溶葡萄球菌素对小鼠肠道菌群结构的影响

【目的】研究溶葡萄球菌素对小鼠肠道菌群结构的影响,为溶葡萄球菌素的食用安全性评估提供参考。【方法】将24只7周龄ICR小鼠随机分为3个试验组和对照组,3个试验组分别提供溶葡萄球菌素含量为1 μg/mL（低剂量）、5 μg/mL（中剂量）和15 μg/mL（高剂量）的饮水10 mL/(只·d),于饮用第0(饮用前),1,3,7,14,21天以及停饮第3,7,14天采集小鼠新鲜粪便样品,采用PCRDGGE技术检测小鼠肠道菌群结构变化。【结果】DGGE图谱显示,各组小鼠试验前后不同时间肠道内的优势菌种相似;经UPGMA聚类分析,与对照组相比,低、中剂量溶葡萄球菌素对小鼠肠道菌群结构影响较小,高剂量溶葡萄球菌素对小鼠肠道菌群结构影响较大;差异性分析结果显示,试验组饮用各阶段带谱与试验前的相似性与对照组相应阶段的相似性差异均不显著（P＞0.05）,溶葡萄球菌素低、中和高剂量组在停饮后第7天带谱与饮用前的相似性分别达到了70.8%,66.9%和63.8%;对图谱中主要条带进行测序和比对分析,结果表明,高剂量溶葡萄球菌素对小鼠肠道中Lactobacillus taiwanensis和1株不可培养细菌有促进作用。【结论】溶葡萄球菌素对小鼠肠道菌群结构的改变具有浓度依赖性,且停饮后小鼠肠道菌群结构有一定程度的恢复。     

加味二术散对断奶仔猪肠道菌群的影响

【目的】研究加味二术散对断奶仔猪回肠、盲肠肠道菌群的影响,为其在生产中的应用提供依据。【方法】选用30日龄断奶仔猪75头,随机分为5个组,即:不做任何处理的空白对照组,饲喂在基础日粮中添加0.2%,0.3%和0.5%加味二术散的3个中药处理组(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)以及饲喂在基础日粮中添加0.5%硫酸粘杆菌素的阳性对照组,每处理3个重复,每重复5头猪。在饲养第1,2,3周无菌采集空白对照组、中药添加Ⅱ组和阳性对照组仔猪回肠、盲肠内容物,采用PCR-DGGE技术分析肠道细菌菌群的结构变化。对DGGE图谱中的差异性和共性条带进行克隆、测序和序列分析,对其对应的菌种进行鉴定。【结果】中药添加Ⅱ组和阳性对照组仔猪肠道菌群的多样性高于空白对照组;盲肠菌群多样性高于回肠。中药添加Ⅱ组和阳性对照组回肠微生物菌群相似性高,均达到82%以上;中药添加Ⅱ组盲肠微生物菌群相似性高于空白对照组和阳性对照组。DGGE图谱中特异条带和共性条带测序结果表明,断奶仔猪回肠、盲肠的肠道细菌主要归属于厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)。【结论】加味二术散能够增加仔猪肠道微生物菌群多样性,改善肠道微生物菌群结构,促进断奶仔猪肠道微生物区系达到新的平衡,防治仔猪腹泻。     

印太地区锯缘青蟹的养殖和育肥

印太地区锯缘青蟹的养殖和育肥中国水产科学研究院信息所王宇锯缘青蟹（Ｓｅｙｌｌａｓｅｒｒａｔａ）在海味爱好者中已经普及。由于在主要消费国家和地区马来西亚、新加坡、台湾省和香港需求量增加，而供应量减少。所以锯缘青蟹正在来源于印太地区国家，包括孟加拉国、印...     

不同养殖方式对鳙肠道细菌群落结构的影响

[目的]评价不同养殖方式对鳙肠道微生物菌群种类及其多样性的影响,为发展鳙的健康养殖提供参考依据.[方法]设生物絮团组、施肥组和网箱吊养组3种养殖方式,经过8周的饲养周期后,运用PCR-DGGE对不同养殖方式下鳙肠道定植菌进行比较分析.[结果]鳙肠道细菌多样性排序为生物絮团组>施肥组>网箱吊养组,其中,生物絮团组与施肥组、生物絮团组与网箱吊养组、施肥组与网箱吊养组的DGGE图谱相似性依次为53.8%、39.4%和42.8%.生物絮团组鳙肠道的特异条带代表α-亚群的葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、绿弯菌(Chloroflexi)和几类不可培养细菌(EU585886.1、FN824844.1、GU498473.1、GU486235.1和JN399992.1);施肥组和网箱吊养组鳙肠道的特异条带代表梭菌属(Clostridium)、气单胞菌属(Aeromonas)及不可培养细菌(EU376178.1).[结论]生物絮团的应用能有效增强养殖鳙肠道微生物菌群组成多样性,降低气单胞菌在鳙肠道的分布,可作为高蛋白饵料类型被鳙摄食.     

家兔肠道微生物ERIC-PCR指纹图谱构建及分析

[目的]构建不同周龄健康家兔及腹泻家兔肠道微生物的ERIC-PCR指纹图谱,分析二者肠道菌群结构的多样性及其差异性,为优化家兔饲养和疾病防治打下基础.[方法]收集l~8周龄健康家兔与腹泻家兔粪便样本,分离肠道微生物并提取其基因组DNA,PCR扩增其16S rDNA与ERIC,构建ERIC-PCR指纹图谱,对不同同龄健康家兔及腹泻家兔肠道菌群结构进行分析.[结果]肠道微生物迅速在1周龄仔兔肠道中定植且总量达最高值,其后不断减少,5周龄后总量趋于稳定,且l周龄仔兔与5周龄后(断奶后)家兔的肠道微生物总量间均存在显著差异(P<0.05).随着周龄的增加,肠道微生物ERIC条带特征发生明显变化,各周龄出现了不同的特征性ERIC条带.与同一周龄健康家兔相比,腹泻家兔肠道微生物ERIC条带明显减少,条带特征存在明显差异,菌群多样性低于健康家兔.[结论]随着周龄的增加,健康家兔的肠道微生物菌群结构和多样性发生明显变化.与同一周龄健康家兔相比,腹泻家兔肠道微生物菌群结构明显改变,多样性明显降低,且出现健康家兔中未出现过的优势菌群,进一步证明肠道微生物菌群结构与家兔生长发育和腹泻存在关联性.     

患兔流行性腹胀病家兔肠道菌群结构的ERIC-PCR指纹图谱分析

[目的]建立患兔流行性腹胀病家兔肠道细菌的DNA指纹图谱,并分析其肠道菌群结构特征的整体差异。[方法]提取流行性腹胀病兔及健康兔肠道内容物细菌总DNA,应用肠杆菌基因间重复共有序列基因扩增技术(ERIC-PCR)建立肠道菌群的DNA指纹图谱,并分析其整体差异。[结果]病兔大肠样本DNA条带明显少于健康兔对照,而小肠样本在二者间无明显差异,说明病兔与健康兔大肠肠道菌群存在整体差异。病兔大肠样本DNA在约350 bp处出现1条主带,同时伴有若干较弱的带,而健康兔对照大肠样本DNA条带均无明显规律。病兔大肠肠道的微生物群落多样性指数为(2.03±0.49),健康兔大肠肠道的微生物群落多样性指数为(3.30±0.31),差异极显著(P0.01)。[结论]兔流行性腹胀病发病兔大肠中肠道菌群结构多样性降低,可能存在单一或几种特定的肠道优势菌群。     

长江华溪蟹β-actin基因cDNA扩增及分子系统发育初步分析

利用RT-PCR技术,扩增了长江华溪蟹(Sinopotamon yangtsekiense)β-actin基因片段,测序并结合GenBank数据库中蓝蟹(Callinectes sapidus)、中华绒螯蟹(E.sinensis)、黑背地蟹(Gecarcinus lateralis)、张口蟹(Neohelice granulata)、远海梭子蟹(Portunus pelagicus)、锯缘青蟹(Scylla serrata)6种蟹的同源序列进行比较。结果显示:在长为338 bp的β-actin同源序列中有115个变异位点,57个单碱基变化位点。7种蟹的种间核苷酸变异值从1.6%到25.3%,碱基替换比值从0.740到4.050,其中锯缘青蟹和远海梭子蟹亲缘关系很近,长江华溪蟹和地蟹、张口蟹亲缘关系较远,而中华绒螯蟹和远海梭子蟹关系较远。用NJ法和ML法构建了分子系统树,得到了相同的拓扑结构。系统发育分析表明长江华溪蟹单独形成一支,与其它海洋蟹的亲缘关系远,支持溪蟹单独划分总科。锯缘青蟹和远海梭子蟹先聚在一起,然后和黑背地蟹聚在一起,再和弓蟹科的张口蟹聚在一起,与传统形态学分类系统稍有不同。     

锯缘青蟹血蓝蛋白酚氧化酶活性研究

以锯缘青蟹Scylla serrata为研究对象,运用亲和层析、聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)、十二烷基璜酸钠(SDS)-PAGE、Western-blot以及酚氧化酶活性测定等方法研究了锯缘青蟹血蓝蛋白的酚氧化酶活性以及几种金属离子对其酚氧化酶活性的影响.研究结果表明,锯缘青蟹血蓝蛋白在没有任何诱导物作用的情况下表现出酚氧化酶活性,胰蛋白酶对此活性有轻微抑制作用;与对照组相比,Ca2 和Cu2 能使血蓝蛋白酚氧化酶活性显著增强,增强率分别为281%和273%;EDTA可显著抑制Cu2 对血蓝蛋白酚氧化酶活性的激活作用,抑制率达78.5%.由此可知,锯缘青蟹血蓝蛋白确有酚氧化酶活性,且受Ca2 、Cu2 等金属离子作用的影响.     

美味青蟹有望大规模人工育苗——厦大专家研究成果通过863计划验收

由厦门大学海洋与环境学院王桂忠教授承担的863计划“锯缘青蟹大规模人工育苗技术”课题最近通过了验收，这表明锯缘青蟹大规模人工育苗是可行的。2004年锯缘青蟹人工育苗的主要进展有三个方面：通过技术处理可以全年获得“抱卵蟹”供育苗使用；在整个育苗阶段可以用人工配合的幼体饲料大比例地取代生物活饵；研究证实了秋季进行锯缘青蟹育苗的可行性。以上三点突破使得锯缘青蟹大规模人工育苗成为可能。     

不同养殖时期刺参肠道内菌群结构的分析

为研究不同养殖时期刺参Apostichopus japonicus肠道内的细菌菌群结构,采用PCR-DGGE技术对DGGE凝胶中的主要条带进行切割、回收、克隆、测序。结果表明:3、4、5、6、9、10月,大连瓦房店海区养殖刺参肠道内细菌16S r DNA-V3可变区序列经PCR扩增及DGGE电泳后分别获得49、49、54、53、52、51个条带;3月与9月的菌群结构相似度最高,为67.9%,4月与10月次之,为63.8%;经条带序列分析得到43个主要条带对应的核酸序列,11个与未培养菌相似,32个与归属为7个细菌类群的细菌序列相似,包括α-变形菌纲、γ-变形菌纲、δ-变形菌纲、黄杆菌纲、蓝藻纲、绿弯菌门、疣微菌门;α-变形菌纲、γ-变形菌纲、黄杆菌纲是不同养殖时期刺参肠道内的主要细菌群落,其中γ-变形菌纲所占比例最高,达25.00%~35.71%,除3月和9月外,黄杆菌纲的相对含量均高于α-变形菌纲。研究表明,春秋两季刺参肠道内菌群结构呈现类似的演替变化规律,α-变形菌纲所占比例下降,而γ-变形菌纲与黄杆菌纲所占比例上升。     

斑马鱼肠道细菌的16S rDNA分子鉴定及PCR-SSCP分析

为了解斑马鱼Danio rerio肠道细菌多样性,采用细菌分离纯化、16S r DNA基因分子鉴定技术,对斑马鱼肠道细菌进行PCR-SSCP分析。结果表明:从斑马鱼肠道分离纯化出12株细菌,分别命名为Zf1、Zf2、Zf3、Zf4、Zf5、Zf6、Zf7、Zf8、Zf9、Zf10、Zf11和Zf12,其中对7株分离菌构建p MD18-T/16S r DNA的阳性克隆测序显示,Zf1、Zf11菌株与Aeromonas veronii的16S rDNA序列一致性为99%,Zf4、Zf8菌株与Sphingomonas sp.的一致性为99%,Zf5菌株与Bacillus subtilis的一致性为99%,Zf7菌株与Aeromonas sp.M10的一致性为99%,Zf10菌株与uncultured bacterium clone GI3-M-5-G01的一致性为92%;16S r DNA分子鉴定表明,Zf1、Zf7和Zf11属于气单胞菌属Aeromonas,Zf4、Zf8属于鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas,Zf5属于芽孢杆菌属Bacillus,Zf10为一种新菌株;采用PCR-SSCP技术对12株细菌16S r DNA基因V3区进行多态性分析,结果显示,斑马鱼肠道细菌16S r DNA基因V3区存在多态性,其中Zf1与Zf11菌株带型一致,Zf4与Zf8菌株带型一致。本研究结果可为揭示鱼类肠道菌群结构对其生命活动的影响提供科学参考。     

一株大凉疣螈肠道弗氏柠檬酸杆菌的分离及其药敏试验

首次从大凉疣螈（Tylototriton taliangensis）肠道分离获得弗氏柠檬酸杆菌（Citrobacter freundii）,利用分子生物学方法对其16SrD—NA进行了扩增测序,并与GenBank中已有的有关序列进行比较,进行了系统发育分析．．测序结果表明,16SrDNA与GenBank中序列同源率在98％～99％,分离的菌株与GUl26681（C．freundii MRB0903）处于同一分支中;序列同源性及系统发育树表明,此菌为弗氏柠檬酸杆菌;药敏试验表明,弗氏柠檬酸杆菌对氨苄西林及头孢噻吩中介,对其余药物均敏感。     

粘虫肠道细菌群落多样性的PCR DGGE指纹图谱分析

研究东方粘虫[ Myth imna se parata (Walker)]肠道细菌的多样性.采用常规分离培养与分子鉴定相结合的方法,并以16S rDNA作为分子标记的变性梯度凝胶电泳(DGGE)对肠道细菌进一步分离,DGGE分离样品是研磨提取粘虫中肠组织DNA、提取培养混合菌DNA及直接以培养混合菌为模板进行PCR扩增的产物.结果表明,共得到DGGE条带19条,其中肠组织研磨提取DNA的DGGE条带最多,为17条;直接以培养混合菌液为模板进行PCR扩增次之,为13条;培养混合菌液提取DNA的条带最少,为12条.传统方法和分子生物学方法相结合研究肠道微生物多样性时能获得更全面的微生物信息,可采用培养混合菌提取DNA再结合其他方法进行后续研究.     

3龄思茅松毛虫幼虫肠道好氧细菌的分离及ARDRA多态性分析

从3龄思茅松毛虫(Dendrolimus kikuchii)幼虫肠道样品中分离得到11株好氧细菌.以细菌基因组DNA为模板,扩增16 S rDNA,并用4种限制性内切酶HaeⅢ和HindⅢ、HinfⅠ和TaqⅠ对PCR扩增产物进行ARDRA多态性分析.对聚类图谱的分析结果发现11株好氧细菌在70％的遗传相似度水平上聚成4个不同分类操作单元(OTU),表明3龄松毛虫中肠道内好氧细菌的遗传多样性水平偏低.     

烟草黑胫病菌拮抗细菌的筛选与鉴定

从烟草根际土壤分离到107个细菌分离物,通过室内平板对峙培养筛选,筛选到13株对烟草黑胫病菌有拮抗作用的菌株,其中,LZ-7菌株的室内平板抑菌效果最好,抑菌圈直径达27.82 mm。经盆栽试验,LZ-7、A3控病作用较好,防治效果分别达59.12%和55.84%。通过16 S rDNA序列测定与分析,LZ-7与Bacillus pumilus的同源性为99%,初步鉴定证明该菌株属于短小芽孢杆菌。     

柑桔黄龙病亚洲种病原(Candidatus Liberobacter asiaticus)16S rDNA 的PCR-SSCP分析

应用PCR—SSCP技术对我国柑桔主要产区、泰国和法国留尼湾等地收集到的柑桔黄龙病亚洲种病原（Candidatus Liberobacter asiaticus）16S rDNA进行了分析。PCR结果表明,不同的地区的柑桔黄龙病亚洲种16S rDNA在长度上没有明显区别。进一步的SSCP结果显示,不同地区柑桔黄龙病亚洲种16S rDNA序列在组成上也没有差异。显示来自不同地区、不同寄主品种的柑桔黄龙病亚洲种种内没有存在明显差异。     

柑桔黄龙病亚洲种病原（Candidatus Liberobacter asiaticus）16S rDNA的PCR—SSCP分析

应用PCR—SSCP技术对我国柑桔主要产区、泰国和法国留尼湾等地收集到的柑桔黄龙病亚洲种病原（Candidatus Liberobacter asiaticus）16S rDNA进行了分析。PCR结果表明,不同的地区的柑桔黄龙病亚洲种16S rDNA在长度上没有明显区别。进一步的SSCP结果显示,不同地区柑桔黄龙病亚洲种16S rDNA序列在组成上也没有差异。显示来自不同地区、不同寄主品种的柑桔黄龙病亚洲种种内没有存在明显差异。     

3种DNA提取方法对养殖池塘不同生境菌群PCR-DGGE分析的影响

比较3种DNA提取方法(溶菌酶法、CTAB法及珠磨法)对养殖池塘几种生境(底泥、饲料、草鱼肠道内容物及肠道壁)菌群PCR-DGGE分析的影响。结果表明,以3种提取方法获得的DNA为模板均能进行16S rDNA V3区特异性片段扩增;但不同DNA提取方法对池塘不同生境菌群DGGE指纹图谱存在显著影响。DGGE指纹图谱显示草鱼肠道内容物菌群(溶菌酶法)与肠道壁菌群(溶菌酶法)存在较高一致性,底泥菌群(CTAB法)及饲料菌群(溶菌酶法)与鱼体肠道菌群(包括内容物菌群和肠道壁菌群)则存在明显差异,但肠道菌群与底泥菌群的相似度相对更高。研究提示采用微生物分子生态学工具对养殖池塘不同生境进行菌群结构分析时,需提前优化DNA提取方法;在以投饲为主的养殖鱼塘中,草鱼肠道菌群更多源自于池塘底泥。     

双齿围沙蚕消化道共栖微生物菌群多样性的PCR-DGGE分析

将采自青岛市沿海潮间带的双齿围沙蚕Perinereis aibuhitensis(体质量为4～5 g)置于无菌海水中暂养24 h后,分别从5条双齿围沙蚕消化道中提取微生物基因组总DNA,应用细菌16S rDNA通用引物341f/534r进行细菌16S rDNA基因V3高变异区的PCR扩增,再将PCR产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),从而获得样品消化道共栖微生物群落特征的DNA指纹图谱。通过对指纹图谱半定量分析发现,采集的双齿围沙蚕消化道共栖微生物菌群多样性丰富,优势条带明显,不同个体间既存在共同的微生物种属,也有各自特异的种属。其中存在一条共同的优势条带,但优势条带含量存在个体间差异。分别对DGGE指纹图谱中公共条带序列进行测序比对,结果表明,产丙酸菌属Propionigenium分别为5个样品中的优势菌群,假交替单胞菌属Pseudoalteromonas广泛分布于双齿围沙蚕消化道中。研究表明,基于16S rDNA的PCRDGGE图谱技术是分析双齿围沙蚕及其他海洋沉积食性无脊椎动物消化道微生物菌群结构较为有效的手段。