乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联

【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bp的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用Haploview软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS （22.0）软件进行RIPK2基因SNP位点与生长性状间的关联分析。【结果】共发现了4个多态位点,A5536G的同义突变rs01位于第四外显子内,在该位点检测到三种基因型,AA基因型频率为0.42,AG基因型频率为0.45,GG基因型频率为0.13,优势等位基因为A,其频率为0.65;在第七外显子上检测到T8952C错义突变rs02,在该突变位点检测到3种基因型,其中TT基因型频率为0.82,TC基因型频率为0.16,CC基因型频率为0.02,T为优势等位基因,基因频率为0.9;在第十外显子检测到 T2836C的突变rs05,在该位点检测到两种基因型TT和CC,没有检测到杂合子基因型,TT基因型频率为0.25,CC基因型频率为0.75;上游调控区发现一个G5181C的突变rs30,有3种基因型,其中GC基因型频率为0.50,CC基因型频率为0.18,GG基因型频率为0.32,G为优势等位基因,其频率为0.58; GWAS得到的SNP位点是T4456C,在本研究中被命名为rs34,在该位点有3种基因型,其中TT基因型频率为0.49,TC基因型频率为0.37,CC基因型频率为0.14,优势等位基因T的频率为0.68。χ²适合性检验发现,除rs34位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。rs02位点处于低度多态(PIC＜0.25),其余位点处于中度多态(0.25＜PIC＜0.5)。连锁不平衡分析发现,rs01和rs02位点强连锁,在群体中共构建了3种单倍型,AT 为优势单倍型,其频率为0.645,这两个位点共构建了6 种基因型组合,其中AATT为优势基因型组合,频率为0.425。单标记关联分析表明：rs01位点的AA、AG基因型的个体和GG基因型个体在4月龄体重、胸围上差异显著（P＜0.05）,在6月龄体高、胸围上差异显著(P＜0.05)。rs02位点CC基因型个体在4月龄体重、体高、胸围和6月龄胸宽上显著优于TT、TC基因型个体（P＜0.05),在4月龄体斜长、6月龄体高和体斜长上极显著优于TT、TC基因型的个体（P＜0.01）。rs30位点上,GG基因型的个体在4月龄体重、胸围与其他两种基因型个差异显著(P＜0.05),3个基因型的个体在6月龄胸围上均有显著差异（P＜0.05）。rs34位点的3个基因型的个体仅在4月龄体重上差异显著(P＜0.05)。rs01-rs02组合基因型关联分析发现：GGCC基因型组合的个体在4月龄体重、体高、体斜长、胸围上与其他基因型之间差异显著（P＜0.05）,GGCC基因型组合的个体在6月龄体高、体斜长、胸宽上与其他基因型组合的个体差异显著（P＜0.05）。【结论】RIPK2基因对绵羊生长性状具有较显著的影响,其SNPs作为分子标记对乌珠穆沁绵羊生长性状的选育具有一定的指导意义。     

鸡Ghrelin基因C2100T位点与生长和脂肪性状的相关性

选取鸡Ghrelin基因C2100T多态位点,利用PCR-RFLP结合测序技术,对全同胞资源家系470只F2代家鸡进行基因型检测及标记-性状关联分析,并利用已有的mRNA测定数据分析该多态位点与Ghrelin基因mRNA表达量的关系.结果:(1)经PCR-RFLP检测出3种基因型,测序结果证实C2100T是形成酶切多态性的原因;(2)QTDT检验显示,C2100T与鸡1、6、9周龄体重和皮下脂肪厚度显著相关(P＜0.05),并且不同基因型个体性状平均值大小关系为CC＞CT＞TT;C2100T与其他生长性状和脂肪性状均没有显著相关性;(3)不同基因型个体腺胃中的Ghrelin基因mRNA表达量差异不显著,但含C等位基因个体的mRNA表达量相对T等位基因高.试验结果表明,鸡Ghrelin基因C2100T多态性与鸡的部分生长和脂肪性状存在显著相关性,且C等位基因有利于鸡的体重增长和皮下脂肪沉积.     

大通牦牛IGF-Ⅰ基因多态性及其与生长性能相关性的研究

通过PCR-SSCP技术检测了大通牦牛IGF-Ⅰ基因的遗传多态性,对具有SSCP多态性的片段进行克隆和测序,找出等位基因的多态位点,将该位点多态性与大通牦牛生长性状进行相关性分析．结果显示：PCR-SSCP检测到大通牦牛具有AA、AB、BB3种基因型,A（B）等位基因频率分别为0．9028（0．0972）;对IGF-Ⅰ基因第1内含子进行序列比对,发现一处单碱基C的缺失／插入,造成了该位点多态性的出现;6月龄和12月龄基因型为AA的大通牦牛的体质量和体斜长最小二乘均值显著高于AB和BB基因型（P＜0.05）;18月龄基因型为AB的大通牦牛的体高最小二乘均值显著高于BB型（P＜0.05）,说明大通牦牛品种中基因型为AA的个体生长性状有高于AB和BB基因型的趋势,可以作为大通牦牛品种选育的目标基因型．     

荷斯坦母牛TLR1基因多态性及其与体细胞评分关系

 【目的】阐明Toll-like receptor 1（TLR1）基因多态性与荷斯坦母牛乳房炎抗性之间的关系,为奶牛乳房炎抗性的标记辅助选择提供依据。【方法】采用PCR-SSCP和PCR-RFLP检测208头荷斯坦母牛TLR1基因多态性,用最小二乘法分析基因多态性与荷斯坦母牛体细胞评分（somatic cell score,SCS）的关系。【结果】TLR1基因mRNA序列中存在G1409A、A1475C、G1550A和G1596A 突变位点,其中G1596A突变使异亮氨酸变为缬氨酸;G1409A突变位点经BsiYⅠ酶切产生2种基因型AA和AB,频率分别为0.375和0.625,χ2检验表明荷斯坦母牛在该位点偏离Hardy-Weinberg平衡;AA和AB基因型SCS最小二乘均值差异不显著（P＞0.05）;A1475C突变位点经BstXⅠ酶切产生2种基因型CC和CD,频率分别为0.178和0.822,荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;CC和CD基因型SCS最小二乘均值差异不显著（P＞0.05）;G1550A突变位点经BsiYⅠ酶切产生3种基因型EE、EF和FF,频率分别为0.236、0.370和0.394,荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;EE、EF和FF基因型SCS最小二乘均值差异均不显著（P＞0.05）;G1596A突变位点经BclⅠ酶切产生3种基因型GG、GH和HH,频率分别为0.260、0.567和0.173,荷斯坦母牛在该位点处于Hardy-Weinberg平衡;HH基因型SCS最小二乘均值极显著低于GH基因型所对应的值（P＜0.01）,极显著低于GG基因型所对应的值（P＜0.0001）;GH基因型SCS最小二乘均值极显著低于GG基因型所对应的值（P＜0.01）。【结论】对奶牛乳房炎抗性,HH是最有利基因型,GG是最不利基因型,初步证明TLR1基因G1596A多态位点的H等位基因是提高奶牛乳房炎抗性的一个潜在的DNA标记。     

淮南麻黄鸡CRBP2基因第3外显子PCR-SSCP多态性及其与蛋品质的相关分析

利用PCR-SSCP和DNA测序技术对淮南麻黄鸡CRBP2基因第3外显子的多态性进行了检测,并分析其与蛋品质的相关性。结果表明:在淮南麻黄鸡样本群中CRBP2基因第3外显子存在C/T的突变位点,共检测到3种基因型(CC、CT和TT),C和T等位基因的频率分别为0.45和0.55,多态信息含量和杂合度分别为0.37和0.47,表明该位点处于中度多态。χ2适合性检验表明淮南麻黄鸡样本群在该位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。淮南麻黄鸡CRBP2基因第3外显子各基因型间开产日龄、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度、蛋黄色泽和蛋黄比率差异不显著(P0.05),CC基因型的开产蛋重和30周龄蛋重分别比TT基因型高1.66%和2.60%(P0.05),TT基因型的哈氏单位显著高于CC和CT基因型(P0.05)。     

鹅生长激素基因外显子SNP检测及与生长性状的关联分析

根据鸭生长激素(GH)基因序列设计5对引物,利用PCR-SSCP方法和测序技术对狮头鹅、皖西白鹅和籽鹅进行单核苷酸多态性(SNP)分析,检测鹅GH外显子序列单核苷多态位点,寻找与生长相关的遗传标记。结果表明:外显子2和4各有2个位点碱基发生突变,分别产生10种和3种基因型。3个群体在外显子2和4位点基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),而品种间,P2位点狮头鹅与籽鹅基因型频率分布差异极显著,P4位点狮头鹅与皖西白鹅和籽鹅基因型频率分布差异极显著,其余品种间基因型频率分布差异不显著。最小二乘分析显示,各周龄体重在各群体中有极显著差异,仅P4位点具有基因型效应,AA型个体各周龄体重高于其他基因型。结果初步表明GH基因的P4位点可作为鹅生长性状的候选遗传标记。     

GHRL基因5′侧翼区多态性对鸡生长和屠体性状的影响

 【目的】分析GHRL基因5′侧翼区变异与鸡生长和屠体性状的相关性。【方法】以杏花鸡×隐性白洛克鸡F2代资源群体和2个随机群体为材料,利用PCR产物直接测序方法鉴别GHRL基因5′侧翼区包括A-2220C位点在内的6个SNPs在群体中的多态性,构建单倍型,分析各SNP基因型和单倍型与鸡生长、屠体性状,以及与腺胃GHRL基因mRNA表达量和血浆GHRL活性蛋白含量的相关性,对鸡GHRL基因5′侧翼区的A-2220C位点进行凝胶阻滞电泳,以探讨该区段对基因转录的作用。【结果】标记-性状关联分析表明A-2220C仅与初生重显著相关（P＜0.05）,AA基因型个体初生重大于CC和AC基因型个体,差异显著（P＜0.05）;C-2399Del与56日龄体重、0—4周日增重、胸肌重、翅重显著相关（P＜0.05）,C Del基因型杂合子优势明显,与其它基因型差异显著（P＜0.05）。构建单倍型分析表明单倍型分别与42日龄体重、70日龄体重、0—4周日增重、4—8周日增重、屠体重、半净膛重、全净膛重和胸肉重显著相关（P＜0.05）;与初生重、21日体重、28日体重、35日体重、49日龄体重、56日龄体重、宰前活重等极显著相关（P＜0.01）,单倍型组合H3H4（CCAAAC\CCAACDel）是各个显著相关性状中均值最高的优势单倍型组合。EMSA电泳发现含A等位基因的DNA片段能与转录因子特异的结合,初步证实本试验扩增片段对基因的转录存在一定作用。【结论】GHRL基因与鸡生长和屠体性状存在显著相关性。     

新疆褐牛GH基因第5外显子AluⅠ位点多态性

【目的】探讨生长激素（GH）基因对新疆褐牛早期生长性能的影响,为新疆褐牛选育提高奠定分子遗传基础。【方法】以116头份新疆褐牛血样为研究对象,利用PCR-RFLP技术检测GH基因第5外显子上AluⅠ突变位点（GH/AluⅠ位点）的多态性,并分析不同基因型与新疆褐牛早期生长性状的相关性。【结果】GH/AluⅠ位点在新疆褐牛群体中表现为VV、LV和LL 3种基因型,其基因频率分别为0.138、0.397和0.465;新疆褐牛GH/AluⅠ位点的杂合度为0.4408,多态信息含量为0.3437;不同基因型与早期生长发育性状的关系为：1～4月龄的LV和LL基因型个体体重、体长均较VV基因型个体的优,且差异显著（P＜0.05）,而出生体重、5~6月龄体重、体长差异不显著（P ＞0.05）。【结论】GH/AluⅠ位点的L等位基因对新疆褐牛早期生长发育性状有正向选择作用,可作为新疆褐牛辅助选择的遗传标记。     

中国美利奴羊IGFBP-5基因外显子区的PCR-SSCP多态性分析

[目的]以IGFBP-5作为候选基因,寻找与绵羊生产性能有关的SNP位点.[方法]利用PCR-SSCP和DNA测序快速筛查SNP位点;分析该位点在中国美利奴羊中的基因型和等位基因分布情况;并通过多重比较分析不同基因型与中国美利奴羊部分生产性能的关联性.[结果与结论]在绵羊IGFBP-5基因外显子1区发现一个新的SNP位点(C136G),并建立了PCR-SSCP的基因分型方法.对212只中国美利奴羊的检测结果显示有CC、CG和GG 3种基因型,基因型频率分别为0.50、0.41和0.09,C等位基因频率为0.70,G等位基因频率为0.30.不同基因型与中国美利奴羊早期生长和羊毛生产性能具有一定的影响:GG基因型个体的初生重、剪毛后体重以及剪毛量显著高于CC基因型(P<0.05);CC基因型个体的毛丛长度明显长于CG基因型个体 (P<0.05).     

影响牛生长发育性状的GH基因遗传效应分析

 【目的】研究牛GH基因的遗传多态以及各多态位点对肉牛生长发育性状的影响，以期找到可用于标记辅助选择的分子标记，为下一步分子育种提供依据。【方法】利用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法分析了牛GH基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3′非翻译区和5′侧翼区的位点遗传多态，并分析了5个多态位点不同基因型对肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数的基因型效应，以及GH基因的第5外显子、3′非翻译区位点的不同基因型组合基因型效应。【结果】GH基因的第5外显子、3′非翻译区的基因型效应在肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数性状上存在显著差异（P＜0.05），且这2个位点等位基因B为优势等位基因；第5外显子和3′非翻译区的组合基因型ABBB（即组合5）的基因型效应（极）显著(P＜0.05或P＜0.01)高于其它6个组合，且多标记位点的组合效应值极显著高于单标记位点效应。【结论】GH基因第5外显子位点突变等位基因B为体重、体高、体斜长、胸围的优势等位基因。     

核受体辅激活蛋白1基因(NCOA1)作为鸡产蛋性状候选基因的研究

以清远麻鸡、白耳鸡、鹿苑鸡、藏鸡和S2系为试验素材,利用PCR-SSCP技术对核受体辅激活蛋白1(NCAO1)基因编码区进行SNP检测和基因型的判别,探讨NCAO1基因作为影响鸡产蛋性状候选基因的可能性。结果显示:在NCOA1基因的第3和第12外显子上分别发现一个SNP位点,其中第3外显子10155007处发生了T→A突变,检测到AA、AB、BB3种基因型;第12外显子108273423处发生了C→T突变,检测到CC、CD、DD3种基因型。χ2检验表明突变产生的基因型和基因频率在各品种(系)间差异极显著(P<0.01),A、C基因在蛋用型的地方品种白耳鸡中频率较高,B、D基因在肉用型的地方品种清远麻鸡、藏鸡和肉用型培育品系S2系鸡中频率较高。不同基因型与S2系鸡的开产日龄(AFE)、开产蛋重(WFE)、连产天数(CL)及300日龄产蛋数(EN)之间的最小二乘均数分析显示:AA基因型个体的连产天数比BB型个体多0.59 d,开产蛋重重0.6 g,300日龄产蛋量高7.76%,且差异显著(P<0.05);CC基因型个体比DD型个体的连产天数多0.51 d,开产蛋重重1.04 g,300日龄产蛋量高9.07%,且差异显著(P<0.05);组合基因型发现,基因型AACC个体的开产日龄、连产天数和300日龄产蛋量均高于BB、DD基因型组合。因而,初步推断NCOA1基因是影响鸡产蛋性状的主效基因或与主效基因连锁。     

Correlation Analysis on Single Nucleotide Polymorphism of CAPN1 Gene and Meat Quality and Carcass Traits in Chickens

The selection of meat quality has received considerable focus in chicken breeding. This study was aimed at investigating the effect of CAPN1 gene on meat quality traits in chicken populations. Primer pairs for 3 UTR in CAPN1 were designed from database of chicken genomic sequence. Polymorphisms were detected using PCR-SSCP and DNA sequencing. A mutation at position 9 950 nt （G/A, locus A） was found among individuals in each population. The allele and genotype frequencies significantly differed among eight lines with higher frequencies of allele A2 and genotype AIA2 （P〈0.01）. The least square analysis showed that there was significant difference （P 〈 0.05） in muscle fiber density and some carcass traits among genotypes and that the breast muscle fiber density （BFD） of birds ofAIA1 genotype was significantly higher （P〈0.05） than that of birds ofA2A2 genotype. It was concluded that the CAPN1 gene was the major gene affecting the muscle fiber traits of chicken or was linked with the major gene. These results were useful for studying the molecular mechanism that influences meat traits and were used as the base of molecular-assisted selection to meat quality traits. So, this site may be a potential marker affecting the muscle traits of chickens.     

The Study on Correlation Analysis of Single Nucleotide Polymorphism of IGF2 Gene and Body Fatness Traits in Chicken

Insulin-like growth factor Ⅱ has profound effects on the growth and differentiation of animal embryo. Some researches indicated that it affects the fat metabolism of poultry.This study was designed to investigate the effect of IGF2 on chicken fatness traits.Broiler, Hyline Brown layer and three native breeds (Shiqiza, Beijing You, Baier) were used in this research. Body weight and body composition traits were measured in broiler line at the age of 7 weeks. Primers for exon2 in IGF2 were designed from database of chicken genomic sequence. Polymorphisms were detected by PCR-SSCP and DNA sequencing.The total χ2 test results showed that there was a significant difference (P＜ 0.01) in the frequency of genotype among breeds. A C/G mutation at base position 139 was found among individuals in broiler line and the least square analysis showed that BB genotype birds had significant lower (P＜ 0.05) abdominal fat weight and percentage of abdominal fat than AA or AB genotype birds. From the results we can conclude putatively that IGF2 gene is the major gene affecting the fatness traits of chicken or it links with the major gene,and the mutation could be used as the molecular genetic marker to select the chicken for low abdominal fat.     

鸡mir-1644基因“seed”区的T＞C多态分析

 【目的】观察“seed”区T＞C多态对鸡mir-1644基因“茎环”结构和靶基因选择的影响,分析其在不同鸡群的遗传分布,为揭示其对mir-1644表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】利用mfold和miRanda软件进行mir-1644二级结构模拟和靶基因预测,采用引入酶切位点RFLP技术对6个鸡群的179个个体进行基 因型检测。【结果】①T→C突变可导致pre-mir-1644空间构型和自由能改变,稳定性降低;②预测到21个mir-1644-T和mir-1644-C基因差异调控的靶基因。③在汶上芦花鸡群体内以C等位基因为优势基因,与其它鸡间的基因型分布存在显著差异（P＜0.01）。【结论】“seed”区T＞C 突变可能干扰或破坏mir-1644基因的表达调控,且CC基因型可能与汶上芦花鸡某些表型变异有关。     

两个贵州山羊品种GHSR和GHRL基因遗传变异及其与生长性状的关联性

【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材,采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷酸多态性,利用SPSS (18.0)软件GLM统计模型分析基因SNPs不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性,同时采用在线软件对GHSR基因进行生物信息学分析。【结果】在GHSR基因外显子2和3′UTR分别检测到G200A同义突变和T628C位点,而在5′UTR区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对G200A位点进行PCR-SSCP分析,表现为3种基因型,依次命名为GG、GA和AA。GG基因型为优势基因型,在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因G为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中A则为优势等位基因,其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25＜PIC＜0.50)。在GHRL基因内含子2处发现1个G141A突变,外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C和C14T),设计一对特异性引物对C14T位点进行SSCP分析,显示为2种基因型CT和CC。在所有试验群体中,CC基因型为优势基因型,其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390,等位基因C为优势等位基因,其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695,多态信息含量均显示为低度多态(PIC＜0.25)。χ²检验显示所有试验群体G200A和C14T位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05)。关联分析表明,GHSR基因G200A位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关 (P＜0.05),纯合子GG基因型优势较为明显,贵州白山羊GG基因型个体的体高显著高于GA基因型个体和管围显著高于AA基因型个体(P＜0.05)。C14T位点贵州黑山羊 (公羊) CC基因型个体的体重、体高和胸围显著高于CT基因型 (P＜0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P＜0.05),表现为CCGG合并基因型个体的体高显著高于CCAA合并基因型个体 (P＜0.05)。生物信息学分析揭露,GHSR基因5’UTR处未检测到核心启动子区和CpG岛,仅发现1个CAAT-box和部分潜在的转录因子结合位点,G200A导致mRNA二级结构发生明显变化。GHSR蛋白二级结构以α-螺旋为主 (48.90%),三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测GHSR基因和GHRL基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响,G200A和C14T位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。     

五星黄鸡BMP15基因多态性分析

[目的]分析五星黄鸡的BMPl5基因多态性。[方法]以217只五星黄鸡L系母鸡为材料,采用全测序方法检测BMPl5基因的多态性及其与300日龄产蛋数的相关性。[结果]在BMPl5基因2个外显子中共检测到13个SNPs,在外显子1中检测到4个。其中C34T突变使亮氨酸变为苯丙氨酸;在外显子2中检测到9个,其中G540A突变使甘氨酸变为丝氨酸,其他位点为无义突变。G540A位点AA基因型比GA基因型产蛋数平均多16．7枚,差异显著（P〈O．05）;其余位点不同基因型产蛋数差异不显著。[结论]该研究为五星黄鸡高产蛋数的分子标记辅助选择提供了参考。     

欧拉型藏羊GH基因5′端侧翼序列多态性与生长性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法,检测了126只欧拉型藏羊GH基因5′端侧翼序列的遗传多态性,并与生长性状进行关联分析.结果表明:GH基因在5′端侧翼序列存在2个等位基因3种基因型;χ2检验表明,该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),多态信息含量为0.152 2,属于低度多态(PIC0.25).与藏绵羊的基因序列(GenBank登录号:EF077162)相比,B等位基因在86bp、87bp处分别发生T→C和G→A的突变.关联分析表明:欧拉型藏羊BB基因型个体的体长、体高显著高于AA型和AB型(P0.05),不同基因型之间体重、胸深、胸宽、管围差异均不显著.     

鸡线粒体ND1基因变异/异质性及其与性状的关联分析

【目的】探究鸡线粒体ND1基因的异质性,并在此基础上进行线粒体异质性在不同品种间和固始鸡资源群中的分布研究及其对重要经济性状的效应分析。【方法】选用固始鸡、卢氏鸡、来航鸡、白洛克鸡、白羽丝毛乌骨鸡、藏鸡、肉鸡以及河南斗鸡8种各具特色鸡种的血样DNA,利用PCR-RFLP技术进行mt.A4589G变异/异质性在自然群体的分布研究。此外,利用实验室先前构建的固始鸡资源群的血样DNA,通过PCR-RFLP技术进行mt.A4589G变异/异质性在固始鸡资源群的分布研究及其与固始鸡资源群F₂代性状的关联分析,包括腹脂、腿肌率、盲肠长度等屠体性状指标,胫长、胸深、体斜长等生长性状指标,肌纤维直径、肌肉pH、剪切力等肉质性状指标以及葡萄糖、淀粉酶、甘油三酯等血液生化指标,进而掌握鸡线粒体ND1基因异质性及其潜在效应。【结果】（1）在8个鸡品种中,从线粒体ND1基因全长检测到一个同义突变mt.A4589G,其分布具有明显的品种特性：外来品种如肉鸡、白洛克和白来航鸡的优势等位基因为A,而国内地方品种如丝羽乌骨鸡、河南斗鸡、卢氏鸡、固始鸡和藏鸡均为G;（2）通过PCR-RFLP检测到mt.A4589G在不同品种以及固始鸡资源群中皆存在异质性。在8个不同品种中,仅从固始鸡、河南斗鸡和肉鸡中检测到5个AG异质性个体,异质性发生的频率为0.063,表明mt.A4589G异质性的分布具有一定的品种特性。而在固始鸡资源群中,mt.A4589G存在较不同品种间更为广泛的异质性,在F₀、F₁和F₂代的异质性发生频率分别为0.81、0.41和0.70,表明mt.A4589G异质性具有普遍性;（3）mt.A4589G异质性与固始鸡资源群F₂代性状的关联分析表明,mt.A4589G异质性对腹脂、皮脂厚度、8周胫长、腿肌纤维直径、葡萄糖和乳酸脱氢酶等的影响都达到差异显著水平(P<0.05);（4）mt.A4589G不同的异质性等级与固始鸡资源群F₂代性状的关联分析表明,mt.A4589G异质性等级除与腹脂、腹脂率和腿肌率等屠体性状显著相关（P<0.05）外,还与生长性状（8周胫长等）、血清生化指标（葡萄糖等）均产生显著的关联（P<0.05）。【结论】mt.A4589G是一个异质性变异,其异质性的分布具有明显的品种特性,在自然群体的异质性发生频率较低,而mt.A4589G在固始鸡资源群中存在广泛的异质性。通过mt.A4589G异质性及其不同异质性等级与固始鸡资源群F₂代性状的关联分析发现,mt.A4589G变异/异质性与鸡的腹脂、血液中葡萄糖水平等性状均产生了显著的关联（P<0.05）。     

GARS-AIRS-GART基因编码区多态性和鸡肉IMP含量的相关性

以鸡GARS-AIRS-GART基因为侯选基因,隐性白羽鸡、丝羽乌骨鸡、萧山鸡、白耳鸡、藏鸡为实验材料,采用PCR-SSCP法对GARS-AIRS-GART基因所有外显子进行SNPs检测.结果在外显子3、4和21中各发现了一个单核苷酸多态性位点.方差分析结果表明:外显子3和外显子21的基因型与IMP含量之间不存在显著关联;外显子4中的6 545处的C→A突变位点对胸肌IMP含量的影响在不同鸡种之间的表现不完全一致.在隐性白羽鸡、萧山鸡和白耳鸡群体中,三种基因型个体之间的IMP含量差异均不显著.在丝羽乌骨鸡和藏鸡群体中,AA型个体的IMP含量显著高于AC型和CC型,推测该位点的基因型效应可能是其等位基因与丝羽乌骨鸡、藏鸡群体中的特殊遗传背景之间存在交互作用,或者是与影响肌肉IMP含量的QTL之间存在着暂时的连锁不平衡的缘故.