牡丹SRAP反应体系的建立及正交设计优化

采用L16(45)正交试验设计,对牡丹SRAP(sequence related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)反应体系中的Mg2+浓度、Taq聚合酶、dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA浓度5因素4水平正交优化,建立了适合于牡丹基因组的SRAP-PCR优化扩增反应体系,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,dNTPs为0.3 mmol/L,Taq酶1.5 U,引物为0.4μmol/L,模板DNA 1.0 ng/μL,总体积20.0μL。     

正交设计优化广藿香基因组SRAP扩增体系的研究

以改良CTAB法提取的广藿香叶片DNA为模板,采用正交试验设计,从Mg2+、dNTP、引物浓度和DNA聚合酶4因素3水平,对SRAP扩增效果进行研究,比较不同模板DNA浓度对PCR扩增的影响,确立适合广藿香SRAP-PCR反应的最佳体系.利用SRAP-PCR优化体系对引物进行了全面筛选.结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响,总体积20μL的SRAP-PCR优化反应体系中含有:2 μL 10×buffer、20 ng模板DNA、1.5 mmol/L Mg2+、250 μmol/L dNTP、0.3 μmol/L Primer、Taq DNA聚合酶1.5 U.运用该体系对部分广藿香单株进行检验,证明该体系稳定可靠;以此体系为基础从90对引物中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物18对.     

正交设计优化莲雾ISSR-PCR反应体系

以莲雾品种‘农科一号’为试材,采用经改良的CTAB法提取莲雾叶片的DNA,探讨了Mg2+、dNTPs、引物浓度、Taq聚合酶、模板DNA含量对莲雾ISSR-PCR的影响。建立了总体积为25μL的莲雾ISSR-PCR反应体系:Mg2+浓度为3.0mmol.L-1﹑dNTP浓度为0.2mmol.L-1﹑primer浓度为0.4μmol.L-1﹑Taq DNA聚合酶1.5U﹑模板DNA含量为30ng,并含2.0μL 10×PCR Buffer(Mg2+free)。应用该反应体系对‘农科一号’和‘农科二号’进行ISSR-PCR扩增,共筛选出12条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物。     

正交设计优化辣椒SRAP-PCR反应体系及引物筛选

以辣椒基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计,对SRAP反应体系中的5种关键因素(Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA)进行优化,结果表明,辣椒SRAP-PCR最佳反应体系为:Taq DNA 聚合酶0.75 U、Mg2+ 0.6 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、引物0.8 μmol/L、模板DNA 50 ng,总体积为10 μL.运用该体系对辣椒3份种质材料进行验证,证明该体系稳定可靠,并从198个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的35个引物组合.该体系的建立与多态性引物组合的筛选为SRAP标记技术在辣椒分子遗传学中的应用提供科学依据.     

蛇莓RAPD与ISSR-PCR反应体系优化

采用单因素试验结合正交试验,对PCR反应体系中的5种主要反应因子Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物、模板DNA浓度进行优化筛选,确立了适合蛇莓基因组DNA的RAPD和ISSR反应体系,RAPD反应体系(20μL):Mg2+1.5 mmol/L、dNTPs 250μmol/L、Taq酶1 U、引物0.2μmol/L、DNA模板60 ng;ISSR反应体系(20μL):Mg2+2.0 mmol/L、dNTPs 250μmol/L、Taq酶0.5 U、引物1μmol/L、DNA模板60 ng。利用确立的体系对24份蛇莓种质进行扩增,结果条带清晰明亮,多态性好。     

木薯SCoT-PCR反应体系优化及引物筛选

【目的】优化木薯SCoT-PCR反应体系并进行SCoT引物筛选,为木薯辅助育种提供技术支持。【方法】以木薯品种新选048为材料,利用正交试验设计对DNA模板量、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶量等因素进行优化,确定木薯最佳SCoT-PCR反应体系,并用其进行SCoT引物筛选。【结果】木薯最佳SCoT-PCR反应体系(20.0μL):模板DNA 60 ng,引物浓度0.30μmol/L,TaqDNA聚合酶1.5 U,Mg2+1.50 mmol/L,dNTPs 0.25 mmol/L。利用该体系筛选出19条SCoT引物,能稳定扩增出数量多、清晰可辨且多态性丰富的条带。【结论】优化的木薯SCoT-PCR反应体系检测结果稳定,重复性好,且筛选出的19条引物均适用于木薯遗传多样性分析。     

利用正交设计优选菜心ISSR-PCR反应体系(英文)

利用正交设计L16(44)探讨引物、Taq聚合酶、dNTPs、Mg2+对菜心ISSR-PCR反应的影响.得到适合菜心IS-SR-PCR反应的最佳体系:在25μL反应体系中含2.5μL 10×buffer,2.0 mmol/L Mg2+,0.5UTaqDNA聚合酶,0.24 mmol/L dNTPs,0.5μmol/L引物,60 ng DNA模板.     

辣椒SRAP-PCR反应体系优化及杂交群体多态性引物筛选

[目的]对辣椒SRAP反应体系进行研究和优化,并利用优化体系对164对多态性引物进行筛选。[方法]采用单因素随机试验设计和L25(65)正交试验设计对辣椒SRAP反应体系中6种关键因素(退火温度、Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA)进行体系优化,并以"泡椒"×"青皮大椒"的亲本和F1代为材料,利用聚丙烯胺酰胺凝胶进行筛选。[结果]辣椒SRAP-PCR的最佳反应体系为:退火温度35.5℃,Taq DNA聚合酶1.0 U,模板DNA 2.25 ng/μl,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.4μmoL/L,Mg2+2 mmol/L,总体积为20μl。利用该体系,从164对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富、条带稳定的31对引物组合。[结论]该体系的建立与多态性引物组合的筛选为SRAP标记技术在辣椒育种中的应用奠定了基础。     

火焰兰属SRAP-PCR 体系的建立优化及验证

为建立火焰兰SRAP-PCR体系,采用U20(55)均匀试验设计,以10份火焰兰种质基因组DNA为模板,用3对SRAP引物对DNA模板、Mg2+、引物、Taq DNA聚合酶和dNTPs等5个因素的浓度进行优化组合和验证.结果表明,提取的火焰兰基因组DNA纯度高、完整性好;利用引物对Me6/Em6进行PCR扩增,对20个处理初步筛选出扩增条带较清晰,多态性丰富的处理,再用2个DNA模板进行复筛,获得最佳反应体系(20μL):模板DNA 60 ng、Mg2+2.0 mmol/L、引物1.0 μmol/L、Taq DNA聚合酶1.2 U、dNTPs 0.20 mmol/L.最后用2对引物、8份火焰兰种质来验证优化SRAP-PCR体系,其所获条带清晰,多态性丰富.     

麻疯树SRAP-PCR反应体系的优化

采用L9(45)正交设计对影响麻疯树SRAP反应的5个因子(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验,PCR结果采用SPSS13.0进行分析。结果表明,各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+dNTPs引物Taq酶DNA模板。对SRAP反应结果影响较大的3个因子(Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度)进行单因素试验,确立麻疯树SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+2.5 mmol/L、引物0.4μmol/L、dNTPs150μmol/L、DNA模板60 ng、Taq酶0.5 U。将该体系用于麻疯树的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。     

正交设计优化花菜类SRAP分子标记体系的研究

采用正交设计,从Mg^2＋、dNTPs、引物三种因素3个水平对青花菜SRAP反应体系进行优化,确立适合青花菜的SRAP反应体系,并在6个青花菜和花椰菜品种中进行验证。结果表明：20μ/L反应体系中适宜体系的浓度dNTPs为0．2mmol／L、Mg^2＋为1．25mmol／L、上下引物各0．4μmol／L、DNA为20ng、Taq酶1．2U、退火温度为50℃。     

大花君子兰ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以大花君子兰为材料研究了PCR反应体系的主要成分及退火温度对君子兰ISSR扩增结果的影响,并对影响PCR反应体系的主要成分及退火温度进行筛选和优化,确立了适合君子兰ISSR-PCR分析的最佳反应体系:在20μL的反应体系中,Mg2+为2.0 mmol/L,模板DNA用量为50 ng/μL,Taq酶0.4 U,dNTPs浓度为0.15 mmol/L,引物浓度为0.4 mmol/L。筛选出了13个适宜君子兰遗传分析的ISSR引物,确定最适宜退火温度为52~56℃。     

单雌蓖麻ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以单雌蓖麻提取的基因组DNA为材料,采用单因子试验方法,分别研究了Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶以及模板DNA用量5种因素对ISSR-PCR反应的影响;建立了适合单雌蓖麻IS-SR-PCR扩增的反应体系,即在20μL反应体系中,10×PCR buffer 2.5μL(Mg2+free),模板DNA 20 ng,2.0mmol/L MgCl2,引物浓度1.0μmol/L,dNTP 0.4 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.0 U。     

香蕉ISSR反应体系的建立

以35份香蕉品种为材料,采用正交设计L25(56)对PCR反应中的DNA质量浓度、TaqDNA聚合酶用量、Mg2+浓度、引物浓度、退火温度及甲酰胺浓度等6个因素在5个水平上进行了优化试验.建立了稳定的、可重复的香蕉ISSR最佳反应体系和PCR扩增参数.确定在25μL的反应体系中,DNA模板质量浓度为0.8 ng/μL,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,dNTPs浓度为0.3 mmol/L,引物浓度为0.2μmol/L,Taq酶为1.25 U,退火温度为52℃.     

"循化红"线辣椒SRAP-PCR反应体系的优化与建立

[目的]建立适合于“循化红”线辣椒基因组的SRAP-PCR优化扩增反应体系。[方法]采用L16（4^5）正交试验设计,对“循化红”线辣椒SRAP反应体系中的Mg^2＋浓度、Taq聚合酶、dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA浓度进行5因素4水平正交优化。[结果]“循化红”线辣椒的最佳SRAP—PCR反应体系为：Mg^2＋浓度为2．0mmol／L,dNTPs为0．5mmol／L,Taq酶0．5U,引物浓度为0．4μmol／L,模板DNA浓度为1．0ng/μl,总体积20μl。[结论]该体系的建立为SARP标记技术应用于“循化红”线辣椒种质资源的收集与利用,品种的鉴定、标记辅助育种等方面奠定了良好的试验基础。     

珍稀濒危竹种筇竹(Qiongzhuea tumidinoda)RAPD反应条件的优化

以宜宾筇竹为材料建立了筇竹RAPD反应优化体系,用于筇竹遗传多样性分析,以改进的CTAB法提取筇竹叶片总DNA,分别测试了镁离子浓度、dNTP浓度、引物浓度、模板DNA含量、DNA聚合酶量对反应结果的影响。通过对各因子的组合比较,建立了筇竹RAPD反应优化体系:20μL PCR反应体积,10×Taq酶配套缓冲液(2μL);1.25 U Taq酶;75 ng模板DNA;45 ng引物;1.88 mmol/L MgCl2;0.19 mmol/L dNTP。     

水曲柳SRAP分子标记反应系统的优化

以水曲柳叶片DNA为模板,利用SRAP(相关序列多态性)技术及L_(16)(4~5)正交试验和单因子试验方法,分析了不同浓度的DNA模板、Mg~(2+)、dNTP、引物、TaqDNA聚合酶对扩增结果的影响,最终确立的PCR最佳反应系统为:20μL体系中,2×PCR buffer、DNA模板50～100ng,Mg~(2+) 的浓度2.0mmol/L,dNTP0.15mmol/L,引物0.30μmol/L,TaqDNA聚合酶1.0U;最佳退火温度50℃.在此反应系统下,所扩增谱带清晰、稳定、多态性高.     

利用正交设计优化芦笋SRAP反应体系

以芦笋（Asparagus offinalis L．）为材料,对影响SRAP—PCR扩增结果的因素dNTPs、TaqDNA聚合酶、Mg2＋、引物、模板DNA进行了正交优化设计的研究。结果表明,适合芦笋SRAP—vcR析的最佳反应体系：20μL的反应体积中包括0．2mmol／LdNTPs0．4gL;1UTaqDNA酶1．0gL;1．5mmol／LMg2 1．2μg;上下引物各30ng,每个引物O．5此;60ng模板DNA1．1.0μL;10Buffer2．0凼无菌双蒸水13．4此。为今后利用SRAP标记技术研究芦笋的遗传多样性奠定基础。     

棉花DNA提取及优化SSR反应体系的建立和应用

对棉花DNA提取程序和SSR反应体系进行了研究。利用正交设计对模板DNA、引物、Taq酶和Mg^2＋浓度4种成分以3个梯度进行优化和选择,结果表明,最优反应体系为15μL,其中含有：10×Taq buffer 1．5μL、Mg^2＋（25mmol／μL）1．5肛L、dNTPs（25mmol／μL）2．0μL、引物（20pmol／μL）各2．0μL、Taq酶（2．0U／μL）0．15μL、DNA模板（25ng）3．0μL、ddH2O补至15μL。采用建立的反应体系,利用8对引物对3个品种进行扩增,6％的变性聚丙烯酰氨凝胶电泳检测结果显示该体系扩增结果清晰稳定。