赤水乌骨鸡TYR基因多态性及生物信息学分析

[目的]找出赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的多态位点(SNP),为后期利用分子遗传学技术选育乌度更深的赤水乌骨鸡提供参考依据.[方法]采用DNA混池结合PCR产物直接测序法,分析赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的SNP位点,并对筛选出的SNP位点进行生物信息学分析.[结果]在泰和乌鸡中发现4个SNPs位点,分别为Exonl-C829T、Exon1-C921T、Intron 1-A 1018G和Intron2-T79A,其中,Exon1-C829T和Exon1-C921T为同义突变;在赤水乌骨鸡中发现5个SNPs位点,分别为Intron1-G156A、Intron2-T7C、Intron4-G201A、Intron4-C221T和Exon5-A205G(非编码区).利用在线生物信息学分析软件对TYR基因突变前后编码区序列的mRNA二级结构进行预测分析,结果发现赤水乌骨鸡的mRNA二级结构未发生变化,而泰和乌鸡Exon1-C829T和Exon1-C921T的突变均引起mRNA二级结构改变,使得TYR基因mRNA二级结构最小自由能减小,即二级结构稳定性增加.赤水乌骨鸡TYR蛋白二级结构由α-螺旋、无规则卷曲、β-转角及扩展链组成,分别占26.65%、55.31%、3.41%和14.63%.[结论]Exon1-C921T突变可能会对鸡的肉色产生影响,故推测Exon1-C921T是影响赤水乌骨鸡和泰和乌鸡乌度差异的原因之一.     

贵州黄鸡慢羽系生长曲线拟合研究

试验旨在揭示贵州黄鸡慢羽系生长发育规律。选择100只贵州黄鸡慢羽系（公母鸡各50只），于0、2、4、6、8、10、12、14周龄末称重，分别采用Bertalanffy、Logistic、Gompertz 3种非线性生长曲线模型对贵州黄鸡慢羽系0~14周龄体重变化进行拟合分析。结果表明：3种模型均能很好地拟合其生长曲线，拟合度均在0.99以上，其中Logistic模型在贵州黄鸡慢羽系公鸡、母鸡生长曲线中拟合最好，拟合结果最接近实测体重情况，其公鸡拐点体重为1 550.81 g，拐点周龄为10.42，母鸡拐点体重为976.67 g，拐点周龄为9.14。试验结果初步揭示了贵州黄鸡慢羽系的生长发育规律和各阶段的生长特征，为贵州黄鸡慢羽系选育生产和产业化发展提供了科学依据。     

不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

[目的]揭示刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP)SNP位点突变与不同鸡种羽色差异形成机制的关联性,筛选出与鸡种羽色相关的辅助育种分子标记.[方法]参考NCBI已公布的红色原鸡ASIP基因序列(登录号NC_006107.5),运用Primer Premier 5.0设计特异性引物,以罗曼蛋鸡、泰和乌骨鸡、兴义矮脚鸡白羽系、赤水乌骨鸡、贵州黄鸡和瑶山鸡为研究对象,通过DNA混合池及PCR直接测序法筛选不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点;估算各SNP位点等位基因频率后,使用RNAfold、NetPhos 2.0、NetOGlyc 4.0、SOPMA和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,探究不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点突变对基因mRNA二级结构、ASIP蛋白翻译后修饰位点及其二、三级结构的影响.[结果]从6个鸡种ASIP基因中检测到7个SNPs位点,分别为Exon-2-G17C、Exon-2-T168C、Exon-2-C3032T、Exon-2-T3203G、Exon-2-G3287A、Exon-2-G3313T和Exon-2-C3350T.其中,Exon-2-T3203G只出现在罗曼蛋鸡上,Exon-2-G3287A只出现在瑶山鸡上.Exon-2-T168C只出现在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系且位于编码区,该位点突变导致编码氨基酸改变[苏氨酸(Thr)→甲硫氨酸(Met)],且能导致ASIP基因mRNA二级结构改变,最小自由能增加,稳定性降低.Exon-2-T168C位点突变还导致ASIP蛋白激酶磷酸化位点数量和位置发生改变,但糖基化位点未发生改变;Exon-2-T168C位点突变后ASIP蛋白二级结构中α-螺旋、β-转角和延伸链的占比增加,而无规则卷曲占比降低,且蛋白三级结构预测结果与二级结构预测结果一致.[结论]在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系ASIP基因上检测到Exon-2-T168C位点,且该位点突变能引起ASIP基因mRNA二级结构、蛋白激酶磷酸化位点数量和位置及ASIP蛋白二、三级结构均发生改变,但并不是影响贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系羽色差异的内在机制.     

思州鸡BMP15基因第1外显子多态性及其与蛋品质的关联分析

研究旨在探讨思州鸡骨形态发生蛋白15（BMP15）第1外显子多态性及其与蛋品质的相关性。采用PCR产物直接测序法检测思州鸡BMP15基因第1外显子测序,将测序结果用DNAStar软件校正;利用Excel 2007统计基因型频率数据,并进行卡方适合性检验;通过SPSS 18.0软件对BMP15基因不同基因型与思州鸡蛋品质间的关联性进行分析。结果显示,思州鸡BMP15基因第1外显子存在4个SNPs位点：397C/T、473A/G、603C/T和612C/T,均处于Hardy-Weinberg非平衡状态（P<0.05）;397C/T和603C/T位点的多态信息含量（PIC）分别为0.3488和0.3299,属于中度多态（0.25 < PIC < 0.5）,473A/G与612C/T位点的PIC分别为0.1527和0.2075,属于低度多态（PIC<0.25）。关联性分析结果表明,397C/T位点对思州鸡蛋白高度、哈氏单位、蛋黄重均有显著影响（P<0.05）;473A/G、603C/T位点对思州鸡蛋品质指标均无显著影响（P>0.05）;612C/T位点对思州鸡蛋长径有显著影响（P<0.05）,提示BMP15基因第1外显子对鸡蛋品质中蛋白高度、蛋长径具有较大的遗传效应。结果表明,BMP15基因可能是影响思州鸡蛋品质的基因之一,可作为思州鸡蛋白高度、蛋长径等蛋品质性状的分子标记。     

赤水乌骨鸡MC1R基因多态性及其生物信息学分析

采用DNA混池及PCR产物直接测序技术,对赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代、贵州黄快羽鸡、贵州黄慢羽鸡、罗曼蛋鸡和瑶山鸡8个鸡种群MC1R基因外显子区域进行多态性分析。结果显示:瑶山鸡与红色原鸡序列一致,无SNPs,赤水乌骨鸡的4个SNPs分别为G23A(Arg→His)、C69T、T212C、G274A,泰和乌鸡的8个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、T398C(Leu→Pro)、G636A、T637C、A644C(His→Pro)、C834T,贵州黄快、慢羽鸡和兴义白鸡均有3个SNPs,分别为A427G(Thr→Ala)、G636A、T637C,罗曼蛋鸡的4个SNPs分别为T398A(Leu→Gln)、G636A、T637C、C834T,兴义白鸡F2代的4个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、A644C(His→Thr);生物信息学分析发现,除G274A、T398C、T398A、A644C位点的稳定性增加外,其余位点的稳定性均有所降低;除G274A、T398C、T637C、A644C位点的整体多样性有所下降外,其余位点的均有所增加;除泰和乌鸡MC1R基因编码蛋白为不稳定蛋白外,其余种群的均属于稳定蛋白,且包括泰和乌鸡在内的7个鸡群MC1R基因编码蛋白均为疏水性蛋白和非分泌蛋白;赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代和罗曼蛋鸡的MC1R蛋白三级结构均由α–螺旋、β–转角、无规则卷曲组成。     

贵州黄鸡体尺、屠宰性能、肉品质测定及相关分析

为了探究贵州黄鸡的体尺、屠宰性能、肉品质与营养成分及其相关性,随机选择120日龄贵州黄鸡(公母各15羽)进行体尺、屠宰性能、肉品质测定.结果表明,平均活质量为(1811.24±340.84)g,平均屠体质量为(1540.28±307.73)g,平均半净膛质量为(1399.59±300.20)g,平均全净膛质量为(1100.83±231.50)g,平均胸肌质量为(212.14±49.94)g,平均腿肌质量为(282.35±83.74)g.在贵州黄鸡体尺指标中,体斜长、龙骨长、胸深、髋骨宽、胫长与胸宽之间相关性不显著(P>0.05),胸深、胫围与髋骨宽之间相关性不显著(P>0.05),大部分体尺指标间都存在极显著(P<0.01)或显著性(P<0.05)正相关,并且大部分相关系数达到0.5以上,屠宰性能指标间存在极显著正相关性(P<0.01).在体尺指标与屠宰性能指标之间,除胸肌质量与胸宽、腿肌质量与髋骨宽之间相关性不显著(P>0.05)外,其他指标间均呈极显著(P<0.01)或显著性(P<0.05)正相关.     

贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测

[目的]明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据.[方法]以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响.[结果]在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变.在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性.A234G位点突变对鸡MSTN基因mRNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象,A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变.鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白,存在信号肽,但不存在跨膜区域,其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成,且以无规则卷曲占比最高.[结论]MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富,其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变,可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究.     

贵州黄鸡慢羽系生长曲线拟合研究

试验旨在揭示贵州黄鸡慢羽系生长发育规律。选择100只贵州黄鸡慢羽系(公母鸡各50只),于0、2、4、6、8、10、12、14周龄末称重,分别采用Bertalanffy、Logistic、Gompertz 3种非线性生长曲线模型对贵州黄鸡慢羽系0～14周龄体重变化进行拟合分析。结果表明:3种模型均能很好地拟合其生长曲线,拟合度均在0.99以上,其中Logistic模型在贵州黄鸡慢羽系公鸡、母鸡生长曲线中拟合最好,拟合结果最接近实测体重情况,其公鸡拐点体重为1 550.81 g,拐点周龄为10.42,母鸡拐点体重为976.67 g,拐点周龄为9.14。试验结果初步揭示了贵州黄鸡慢羽系的生长发育规律和各阶段的生长特征,为贵州黄鸡慢羽系选育生产和产业化发展提供了科学依据。