两个贵州山羊品种GHSR和GHRL基因遗传变异及其与生长性状的关联性

【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材,采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷酸多态性,利用SPSS (18.0)软件GLM统计模型分析基因SNPs不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性,同时采用在线软件对GHSR基因进行生物信息学分析。【结果】在GHSR基因外显子2和3′UTR分别检测到G200A同义突变和T628C位点,而在5′UTR区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对G200A位点进行PCR-SSCP分析,表现为3种基因型,依次命名为GG、GA和AA。GG基因型为优势基因型,在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因G为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中A则为优势等位基因,其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25＜PIC＜0.50)。在GHRL基因内含子2处发现1个G141A突变,外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C和C14T),设计一对特异性引物对C14T位点进行SSCP分析,显示为2种基因型CT和CC。在所有试验群体中,CC基因型为优势基因型,其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390,等位基因C为优势等位基因,其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695,多态信息含量均显示为低度多态(PIC＜0.25)。χ²检验显示所有试验群体G200A和C14T位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05)。关联分析表明,GHSR基因G200A位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关 (P＜0.05),纯合子GG基因型优势较为明显,贵州白山羊GG基因型个体的体高显著高于GA基因型个体和管围显著高于AA基因型个体(P＜0.05)。C14T位点贵州黑山羊 (公羊) CC基因型个体的体重、体高和胸围显著高于CT基因型 (P＜0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P＜0.05),表现为CCGG合并基因型个体的体高显著高于CCAA合并基因型个体 (P＜0.05)。生物信息学分析揭露,GHSR基因5’UTR处未检测到核心启动子区和CpG岛,仅发现1个CAAT-box和部分潜在的转录因子结合位点,G200A导致mRNA二级结构发生明显变化。GHSR蛋白二级结构以α-螺旋为主 (48.90%),三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测GHSR基因和GHRL基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响,G200A和C14T位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。     

FTO基因多态性及其与2个绵羊群体生长性状的相关性

【目的】本文探讨了FTO基因多态性与不同绵羊群体生长性状的相关性。【方法】采用飞行质谱技术检测了FTO基因在杜泊羊和滩寒杂交群体中的多态性及其与生长性状的相关性。【结果】FTO基因的rs160915957位点的AA基因型个体体重在杜泊和滩寒绵羊群体中分别为极显著(P0.01)和显著(P0.05)低于GG型个体。GG型绵羊胸围最大,且GG型杜泊羊胸围显著大于滩寒羊GG型个体(P0.05)。GG型个体在2个群体中的体斜长最大,同一群体不同基因型间差异不显著(P0.05);不同基因型间,滩寒群体绵羊体高大于杜泊羊,但只有AA型个体在2个群体间显著差异(P0.05)。此外,GG型个体的杜泊羊胸宽最大,AA型的最小,这与滩寒群体相反,但均没有显著性差异(P0.05)。FTO基因的rs160915957位点不同基因型对绵羊其他性状的影响差异不显著。【结论】FTO基因的rs160915957位点对杜泊及滩寒绵羊群体的体重、体斜长及胸围等具有显著影响。FTO基因是否是影响绵羊生长性状的主效基因尚待进一步探讨,但FTO基因的rs160915957位点多态性将为不同绵羊群体后代的体重、胸围等性状的选择提供参考依据。     

绵羊ADIPOQ多态性与生长性状的关联分析

【目的】 探讨ADIPOQ遗传变异对绵羊生长性状的影响,找到与宁夏优质肉羊培育中生长性状相关的分子遗传标记,为宁夏优质肉羊的分子辅助育种的研究提供依据。【方法】 首先利用液相捕获测序技术获得ADIPOQ在杜泊羊、滩羊和小尾寒羊中的变异位点,同时采集383只3个品种的不同杂交后代群体耳组织,采用飞行质谱技术对确定的SNPs位点进行基因分型检测,并使用Haploview软件对多态性位点进行连锁不平衡分析和构建单倍型,与绵羊初生和3月龄的生长性状进行关联分析。【结果】 共筛选到7个SNPs位点,且7个位点在杂交后代群体中均表现出多态性,SNP1—SNP7位点的优势基因型分别为CC、GG、GG、CT、AG、GG和AA,优势等位基因分别为C、G、G、C、G、G和A。X ²检验发现,所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（除SNP7位点在所有个体中偏离了平衡）。SNP1（F₂代除外）、SNP4、SNP5和SNP6位点在各杂交后代及所有个体中均处于中度多态（0.25≤PIC<0.50）,SNP2和SNP3在F₂代及SNP7在H1代群体中均处于中度多态（0.25≤PIC<0.50）,而在其他群体中处于低度多态（PIC<0.25）。连锁不平衡分析发现,SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成了两处强连锁,均构建出3种单倍型,组合后分别形成4和6种基因型,其中优势基因型分别为H1H1和H4H6。将SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后产生13种基因型,其优势基因型为H1H1H4H6。单个位点关联分析表明：SNP1位点在F₁代群体中,GG基因型的初生胸围显著高于CG基因型（P<0.05）,在H2代群体中,CC基因型的初生体斜长显著高于CG基因型（P<0.05）。SNP2位点在H₁代群体中,CC基因型的初生体高显著低于CG和GG基因型（P<0.05）。SNP3位点在F₁代群体中,AG基因型的3月龄体重显著高于GG基因型（P<0.05）,在H₁代群体中,AA基因型的初生体高显著低于AG和GG基因型（P<0.05）。SNP4位点在F₁代群体中,CC基因型的3月龄体重显著高于CT和TT基因型（P<0.05）,在F₂代群体中,CT基因型的初生体重和初生胸围显著高于TT基因型（P<0.05）,在H₁代群体中,TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型（P<0.05）,在H₂代群体中,TT基因型的初生体高和初生体斜长显著高于CT基因型（P<0.05）。SNP5位点在F₂代群体中,AA基因型的初生体高和初生体斜长显著高于GG基因型（P<0.05）。SNP6位点的不同基因型在F₂代、H₁代和H₂代的初生体重、体高、体斜长、3月龄体高和胸围上均有不同程度的显著差异（P<0.05）。SNP7位点在H2代群体中,AA基因型的初生体斜长显著高于GA基因型（P<0.05）。联合所有群体进行分析时发现,SNP2位点CG基因型的初生体重和体斜长显著高于GG基因型（P<0.05）,SNP4位点TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型（P<0.05）,SNP6位点AA基因型的初生体重显著高于GG和GA基因型（P<0.05）、初生胸围显著高于GG基因型（P<0.05）,其他5个位点的基因型在生长性状上均无显著差异（P>0.05）。单倍型组合关联分析发现：H2H3基因型的初生体重和初生体斜长显著高于其他基因型（P<0.05）;而SNP5-SNP6单倍型组合中,H5H5基因型的初生体重显著高于H5H6和H6H6（P<0.05）、初生体高显著高于H5H6（P<0.05）、初生胸围显著高于H6H6（P<0.05）,H4H4基因型的3月龄体重显著高于H5H5基因型（P<0.05）、3月龄体高和体斜长显著高于H4H6基因型（P<0.05）、3月龄胸围显著高于H4H5、H5H6和H5H5基因型（P<0.05）。SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后,H2H3H4H4基因型的初生体重、体高、体斜长和胸围最高,与其他基因型有不同程度的差异,H1H1H4H6的3月龄体斜长显著低于H1H2H4H4和H2H2H4H4基因型（P<0.05）。【结论】 ADIPOQ的遗传变异对绵羊的生长性状具有不同程度的影响,研究中的7个SNPs位点可以作为宁夏优质肉羊选育中生长性状的潜在分子标记。     

鹌鹑ESR1基因的多态性与蛋品质的关联分析

为了探讨雌激素受体(ESR1)基因的多态性及其与鹌鹑蛋品质的关系,采用PCR-RFLP和直接测序法对中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑3个群体的ESR1基因与鹌鹑蛋品质性状进行关联分析。结果表明:鹌鹑ESR1基因外显子1、外显子4、外显子8在北京白羽鹌鹑、中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个群体中都检测到了CC、CT、TT三种基因型。外显子1在3个鹌鹑群体中均表现为CC基因型频率最高;外显子8在3个鹌鹑群体中均表现为TT基因型频率最高;外显子4在中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑中TT基因型频率最高,分别为0.409、0.617,而北京白羽鹌鹑以CC基因型频率最高(0.667)。相关性分析结果显示,在3个检测群体中,外显子4的CC基因型和CT基因型的蛋黄高度和蛋黄指数显著高于TT基因型(P<0.05),TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型和CT基因型(P<0.05),CT基因型和TT基因型的蛋壳厚度显著高于CC基因型(P<0.05)。外显子8在蛋黄指数上,CC基因型显著高于CT基因型和TT基因型(P<0.05);CT基因型和TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型(P<0.05)。ESR1基因可以作为有价值的候选基因应用于蛋用鹌鹑的分子标记辅助选择。     

猪GHR基因两个SNPs位点多态性与生长性状的关联分析

[目的]探讨猪GHR基因两个SNPs位点多态性与其生长性状的相关性,为保护广西巴马小型猪的遗传资源及推进猪分子标记辅助育种技术的发展奠定基础.[方法]采用PCR-RFLP和错配PCR-RFLP(CRS-PCR-RFLP)检测巴马小型猪×长白猪杂交F2代(简称巴×长F2代)资源家系中猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点的多态性,并对其相关生长性状进行关联分析.[结果]猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点在巴×长F2代资源家系中均表现出AA、AG和GG 3种基因型.G1248A位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除2月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体(P<0.05,下同),4月龄GG基因型个体的体重显著高于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异均不显著(P>0.05,下同).A1801G位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除1和6月龄GG基因型个体的体高显著低于AA、AG基因型个体,3和6月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异也不显著.[结论]猪GHR基因G1248A位点的G等位基因对个体体重、胸围有正选择作用,而A1801G位点的G等位基因对个体体高有负选择作用,对个体胸围有正选择作用,均可作为猪分子标记辅助育种的遗传选择标记.     

F3代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联分析

【目的】明确F₃代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联性,筛选出优异基因为后期培育新品系提供理论依据。【方法】以F₃代波杂山羊为研究对象,通过血液DNA混池测序鉴定XKR4基因SNP位点,统计SNP位点的等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度（Ho）、期望杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）及多态信息含量（PIC）等,以卡方（χ2）检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并利用SPSS 25.0分析不同基因型与F₃代波杂山羊生长性状的关联性。【结果】 F₃代波杂山羊XKR4基因Intron-1区域存在2个SNPs位点,分别是C194069A和T194091A。C194069A位点的等位基因频率中C>A,优势基因型为CC型; T194091A位点的等位基因频率中T>A,优势基因型为TT型;C194069A和T194091A位点均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。关联分析结果表明:在初生群体中,T194091A位点AA基因型与其他基因型的体斜长存在显著差异（P<0.05,下同）;在3月龄群体中,C194069A和T194091A位点各基因型的生长性状指标间均无显著差异（P>0.05,下同）;在6月龄群体中,C194069A和T194091A位点AA基因型的体重分别与相应位点的CC基因型和TT基因型存在显著差异;在12月龄群体中,C194069A位点AA基因型在体重和胸围方面均极显著优于CC基因型（P<0.01,下同）,在体高方面与CC基因型存在显著差异,T194091A位点AA基因型的体重、体斜长分别与TT基因型呈显著或极显著差异。此外,在0~6月龄和0~12月龄,C194069A和T194091A位点AA基因型的日增重与CC基因型和TT基因型分别存在呈显著或极显著差异。【结论】 F3代波杂山羊XKR4基因存在2个SNPs位点（C194069A和T194091A）,且均表现为AA基因型个体的生长性能优于其他基因型个体,即XKR4基因可作为F₃代波杂山羊生长性状的候选基因。     

猪FTO基因多态性与肉质性状的关联分析

为了探究猪FTO基因多态性与肉质性状的关联性,试验通过限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)的BstuⅠ和TaiⅠ限制性内切酶技术分析了豫西黑猪和长白猪FTO基因第3外显子(c.594C>G)和第4内含子(g.276G>T)的遗传多样性,并将FTO基因的基因型与豫西黑猪背膘厚、pH₁、pH₂₄、滴水损失、肉色和大理石纹等肉质性状进行了关联分析。研究结果表明:FTO基因的c.594C>G位点和g.276G>T位点都具有中度多态性,经检验c.594C>G位点和g.276G>T位点的基因频率均符合χ²检验的Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。在c.594C>G位点上,豫西黑猪和长白猪都存在3种不同的基因型,分别为CC、CG和GG基因型,优势等位基因都为C等位基因,且两者C等位基因的频率分别为0.522 7和0.533 3,在肉色评分上,CG基因型和GG基因型个体显著高于CC基因型(P<0.05)。在g.276G>T位点上,豫西黑猪和长白猪都存在3种不同的基因型,分别为GG、GT和TT基因型,优势等位基因均为T等位基因(0.574 1,1.648 1)。结果表明,FTO基因的c.594C>G位点与豫西黑猪的肉质性状具有显著关联性,这在一定程度上说明了FTO基因可以为豫西黑猪肉质性状的遗传选择提供参考依据。     

无角牦牛FTO基因多态性与生长性状的关联性分析

【目的】探究无角牦牛脂肪和肥胖相关基因(FTO)多态性与生长性状之间的关联性,以期找到与无角牦牛生长相关的分子标记。【方法】参考GenBank中野牦牛的FTO基因序列,针对其第4内含子和第8内含子设计引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对354头无角牦牛的FTO基因进行多态性分析,并运用SPSS 20.0软件分析各基因与体质量、体高、体斜长和胸围等生长性状的相关性。【结果】在无角牦牛FTO基因的第4内含子区域检测出A164506C突变位点,有2个等位基因A和C,有3种基因型(AA、AC和CC),优势等位基因和基因型分别是A和AA,其频率分别为0.694 9和0.485 9;在第8内含子区域检测出G309000A突变位点,共有2个等位基因A和G,有3种基因型(GG、GA和AA),优势等位基因和基因型分别是G和GG,其频率分别为0.926 3和0.858 4。A164506C突变位点为中度多态位点,纯合度较低,处于Hardy-Weinberg平衡状态;G309000A突变位点为低度多态位点,纯合度较高,处于Hardy-Weinberg不平衡状态。A164506C位点与无角牦牛的体高和体斜长具有显著或极显著相关性,AC基因型个体优于AA基因型个体。G309000A位点与无角牦牛的胸围和体斜长具有显著或极显著相关性,GA基因型个体优于GG基因型个体。【结论】FTO基因第4内含子区域A164506C突变和第8内含子区域G309000A突变均与无角牦牛生长性状具有相关性。     

绵羊RFXANK基因多态性与肉用性状的关联分析

【目的】探究绵羊(Ovis aries)RFXANK基因多态性及其与肉用性状之间的关系,为优质肉羊育种提供有效的分子遗传标记。【方法】采用液相捕获技术测定杜泊羊(D)、小尾寒羊(XH)和滩羊(T)3组91头羊,通过液相捕获技术获取RFXANK的突变位点,并从中选出3个多态位点(rs160009883、rs420498050、rs405773959)。针对筛选出的位点,采用飞行质谱检测技术对杜滩寒三元杂交羊(DTH)、杜泊羊、小尾寒羊和滩羊共30只进行遗传分型,并与其肉用性状进行关联分析。【结果】rs160009883位点AA基因型宰前活重、胴体重、净肉重极显著高于CC基因型(P<0.01),AA基因型净肉率显著高于CC基因型(P<0.05),CA基因型净肉重显著高于CC基因型,AA、CA基因型胸围显著高于CC基因型;rs420498050和rs405773959位点AA基因型宰前活重、屠宰率、净肉重、胴体重、净肉率极显著高于GG基因型,AA基因型胸围、背膘厚显著高于GG基因型;3个位点不同基因型与GR值、肌纤维直径、肌纤维密度、蛋白质、肌苷酸、丙氨酸和缬氨酸均呈显著相关,与...     

6个绵羊群体MC4R基因CRS-PCR多态性及其与湖羊、东湖杂交羊生长性状的关联分析

为了探讨黑素皮质素受体4(melanoeortin receptor-4,MC4R)基因在绵羊中的多态性以及多态位点对绵羊生长性状的影响,对湖羊MC4R基因进行扩增,测序后发现9个碱基置换,选择MC4R基因548位点处C/T的单碱基突变,建立CRSPCR-RFLP分析方法,并对6个绵羊群体(湖羊、东弗里生羊×湖羊(东湖杂交羊)、中国美利奴、Romney、中国美利奴×Romney和阿勒泰)共518个个体进行检测分析。结果表明:在阿勒泰、Romney、中国美利奴×Romney群体中仅检测到CC 1种基因型,在东湖杂交羊和中国美利奴的群体中检测到CC和CT 2种基因型,而在湖羊群体中检测到CC(0.865)、CT(0.126)和TT(0.009)3种基因型。湖羊群体CT基因型2月龄体质量显著高于TT基因型(P0.05),4月龄体长显著高于CC型(P0.05)和TT型(P0.01);东湖杂交羊群体中CT基因型的4月龄体高显著高于CC基因型(P0.05)。本研究初步表明6个绵羊群体中MC4R基因的CT基因型具有生长优势。     

中国美利奴羊IGFBP-5基因外显子区的PCR-SSCP多态性分析

[目的]以IGFBP-5作为候选基因,寻找与绵羊生产性能有关的SNP位点.[方法]利用PCR-SSCP和DNA测序快速筛查SNP位点;分析该位点在中国美利奴羊中的基因型和等位基因分布情况;并通过多重比较分析不同基因型与中国美利奴羊部分生产性能的关联性.[结果与结论]在绵羊IGFBP-5基因外显子1区发现一个新的SNP位点(C136G),并建立了PCR-SSCP的基因分型方法.对212只中国美利奴羊的检测结果显示有CC、CG和GG 3种基因型,基因型频率分别为0.50、0.41和0.09,C等位基因频率为0.70,G等位基因频率为0.30.不同基因型与中国美利奴羊早期生长和羊毛生产性能具有一定的影响:GG基因型个体的初生重、剪毛后体重以及剪毛量显著高于CC基因型(P<0.05);CC基因型个体的毛丛长度明显长于CG基因型个体 (P<0.05).     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

Lpin1基因多态性与黄牛经济性状的关联研究

以6个黄牛品种502个个体为材料,利用PCR-SSCP和DNA测序相结合的方法检测脂素1(Lpin1)基因的多态性,并分析该基因多态性与秦川牛经济性状的相关性。结果发现,黄牛Lpin1基因存在3个SNPs:31735A>G、46137A>C和65969G>A,分别位于内含子1、外显子6和内含子15,其中位于外显子6的突变导致脂素蛋白质第82位的组氨酸变为脯氨酸,为错义突变。3个SNP多态位点与秦川牛的体尺和肉质性状的关联分析表明,31735A>G位点GG基因型个体的胸深、胸围、背膘厚显著高于AA和AG基因型个体(P<0.05);46137A>C位点AC和CC基因型个体的背膘厚显著高于AA基因型个体(P<0.05),CC基因型个体的眼肌面积和大理石花纹评分等级显著高于AA基因型个体(P<0.05);65969G>A位点AA基因型个体的胸深、胸围、眼肌面积和背膘厚显著高于BB基因型个体(P<0.05),BB基因型个体的大理石花纹评分等级显著高于AA和AB基因型个体(P<0.05)。可见,Lpin1基因可能是影响秦川牛眼肌面积、大理石评分和背膘厚性状的主效QTL或者是与之紧密连锁,可作为秦川牛品质改良的辅助选择标记。     

湘西黄牛LPL基因exon5的多态性与生长性状的相关性

脂蛋白脂酶(LPL)是机体脂质和脂蛋白代谢的关键酶,在脂质代谢、转运和能量代谢方面发挥着重要作用,影响着动物的生长发育。为探讨湘西黄牛LPL基因的分子遗传特征和寻找与生长性状相关的分子标记,采用PCR产物测序的方法检测了湘西黄牛LPL基因的SNP位点,并进行了LPL基因exon 5的g.365458G>A位点进行了群体遗传多态与生长性状的关联分析。SNP检测结果表明,LPL基因在Intron 4上新发现了3个SNP(g.365186A>C、g.365248C>T和g.365249C>T),在exon5的182 bp处检测到了1个SNP(g.365458G>A)。g.365458G>A位点的多态性检测结果表明,g.365458G>A位点存在AA、AG和GG 3种基因型,呈中度多态,且达到了Hardy-Weinberg平衡状态。多态性与生产性状的相关性分析结果表明,湘西黄牛AA基因型个体的体高和胸围显著大于GG基因型个体(P<0.05),AA基因型个体的体长和体重极显著大于GG基因型个体(P<0.01)。A等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重都为正效应,而G等位基因都为负效应。推测LPL基因exon5的g.365458G>A位点有可能作为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。     

草鱼载脂蛋白A-I-1基因3＇非编码区SNPs筛选及其与生长性状的关联分析

采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP法对草鱼EST文库中载脂蛋白A-I-1基因（Apoprotein A-I-1,apoA-I-1）3＇非编码区进行SNPs筛选,在珠江水系草鱼Ctenopharyngodon idella养殖群体144个样本中发现2个SNPs位点。C792T位点的CC型占46.53%,CT型占50.69%,TT型占2.78%;G851A位点的GG型占77.08%,GA型占20.83%,AA型占2.08%。采用一般线性模型对2个SNPs位点与草鱼4个生长性状———体质量、体长、体高和头长进行关联分析,结果表明：C792T位点TT型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于CT型和CC型个体的生长性状指标值,但未达到显著水平（P〉0.05）;G851A位点GG型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于GA型和AA型个体的生长性状指标值,且GG型个体的体长和头长均值与GA型和AA型个体均存在显著差异（P〈0.05）。将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型,关联分析结果表明,双倍型D3（TTC792T-GGG851A）个体的体质量均值最高,D6型（CCC792T-AAG851A）个体的体质量均值最低,且二者在体长、体高、头长均值间存在显著差异（P〈0.05）。推测C792T位点TT型为有利基因型;G851A位点GG型为有利基因型,AA型为不利基因型。本研究结果为草鱼分子辅助育种提供了候选标记,为加快草鱼育种进程奠定了基础。