球壳孢目真菌同工酶电泳：Ⅱ.Ascochyta等八属代表种的分析

对球壳孢目8属46个种的代表菌株进行了酯酶等5种同工酶及菌体可溶性蛋白的聚丙烯酰胺凝胶电泳分析，电泳图谱显示，种间区别明显，大多数种具有各自的特征性图式，从聚类分析所得相似性矩阵和树状图可见，属内种间的遗传一致性最高的是Sphaeropsis属性，供试菌株相互的相似性多在50％以上，Ascochyta和Phyllosticta两属内的种也表现出较高的相似性，其他属内的供试种则不能类聚在一起。各属间Macrophoma,Coniothyrium,Sphaeropsis和Phyllosticta四属的菌株可在一定的遗传距离内聚为一类，Ascochyta属与这一类的距离也很近，Phomopsis和Phoma两属的菌株出现交叉相聚现象；Septoria属的菌株则各自独立，与其他类群间的距离也较远。     

利用Brn1基因分析嘴突脐孢种（Exserohilum rostratum）内变异研究

对形态变异特征较大的嘴突脐孢种Brn1基因核苷酸序列系统发育进行了分析。从系统发育树中可以看出,供试菌株与突脐孢属的其它菌种聚类在同一个分支上,与弯孢属和离蠕孢属的菌种明显区分开,形成了一个独立演化群。利用DNADIST程序计算遗传距离矩阵分析所有供试嘴突脐孢种菌株间的最小遗传距离值和最大遗传距离值分别为0.0078和0.0197,供试嘴突脐孢种菌株间的遗传距离值变化较大,但该种菌株间距离值小于系统树中种内最大遗传距离值0.0242。这一结果表明嘴突脐孢种内不同菌株间的变异属于种内变异。Brn1基因核苷酸序列分析可以用于嘴突脐孢种鉴定。     

香蕉突脐蠕抱叶斑病菌Brn 1基因的PC R扩增与序列分析

【目的】为从分子水平进一步鉴定引起香蕉叶斑病的突脐蠕孢霉,对突脐蠕孢的Brn1基因序列进行了分析。【方法】用引物Brn101(5’-GCCAACATCGCAAACATGG-3’)andBrn102(5’-GCAAGCAGCACCGTCAATACCAAT-3’)对3个分生孢子形态差异较大的香蕉突脐蠕孢叶斑病菌(CLER09、D087和JL05)的Brn1基因进行PCR扩增和系统发育分析。【结果】不同菌株间存在简单的碱基缺失和替换,供试菌株与Exserohilum rostratum在系统发育树上聚类在同一个分支,与Exserohilum属其他种明显分开,形成一个独立的演化群。遗传距离分析表明,供试菌株与E.rostratum亲缘关系相近,菌株间的遗传距离为0.000～0.018,而Exserohilum属种间的遗传距离为0.020～0.093。【结论】E.rostratum菌株间的遗传变异较大,但仍属种内变异;Brn1基因可作为支持具有明显形态变异菌株为E.rostratum成员的分子依据。     

香蕉突脐蠕孢叶斑病菌Brn1基因的PCR扩增与序列分析

【目的】为从分子水平进一步鉴定引起香蕉叶斑病的突脐蠕孢霉,对突脐蠕孢的Brn1基因序列进行了分析。【方法】用引物Brn1 01 （5'-GCCAACATCGCAAACATGG-3'） and Brn1 02 （5'-GCAAGCAGCACCGTCAATACCAAT-3'） 对3个分生孢子形态差异较大的香蕉突脐蠕孢叶斑病菌（CLER09、D087和JL05）的Brn1基因进行PCR扩增和系统发育分析。【结果】不同菌株间存在简单的碱基缺失和替换,供试菌株与Exserohilum rostratum在系统发育树上聚类在同一个分支,与Exserohilum属其他种明显分开,形成一个独立的演化群。遗传距离分析表明,供试菌株与E. rostratum亲缘关系相近,菌株间的遗传距离为0.000~0.018,而Exserohilum属种间的遗传距离为0.020~0.093。【结论】E. rostratum菌株间的遗传变异较大,但仍属种内变异;Brn1基因可作为支持具有明显形态变异菌株为E. rostratum成员的分子依据。     

大麦条纹病原菌的RAPD遗传多样性分析及大麦亲本抗性评价

为了明确大麦条纹病菌-麦类核菌(Pyrenophora graminea)在甘肃省河西走廊地区不同地理位置的遗传差异性,并鉴定大麦亲本品种对其抗性,运用RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA)技术,对甘肃农业大学农学院麦类实验室保存的20个采自河西不同地区的大麦条纹病菌株进行遗传多样性分析,采用"夹心法"对30种大麦亲本材料进行抗性评价。结果表明,在遗传相似系数(GS)为0.7166时可将20个麦类核菌(P.graminea)菌株划分为4类,菌株XTB和JT聚为一类,且这2个菌株的地理位置相隔较远,菌株YC和HYH各自单独为一类,剩余16个菌株聚为一类;20个供试菌株中,菌株QQ和SW、菌株HZ和QWC的遗传相似系数(Genetic Similarity,GS)均为0.936 5,遗传相似性最高,遗传距离值分别为0.052 3和0.045 5。菌株YC的遗传相似系数最小,为0.624 1,与其他菌株间的遗传距离范围是0.372 2～0.633 0,得出不同地理来源的麦类核菌菌株存在一定的遗传差异性;在供试菌株中,菌株CJZ和SW的地理位置接近,遗传距离小,而菌株SW和QWC,HZZ和SW,SSB和HZ之间的地理位置均相隔较远,但两两之间的遗传距离值均较小,得出菌株间地理位置的远近差异与遗传距离的大小无显著相关性。抗性鉴定结果显示,30份供试的大麦亲本品种对菌株QWC的抗病性差异较大,鉴定出6份高感大麦条纹病品种,19份感病品种,5份抗病品种,其中‘Isotta’的抗性最差,‘甘啤6号’抗性最好。综上所述,引起甘肃河西走廊地区大麦条纹病的病原菌群体存在较高遗传差异性,且其亲缘关系的远近与地理差异无明显相关性;鉴定大麦亲本抗性,得到抗感大麦品种组合‘甘啤6号’和‘Isotta’。     

杏果实黑斑病菌及近似链格孢种的RAPD分析

运用随机扩增技术对来源于杏果实的黑斑病菌及其他5个链格孢(Alternaria)相似种共28个菌株的基因组DNA进行了多态性分析,利用10个随机引物获得157条RAPD标记.聚类分析结果表明,9个杏果实黑斑病菌菌株(AX1～AX9)的亲缘关系极为相近,并且是独立于其它供试种群的遗传群体.各供试菌株既具有遗传组成上的相似性,又存在种间及种内遗传分化.     

福建省花生青枯病菌遗传多态性分析

利用RAPD分子标记对37个福建省花生青枯病菌菌株遗传多样性进行分析,从150条随机引物中筛选出9条具有多态性的引物,共扩增出85条带,其中84条为多态性条带,多态检测率为98.82%.UPGMA聚类分析显示:供试的37个菌株划分为7个遗传聚类组(RAPD Group),其中31个菌株集中在RG2和RG6两个聚类组中;菌株间遗传距离变化较大,变化范围从0.08到0.95.结果表明:供试的福建省不同地理来源的花生青枯病菌菌株之间具有明显的遗传差异.37个花生青枯病菌菌株间存在一定遗传相似性,原因可能是不同地域之间病原菌远距离传播的结果.     

不同茯苓菌株的质量评价及遗传关系鉴定

[目的]评价不同茯苓菌株质量并鉴定其遗传关系,为茯苓菌株资源合理利用及优良菌株选育提供参考.[方法]以11株不同来源的茯苓菌株为研究对象,分别采用平面培养法测定其菌丝生长速率,松树兜栽培法测定其菌核产量,反复转接法测定其遗传稳定性.提取不同茯苓菌株的总DNA,PCR扩增ITS序列,进行ITS序列分析,并构建系统发育进化树.同时检测菌株间的菌丝拮抗性,结合ITS序列分析结果进一步鉴定茯苓菌株遗传关系.[结果]11个供试菌株中,8、9和12号菌株的菌丝生长速率、菌核产量和遗传稳定性均较高,1、7和13号菌株较低.茯苓ITS序列长度为1600bp,其序列分析结果显示,1、2、3、4、7和10号菌株与Wolfporia cocos intemal transcribed spacer 1的同源性高达100%,8、9、11、12和13号菌株与W.cocos strain LP-13的同源性达99%,表明供试茯苓菌株属于两个不同的亚种.系统发育进化树分析结果显示,1、2、3、4、7和10号菌株聚为一类,菌株间的遗传关系非常接近,存在同种异名的可能;8、9、11、12和13号菌株聚为另一类,菌株间的遗传距离较大,存在种内差异.[结论]通过测定菌丝生长速度、菌核产量和遗传稳定性评价茯苓菌株质量切实可行,ITS序列分析可有效将茯苓菌株鉴定到种级分类单元,并明确茯苓菌株间的遗传关系.     

内蒙古地区8种主要蝗虫基因组DNA多态性的RAPD标记研究

[目的]从分子水平上研究内蒙古草原主要蝗虫种类的遗传进化与系统发育关系。[方法]采用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对蝗总科4科6属8种蝗虫的80个个体进行扩增,对基因组DNA进行多态性比较。[结果]7条引物共扩增出64条特异性片断,分子量大小为300～2000bp。8种蝗虫间遗传距离在0.2282～0.5896。带型显示,科内属间及属内种间多态性普遍存在。根据Neis遗传距离对结果进行UPGMA法聚类分析,结果表明,属内的种各自先聚为一类,其次是科内的种聚为一类。[结论]该研究可为内蒙古草原主要蝗虫的系统发育及演化研究提供分子生物学依据。     

平菇原生质体再生菌株的ISSR-PCR遗传多样性分析

本研究对平菇(Pleurotus ostreatus)品种‘唐平26’的20个原生质体再生菌株进行了ISSR-PCR遗传多样性分析。结果表明,10条ISSR引物共扩增出117个基因条带,其中107条为多态性条带,多态性指数达91.29%;再生菌株间遗传距离在0.043 0~0.462 4之间,菌株间遗传相似性为0.60~0.96;当遗传相似系数为0.73时,供试菌株可分为3类,第1类为再生菌株R4,第2类为再生菌株R21,第3类为亲本菌株和其他再生菌株。拮抗反应试验表明,再生菌株R4和R21与亲本菌株存在明显的拮抗反应,可能为新的基因型。研究结果表明,利用ISSR-PCR技术可检测平菇原生质体再生菌株中的遗传变异,用于平菇新品种的选育。     

DNA条形码技术在几种苹果园鳞翅目害虫鉴定中的应用

为探讨DNA条形码技术在苹果园鳞翅目昆虫鉴定中的适用性,采用DNA条形码通用引物,扩增并分析采自陕西7个苹果园的鳞翅目昆虫的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COⅠ)片段,基于扩增的COⅠ序列计算种间和种内遗传距离,并构建NJ树(Neighbor-Joining tree)和ME树(Minimum-Evolution tree)。经通用的DNA条形码技术鉴定显示,采集的鳞翅目昆虫隶属于7个属的9种昆虫;基于p-distance模型的种内和种间遗传距离分析显示,种间遗传距离为8.4%~69.4%,种内遗传距离为0~0.6%,种内最大遗传距离与种间最小遗传距离无重叠;同时,基于种间和种内遗传距离构建NJ树和ME树均显示,同种昆虫在系统树上都各自在同一进化支;因此,基于DNA条形码的鉴定方法可区分这些苹果园的不同鳞翅目害虫。     

灵芝属菌株遗传多样性的初步研究

利用RAPD和酯酶同工酶技术对来自国内外的10个灵芝属代表菌株进行了遗传多样性分析.RAPD分析结果表明,在0.560的相似性水平上分成3个组:第1组包括密纹薄芝(1号)、两个灵芝(3号和4号)和两个无柄灵芝菌株(7号和8号);第2组包括灵芝(2号)、近拟鹿角灵芝(5号和6号)和紫芝(10号);第3组是树舌(9号).这一结论与传统分类学结论基本一致.当相似性水平达到0.800时,上述10个菌株聚成8组,这与传统分类学中种的分类几乎一致.酯酶同工酶的分析结果表明,在0.560的相似性水平上,所有菌株分为两组:第一组是树舌(9号);其他菌株构成一组.这一结论与传统分类学结论也一致.当相似性水平达到0.800时,上述菌株分为7组:其中3号、4号、7号和8号构成一组,其余的同RAPD结果.比较两种方法所得结果发现,在较高的相似性水平(0.840)上,它们的结论是一致的.这表明,RAPD和酯酶同工酶技术在灵芝种间鉴定时是有效的,甚至RAPD在种内鉴定时都是有效的.     

鳅科鱼类DNA条形码鉴定及系统进化研究

【目的】为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在鳅科鱼类物种鉴定中的有效性及在系统进化关系分析中的适用性,对鳅科鱼类3亚科18属61种共358条线粒体COI基因序列进行了分析。【结果】61种鳅科鱼类的种内和种间的平均遗传距离分别为0.010和0.162,种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的16.2倍。鳅科鱼类遗传距离在种内、种间重叠较少,能形成一定的DNA条形码间隙。ABGD分类把61个物种划分为66个OTUs,OTUs的划分与距离法基本一致。系统聚类中,有6组鱼类物种个体间相互混杂,不能按各自的物种聚类,有4个物种分化成明显的两支,46个物种能按各自的形态学分类分别聚成单支。南鳅属、花鳅属、似鳞头鳅属、瘦身鳅属和泥鳅属中部分物种没有按其形态学分类的属聚在一起。沙鳅亚科能形成单系,但条鳅亚科和花鳅亚科不能形成单系。在研究中,COI条形码可以鉴定鳅科鱼类75.41%的物种,另外,COI条形码也能够明确大多鳅科鱼类属和亚科的分类地位,研究结果可为鳅科鱼类的物种鉴定和系统分类提供参考。     

福木假尾孢菌Pseudocercospora elaeodendri的转录间隔区序列分析

PCR扩增福木假尾孢菌的转录间隔区序列(ITS)并测序,获得的基因序列长度为581bp,相似性分析发现其与假尾孢属不同种之间的ITS序列相似度极高。进一步对相似度高的不同种、属菌的ITS序列采用Neighbor-joining法构建系统进化树。遗传距离分析结果发现,试验菌株仅与同源性为100%的未知种名的假尾孢菌聚为一类。比较不同种的ITS碱基序列,结果表明,试验菌株与其它种之间的差异碱基分布于ITS1和ITS2区域,说明ITS能够体现假尾孢属的种间变异。     

安徽野生香菇遗传多样性及杂种优势的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,利用17个引物对26个安徽野生香菇菌株和6个香菇栽培品种进行了遗传多样性分析,并构建了遗传相关聚类图。在128个RAPD标记中,多态性标记为104个,占81.3%。聚类分析显示,当以相异距离0.25为阈值,32个菌株被划为5个RAPD遗传组,多数菌株之间遗传相似性较低。表明供试菌株在DNA水平上存在比较显著的遗传变异,具有较丰富的遗传多样性。杂种优势的检测表明亲本间遗传距离较大的组合其杂种优势也较强。     

我国沿海裸胸鳝属鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

为探讨COⅠ基因作为DNA条形码在裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类物种鉴定的有效性,本研究通过PCR扩增及测序获得了我国沿海分布的10种裸胸鳝鱼类线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,结合GenBank下载的3种裸胸鳝共13种31个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA5.0计算种内与种间遗传距离,基于邻接法与最大似然法构建了分子系统进化树.结果显示:13种裸胸鳝种内遗传距离0.000～0.007之间,平均遗传距离为0.003;种间遗传距离在0.005～0.243之间,除了淡网纹裸胸鳝(Gymnothorax pesudothyrsoideus)与匀斑裸胸鳝(Gymnothorax reevesii)为0.005,其他裸胸鳝种间遗传距离均大于2%,平均遗传距离为0.187,表明COⅠ基因可作为裸胸鳝鱼类物种鉴定条形码基因,但也存在一定局限性.进化树上,13种裸胸鳝属鱼类主要形成4个分支,其中密点裸胸鳝(Gymnothorax thyrsoideus)位于进化树基部,进化地位最为原始.淡网纹裸胸鳝与匀斑裸胸鳝相互聚集在一起,没有形成各自单系分支.但形态上两者差异较大,排除同种异名可能性,揭示其可能存在自然杂交引起基因渗透.另外,本研究采集的美丽裸胸鳝(Gymnothorax formosus)与NCBI上公布的美丽裸胸鳝COⅠ序列差异达5.5%,进化树上也能明显区分,有可能揭示其为新的隐存种.     

白灵菇不同栽培菌株的酯酶同工酶多态性分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对12个白灵菇栽培菌株酯酶同工酶的酶谱多样性进行了研究,根据酶谱相似系数计算了菌株间的平均遗传距离。结果显示:12个菌株共检出50条酶带,9种酶带类型,表明白灵菇的酯酶同工酶酶谱分布呈多态性。采用不加权平均法对菌株间的遗传距离进行聚类分析,从树状图反映出12个菌株被分成两大类,类间和类内菌株遗传变异程度不同,但总体上12个供试菌株的遗传变异并不丰富。     

紫菜不同品系的AFLP遗传差异性分析

采用扩增片段长度多态性技术(AFLP)对6个紫菜品系进行遗传差异性分析.结果表明,在42对引物中,有6对能得到重复性较好的多态性条带,共扩增出141条谱带,其中133条为多态性谱带,多态位点的比例达94.33％.基于引物扩增结果计算遗传相似性,结果显示不同紫菜品系间存在差异.UPGMA、NJ法聚类分析结果表明,条斑紫菜品系Y001和Y-L0602遗传相似系数高,聚为一类;条斑紫菜和坛紫菜遗传重组品系Y-H034和H-Y035聚为一类,之后与Y-H017品系聚集;坛紫菜H017品系与其他供试品系遗传距离较远,聚类在最外侧.各品系间遗传距离与其选育方法有关,筛选获得的遗传重组后代表现出与条斑紫菜更近的亲缘关系.     

四川花生根瘤菌的遗传多样性

用IAR、RAPDs和16S-23S PCR-RFLP 3种方法对采集自四川省4个不同地点的22株慢生型花生根瘤菌的遗传多样性进行了研究。供试菌株对8种抗生素的抗药性测定表明,22个菌株中存在7个抗药性类群。来自同一采集地的菌株天然抗药性存在着差异。IAR的结果证明了四川花生根瘤菌表型性状的多样性。4个随机引物的扩增图谱有明显的多态性。聚类分析的结果表明菌株内部存在不同水平的遗传多样性。全部菌株在58%的相似性水平上被分为6群,采集地相同的菌株聚为一类,表明环境对根瘤菌的系统发育和遗传分化有影响。用PHR和P23S R01这一对引物对供试菌株16S-23S rDNA基因间隔区进行了扩增,得到2.0kb和2.1kb两种大小不同的片段。用3种内切酶酶切后的图谱分为6种类型。根据各菌株带型相似性进行的聚类分析结果表明,供试菌株的16S-23S rDNA PCR-RFLP相似性很高,说明16S-23S rDNA基因保守,在进化过程中受环境的影响比其它基因组序列相对要小。     

四类东方田鼠的RAPD分析

应用随机扩增多态DNA(RAPD)技术分析了湖南、宁夏、黑龙江大体型东方田鼠以及黑龙江小体型东方田鼠4类东方田鼠的基因组DNA。结果发现:4类东方田鼠类群内个体间的相似性都较高,湖南、宁夏、黑龙江大体型东方田鼠以及黑龙江小体型东方田鼠的类群内平均带纹相似系数(ABS)分别为0.9287±0.0436、0.9223±0.0533、0.9515±0.0289、0.8900±0.0328;湖南、宁夏和黑龙江大体型东方田鼠3类鼠之间的遗传相似系数都达0.9以上,遗传距离都小于0.1,黑龙江小体型东方田鼠与其他3类鼠的相似性较低,遗传相似系数在0.6762～0.7203之间,遗传距离在0.3281～0.3913之间;UPMGA聚类分析图显示湖南、宁夏和黑龙江大体型东方田鼠聚为一类,黑龙江小体型东方田鼠单独为一类;引物S2022可以作为区分黑龙江小体型东方田鼠与其他3类东方田鼠的标记引物。