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【目的】研究锦鲤(Cyprinus carpio var.koi)肠道的菌群组成结构及多样性,为深入研究锦鲤肠道菌群的功能及肠道不同部位的生理功能的分化提供参考。【方法】收集锦鲤前肠、中肠和后肠的肠道细菌,通过传统培养技术,采用细菌微量生化鉴定管对肠道细菌进行各项生理生化指标的测定;分别提取3个肠段的肠道菌群基因组DNA,进一步采用16S rDNA高通量测序技术,分析3个肠段的菌群组成和生物多样性。【结果】前肠、中肠和后肠样本测序后分别得到48659、47013和47819条有效序列,按97%相似性水平划分OTU后,分别得到1555、1294和1423个OUTs。α多样性分析结果显示,后肠菌群样本的Shannon指数、Chao1指数最高。在门水平上,前肠、中肠和后肠丰度最高的5个菌门均是变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和黏胶球形菌门(Lentisphaerae),推测这些菌门是锦鲤肠道的核心细菌类群,但各菌门在不同部位的相对丰度有差异。构建的物种丰度热图显示相对丰度最高的前10类菌属相同,但某些菌属在肠道不同部位的相对丰度有较大差异,如代尔夫特菌属(Delft)、弓形菌属(Toxoplasma)。UniFrac分析显示中肠和后肠的肠道菌群聚为一支,表明这2个部位菌群组成结构相似度较高。【结论】锦鲤肠道不同部位具有独特的菌群结构,可能会影响肠道不同部位功能的分化。 相似文献
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研究从患病蝶尾金鱼(Butterfly)肝脏中分离获得的1株病菌,为金鱼疾病防治提供参考。分离纯化获得1株细菌,编号为DW-1,通过细菌形态观察、理化特性、16S rDNA序列分析等方法进行鉴定。结果表明DW-1菌株为革兰氏阴性短杆菌,可发酵葡萄糖产气,赖氨酸脱羧酶、硝酸盐还原等为阳性;进一步通过PCR方法扩增16S rDNA序列,测得长度为1 385 bp,与维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)相似性为99%~100%;构建系统发育树与维氏气单胞菌温和生物变种(A.veronii biovar sobria)模式菌株ATCC9071聚为一支。最终鉴定该菌株为维氏气单胞菌温和生物变种。人工感染试验结果表明,对斑马鱼半数致死量(LD_(50))为1.17×10~6CFU/m L。药敏试验结果显示该菌株对头孢克肟、头孢哌酮、链霉素、恩诺沙星、诺氟沙星、左氟沙星、复方新诺明等23种药物敏感。 相似文献
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[目的]了解海产品、盐渍类食品中的中度嗜盐菌资源,探究其生理生化特性。[方法]对海产品、盐渍品样品进行分离纯化,获得11株中度嗜盐菌,对各菌株的形态进行观察,进行生理生化特征测试。[结果]11株中度嗜盐菌中7株为杆菌,其中JD6、HYD2、NY80和NY11革兰氏阳性,其他革兰氏阴性,JD6和JD910产生芽孢;4株为球菌,其中NY3和NY12革兰氏阳性,XH1和JH3革兰氏阴性。11株细菌在0~20%NaCl条件下生长,均分解葡萄糖产酸,产生过氧化氢酶、赖氨酸和鸟氨酸脱羧酶,不产生H2S;菌株XBD1、XH1、NY3J、H3和NY12在TCBS与SS琼脂上均能生长,NY11和JD910在SS琼脂上生长。11株细菌对氨苄青霉素和青霉素不敏感,对利福平敏感。11株细菌对小鼠无致死性。[结论]该研究为合理开发利用嗜盐微生物资源提供了参考。 相似文献
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弗氏柠檬酸杆菌感染诱导斑马鱼皮肤免疫相关基因的差异表达 总被引:2,自引:1,他引:1
从草鱼肠道中分离到1株细菌,通过形态学观察、生理生化特征和16S rDNA序列分析等鉴定为弗氏柠檬酸杆菌,动物试验结果表明,该菌对斑马鱼有致病性;从感染诱导的斑马鱼皮肤组织中提取总RNA,经Biotin荧光标记与拥有15 617个cDNA片段的斑马鱼基因芯片(affymetrix)杂交筛选分析,获得斑马鱼皮肤免疫相关差异表达基因88个,其中有74个上调表达基因和14个下调表达基因;进一步根据基因功能聚类(GO)分析,初步将88个差异表达基因分为8个生物学功能,其中主要参与补体激活、急性期反应、应激防御反应、细胞凋亡、抗原加工提呈、细胞迁移粘附、凝血因子和血小板激活等免疫应答过程;同时进行信号通路(pathway)分析,结果表明MAPK(hsp70、daxx、nfkbiab)、JAK/STAT(ifn1)和TGF-β(thbs1)等信号通路参与斑马鱼皮肤抗弗氏柠檬酸杆菌感染免疫应答。采用基因芯片方法筛选与鱼类皮肤免疫相关的功能基因,为将来以斑马鱼为模型研究鱼类皮肤局部免疫应答的分子机制提供科学依据。 相似文献
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鲤鱼肠道细菌的分离纯化及其生理生化研究 总被引:1,自引:0,他引:1
从鲤鱼肠道中分离纯化细菌,并进行生理生化特性、药敏试验研究。结果表明,CC-1和CC-2菌株都可产生苯丙氨酸脱氢酶,都可以利用葡萄糖产气,CC-1菌株能使赖氨酸脱羧酶和鸟氨酸脱羧酶使这两种氨基酸脱羧生成胺和二氧化碳,CC-2菌株则不能产生;CC-1、CC-2菌株对头孢菌素类、氨基苷类、大环内酯类、磺胺类等抗生素敏感,对氨苄青霉素、利福平、萘乙酸、头孢噻吩、先锋霉素等具有不同程度的抗性。该研究对治疗鱼类疾病以及合理开发利用鱼肠道微生物资源提供了参考。 相似文献
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从发病鲇鱼体内分离出1株革兰氏阴性细菌SJ-2,通过细菌形态学观察、理化特性、16S rDNA测序以及构建系统发育进化树分析,表明SJ-2菌株葡萄糖产气、氧化酶、硝酸盐还原为阳性,鸟氨酸脱羧酶、硫化氢为阴性等;进一步采用PCR方法扩增16S rDNA序列,测序获得片段大小为1 401 bp,与Aeromonas allosaccharophila模式菌株ATCC51208序列相似性达99.64%;构建系统发育树分析显示分离菌与Aeromonas allosaccharophila自然聚为一支,最终判定SJ-2菌株为异嗜糖气单胞菌(A.allosaccharophila)。人工腹腔注射斑马鱼死亡率达100%,病鱼呈现体色变白、腹水等症状。药敏试验结果显示对头孢克肟、头孢哌酮、头孢噻肟、诺氟沙星、左氟沙星、氟苯尼考等药物敏感,对阿莫西林、氨苄西林、磺胺异唑、复方新诺明等耐药。首次报道鲇源异嗜糖气单胞菌的分子鉴定与药敏特性,旨在为该病防治提供参考。 相似文献