香蕉根系转录组SSR位点信息分析

分析香蕉根系转录组中的SSR位点信息，并设计SSR引物，为开发新的分子标记奠定基础。利用MISA工具对香蕉根系转录组unigene序列进行SSR检索。从25158条unigene中共发现4663个SSR，分布在3820条unigene序列中，出现频率为18.53%，平均每7.77 kb含有1个SSR位点，共有58种重复基元。香蕉根系转录组中，二、三核苷酸重复基元所占比例最大，分别为40.50%和40.63%；二者分别以AG/CT和AGG/CCT重复基元为主，分别占该重复基元的88.03%和30.83%。SSR重复次数以5~9次为主，基序长度主要分布于12~20 bp，平均长度为18.80 bp。香蕉根系转录组SSR位点频率、密度较高，类型多样，在香蕉遗传多样性研究及分子标记辅助育种中有较大应用潜能。     

芭蕉属rDNA的ITS序列分析

为了研究芭蕉属ITS序列的变异情况和组群关联,以不同地理来源的33份芭蕉属野生种作为试材,对其ITS区进行扩增、测序和序列比对,构建NJ系统树。结果表明：芭蕉属中不同类型材料的ITS序列信息位点为108个,占总碱基数的24.43%,具有较强的系统发育信号;组群间序列比对结果分析发现澳蕉组ITS序列与其他组别相比具有非常显著的差异,特异性片段共21处;从序列上推断澳蕉组可能由M.schizocarpa与M.balbisiana(ITC0271)杂交产生;真蕉组和观赏蕉组没有确切的分类特性;ITS序列的分化上可能受到地理分布的影响;陈友鉴定的新种M.tongbiguanensi在ITS序列上与其他种可明显区分开,从分子水平上验证了新种的可能性。利用核糖体ITS序列对进一步深入研究芭蕉属植物遗传演化关系具有一定的指导意义。     

棉花EST-SSRs在香蕉中的通用性

香蕉SSR分子标记开发和应用有限,通过对棉花SSR分子标记在香蕉中的通用性研究.用1343对棉花EST-SSR引物对贡蕉(AA)和野蕉(BB)两个材料进行转移扩增,得到226对有效扩增的引物.进一步用该226对引物对20个香蕉品种和4个野蕉材料扩增,得到了157对多态性引物.157对多态性引物共扩增到1188个条带,平均7.6个;引物的多态信息含量范围在0.58～0.91之间.依据获得的SSR数据,应用非加权类平均聚类方法,在相似系数0.60水平上,将24个品种分为两大类群,类群Ⅰ是以A基因组为主的品种群,类群Ⅱ是以B基因组和A基因组与B基因组杂交的品种群,证明了棉花EST-SSR分子标记在香蕉中具有通用性.     

猕猴桃果实特异表达异戊烯基转移酶基因植物表达载体的构建

以pBI121质粒为载体,将猕猴桃素基因启动子与ipt编码基因连接,构建猕猴桃果实特异表达ipt嵌合基因。     

香蕉品种(系)遗传多样性的SSR分析

[目的]从分子水平上研究香蕉种质资源的遗传多样性和亲缘关系,建立分子水平香蕉分类系统。[方法]应用SSR技术从分子水平上对32个香蕉品种（系）的遗传关系进行检测。[结果]39对SSR引物在32个品种（系）中扩增带数在4～20个,平均每个SSR座位可检测2.78个多态性带,引物的多态信息量（PIC）在0.45～0.91,平均0.80。依据SSR数据计算的品种间遗传距离在3.06%～43.61%,平均30.73%。[结论]香蕉品种之间存在较为丰富的遗传变异。     

广西主要杧果资源遗传关系的SSR分析

应用SSR技术,对48个杧果品种(系)的遗传关系进行了检测.14个SSR基因座在48个品种(系)中分别扩增出3～6个等位基因,共获得63个等位基因,等位基因数(A)平均为4.50;有效等位基因数(Ne)平均为2.66,各基因座的多态信息含量(PIC)值在0.1929～0.686 3之间,平均0.533 7,平均杂合度观测值(Ho)和期望值(He)分别为0.424 1和0.594 3.品种间的遗传相似系数在0.455 9～0.941 2之间,平均为0.705 3.以桂热杧06-3号与桂热杧06-5号两者之间的相似系数最小,而Keitt与红凯特杧及玉文杧与蜜桃杧之间相似系数最大.UPGMA聚类分析将48个品种分为5大类群.聚类结果表明,在分子水平上,杧果品种间的亲缘关系与胚性无直接关系;且广西本地杧果品种(系)多是象牙杧、青皮杧、吕宋杧或秋杧等的杂交子代或实生后代.     

香蕉冷胁迫相关microRNA差异表达分析

研究香蕉miRNA在冷胁迫处理下的动态表达,初步探索miRNA在香蕉冷胁迫过程中的可能作用。利用茎环引物实时荧光RT-PCR (stem-loop qRT-PCR)策略,检测冷胁迫响应miRNA在5℃冷胁迫处理不同时间点香蕉幼苗叶片中的表达模式。结果表明,在检测的15个香蕉miRNAs中,不同的miRNA 在同一冷胁迫时间下的表达量存在很大差异。根据其表达模式,可将15个miRNA分成4组。组1 和组2中的12个miRNA (miR159e, miR159f, miR160-3p, miR397a, miR399j, miR164e, miR444a, miR408, miR5179, miR530, miR535和miR5538),在5&;#176;C冷胁迫处理下表达量总体为上调,其在胁迫过程中的平均表达水平高于对照CK (0 h) ,说明冷胁迫诱导此类miRNA的表达。第3组包括miR156l、miR162a和miR166a,其在5℃冷胁迫处理各时间点的表达量均低于对照,为下调表达,说明冷胁迫抑制此类miRNA的表达。第4组仅含一个miRNA,即miR156a,除在冷胁迫处理12 h表达量明显上调外,其余时间点均下调表达。对这些miRNAs 作用的靶基因进行预测和分析发现,它们主要参与植物的新陈代谢、信号传导和生长发育过程等。这为进一步验证与低温胁迫相关的目的miRNA 的功能提供理论依据。     

番木瓜果皮和种子总RNA提取方法的研究

CTAB法、SDS法和改良的热硼酸法所提取的番木瓜果皮总RNA产量分别是107.8、90.4和70.4μg/g;种子总RNA产量分别是164.0、204.8和111.2μg/g。用TSSE或TE溶液溶解CTAB法中的LiCl过夜沉淀,得到的总RNA完整性好、纯度高,种子总RNA的产量明显提高,达到300μg/g以上。用CTAB法提取的果皮和种子总RNA已成功用于cDNA合成、文库构建和抑制消减杂交(SSH)等后续分子生物学试验。     

一种简便有效的香蕉小分子RNA提取方法

【目的】提供一种简单、经济、高效的香蕉小分子RNA提取方法,以满足RT-PCR、Northern杂交等分子生物学研究的需要。【方法】以巴西蕉(Musa acuminata L.AAA group,‘Brazilian’)的叶片、雄花、果实和根系为材料,利用改良的CTAB法,结合使用PEG8000分级沉淀DNA和大分子RNA,从而获得小分子RNA。【结果】琼脂糖凝胶电泳显示小RNA带型清晰,无DNA和大分子RNA干扰,说明小RNA质量较好。获得的小RNA经紫外光谱分析其A260/A280的比值在1.872~2.020,产量可达35μg·g-1。以提取的各组织小分子RNA为模板,利用茎环RT-PCR方法在香蕉不同组织小RNA中均检测到mi RNA156a,其扩增片断大小约为70 bp,且测序结果与预测的香蕉mi R156a序列一致。【结论】本实验提供了一种简便高效的香蕉小分子RNA提取方法,可满足RT-PCR、Northern blotting及小RNA文库构建等后续分子生物学研究的需要,为研究人员在实际工作中提供了更多的选择。