水田七群体的ITS基因片段序列研究

利用ITS序列分析技术,对采自云南、广西、贵州共4个水田七居群共40个样品进行遗传多样性研究。结果表明:4个水田七居群各有一个独有单倍型,居群之间无共享单倍型,遗传多样性主要存在于居群之间且可能与纬度有关,与地理距离关系不大。     

云南黄毛草莓的nrDNA ITS和cpDNA psbA-trnH序列分子鉴定及进化特征分析

[目的]利用核糖体DNA(nrDNA)ITS序列和叶绿体DNA(cpDNA)psbA-trnH序列对云南不同地理区域的黄毛草莓进行分子鉴定,并分析不同地理居群间的分子进化及地理分布特征,为黄毛草莓种质鉴定、保护及开发利用提供理论依据.[方法]以云南省12个不同地理区域的黄毛草莓居群样品为材料,PCR扩增其ITS和psbA-trnH序列,并进行双向测序及序列合并,分别基于ITS和psbA-trnH序列及二者合并序列构建系统发育进化树.最后利用DnaSP 5.10对ITS和psbA-trnH序列进行核苷酸多样性(π)及单倍型数目、类型和多样性(Hd)分析,并对黄毛草莓居群进行中性检验及分子进化特征分析.[结果]基于ITS和psbA-trnH序列的聚类分析结果均显示,12个不同地理区域的黄毛草莓居群样品均与GenBank数据库中下载的黄毛草莓聚在一个分支上,分支自展值均大于阈值(75%),表明这两种序列均可用于黄毛草莓种质的分子鉴定.基于二者合并序列的聚类分析结果与上述结果基本一致,但分支自展值达99%,表明该聚类分析结果更可靠.不同地理区域的黄毛草莓ITS序列间的遗传距离为0~0.014,排序为迪庆州>昆明市>文山州,psbA-trnH序列间的遗传距离为0~0.025,排序为昆明市>迪庆州>文山州,推测ITS和psbA-trnH序列均能显示黄毛草莓居群遗传分化与地理分布格局的相关性.ITS序列长度为668 bp,变异位点百分率为1.8%,共有8种单倍型,Hd和π分别为0.894±0.078和0.006,以昆明市黄毛草莓样品的单倍型最多,为4种;psbA-trnH序列有203 bp,变异位点百分率为2.5%,psbA-trnH序列共有5种单倍型,Hd和π分别为0.788±0.090和0.009,以昆明市黄毛草莓样品单倍型最多,为3种,表明两种序列的单倍型均呈现地理分布格局.黄毛草莓ITS和psbA-trnH序列的中性检验Tajima's D值分别为-0.673和0.227(P>0.1),表明云南省12个不同地理区域的黄毛草莓居群保持稳定状态,在截至目前的历史时间内不存在扩张.[结论]从云南不同地理区域采集的样品均为黄毛草莓.ITS序列和psbA-trnH序列均可作为黄毛草莓的DNA条形码,二者的合并序列更能准确鉴定黄毛草莓种,适用于黄毛草莓分子谱系地理学研究.     

青海栽培黄管秦艽的叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸变异和遗传分析

[目的]研究青海栽培黄管秦艽（Gentiana officinalis H.Smith）的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10种不同的单倍型,通过单倍型序列间比对,发现了7个变异位点,黄管秦艽具有较高的遗传多样性（h=0.771）,单倍型多态性水平（h）为0.563~0.857,核苷酸多态性水平（π）为0.002 43~0.006 31。居群遗传分化系数Gst为0.196 0,基因流Nm值为2.05,80.40%遗传变异主要存在于居群内。[结论]青海栽培黄管秦艽的种质遗传多样性较高,有利于培育高品质的药材。     

青海栽培黄管秦艽的叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸变异和遗传分析(英文)

[目的]研究青海栽培黄管秦艽Gentiana officinalis H.Smith的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10种不同的单倍型,通过单倍型序列间比对,发现了7个变异位点,黄管秦艽具有较高的遗传多样性(h=0.771),单倍型多态性水平(h)为0.563-0.857,核苷酸多态性水平(π)为0.00243-0.00631。居群遗传分化系数Gst为0.1960,基因流Nm值为2.05,80.40%遗传变异主要存在于居群内。[结论]青海栽培黄管秦艽的种质遗传多样性较高,有利于培育高品质的药材。     

山西草地早熟禾种质资源遗传多样性ISSR分析

[目的]本文旨在评价山西本土草地早熟禾(Poa pratensis L.)种质资源的遗传多样性和遗传结构。[方法]本研究利用10对ISSR引物对采集于10个野生居群的49份种质资源样品和1份商品种‘爱美(Aimyth)’进行遗传差异分析,利用PopGen1.32软件计算各居群间及样品间的遗传相似系数、基因多样性指数、香农信息指数等遗传参数,利用GenAlEx 6.5软件计算居群间多态位点比例,利用NTSYSpc-2.10e软件构建亲缘关系聚类图。[结果]10条ISSR引物共扩增出250条谱带,引物多态性比率为94.80%。11个居群间的遗传相似系数为0.580 0～0.946 7。据UPGMA聚类分析,在遗传相似系数0.75处,11个居群共分为5类。其中与大部分供试样品地理位置较远的右玉居群、屯留居群和商品种‘爱美’为单独一类。在11个居群中,其中样品数较丰富的7个居群基因多样性指数介于0.097 1～0.247 0之间,而香农信息指数介于0.139 8～0.368 3之间,多态位点比例介于22.80%～70.00%之间。此7个居群内的遗传多样性水平差异较大,其中芽庐山居群内的遗传多样性水平最高,五台山居群内的遗传多样性水平最低。[结论]山西地区草地早熟禾具较高的遗传多样性,不同居群间的遗传多样性水平存在差异,野生居群与商品种‘爱美’间均存在较大的遗传距离。     

新疆核桃种质资源遗传多样性的ISSR分析

[目的]通过ISSR标记技术,对新疆核桃种质资源的遗传多样性及遗传结构进行分析,为该资源的保护与利用提供理论依据和技术支持.[方法]采用ISSR标记对5个居群和1个栽培类型共163份样品进行遗传多样性分析.[结果]用13条引物对163份样品进行扩增,共检测扩增位点117个,其中多态性位点98个.在物种水平上,多态性位点百分率(PPL)为83.76%,Nei's基因多样性(H)为0.3010,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.4182;在居群水平上,多态性位点百分率平均为68.36%,Nei's基因多样性(H)平均为0.1 265,Shannon信息指数(Ⅰ)平均为0.1651.基于Nei's遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数(Gst)为0.6425,表明有64.25%的遗传变异存在于居群间.居群间的遗传一致度平均为0.7499,估测的居群问基因流(Nm)为0.2782,表明核桃采集的6个居群或类型之间存在较小的基因流.AMOVA方差分析也表明居群间的核桃遗传变异大于居群内.Mantel检测与UPGMA聚类均表明居群间的遗传距离与居群的地理距离之间具有较高的相关性.[结论]新疆核桃遗传多样性水平较高,居群之间遗传分化大,种质资源保护和利用策略首选就地保护;在就地保护过程中,通过监测遗传多样性水平可评价其保护的有效性.     

基于psbA-trnH和rDNA ITS序列的不同地理居群巴戟天聚类分析

[目的]基于psbA-trnH和rDNA ITS序列进行不同地理居群巴戟天聚类分析,探讨不同地理居群巴戟天遗传变异与地理分布之间的相关性,为其道地性研究提供理论参考.[方法]以13个来自广东、广西和福建的不同地理居群巴戟天为研究对象,采用改良CTAB法提取其新鲜叶片DNA,以其为模板分别扩增psbA-trnH和rDNA ITS序列.采用ClustalX 1.81进行多重对位排列,应用MEGA 6.06中K2P(Kimura 2-parameter)模型计算遗传距离,并运用邻近法构建系统发育进化树.[结果]不同地理居群巴戟天的psbA-trnH序列长度为306 bp,GC含量为27.2%,保守率83.33%,变异率16.67%,简约信息率26.14%;不同地理居群巴戟天的rDNA ITS序列长度为571 bp,GC含量为64.1%,保守率91.42%,变异率8.58%,简约信息率14.19%.不同地理居群巴戟天的psbA-trnH序列遗传距离为0~0.128,其中广东省的5个样品间遗传距离整体较小;福建省的4个样品与广西和广东的样品间遗传距离整体较大.不同地理居群巴戟天的rDNA ITS序列遗传距离为0~0.102,其中福建省的永定2号与其他样品遗传距离均较大.基于psbA-trnH和rDNA ITS序列构建的系统发育进化树均将广东省的5个巴戟天样品聚为一支,但rDNA ITS序列构建的系统发育进化树还将广西区的4个巴戟天样品聚为一支,说明其可较好地区分广东省和广西区不同地理居群的巴戟天.[结论]巴戟天遗传结构与地理分布存在一定的相关性,深入研究巴戟天遗传变异与地理分布间的相关性时应以rDNA ITS序列为主、psbA-trnH序列为辅.     

根据EH277045衍生序列变异分析中国互花米草种群的遗传结构

[目的]在核DNA水平根据DNA序列变异分析我国沿海8个互花米草种群的遗传结构。[方法]根据互花米草EST序列EH277045的序列信息设计引物,在8个种群共75份样本中扩增该衍生序列,采取直接测序的方法,比较序列差异,计算多种遗传参数,分析中国互花米草种群的遗传多样性与变异。[结果]共得到28个多态位点将75份样本分为25种单倍型,核苷酸多样性为0.011,单倍型多样性为0.794;种群间基因分化系数GST为0.163、遗传分化指数FST为0.222;AMOVA分析揭示79%的遗传差异来源于种群内,21%的遗传差异来源于种群间。[结论]我国互花米草种群遗传多样性水平高,种群间遗传分化较低,遗传多样性主要存在于种群内。     

海南岛与广东外来入侵植物 假臭草的亲缘关系研究

为探究假臭草入侵海南岛的途径,研究了海南岛与粤西假臭草的亲缘关系。选择海南和广东的8 个假 臭草居群,研究了居群之间的遗传多样性、形态学和生物量分配特征。根据遗传多样性的聚类分析发现院海南岛的5 个居群聚为第1 组,广东省的阳江（YJ）和徐闻（XW）2 个居群聚为第2 组,广东鹤山HS与第2 组的亲缘关系比第1 组（海南组）更近一些。第2 组与海口HK三亚SY居群亲缘关系比琼海（QH）、琼中（QZ）、儋州DZ3 个居群更近结合遗传多样性的聚类分析、形态学特征和生物量分配特征分析8 个居群假臭草的亲缘关系,为研究假臭草入侵海 南岛的途径提供理论依据。     

青海五裂茶藨子叶绿体DNA psbA-trnH序列的遗传变异研究

采集青海不同地理居群五裂茶藨子植物样品,采用改良CTAB法提取五裂茶藨子总DNA。运用分子生物学技术分析青海不同地理居群五裂茶藨子的遗传多样性。结果表明:青海不同地理居群五裂茶藨子psbA-trnH序列可分为11种单倍型,存在38个变异位点,具有较高的遗传多样性（h=0.684 1）,单倍型多态性水平（h）为0.464 3～0.892 9,核苷酸多态性水平（p）为0.005 90～0.023 33。居群遗传分化系数G_st为0.042,基因流值N_m为0.014 98。     

湖北省不同地区油茶遗传多样性的AFLP分析

[目的]研究湖北省油茶资源的遗传多样性。[方法]采用AFLP标记对湖北省5个地区油茶的遗传多样性进行研究。[结果]用4对引物对48个个体进行扩增,获得清晰的扩增条带45条,其中多态性条带38条,占84.44%;油茶居群的多态位点在22.22%～53.33%,有效等位基因数（Ne）在1.140 1～1.228 3,Nei′s基因多样性指数在0.084 3～0.144 2,Shannon′s信息指数在0.126 2～0.227 8。聚类分析将居群分为2大类群,在分子水平上显示了其亲缘关系。[结论]油茶不同居群间遗传多样性水平相差较大,油茶遗传分化主要存在于居群内。为今后油茶育种亲本的选配提供理论依据。     

8个云南主要栽培梨品种亲缘关系的ISSR分析

[目的]探索利用简单序列重复间区（ISSR）分子标记研究供试栽培梨品种的分类和系统发育。[方法]利用ISSR分子标记技术对8种云南主要栽培梨品种的亲缘关系进行分析。[结果]ISSR—PCR反应体系优化结果表明,20μl ISSR．PCR反应体系中各因素的最佳浓度分别为：1×PCR buffer、100μmol／L dNTP、0．3μmol／L引物、20ng的模板DNA和1．5U Taq DNA聚合酶,并在此基础上建立了梨ISSR—PCR反应体系。从24个引物中筛选出9个能扩增出清晰带并具多态性的引物,共扩增出了135条DNA片段,其中102个DNA片段呈现多态性,占总扩增片段的75．5％。利用NTSYS—pc2．10t软件计算8种梨品种间的Jaccard遗传相似系数。结果显示梨品种间的相似性系数为0．186～0．750,平均遗传相似性系数为0．476。UPGMA聚类分析表明,8种梨品种可以聚为2类：第一类群包括日本水晶梨、早95-2、四川火把和西子绿;第二类群由早酥、金花、旱黄酥和砀山梨4个品种组成,这与传统分类结果一致。[结论]该研究为梨资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。     

苦荞种质资源AFLP标记遗传多样性分析

 【目的】从分子水平研究苦荞种质资源的遗传多样性,为综合评价苦荞种质资源提供依据。【方法】用筛选出的20对AFLP引物,对14个不同地理来源的165份苦荞种质进行遗传多样性分析。【结果】共扩增出938条清晰的条带,其中314（33.48%）条呈多态性,平均每对引物组合的条带数和多态性带数分别为46.9个和15.7个。不同地理来源苦荞种质的Shannon-Weaver多样性指数为0.1093～0.2661,四川资源群最高,青海、云南和甘肃/宁夏等资源群次之,湖南资源群最低。利用Popgen Ver.1.32软件,依不同地理来源苦荞资源群间Nei′s遗传一致度可聚类成5个组,聚类结果与苦荞地理分布相关。基于Structure 2.2软件分析,165份苦荞资源分为5大组群,并与Popgen Ver.1.32聚类结果呼应得较好,其中云南和四川资源的群体结构最复杂,最为多样化,分别被聚到了5个组群中。【结论】苦荞类群的亲缘关系以及遗传多样性与其地理分布有一定相关性。     

云南铁壳麦变种分类及基于农艺性状的遗传多样性分析（英文）

[目的]为给云南省小麦新品种选育以及物种保护研究提供依据。[方法]对29份云南铁壳麦进行了变种分类和基于14个农艺性状的遗传多样性分析。[结果]云南铁壳麦A14为一未定名的白粒变种,其余28份材料分为10个已定名变种类型;云南铁壳麦农艺性状变异较丰富,以不孕小穗数变异系数最大（22.59%）,抽穗期的变异最小;云南铁壳麦7个农艺性状的多样性指数变化较大,为1.55～2.04。29份云南铁壳麦分为3个类群,但同一变种类型的云南铁壳麦并未整齐的聚为1类;云南铁壳麦A13、A14和A21间的遗传关系相对较近,而与其他云南铁壳麦间的遗传关系相对较远。[结论]云南铁壳麦在农艺性状上存在较为广泛的遗传多样性。     

车前种质资源遗传多样性ISSR分析

[目的]研究江西、湖南、湖北等7个省份的车前种质资源的遗传多样性。[方法]采用ISSR技术,对28份车前样品进行遗传多样性和亲缘关系分析。[结果]从40条引物中共筛选出16条可用于车前遗传多样性分析的ISSR引物,共扩增出131条带,其中多态性条带(PPB)有107条,占81.7%。ISSR数据分析显示,多态性位点百分率(P)为75.3%;平均等位基因观测数为0.071 3;有效等位基因数为0.299 0;Nei,s基因多样性指数(H)为0.360 1;Shannon多态性信息指数(I)为0.535 4。[结论]车前种质资源遗传多样性的地理差异较为明显;野生种与栽培种基因型差异较大。     

紫贻贝野生群体与养殖群体线粒体COI基因的遗传比较分析

[目的]比较紫贻贝野生群体与养殖群体线粒体COⅠ基因的遗传多样性,为其种质资源筛选提供理论依据。[方法]采集山东省乳山市野生紫贻贝(Mytilus edulis Linnaeus)和养殖紫贻贝各12个样本;通过设计特异性引物,采用PCR技术对24个个体的mtDNA COⅠ序列进行了扩增,测序得到的序列总碱基数为706 bp;采用MEGA(Version 4.0)和DnaSP(Version 4.0)软件对序列进行了分析。[结果]24条序列中T、C、A和G碱基平均含量分别为34.6%、16.7%、25.9%和22.8%,其中A+T的含量(60.5%)显著高于G+C含量(39.5%),表现了明显的碱基偏倚。24个个体表现为18种单倍型,包括568个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.683,单倍型多态性(h)为0.953,核苷酸多态性(π)值为0.317 69。[结论]紫贻贝的遗传多样性水平较高,且乳山养殖群体和野生群体无遗传分化。     

羽毛针禾种群遗传多样性分析

[目的]从分子水平对羽毛针禾居群内、居群间的遗传分化进行研究,揭示其遗传多样性水平。[方法]使用11条RAPD引物对生长于古尔班通古特沙漠的优良固沙植物羽毛针禾进行居群遗传变异分析。[结果]7个居群76个样品共检测到125个位点,总多态位点百分比为96.8%,居群内平均多态位点百分比为45.3%;羽毛针禾种群Shannon表型多样性指数（I）为0.5151,Nei’s基因多样度指数（h）为0.3471;居群间的基因分化系数为0.5284,即有52.84%的遗传多样性存在于居群间。[结论]羽毛针禾居群有较为丰富的遗传变异,且各居群间已有了明显分化。     

根据EH277045衍生序列变异分析中国互花米草种群的遗传结构

[目的]在核DNA水平根据DNA序列变异分析我国沿海8个互花米草种群的遗传结构。[方法]根据互花米草EST序列EH277045的序列信息设计引物,在8个种群共75份样本中扩增该序列,采取直接测序的方法,比较序列差异,计算多种遗传参数,分析中国互花米草种群的遗传多棹性与变异。[结果]共得到28个多态位点,将75份样本分为25种单倍型,核苷酸多样性为0．01l,单倍型多样性为0．794;种群间基因分化系数Gst,为0．163,遗传分化指数Fst,为0．222;AMOVA分析揭示79％的遗传差异来源于种群内,21％的遗传差异来源于种群间。[结论]我国互花米草种群遗传多样性水平高,种群间遗传分化较低,遗传多样性主要存在于种群内。     

云南地方香稻与非香稻遗传多样性比较

1材料与方法 1．1材料 供试水稻种子全部来自于云南省农业科学院种质资源保存库,是否为香稻品种均依据保存目录的性状记载、并采用咀嚼法对其进行再次验证。其中香稻10份,非香稻45份（表见第57页Table 1：品种及其来源）。供试所有香稻和非香稻品种均具有不同的云南省种质资源保存库编号。特别是10份香稻品种,来自于云南的5个相距较远的地方,在云南栽培香稻中具有一定代表性。