我国部分区域链格孢属 rDNA ITS区序列分析

[目的]对我国部分区域链格孢属rDNA ITS序列进行分析,从而在分子水平上对其进行鉴定。[方法]使用通用引物ITS4和ITS5对分离自我国部分区域不同寄主链格孢属（AlternariaNees）34个菌株进行ITS基因（ITS1-5.8S-ITS2）的PCR扩增和测序。[结果]序列分析结果表明：5.8S rDNA全长为159 bp,保守程度高,参试的34株菌均一致;ITS区变化相对较大。与A.tenuissima或A.alternata100%同源的分离菌株均表现出对地域和基质的广适性;菌株在5.8S/ITS存在的差异,说明寄主本犀科的丁香叶、蔷薇科、茄科等部分植物的链格孢具有一定的多样性。但同时也发现ITS序列标记在链格孢属部分种间应用有一定的局限性;基于序列ITS1-5.8S-ITS2聚类关系与其地理来源和寄主相关性不大。[结论]ITS序列分析法可为链格孢属的分子鉴定提供理论依据。     

一种快速、特异性检测小麦中链格孢菌（Alternaria alternata）的巢式 PCR 方法

为建立检测小麦中链格孢菌（Alternaria alternata ）的方法,从河南省小麦黑胚籽粒上分离得到7个优势 A．alternata 病原菌株,对其 rDNA 的内部转录间隔区序列（ITS）进行测序,序列比较表明,分离到的病原菌株与 GenBank 公布的 A．alternata 的 ITS 区序列一致性达到99％～100％。根据 Alternaria 属菌株（A．alternata、A．tenuis、A．tenuissima）和麦类根腐离蠕孢菌（Bipolaris sorokiniana ）的 ITS 序列比对结果,设计出1对 A．alternata 特异性引物 Aa1F/Aa1R。利用多种河南省小麦的主要病原真菌对该引物的特异性进行验证,只有在 A．alternata 中能特异性地扩增出1条443 bp 的 DNA 片段。以真菌通用引物 ITS1/ITS4为外侧引物、特异性引物Aa1F/Aa1R 为内侧引物进行巢式 PCR 扩增,能检测到 A．alternata DNA 的最低质量浓度为50 pg/μL。因此,建立的巢式 PCR 方法能够快速、特异地检测小麦中的 A．alternata。     

番茄茎枯病病原菌鉴定

番茄茎枯病主要危害番茄的茎和果实,严重影响番茄的产量和品质,为此,采用组织分离法对河南商丘地区番茄茎枯病病原菌进行分离、纯化,测定其致病性,并进行形态学和分子生物学鉴定.结果表明,番茄茎枯病病原菌为链格孢菌(Alternaria alternate),其rDNA ITS序列与Gen-Bank中苹果链格孢菌(A.alternate)的ITS序列同源性为100％,与链格孢属的其他小孢子种聚在一个大的分支上.番茄茎枯病病原菌的鉴定为该病害的防治奠定了基础.     

菊花黑斑病菌的分离鉴定

利用组织分离法,从自然发病的菊花病叶上分离了6株对菊花具有致病性的病原真菌.对获得的菌株进行了形态学鉴定,测定了不同菌株对菊花的致病力差异,并研究了一定浓度梯度范围内不同菌株分生孢子混合液和菌丝混合液人工接种的致病情况.结果表明,6个致病菌分别为链格孢属(Alternaria)的细极链格孢(A. tenuissima)和链格孢(A. alternata)的不同菌株,各菌株对菊花叶片的致病力没有明显差异;菌株孢子混合液和菌丝混合液侵染保证100%发病的最低浓度分别为1 ml 1×106和1×107.A. tenuissima和A. alternata的不同菌株能够复合侵染菊花引发黑斑病.     

冬季储藏甜瓜黑斑病病原菌的分离与鉴定

[目的]对二氧化氯消毒低温冷库中储藏甜瓜黑斑病原菌进行分离与鉴定.[方法]采用回接感染进行致病性测定.4株真菌中发现XJU8能使甜瓜产生黑斑,对其形态特征、生理生化特性、26 S rDNA D1/D2区碱基序列、全细胞脂肪酸等进行分析.[结果]形态特征观察以及生理生化特性的测定结果表明,菌株XJU8 与链格孢属有很大的相似性;26S rDNA D1/D2区序列序列进行碱基序列分析比对表明,与交链格孢Alternaria alternata IFM53800具有99;的序列同源性;系统进化树也表明XJU8和已知的交链格孢(A. alternata)聚类在同一分支上;全细胞脂肪酸分析结果显示XJU8的主要脂肪酸组分为C18∶2 CIS 9,12/18∶0a(52.83;),C16∶0 (19.19;) 和Sum In Feature 8 (16.41;),与链格孢属的脂肪酸特性相同,并与链格孢属中其它种具有51.8;的相同脂肪酸成分.[结论]置菌株XJU8属于链格孢属交链格孢菌的新变种,该菌种被命名为Alternaria alternata XJU8,菌株保藏于中国典型培养物保藏中心,保藏编号为:CCTCC AF 207029.     

黄精根腐病分离菌及其拮抗内生细菌的鉴定

黄精是重要的药食同源植物。采集湖南洪江市发生的黄精根腐病株,从其分离菌株HF2的培养性状和形态学特征、真菌rDNA内转录区(ITS)、EF-1a区序列分析和系统发育关系比较等方面对该菌株进行了鉴定;通过平板对峙试验筛选对黄精根腐病菌具有抑制作用的内生细菌,并进行形态观察、生理生化指标测定和16S rRNA序列分析。结果表明:从根腐病株中分离得到的菌株为尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum);从黄精中分离获得40株内生细菌,对尖孢镰刀菌有抑制作用的菌株10株,其中A8的抑菌效果最好,对病原菌的抑菌圈半径可达13 mm,经鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。     

1株拮抗链格孢的芽孢杆菌的筛选鉴定和抑菌效果

以链格孢(Alternaria spp.)为靶标菌从农田土壤中分离到1株芽孢杆菌。通过形态学特征、生理生化分析及16S rDNA序列分析等对菌株进行鉴定。结果表明,菌株LKYLW-1为萎缩芽孢杆菌(Bacillus atrophaeus,GenBank登录号为MF375905);对链格孢的抑菌带宽为15.8 mm;采用菌丝生长抑制法、孢子萌发法测定LKYLW-1的抑菌作用,发现菌株LKYLW-1代谢产物对链格孢丝有致畸作用;菌株LKYLW-1发酵液对孢子萌发抑制率为96.60%;EC_(50)为6.93 mL/L;饱和度为25%;硫酸铵获得的抑菌物质对链格孢的抑菌活性较高,抑菌圈直径达42.01 mm。     

云南烟草赤星病菌及近似种rDNA ITS序列分析

 为了进一步研究云南省烟草赤星病病原的系统发育关系,提取28份供试菌株的菌丝基因组DNA,进行rDNA ITS序列及两侧ITS序列扩增。28个供试菌株与GenBank中登录的链格孢属7个种（包括5个小孢子种Alternaria citri,A．alternata,A．longipes,A．mali,A．gaisen和2个大孢子种A．porri,A．solani）14个菌株的序列进行聚类分析：42个菌株明显地分成两支,供试菌株与5个小孢子种聚为一个分支,序列同源性高达99％～100％,没有明显的地域性差异;但另2个大孢子种聚为单独的一支,明显地与供试菌株和其他5个小孢子种区分开。rDNA ITSl 58S ITS2序列在相对保守的基础上又存在一定变异,在一些菌物属的研究中可作为分类鉴定、分子标记、系统发育的重要依据,但通过对世界各地Alternaria菌株序列的分析发现,rDNA ITS1 58S ITS2仅能将大孢子种和小孢子种分开,还不能作为区分不同地域不同来源菌株的标准。     

交链格孢菌EST-SSR信息分析与分子标记通用性评价

为了弄清交链格孢菌(Alternaria alternata) EST数据库中的SSR信息资源,并开发可用于研究近缘种细极链格孢(Alternaria tenuissima)遗传多样性的EST-SSR分子标记。从NCBI数据库下载A.alternata表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)共727条,经过研究分析发现,A.alternata EST中SSR含量非常丰富,每5.343 kb含有1个SSR位点。根据SSR两端保守序列,设计合成13对EST-SSR引物,对来自新疆不同地区不同寄主的38株A.tenuissima进行通用性检测。检测结果显示共有5对引物能扩增出多态性条带,扩增多态率为55.56%。因此,基于A.alternata EST数据库开发的SSR分子标记,在开展近缘种A.tenuissima遗传多样性研究时具有较好的通用性。     

马铃薯早疫病菌rDNA-ITS区序列分析

采用真菌核糖体基因通用引物对马铃薯早疫痛茵的rDNA ITS区域进行扩增,克隆测序其PCR产物,序列分析结果表明,马铃薯早疫病菌与链格孢属的其他几个小孢子种在该区域的同源性均为100%,不存在任何序列差异.说明rDNA ITS区域不适合作为马铃薯早疫病分子诊断的靶序列.     

患病北极红点鲑的病原分离与鉴定

对2004年5月四川省某养殖基地养殖的北极红点鲑患病鲑进行了病理学检查和病原分离,从病灶处分离到细菌和真菌。分离到的细菌经API生化鉴定为杀鲑气单胞菌杀鲑亚种(Aeromonas salmonicidasubsp.salmonicida)。用引物AP1和AP2对纯化后的细菌进行PCR扩增,结果扩增出长度为421 bp的DNA片段,对扩增片段进行克隆、测序,用NCBI-BLASTn在GenBank中搜寻相似序列,结果与杀鲑气单胞菌各株A层蛋白部分编码基因有99%以上的序列同源性。用引物EUS-F和EUS-R对分离到的真菌进行PCR扩增,结果扩增出长度为755 bp的DNA片段,对扩增片段进行克隆、测序,用NCBI-BLASTn在GenBank中搜寻相似序列,结果与水霉属各株的DNA片段(包括18S核糖体RNA基因部分序列、内转录间隔区1全序列、5.8S核糖体RNA基因全序列、内转录间隔区2全序列和28S核糖体RNA部分序列)有93%-100%的同源性;而与属于丝囊霉菌属的EUS各株相对应的DNA片段仅有60%的序列同源性。因此判定所分离的真菌为水霉。杀鲑气单胞菌是引起疖疮病和溃疡病等病的病原菌,而水霉广泛存在于水中,当鱼受伤后,水霉孢子容易从患病部位侵入鱼体,加重感染。因此判断该病主要是由杀鲑气单胞菌引起,而水霉则引起继发感染。     

核核糖体DNA在植物系统发育中的应用与研究进展

总结了核核糖体RNA的基因(nrDNA)的结构特点,分析了nrDNA中的内转录间隔区(ITS)、编码区及非编码区序列和5S核糖体RNA在植物系统学上的应用和研究进展,并对它们的前景进行了讨论。     

柞蚕微孢子核糖体基因和转录间隔区的序列及系统进化分析

【目的】研究柞蚕微孢子（Nosema antheraeae）的核糖体基因，转录间隔区（ITS）以及它们的排列顺序，为柞蚕微孢子的分类和系统进化分析提供分子生物学方面的依据。【方法】采用特异引物进行PCR扩增，克隆和测序。用DNAStar软件，用Clustal W 的比对方法得到遗传距离和系统进化树。【结果】得到柞蚕微孢子的核糖体小亚基rRNA（SSU rRNA），转录间隔区（ITS），5S rRNA的全长，得到核糖体大亚基rRNA（LSU rRNA）的部分序列。【结论】柞蚕微孢子的核糖体基因排列顺序为LSU－ITS1－SSU－ITS2－5S与Nosema bombycis 相同，是一种比较特殊的排列方式。将微孢子SSU rRNA基因和ITS结合起来分析微孢子的亲缘关系是一个新的尝试。     

Morphological and molecular characterizations of cereal cyst nematode Heterodera avenae Wollenweber, 1924 from the Czech Republic

The cereal cyst nematode,Heterodera avenae Wollenweber,1924,is a major pest of cereal crops throughout the world and causes serious yield losses,especially of wheat.Previous studies have shown that this species is widely distributed in the Czech Republic.In this study,seven populations of H.avenae were molecularly studied,and one population was morphologically described.Three regions(18S,28S,and internal transcribed spacer 1)of ribosomal DNA were sequenced and the analysis of the 18S gene of six populations did not reveal any variation,whereas the internal transcribed spacer 1and 28S sequences of six populations differed by only two nucleotides from a population in?ilina.Precise and quick identification of cereal cyst nematodes is important for effective control measures and ribosomal sequence analyses of seven populations in this study will be useful in future phylogenetic studies of Heterodera spp.occurring in the Czech Republic.     

松材线虫和拟松材线虫的PCR快速检测

利用PCR技术对松材线虫Bursaphelenchus xylophilus与拟松材线虫B．mucronatus的rDNA的ITS1区和5．8S区核甘酸序列扩增．根据松材线虫与拟松材线虫的ITS1序列区别,分别设计出松材线虫和拟松材线虫的特异性引物,实现了单条活的或FG(φ为4％的甲醛)固定的松材线虫和拟松材线虫的快速检测．     

大鲵2个驯养群体ITS2遗传多样性分析

对大鲵(Andrias davidianus)2个驯化种群的核DNA进行PCR扩增,获得大鲵核DNA上编码核糖体5.8S rRNA和28S rRNA基因的部分序列和完整的ITS2序列(606 bp)。运用DNA分析软件对大鲵2个驯养种群(重庆水产研究所长寿湖珍稀鱼类繁育中心及广汉珍稀鱼类养殖公司)进行了遗传多样性分析。结果显示,该序列平均T、C、A、G含量分别为15.6%、36.5%、12.5%和35.4%,其中G、C的含量C+G(平均为71.9%)显著高于A、T含量A+T(平均为28.1%)。所测序列中有271个碱基发生颠换,112个碱基发生转换,转换与颠换比值(Si/Sv)为0.41,颠换大于转换。10个体均为单倍型,单倍型多样度(H)均为1.000 0±0.126 0,平均核苷酸差异系数(K)为5.932 1±0.861 4,核苷酸多样性(Pi)为0.631 9±0.013 9。种群遗传分化度(Fst)为0.030 5,中性检验及聚类分析表明2个群体没有分化成单一的群体,2个驯养种群遗传多样性好。     

西瓜炭疽菌核糖体基因ITS区段的克隆及序列分析

采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增4个来自不同地方的西瓜炭疽病菌核糖体基因的ITS1和ITS2,并对PCR产物进行了克隆和序列分析.结果表明:西瓜炭疽病菌的ITS全长481 bp,其中ITS1长163 bp,5.8 S长153 bp,ITS2长165 bp,各碱基A、T、G、C的个数分别为110、106、118、147,GC含量为55.1%.用Mega3软件对此4个序列以及GeneBank中登录的炭疽属其他24个种的ITS1和ITS2聚类分析,结果显示:Colletotrichum 属可以分为13个聚类组,各聚类组间存在着一定的遗传多样性,其中Colletotrichum orbiculare、Colletotrichum lindemuthiana在ITS1、ITS2上都聚为一组,这就为用ITS作为靶序列来设计特异性引物将Colletotrichum orbiculare、Colletotrichum lindemuthiana与其他种分开提供了分子依据.     

猪弓形虫特异PCR诊断方法的建立

[目的]建立特异PCR方法诊断猪弓形虫病.[方法]以核糖体DNA第一内转录间隔区(ITS1)序列作为弓形虫种特异的遗传标记,优化PCR反应条件,对猪弓形虫分离株和临床病料进行检测.随机取阳性PCR扩增片段进行克隆,测序鉴定.[结果]在猪弓形虫分离株中PCR扩增出目的条带,且在肺门淋巴结和肠系膜淋巴结中扩增出特异性条带;PCR方法能检测到的最低DNA量为7.81 pg/μL;测序结果显示核苷酸序列与Genbank中已登录的猪弓形虫IST1基因序列相应部分序列完全相同.[结论]该PCR方法具有较高的敏感性和特异性,是诊断猪弓形虫病的一种快速检测方法.     

甘蔗宿根矮化病菌PCR检测及目的片段核苷酸序列分析

根据甘蔗宿根矮化病(RatoonStuntingDisease,RSD)病原细菌(Leifsoniaxylisubsp.xyli,Lxx)16S-23SrDNA基因间隔区核苷酸序列设计的一对特异性引物,建立了甘蔗宿根矮化病PCR检测方法;同时对PCR扩增的目的片段核苷酸序列进行测定与分析。结果表明广东湛江蔗区RSD病菌16S-23SrDNA基因间隔区核苷酸序列与巴西、澳大利亚及美国路易斯安娜州RSD株系基因组相应区段核苷酸同一率接近100%,病菌高度的同源。而与近缘的木质部赖氏杆菌狗牙根变种(Leifsoniaxylisubsp.Cynodontis,Lxc)和形态上相近的马铃薯环腐病菌(Clavibactermichiganensissubsp.Michiganensis)基因组相应区段核苷酸同一率较低,存在明显的分化。     

Structure of the S15,S6,S18-rRNA complex: assembly of the 30S ribosome central domain

The crystal structure of a 70-kilodalton ribonucleoprotein complex from the central domain of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit was solved at 2.6 angstrom resolution. The complex consists of a 104-nucleotide RNA fragment composed of two three-helix junctions that lie at the end of a central helix, and the ribosomal proteins S15, S6, and S18. S15 binds the ribosomal RNA early in the assembly of the 30S ribosomal subunit, stabilizing a conformational reorganization of the two three-helix junctions that creates the RNA fold necessary for subsequent binding of S6 and S18. The structure of the complex demonstrates the central role of S15-induced reorganization of central domain RNA for the subsequent steps of ribosome assembly.