OCX-32基因内含子变异对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响

[目的]探讨OCX-32基因对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的遗传效应,为长顺绿壳蛋鸡的保种选育及开发利用提供参考依据.[方法]以长顺绿壳蛋鸡为材料,采用PCR产物直接测序法筛选OCX-32基因SNP多态位点,实时荧光定量PCR检测组织表达谱,运用SPSS 19.0广义线性模型(GLM)分析SNP位点基因型或双倍型与所测定性状指标的相关性.[结果]在长顺绿壳蛋鸡OCX-32基因中检测到3个SNPs位点,分别是位于内含子1上的g.22592323G>T及内含子3上的g.22597350T>C和g.22597555G>A.卡方(χ2)检测结果发现,g.22597350T>C位点的基因型分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05,下同).连锁不平衡分析结果显示,3个SNPs突变位点不存在强连锁不平衡,共发现4种单倍型和8种双倍型,单倍型H1和双倍型H1H2频率最高,分别为0.523和0.345.实时荧光定量PCR检测结果显示,OCX-32基因在长顺绿壳蛋鸡12个组织中存在不同程度的表达,表达量排序为肾脏>心脏>子宫>腹脂>小肠>脾脏>肝脏>腺胃>胸肌>胰腺>肺脏>肌胃.关联分析结果显示,g.22597350T>C位点CC基因型在蛋壳强度和蛋壳重2个品质指标上显著高于CT基因型和TT基因型;双倍型H4H4个体的蛋壳强度显著高于其他7种双倍型个体,蛋壳重显著高于H2H4个体.[结论]OCX-32基因内含子变异能影响长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质,检测到的3个SNPs位点可作为鸡蛋壳品质选择的遗传分子标记,其中突变位点g.22597350T>C的CC基因型和双倍型H4H4是影响蛋壳强度和蛋壳重的关键基因型和双倍型,有利改善蛋壳品质.     

三穗鸭IP3R3基因SNP位点鉴定及其对 蛋壳品质的影响

[目的]明确IP3R3对蛋壳性状的效应机制及其在蛋壳品质改良中的应用价值,为开展蛋壳品质改良分子标记育种提供参考依据,也为深入研究IP3R3基因的生物学功能打下基础.[方法]以288羽三穗鸭为研究对象,收集45周龄母鸭生产的鸭蛋,测定蛋重、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋壳重;采用DNA直接测序法对三穗鸭IP3R3基因SNP位点进行鉴定,使用SHEsis进行单倍型及连锁不平衡分析,通过RNAfold预测不同单倍型的mRNA二级结构和自由能,并以SPSS 18.0中的一般线性模型(GLM)对三穗鸭IP3R3基因SNP位点与蛋壳品质进行关联分析.[结果]在三穗鸭IP3R3基因外显子上发现2个SNPs位点,分别位于第49外显子的g.35195T>C和g.35207G>A,均属于同义突变,且均存在3种基因型,对应的多肽信息含量(PIC)分别为0.330和0.276,属于中度多态位点(0.25C和g.35207G>A位点产生的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(χ2-HWE<5.991),但2个SNPs位点间不存在强的连锁不平衡(D'为1.000,γ2为0.111).2个SNPs位点联合可构建3种单倍型和6种双倍型,优势单倍型H3(TG)的频率为0.495,劣势单倍型H2(TA)的频率为0.208;单倍型H1、H2和H3的mRNA二级结构最小自由能分别为-475.50、-476.50和-476.10 kJ/mol,表明2个SNPs位点的突变能引起基因mRNA二级结构和自由能改变.g.35195T>C和g.35207G>A位点对三穗鸭蛋壳厚度、蛋壳强度、蛋形指数、蛋重和蛋壳重的影响均未达显著水平(P>0.05,下同);双倍型H1H1个体的蛋壳强度显著高于其他双倍型个体(P<0.05,下同),双倍型H2H2个体的蛋形指数显著低于其他双倍型个体,其他双倍型个体间均无显著差异.[结论]三穗鸭IP3R3基因与蛋壳品质有一定关联性.在三穗鸭IP3R3基因外显子上发现的2个SNPs位点能引起基因mRNA二级结构和自由能改变,其构建的双倍型可作为主效候选基因或与主基因紧密连锁的分子标记用于鸭蛋壳品质改良.     

鸭ChREBP基因表达载体构建及其对原代肝细胞和PC3细胞脂质性状的影响

[目的]探究鸭原代肝细胞脂质含量与碳水化合物反应元件结合蛋白基因(ChREBP)表达的关联性,为深入研究ChREBP基因对畜禽脂质代谢的遗传调控机制提供参考依据.[方法]采用Ⅳ型胶原酶消化法分离孵化21 d的鸭胚原代肝细胞,以DMEM高糖培养基进行培养.利用RT-PCR扩增鸭ChREBP基因编码区(CDS)序列,构建携带His标签的真核表达载体pEGFP-N3-ChREBP-His,通过脂质体法分别转染鸭胚原代肝细胞和人前列腺癌细胞(PC3);采用His标签检测试剂盒检测ChREBP基因的表达量,以脂质指标测定试剂盒测定甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白(HDL)和低密度脂蛋白(LDL)的含量,并分析鸭胚原代肝细胞和PC3细胞中ChREBP基因表达与脂质指标含量的相关性.[结果]以构建的真核表达载体pEGFP-N3-ChREBP-His转染鸭原代肝细胞和PC3细胞均能发出绿色荧光,表明携带His标签的ChREBP基因能在鸭原代肝细胞和PC3细胞中表达.ChREBP基因表达量与鸭原代肝细胞和PC3细胞中的TG、TC和HDL含量均呈极显著正相关(P<0.01,下同),与LDL含量呈极显著负相关.[结论]以构建的真核表达载体pEGFP-N3-ChREBP-His转染鸭原代肝细胞和PC3细胞后均能发出绿色荧光,说明ChREBP基因表达对鸭原代肝细胞和PC3细胞中的脂质代谢作用机理相似,可促进细胞脂质累积.     

ITPR2基因内含子遗传变异与鸭蛋壳品质关联性分析

Ca~(2+)调控基因ITPR2是细胞内一种重要的配体门控,钙离子跨膜转运活性的关键调控因子,影响钙蛋壳的品质,对ITPR2基因多态性与蛋壳品质间的关联性角度进行深入探究,旨在为利用该基因指导蛋鸭的遗传育种提供参考。本文以三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)为材料,采用常规PCR、直接测序等方法筛查ITPR2基因多态性。结果显示:在ITPR2基因中共发现4个SNP位点,分别处于内含子10的g.128643840 GA、g.128643903 GA和g.128643906 GA,以及内含子14的g.128659401 TG,4个SNP位点中g.128643840 GA和g.128643903 GA位点三穗鸭群体中基因型分布均显著偏离哈代温伯格平衡(Hardy-Weinberg平衡)(P0.05)。4个SNPs均对蛋壳品质有显著影响,其中g.128643840 GA、g.128643903 GA及g.128659401 TG位点能显著提高蛋壳强度(P0.05),g.128643840 GA位点显著影响蛋黄色泽(P0.05)。研究结果可作为蛋壳品质遗传育种的参考。     

长顺绿壳蛋鸡OC–116基因变异对蛋壳品质的影响

以长顺绿壳蛋鸡为试验对象,采用PCR产物直接测序法,对OC–116基因g.45670562—g.45670994和g.45669431—g.45670163区域进行单核苷酸多态性筛查;运用一般线性模型,分析多态位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的遗传效应。结果显示:OC–116基因存在4个SNP位点,分别为位于第2外显子上的g.45668081 GT、第3外显子上的g.45669143 TC、第3内含子上的g.45669061 AG和g.45669101 TA,g.45668081 GT和g.45669143TC为同义突变,4个SNP位点均表现为中度多态;卡方(χ~2)检验表明,4个SNP位点的基因型分布均未偏离Hardy–Weinberg平衡(P0.05);关联性分析结果表明,g.45669061 AG位点的AA和AG基因型的蛋壳厚度显著高于GG基因型的(P0.05),g.45669143 TC位点的TT和CT基因型的蛋壳强度和蛋壳厚度显著高于CC基因型的(P0.05),揭示g.45669061 AG和g.45669143 TC位点可作为蛋壳性状选择的标记性位点。     

OC-116基因第1外显子多态性对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响

为探讨OC-116基因第1外显子多态性对鸡蛋壳品质的影响,试验以长顺绿壳蛋鸡为材料,采用PCR产物直接测序法对OC-116基因第1外显子区域进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,利用一般线性模型分析多态位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的遗传效应。结果显示,在OC-116基因第1外显子共检测到2个中度多态且完全连锁的SNP位点,分别为g.45667632 TC和g.45667671 GA,均产生3种基因型。通过卡方(χ~2)检验发现,2个SNPs基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),共存在2种单倍型和3种双倍型。基因型CC、AA和双倍型H2H2在蛋质量上显著高于基因型TT、GG和双倍型H1H1(P0.05),基因型TT、GG和双倍型H1H1在蛋形指数上显著高于基因型CT、AG和双倍型H1H2(P0.05),基因型CT、AG和双倍型H1H2在蛋壳强度上显著高于基因型TT、GG和双倍型H1H1(P0.05)。综上,基因型CC、AA和双倍型H2H2是改善蛋壳品质的有利基因型和双倍型,揭示g.45667632 TC位点和g.45667671 GA位点可作为蛋壳性状选择的标记性位点。     

三穗鸭PRKCB基因内含子14的变异对蛋壳品质的影响

为探究PRKCB基因对三穗鸭蛋壳品质的遗传效应,采用PCR产物直接测序法、DNAStar软件MegaAlign程序结合Chromas软件对120只三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)PRKCB基因的遗传位点变异进行筛查鉴定,用SPSS 18.0软件分析SNP位点与蛋壳品质的相关性。结果显示:在三穗鸭PRKCB基因第14内含子检测到g.1158465 C>T、g.1158519 G>A和g.1158524 G>A这3个SNPs突变位点,每个突变位点均产生3种基因型,且均为中度多态位点。g.1158519 G>A和g.1158524 G>A突变位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡,g.1158465 C>T位点的基因型分布则显著(P<0.05)偏离Hardy-Weinberg平衡;g.1158519 G>A和g.1158465 C>T位点之间存在强连锁不平衡。3个SNPs共组成5种单倍型和8种双倍型,优势单倍型H5(TGG)的频率为0.492,优势双倍型H2H5频率为0.200。关联分析显示,g.1158519 G>A位点的AG基因型个体蛋壳厚度显著(P<0.05)高于GG基因型个体,双倍型H1H3个体的蛋壳厚度显著(P<0.05)高于H3H5个体的蛋壳厚度。研究结果提示,PRKCB基因的遗传变异可以影响蛋壳品质,其中g.1158519 G>A位点可作为改善三穗鸭蛋壳品质选择的遗传标记。     

三穗鸭ATF4基因多态性鉴定及其与蛋壳品质的关联分析

[目的]探讨三穗鸭转录激活子4基因(ATF4)多态性与蛋壳品质的相关性,揭示禽类ATF4的生物学功能及其遗传特性,为进一步研究蛋壳品质的调控机制打下基础.[方法]以三穗鸭为研究对象,经PCR扩增获得ATF4基因后采用直接测序法检查三穗鸭ATF4基因全部编码区的变异位点,运用SHEsis计算基因型频率、等位基因频率、单倍型频率及基因型分布卡方值(χ2)等,利用PopGen32计算各SNP位点的观察杂合度(He)、有效等位基因(Ne)及多态信息量(PIC),并以SPSS 18.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点对蛋壳品质的遗传效应.[结果]在三穗鸭ATF4基因第3外显子(Exon-3)上发现3个SNPs位点(g.2394G>A、g.2571A>G和g.2667A>G),均属于同义突变.3个SNPs位点在三穗鸭群体中均呈中度多态性(0.25G位点对三穗鸭蛋重和蛋壳重的影响达显著水平(P<0.05,下同),g.2667A>G位点对蛋壳厚度的影响达显著水平,g.2394G>A位点对蛋壳品质性状指标的影响不显著(P>0.05);双倍型H2H2(AAGGGG)的蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋形指数均最高,是对三穗鸭蛋壳品质最有利的基因型,且3个SNPs位点共同对蛋壳品质的影响效应明显大于单个SNP位点.[结论]三穗鸭ATF4基因存在3个SNPs位点(g.2394G>A、g.2571 A>G和g.2667A>G),均属于同义突变,其中g.2571A>G和g.2667A>G位点对蛋壳品质有显著影响,3个SNPs位点组合基因型对蛋壳品质也产生显著影响,可作为鸭蛋蛋壳品质选择的分子遗传标记.     

长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR 结构域的多态性对蛋壳品质的影响

为了探究贵州特产长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR结构域的多态性对蛋壳品质的影响,采用在线引物设计软件Primer Premier 3.0设计1对引物,扩增ITPR1基因RYDR-ITPR结构域,利用双向直接测序和序列比对法挖掘单核苷酸多态性(SNP)位点,应用SPSS 18.0软件分析SNP位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响。结果显示,在ITPR1基因第17～19内含子区共发现3个SNP位点,分别为位于18内含子上的g.18853584 GT、g.18853600 AG突变位点和19外显子上的g.18853848 CT突变位点;3个SNP位点均为中度多态,均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),共检测到4种单倍型和7种双倍型。关联分析结果显示,位于19外显子上的g.18853848 CT突变对蛋壳厚度有显著影响,TT、CC基因型显著高于TC基因型(P0.05);双倍型H3H3的蛋壳厚度和蛋壳强度测定值最高。综上,长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR结构域中g.18853848 CT突变可能是影响蛋壳厚度的标记位点,双倍型H3H3可能是蛋壳厚度和蛋壳强度的有利双倍型。