锯缘青蟹Sox基因的PCR扩增

SRY基因(sex-determining region of the Y chromosome)是人类及哺乳动物睾丸决定因子TDF(testisdetermining factor)的最佳候选基因。SRY蛋白含有204个氨基酸,其中1个约79个氨基酸区域即HMG盒(high mobility group box)是SRY基因编码蛋白质的唯一功能区。由于SRY的发现,人们进而发现了1个庞大的与性别决定有关的SRY盒-Sox(SRY-related HMG box gene)基因家族。锯缘青蟹是我国重要的海洋经济蟹类之一,其性染色体和性别决定机制仍处于进化的早期阶段,在分子水平上探讨其性别决定机制尚不多见。通过采用PCR技术,以特异扩增人SRY基因HMG盒保守区的1对兼并引物,扩增了锯缘青蟹基因组的Sox基因。结果表明锯缘青蟹雌雄个体与人一样,均能扩增出1条大小约为216bp左右的基因片段,显示出该基因在进化上的高度保守性,为探索锯缘青蟹的性别决定机制及Sox基因的进化提供了分子资料。     

尼罗罗非鱼Sox基因PCR—SSCP分析

参照人SRY基因HMG—box保守区序列,设计1对兼并引物,采用PCR技术扩增了尼罗罗非鱼Sox基因,在雌、雄尼罗罗非鱼个体中均扩增出5条带,大小分别约为200、400、600、800、1200bp,回收200bp左右扩增产物进行克隆,阳性克隆采用SSCP分析,筛选不同基因片段。进一步对筛选的不同基因进行测序,结果获得了5个不同的228bpSox基因,与Gen-Bank联机．采用BLAST方法与人类相应SOX基因进行序列比对,发现其与人类相应SOX蛋白的氨基酸序列一致性分别为97．2％、97．2％、94．4％、96％、88．2％,显示出这些基因在分子进化上具有高度的保守性。     

中华大蟾蜍Sox基因的PCR—SSCP分析

Sox基因家族是一个参与发育的基因家族,该家族的基因都含有一个高泳动的HMG-box,在不同物种中高度保守。笔者参照人SRY基因HMG—box保守区序列设计引物．PCR扩增中华大蟾蜍的HMG-box保守区核酸序列,并利用PCR-SSCP技术对其进行保守性分析。在雌雄中华大蟾蜍中均扩增出220bp大小的片段,通过PCR—SSCP分析发现,在不同个体中该Sox基因高度保守,无多态,暗示该基因在中华大蟾蜍中的重要作用。     

大鳞副泥鳅Sox基因保守区的克隆与特征分析 

为探讨大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)的性别决定与分化机制,采用Sox基因HMG盒保守区的2对简并引物,SoxN与Sox9,用以扩增大鳞副泥鳅的基因组DNA,并对其性腺组织进行RT-PCR分析。SoxN引物扩增基因组DNA共获得pdSox1、pdSox2、pdSox3、pdSox4、pdSox11、pdSox14、pdSox19、pd-Sox21等13个Sox基因,分属SoxB与SoxC类群;Sox9引物扩增基因组DNA共获得pdSox8、pdSox9等5个Sox基因,属于SoxE类群,这5个Sox基因均含有一个内含子,且内含子的起始位置一致。基于Sox基因HMG盒蛋白质的遗传距离构建的NJ系统进化树表明,大鳞副泥鳅18个Sox基因在小鼠或斑马鱼中均能找到相应的Sox直系同源基因,其中,pdSox4、pdSox8、pdSox9、pdSox11、pdSox14、pdSox19等6个基因存在基因加倍现象,具有2个或2个以上的拷贝。用Sox9引物对大鳞副泥鳅的性腺进行RT-PCR扩增和测序分析,结果表明,在精巢中表达的是pdSox9a,在卵巢中表达的是pdSox8a。以上结果表明,pdSox8与pdSox9是大鳞副泥鳅的性别相关基因,它们可能在大鳞副泥鳅的性别分化中发挥作用。     

Cloning and characterization of conservative region sequences of Sox genes in Paramisgurnus dabryanus

为探讨大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)的性别决定与分化机制,采用Sox基因HMG盒保守区的2对简并引物,SoxN与Sox9,用以扩增大鳞副泥鳅的基因组DNA,并对其性腺组织进行RT-PCR分析.SoxN引物扩增基因组DNA共获得pdSox1、pdSox2、pdSox3、pdSox4、pd Sox11、pdSox14、pdSox19、dSox21等13个Sox基因,分属SoxB与SoxC类群;Sox9引物扩增基因组DNA共获得彬Sx8、pdSox9等5个S凹基因,属于SoxE类群,这5个Sox基因均含有一个内含子,且内含子的起始位置一致.基于Sox基因HMG盒蛋白质的遗传距离构建的NJ系统进化树表明,大鳞副泥鳅18个Sax基因在小鼠或斑马鱼中均能找到相应的Sax直系同源基因,其中,pdSox4、dSox8,pdSox9、pdSoxll、pd Sox14、pdSox19等6个基因存在基因加倍现象,具有2个或2个以上的拷贝.用Sox9引物对大鳞副泥鳅的性腺进行RT-PCR扩增和测序分析,结果表明,在精巢中表达的是pdSoxga,在卵巢中表达的是pdSoxSa.以上结果表明,pdSox8与pdSox9是大鳞副泥鳅的性别相关基因,它们可能在大鳞副泥鳅的性别分化中发挥作用.     

泰国斗鱼Sox9基因的克隆及组织表达研究

[目的]克隆性别调控基因Sox9的cDNA序列,为后续开展Sox9分子进化及性别调控功能的研究提供参考。[方法]从泰国斗鱼中克隆鉴定出Sox9基因的cDNA序列全长,并展开序列分析及在雌雄个体中的组织分布研究。[结果]利用Smart-RACE的分子克隆方法,从泰国斗鱼精巢中克隆得到Sox9基因的cDNA序列,全长为2 201 bp,其中开放读码框1 449 bp;氨基酸比对分析显示Sox9氨基酸序列中的HMG序列的保守性相当高;通过系统进化树分析发现泰国斗鱼Sox9与半滑舌鳎的亲缘关系最近;利用RT-PCR的方法检验了泰国斗鱼Sox9基因在雌雄个体中的组织分布,结果发现泰国斗鱼Sox9基因在雌性的肌肉中表达量最高,其次在脑和肠中,而在卵巢未检测到表达信号;在雄性中,Sox9基因在脑和精巢中的表达量最高。[结论]泰国斗鱼Sox9具有保守的结构特征,并且在组织分布中显示出表达特异性及性别差异性。     

部分水产动物性别决定基因的研究进展

继在哺乳动物中发现了性别决定基因SRY后,相关学者还发现了诸如性别连锁基因、芳香化酶基因、锌指结构基因、H—Y抗原、Sox、DMRTl、DMy等许多与性别控制和性腺发育相关的基因,为进一步阐明鱼类性别决定机制提供了基础和手段,但仍存在一些问题有待探索。本文概述了近年来部分水产动物性别决定基因方面的研究动态和进展,并对其应用前景做了简述,以期为系统研究鱼类性别决定机制提供参考。     

敖鲁古雅驯鹿SRY基因的生物信息学分析

对敖鲁古雅驯鹿SRY(Sex-determiningregion of Y-chromosome)基因的cDNA序列进行测序及初步生物信息学分析。运用RT-PCR技术从敖鲁古雅驯鹿鹿茸组织中扩增SRY基因的cDNA序列，利用生物信息学软件对敖鲁古雅驯鹿SRY基因的cDNA序列及蛋白质结构进行分析，同时构建系统发育树。结果表明：扩增的敖鲁古雅驯鹿SRY基因的cDNA序列与GenBank数据库中登录的驯鹿SRY基因的cDNA序列(登录号AB247629.1)一致，全长690 bp。敖鲁古雅驯鹿SRY基因编码229个氨基酸；敖鲁古雅驯鹿SRY蛋白无信号肽和跨膜结构；结合其二级结构和结构域预测分析，SRY蛋白的二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主，具有HMG结构域。通过构建NJ系统发育树，发现敖鲁古雅驯鹿与白尾鹿之间的亲缘关系相对较近。研究结果为深入探索敖鲁古雅驯鹿SRY基因的生物学功能提供了基础参考。     

高原牦牛SRY基因的克隆与原核表达

为从分子水平了解牦牛的性别形成机制,对高原牦牛SRY(Sex-determining region on the Y chromosome,SRY)基因的编码区进行了克隆表达。以雄性高原牦牛血液为材料,从基因组DNA中扩增SRY基因编码区(单外显子)序列,将其克隆至pGEM-Teasy载体并测序;将牦牛SRY基因编码区连接至pET-28a(+)载体,构建表达载体pET-28a/SRY;把表达载体pET-28a/SRY转入大肠杆菌E.coliBL21(DE3)中,在合适的条件下诱导表达;对表达产物进行Western-blot检测。结果表明:牦牛SRY基因(GenBank:EU547257)编码区长687 bp,编码229个氨基酸;成功构建了表达载体pET-28a/SRY,并且SRY蛋白得到了大量表达;Western-blot进一步验证了其表达成功。     

鲤鱼Sox9基因HMG保守区的克隆及序列分析

为研究鲤鱼中与性别决定及骨组织发育相关基因Sox 9的特征及功能,从大量常见养殖鲤鱼品种及黄河野生鲤鱼个体中克隆得到了多个版本CcSox 9基因的HMG保守区序列,并对这些序列及国内外的其他鲤鱼Sox基因进行了启动子、多态性等序列分析.结果显示,鲤鱼中至少存在5个版本的活性Sox 9基因及1个Sox 9假基因.这些基因...     

应用巢式及复合PCR对小鼠早期胚胎进行性别鉴定

根据小鼠SRY基因，设计并合成内外两对巢式PCR引物；同时。根据ZFY—ZFX基因的同源性，设计合成其共同的巢式PCR引物，对昆白小鼠组织DNA样品进行了性别鉴定。雄性样品可扩增262bp的SRY基因和137bp的ZFY—ZFX基因片断，而雌性样品只能扩增137bp的ZFY-ZFX基因片断，其鉴定结果与已知性别一致。将2-细胞、4-细胞、8-细胞和16细胞胚胎视为微量细胞样品进行PCR扩增，通过常规PCR与巢式PCR、复合PCR的比较。确立了巢式及复合PCR的扩增体系。结合核型分析和PCR法共鉴定21枚胚胎，其中雄性12枚，雌性8枚，鉴定准确率为95．2％。     

大鲵2个Sox基因HMG–box的克隆及分析

为探明Sox基因在物种进化中的保守性及其性别分型,以大鲵雌、雄个体为材料,参照Sox基因HMG-box保守区的序列,设计简并引物扩增,两因子均在雌、雄个体内得到217 bp PCR扩增产物,不存在性别差异.将二者编码的氨基酸序列与NCBI中其他物种Sox基因编码的氨基酸序列进行比对,其中一个基因与人、斑马鱼、家鼠、鸡、热带爪蟾、扬子鳄Sox11基因的同源性均为90％.另一个基因与罗非鱼、鸭嘴兽、家鼠、红鳍东方鲀、斑马鱼、鸡、人、非洲爪蟾和大鲵Sox14基因的同源性均为90％,故根据大鲵的学名,将这2个基因分别命名为adSox11和adSox14c.adSox11和adSox14c在大鲵精巢、卵巢、肾脏和心脏中均有不同程度表达,而在胃和肝脏中几乎不表达.     

土壤宏基因组中硫氧还蛋白还原酶部分序列的克隆

为探明硫氧还蛋白还原酶(TrxR)在微生物中的保守性,利用宏基因组技术从农药厂废水淤泥中提取环境DNA,并以其为模板直接采用PCR方法进行TrxR基因克隆,最终获得了硫氧还蛋白还原酶基因的部分序列片段。该片段全长476 bp,通过多序列比对及进化树分析,发现其与海杆菌、假单胞菌硫氧还蛋白还原酶基因序列的同源性高达80%以上,氨基酸序列同源性达98%以上,在进化中具有高度的保守性。     

利用SRY基因鉴定山羊胎儿成纤维细胞的性别

根据GenBank中已发表的山羊SRY基因和β-乳球蛋白基因序列设计2对PCR引物,对来自3个1月龄山羊胎儿成纤维细胞的基因组DNA进行PCR扩增,分别以公羊、母羊的基因组DNA为阳性和阴性对照,同时对PCR产物进行序列测定和同源性分析。结果表明,阳性对照和GFF1细胞系有2条扩增带,阴性对照、GFF2和GFF3细胞系只有1条扩增带;序列测定结果表明,PCR扩增产物为SRY基因,利用该方法准确鉴定出1个雄性细胞系和2个雌性细胞系。     

扩增SRY基因鉴定塔里木兔性别的研究

[目的]采用分子生物学手段对外部性别鉴别特征缺失的塔里木兔进行性别鉴定.[方法]应用双重PCR法同时扩增SRY和APP基因进行性别鉴定.[结果]在验证PCR有效性的基础上,对未知性别的237例塔里木兔样本成功的鉴定出性别,其中121例为雄性,116例为雌性.[结论]实验所使用的引物具有高度的特异性,只能鉴别兔类动物的性别,对一些不完整的或外部性别鉴别特征缺失的兔类样品提供了可行的性别鉴定途径.     

驴生长激素基因的克隆与分析

 【目的】克隆驴生长激素基因DNA和cDNA的全序列,分析其序列和cDNA编码的蛋白序列特征及其在不同物种中的遗传差异。【方法】根据不同物种同一基因序列的同源性比对结果设计引物,应用RT-PCR和PCR 技术克隆基因,用生物信息学方法对获得的DNA和cDNA及推定的氨基酸序列进行分析。【结果】从驴肝组织和血液中分别得到驴GH基因全序列1 928 bp和包括完整的编码区的cDNA序列706 bp,两者序列比对后证明驴GH基因DNA序列由5个外显子和4个内含子组成,编码216个氨基酸的GH前体蛋白,其中包括26个氨基酸的信号肽和190个氨基酸的成熟肽。序列比较结果表明,驴GH基因的序列与马同源性最高,启动子不是哺乳动物的典型TATA盒,而是CATA盒,该基因在进化过程中是保守的。【结论】从驴肝组织和血液中克隆了GH基因DNA和cDNA,DNA序列在1 267位的C→G可能影响到驴和马生长发育的差异,为下一步驴GH基因的表达调控、进化和多态性分析奠定了基础。