中药秦艽基原植物的DNA分子鉴定

[目的]分析秦艽基原植物间不同DNA序列的差异,为秦艽药材DNA条形码的筛选和基原鉴定提供分子证据。[方法]采用PCR扩增纯化后直接测序的方法,测定大叶秦艽（G.macrophylla Pall.）、麻花艽（G.straminea Maxim.）、粗茎秦艽（G.crassicaulis Duthie exBurk.）、小秦艽（G.dahurica Fisch）、黄管秦艽（G.officinalis H.Smith）5种植物的核糖体DNA ITS、叶绿体DNApsbA-trnH核苷酸序列,并作序列同源性分析。[结果]cpDNApsbA-trnH序列长度变异范围为316~318 bp,有7种不同的单倍型,单倍型间有7个变异位点,序列的GC含量为21.2%;最大简约树的聚类结果与单倍型反映的结果一致。nrDNAITS序列长度变异范围为624~625 bp,有5种不同的单倍型,单倍型间有12个变异位点,序列的GC含量为59.3%;最大简约树的聚类结果表明,小秦艽与麻花艽聚为一支,大叶秦艽与黄管秦艽聚为一支,粗茎秦艽位于聚类图的最基部。[结论]nrDNAITS序列较适合作秦艽基原植物的DNA分子鉴定。     

一种高效提取虎耳草科植物基因组DNA的方法

[目的]探索从虎耳草科植物中提取DNA的有效方法。[方法]采用改进的CTAB法,从11种虎耳草科植物中提取DNA。以提取的DNA为模板,利用通用引物"psbAF"和"trnHR"对虎耳草科植物叶绿体DNApsbA-trnH片段进行PCR扩增。[结果]通过该方法提取的DNA纯度较高,质量较好。用所得DNA进行psbA-trnH扩增的产量高,可用于后续的测序等分析。对山地虎耳草的PCR产物纯化后进行测序,得到262 bp的序列。将其与GenBank中的虎耳草属其他植物的psbA-trnH序列进行比对分析,证实该序列为目标psbA-trnH片段的区域。[结论]该方法可有效去除次生物质对DNA的干扰,提取的基因组DNA可用于叶绿体psbA-trnH测序分析和其他遗传学分析。     

青海栽培黄管秦艽的叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸变异和遗传分析

[目的]研究青海栽培黄管秦艽（Gentiana officinalis H.Smith）的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10种不同的单倍型,通过单倍型序列间比对,发现了7个变异位点,黄管秦艽具有较高的遗传多样性（h=0.771）,单倍型多态性水平（h）为0.563~0.857,核苷酸多态性水平（π）为0.002 43~0.006 31。居群遗传分化系数Gst为0.196 0,基因流Nm值为2.05,80.40%遗传变异主要存在于居群内。[结论]青海栽培黄管秦艽的种质遗传多样性较高,有利于培育高品质的药材。     

青海栽培黄管秦艽的叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸变异和遗传分析(英文)

[目的]研究青海栽培黄管秦艽Gentiana officinalis H.Smith的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10种不同的单倍型,通过单倍型序列间比对,发现了7个变异位点,黄管秦艽具有较高的遗传多样性(h=0.771),单倍型多态性水平(h)为0.563-0.857,核苷酸多态性水平(π)为0.00243-0.00631。居群遗传分化系数Gst为0.1960,基因流Nm值为2.05,80.40%遗传变异主要存在于居群内。[结论]青海栽培黄管秦艽的种质遗传多样性较高,有利于培育高品质的药材。     

中药秦艽基原植物的DNA分子鉴定

[目的]分析秦艽基原植物间不同DNA序列的差异,为秦艽药材DNA条形码的筛选和基原鉴定提供分子证据。[方法]采用PCR扩增纯化后直接测序的方法,测定大叶秦艽G.macrophylla pall.、麻花秦艽G.straminea Maxim.、粗茎秦艽G.crassicaulis Duth-ieex Burk.、小秦艽G.dahurica Fisch、黄管秦艽G.officinalis H.Smith5种植物的核糖体DNAITS、叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸序列,并作序列同源性分析。[结果]cpDNA psbA-trnH序列长度变异范围为316-318bp,有7种不同的单倍型,单倍型间有7个变异位点,序列的GC含量为21.2%。最大简约树的聚类结果与单倍型反映的结果一致。nrDNA ITS序列长度变异范围为624～625bp。有5种不同的单倍型、单倍型间有12个变异位点,序列的GC含量为59.3%。最大简约树的聚类结果表明,小秦艽与麻花艽聚为一支,大叶秦艽与黄管秦艽聚为一支,粗茎秦艽位于聚类图的最基部。[结论]nrDNAITS序列较适合作秦艽基原植物的DNA分子鉴定。     

西川红景天nrDNA ITS序列初步研究(英文)

[Objective] The study aimed to analyze the ITS sequences of nrDNA from Rhodiola alisa and investigate the difference of evolution rate between nrDNA and trnS-trnG and rpl20-rps12 sequences of cpDNA(chloroplast DNA).[Method]Total DNA was extracted from silica-dried leaves of R.alsia by using modified CTAB method.With the extracted DNA sample as template,nrDNA ITS region was amplified,then purified and sequenced.In addition,the yielded ITS sequences were also compared with the known trnS-trnG and rpl20-rps12 sequences of cpDNA from R.alsia.[Result]The ITS sequence of nrDNA from R.alsia was 701 bp in length,of which 13 variable sites were found with a percentage of 1.85%.Of the 13 variable sites,8 were caused by point mutations,5 were the results of insertions or deletions.The(A+T)content and(G+C)content were 46.9% and 53.1%,respectively.The nucleotide diversity(π)was 0.004 27.[Conclusion]The ITS region of nrDNA from R.alsia was more conservative and evolved more slowly than the trnS-trnG and rpl20-rps12 sequences of its cpDNA.     

青海野生与栽培麻花艽psbA-trnH序列的比较

[目的]分析野生与栽培麻花艽（Gentiana straminea Maxim.）psbA-trnH序列的差异,为麻花艽的基源鉴定和品质评价提供分子依据。[方法]采用PCR扩增纯化后直接测序的方法,测定野生与栽培麻花艽cpDNA psbA-trnH核苷酸序列并作序列同源性分析。[结果]野生与栽培麻花艽的cpDNA psbA-trnH片段长度分别为316和317 bp,两者之间有4个碱基的变异。[结论]利用psbA-trnH区序列的差异可以鉴别野生与栽培麻花艽。     

西川红景天nrDNA ITS序列初步研究

[目的]对西川红号天nrDNA ITS序列进行分析，并与cpDNA（叶绿体DNA）trnS-trnG序列和rpl20-rps12序列进行比较，从而初步比较2套植物基因组的进化速率。[方法]采用改良CTAB法从硅胶干燥的西川红景天叶片中提取总DNA，并对nrDNA ITS区进行扩增、纯化、测序，然后与cpDNA trnS-trnG和rp120-rps 12序列进行比较。[结果]序列比对后得到长度为701bp的ITS序列，其中变异位点13处，占总序列的1.85％。在13处变异位点中，8处为碱基置换，5处为插入／缺失。（A＋T）含量为46．9％，（G＋C）含量为53．1％。核苷酸多样性为0．00427。[结论]西川红景天nrDNA ITS区域较cpDNA trnS-trnG序列和rp120-rps12序列保守，进化速率较慢。