.54对引物多态性信息含量(PIC)变幅为0～0.50,平均为0.29.UPGMA聚类分析将20份甘蔗材料分成4大类,聚类结果能较好地反映品种之间的遗传关系.     

优良玉米自交系QB506和QR273及其改良系的遗传多样性分析

探究玉米自交系QB506和QR273及其改良系的遗传多样性,为进一步组配优良杂交种提供理论依据,进而提高育种效率和优良玉米自交系的利用率。利用42对有多态性的SSR引物对51份自交系进行多态性检测。结果表明:42对引物共检测到248个等位基因变异,每对引物检测出2~9个等位基因,平均5.9个;每个位点的多态性信息量(PIC)变幅为0.2934~0.8790,平均为0.7136;标记索引系数(MI)变幅为0.5867~7.8142,平均为4.3914。遗传多样性指数变幅较大,说明51份自交系间具有丰富的遗传多样性。QB506及其改良系与QR273及其改良系之间的遗传距离变幅为0.4128~0.7891,平均0.5734,大于QB506与QR273间的遗传距离0.5482。51份自交系划分为五个类群,分类结果与系谱来源基本一致。     

广西和广东优质常规稻的SSR遗传多样性分析

为探讨广西、广东近年育成的优质常规稻品种（系）的遗传多样性,以均匀分布在水稻基因组上的16对SSR多态性引物对101份优质常规稻进行遗传多样性分析。结果表明,16对引物均表现出多态性,共检测出55个多态性位点,平均等位基因Ap为3．4375,有效等位基因数Ae为2．0492,平均多态信息含量PIC为0．4760;聚类分析结果表明,不同水稻品种（系）间遗传相似系数变幅为0．6802～0．9798,说明SSR标记能够揭示不同材料间较高的遗传多样性,将101份水稻品种（系）完全区分开,为两广地区水稻品种资源的研究利用提供理论依据。     

基于SSR标记的水稻光温敏不育系遗传多样性分析

采用SSR分子标记对17个水稻光温敏不育系进行遗传多样性分析。结果表明,在水稻基因组中较均匀分布的168个SSR位点中91个SSR位点具有多态性,多态性频率为54.17%。91个SSR标记共检测出229个等位基因,每个SSR位点检测到2⁴个,平均2.517个等位基因,平均多态性信息含量指数(PIC)为0.412。根据17份光温敏不育系的遗传相似系数矩阵作出树状图,聚类分析结果表明17个不育系遗传相似系数变幅为0.594个,平均2.517个等位基因,平均多态性信息含量指数(PIC)为0.412。根据17份光温敏不育系的遗传相似系数矩阵作出树状图,聚类分析结果表明17个不育系遗传相似系数变幅为0.59⁰.93;以遗传相似系数0.61为阀值,可将供试不育系分为4个群,聚类分析结果与亲缘系谱分析结果基本吻合。     

利用SSR标记技术分析中国啤酒大麦品种的遗传多样性

利用SSR标记技术对中国38个啤酒大麦品种的遗传背景进行了遗传多样性分析.结果表明,所用28对SSR引物（在大麦7对染色体长、短臂位置各选用了2对）中,有26对SSR引物有多态性,共检测出187个位点,其中172个等位位点有多态性,占91.9%;每个引物可扩增出1～22个位点,平均每个引物产生6.6个等位位点.26对SSR引物的多态性信息含量PIC最高为0.995,最低为0.375,平均PIC为0.713.聚类结果表明,这些品种的遗传距离（GD）聚类范围较小,分布范围在0.01124～0.74510,在遗传距离GD值0.6水平上,这些品种聚成了2大类,下分4个亚类.SSR标记揭示出这38个啤酒大麦品种遗传变异较小,遗传基础比较狭窄.     

微卫星标记对籼稻品种遗传多样性分析

从水稻全基因组12条染色体上的439对SSR引物中选取30对,对国内外的12个籼稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物中有29对具有多态性,多态性位点百分率为96.7%。这些多态性引物在12个材料中共扩增出137条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2～8个等位基因,平均4.7/位点。等位基因有效数(Ae)变幅为1～5.539,平均为3.47。多样性指数中,香浓多样性指数(I)为0～0.819,平均0.651;而Nei基因多样性指数变幅为0～1.907,平均1.3。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将12份材料分为2个类群,国内和国外两个群体。说明SSR标记在区分水稻品种的生态型及遗传多样性研究方面具有重要作用,进一步证实了SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型的有效手段     

利用RAMP和ISSR标记分析大麦种质资源的遗传多样性

 利用RAMP和ISSR两种标记分别对60份大麦种质资源遗传多样性进行了检测。结果发现，两种标记都能揭示材料间较高的遗传多样性，其中ISSR标记多态性又高于RAMP标记。在RAMP分析中，每个引物可扩增出1～10条DNA片段，平均为5.27条；22个RAMP引物共扩增出116条DNA片段，其中98条具有多态性，多态性比率（PPB）为84.48%；平均多态信息量（PIC）为0.277；每个位点有效等位基因数（Ne）为1.602；材料间遗传相似系数GS变化范围为0.551～0.965，平均值为0.830。在ISSR分析中，每个引物可获得1～10条DNA片段，平均为5.95条；19个ISSR引物共扩增出113条DNA片段，其中111条具有多态性，多态性比率（PPB）为98.23%；平均多态信息量（PIC）为0.427；每个位点有效等位基因数（Ne）为2.033；材料间遗传相似系数GS变幅为0.203～0.931，平均达0.676。聚类分析表明，两种标记都能将供试材料完全区分开，聚类结果具有一定的相似性，但也存在明显差异。Mantel检测表明，这两种标记极显著相关（r = 0.346, t = 2.808）。     

香蕉品种(系)遗传多样性的SSR分析

[目的]从分子水平上研究香蕉种质资源的遗传多样性和亲缘关系,建立分子水平香蕉分类系统。[方法]应用SSR技术从分子水平上对32个香蕉品种（系）的遗传关系进行检测。[结果]39对SSR引物在32个品种（系）中扩增带数在4～20个,平均每个SSR座位可检测2.78个多态性带,引物的多态信息量（PIC）在0.45～0.91,平均0.80。依据SSR数据计算的品种间遗传距离在3.06%～43.61%,平均30.73%。[结论]香蕉品种之间存在较为丰富的遗传变异。     

Analysis of the apple fruit acid/low-acid trait by SSR markers

It is necessary to find out the genetic characteristics of malic acid in the course of apple genomic research and breeding. In this study, the SSR marker linked to the acid/low-acid trait in apple fruit was identified from 140 SSR primer pairs, using 91 F1 population hybrids from the intra-specific cross between apple cultivar ‘Dongguang’ and ‘Fuji’ as the experimental materials. Of 140 SSR primer pairs, only primer SDY085 produced a polymorphic band linked to acid trait, and the linkage distance was 8.89 cM. Also, the titrated acid and malic acid in different developmental stages were determined. The SSR marker analysis, coupled with the change of the total acid and malic acid contents, revealed that the acid/low-acid trait was governed by a major gene and acid trait was completely dominant. __________ Translated from Acta Horticulturae Sinica, 2006, 33(2): 244–248 [译自 : 园艺学报]     

太湖稻区32个水稻品种DNA指纹图谱的构建及遗传多样性分析

[目的]采用SSR标记构建太湖稻区16个常规粳稻品种和16个杂交水稻品种DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析.[方法]以筛选出的12对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建太湖稻区32个主要栽植水稻品种DNA指纹图谱,以NTSYS-PCV2.10软件分析遗传多样性.[结果]12对SSR引物在32份材料中共扩增出了47个等位基因,平均每对引物4.7个,变幅2～6个;12对引物的多态性频率（FP）平均值为0.627,变幅0.266～0.833;以遗传相似系数0.74为阚值可将供试32个水稻品种分成4类.[结论]太湖稻区32个水稻品种遗传多样性相对狭窄.     

水稻DH群体的构建及其特征分析

利用花药培养,构建了武运粳8号×农垦57的加倍单倍体群体（DH群体）,其含有130个稳定株系,对该群体农艺性状的调查结果进行分析表明,多数性状符合正态分布,属于多基因控制的数量性状;利用SSR引物进行双亲多态性筛选,其中60对引物具有多态,多态频率约为12．O％,利用这些多态性的SSR标记对各株系基因型进行检测,发现绝大多数SSR位点符合1：1的分离比例。武运粳8号和农垦57对DH群体的贡献率分别为0．504和0．496,这表明：该DH群体是数量性状遗传分析的理想群体。     

核桃属材用核桃SSR标记的遗传多样性分析

以美国黑核桃、核桃楸、青林核桃实生子代及部分普通品种共86份种质资源为试验材料,利用8对SSR引物进行遗传多样性分析及聚类分析。结果表明,8对黑核桃引物共扩增出48条带,其中多态性带44条,占总扩增带的91.67%;遗传多样性指数为0.197 2～0.473 4,Shannon指数为0.304 3～0.666 3。说明黑核桃微卫星在核桃近缘种中能得到有效扩增,可以用于近缘种遗传多样性分析和核桃属种间关系研究。聚类结果表明,青林实生子代具有丰富的遗传多样性,与核桃楸及黑核桃具有明显差异,但与其他普通品种界限不明显。     

雄性榧树遗传多样性的SSR荧光标记分析

  目的  旨在利用SSR荧光标记对榧树雄株5个野生居群的121个单株进行遗传多样性及群体遗传结构分析,为榧树雄株遗传背景、种质资源评价和优良种质筛选提供参考。  方法  采用CTAB法提取榧树基因组DNA,设计引物,通过荧光引物PCR扩增方法,利用毛细管电泳检测技术检测榧树雄株的多态位点。  结果  24对引物共检测到85个等位基因,变幅为2~7个,平均每个标记有3.542个,其中平均有效等位基因有1.915个。5个居群的平均Nei’s遗传多样性指数为0.365,平均Shannon’s信息指数为0.608。5个居群中,多态位点百分比为75.00%~95.83%,平均为82.50%,居群遗传多样性从大到小依次为嵊州居群、临安居群、富阳居群、黄山居群、淳安居群。居群间的基因流为4.172,遗传分化系数为0.096,遗传分化程度很低。聚类分析结果表明:5个居群的遗传相似度为0.865~0.978,平均为0.932。  结论  雄性榧树居群的遗传多样性较丰富。榧树雄株的遗传变异主要存在于居群内,但居群间也存在一定的基因交流。5个居群可以分为3大类群,这与表型的遗传多样性分析结果比较相似。图4表6参32     

Genetic Diversity of Dongxiang Wild Rice (Oryza rufipogon Griff. ) Detected by SSLP Markers

The genetic diversity of Dongxiang wild rice populations was evaluated by using 14 SSR primerpairs. Twelve of the primer pairs amplified polymorphic bands. A total of 70 polymorphic DNA bands weregenerated with average 5. 83 polymorphic bands per primer pair, indicating that the genetic diversity ofDongxiang wild rice was high. Cluster analysis showed that there were highly variant individuals within andamong populations, while others were highly similar to each other. The within-population genetic distanceswere 0.23 - 0.47, being smaller than 0.40 - 0.55 of among-population. Strict management must be taken forthe preservation of Dongxiang wild rice.     

Genetic diversity and population structure of Commelina communis in China based on simple sequence repeat markers

Commelina communis (Asiatic dayflower) is a troublesome weed in China. Genetic variation of 46 C. communis populations from different collection sites in our country was investigated using 12 simple sequence repeat (SSR) primer pairs. Polymorphism analysis results showed high level of genetic diversity among these populations. The alleles (bands) were amplified by these primer pairs. The polymorphic proportion was 18.25%, and the average polymorphism information content was 0.1330. The highest effective number of alleles was 1.9915 at locus YP33, and the lowest value was 1.0000 at both loci YP25 and YP31. C. communis showed major average observed heterozygosity value (0.8655) than that of average expected heterozygosity (0.1330). C. communis populations were divided into three groups on the basis of unweighted pair-group method with arithmetic mean cluster analysis (Dice genetic similarity coefficient=0.772) and genetic structure analysis (K=3), and a principal coordinate analysis. The results of this study further illustrated that C. communis populations contained abundant genetic information, and the 12 SSR markers could detect the microsatellite loci of C. communis genomic DNA. These results might indicate that C. communis maintains high genetic diversity among different populations.     

应用SSR和ISSR标记分析非AA型野生稻资源的遗传多样性

利用SSR、ISSR标记分析了24份非AA型野生稻及4份AA型对照的遗传多样性。结果表明,11对SSR引物共检测到104个多态性片段,平均每个引物扩增多态性片段9.5个。非AA型野生稻的特异性片段74个,占总片段数的71.2%;8个ISSR引物共检测到166个多态性片段,平均每个引物扩增多态性片段20.8个。非AA型野生稻的特异性片段113个,占总片段数的68.7%。两种标记构建的亲缘关系树基本相似。非AA型野生稻遗传多样性丰富,且具有很多独特的性状,可以为水稻育种提供丰富的种质资源。     

中国棉花主栽品种DNA指纹图谱构建及SSR标记遗传多样性分析

[目的]采用SSR标记构建2008年中国3大棉区8个棉花主产省份32份棉花主栽品种的DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析.[方法]从214对候选引物中筛选出36对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建棉花主栽品种DNA指纹图谱.[结果]36对SSR引物在32份材料中共扩增出142种多态性基因型,每...