| 贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测 |
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| 引用本文： | 龙广丽,牟腾慧,刘洋,饶永超,杨德凤,谭光辉,林家栋,傅筑荫,张福平.贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测[J].南方农业学报,2020,51(8):1840-1848. |
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| 作者姓名： | 龙广丽 牟腾慧 刘洋 饶永超 杨德凤 谭光辉 林家栋 傅筑荫 张福平 |
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| 作者单位： | 贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室,贵阳 550025贵州大学家禽研究所,贵阳 550025贵州大学科研鸡场,贵阳 550025 |
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| 摘 要： | 目的]明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据.方法]以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响.结果]在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变.在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性.A234G位点突变对鸡MSTN基因mRNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象,A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变.鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白,存在信号肽,但不存在跨膜区域,其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成,且以无规则卷曲占比最高.结论]MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富,其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变,可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究.
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| 关 键 词： | 贵州地方白羽鸡种 MSTN基因 肉质性状 SNP位点 多态性 生物信息学 |
Rapid screening and protein function prediction of MSTN gene SNP sites in Guizhou local chicken breeds |
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| LONG Guang-li,MOU Teng-hui,LIU Yang,RAO Yong-chao,YANG De-feng,TAN Guang-hui,LIN Jia-dong,FU Zhu-yin,ZHANG Fu-ping.Rapid screening and protein function prediction of MSTN gene SNP sites in Guizhou local chicken breeds[J].Journal of Southern Agriculture,2020,51(8):1840-1848. |
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| Authors: | LONG Guang-li MOU Teng-hui LIU Yang RAO Yong-chao YANG De-feng TAN Guang-hui LIN Jia-dong FU Zhu-yin ZHANG Fu-ping |
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