新疆奶牛乳源大肠杆菌Irp2毒力岛的克隆及序列分析

采集新疆奶牛隐性乳腺炎乳样,经分离、鉴定,从中得到乳源大肠杆菌,并将大肠杆菌菌株用大肠杆菌O因子血清标定。根据GenBank已发表的Irp2基因序列,用Oligo 6.0生物软件设计一对特异性引物。对分离得到的大肠杆菌菌株提取基因组DNA,利用聚合酶链式反应(PCR)进行扩增。结果表明,所分离大肠杆菌中Irp2基因阳性率为35.3%(12/34),阳性样品的测序结果与已发表的Irp2基因序列高度同源,同源率在98%以上。同时发现Irp2基因的阳性率与血清型并没有相关性。     

奶牛乳腺炎源大肠杆菌中耶尔森菌强毒力岛相关基因的检测及序列分析

【目的】研究奶牛乳腺炎源大肠杆菌中耶尔森菌HPI携带情况及其与O血清型的关系,并对部分菌株的相关基因序列进行分析。【方法】从中国北京、内蒙古、甘肃、四川、重庆、云南、贵州等7个省市部分地区1 260份临床型和隐性奶牛乳腺炎奶样中分离得到190株大肠杆菌,对分离菌株进行耶尔森菌强毒力岛核心区irp2基因、fyuA基因及HPI毒力岛在大肠杆菌染色体中插入位置的鉴定,分析HPI毒力岛的携带情况及其与分离菌株O血清型之间的关系。【结果】190株大肠杆菌分离株中,irp2基因阳性率为26.31%（50/190）,fyuA基因阳性率为18.94%（36/190）。50株HPI+分离株中检出asn_tRNA_intB 基因32株,阳性率为64%（32/50）。本试验克隆的irp2基因(273 bp）、fyuA基因(1 071 bp）、asn_tRNA_intB基因(1 512 bp）均与已发表序列高度同源,同源性分别在97.1%、98.2%、97.2%以上,且其HPI毒力岛大多位于大肠杆菌染色体的asn_tRNA位点上。【结论】耶尔森菌HPI在奶牛乳腺炎源大肠杆菌中广泛流行分布,但也存在差异,而不同血清型菌株携带HPI的倾向性可能只与特定的血清型有一定的关系。     

郑州市奶牛隐性乳腺炎病原菌的分离与鉴定

为了掌握郑州市奶牛隐性乳腺炎发病情况,为奶牛隐性乳腺炎病的预防提供参考依据,结合LMT检测方法进行隐性乳腺炎细菌学分析,对郑州市泌乳期960头奶牛进行细菌的分离和鉴定。结果表明,感染的细菌主要有金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、无乳链球菌、停乳链球菌,大肠杆菌、乳房链球菌、革兰氏阳性杆菌和酵母菌等27个菌株,其中3个乳区为混合感染。结果显示,郑州市奶牛隐性乳腺炎感染普遍存在,葡萄球菌和大肠杆菌是奶牛隐性乳腺炎的主要致病菌。     

新疆奶牛子宫内膜炎大肠杆菌进化分群及耐药特性研究

为了探究新疆地区奶牛子宫内膜炎大肠杆菌进化分群及耐药特性,对新疆奶牛子宫内膜炎临床样品进行大肠杆菌的分离,采用PCR技术对大肠杆菌分离株进行种系分群、耐药基因检测,测定分离株对抗菌药物的敏感性,并对产ESBLs菌株携带质粒进行了分析。结果显示,从奶牛临床样品中成功分离到210株大肠杆菌;种群分析表明,B1群(48.1%)分布最多,其次分别是A群(28.6%)、C群(12.9%)、E群(6.7%)、D群(3.8%)。210株分离株对16种抗菌药物呈现出不同程度的耐药性,其中对红霉素的耐药率最高,为95.2%,其次是氨苄西林(83.3%)、庆大霉素(73.8%)、头孢氨苄(71.9%),而对诺氟沙星耐药率最低,为6.2%,然后是复方新诺明(6.7%)、氯霉素(10.0%)、多西环素(10.5%)。所有的分离株对不同的抗菌药物耐药,其中多重耐药性主要集中在4~10耐,且耐药表型与基因型基本一致。对产ESBLs菌株携带质粒分析表明,同一质粒可以携带多种耐药基因,这些质粒可介导菌株的多重耐药。提示新疆地区奶牛子宫内膜炎大肠杆菌流行株已经对多种临床常用药物产生了较严重的耐药性,且分离株的耐药性与耐药质粒的转移密切相关。     

奶牛乳房炎大肠杆菌的分离鉴定及其主要毒力基因原核表达载体的构建

【目的】旨在调查张掖地区奶牛临床乳腺炎中大肠杆菌的感染情况、大肠杆菌的耐药性以及携带的毒力基因,为研制安全有效的奶牛乳腺炎大肠杆菌基因工程疫苗奠定基础.【方法】在张掖地区8个牛场采集22头罹患乳房炎的乳样47份,经细菌学、形态学、药敏试验和生化法等分离鉴定其中的大肠杆菌.通过PCR扩增分离株的毒力因子,选择检出率较高的毒力因子连接T载体,胶回收纯化后,连接PET-32a(+)以构建原核表达载体,最后通过双酶切和测序进行鉴定.【结果】47份乳样中共鉴定出24株大肠杆菌,它们对头孢西丁,多粘菌素B,阿米卡星和妥布霉素高度敏感.毒力基因检测结果发现,在这24株大肠杆菌中iucD, OmpC, trat, ECs3703和OmpF的检出率100%,fimH的检出率为96.15%, colv的检出率为7.69%, cnf1的检出率为4.34%, flyvA, STb, irp2, sfadE, cnf2和LT1等均未检出.成功构建了fimH、OmpF、 trat和OmpC毒力因子原核表达载体,分别为PET-32a-fimH、PET-32a-OmpF、PET-32a-trat和PET-32a-OmpC.【结论】对张掖地区部分奶牛场奶牛乳腺炎的临床用药具有一定的参考意义,也为进一步研制奶牛乳腺炎大肠杆菌基因工程疫苗提供了生物材料.     

黑龙江奶牛肠外致病大肠埃希菌种系分类群研究

研究黑龙江省奶牛主要肠外致病(奶牛乳房炎、子宫内膜炎)大肠埃希菌的种系分类群。用PCR扩增具有种系分类群标记的chuA、yjaA基因和TSPE4.C2 DNA片段的方法,对黑龙江省84株来源于奶牛乳房炎和41株来源于奶牛子宫内膜炎的大肠埃希菌进行种系进化群分类。奶牛乳房炎所检测菌株中A进化种系群占11.90%。B1种系进化群占88.10%。奶牛子宫内膜炎所检测菌株中A种系进化群占14.63%,B1种系进化亚群占85.37%。未检测到属于B2和D群的肠外强毒力株。大肠杆菌分离株接种小鼠剖检可见明显病变。通过遗传进化分析,引起黑龙江奶牛肠外致病大肠埃希菌主要属于B1种系进化群,为奶牛乳房炎和子宫内膜炎疫苗的研制提供理论依据。     

山西部分地区犊牛腹泻大肠杆菌耐药基因分析

[目的]调查山西省某肉牛场犊牛腹泻源大肠杆菌耐药基因的流行情况。[方法]采用Kirby-Bauer纸片法和PCR法，对分离出的8株腹泻大肠杆菌进行了7种临床常用药物的药物敏感试验及相关耐药基因的检测。[结果]耐3种药物的菌株有1株，耐2种药物的菌株有6株，仅有1株菌对1种药物耐受；分离的8株犊牛源大肠杆菌菌株对四环素、庆大霉素高度耐药，耐药率分别为100%、87.5%;对氧氟沙星、阿米卡星、卡那霉素敏感性较高。分离的8株犊牛源大肠杆菌菌株的aph3′-Ⅱ、TetD和TetB基因检出率分别为75.0%、62.5%和37.5%。[结论]该肉牛场犊牛源腹泻大肠杆菌存在一定程度的耐药性。     

禽源大肠杆菌多重耐药性与I类整合子的关系

对1980-1990年的37株禽源致病性大肠杆菌进行14种抗菌药物敏感性测定和I类整合子(IntI)PCR扩增、测序以及相同大小的IntI酶切分析等.结果表明,37株分离菌中有26株大肠杆菌是多重耐药菌株(耐受3种以上抗菌药物),多重耐药率为70.3%;有23株检测到了IntI,阳性检测率为62.3%.IntI大小为500～3 300 bp;整合子中最常见的基因盒为dfr17 (甲氧苄啶耐药基因)、aadA5(链霉素、大观霉素耐药基因),最主要的基因盒排列为dfr17-aadA5.携带dfr17的绝大多数菌株对磺胺嘧啶耐药,携带aadA5的大多数菌株对链霉素不敏感,大小相同的I类整合子有相同的酶切图谱.大肠杆菌的多重耐药性与IntI的阳性检测率相关.     

奶牛乳腺炎主要病原菌PCR检测方法

针对引起奶牛乳腺炎的3种主要病原菌无乳链球菌、金黄色葡萄球菌和大肠杆菌设计了3对特异性引物,通过对单一细菌PCR扩增条件的优化、特异性和敏感性研究,确立了对这3种病原菌特异、敏感、快速的PCR鉴定和检测方法,为进一步建立奶牛乳腺炎主要病原菌多重PCR诊断方法奠定了基础。     

健康鸡猪体内大肠杆菌对四环素的耐药性及耐药基因分布

【目的】四环素作为人类和动物临床上广泛使用的广谱抗生素,其耐药性问题一直为全球所关注。健康动物体内的共生性大肠杆菌作为耐药指示菌和耐药基因的贮存库,了解其对四环素的耐药性及耐药机制对于疾病的防控具有重要意义。【方法】从健康鸡、猪体内分离大肠杆菌,用微量肉汤法检测其对四环素的耐药性,并用PCR方法对耐药菌株中8种四环素耐药基因的携带情况进行调查,运用统计学方法分析鸡、猪体内大肠杆菌分离株的耐药性和耐药基因分布情况的差异。【结果】总共分离鉴定出大肠杆菌269株,其中86.2%的菌株对四环素产生了耐药性,健康猪体内大肠杆菌分离株的耐药性明显高于健康鸡体内分离株(P0.05)。tet(A)、tet(B)和tet(M)3种四环素耐药基因广泛存在于健康鸡、猪体内的共生大肠杆菌中,所携带比例分别为87.9%、28.4%和15.5%;所有对四环素耐药的大肠杆菌均携带tet(A)或tet(B)基因,其中25.0%和2.6%的耐药菌株分别携带有2种和3种耐药基因,tet(M)基因与tet(A)或tet(A)+tet(B)基因共存于对四环素耐药的大肠杆菌中;健康鸡、猪体内耐药性大肠杆菌在tet(A)+tet(M)基因携带率方面的差异具有统计学意义(P0.01)。【结论】健康鸡、猪体内的大肠杆菌分离株普遍对四环素耐药,四环素耐药基因广泛分布于大肠杆菌分离株中,大肠杆菌对四环素的耐药机制以主动外排作用为主,核糖体保护基因在大肠杆菌对四环素耐药机制方面的作用尚待进一步的研究。     

传染性法氏囊病病毒的分离及其VP2高变区序列的比较

[目的]从病鸡中分离传染性法氏囊病病毒(IBDV),并对其VP2基因高变区序列进行比较。[方法]采用鸡胚绒毛尿囊膜(CAM)接种SPF鸡胚的方法分离到2株IBDV。对分离株(vVP2)进行扩增和序列测定,分析分离株的关键氨基酸位点特征,并与参考毒株相应序列进行同源性比较。[结果]2株分离株特征性位点的氨基酸为222A、249Q、254G、256I、279D、284A、294I和299S,属于wIB-DV的特征,与wIBDV参考株具有较高的同源性,其核苷酸和氨基酸同源性分别为96.0%～97.0%和98.7%～99.4%。从遗传进化树来看,2个分离株与参考的vvIBDV也在一个分支。此外,2个分离株表现出与该鸡场常用的疫苗株MB有较高的同源性,其核苷酸和氨基酸同源性分别为96.8%和98.1%,并在遗传进化树中同属于一个大分支,但其特征性位点的氨基酸明显不同。在其他氨基酸位点上,2个分离株均发生了D212N的特有变化。[结论]该鸡群感染的IBDV具有vvIBDV的分子特征,并发生了与疫苗株和参考株不同的分子变化。     

30株鸡传染性支气管炎病毒标准株与分离株S1基因的克隆及序列分析

利用IBVS1基因特异性引物对30株IBV毒株进行RT-PCR扩增,产物经纯化后进行测序,并利用DNAstar MegAlign软件分析S1基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列。结果表明,广西分离株GXIB/02与Mass41、Conn、Ark、PA、Del、JMK、H52参考株的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性均较低,与美国80年代分离的毒株MW34、hotle、cal15、AustT株的序列同源性也很低。这一结果与血清学试验结果相吻合,说明广西分离株GXIB/02与当今流行的标准株以及过去流行的毒株都不相同,是一个新的变异株,由此推断广西已有不同血清型IBV毒株存在,可能导致新的变异株流行。     

三株猪2型圆环病毒甘肃分离株的全基因组序列分析

根据GenBank中发表的猪2型圆环病毒(PCV2)全基因组序列,设计合成了2对引物,采用PCR方法对来自甘肃不同猪场的3份病料中的PCV2进行基因的扩增、克隆和测序,得到全基因组长度为1 768 bp的PCV2Ww株(登录号DQ322701)以及全基因组长度为1 767 bp的PCV2 LZ株和TS株(登录号DQ363860和DQ355153).应用DNAstar软件序列分析可得,3个分离株全基因组与国内外参考毒株核苷酸序列同源性在94.8%~99.4%,3个分离株之间的核苷酸序列同源性为96.4%~99.4%;PCV2分离株与PCV1分离株核苷酸序列同源性为69.0%~70.0%;ORF1和ORF2所编码的氨基酸序列与国内外PCV2毒株比较,同源性也很高,分别为99.0%~99.4%和92.7%~98.7%.进化树分析表明,PCV2分离毒株在进化上存在地域上的相关性.     

小麦纹枯病菌拮抗链霉菌SCY505的筛选与鉴定

从河南省许昌地区的小麦田土样中分离到1株对小麦纹枯病菌有稳定拮抗作用的链霉菌菌株SCY505。在形态特征、生理生化特性和细胞壁化学组分分析的基础上,结合16S rDNA及16S-23S rDNA intergenic spacer region(ISR)序列分析,对菌株SCY505进行了分类鉴定,同时测定了该菌株的拮抗谱。结果表明,SCY505的基内菌丝无横隔,不断裂;气生菌丝多分枝,孢子丝直生或呈螺旋状,孢子椭圆形或圆柱形,表面光滑;细胞壁化学组分Ⅰ型;16S rDNA序列长度1521bp(GU045548),与淡紫灰链霉菌的16S rDNA序列同源性达99.7%,ISR序列长度372bp(GU358067),与淡紫灰链霉菌亚种(U93347)的ISR序列同源性为82.9%,初步认为SCY505是淡紫灰链霉菌的一个亚种,暂命名为淡紫灰链霉菌许昌亚种(Streptomyces lavendulaesub sp.xuchangensis)。该菌株对供试的10种植物病原真菌均有较好的抑制效果。     

白斑综合征病毒广西株缺失区基因的比较分析

为了解广西养殖凡纳滨对虾中白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的感染流行情况,并探讨WSSV广西株缺失区ORF23/24基因的遗传进化差异及其与各地WSSV毒株间的遗传进化关系,2010年5月至2013年9月在广西凡纳滨对虾主产区北海、钦州和防城港共采集306份患病虾样品,应用世界动物卫生组织(OIE)推荐的套式聚合酶链式反应(nested-PCR)方法进行WSSV检测;选取第一轮PCR为阳性的53份样品进行缺失区ORF23/24基因的PCR扩增,并将12份阳性PCR产物进行克隆、序列测定与比较分析。结果显示:306份患病虾样品中有82份为WSSV感染阳性,阳性率为26.8%;12株WSSV广西株缺失区ORF23/24基因大小均为2 096 bp,相对于此区域最为完整的WSSV-TW株,广西株均在中间缺失了10 970 bp;12株WSSV广西株的缺失区ORF23/24基因差异小,核苷酸同源性均在99.6%以上,仅存在少数碱基的替换,没有缺失和插入,其中BH-3、QZ-1、FCG-1和FCG-2的核苷酸序列完全一致;基于缺失区构建的系统发育进化树显示,WSSV广西地方株在遗传上相距较近,全部与印度株IN-05-Ⅰ聚在一个大的分支,而与台湾株、中国株及韩国株在遗传上相距较远。研究表明,WSSV感染在广西凡纳滨对虾主要养殖地区存在一定程度的流行;广西WSSV毒株缺失区ORF23/24基因的变异类型为中间大片段缺失,各毒株间无明显的地域和时间差异;WSSV广西株与印度株IN-05-Ⅰ的遗传进化关系最近。     

D型产气荚膜梭菌青海分离株ε毒素遗传变异分析

研究D型产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)青海分离株ε毒素基因的遗传变异特点,试验设计特异性引物扩增ε毒素基因,目的基因片段大小为888 bp.建立PCR反应体系并设置反应条件,扩增产物进行电泳检测、纯化、测定核苷酸序列,与参考序列进行同源比对分析.结果表明,目的基因扩增良好,分离菌株WC-epsilon-FL与菌株C60-3、NCTC 8346、Mukteshwar、AJ250956的核苷酸序列的同源性依次为99.9％、99.8％、98.9％、99.4％.     

2014-2017年中国部分地区PEDV流行株S基因遗传进化分析

参考GenBank中PEDV经典CV777毒株基因组序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法对临床采集的疑似PEDV样品进行S基因扩增、克隆和测序,拼接获得30条完整S基因序列,并进行遗传进化及同源性分析。结果显示,获得的30条PEDV S基因与25个参考株S基因的核苷酸相似性介于93.6%～99.8%;且各流行毒株与经典毒株比较,具有多处的点突变、插入和缺失。与其他参考株相比,S1区存在157个氨基酸突变位点,占总数的65.7%（157/239）,暗示PEDV的 S1区域比S2区域易发生变异;表明目前中国PEDV流行株已经发生了变异,在一定程度揭示了免疫猪群仍然发病的原因。     

2株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列测定及遗传性分析

[目的]探讨2株H9N2分离毒株与其他参考毒株的全基因组遗传变异关系。[方法]采用RT-PCR技术扩增了2株H9N2亚型禽流感病毒分离株8个基因片段的全基因序列,并对所得序列与6个参考毒株进行了同源性比较及遗传进化树分析。[结果]2个毒株与6个参考毒株全基因组同源性在91.1%～95.4%,PG08与C/BJ/1/94的全基因序列的核苷酸同源性最高为91.3%;而ZD06与D/HK/Y280/97最高为92.3%。2个分离株的HA基因裂解位点均为PARSSR/GLF,均为H9N2低致病力禽流感病毒。[结论]ZD06株与C/Pak/2/99的亲缘关系最近,属欧亚种系;PG08株与其他毒株亲缘关系稍远,它可能是不同亚支基因重排的产物。     

枣疯病植原体新疆分离物16S rDNA基因克隆与序列分析

利用植原体16SrDNA基因保守序列通用引物对新疆阿克苏地区和喀什地区的疑似枣疯病植株总DNA进行常规PCR和巢式PCR检测,分别扩增出1.5kb和1.2kb的特异性片段。对片段进行克隆、序列测定分析及系统发育树构建,结果表明,新疆枣疯病阿克苏分离物和喀什分离物的16SrDNA基因序列同源性极高,达到100%,与16SrⅤ组植原体的同源性达到98.4%以上,并且与16SrⅤ-B亚组中的枣疯病山东莱芜株系、山东龙口株系同源性最高,达到99.5%,因此归属于榆树黄化组16SrⅤ-B亚组。首次报道新疆枣疯病植原体16SrDNA的序列,确定新疆枣疯病植原体的分类地位,为枣疯病的早期诊断和检测提供依据。     

藏鸡NDV的分离鉴定及F基因的遗传进化分析

【目的】探讨藏鸡NDV的毒力和F基因的遗传进化特征。【方法】从采集的藏鸡病料中分离鉴定NDV,通过测定鸡胚平均致死时间（MDT）和1日龄雏鸡脑内接种致死指数（ICPI）来确定分离株的毒力。采用RTPCR方法克隆藏鸡NDV分离株F基因,测序后进行序列分析,并进行进化分析。【结果】共分离鉴定出F5、FX10、F20、F74、F75、F17、F72、FH2等8株NDV,其中F17、F72、FH2为强毒株,其余5株为弱毒株。8株病毒F基因ORF均为1 662 bp,编码553个氨基酸,强毒株ORF编码产物含有12个半胱氨酸残基,弱毒株有13个半胱氨酸残基,比强毒株在27位(强毒株C²⁷变为R²⁷)多了1个半胱氨酸残基;有6个潜在的糖基化位点。分离的8株NDV与GenBank中发表的20株NDV参考毒株比较结果表明,F蛋白氨基酸序列变异位点较多,主要集中在8-30,97-124,45,385-386,402-403,479-494,509-520位氨基酸处,强毒株AA替代较集中,而弱毒株保守区较多且AA替代较分散。分离NDV株之间F基因编码区核苷酸序列同源性为83.5%～99.9%,其中强毒株之间同源性为95.2%～99.4%,弱毒株之间同源性为99.4%～99.9%。分离NDV株之间F基因编码的氨基酸同源性为87.5%～99.5%,其中强毒株之间同源性为95.3%～98.2%,弱毒株之间同源性为98.6%～99.5%。进化分析显示,3株强毒株均为基因Ⅶ型,5株弱毒株均为基因Ⅱ型。【结论】分离了8株藏鸡NDV,其中3株为强毒株,属于基因Ⅶ型;5株为弱毒株,属于基因Ⅱ型。