地方鸡ONECUT1基因的序列变异分析

为探明ONECUT1基因在贵州地方鸡品种中的作用,分析ONECUTl基因在5个地方鸡品种的序列差异性,设计4对引物,筛选多态位点,采用DNAMAN进行序列变异分析。结果表明:4个多态位点均位于内含子上,分别是16 369位(C→A),16 517位(C→T),16 587位(C→G)和16 639位(C→T)。16 517位置仅长顺绿壳蛋鸡为碱基C,而瑶山鸡、赤水乌骨鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡在该位置为碱基T;瑶山鸡和赤水乌骨鸡在16 587位置和16 639位置检测出多态性,长顺绿壳蛋鸡、水西乌骨鸡和广西乌骨鸡则与数据库参照序列一致。     

赤水乌骨鸡MC1R基因多态性及其生物信息学分析

采用DNA混池及PCR产物直接测序技术,对赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代、贵州黄快羽鸡、贵州黄慢羽鸡、罗曼蛋鸡和瑶山鸡8个鸡种群MC1R基因外显子区域进行多态性分析。结果显示:瑶山鸡与红色原鸡序列一致,无SNPs,赤水乌骨鸡的4个SNPs分别为G23A(Arg→His)、C69T、T212C、G274A,泰和乌鸡的8个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、T398C(Leu→Pro)、G636A、T637C、A644C(His→Pro)、C834T,贵州黄快、慢羽鸡和兴义白鸡均有3个SNPs,分别为A427G(Thr→Ala)、G636A、T637C,罗曼蛋鸡的4个SNPs分别为T398A(Leu→Gln)、G636A、T637C、C834T,兴义白鸡F2代的4个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、A644C(His→Thr);生物信息学分析发现,除G274A、T398C、T398A、A644C位点的稳定性增加外,其余位点的稳定性均有所降低;除G274A、T398C、T637C、A644C位点的整体多样性有所下降外,其余位点的均有所增加;除泰和乌鸡MC1R基因编码蛋白为不稳定蛋白外,其余种群的均属于稳定蛋白,且包括泰和乌鸡在内的7个鸡群MC1R基因编码蛋白均为疏水性蛋白和非分泌蛋白;赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代和罗曼蛋鸡的MC1R蛋白三级结构均由α–螺旋、β–转角、无规则卷曲组成。     

百宜黑鸡与长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列分析

采用PCR和直接测序的方法测定百宜黑鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列,并分析mtDNA D-loop序列3个区的变异。结果表明,百宜黑鸡和长顺绿壳蛋鸡mtDNA控制区全序列长度分别为1 231 bp、1 230 bp,2种贵州地方鸡之间,mtDNA D-loop序列Ⅰ区序列变异率为4.43%,变异速率最快,其他两区的变异率分别为:Ⅱ区0.64%,Ⅲ区1.56%。百宜黑鸡mtDNA控制区的碱基含量分别为A 27.10%、T 33.63%、G 13.12%、C 26.16%,长顺绿壳蛋鸡的碱基含量分别是A 27.13%、T 33.58%、G 13.20%、C 26.09%。百宜黑鸡和长顺绿壳蛋鸡的遗传距离是0.036 2,根据分子钟计算,二者大约在181万a前分歧进化。     

两种贵州地方鸡线粒体DNA控制区全序列分析

采用PCR和直接测序的方法测定兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列,分析比较两者mtDNA D-loop序列3个区的变异.结果表明,兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列长分别为1 231和1 230 bp,其中兴义矮脚鸡mtDNA控制区的碱基摩尔分数分别为A 26.92％、T33.41％、G 1...     

长顺绿壳蛋鸡体尺性状与IGF1基因相关性研究

采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对124只贵州长顺绿壳蛋鸡的胰岛素生长因子1基因(IGF1)的In3片段进行多态性分析,并与体尺性状进行关联性研究,为贵州绿壳蛋鸡的遗传评估提供资料,并为选育提供有育种价值的分子标记。结果表明:试验鸡群的IGF1基因In3片段存在3个单核苷酸突变位点,分别为A(-981)G、A(-953)T和T(-881)C;该群体偏离Hardy-Weinberg平衡状态,且该位点处于高度多态(PIC>0.5);F2F2基因型个体体斜长和胸深均低于其他基因型个体,推测该基因型可能是长顺绿壳蛋鸡向小型蛋鸡方向选育的有效分子标记。     

瑶山鸡STAT5基因多态性及其与繁殖性状的关联性

【目的】为瑶山鸡繁殖性能的遗传改良、辅助育种提供理论依据。【方法】采用DNA测序技术,对瑶山鸡STAT5基因外显子的遗传多样性进行研究,并分析多态位点与繁殖性状的相关性。【结果】瑶山鸡STAT5基因存在11229 T→C、11298 T→C、10275 T→C、6571 T→C、6669 G→A、6732 G→A、6898 G→A、7142 G→A、7211 G→A、7219 G→A和7260 G→A等11个突变位点,其中,6898 G→A变异位点的杂合度和多肽信息含量最高,分别为0.5000和0.3750;7260 G→A变异位点的杂合度和多肽信息含量最低,分别为0.0950和0.0905;除6571 T→C、6732 G→A和7260 G→A 3个变异位点为低度多态外,其余8个变异位点均为中度多态;除6571 T→C和7260 G→A变异位点多态性与繁殖性状无显著性关联外,其余位点均与繁殖性状表现出显著(P0.05)或极显著(P0.01)相关。【结论】瑶山鸡STAT5基因多态性与瑶山鸡的繁殖性状具有一定的相关性,为进一步利用分子育种筛选瑶山鸡高产鸡群奠定了一定的基础。     

长顺绿壳蛋鸡FGF23基因遗传变异分析

为进一步了解长顺绿壳蛋鸡FGF23基因的遗传效应,试验随机抽取同日出雏、健康无病、同等管理条件下饲喂10周龄的100只长顺绿壳蛋鸡,翅静脉采血,提取DNA,采用混合基因池进行PCR扩增,结合直接测序法对FGF23基因进行单核苷酸多态性(SNP)筛查。结果表明,在长顺绿壳蛋鸡FGF23基因启动子区共筛查到3个SNP突变位点(g.73424388,TC;g.73424577,TC;g.73424660,GC),其中,g.73424388和g.73424660两个突变位点呈中度多态,g.73424577呈低度多态,说明长顺绿壳蛋鸡在自然群体中的遗传多样性较为丰富。     

瑶山鸡与绿壳鸡蛋营养物质的比较与分析

瑶山鸡是贵州省优良地方鸡种之一,主要分布于黔南州荔波县及周边地区,属肉蛋兼用型鸡种。绿壳蛋鸡因产绿壳蛋而得名,其特征为五黑一绿,即黑毛、黑皮、黑肉、黑骨、黑内脏,蛋壳绿色,绿壳鸡蛋含有大量的卵磷脂、维生素、氨基酸、微量元素。本研究的主要通过测定贵州瑶山鸡、江西东乡绿壳蛋鸡鸡蛋营养成分,分析对比瑶山鸡鸡蛋与东乡绿壳蛋鸡鸡蛋的蛋营养成分,     

6个鸡种腺苷单磷酸脱氨酶1基因克隆及序列分析

 以肌苷酸合成代谢过程中主要的催化酶之一的鸡腺苷单磷酸脱氨酶1（adenosine monophosphate deaminase 1,AMPD1）基因作为候选基因,分析了其在6个鸡种中的序列多样性,发现在525 bp的片段中共存在10个多态位点,其中120位的A→G,355位的A→G的碱基变化仅在泰和乌骨鸡、北京油鸡、茶花鸡肌苷酸含量较高的鸡种中出现,推测这两个位点与肌苷酸含量密切相关。另外该基因与体重也可能具有相关性。     

不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

[目的]揭示刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP)SNP位点突变与不同鸡种羽色差异形成机制的关联性,筛选出与鸡种羽色相关的辅助育种分子标记.[方法]参考NCBI已公布的红色原鸡ASIP基因序列(登录号NC_006107.5),运用Primer Premier 5.0设计特异性引物,以罗曼蛋鸡、泰和乌骨鸡、兴义矮脚鸡白羽系、赤水乌骨鸡、贵州黄鸡和瑶山鸡为研究对象,通过DNA混合池及PCR直接测序法筛选不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点;估算各SNP位点等位基因频率后,使用RNAfold、NetPhos 2.0、NetOGlyc 4.0、SOPMA和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,探究不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点突变对基因mRNA二级结构、ASIP蛋白翻译后修饰位点及其二、三级结构的影响.[结果]从6个鸡种ASIP基因中检测到7个SNPs位点,分别为Exon-2-G17C、Exon-2-T168C、Exon-2-C3032T、Exon-2-T3203G、Exon-2-G3287A、Exon-2-G3313T和Exon-2-C3350T.其中,Exon-2-T3203G只出现在罗曼蛋鸡上,Exon-2-G3287A只出现在瑶山鸡上.Exon-2-T168C只出现在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系且位于编码区,该位点突变导致编码氨基酸改变[苏氨酸(Thr)→甲硫氨酸(Met)],且能导致ASIP基因mRNA二级结构改变,最小自由能增加,稳定性降低.Exon-2-T168C位点突变还导致ASIP蛋白激酶磷酸化位点数量和位置发生改变,但糖基化位点未发生改变;Exon-2-T168C位点突变后ASIP蛋白二级结构中α-螺旋、β-转角和延伸链的占比增加,而无规则卷曲占比降低,且蛋白三级结构预测结果与二级结构预测结果一致.[结论]在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系ASIP基因上检测到Exon-2-T168C位点,且该位点突变能引起ASIP基因mRNA二级结构、蛋白激酶磷酸化位点数量和位置及ASIP蛋白二、三级结构均发生改变,但并不是影响贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系羽色差异的内在机制.     

MyoG基因多态性与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的关联分析

【目的】探究肌细胞生成素基因（MyoG）多态性与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的关联性,从分子标记角度对瑶山鸡进行选育,更好地保护和开发利用瑶山鸡,同时为家禽MyoG基因研究提供参考依据。【方法】以150日龄出栏的健康瑶山鸡为研究对象,通过PCR扩增产物直接测序对瑶山鸡MyoG基因多态性进行检测,利用DNAStar对测序结果进行比对分析以确定MyoG基因SNP位点,通过RNAfold对瑶山鸡MyoG基因突变前后的mRNA二级结构进行预测,并以SPSS 18.0分析SNP位点与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的相关性。【结果】在瑶山鸡MyoG基因第3外显子上发现1个SNP位点（T17C位点）,属于同义突变,存在3种基因型（CC型、CT型和TT型）;T为优势等位基因,CT为优势基因型;有效等位基因数（Ne）接近2.00;多态信息含量（PIC）为0.35,呈中度多态（0.25P>0.05）。MyoG基因T17C位点突变致使其mRNA二级结构发生改变,进而导致其最小自由能由-452.60 kcal/mol降至-465.24 kcal/mol。不同基因型瑶山鸡生长、屠宰性能及肉质性状间的相关分析结果显示,3种基因型瑶山鸡在体尺、屠宰性能及肉质性状间的相关性大部分呈现相同规律,其中胸宽与胸深在不同基因型瑶山鸡中均呈极显著正相关（P<0.01）。【结论】瑶山鸡MyoG基因T17C位点存在3种基因型,属于同义突变,并未引起氨基酸及其蛋白结构和功能的明显变化,但其多态性对瑶山鸡体尺性状、屠宰性能和肉质性状有一定影响,因此可作为瑶山鸡分子选育的候选遗传标记。     

长顺绿壳蛋鸡PRL基因的克隆及序列分析

采用特异性引物PCR技术获得长顺绿壳蛋鸡PRL基因,将其克隆至p GM-T载体,并对该序列进行测序分析。结果表明,长顺绿壳蛋鸡PRL基因全序列长度为690 bp,包含5个外显子和4个内含子,编码229个氨基酸。将长顺绿壳蛋鸡PRL基因与Gen Bank已公布的鸡、鸭、鹅、鱼等动物的PRL基因序列进行同源性比较,发现亲缘关系越远则同源性越低。     

赤水乌骨鸡TYR基因多态性及生物信息学分析

[目的]找出赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的多态位点(SNP),为后期利用分子遗传学技术选育乌度更深的赤水乌骨鸡提供参考依据.[方法]采用DNA混池结合PCR产物直接测序法,分析赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的SNP位点,并对筛选出的SNP位点进行生物信息学分析.[结果]在泰和乌鸡中发现4个SNPs位点,分别为Exonl-C829T、Exon1-C921T、Intron 1-A 1018G和Intron2-T79A,其中,Exon1-C829T和Exon1-C921T为同义突变;在赤水乌骨鸡中发现5个SNPs位点,分别为Intron1-G156A、Intron2-T7C、Intron4-G201A、Intron4-C221T和Exon5-A205G(非编码区).利用在线生物信息学分析软件对TYR基因突变前后编码区序列的mRNA二级结构进行预测分析,结果发现赤水乌骨鸡的mRNA二级结构未发生变化,而泰和乌鸡Exon1-C829T和Exon1-C921T的突变均引起mRNA二级结构改变,使得TYR基因mRNA二级结构最小自由能减小,即二级结构稳定性增加.赤水乌骨鸡TYR蛋白二级结构由α-螺旋、无规则卷曲、β-转角及扩展链组成,分别占26.65%、55.31%、3.41%和14.63%.[结论]Exon1-C921T突变可能会对鸡的肉色产生影响,故推测Exon1-C921T是影响赤水乌骨鸡和泰和乌鸡乌度差异的原因之一.     

中国乌骨鸡品种BCDO2基因多态性和肤色鉴定

为分析β-胡萝卜素脱氧酶2(β-carotene dioxygenase2, BCDO2)基因在我国乌骨鸡中的变异情况，采用PCR方法分别扩增和测序了我国5个乌骨鸡品种(丝羽乌骨鸡、东乡绿壳蛋鸡、金湖乌凤鸡、余干乌骨鸡和新兴竹丝鸡3号)、白耳黄鸡(黄肤色)和崇仁麻鸡(白肤色)的BCDO2基因，并与GenBank数据库中的原鸡序列进行系统发育分析。结果显示：7个品种215条序列，总计发现6个多态位点，分别为6273091(G-A)、6273129(A-G)、6273229(C-T)、6273240(C-T)、6273307(A-G)和6273672(A-G)。基于6个多态点界定了3种单倍型，定义为Hap1、Hap2和Hap3。其中只有白耳黄鸡、崇仁麻鸡和丝羽乌骨鸡有1种单倍型，东乡绿壳蛋鸡、金湖乌凤鸡、余干乌骨鸡和新兴竹丝鸡3号均有2种单倍型。系统发育分析显示：Hap1和Hap2只与红色原鸡聚为一类，Hap3和多个原鸡聚为一类。BCDO2基因多态位点能够很好地区分黄白肤色的品种，但很难区分乌骨鸡品种。多个原鸡在我国乌骨鸡品种形成过程中都做出了贡献。该研究结果为我国乌骨鸡遗传资源的保护、选育和鉴定工作提供了遗传背景信息。     

长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR 结构域的多态性对蛋壳品质的影响

为了探究贵州特产长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR结构域的多态性对蛋壳品质的影响,采用在线引物设计软件Primer Premier 3.0设计1对引物,扩增ITPR1基因RYDR-ITPR结构域,利用双向直接测序和序列比对法挖掘单核苷酸多态性(SNP)位点,应用SPSS 18.0软件分析SNP位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响。结果显示,在ITPR1基因第17～19内含子区共发现3个SNP位点,分别为位于18内含子上的g.18853584 GT、g.18853600 AG突变位点和19外显子上的g.18853848 CT突变位点;3个SNP位点均为中度多态,均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),共检测到4种单倍型和7种双倍型。关联分析结果显示,位于19外显子上的g.18853848 CT突变对蛋壳厚度有显著影响,TT、CC基因型显著高于TC基因型(P0.05);双倍型H3H3的蛋壳厚度和蛋壳强度测定值最高。综上,长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR结构域中g.18853848 CT突变可能是影响蛋壳厚度的标记位点,双倍型H3H3可能是蛋壳厚度和蛋壳强度的有利双倍型。     

贵州瑶山鸡线粒体DNA D-loop区序列的多态性

为从母系遗传角度探明贵州瑶山鸡的群体遗传背景,采用PCR产物直接测序技术对124只贵州瑶山鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行分析。结果表明:所分析的D-loop区部分序列(570bp)中,A、G、C、T核苷酸平均含量分别为30.1%、13.5%、29.5%和26.9%;有26个核苷酸多态位点,其中转换位点24个,颠换位点1个,转换和颠换同时存在位点1个;核苷酸多样度(Pi)平均为0.013 5;核苷酸平均差异数(k)为6.457;单倍型21种,多样度(Hd)平均为0.793。通过群体构建的NJ聚类图分子系统树发现,贵州瑶山鸡起源于红原鸡。     

荔波瑶山鸡TGFβ3基因多态性与繁殖性状的相关性

【目的】为探明荔波瑶山鸡TGFβ3基因与繁殖性状的关系,寻找可作为鸡繁殖性状的遗传标记。【方法】针对TGFβ3基因设计6对引物,采用PCR测序法筛选多态位点,并利用荔波瑶山鸡母系60个个体进行繁殖性状的关联分析。【结果】荔波瑶山鸡TGFβ3基因有17个多态位点,TGFβ3基因53(T→C)、1653(C→T)和1755(A→G)位点各300日龄产蛋量、首次就巢日龄、首次就巢持续时间、首次就巢至重新开产间隔和300日龄就巢次数间呈显著或极显著相关(P0.05或P0.01);3343(C→T)与首次就巢持续时间、首次就巢至重新开产间隔和300日龄就巢次数均呈显著或极显著相关(P0.05或P0.01);3540(C→T)与开产日龄、300日龄产蛋量和首次就巢持续时间均呈显著或极显著相关(P0.05或P0.01);4786(C→T)和7471(G→A)分别与300日龄产蛋量和首次就巢日龄均呈显著相关(P0.05);7263(C→T)与首次就巢持续时间呈显著相关(P0.05)。【结论】TGFβ3基因53(T→C)、1653(C→T)、1755(A→G)、3343(C→T)、3540(C→T)、4786(C→T)、7263(C→T)和7471(G→A)与就巢性状关联显著,可作为降低就巢性提高繁殖力的辅助选择标记。     

荔波瑶山鸡POU1F1基因多态性与繁殖性状的相关性

【目的】为探明荔波瑶山鸡POU1F1基因多态性与繁殖性状的关系,为荔波瑶山鸡的选择性育种提供参考。【方法】针对POU1F1基因设计6对引物,采用PCR测序法筛选出多态位点,并利用荔波瑶山鸡母系60个个体进行繁殖性状的关联分析。【结果】荔波瑶山鸡POU1F1基因有8个多态位点,其中POU1F1基因58(A→G)与300日龄产蛋量、首次就巢日龄、300日龄就巢次数均呈显著或极显著相关(P0.05或P0.01);65(T→C)与300日龄产蛋量、首次就巢日龄、300日龄就巢次数呈显著相关(P0.05);11041(T→C)与300日龄产蛋量、首次就巢持续时间、首次就巢至重新开产间隔均呈显著或极显著相关(P0.05或P0.01)。【结论】POU1F1基因58(A→G)和65(T→C)可作为300日龄产蛋量、首次就巢日龄和300日龄就巢次数的辅助选择标记;11041(T→C)可作为300日龄产蛋量、首次就巢持续时间、首次就巢至重新开产间隔的辅助选择标记。     

德保矮马生长激素基因的克隆与序列分析

克隆和分析德保矮马的生长激素(GH)基因全序列.阳性重组质粒测序表明:德保矮马GH基因碱基序列全长1 922 bp(GenBank登录号为EU939447),包含完整的5个外显子和4个内含子.与纯血马比较,有19个碱基位点突变,其中11个位于外显子区域,有义突变4个,第924位碱基C→T致使第70位氨基酸由Thr→Ile,第1 249位碱基C→T使第112位氨基酸Pro→Leu,第1 287位碱基A→T使第125位氨基酸Ser→Cvs,第1 309位碱基A→C使第132位氨基酸Asp→Ala.以GH编码区构建物种的亲缘进化树,GH基因在进化中比较保守.     

OCX-32基因内含子变异对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响

[目的]探讨OCX-32基因对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的遗传效应,为长顺绿壳蛋鸡的保种选育及开发利用提供参考依据.[方法]以长顺绿壳蛋鸡为材料,采用PCR产物直接测序法筛选OCX-32基因SNP多态位点,实时荧光定量PCR检测组织表达谱,运用SPSS 19.0广义线性模型(GLM)分析SNP位点基因型或双倍型与所测定性状指标的相关性.[结果]在长顺绿壳蛋鸡OCX-32基因中检测到3个SNPs位点,分别是位于内含子1上的g.22592323G>T及内含子3上的g.22597350T>C和g.22597555G>A.卡方(χ2)检测结果发现,g.22597350T>C位点的基因型分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05,下同).连锁不平衡分析结果显示,3个SNPs突变位点不存在强连锁不平衡,共发现4种单倍型和8种双倍型,单倍型H1和双倍型H1H2频率最高,分别为0.523和0.345.实时荧光定量PCR检测结果显示,OCX-32基因在长顺绿壳蛋鸡12个组织中存在不同程度的表达,表达量排序为肾脏>心脏>子宫>腹脂>小肠>脾脏>肝脏>腺胃>胸肌>胰腺>肺脏>肌胃.关联分析结果显示,g.22597350T>C位点CC基因型在蛋壳强度和蛋壳重2个品质指标上显著高于CT基因型和TT基因型;双倍型H4H4个体的蛋壳强度显著高于其他7种双倍型个体,蛋壳重显著高于H2H4个体.[结论]OCX-32基因内含子变异能影响长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质,检测到的3个SNPs位点可作为鸡蛋壳品质选择的遗传分子标记,其中突变位点g.22597350T>C的CC基因型和双倍型H4H4是影响蛋壳强度和蛋壳重的关键基因型和双倍型,有利改善蛋壳品质.